The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
343
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sequence length |
968
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structure length |
943
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Chain Sequence |
SQMDISNFYIRDYMDFAQNKGIFQAGATNIEIVKKDGSTLKLPEVPFPDFSPVANKGSTTSIGGAYSITATHNTKNHHSVATQNWGNSTYKQTDWNTSHPDFAVSRLDKFVVETRGATEGADISLSKQQALERYGVNYKGEKKLIAFRAGSGVVSVKKNGRITPFNEVSYKPEMLNGSFVHIDDWSGWLILTNNQFDEFNNIASQGDAGSALFVYDNQKKKWVVAGTVWGIYNYANGKNHAAYSKWNQTTIDNLKNKYSYNVDMSGAQVATIENGKLTGTGSDTTDIKNKDLIFTGGGDILLKSSFDNGAGGLVFNDKKTYRVNGDDFTFKGAGVDTRNGSTVEWNIRYDNKDNLHKIGDGTLDVRKTQNTNLKTGEGLVILGAEKTFNNIYITSGDGTVRLNAENALSGGEYNGIFFAKNGGTLDLNGYNQSFNKIAATDSGAVITNTSTKKSILSLNNTADYIYHGNINGNLDVLQHHETKKENRRLILDGGVDTTNDISLRNTQLSMQGHATEHAIYRDGAFSDYVAGMQNTEADAVKQNGNAYKTNNAVSDLSQPDWETGTFRFGTLHLENSDFSVGRNANVIGDIQASKSNITIGDTTAYIDLHAGKNITGDGFGFRQNIVRGNSQGETLFTGGITAEDSTIVIKDKAKALFSNYVYLLNTKATIENGADVTTQSGMFSTSDISISGNLSMTGNPDKDNKFEPSIYLNDASYLLTDDSARLVAKNKASVVGDIHSTKSASIMFGHDESDLSQLSDRTSKGLALGLLGGFDVSYRGSVNAPSASATMNNTWWQLTGDSALKTLKSTNSMVYFTDSANNKKFHTLTVDELATSNSAYAMRTNLSESDKLEVKKHLSGENNILLVDFLQKPTPEKQLNIELVSAPKDTNENVFKASKQTIGFSDVTPVITTRETDDKITWSLTGYNTVASVDYKAFLNEVN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of the Passenger Domain of the Escherichia coli Autotransporter EspP.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Escherichia coli o157:h7
|
| molecule keywords |
Serine protease espP
|
| total genus |
343
|
| structure length |
943
|
| sequence length |
968
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.21.-: |
| pdb deposition date | 2011-07-18 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | Thrombin, subunit H | ||
| Mainly Beta | 3 Solenoid | Pectate Lyase C-like | Pectate Lyase C-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4A92 A; 1CU1 A; 3KN2 A; 1RGQ A; 1QQ1 A; 3SU6 A; 1BT7 A; 1W3C A; 1DY9 A; 1TYV A; 3SU3 A; 4B73 A; 5ESB A; 3SZE A; 4KH3 A; 1CLW A; 4U01 A; 4I31 A; 3SV9 A; 1TYW A; 2OBQ A; 2OBO A; 5EQQ A; 4A1X A; 4B74 A; 2K1Q A; 4RI0 A; 2A4G A; 3SU1 A; 2WZQ A; 5GPI B; 2VFM A; 3PV2 A; 2IOU G; 4I33 A; 2F4L A; 3KF2 A; 3E90 B; 3U1I B; 4WH8 A; 3KNX A; 3OTP A; 3U1J B; 5FPY A; 2OC0 A; 3SU4 A; 4A1T A; 3RC5 A; 1TSP A; 1QA1 A; 2VBC A; 5EQS A; 3ML3 A; 5EQR A; 3P8N A; 3SUG A; 1QRC A; 2VFN A; 2YOL A; 3SU0 A; 3AK5 A; 2VFO A; 4M9F A; 5FPS A; 2GVF A; 4WF8 A; 4OM9 A; 5B6L A; 1DY8 A; 3RC4 A; 1QA2 A; 3PV5 A; 2V5I A; 2IJD 1; 4NWK A; 2F9U A; 3SUF A; 2OC8 A; 3SUD A; 5GND A; 3RC6 A; 1QA3 A; 5T1V A; 4JMY A; 1WXR A; 3SU2 A; 3EYD A; 3RIQ A; 2P59 A; 3O8C A; 1N1L A; 2IJO B; 2QV1 A; 2OC7 A; 2FM2 A; 3SV7 A; 2XCF A; 3O8B A; 1QRB A; 1NS3 A; 2A4R A; 3OYP A; 2FOM B; 4B6E A; 1DAB A; 3LON A; 2OC1 A; 2OK5 A; 4R8T B; 1A1R A; 5EPY A; 3SYJ A; 2XC1 A; 1RTL A; 2XNI A; 3M5M A; 2WV9 A; 2VFP A; 1JXP A; 2F9V A; 5IDK A; 3SV6 A; 5FPT A; 2XCN A; 3O8R A; 4WH6 A; 3SU5 A; 1DXP A; 3SV8 A; 4NWL A; 3LOX A; 2A4Q A; 5GJ4 B; 4TYD A; 3TH0 A; 3M5O A; 3KEE A; 4B75 A; 3P8O A; 4K8B A; 1TYX A; 3LKW A; 3L6P A; 1TYU A; 4B76 A; 2OIN A; 4A1V A; 4I32 A; 4KTC A; 3H09 A; 3M5N A; 2VFQ A; 4B71 A; 2O8M A; 2FP7 B; 3SUE A; 5ETX A; 5EPN A; 3M5L A; 2WHX A; 1DXW A; 2GGV B; 5H4I B; 3O8D A; 4B6F A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4A92 A; 2H6M A; 2BB4 A; 4ZH8 A; 1CHG A; 4MPU A; 3T5F H; 2ANW A; 1OWH A; 1MAB B; 5AFY H; 2JET B; 1GQ8 A; 1C5V A; 4YOG A; 1DST A; 4B73 A; 2H9E H; 1P04 A; 1G3D A; 1V2T T; 3BF6 H; 1P03 A; 1SPJ A; 1AVG H; 3MO6 A; 4X8U H; 1LHF H; 4I31 A; 1MAY A; 1SC8 U; 1Z8I B; 4Y0Z E; 3PTN A; 1H9H E; 1EJA A; 1BRB E; 3WW7 A; 3FP8 E; 1Z7K A; 3FVF B; 1Z8R A; 1AKS A; 1HG8 A; 1CBW C; 1XXF A; 1TOC B; 4MPV A; 1O2P A; 1LO6 A; 1T8O A; 9EST A; 4CRA A; 1H4W A; 5JPM H; 5EJZ A; 3FKS D; 4A1T A; 2BM6 A; 4IMZ A; 1P01 A; 5E2P A; 1RFN A; 4CBO A; 2KCO A; 3BH6 B; 3SU0 A; 1EST A; 2OTV A; 1GL0 E; 2GJG A; 2Z3E A; 1S0Q A; 5L6N H; 3S9C A; 2GX4 A; 1TYN A; 3BTD E; 2J34 A; 3VB3 A; 4OS1 A; 3V12 A; 1BA8 B; 3BTT E; 1LKA A; 1G2L A; 2ODY B; 1GJ9 B; 1VCW A; 2RA0 A; 3A7T A; 4XBC A; 2AMP A; 1ZJD A; 2NU4 E; 4I84 A; 3NCL A; 1D3Q B; 2XWB I; 2ZF0 H; 4ZHA A; 1AND A; 3RIQ A; 1A61 H; 1P12 E; 4ZMA H; 1Z8J B; 3UNQ A; 1C2D A; 3FP6 E; 2R2W U; 4NA8 A; 1AGJ A; 1HGT H; 1V2P T; 1ZYO A; 2PP6 A; 2HLD D; 2AMD A; 2Y81 A; 3P8F A; 1C2E A; 4WMD A; 3EA7 A; 1KLJ H; 2JIZ D; 4R8T B; 2BVX H; 5EPY A; 3SJO A; 1GI3 A; 4AG1 A; 2YNA A; 3CNR A; 3M5M A; 4F55 A; 5L30 H; 4INK A; 1MKW K; 1OP2 A; 2F91 A; 2WIN I; 1HXE H; 2TIO A; 5KGO A; 1T32 A; 2RDE A; 2XRC A; 2OD3 B; 2NT9 A; 1TGT A; 1FNI A; 6LPR A; 2VJI A; 1AWF H; 1PPC E; 1SLW B; 3MI4 A; 1TYX A; 2OLG A; 2O17 A; 3EQO A; 1Y3X A; 1YGC H; 4B76 A; 4ISI H; 1SGD E; 3A89 A; 1LM1 A; 2BOH B; 3QWC H; 1NTP A; 3PSS A; 1COW D; 1KIG H; 1O33 A; 5PTP A; 2BVR H; 2TRM A; 3TNS A; 3M37 A; 2LPR A; 2BM5 A; 2NTP A; 2STA E; 5HKK D; 1H80 A; 1QCX A; 4KKD A; 2AS9 A; 1SGY E; 4I7Y H; 1O2W A; 2G55 A; 2O8T A; 2ZPS A; 1GI5 A; 1O0D H; 3IG6 B; 2FOC A; 1O3A A; 2Y82 A; 2A45 B; 1O5F H; 1NC6 A; 1TNI A; 3LIW A; 4MNW A; 4GCH G; 2J8K A; 1GG6 C; 2ZPQ A; 2F83 A; 1F5L A; 1T4U H; 1BJV A; 1C5U A; 1FDP A; 1C1N A; 4BXS A; 2VFM A; 3AAS A; 2PKA B; 1C5T A; 3KQD A; 2Y5F A; 4K3J A; 3DD2 H; 2WPL S; 1O2H A; 4JZD H; 1T8L A; 3ZPP A; 3RC5 A; 2EC9 H; 1LHE H; 1DLK B; 1SLU B; 1HIA B; 1TGB A; 4ZRO A; 5L2Z H; 2J94 A; 2EA3 A; 1UVS H; 5EST E; 4OM9 A; 1EAX A; 1G9I E; 1BMN H; 1MKX K; 2FIR H; 2FOB A; 4XOJ A; 1GVZ A; 2XC4 A; 3P95 A; 1GBT A; 4W8Q A; 3GCH B; 2IJD 1; 5LPR A; 1GI4 A; 1O3K A; 2ZDA H; 4GSO A; 1GI7 B; 5C2Z A; 4ZCN A; 1A5G H; 1EOJ A; 4J1Y A; 4XE4 A; 4YXW D; 3QGJ A; 5A8X A; 5I46 H; 2SGF E; 4P00 A; 4TY7 A; 4F49 A; 1SGF A; 3EYD A; 4K8Y A; 1KTT B; 1YCP K; 1TBR H; 5JB8 S; 1ZTJ A; 1LHD H; 2IOT A; 3TJO A; 7GCH G; 1YYY 1; 3H7T A; 1MKW H; 5GXP A; 2VIQ A; 1D6R A; 3SV7 A; 4JZE H; 1W7G H; 2H5D A; 4BAQ B; 2A4R A; 2ANM H; 2OQ5 A; 3PYH A; 3ZZD A; 2YMS D; 3ZSC A; 3ZZ8 A; 1YY3 A; 3GY3 A; 3UWJ H; 1GI0 A; 2EI7 A; 1BBR E; 2ODQ A; 2QY0 B; 3NK8 A; 4F4O C; 2QF0 A; 2A4O A; 1C4Y 2; 8GCH F; 4CRC A; 1T8M A; 2KCA A; 2SGA A; 2R0K A; 3C1K A; 3SQE E; 2FWW A; 3GCN A; 3S9B A; 1FN8 A; 1MH0 A; 3U69 H; 2HPP H; 2FOE A; 2FYQ A; 2P16 A; 4KEL A; 1DXP A; 4NWL A; 4LZ4 B; 2SGQ E; 3MMG A; 3W94 A; 2K0Q A; 1XX9 A; 1SHH B; 1MTS A; 2FMJ A; 5DNS A; 3VG8 A; 1C1U H; 2GZ8 A; 1AIX H; 4JK5 A; 2PGB B; 3A8A A; 1QB9 A; 3LKW A; 4D9R A; 2VJJ A; 3GCT F; 1EAS A; 2FOA A; 1N8O C; 3LDX H; 1HJ9 A; 3EE0 B; 2VFQ A; 4FU7 A; 5DG6 A; 4ISN A; 1IHS H; 2J9N A; 4W8S A; 1WU1 A; 2DE9 A; 1Y59 T; 3M7T A; 4THN H; 3SW2 B; 1UJ1 A; 3KN2 A; 2X3H A; 5TJX A; 3Q76 A; 1HJ8 A; 2V6N A; 2Y6T A; 3SJK A; 1OFE A; 1JOU B; 4HWV A; 1QNJ A; 4PRO A; 3V13 A; 1QRZ A; 1VIT F; 4XKV A; 1H8H D; 3BG4 B; 3STJ A; 2R9P A; 3RML H; 1T8N A; 2FOD A; 1TA2 A; 3E8L A; 2QZA A; 1GPZ A; 4DIH H; 1RWR A; 4Y11 E; 2G51 A; 5C0T A; 3FY3 A; 1LHC H; 2P3F H; 9LPR A; 1O5C B; 2WZQ A; 1PFX C; 1GBB A; 1GBI A; 1P2J A; 4Y76 A; 3P6Z B; 1ZLR A; 3LYC A; 3Q3Y A; 4IBL H; 4I33 A; 3U8T H; 1MKX H; 1F0R A; 1TB6 H; 3R3G B; 3QX5 H; 1YPJ H; 1Y3V A; 3E16 B; 1W14 U; 2PLX A; 4MQA A; 4DCD A; 1HAX B; 2YOL A; 1NRQ H; 4X1Q U; 4CRG A; 4M9F A; 4NFF A; 2GVF A; 1K4Z A; 2J2U A; 1HYL A; 1EPT A; 1THS H; 2ZU1 A; 1V2W T; 1TNH A; 2ZGX H; 2VIW A; 1EZQ A; 1SHY A; 4X8T H; 1CGJ E; 1TAB E; 1GBE A; 4XKW A; 1UCY E; 1GBD A; 4XBB A; 8LPR A; 4W8R A; 1MQ5 A; 1PPF E; 4NSY A; 4NA9 H; 5T1V A; 5DP3 A; 2JJ1 D; 5DKM A; 4ZUH A; 4YOJ A; 3F0P A; 3O8C A; 4AFU A; 1O2G H; 4Y79 A; 1GHA G; 2HGT H; 2IJO B; 2TPI Z; 3PB1 E; 8EST E; 1J8A A; 3UOU A; 1O38 A; 2VU8 E; 4LXB H; 1NS3 A; 1O31 A; 1CVW H; 2AIP A; 4FU8 A; 3A86 A; 2BOK A; 2EST E; 2C3S A; 1NM6 A; 4K5Z A; 3SGB E; 4YT6 H; 1ELG A; 5E0H A; 4BAK B; 2QXH A; 3SU5 A; 2R2M B; 2BY6 X; 1O3N A; 3RXV A; 3QZQ A; 1EKB B; 5JB9 S; 1YLN A; 1MZA A; 1H9I E; 4OZZ A; 2ZGB H; 3DUX H; 5GJ4 B; 4WXI A; 1GBL A; 2BY5 X; 2W7Z A; 1BHX F; 1O8J A; 5AVD A; 2A1D B; 1ANC A; 1SI5 H; 1J14 A; 2JDI D; 3QO6 A; 1KDQ B; 1GJC B; 4Y7B A; 3SUC A; 2EY4 C; 5F8Z A; 1GCT C; 2OXS A; 1O2X A; 2IQ7 A; 2AYW A; 1A0L A; 3RXA A; 3H09 A; 4I86 A; 4MDS A; 1MTN B; 1O5E H; 4YC5 A; 4YZA A; 1E36 B; 4AB8 A; 2VNT A; 1D3P B; 2ZGH A; 5BRR E; 1EJM A; 2UVF A; 1ZTL A; 3EE7 A; 2PTC E; 2R3U A; 5EIY A; 2G4T A; 1HUT H; 2BQ7 B; 2EI8 A; 5DP8 A; 3MH7 A; 1GHY H; 3FZZ A; 3SU3 A; 1C5N H; 1XUK A; 4Z6A H; 2WSS D; 1DBO A; 4KH3 A; 1TE0 A; 4K2Y A; 1IQL A; 5JYI A; 4IN1 A; 4X6P A; 1CT4 E; 5CHA B; 1A7S A; 3KL6 A; 3RP2 A; 1UTQ A; 4IMQ A; 4B74 A; 5C1C A; 3S69 A; 3T28 A; 1DFP A; 4DII H; 3UNR A; 1H1B A; 1T4V H; 1ZSJ A; 2J97 A; 2OP9 A; 1ELA A; 4Y0Y E; 1P9S A; 1MU6 B; 2V3M A; 1V2K T; 1KXF A; 1EUF A; 1DSU A; 3G01 A; 1LVB A; 1TRY A; 2C90 B; 5EOD A; 4OJO A; 1ACB E; 1IQI A; 4WH8 A; 1ELE E; 1QRW A; 3VFE A; 3KNX A; 1HJA C; 2P94 A; 3HPT B; 1WOF A; 2OC0 A; 1RTK A; 4O97 A; 4AGK A; 4DG4 A; 1C5W B; 3NKK A; 2RG3 A; 2CHA B; 1BML A; 1GJ4 H; 1QL7 A; 3GY4 A; 3OSY A; 3QK1 A; 1K1L A; 1WCZ A; 3KQ5 A; 3MNS A; 3A7Y A; 3DU1 X; 3H7O A; 1C1T A; 2KAI A; 2FX6 A; 5A0C A; 2R0L A; 1BIO A; 1D4P B; 3LT3 A; 3LJJ A; 1P2K A; 4E05 H; 2YMS C; 3TGJ E; 3KRG A; 1AB9 C; 4CHA B; 4JMY A; 1XVO A; 4O3T A; 5EU8 A; 1OWI A; 2AEI H; 2XTW A; 1GBH A; 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2NZM A; 3TU7 H; 3ZZC A; 2PFE A; 1ZTK A; 2WPK S; 2BD7 A; 2B9L A; 1O2I A; 2GCT B; 1FN6 A; 5HIZ A; 5FPY A; 4RSP A; 2O04 A; 1OGO X; 3GQA A; 1GGD B; 3LH1 A; 3SUG A; 4GVU A; 1Z6J H; 2VFO A; 1FAX A; 4H6T A; 2LP6 A; 4XOR A; 2Z7F E; 5DP9 A; 1DY8 A; 2FI4 E; 4TPY A; 2C93 B; 2UUK B; 1LQE A; 1EB2 A; 2UWL A; 3F2G A; 1QCP A; 4NZL A; 1WBG B; 4HGC A; 1AN1 E; 2ASU B; 1EP6 A; 1P11 E; 5C20 A; 1WXR A; 1O88 A; 1FPH H; 1C2G A; 3A8B A; 4WME A; 1EZU C; 2GCH F; 5HM9 A; 1B0E A; 4YZQ A; 1K1O A; 5F03 A; 3PMB B; 4JZI A; 2OC7 A; 2G4U A; 3N90 A; 1LMW B; 2W3K A; 2VH0 A; 1QRB A; 3GY6 A; 1C5Y B; 2C8W B; 2FI3 E; 4HI3 A; 2QXJ A; 1ZHR A; 4XNF A; 4Z03 A; 1ETS H; 1EA0 A; 5HGG A; 2ZO3 H; 2A2Q H; 1P0S H; 4ZKO U; 3SY2 A; 2F9B H; 2XNI A; 4X2V A; 5JBA S; 2WV9 A; 1AQ7 A; 4W8T A; 5T3H A; 1VGC C; 1O8F A; 2CF9 H; 4DW2 U; 1GG6 B; 3LOX A; 1HAO H; 2BSP A; 4UD9 H; 4ZHL U; 2ZHF H; 2NSP A; 4B2B A; 2H9H A; 2VVV A; 4XRN A; 4XN3 A; 3WWG A; 1BMF D; 4RN6 A; 2NU0 E; 1H9L B; 1UMA H; 3KQC A; 1LDT T; 2QXI A; 3AW0 A; 2XBY A; 5E0G A; 3OFN D; 3PM3 A; 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