2DKHA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, in complex with the substrate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
639
structure length
614
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-hydroxybenzoate hydroxylase
total genus 195
structure length 614
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkhA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkhA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkhA01
4EQWA 4H7UA 2GMJA 3C4NA 3K7QX 3S61A 4TM1A 1NHRA 2JK6A 3UP5A 4E0VA 4EQSA 1OJ9A 2QA1A 2WOWA 4C3XA 3KD9A 2PYXA 2XLTA 1QO8A 1L9EA 1COYA 4J33A 1FECA 2NVKX 4YTNA 1E6EA 3ISHA 1F8RA 4YWOA 3GMCA 2GMHA 1PDHA 3UP4A 1YY5A 1N1PA 1QJDA 2WEUA 4C3YA 3O0HA 3NN0X 1CJCA 5GSNA 2CDUA 4AT2A 4TLZA 2C73A 2GQFA 3FIMB 1GXFA 1QLBA 4J34A 2WHDA 1D4EA 4U8OA 2BCGG 3BHKA 2GVCA 2Q7VA 3UTGA 1OJAA 4A7AA 1BF3A 4H4PA 4Z25A 2WETA 3IWAA 2OLNA 5ER0A 1GTHA 2VVLG 4I58A 1EL8A 4OCGA 3GRSA 3ICTA 2VQBA 5FS7A 2WPCA 3NIXA 1ZK7A 3P4QA 1NAAA 3NNEA 4A6NB 4U8KA 4NEVA 2X50A 2YQUA 4UDQA 3LZXA 3DJJA 3AE7A 4Y4LA 4DGKA 2YLXA 2YLZA 1LQUA 4JY3A 1RSGA 2XLSA 1TDNA 1DJQA 3Q9TA 4LIIA 2DKHA 4REKA 3OZ2A 2APGA 4XWZA 1PHHA 4EM4A 2BK3A 4Z43A 4KPRA 1VG9A 4USRA 3BI4A 3FBSA 2YR4A 3H8LA 4FK1C 1H81A 2ZZCA 4TM3A 2V5ZA 3C96A 2GF3A 5JCIA 2C65A 2VQ7A 1OJCA 4J57A 3V3NA 4C5OA 3BHFA 3CGBA 2XLUA 1B8SA 1JRZA 1ZMCA 2R4JA 3AYJA 3IF9A 2IIDA 1ZKQA 2Y6QA 1H84A 4ICYA 3PO7A 3CGEA 4PAAA 4OPUA 1GRHA 2WU2A 2R9ZA 3P1WA 4EIPA 3LXDA 2WQYA 3B6DA 5IQ4A 2XFPA 2XVFA 1GRGA 1M64A 1D4DA 2JB2A 3KKJA 4YKFA 2GR2A 3R9UA 3T37A 4PABA 2YG6A 3UOYA 5M0ZA 3SGLA 1B4VA 1Q1RA 1E1KA 4Z2UA 1B37A 3AEFA 3PS9A 2BC0A 2R0PA 4K2XA 4K22A 2XLRA 2V60A 1RYIA 4EQXA 2YLTA 1KDGA 2CFYA 2GB0A 5L46A 2IVEA 3DK8A 2C66A 3H4KA 2C3CA 3NTAA 2XFNA 4M52A 2BABA 3UTHA 5EBKA 2QA2A 5FS9A 1PJ7A 1IUVA 3CNDA 1BKWA 3UOZA 2WDVA 2FJEA 2R4EA 1MO9A 2EQ6A 4I59A 3EF6A 3GDNA 1PJ6A 5HXIA 1GEUA 4YXDA 3NRNA 4X4JA 2YM1A 1S2YA 4O5UA 3DMEA 2XYOA 3D1CA 1LVLA 4K5RA 4B63A 1S3BA 1PBDA 2GAGB 4GRTA 1CL0A 1SEZA 2Y6RA 5HHFA 3UKQA 4EMJA 2JKCA 2IVDA 5J60A 1NDAA 4EIQA 4DSGA 1EBDA 2PHHA 3BI2A 5EOWA 1PBEA 5IPYA 2WOVA 1D4CA 3DA1A 4ADWA 4H2NA 2V6OA 3REDA 2OAMA 1FEAA 3G5QA 1H82A 2C3DA 2V3BA 1EL7A 4RG3A 2YVGA 1GT8A 1BWCA 2Z5YA 4A65A 4BK2A 4X9MA 1XHCA 5DBJA 1S2QA 4AP3A 5KVIA 4H4YA 3AXBA 4UDRA 1E1MA 2A89A 1GERA 4U8PA 3EANA 3GMBA 4USQA 2XVHA 4U8IA 1X31B 2H88A 3NK1X 2BS2A 4H4VA 3RNMA 3AD9B 4JNQA 4TLXA 3UOXA 3NYFA 3ALLA 4UP3A 3SFDA 2CVJA 1L9CA 3UTEA 4ZCDA 2GEWA 4AOSA 2AAQA 4NTEA 1GSNA 3GD3A 3V76A 1UKVG 3C4AA 3AYIA 3FG2P 5BVAA 4NEWA 1CJ4A 2BCPA 4D03A 2TMDA 2YLRA 3CGDA 4NTCA 4HA6A 4H4XA 3RP8A 3NH3X 4H2QA 1NG3A 5BUKA 2WP5A 2R45A 2XVJA 4H4TA 4GDEA 5LV9A 1Y56B 5KXJA 1E1LA 5KRQA 3UTFA 2TPRA 4OPCA 1LPFA 3GYJA 3S5WA 3AEGA 3KVEA 4JN9A 2YR5A 2YVJA 4H4ZA 3I6DA 5U25A 4IA5A 1EL9A 4HB9A 4AOXA 3DH9A 4U8JA 1Y0PA 3LJPA 4Z2RA 1DXLA 4J2WA 3ITJA 5HYMA 1XDIA 5GRTA 3CNTA 4FK1A 1O94A 1MOKA 3NTDA 2C67A 2O9ZA 1DOEA 5FS6A 3IC9A 1GOSA 2X8HA 4B1BA 4APNA 5JCLA 2YWLA 1D7LA 1GRTA 1F6MA 1PS9A 3NN6X 3UKFA 3VRBA 3CIRA 4ZCCA 3CTYA 5M10A 4LA1A 4B65A 4GR1A 2XVIA 5JCNA 3AEDA 1FL2A 3LOVA 1ZMDA 2QCUA 3LB8A 1H7XA 1E39A 3VRAA 4A6NA 1KNRA 2ZZ0A 4OPGA 3QVPA 4J36A 5BULA 3QVRA 2WPFA 4K8DA 4IVMB 1F3PA 3L1RA 1K4QA 3COXA 4WX1A 2ZZBA 5CQFA 3RP7A 3AD8B 3P4RA 3NK2X 4B67A 2FJAA 4N9XA 4GF7A 1K0IA 3AB1A 1HYUA 1XANA 3CGCA 1CC2A 1NEKA 3QSEA 2RGOA 3NGCX 3NYCA 2GRTA 3UCLA 4J31A 4J56A 1FEBA 2FJDA 1BZLA 1F8SA 4B69A 4TM4A 3AE6A 4D04A 3QFAA 1MXTA 3AEEA 1KFYA 5CKUA 1OJDA 2E4GA 2X99A 4BJYA 3F8RA 4K7ZA 2ACZA 1P2EA 3AECA 1CF3A 2J3NA 2C76A 3GD4A 1IUUA 3GRTA 4A5LA 1PN0A 1GRBA 1KNPA 2ZBWA 3ICSA 5U63A 2RGJA 3M13A 5KVHA 1N4UA 4OVIA 2VRLA 1GREA 1JRYA 2WS3A 3CN8A 4B68A 4EMWA 1V59A 1M6IA 2YG7A 4BK3A 2GH5A 2RGHA 3ALJA 1PBFA 2XFQA 1VQWA 1O5WA 2OALA 4U8MA 1PJ5A 4KX6A 1ELIA 1TDFA 2A8XA 2C64A 5EB5A 1CJ2A 1YKJA 4OPIA 1FCDA 2JBVA 3AEAA 1Q9IA 2YG4A 4C74A 2WDRA 3AE9A 4Y4NA 1AOGA 3ZDNA 3KA7A 1YQ4A 2Q0LA 2GR0A 3NT6A 4U2TA 1ZOVA 3NK0X 3UKKA 4CRTA 3ADAB 3DJDA 1NHPA 4NTDA 2V61A 3K30A 1K0JA 4GDPA 3AYLA 1GESA 3EAOA 3I3LA 1BGJA 2OLOA 3ATQA 4Z2TA 3DK4A 3ALMA 3PVCA 4OPTA 4ECHA 3GDPA 4ZN0A 5FMHA 1ZP0A 3D8XA 1E1NA 1H7WA 2YG3A 1YQZA 4U8NA 4YTMA 2B7RA 1YQ3A 3P4SA 1JEHA 1BGNA 1ONFA 2F5ZA 3FPZA 4GUVA 1Z6LA 1DODA 2WU5A 2WDQA 3G5SA 5J7XA 2AR8A 1CC6A 2BACA 2VVMA 1TYTA 4B64A 3AEBA 2B76A 4C77A 5BRTA 2X8GA 3G5RA 4Z44A 4K5SA 3II4A 1REOA 1H83A 2B7SA 4OPDA 1JOAA 1LJ1A 2WP9A 3AE8A 1GRFA 1K0LA 3DK9A 1GV4A 3K7TA 4EMIA 2B9XA 2EQ9A 2JAEA 2VZ2A 2QAEA 3NHOX 2XVEA 5HY5A 3AE2A 3P4PA 4AP1A 2YG5A 2XCGA 4BK1A 3NYEA 1TDEA 3L8KA 3M12A 1PXAA 3AE5A 3WE0A 2BK5A 4H50A 1H6VA 1CBOA 4H2RA 3M0OA 3ICRA 4FDCB 1D7YA 4H4UA 4YSXA 2E5VA 2Z5XA 2XDOA 1W4XA 4NZHA 2WBAA 3CPIG 4H4WA 2JB3A 3QSMA 3ATRA 1CC4A 1Y56A 1IJHA 3DGZA 4U2SA 1ZX9A 2BS4A 2X8CA 1NPXA 1F8WA 4B66A 1GPEA 4EQRA 3RP6A 2XFUA 2NPXA 1RP0A 2VRMA 1DOBA 3VR8A 4YSYA 3H8IA 5KOXA 3DJGX 4CBQA 1JU2A 2R46A 1VRQB 1NHSA 4DSHA 3EPTA 2VOUA 3E1TA 4CNKA 3IHGA 2B9YA 2E1MA 3P9UA 4DNAA 3RHAA 2YAUA 2YR6A 2BA9A 2BC1A 3CNJA 3OC4A 5FS8A 3AD7B 2C70A 4CCQA 1ZOYA 4YTPA 1PXBA 1GALA 2BXSA 1KF6A 1IUSA 1LQTA 2YVFA 2JB1A 3DGHA 4UDPA 1GNDA 1H86A 3QSSA 1IUWA 1ZY8A 3URHA 2OA1A 2C7GA 1NENA 1D5TA 1TDOA 2CULA 2FJBA 2YM2A 1Q1WA 4H2PA 3VR9A 1CJ3A 3NKSA 2I0ZA 3CNPA 1PBBA 3SM8A 4YSHA 2H89A 2V3AA 1NG4A 4MJWA 4TM0A 4A9WA 4A79A 2A87A 1PBCA 1JNRA 2BXRA 1L9DA 3CPJG 4XXGA 1P2HA 5U1OA 2WESA 2EQ8A 1IUTA 3UKHA 3B3RA 4Y4MA 2Q6UA 5KWFA 1NHQA 2Q0KA 2BS3A 2DKIA 1PXCA 3Q6JA 4WCTA 1TYPA 3QJ4A 3KU9A 3AE4A 1DOCA 2XFOA 3HZLA 3K7MX 3ABVA 3NLCA 2HQMA 2AQJA 3ZYXA 2B9WA 3LADA 1ZDLA 3KPFA 3CPHG 1B5QA 2WOIA 1TDKA 5TR3A 1JNZA 1E7PA 3FMWA 1GTEA 3AE1A 1KSUA 2R0GA 4LU6A 4YT0A 1DNCA 2ARDA 3KLJA 2GR1A 4RSLA 1CHUA 4RG4A 3UKAA 2GAHB 2YLWA 1EL5A 4YSZA 4CY8A 2GV8A 4BV6A 2VVLA 4OPLA 3GWDA 1KSSA 4H4QA 4A99A 3F8DA 1TRBA 4X9NA 4H4RA 4JDRA 2C72A 4CNJA 2WP6A 3AE3A 3LZWA 3V3OA 2XLPA 5IQ1A 1XPQA 3VQRA 3IHMA 3SFEA 2BYBA 3GYIA 3NG7X 1LTXR 3DJEA 4Z26A 4BJZA 1GRAA 3AWIA 2WPEA 4IA6A 4EM3A 4YKGA 5KOWA 3F8PA 2GQWA 4P9SA 1N4WA 4AT0A 1IUXA 3GSIA 4GCMA 5EB4A 1FOHA 4O5QA 4U8LA 3SQPA 1VG0A 3JSKA 5C3JA 2FBWA 3VRDB 3UOVA 4JY2A 4FX9A 3UKLA 1GETA 1O95A 3QFBA 2X3NA 3UKPA 4CCRA 4H4SA 1LV0A 1S3EA 4BURA 5C2TA 1VDCA 2GR3A 3BI5A 3BNMA 4IV9A 4U2LA 4JNAA 3BNUA 2YLSA 2UZZA 1DJNA 1OJTA 4XWRA 4JQ9A 2R0CA 2C75A 2EQ7A 2W0HA 5JCMA 4CY6A 2BK4A 1L0VA 1JRXA 2RABA 1N4VA 3CNSA 4Z24A 5JCKA 4IVOB 3GWFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3FW2A 4EQWA 3C4NA 2OBIA 4I2UA 4RUVA 5G1LA 4KW6A 4K2DA 1QK8A 1JFUA 4C3XA 2PYXA 1A8YA 3HZ4A 4J33A 2YWIA 3T2ZA 4YTNA 3ISHA 1O8WA 3GMCA 3ERFA 4O5RA 5GZZB 1GH2A 3GL5A 2GS3A 2HXKA 3IDVA 3QD9A 1TRVA 5EY6A 3W4JA 1GXFA 5GAND 3SBCA 2Q7VA 3A2XA 4DSSB 4A7AA 4Z25A 14GSA 3F4SA 3QAGA 5ER0A 1EOHA 2C8UA 1V2AA 1SKRB 4OCGA 3W6GA 2VQBA 5BMUA 3F4TA 2WPCA 3NIXA 3UAPA 4U8KA 2X50A 1VRSD 3IBHA 4YJDA 2GGTA 2YQUA 2WFCA 4MJAA 3OZ2A 1EOGA 1M99A 2DLXA 1DE2A 1XFLA 4D73B 3C96A 2GF3A 2F9SA 2VQ7A 1OJCA 2MMZA 4C5OA 2R4JA 4ZB6A 5FHIA 1JRZA 1ZMCA 2IIDA 3KTLA 3TOUA 4IKHA 1ZKQA 1ERUA 2H0GA 3CGEA 5H5QA 4OPUA 5E4WA 4OO4A 1HD2A 5IM9A 2VD0A 2H1BA 2WZ9A 1YY7A 2IMDA 2WQYA 2LRCA 2XFPA 3B6DA 1GRGA 3KKJA 1D4DA 2GR2A 3UOYA 1B4VA 2P5QA 3O6TA 3AEFA 3PS9A 3LW9A 2R0PA 4PGTA 3TB2A 2C0GA 4K22A 2XLRA 2DJJA 3HVSA 5IO0A 2YLTA 1KDGA 4F2IA 5KMPA 4H86A 2HSYA 4N0VA 3J7Yb 5FT3A 1S3AA 17GSA 3H4KA 3R3EA 2DU8A 3D5JA 2DIYA 4TXOB 3CNDA 1BJXA 1YF1A 4ZB9A 1PJ6A 2FD3A 3FK8A 3MWHA 2YM1A 3DMEA 3DGQA 3EYTA 4K5RA 3ZLPA 4B63A 2PWJA 1Z6NA 2Y6RA 2K6VA 2IVDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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