The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
350
|
sequence length |
975
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structure length |
970
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Chain Sequence |
GTVNNELGYQLFRDFAENKGMFRPGATNIAIYNKQGEFVGTLDKAAMPDFSAVDSEIGVATLINPQYIASVKHNGGYTNVSFGDGENRYNIVDRNNAPSLDFHAPRLDKLVTEVAPTAVTAQGAVAGAYLDKERYPVFYRLGSGTQYIKDSNGQLTKMGGAYSWLTGGTVGSLSSYQNGEMISTSSGLVFDYKLNGAMPIYGEAGDSGSPLFAFDTVQNKWVLVGVLTAGNGAGGRGNNWAVIPLDFIGQKFNEDNDAPVTFRTSEGGALEWSFNSSTGAGALTQGTTTYAMHGQQGNDLNAGKNLIFQGQNGQINLKDSVSQGAGSLTFRDNYTVTTSNGSTWTGAGIVVDNGVSVNWQVNGVKGDNLHKIGEGTLTVQGTGINEGGLKVGDGKVVLNQQADNKGQVQAFSSVNIASGRPTVVLTDERQVNPDTVSWGYRGGTLDVNGNSLTFHQLKAADYGAVLANNVDKRATITLDYGYLFHGQLKGNLNVDNRLPEGVTGALVMDGAADISGTFTQENGRLTLQGHPVIHAYNTQSVADKLAASGDHSVLTQPTSFSQEDWENRSFTFDRLSLKNTDFGLGRNATLNTTIQADNSSVTLGDSRVFIDKNDGQGTAFTLEEGTSVATKDADKSVFNGTVNLDNQSVLNINDIFNGGIQANNSTVNISSDSAVLGNSTLTSTALNLNKGANALASQSFVSDGPVNISDATLSLNSRPDEVSHTLLPVYDYAGSWNLKGDDARLNVGPYSMLSGNINVQDKGTVTLGGEGELSPDLTLQNQMLYSLFNGYRNIWSGSLNAPDATVSMTDTQWSMNGNSTAGNMKLNRTIVGFNGGTSPFTTLTTDNLDAVQSAFVMRTDLNKADKLVINKSATGHDNSIWVNFLKKPSNKDTLDIPLVSAPEATADNLFRASTRVVGFSDVTPILSVRKEDGKKEWVLDGYQVARNDGQGKAAATFMHISYNNFITEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin-binding protease hbp
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
350
|
| structure length |
970
|
| sequence length |
975
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4WH6 A; 5EQR A; 4WF8 A; 3SV7 A; 3M5M A; 4JMY A; 3SU0 A; 4A1T A; 1N1L A; 4B74 A; 1QA1 A; 5EPY A; 5EQS A; 2A4G A; 3SUE A; 4B71 A; 4B73 A; 2GGV B; 1QRB A; 2WZQ A; 4K8B A; 3LOX A; 3O8R A; 4KH3 A; 2F9U A; 4I31 A; 5ESB A; 2OBO A; 2WV9 A; 3KN2 A; 5GJ4 B; 4B6F A; 3PV5 A; 5FPT A; 3M5O A; 3SYJ A; 2IJO B; 3PV2 A; 1TYX A; 2OIN A; 1JXP A; 1RTL A; 3RC6 A; 4I33 A; 3KNX A; 2VBC A; 2XCF A; 2F9V A; 2P59 A; 3RC5 A; 4NWK A; 2XNI A; 3SV8 A; 3EYD A; 2XCN A; 5B6L A; 3KEE A; 3AK5 A; 2VFP A; 3SU1 A; 4B75 A; 2GVF A; 2V5I A; 4A1X A; 1TYU A; 3M5N A; 2VFN A; 3RC4 A; 4WH8 A; 3SU3 A; 3SU4 A; 4B76 A; 1DXW A; 1DY9 A; 2QV1 A; 3O8D A; 1TSP A; 3O8C A; 2O8M A; 2IOU G; 5GPI B; 5EQQ A; 1DXP A; 3TH0 A; 3M5L A; 5H4I B; 2F4L A; 2K1Q A; 3SV9 A; 5T1V A; 1QA3 A; 4A1V A; 5GND A; 3U1I B; 3RIQ A; 1QRC A; 1DY8 A; 1A1R A; 3E90 B; 4I32 A; 3SUD A; 2OC1 A; 1W3C A; 2OK5 A; 4A92 A; 1QA2 A; 4OM9 A; 3SZE A; 3LON A; 1QQ1 A; 4U01 A; 1BT7 A; 3SU6 A; 3SUF A; 2A4Q A; 2VFM A; 5EPN A; 1CLW A; 3P8O A; 2YOL A; 3U1J B; 2FOM B; 3O8B A; 1TYV A; 2A4R A; 2OBQ A; 2FP7 B; 1DAB A; 1RGQ A; 2VFO A; 3H09 A; 3OTP A; 3P8N A; 4KTC A; 2WHX A; 4TYD A; 3SU2 A; 3LKW A; 3SU5 A; 2OC0 A; 1WXR A; 5FPS A; 4B6E A; 2OC8 A; 5IDK A; 4M9F A; 1NS3 A; 3OYP A; 1CU1 A; 2VFQ A; 5FPY A; 2FM2 A; 2IJD 1; 2OC7 A; 3SV6 A; 4RI0 A; 3L6P A; 5ETX A; 3SUG A; 2XC1 A; 1TYW A; 4NWL A; 4R8T B; 3ML3 A; 3KF2 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NY2 2; 2Y7Z A; 3QDZ B; 1V6D A; 2TGP Z; 3RMM H; 4YOJ A; 3BF6 H; 4AOQ A; 1TOC B; 1IQK A; 1P2K A; 2GZ8 A; 6LPR A; 2GGV B; 1KXA A; 1UW7 A; 3PM3 A; 3STJ A; 3P17 H; 3E91 A; 1F0T A; 1TNG A; 5A09 A; 3FZD A; 1XVO A; 2CXV A; 3SJ8 A; 1C5W B; 5L2Z H; 5EW2 H; 1A0H B; 3GCH C; 4Q2K A; 1CGJ E; 1GL0 E; 1TGB A; 3GQA A; 2ZDA H; 4WXI A; 4JK6 A; 2D2D A; 1PYT C; 2FTM A; 2BM4 A; 1MTS A; 4C2L A; 2AER H; 3B4N A; 1O2T A; 1QBV H; 1WTG H; 4FUH A; 4Y76 A; 5JB9 S; 1S84 A; 1TGN A; 3D23 A; 1OFD A; 4Y7A A; 4YEJ A; 1E35 B; 4Z03 A; 2NU4 E; 1YGC H; 1DFP A; 3SO3 A; 4XBD A; 1FY1 A; 4WWY A; 3RC4 A; 1ARB A; 2FX6 A; 4GSO A; 2ZFS A; 3SU3 A; 5C1Y A; 2QE7 D; 4MLF B; 1XUG A; 2H6M A; 2JDI D; 1DDJ A; 2BMG B; 3A8A A; 3RXQ A; 1EAW A; 1K1P A; 4F55 A; 2VIP A; 5PTP A; 1GVL A; 1L1I A; 2YNA A; 3IG6 B; 4ZAE A; 4A1V A; 2RFK C; 1QB1 A; 1BRB E; 7GCH F; 1A1R A; 2PEC A; 3URC A; 1IHT H; 1BTY A; 2BLO A; 3LJO A; 1UJ1 A; 4B1T A; 4DY7 B; 5T3H A; 1DUE A; 1UTL M; 2C4F H; 3JZ2 B; 1GHB F; 1ELG A; 1YCP M; 2A4Q A; 1DE7 H; 1GDQ A; 1TAW A; 2KCO A; 2HNT C; 4YZ0 A; 5DP7 A; 1YWU A; 1O8I A; 1D9I A; 1UK2 A; 1HNE E; 2AFQ B; 2BX3 A; 1K0H A; 2ZA5 A; 1P05 A; 2ANM H; 1DAB A; 3MNS A; 4JZE H; 1IDJ A; 3TIT A; 1PPE E; 1WAY B; 2EWE A; 3KQD A; 4JK5 A; 2BLQ A; 3T25 A; 4VGC C; 2PYH A; 2QYU A; 2ZIQ H; 3HPT B; 2QF5 A; 4KKD A; 3BEF B; 3FVF B; 7EST E; 3BTM E; 1QFK H; 1PPB H; 4TY7 A; 3DSG A; 3RDZ A; 2IPQ X; 3R0F A; 5C0T A; 2A7H A; 2BD2 A; 1TWX B; 3P6Z B; 1ETS H; 3UOU A; 1QRW A; 2ZU2 A; 1RFN A; 4X1S U; 4RI0 A; 1LHE H; 1T31 A; 4KTS A; 4X2Y A; 3RLW H; 1EZQ A; 2ZCL P; 3NPS A; 1GI5 A; 1PPZ A; 1TRY A; 4Y10 E; 2OQU A; 1A2C H; 2ZCK P; 1NBM D; 2GMT C; 4YLQ H; 1O88 A; 1AFQ C; 4I31 A; 1EKB B; 1BTX A; 3RXL A; 3OFN D; 5T6F A; 1FUJ A; 4NIX A; 1PPH E; 3TK9 A; 4LOY H; 1AUJ A; 1LDT T; 2VJ1 A; 3F9E A; 2WYJ A; 3W95 A; 3ZV8 A; 1TYX A; 1BMM H; 2YNB A; 4X6M A; 2ZO3 H; 3KNX A; 3AW1 A; 2PKS B; 1LHC H; 1T8L A; 5B6L A; 1A5G H; 1O3B A; 5F6M A; 1H8I H; 2HGT H; 3SU1 A; 1O33 A; 1CA0 C; 1F5K U; 2GVF A; 2W7Z A; 1V2Q T; 3M5N A; 1EE6 A; 3OEE D; 1O34 A; 1QR3 E; 3HK6 B; 1WUN H; 1GVK B; 2ZCH P; 3HKI B; 4B76 A; 3OEH D; 3U69 H; 2NU2 E; 4JRA C; 2O1D A; 2SNW A; 1TQ0 B; 2K8I A; 5GCH G; 1C1U H; 2KR7 A; 1COW D; 1QCX A; 1MAY A; 4MNY A; 5F53 A; 4NFE A; 3RIQ A; 2W3I A; 4SGB E; 1C4Y 2; 1DVA H; 2J8I A; 3SUD A; 1NFX A; 1TNH A; 1IDK A; 1QL7 A; 4X1R U; 1J8A A; 3ZV9 A; 2Z7F E; 4Q4L A; 4YFO A; 1MH0 A; 5EPN A; 3ODF A; 2DE8 A; 1MD8 A; 3PRO A; 2STB E; 3DU1 X; 3BTK E; 4HTC H; 5EJL A; 1ELC A; 1FIW A; 3BH6 B; 3EDX B; 5SGA E; 1C1M A; 1FPC H; 4JZD H; 3HGN A; 4WVP E; 1O2X A; 1LCY A; 3MO3 A; 1C5M D; 1EJN A; 1W0K D; 4HGC A; 3RXG A; 1WXR A; 2H5D A; 2BD3 A; 3TPI Z; 2PYG A; 3OY6 U; 3BSQ A; 5AFZ H; 5DN6 D; 4YZA A; 1HFD A; 1VCP A; 1JRS A; 1MTN C; 1BJV A; 4YCQ A; 2UUY A; 1X0C A; 1YPJ H; 2NZM A; 1Y5A T; 5C67 A; 2XTW A; 3GY5 A; 2QC2 A; 2VH0 A; 3UPE A; 1DWE H; 1ZMN A; 1ZHM A; 2VFQ A; 1DAN H; 1H8E D; 1SGF G; 1C2H A; 2C3S A; 1EQ9 A; 4NWL A; 2XC4 A; 1LQD B; 4X6P A; 3SV7 A; 2C8W B; 3OAA D; 3M5M A; 3GQ7 A; 1HAV B; 1V2W T; 1PQ5 A; 3EST A; 5FBI A; 4TY6 A; 1LM1 A; 1LPG B; 2Z8G A; 1YPM H; 1TPO A; 1KXD A; 1O3F A; 3GY4 A; 4Z6A H; 3FAN A; 2VBM A; 1BIT A; 1HCG A; 1OWE A; 3AVZ A; 1V2P T; 3T2N A; 1P57 B; 3F9G A; 1TRN A; 1TAL A; 5BPE A; 3A88 A; 2KM0 A; 4ABJ A; 2O8U A; 1MAB B; 1PE9 A; 2X6W A; 1RTK A; 1DLK B; 2ZU5 A; 3SI4 H; 5TJX A; 1YF4 A; 2O8L A; 2ZZU H; 1AIX H; 2HAL A; 2HRV A; 1DS2 E; 3FP6 E; 3UY9 A; 4XOT A; 3EE0 B; 5F03 A; 3RLY H; 2G0Y A; 4IC5 A; 2UWO A; 2VU8 E; 2BVX H; 1QBO A; 1G9I E; 1UTO A; 3TJU A; 2XCN A; 4D7F A; 1S81 A; 2EA3 A; 3KQC A; 2O8T A; 1HBT H; 1MZD A; 4U49 A; 1C5L H; 2BD4 A; 5DP6 A; 2J4I A; 1O3P B; 1O38 A; 4Y79 A; 4TWY A; 2QGR A; 1CA8 B; 1MCT A; 2SGE E; 1KTS B; 1QNJ A; 3E1X B; 1EXF A; 4KTU A; 1S6L A; 1GJA B; 3P70 B; 3RXP A; 1ZMJ A; 5DP3 A; 1A3E H; 2A2X H; 1ZSK A; 3KHV A; 1K28 D; 1MMJ N; 2H9H A; 2H2Z A; 1PPC E; 5C94 A; 1O2I A; 3N7O A; 1BHX B; 4Q7Y A; 1LTO A; 1Q3X A; 2BDH A; 3TJV A; 2ILN A; 1TNL A; 3SNA A; 4ABF A; 1A5I A; 4ASH A; 2PP6 A; 3IWM A; 4BAH B; 2A31 A; 3PMH B; 3EQN A; 3LT3 A; 4OS7 A; 3LMW A; 4ZHA A; 1XKB C; 2W7S A; 2UWP A; 5JBB S; 2O04 A; 1IQN A; 1C5Q A; 1T32 A; 3UFA A; 3G01 A; 4I7Y H; 4B2A A; 2O17 A; 1NHC A; 3SHC H; 3LC3 A; 2G81 E; 3OU0 A; 1O3A A; 2K0Q A; 1D3T B; 1ZJK A; 4ZKN U; 1YM0 A; 1GI0 A; 2IN2 A; 4FUF A; 4M9F A; 2QX3 A; 2BY9 X; 1HAZ B; 2FEQ H; 4FU7 A; 3RXH A; 1BTZ A; 1RS0 A; 1FY8 E; 2JIZ D; 3VPK A; 2NTQ A; 2OC7 A; 1DST A; 1XUK A; 2ZDV H; 5JYI A; 1PQ7 A; 1O2R A; 1KIG H; 1WDI A; 4OJ5 A; 2ZTX A; 1W2K H; 2ANW A; 3KF2 A; 3LGY A; 1WU1 A; 3S0N A; 4FUI A; 3GDV A; 2VBE A; 2VJI A; 1GQ8 A; 5E8E H; 1N6X A; 4WY3 A; 2KAI A; 2UUF B; 3LJY A; 3WWF A; 1EUF A; 1TLD A; 3PWC A; 3LOX A; 3V7T A; 3T9G A; 1O3N A; 1GBA A; 4UEH H; 1T8O A; 4DCD A; 1XUF A; 4MNW A; 4XKW A; 3HAT H; 1QA0 A; 1S6H A; 2VIW A; 2QXZ A; 4W8Q A; 2FOB A; 2IJO B; 3MO9 A; 1BA8 B; 1CHO F; 3PV2 A; 1SGY E; 4XBC A; 1VCQ A; 2ZGC A; 2F9P A; 2GZ9 A; 4UFF H; 1C5O H; 2VBC A; 3P92 A; 3BTG E; 1MU6 B; 1QUR H; 1MTW A; 4B2B A; 3PSZ A; 3D49 H; 1V3X A; 1AVX A; 4GVU A; 3EYD A; 1P0S H; 1SGT A; 3NKK A; 4HG6 A; 2HNT E; 2BB4 A; 1TYU A; 1BTP A; 4MXN A; 1V2U T; 3C27 B; 5HIZ A; 3SJK A; 3R3G B; 5ABW A; 2O9Q A; 2BDA A; 3UQO A; 2RA0 A; 4TWW A; 1MD7 A; 2GD4 B; 2QV1 A; 1TA2 A; 1FJS A; 1S85 A; 4NZL A; 2B0R A; 4ZKS U; 1GHZ A; 1RTF B; 4UE7 H; 2ZEC A; 1YKT A; 4GUX A; 1YPK H; 1AUT C; 1DY8 A; 1O2Y A; 4NA9 H; 3MTY A; 4OJ6 A; 1S83 A; 1K4Z A; 4HWV A; 3RXC A; 2QZA A; 2PUX B; 5E2O A; 1Z8R A; 2LP6 A; 3CS7 A; 2VBK A; 1XX9 A; 4CH2 B; 1CLW A; 1IAU A; 4THN H; 1BRA A; 3N7E A; 4FXG H; 4LZ4 B; 4IBL H; 3RMN H; 1L1J A; 1KTW A; 2HPQ H; 4XBB A; 4AFU A; 2GCH G; 2GDD A; 2Y80 A; 1O2P A; 1P01 A; 1FPH H; 1K1M A; 1UTP A; 3PTB A; 5LPE A; 3QGJ A; 4K1E A; 3TK5 A; 4XSK U; 5FL7 D; 3HK3 B; 1GL1 A; 1GHW H; 1SL3 A; 1DUA A; 3DFL A; 1LKA A; 2R9P A; 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4HI3 A; 1K1J A; 1OYT H; 2KCA A; 3URE A; 1YPH C; 4OS1 A; 1QA3 A; 1UVP A; 1JTA A; 2A45 B; 4WXV A; 1W7G H; 4I32 A; 3RXO A; 3RXU A; 1ZYO A; 3SZE A; 4ABB A; 1LKB A; 1O2L A; 1O8E A; 1QQ1 A; 1G3E A; 3F68 H; 3ZZ6 A; 4X2X A; 4BTU B; 3MYW A; 1P09 A; 2FYQ A; 1BBR H; 1AB9 B; 2Z3C A; 3V13 A; 2QXG A; 3UNS A; 3O8B A; 1L1N A; 3L3T A; 5CDF E; 4RN6 A; 3RXB A; 4EST E; 1ANE A; 3LIW A; 3BTD E; 4RSP A; 1LLW A; 3H09 A; 3KL6 A; 5A0A E; 1W0J D; 4X1N U; 3A82 A; 3RU4 D; 1JOU B; 2Y81 A; 3E8L A; 1DIT H; 2H1U A; 1LQE A; 3BEU A; 1HJ9 A; 2XBW A; 3A7X A; 4AZ2 B; 1C4U 2; 1WQS A; 1GBC A; 3DCL A; 2P95 A; 1Z6J H; 1FY5 A; 2ZQ2 A; 4Y7B A; 1V2V T; 4UFG H; 1E37 B; 3EA8 A; 1ZPZ A; 1WSS H; 1CBW B; 3SU0 A; 2HVX A; 1Y3W A; 1N1L A; 5AF9 H; 4GCH G; 3A7V A; 2G52 A; 1LPZ B; 1TGS Z; 4B73 A; 2BVR H; 2UVE A; 1E1R D; 1E34 B; 2WZQ A; 3A86 A; 1W0Z U; 1EJM A; 1AZZ A; 2B8O H; 2J94 A; 1JBU H; 4B6F A; 4O97 A; 3VB3 A; 2JKH A; 2QCY A; 3GY2 A; 1AU8 A; 1IQE A; 3A8B A; 3SUC A; 1O2S A; 5C5O A; 2O6W A; 3VXF H; 4YDT A; 4INH A; 3BTW E; 3RC6 A; 4RKO B; 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