The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
343
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sequence length |
968
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structure length |
943
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Chain Sequence |
SQMDISNFYIRDYMDFAQNKGIFQAGATNIEIVKKDGSTLKLPEVPFPDFSPVANKGSTTSIGGAYSITATHNTKNHHSVATQNWGNSTYKQTDWNTSHPDFAVSRLDKFVVETRGATEGADISLSKQQALERYGVNYKGEKKLIAFRAGSGVVSVKKNGRITPFNEVSYKPEMLNGSFVHIDDWSGWLILTNNQFDEFNNIASQGDAGSALFVYDNQKKKWVVAGTVWGIYNYANGKNHAAYSKWNQTTIDNLKNKYSYNVDMSGAQVATIENGKLTGTGSDTTDIKNKDLIFTGGGDILLKSSFDNGAGGLVFNDKKTYRVNGDDFTFKGAGVDTRNGSTVEWNIRYDNKDNLHKIGDGTLDVRKTQNTNLKTGEGLVILGAEKTFNNIYITSGDGTVRLNAENALSGGEYNGIFFAKNGGTLDLNGYNQSFNKIAATDSGAVITNTSTKKSILSLNNTADYIYHGNINGNLDVLQHHETKKENRRLILDGGVDTTNDISLRNTQLSMQGHATEHAIYRDGAFSDYVAGMQNTEADAVKQNGNAYKTNNAVSDLSQPDWETGTFRFGTLHLENSDFSVGRNANVIGDIQASKSNITIGDTTAYIDLHAGKNITGDGFGFRQNIVRGNSQGETLFTGGITAEDSTIVIKDKAKALFSNYVYLLNTKATIENGADVTTQSGMFSTSDISISGNLSMTGNPDKDNKFEPSIYLNDASYLLTDDSARLVAKNKASVVGDIHSTKSASIMFGHDESDLSQLSDRTSKGLALGLLGGFDVSYRGSVNAPSASATMNNTWWQLTGDSALKTLKSTNSMVYFTDSANNKKFHTLTVDELATSNSAYAMRTNLSESDKLEVKKHLSGENNILLVDFLQKPTPEKQLNIELVSAPKDTNENVFKASKQTIGFSDVTPVITTRETDDKITWSLTGYNTVASVDYKAFLNEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the Passenger Domain of the Escherichia coli Autotransporter EspP.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli o157:h7
|
| molecule keywords |
Serine protease espP
|
| total genus |
343
|
| structure length |
943
|
| sequence length |
968
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2011-07-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4R8T B; 3PV2 A; 3RC4 A; 3EYD A; 3KEE A; 3KNX A; 2XNI A; 2WHX A; 2OC0 A; 4M9F A; 5FPT A; 5FPS A; 1WXR A; 4RI0 A; 1TYV A; 3H09 A; 2WZQ A; 5GPI B; 1DY8 A; 3LKW A; 4I33 A; 2GVF A; 2OBQ A; 4K8B A; 4B6F A; 3M5O A; 2IJD 1; 2VBC A; 1TYW A; 2OC8 A; 1JXP A; 1A1R A; 1DY9 A; 3O8B A; 1CU1 A; 1QRC A; 4B75 A; 4JMY A; 2VFO A; 2VFM A; 3SU4 A; 2QV1 A; 2XCF A; 1DAB A; 4NWL A; 4WH6 A; 3OTP A; 2OK5 A; 4KTC A; 4A1V A; 3P8O A; 2K1Q A; 1QA2 A; 5GJ4 B; 2P59 A; 3PV5 A; 1QA1 A; 3SUG A; 3SUF A; 1DXP A; 1RTL A; 1RGQ A; 2F4L A; 4WH8 A; 4I31 A; 3U1I B; 3E90 B; 4B73 A; 1TYU A; 1W3C A; 2VFP A; 3SU3 A; 2V5I A; 3SU2 A; 3SV7 A; 2GGV B; 3M5M A; 3SUE A; 2VFN A; 5FPY A; 5T1V A; 1TSP A; 1NS3 A; 3SZE A; 1QRB A; 3M5N A; 5ESB A; 2A4R A; 2A4Q A; 5EPN A; 3O8R A; 4U01 A; 4WF8 A; 3L6P A; 3O8C A; 3OYP A; 4OM9 A; 4B76 A; 3SUD A; 3SYJ A; 3U1J B; 4TYD A; 4A1T A; 2OIN A; 3O8D A; 3SU1 A; 3TH0 A; 5ETX A; 1N1L A; 2FP7 B; 1QA3 A; 4A1X A; 4NWK A; 3RC5 A; 1QQ1 A; 3LON A; 3M5L A; 4A92 A; 2IOU G; 2XCN A; 2O8M A; 5GND A; 5EQQ A; 3SU5 A; 5H4I B; 4B71 A; 1TYX A; 3SV9 A; 2A4G A; 2OBO A; 3LOX A; 3SV8 A; 3RC6 A; 4KH3 A; 2OC7 A; 5EPY A; 3RIQ A; 3SV6 A; 3P8N A; 1DXW A; 5IDK A; 3AK5 A; 1CLW A; 2FM2 A; 3KF2 A; 2OC1 A; 4I32 A; 3ML3 A; 2F9V A; 2VFQ A; 2FOM B; 4B74 A; 5B6L A; 2F9U A; 2XC1 A; 5EQS A; 2WV9 A; 3KN2 A; 2YOL A; 3SU6 A; 2IJO B; 4B6E A; 3SU0 A; 1BT7 A; 5EQR A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1T31 A; 3VFE A; 2WUB A; 1GVK B; 1JWT A; 1LLW A; 4ZXY H; 2J98 A; 4MNY A; 3Q76 A; 3W94 A; 4GUX A; 3EA9 A; 4M9F A; 5FPT A; 3DU1 X; 5GDS H; 2XC0 A; 1HAV B; 5EXN A; 1V2T T; 1DX5 M; 2OQ5 A; 1C5M D; 1PQA A; 3MNX A; 1EFR D; 1NFW A; 4WMD A; 1FAK H; 1L4D A; 2VJJ A; 3R3G B; 1WU1 A; 3RML H; 4NSV A; 4UFD H; 3UTU H; 1G2M A; 1DST A; 2HOB A; 2SGP E; 1THR H; 3BN9 A; 1G9I E; 1GJ8 B; 1SLU B; 2QV1 A; 1ESB A; 4OGY A; 1MKW K; 2GCH F; 4NWL A; 4DGJ A; 1JMO H; 1E0F D; 3KGP A; 1W8B H; 3F2G A; 4OS4 A; 3UNQ A; 1A3B H; 2Y7Z A; 2P3T B; 3EGK H; 4K69 A; 1YLC A; 3GIS B; 1O8F A; 1EPT C; 1TGC A; 2PKA A; 2TRM A; 3CS7 A; 1BMF D; 1ZJK A; 4AB9 A; 2ZHQ H; 1GMD F; 5DK1 A; 5A8Y A; 2QXH A; 1UJ1 A; 2BZA A; 3SI4 H; 1Z8G A; 1K2I 1; 3RMO H; 1EAU A; 4B2A A; 3RXH A; 2BQW B; 3ENS B; 1OFE A; 4ZHM U; 1C4U 2; 1PYT D; 1A0J A; 3EA8 A; 2OLG A; 3E91 A; 1V2U T; 3RUO A; 1HAX B; 3A8A A; 1SGT A; 2VIW A; 2OIN A; 3Q77 A; 3W1E A; 1S83 A; 3D49 H; 1AE5 A; 1Z1J A; 1O3B A; 2KAI A; 3BTT E; 1P04 A; 5TCA A; 3PMJ A; 3ZYD A; 1C5Y B; 4MNV A; 5FCK A; 1IDJ A; 2F3L A; 5C2Z A; 1PE9 A; 3GY8 A; 1EB1 H; 1ELB A; 5K0H A; 2XCN A; 3DUX H; 4MPX A; 2KZ4 A; 2PUX B; 4CRB A; 1IQL A; 3HK3 B; 3QTO H; 2JH0 D; 4K1S A; 1WTH D; 3RU4 D; 4I86 A; 1QFK H; 1AVG H; 2IPH A; 4XR6 A; 1DXW A; 1H1B A; 1K1O A; 4RT0 A; 2OC1 A; 3SJK A; 4W8Q A; 3MH4 A; 4YEJ A; 3SQV A; 2XC1 A; 3RXG A; 3DFJ A; 4E05 H; 4X2W A; 1O3E A; 4YOJ A; 1BTX A; 2RA0 A; 3SQH E; 1C1R A; 4ISI H; 1O31 A; 2PLX A; 4FUF A; 1FX0 B; 3VPK A; 1TNL A; 2ZA5 A; 4YZQ A; 4K5Z A; 1LLZ A; 1TQ7 B; 4HI3 A; 4AX9 H; 1X7A C; 3PWC A; 4OGX A; 1AWH B; 2ALV A; 3LH3 A; 4JZE H; 4FUC A; 2QYU A; 1K1M A; 2EY4 C; 2FXR A; 4VGC C; 4KEL A; 3N6Z A; 2EI7 A; 1OS8 A; 1AB9 B; 2VFO A; 3U98 H; 5TCC A; 4KTC A; 2BX4 A; 4ABF A; 1YLN A; 4YLU A; 1OSS A; 2FLB H; 2BOH B; 2Q6F A; 3P8F A; 1DXP A; 3ATM A; 1KXC A; 2ZFP H; 2JH5 D; 2FI5 E; 5JBA S; 1MQ5 A; 1O0D H; 1AD8 H; 1OWJ A; 4LZ1 H; 3QZQ A; 1QA7 A; 4Y10 E; 1O30 A; 4YOG A; 1GCT C; 4AC9 A; 2J92 A; 4ISN A; 3SJ9 A; 1TYU A; 2CF9 H; 4I7Y H; 3SV7 A; 3MH5 A; 3VXF H; 3S7K B; 1VR1 H; 4Y7A A; 1ELD E; 5I25 A; 2XTT B; 1DWD H; 3IG6 B; 2EI8 A; 4QT8 C; 3UAI C; 5A2M H; 3GY6 A; 4XLC A; 4U2W A; 1GJ9 B; 1GI2 A; 4C2L A; 1QGF A; 4OZZ A; 4XOP A; 3W95 A; 1SOZ A; 3GDS A; 5EIY A; 1IQI A; 1UVS H; 3TGK E; 2VH6 A; 2ZG0 H; 4TYD A; 2BD8 A; 4ZMA H; 4ACA A; 5FX5 A; 1TAL A; 1LPG B; 1GBM A; 1LVY A; 1WMR A; 1RFN A; 3S0N A; 3T29 A; 1P05 A; 4TT3 D; 2P95 A; 1QQ1 A; 3LON A; 2Z9L A; 1HG8 A; 4MLF B; 1K1I A; 4K8Y A; 1Z8I B; 2HWL B; 2P16 A; 4SGB E; 4IMZ A; 1O2L A; 3SV9 A; 1BMM H; 4UFF H; 1FAX A; 1J9C H; 1S6H A; 1TIO A; 5HMA A; 5DP8 A; 2VGC B; 2YNB A; 2C93 B; 5L2Y H; 3GCN A; 2R3Y A; 4OS2 A; 1QQU A; 3MH7 A; 4GSO A; 3CP7 A; 3PSS A; 1PYT C; 1AUT C; 2WV4 A; 2Y81 A; 4GAW A; 1BRC E; 1NRR H; 1ZPC A; 2PKS B; 3F0O A; 1GDU A; 3BEI B; 4D7F A; 4JK6 A; 2XT4 A; 4Y7B A; 1QR3 E; 2AER H; 4ISH H; 1W7X H; 3U9A H; 1THS H; 3UWJ H; 3SHA H; 1KTS B; 4V02 C; 1UO6 A; 3A7X A; 2FI4 E; 1FUJ A; 1EZG A; 3LU9 B; 1C5X B; 1AIR A; 3DT0 H; 1G3C A; 4FUJ A; 2BD2 A; 3H09 A; 2O17 A; 2WPJ S; 3DSP A; 4ABA A; 1AI8 H; 3BTG E; 4HGC A; 1O3J A; 1TWX B; 1BIT A; 4OJO A; 4JMY A; 5EXM A; 1E38 B; 1ANB A; 3ZZ5 A; 1C1N A; 4NGA H; 3LJO A; 2ZHF H; 1DAB A; 2FEQ H; 1S84 A; 1ZHP A; 2WYJ A; 1O2S A; 1SG8 B; 3QO6 A; 5BPE A; 1P12 E; 3EQO A; 1AIX H; 3E0P B; 2BDY A; 3A8C A; 3ODF A; 3NWU A; 1WSS H; 4WWY A; 1HNE E; 1QA1 A; 2NZM A; 3SUG A; 1CA8 B; 1K9O E; 1O3P B; 3ZYE A; 1FMG A; 1UTN A; 1F0T A; 2J95 A; 3EQ0 H; 4XLE A; 3LH1 A; 1ZGV A; 1HJ9 A; 2HNT C; 1LTO A; 1UTM A; 3E90 B; 1BJU A; 2VWL A; 3SN8 A; 2XBX A; 3UPE A; 4AFQ A; 1O8I A; 2Y82 A; 5AVD A; 1J14 A; 1WQV H; 1ELG A; 2UWO A; 2YUH A; 4AFS A; 3F68 H; 4RSP A; 5CMX H; 2F9B H; 1IDK A; 1NBM E; 2VBM A; 2AS9 A; 2BD4 A; 1OP0 A; 3NK8 A; 2B8O H; 1T8O A; 4O3T A; 3RXP A; 1K21 H; 2FZZ A; 2NU3 E; 2P8O B; 4GHT A; 3SHC H; 1EPT A; 3OY6 U; 4Y71 A; 5DP4 A; 3SI3 H; 1YC0 A; 1BUI A; 2J2U A; 1JBU H; 4YZU A; 1CHO F; 3A84 A; 2G5N A; 3MNC A; 2HPQ H; 4ABE A; 1O2Q A; 1QJV A; 1HPG A; 5H4I B; 1EAX A; 1GJ7 B; 4BNR A; 1O2H A; 1W2K H; 1KLI H; 5DSF A; 1OKX A; 3GQ9 A; 2A7C A; 1H9I E; 4BAQ B; 4ABB A; 3SGB E; 2AIP A; 1SGR E; 1UMA H; 5C1Y A; 3QZR A; 4ACB A; 2F83 A; 1MQ6 A; 3ZVF A; 3PTB A; 2FX6 A; 2OTV A; 1AWF H; 5CE1 A; 1Y59 T; 2A1D B; 3EDX B; 4B6E A; 1FY3 A; 1O2G H; 1SHY A; 3TJU A; 3BTK E; 1BT7 A; 5EQR A; 5KEC A; 4MNW A; 3TIT A; 1EQ9 A; 3MU4 A; 4NA7 A; 3CS0 A; 4CRF A; 2W3K A; 2CK3 D; 4YO9 A; 4TPI Z; 1Q3X A; 4FUB A; 3RXQ A; 1DDJ A; 1GBH A; 2ZQ2 A; 1GBC A; 1C4Y 2; 1MZA A; 4I8G A; 4Z0K A; 1QRW A; 1ZTK A; 1O3I A; 2UWL A; 2WPM S; 1IQG A; 1GBJ A; 1M9U A; 4PRO A; 4E7R G; 1TQ0 B; 1CVW H; 1GI1 A; 1LM1 A; 2XTY A; 2PR3 A; 4NIY A; 2L74 A; 1LVM A; 3E3T A; 4CH8 B; 7LPR A; 1A46 H; 3MNS A; 2ODP A; 4DVA U; 4JRA C; 5C5O A; 4LOY H; 2GJG A; 1MAX A; 4DT4 A; 1HUT H; 2BMG B; 3MU8 A; 1GCT B; 1A2C H; 5JBT A; 2WSS D; 2BY9 X; 2VVU A; 4ZKN U; 2YMS D; 1BBR H; 3ZSC A; 2GV6 A; 3P17 H; 4OS5 A; 2H9T H; 2NST A; 1TOC B; 1J17 T; 4CRD A; 3GCH C; 3VGC C; 1FN8 A; 1GJB B; 1MTN C; 2VFP A; 1O5F H; 3AW1 A; 1E35 B; 1E36 B; 1G37 A; 4BXS A; 2GD4 B; 1NPM A; 1CE5 A; 3OEH D; 1T8M A; 4D8N A; 2OP9 A; 4JZ1 A; 2QE7 D; 2ZDM A; 2WPL S; 2ANY A; 3RXM A; 2VIQ A; 1C1Q A; 1YF4 A; 2BD7 A; 2D2D A; 2A4O A; 2HPP H; 5BRR E; 4HZH A; 1KMH B; 1D6R A; 1O8M A; 4IN1 A; 3EE7 A; 3ZVB A; 1XKB C; 3PRD A; 1GMC F; 3PTN A; 2FIR H; 4TY7 A; 3SJ8 A; 1P3E A; 1TNI A; 3KQD A; 1HJA B; 2O9Q A; 2ZEB A; 1PQ7 A; 2FOF A; 1N8O B; 2HLC A; 4A92 A; 5C0T A; 4YT7 H; 1UTJ A; 3BEU A; 1AFE H; 1EZU C; 1QJ7 B; 2QGR A; 3AVZ A; 1T32 A; 1E1Q D; 5B6O A; 1HAO H; 2GT7 A; 1FQ3 A; 4INL A; 2BY7 X; 2OC7 A; 4YCQ A; 3SV6 A; 5JYI A; 2PWX A; 2FM2 A; 1TPP A; 1ZML A; 1AGJ A; 2F9N A; 3WY8 A; 1PPF E; 1GJA B; 6GCH F; 1KCC A; 3SV2 H; 1XVM A; 4FET A; 1OP8 A; 1MTS A; 2DUC A; 5GWZ A; 1B0E A; 1LPK B; 4NCY A; 4NZL A; 3MU5 A; 4K60 A; 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1GBB A; 1CGH A; 3E6P H; 1GDQ A; 2BLW A; 2VIO A; 3RXI A; 1ZGI A; 2STB E; 4UEH H; 3SV8 A; 1BZX E; 1CT2 E; 3HKI B; 3ZV9 A; 4XOR A; 2BVR H; 2PW8 H; 7EST E; 8LPR A; 2R2M B; 5CHA B; 1LDT T; 9EST A; 2J97 A; 2ZGH A; 3ML3 A; 2J98 B; 4Q63 A; 5EOK A; 1TX8 A; 2CV3 A; 1UVO A; 2QXI A; 1UW7 A; 4Q7X A; 1HAG E; 4F4O C; 1RTK A; 2QF5 A; 4ISO A; 3STJ A; 5J4Q A; 3GCT F; 1K1L A; 5GCH G; 3KEE A; 1QY6 A; 3TH4 H; 3K65 B; 5A8X A; 1W12 U; 3SJI A; 4DY7 B; 4INK A; 3ZV8 A; 2ZI2 H; 5FCR A; 1WXR A; 1O2Y A; 4EST E; 3MMG A; 2BHG A; 2OBQ A; 1E79 D; 1GCD A; 1V2Q T; 1Y3W A; 2D1J A; 1GI4 A; 2TGT A; 4ZKS U; 2NSP A; 3JX8 A; 2ZFT A; 1UK2 A; 3JUR A; 1G3D A; 2BXU H; 3VMW A; 2RCE A; 3ZZ8 A; 3T5F H; 1IQJ A; 4BXW A; 1N6X A; 4EW9 A; 1C2F A; 2GKV E; 2H6M A; 1J16 A; 4ASU D; 1OHH D; 1KXB A; 2G81 E; 2Y5H A; 2XTX A; 2JJ1 D; 4XL9 A; 4FUE A; 1P11 E; 3PWB A; 2V3H H; 2VBE A; 4FU7 A; 4WH6 A; 1NRP H; 3NCL A; 3F1S B; 4A1V A; 1MTN B; 2DE9 A; 2PKA B; 3NZI A; 4H42 U; 2B7D H; 2BXT H; 1ZRK A; 3U69 H; 3KYF A; 2AH4 X; 1O8E A; 1EP5 A; 3KHV A; 2XT2 A; 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