The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
350
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sequence length |
975
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structure length |
970
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Chain Sequence |
GTVNNELGYQLFRDFAENKGMFRPGATNIAIYNKQGEFVGTLDKAAMPDFSAVDSEIGVATLINPQYIASVKHNGGYTNVSFGDGENRYNIVDRNNAPSLDFHAPRLDKLVTEVAPTAVTAQGAVAGAYLDKERYPVFYRLGSGTQYIKDSNGQLTKMGGAYSWLTGGTVGSLSSYQNGEMISTSSGLVFDYKLNGAMPIYGEAGDSGSPLFAFDTVQNKWVLVGVLTAGNGAGGRGNNWAVIPLDFIGQKFNEDNDAPVTFRTSEGGALEWSFNSSTGAGALTQGTTTYAMHGQQGNDLNAGKNLIFQGQNGQINLKDSVSQGAGSLTFRDNYTVTTSNGSTWTGAGIVVDNGVSVNWQVNGVKGDNLHKIGEGTLTVQGTGINEGGLKVGDGKVVLNQQADNKGQVQAFSSVNIASGRPTVVLTDERQVNPDTVSWGYRGGTLDVNGNSLTFHQLKAADYGAVLANNVDKRATITLDYGYLFHGQLKGNLNVDNRLPEGVTGALVMDGAADISGTFTQENGRLTLQGHPVIHAYNTQSVADKLAASGDHSVLTQPTSFSQEDWENRSFTFDRLSLKNTDFGLGRNATLNTTIQADNSSVTLGDSRVFIDKNDGQGTAFTLEEGTSVATKDADKSVFNGTVNLDNQSVLNINDIFNGGIQANNSTVNISSDSAVLGNSTLTSTALNLNKGANALASQSFVSDGPVNISDATLSLNSRPDEVSHTLLPVYDYAGSWNLKGDDARLNVGPYSMLSGNINVQDKGTVTLGGEGELSPDLTLQNQMLYSLFNGYRNIWSGSLNAPDATVSMTDTQWSMNGNSTAGNMKLNRTIVGFNGGTSPFTTLTTDNLDAVQSAFVMRTDLNKADKLVINKSATGHDNSIWVNFLKKPSNKDTLDIPLVSAPEATADNLFRASTRVVGFSDVTPILSVRKEDGKKEWVLDGYQVARNDGQGKAAATFMHISYNNFITEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Role of domains within the autotransporter Hbp/Tsh
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hemoglobin-binding protease hbp
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
350
|
| structure length |
970
|
| sequence length |
975
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2010-07-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WXR A; 3SYJ A; 3TH0 A; 2WHX A; 3SV6 A; 3OTP A; 3SUF A; 4A92 A; 2QV1 A; 1QA2 A; 1QA1 A; 4B76 A; 3P8O A; 2F9U A; 3M5N A; 5FPS A; 5ESB A; 4B74 A; 5GJ4 B; 2IJD 1; 5EQR A; 4WF8 A; 3M5L A; 4KTC A; 3KNX A; 4B75 A; 4NWK A; 4OM9 A; 2GVF A; 1QRB A; 1QRC A; 4KH3 A; 1JXP A; 3SU5 A; 4RI0 A; 2OC0 A; 4NWL A; 3RC5 A; 2OC7 A; 3LOX A; 2A4Q A; 3RC4 A; 4A1T A; 5GPI B; 3E90 B; 2VFQ A; 2OBQ A; 5IDK A; 3AK5 A; 4M9F A; 4B6E A; 1N1L A; 3RC6 A; 4JMY A; 3SU2 A; 2P59 A; 4I32 A; 1CLW A; 3SZE A; 5T1V A; 2O8M A; 2A4G A; 2XCF A; 3U1J B; 2A4R A; 5ETX A; 3SV7 A; 3LON A; 2F4L A; 4WH6 A; 3PV2 A; 5H4I B; 1DY8 A; 3SUE A; 3LKW A; 3O8B A; 2VBC A; 4U01 A; 4TYD A; 5FPY A; 2OIN A; 3KEE A; 5EQS A; 3SU0 A; 2YOL A; 3EYD A; 5EPY A; 3ML3 A; 2VFP A; 5EQQ A; 3SU1 A; 2VFN A; 2VFO A; 1TYU A; 2IOU G; 2GGV B; 4I31 A; 2OC8 A; 3U1I B; 3O8D A; 3O8C A; 1DY9 A; 2FOM B; 2OC1 A; 5EPN A; 1QA3 A; 1W3C A; 2OK5 A; 1TYV A; 3SUD A; 5FPT A; 4A1X A; 2F9V A; 1TYW A; 3SU4 A; 4B73 A; 1BT7 A; 2XC1 A; 1RGQ A; 3SV8 A; 2VFM A; 2K1Q A; 3PV5 A; 1TSP A; 3SUG A; 3SU6 A; 2V5I A; 2WV9 A; 3SU3 A; 3KN2 A; 3L6P A; 3OYP A; 5GND A; 3O8R A; 1DAB A; 2XCN A; 4WH8 A; 1RTL A; 3P8N A; 2XNI A; 3SV9 A; 3RIQ A; 4B71 A; 4I33 A; 3KF2 A; 1DXP A; 4K8B A; 1A1R A; 1CU1 A; 3H09 A; 3M5O A; 2FP7 B; 5B6L A; 2OBO A; 4R8T B; 1DXW A; 4A1V A; 1NS3 A; 1TYX A; 2IJO B; 2FM2 A; 3M5M A; 4B6F A; 2WZQ A; 1QQ1 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5E2P A; 1LVB A; 1A4W H; 2R0L A; 2XC0 A; 3PWB A; 3MH7 A; 1E36 B; 4CRE A; 1SR5 C; 4YXW D; 3VB4 A; 3F2F A; 3QTV H; 4YZ0 A; 4WF8 A; 1WTH D; 4CH2 B; 3M5L A; 4Y79 A; 2J2U A; 1KCC A; 1TB6 H; 2ZGB H; 1K21 H; 1TPS A; 5EW2 H; 4MR0 A; 1O5C B; 3BTE E; 1TNI A; 4X2X A; 3A80 A; 3MHW U; 4YTA A; 2OC0 A; 1DUE A; 1CA0 B; 1SGR E; 1VGC B; 1DT2 A; 2SGF E; 2ZEC A; 2VIQ A; 3GY3 A; 1HCG A; 1W10 U; 1OXG A; 2BLW A; 1X7A C; 4ISN A; 1YP9 A; 5T1V A; 3PET A; 1MTU A; 4FU9 A; 3DA9 B; 1C2L A; 1QUR H; 1W7G H; 2ZFR H; 1C5O H; 1Z8G A; 1MD7 A; 2Z9I A; 1EP5 A; 2QA9 E; 3BTG E; 4PMH A; 5EIY A; 3SUE A; 3ZZ9 A; 2O1D A; 3IWM A; 2BVS H; 1NBM E; 2R0K A; 5FX6 A; 1ETS H; 3TVJ B; 3B8J A; 4Y71 A; 8EST E; 2XOK D; 4NFE A; 1GGD C; 2C3S A; 3OU0 A; 3IIT A; 4TSF D; 5DJ7 A; 1L4D A; 1W0K D; 1O8D A; 3NZI A; 4Y76 A; 5AFY H; 1P2K A; 2NU4 E; 1TYU A; 2X6W A; 5GXP A; 1LPZ B; 3VST A; 1P2I A; 4NSY A; 1BMA A; 1SKY E; 2ZDA H; 2GJG A; 1AKS A; 2FOB A; 1C5R A; 4NK6 A; 2NTB A; 1K8F A; 1C5Q A; 1A7S A; 1ZML A; 3HAT H; 4Q63 A; 1TYW A; 1OWD A; 5C94 A; 1GJA B; 1UO6 A; 1HNE E; 1XKB C; 2ZGH A; 1SFQ B; 3GDS A; 1GVZ A; 1ELF A; 1XUG A; 2VFM A; 2FOC A; 3SNC A; 1CGJ E; 1EE6 A; 2Y80 A; 4FUI A; 4OJP A; 3BTH E; 1TA2 A; 3L6P A; 3T25 A; 1ANC A; 1AUJ A; 1BMM H; 4U2W A; 3D23 A; 2XNI A; 1Z7K A; 2Q6D A; 3NUM A; 3SV9 A; 1C2M A; 5DP9 A; 1TQ7 B; 2NTQ A; 1C2G A; 1TNJ A; 5K0H A; 1DPO A; 4YOI A; 1AD8 H; 1HYL A; 4AB9 A; 1T8L A; 3KRG A; 2BSP A; 1P09 A; 3A86 A; 3RM0 H; 1TE0 A; 3WWB A; 3TH4 H; 3U98 H; 1HAV A; 1E79 D; 1TOM H; 1IQF A; 2PKS C; 2XTY A; 1OFE A; 1EXF A; 1O0D H; 4BNR A; 1MBQ A; 3ZVD A; 1F7Z A; 1G3E A; 1S0Q A; 3EQN A; 1TIO A; 2QXI A; 4XLF A; 1LCY A; 1BQY A; 5EQR A; 4XOJ A; 3UWJ H; 1EPT A; 2ZTY A; 1FDP A; 4XL9 A; 2FO9 A; 1IQG A; 1O3B A; 2ANW A; 2SGD E; 3N7D A; 2GZ8 A; 2OLG A; 1DSU A; 1MKW K; 2FTM A; 1GI6 A; 1CGH A; 2B0R A; 1QQ4 A; 3PSZ A; 4GCH G; 1B5G H; 4RT0 A; 3RC5 A; 2BM6 A; 1QCP A; 2OC7 A; 3BF6 H; 1BMN H; 5GPI B; 4BXS A; 1PPZ A; 1AU8 A; 3FKS D; 4DT7 B; 4GVU A; 1G3D A; 1Y8T A; 3DSP A; 2OTV A; 3M3V A; 1TPO A; 1LHC H; 1QY6 A; 1UCY H; 4NIV A; 5JBB S; 2V0B A; 7GCH G; 4F55 A; 5C5O A; 1XG2 A; 2QY0 B; 4YOG A; 2ZDN A; 2J4I A; 1O8J A; 1DS2 E; 1AMH A; 1QBO A; 4DJZ B; 3EA9 A; 2HVY B; 5FL7 D; 2Q1J A; 4WMD A; 1UK3 A; 1EJA A; 1WTG H; 3MH4 A; 1XXD A; 4ZUH A; 1P02 A; 3LJY A; 4YOJ A; 1UVS H; 2GX4 A; 1AIX H; 2ZCL P; 1TX7 A; 1C2J A; 2CJI A; 3U8O H; 4X1N U; 1BN8 A; 2IOU G; 1VCW A; 2A32 A; 1PJP A; 1KLI H; 1SOZ A; 1DY9 A; 1NHC A; 5L30 H; 1W0J D; 2OK5 A; 1GBM A; 1HBT H; 1O3D A; 2AGE X; 2TGP Z; 3FZD A; 1OWE A; 1O2I A; 1OWJ A; 2GT7 A; 3A7Z A; 1F0S A; 1EUF A; 2H9H A; 1ZGI A; 3D65 E; 4NZL A; 4OGX A; 2VVC A; 1L2E A; 1PPB H; 1MKX H; 3SV8 A; 1P03 A; 2Z3E A; 3PV5 A; 1TSP A; 1FIZ A; 3S7H B; 3RXS A; 1TYN A; 1VIT H; 2W7U A; 4Q80 A; 3RXM A; 4NA9 H; 2ZU3 A; 2DUC A; 3UPE A; 1RTL A; 1J17 T; 1FAK H; 3G01 A; 1FY8 E; 2CHA C; 4AFS A; 1YLN A; 1W0Y H; 3OY5 U; 2TBS A; 3Q76 A; 2BVR H; 3RLY H; 4AFQ A; 4KP0 A; 4HFP B; 1XUK A; 4XE4 A; 1EZQ A; 5IK2 D; 2THF B; 2OBO A; 2V6N A; 5E0G A; 3GQ7 A; 1GI8 B; 1MCV A; 1OKX A; 3E3T A; 3L33 A; 2Y7X A; 3RXB A; 4HWV A; 1KY9 A; 3LIW A; 3PMB B; 3GYM A; 3MU4 A; 4YEI A; 1MH0 A; 4OJO A; 1FIW A; 2ZO3 H; 2ZGC A; 3I78 A; 4RT1 A; 2SNW A; 1RIW C; 3F68 H; 1ABI H; 3BG8 A; 2BX4 A; 4JYU H; 1QB6 A; 4TPY A; 1O8M A; 3BTD E; 4JZI A; 1D3P B; 1WUN H; 1V2N T; 4XKV A; 1EJM A; 3BTK E; 4Q7Z A; 2A5I A; 1VIT G; 1TAW A; 3T62 A; 3BN9 A; 1BTW A; 2Z6B D; 5EU8 A; 1MBM A; 2O8W A; 4KH3 A; 2B8O H; 3LH3 A; 1QJ7 B; 5DPA A; 3NB2 A; 1GMD F; 2PFE A; 1INC A; 2ODQ A; 1ELA A; 3M7Q A; 3LMW A; 3ZZ6 A; 2EWE A; 3LC5 A; 3RC4 A; 3RXI A; 1TGC A; 2ODP A; 2VH6 A; 4D9R A; 3E90 B; 1SHY A; 4H6T A; 2C4F H; 1YWU A; 1GBT A; 2IOT A; 1RU4 A; 1GBH A; 1WSS H; 5JB9 S; 3WWG A; 1KDQ A; 3STI A; 2XYA A; 3SGB E; 4W8R A; 2GV6 A; 1GCT B; 1GJ9 B; 1WBG B; 3GDU A; 4B2A A; 1G3C A; 2JH6 D; 2Z94 A; 1DX5 M; 1GVL A; 5E0H A; 1DBG A; 1S82 A; 3HKI B; 3SJO A; 4YZX A; 1QA7 A; 5EPY A; 3GIS B; 4AOQ A; 4XOP A; 1SGI B; 1GJB B; 3TNT A; 4KGA A; 4TPI Z; 3SU1 A; 2O0V A; 4JZD H; 2G8T A; 1C2I A; 2TRM A; 1GI5 A; 4YCQ A; 1G30 B; 1KSN A; 3ZVB A; 2JET B; 2BY8 X; 2KX4 A; 2F83 A; 4YM9 A; 2PTC E; 1WOF A; 1O2U A; 3GIC B; 2G4U A; 2O0W A; 3DFJ A; 6CHA B; 1DWC H; 2PR3 A; 2UWP A; 3SUG A; 1FY4 A; 1O8H A; 2WV9 A; 2V3H H; 1D3T B; 1OOC A; 2BLQ A; 4QT8 C; 3ZZB A; 1C2H A; 1P01 A; 5EGM A; 1THP B; 1PFX C; 3LGW A; 4XBB A; 1ZTL A; 3VMV A; 2FYR A; 1Z6E A; 2XCN A; 4INH A; 3RMN H; 4INK A; 4FUB A; 1O3O A; 4K5Z A; 3VG8 A; 1S83 A; 1LM1 A; 2O17 A; 2ALP A; 3IG6 B; 2ZFP H; 3WWF A; 1GBJ A; 3A8C A; 2H2Z A; 2B9L A; 2D1J A; 1Q31 A; 1NTP A; 1AVW A; 1S85 A; 3V12 A; 5B6L A; 2CXV A; 2A2Q H; 1IQK A; 5JPM H; 1RD3 B; 1GHY H; 1O3E A; 3SBK A; 1GHB F; 1O3M A; 1YPE H; 1SLX B; 1C5U A; 2W5E A; 3UNQ A; 2W3K A; 4H4F A; 5AF9 H; 1OGM X; 1S0R A; 5J4Q A; 4ACB A; 1DWE H; 1VCQ A; 4B1T A; 2QXG A; 1S6F A; 1KLJ H; 3W94 A; 1LVY A; 1ELG A; 1YCP K; 2TIO A; 4F48 B; 1AND A; 2QF4 A; 3TPI Z; 3VGC B; 1AFQ C; 1MTN B; 1UTN A; 4IBL H; 5ESB A; 5EXL A; 1O88 A; 2RDL A; 2A7H A; 3H7T A; 2P93 A; 1ZJD A; 1W2K H; 5EOK A; 5DN6 D; 4KTC A; 2AYW A; 2TGT A; 2RG3 A; 2QZA A; 2AER H; 3S0N A; 4XM3 A; 2CMY A; 4OS5 A; 2BY9 X; 3FFG A; 4LOY H; 1S6L A; 1V2S T; 4WME A; 2Y7Z A; 3KL6 A; 1OOK B; 2K0Q A; 3A7Y A; 1CGI E; 3ZYE A; 2F3C E; 4HGC A; 3RMO H; 1YPL H; 5T3H A; 3PV4 A; 1TNH A; 4IW4 E; 2QYI A; 1EAU A; 5J4S A; 3LC3 A; 1IA5 A; 2G55 A; 1OX1 A; 1GHA G; 3A8B A; 1C5S A; 3F2G A; 3PWC A; 3PMA B; 1TPP A; 4YES B; 4CRA A; 2VVV A; 4BAH B; 4U01 A; 3SO3 A; 2G4T A; 1GL1 A; 3MU8 A; 4X8V H; 3TH3 H; 2FX4 A; 4LXB H; 1SC8 U; 3KCG H; 4HG6 A; 3GY7 A; 1D3Q B; 1LHE H; 4GSO A; 3U28 C; 3GCH B; 2SGP E; 1UTL M; 1P0S H; 4X8U H; 4J2Y B; 2FTL E; 2CGA A; 1SQR A; 1XVM A; 1W3C A; 1FMG A; 5CHA C; 3UFA A; 1AE5 A; 3T26 A; 1BB0 B; 1KCD A; 3M61 U; 1HAG E; 5LGO A; 1AHT H; 1FUJ A; 4OS1 A; 3TU7 H; 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1V2K T; 2C8Y B; 1P2J A; 2VBC A; 3LJJ A; 5IYT A; 3JUR A; 2LNC A; 1O3J A; 1QZ8 A; 1H1B A; 2ZQ2 A; 1RS0 A; 1UTQ A; 3PTB A; 2BDI A; 1Y3X A; 2J5U A; 2PHB A; 3RXA A; 3BH7 B; 4E7N A; 3VXE H; 4ISH H; 3M37 A; 2X85 A; 1AB9 B; 4IC6 A; 4KTS A; 3A7T A; 4ISL A; 4Y0Y E; 3URC A; 1TYV A; 2F9O A; 2BMG B; 3BV9 B; 1GHV H; 1GHB G; 1XX9 A; 1AVX A; 1YLD A; 1K1O A; 3UB0 A; 2D26 C; 2UUF B; 2FMJ A; 2J98 A; 4NA8 A; 3WW7 A; 1IOE A; 3VPK A; 1RFN A; 1LQE A; 3UOP A; 1MU6 B; 3UY9 A; 2A7C A; 2ZU4 A; 1HV7 A; 3QUM P; 2VWO A; 4O03 A; 5SGA E; 3BG4 B; 2O9Q A; 4XLA A; 3F0P A; 1GBA A; 1T4V H; 2BXU H; 2GV7 A; 1UCY K; 1NRO H; 2FEQ H; 4FUD A; 1YCP H; 2JKH A; 2PV9 B; 2FOD A; 3GS9 A; 1C1W H; 1CHG A; 4ACA A; 2W7S A; 2PKA A; 5A8Y A; 1A1R A; 5AMV A; 2VWN A; 2EEK A; 7GCH F; 3SQV A; 3PLB A; 1MZD A; 1DLE A; 3ELA H; 2ZI2 H; 1BCU H; 3UNR A; 2WZQ A; 4XR6 A; 1CT0 E; 1ZLR A; 1C1P A; 2XC5 A; 2NT9 A; 4C2L A; 3RP2 A; 3DSO A; 3ATW A; 1K1L A; 1CHO G; 3M5N A; 4YZU A; 1BHX F; 4NK8 A; 5A0A E; 2FOF A; 2M2A A; 4KTU A; 5JBT A; 3CNR A; 1C4Y 2; 2H9E H; 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