The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
350
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sequence length |
975
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structure length |
970
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Chain Sequence |
GTVNNELGYQLFRDFAENKGMFRPGATNIAIYNKQGEFVGTLDKAAMPDFSAVDSEIGVATLINPQYIASVKHNGGYTNVSFGDGENRYNIVDRNNAPSLDFHAPRLDKLVTEVAPTAVTAQGAVAGAYLDKERYPVFYRLGSGTQYIKDSNGQLTKMGGAYSWLTGGTVGSLSSYQNGEMISTSSGLVFDYKLNGAMPIYGEAGDSGSPLFAFDTVQNKWVLVGVLTAGNGAGGRGNNWAVIPLDFIGQKFNEDNDAPVTFRTSEGGALEWSFNSSTGAGALTQGTTTYAMHGQQGNDLNAGKNLIFQGQNGQINLKDSVSQGAGSLTFRDNYTVTTSNGSTWTGAGIVVDNGVSVNWQVNGVKGDNLHKIGEGTLTVQGTGINEGGLKVGDGKVVLNQQADNKGQVQAFSSVNIASGRPTVVLTDERQVNPDTVSWGYRGGTLDVNGNSLTFHQLKAADYGAVLANNVDKRATITLDYGYLFHGQLKGNLNVDNRLPEGVTGALVMDGAADISGTFTQENGRLTLQGHPVIHAYNTQSVADKLAASGDHSVLTQPTSFSQEDWENRSFTFDRLSLKNTDFGLGRNATLNTTIQADNSSVTLGDSRVFIDKNDGQGTAFTLEEGTSVATKDADKSVFNGTVNLDNQSVLNINDIFNGGIQANNSTVNISSDSAVLGNSTLTSTALNLNKGANALASQSFVSDGPVNISDATLSLNSRPDEVSHTLLPVYDYAGSWNLKGDDARLNVGPYSMLSGNINVQDKGTVTLGGEGELSPDLTLQNQMLYSLFNGYRNIWSGSLNAPDATVSMTDTQWSMNGNSTAGNMKLNRTIVGFNGGTSPFTTLTTDNLDAVQSAFVMRTDLNKADKLVINKSATGHDNSIWVNFLKKPSNKDTLDIPLVSAPEATADNLFRASTRVVGFSDVTPILSVRKEDGKKEWVLDGYQVARNDGQGKAAATFMHISYNNFITEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Hemoglobin-binding protease hbp
|
| total genus |
350
|
| structure length |
970
|
| sequence length |
975
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3SU1 A; 3H09 A; 3SU3 A; 4TYD A; 4B73 A; 1JXP A; 5T1V A; 4B76 A; 3RC4 A; 1RTL A; 3E90 B; 1QA2 A; 1DY8 A; 4NWL A; 3SYJ A; 1DXW A; 2FP7 B; 3RC6 A; 3M5M A; 2K1Q A; 3EYD A; 2WV9 A; 2WZQ A; 3SV7 A; 1N1L A; 2VFQ A; 2GVF A; 3P8N A; 3SV8 A; 1TYX A; 5EPN A; 2OBO A; 2XCF A; 5FPT A; 1TYU A; 4I32 A; 1TYV A; 1CLW A; 4KTC A; 2OK5 A; 3O8R A; 3PV5 A; 1CU1 A; 2VFP A; 2OBQ A; 2A4G A; 3LON A; 2VFN A; 5IDK A; 3O8B A; 4I31 A; 2V5I A; 2OC7 A; 3M5O A; 4OM9 A; 4RI0 A; 2F9U A; 1NS3 A; 3KN2 A; 3SUE A; 4A1T A; 3M5L A; 1QRC A; 1TSP A; 3LOX A; 5B6L A; 1DAB A; 1QA1 A; 3SU6 A; 2XNI A; 2OC1 A; 4WF8 A; 3RIQ A; 2FOM B; 3KNX A; 2IOU G; 3ML3 A; 3L6P A; 3SZE A; 2FM2 A; 2VFO A; 5FPY A; 3SV9 A; 4B6E A; 2F9V A; 2WHX A; 5EPY A; 4M9F A; 1DY9 A; 4WH6 A; 1RGQ A; 5EQS A; 3SU4 A; 5H4I B; 1BT7 A; 2YOL A; 2O8M A; 2GGV B; 4A1X A; 4I33 A; 1A1R A; 3SV6 A; 3SU5 A; 3KF2 A; 5FPS A; 3SU0 A; 4A92 A; 4U01 A; 4R8T B; 3LKW A; 3U1J B; 4B71 A; 5EQQ A; 4A1V A; 3OTP A; 1DXP A; 5GND A; 3TH0 A; 4NWK A; 4B75 A; 5GJ4 B; 4KH3 A; 2IJO B; 2XCN A; 3PV2 A; 2IJD 1; 2P59 A; 3U1I B; 4K8B A; 1W3C A; 2F4L A; 2OC0 A; 3SUF A; 3P8O A; 1QA3 A; 2A4R A; 1WXR A; 1QRB A; 5EQR A; 5ESB A; 3KEE A; 5ETX A; 3RC5 A; 4B6F A; 1QQ1 A; 3O8C A; 1TYW A; 2QV1 A; 2OIN A; 2A4Q A; 3SU2 A; 3SUD A; 2XC1 A; 3M5N A; 2OC8 A; 4JMY A; 3SUG A; 3AK5 A; 4WH8 A; 2VFM A; 2VBC A; 5GPI B; 4B74 A; 3OYP A; 3O8D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3MU5 A; 3PLK A; 1V6D A; 2V3M A; 3E0P B; 3RXI A; 1N6Y A; 2QXJ A; 5FX6 A; 4Y10 E; 5GXP A; 4E7R G; 1BZX E; 2ZF0 H; 3U9A H; 2FOD A; 5LGO A; 1C2M A; 1IOE A; 1HAH H; 3SGA E; 1UVS H; 1UK2 A; 2BQ7 B; 1TWX B; 1C1Q A; 1D6R A; 4INL A; 1IQM A; 4MPU A; 1UMA H; 3LJY A; 4CRG A; 3GDU A; 2QY0 B; 4ABJ A; 1IQG A; 1ZSL A; 1BTZ A; 3KRG A; 4Y0Z E; 2BZA A; 3PV4 A; 3BF6 H; 3V13 A; 2ZPQ A; 2ZPS A; 3JX8 A; 2QXZ A; 1UTP A; 2ZGB H; 4ISH H; 1ZHP A; 4FU9 A; 2F9U A; 3KQD A; 3ZZ6 A; 1EAW A; 4NIX A; 2FS9 A; 1TNG A; 4NIY A; 3GY2 A; 3VGC C; 3MU4 A; 4XMY A; 1AB9 B; 2SFA A; 2H2Z A; 1FN6 A; 1ARC A; 5HKK D; 2AHM E; 3CS0 A; 2KCA A; 1KXF A; 1H4W A; 2IPH A; 3BV9 B; 2XTX A; 3T5F H; 1CQQ A; 3LU9 B; 5AMV A; 4NZL A; 2VVV A; 2BM6 A; 1SGI B; 1VCP A; 1O37 A; 1O5G H; 5EQS A; 2VGC B; 3P8F A; 2G81 E; 4FET A; 3TIU A; 1HV7 A; 2JJ1 D; 2XOK D; 1A5I A; 1QL7 A; 2VBK A; 1MH0 A; 5C1X A; 3LKW A; 2Z8G A; 1GI8 B; 4A7I B; 1C1U H; 1P12 E; 2GCT B; 1GHW H; 1GI9 B; 5EQQ A; 2PGB B; 1YC0 A; 1ZZZ A; 2HNT E; 2H9E H; 1FJS A; 1WBG B; 5GND A; 1NRS H; 1AIR A; 3FFG A; 3MI4 A; 1IHS H; 1UCY E; 3A81 A; 3A89 A; 3FP7 E; 3FKS D; 3OSY A; 1O3M A; 4ZUH A; 4CR9 A; 2VJ1 A; 3I78 A; 4RSP A; 1AE8 H; 1GBK A; 4SGB E; 2INU A; 3PTB A; 4TWY A; 4MNW A; 1QRW A; 1QBN A; 2ZFT A; 8GCH G; 1ZMN A; 5E0G A; 1LVY A; 2ANM H; 1DE7 H; 1C1N A; 1OKX A; 1NC6 A; 2A45 B; 1MTW A; 1YLD A; 1EJM A; 5JBT A; 3VB5 A; 3UOP A; 4ISI H; 3GDS A; 2QV1 A; 4GCH F; 2QC2 A; 3GQ7 A; 1YPJ H; 2BD2 A; 2A4Q A; 2XC1 A; 2D1J A; 1O2G H; 1EJA A; 1BTY A; 1C2E A; 2XTW A; 2Z9G A; 2G00 A; 1C5Q A; 3SU1 A; 1O3K A; 2ZU2 A; 3PYH A; 5C1C A; 2PTC E; 3V0X A; 2XWA A; 2VU8 E; 1DUE A; 1AB9 C; 2GMT B; 3A8A A; 2NU1 E; 1K1J A; 5JBB S; 5ABW A; 3SNC A; 4XQF A; 1V2S T; 1IB4 A; 3F6U H; 3MNB A; 3PRB A; 3F9F A; 2J94 A; 1UVT H; 1Q2W A; 4GSO A; 3MQK C; 3OX7 U; 1TYU A; 2VGC C; 2HGT H; 2SGE E; 2ZHE H; 3HGP A; 1XVM A; 4J2Y B; 4I31 A; 3LYC A; 4SGA E; 1LHF H; 4IN2 A; 4X1Q U; 1PQ5 A; 2GCT C; 4A1T A; 1CZF A; 1F5R A; 1DAB A; 1SGE E; 5L2Z H; 3VXE H; 3IG6 B; 2FI4 E; 2GKV E; 3ZVF A; 2G5V A; 4DG4 A; 1ELG A; 1WCZ A; 1XUI A; 1EA0 A; 2O8L A; 1UTK A; 4DT7 B; 1ESA A; 2W5E A; 4OS5 A; 1TRY A; 4BNR A; 1SPJ A; 1QIX B; 1UJ1 A; 4YLU A; 2PUQ H; 1TNL A; 2Y5H A; 2AEI H; 1YGC H; 1E0F D; 1QA0 A; 1IQK A; 3RXJ A; 1FV9 A; 1MTN B; 1G3D A; 2UWO A; 4I84 A; 1C5N H; 3K9X B; 2PSX A; 3ZZ9 A; 3N90 A; 1GHY H; 2G55 A; 2GMT C; 1O8L A; 5DP7 A; 3LIW A; 1ZSJ A; 4Z0K A; 1MAB B; 3A8B A; 2PLX A; 3TH2 H; 4IBL H; 3E6P H; 4RKO B; 4ZKR U; 5LPR A; 2IOT A; 4CH2 B; 3LMW A; 4JYU H; 1BBR K; 1SGC A; 1OWE A; 1WXR A; 3B90 A; 1MKW K; 3KEE A; 2D26 C; 1EST A; 2ZU5 A; 1O3G A; 1ANB A; 1VIT G; 1NFU A; 2XBY A; 3RU4 T; 1KLT A; 3NXP A; 8KME 2; 1GHA G; 2BXT H; 1F0T A; 1TGT A; 2CXV A; 5DP4 A; 2H1U A; 2OIN A; 3WWB A; 1ID5 H; 2P93 A; 2BDC A; 1DWD H; 5EOK A; 2B5T B; 2FOA A; 4KTS A; 3VB4 A; 4W8T A; 3O8D A; 2OCV B; 2VWM A; 3FP6 E; 2PEC A; 4AN7 A; 1TGC A; 1C5R A; 1BBR E; 3VSV A; 3GRH A; 2NU3 E; 1EAI A; 1QR3 E; 5E8E H; 1ZYO A; 1TX8 A; 3RMN H; 1GMC G; 1CA0 B; 1NY2 2; 1O32 A; 2IQ7 A; 5JMC B; 1P10 A; 2WZQ A; 5F8Z A; 1K9O E; 1L0Z A; 3ZVG A; 4D9Q A; 5EOD A; 1YF4 A; 4XOP A; 1F7Z A; 1TYX A; 2STB E; 3RXT A; 2H5D A; 1AWH B; 3F9G A; 4MQA A; 1MMJ N; 1F0R A; 1V2M T; 2O17 A; 1D3P B; 2J38 A; 1DFP A; 1NN6 A; 2GV6 A; 4UFE H; 1MTN C; 2C4F H; 4KTU A; 2A4G A; 3IIT A; 4Q80 A; 1PE9 A; 1Z8R A; 1ABJ H; 4BTI B; 1H9H E; 1SG8 B; 2ZPR A; 2ZEB A; 2JIZ D; 1ELB A; 1T31 A; 2G51 A; 1QGF A; 1AUJ A; 1GBJ A; 4X6O A; 3KNX A; 4ZHA A; 1RD3 B; 1Z71 A; 5FHT A; 3U8T H; 1DPO A; 2IOU G; 4FOU C; 1EOJ A; 2LPR A; 2FX4 A; 7GCH F; 2ZA5 A; 1LPK B; 3AW0 A; 4Y0Y E; 3AAV A; 3SV2 H; 4FUE A; 2GZ9 A; 5GCH F; 4BAH B; 2ZU3 A; 1O5E H; 1SFI A; 1ZHM A; 1UTQ A; 1WTG H; 1FY5 A; 1NRO H; 1XKA C; 3A87 A; 2QY1 A; 1FDP A; 5T6F A; 1AZ8 A; 4ABH A; 3S0N A; 1CGI E; 2CHA B; 1BTW A; 3STJ A; 1GBD A; 2NWN A; 1EE6 A; 4D8N A; 2ZDN A; 1AY6 H; 1ZRK A; 2P16 A; 3TJV A; 1P2M A; 4WY3 A; 1KXA A; 2J9N A; 2PKA A; 1S5S A; 1GBH A; 1GJ9 B; 1MKX H; 2AMP A; 3F2H A; 4MPX A; 6LPR A; 1O2U A; 4BAN B; 1C9P A; 2P59 A; 1C5W B; 3C27 B; 4X2Y A; 4FUI A; 2F4L A; 4CRC A; 1CA0 C; 2OC0 A; 1NO9 H; 1OOK B; 2TGP Z; 1WMR A; 4YFO A; 4NK8 A; 1K1M A; 3TNT A; 2ZWL H; 3KYF A; 1O3F A; 1E37 B; 4JZF H; 2A5K A; 4B6F A; 4BXS A; 2ZCH P; 2KZ4 A; 4XR6 A; 2Z9K A; 1HUT H; 1O2T A; 1E1R D; 1TNH A; 3F2F A; 3GQ9 A; 4XD7 D; 4B74 A; 3OYP A; 5TJX A; 2Y82 A; 2BOK A; 3DCL A; 1GMH G; 1KY9 A; 1O2J A; 2W7Z A; 2GCH F; 3T27 A; 5SGA E; 1Y3U A; 1EKB B; 3E90 B; 1V2U T; 3RXD A; 2AMD A; 2CN0 H; 1HXF H; 2HRV A; 2J5U A; 3A8D A; 1K1P A; 1O3J A; 2FES H; 3N7E A; 2A5I A; 2FS8 A; 3QLP H; 2BSP A; 1C2G A; 2YMS D; 4URR A; 2VFQ A; 2B9L A; 2KAI B; 2VJJ A; 1WDI A; 2Q6D A; 1PYT D; 5FL7 D; 4X8V H; 2RDE A; 3SI4 H; 2XC0 A; 4YOI A; 3GCO A; 1NM6 A; 1RJX B; 4JRA C; 4BOH A; 2ZU1 A; 1NZQ H; 1G3E A; 2C90 B; 1QL8 A; 2STA E; 4H4F A; 1EOL A; 1F0U A; 1DAN H; 2CHA C; 3GY7 A; 3NAW A; 4OM9 A; 1QBO A; 2NZM A; 3A7W A; 6GCH G; 1GPZ A; 1BRC E; 1O3L A; 5HIY A; 5E0J A; 1V2N T; 3KN2 A; 1S84 A; 3UW0 A; 1SFQ B; 4ZXX H; 1OYT H; 2UVE A; 1QCX A; 1KCD A; 1TPA E; 3DSO A; 3N7O A; 1PLU A; 1D3Q B; 3VPK A; 1SR5 C; 4F49 A; 1GJD B; 1KXE A; 1SLU B; 4MG3 A; 2VFO A; 2AGE X; 4X2X A; 2WHX A; 1RFN A; 2XBV A; 1W14 U; 1C1W H; 1YCP H; 4EW9 A; 3DFJ A; 2PYG A; 2WPL S; 3OTJ E; 4BTU B; 2Q6F A; 2XT2 A; 4GHQ A; 1MTU A; 1GQ8 A; 1O5D H; 1V2K T; 4OS1 A; 1ETS H; 2G5N A; 2P3U B; 2TGT A; 1Z8I B; 1S0R A; 4ABI A; 2FYR A; 1T4V H; 3DD2 H; 1O30 A; 2WV5 A; 3BTG E; 1LHG H; 2WPK S; 3OY5 U; 1C1V H; 2QE7 D; 3V3M A; 1OS8 A; 5A8Y A; 1W12 U; 3I77 A; 4THN H; 1BTU A; 1EUF A; 1HIA B; 4ZKS U; 3KID U; 1TE0 A; 4OGY A; 1P03 A; 5GWZ A; 4D9R A; 2Z6B D; 4Y7B A; 1MTV A; 1V2Q T; 3WWG A; 3TJN A; 1K0H A; 1PJP A; 2J98 A; 4XBC A; 3SQH E; 2XW9 A; 5AVD A; 1CHO F; 1JWT A; 1EJN A; 4X0W U; 4GUX A; 4OZY A; 2HLC A; 3D49 H; 4HG6 A; 1GI7 B; 4UFD H; 4RN6 A; 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1ZPB A; 1O3N A; 5F8X A; 2ILN A; 3V7T A; 3BEF B; 1IAU A; 1SQT A; 3QWC H; 4FVD A; 4DW2 U; 4ZKO U; 2P94 A; 3ATM A; 1XUJ A; 3PSS A; 1KXC A; 4D76 A; 2BM5 A; 5JPM H; 4UEH H; 1OXG A; 3GQA A; 1UCY H; 1BHX F; 2UUK B; 1FAK H; 3NKK A; 5TCC A; 1O3C A; 3SJ9 A; 3B8Y A; 3E3T A; 1NU9 A; 1QB1 A; 1SGQ E; 3RXV A; 1WTH D; 1DBO A; 2RG3 A; 4GLY A; 3EE0 B; 1V2T T; 3GCN A; 4Q7X A; 1LQD B; 3ZV9 A; 3SHC H; 3AAU A; 4GCH G; 3RLW H; 4BXW A; 4J1Y A; 1EAU A; 2UWL A; 4XOJ A; 2BM7 A; 1ZGV A; 3O8C A; 1TYW A; 1GGD C; 1A7S A; 2TPI Z; 1KLI H; 1YYY 1; 4P00 A; 3ZZ4 A; 4WH8 A; 2X6W A; 3KQE A; 1K1I A; 5GIB A; 4B73 A; 4YOJ A; 3A8C A; 5DSF A; 2BDG A; 3GCT F; 3URC A; 4ASH A; 4U49 A; 3MMG A; 3P92 A; 4GAW A; 3R0F A; 1AFE H; 1NFY A; 3ZPP A; 2PKA B; 3MH5 A; 2BQW B; 4O3U A; 3RM0 H; 1LDT T; 2Z9L A; 2WYJ A; 3C1K A; 3QGN B; 3DSG A; 4U32 A; 4MR0 A; 1HB0 B; 1Q3X A; 3WWF A; 2JET C; 5F03 A; 4FUJ A; 1TYV A; 1T8M A; 1EB1 H; 1P11 E; 1UTJ A; 1GJ4 H; 2GT7 A; 3UUZ A; 2ZFF H; 1CT0 E; 1O5F H; 1W13 U; 1QBV H; 3SJ8 A; 1NRP H; 1FN8 A; 3PLB A; 4F4O C; 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