2DKHA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, in complex with the substrate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
639
structure length
614
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-hydroxybenzoate hydroxylase
molecule tags Oxidoreductase
total genus 195
structure length 614
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkhA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkhA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkhA01
2V3BA 3SM8A 1GALA 3NTDA 1ZX9A 1GXFA 3DJDA 1D4EA 1GTHA 1X31B 2WEUA 4U2SA 5KWFA 5BULA 4X4JA 3UTHA 5IPYA 2XFQA 4JY3A 3AE9A 4A5LA 4JNQA 2GAGB 2V6OA 3KA7A 4C3YA 1DOBA 1V59A 3G5QA 3D8XA 3LOVA 1IUTA 1H84A 3GRTA 3KPFA 1EL9A 1GTEA 3CN8A 2C65A 4EMJA 4OPCA 1LQTA 1B37A 3KVEA 2C76A 4AP3A 2XDOA 2Z5YA 4EQRA 1E1KA 4H4UA 1XANA 1GESA 1Q1RA 4JY2A 3NT6A 2YG6A 4BURA 3M12A 4J57A 2YAUA 4USRA 2WOWA 4ADWA 2YR4A 5U1OA 3V3NA 1IJHA 2BACA 1BGNA 3BNMA 4PABA 1PS9A 4NEWA 4XXGA 4U8OA 2WPEA 5FS9A 4H2NA 2H88A 4U8KA 1PJ6A 4U8PA 2XFUA 3I6DA 4Y4MA 3FIMB 3BI5A 3GMBA 2YLTA 3AE5A 1P2HA 2YLRA 4B67A 4GCMA 2BK3A 1NHRA 3NGCX 2E4GA 3CGCA 4M52A 1CC2A 2JK6A 1NG4A 2ZZ0A 5KOXA 2E5VA 3BI2A 1K0JA 2GAHB 3QJ4A 1LQUA 4U8JA 1BWCA 1CJ3A 4K5SA 5C3JA 4C5OA 3AD7B 3COXA 3ITJA 1N1PA 3CPJG 1YKJA 3EAOA 1B5QA 3LJPA 1D5TA 2VOUA 4FDCB 2V60A 3ALLA 3ALJA 1DNCA 1H7WA 4MJWA 1DXLA 2XVEA 1GERA 3UKKA 2Y6QA 3IHGA 2V5ZA 4J2WA 4YSYA 4J33A 1F6MA 1KSSA 2BCPA 4B66A 4RG4A 2GV8A 4CNJA 3B3RA 1TDEA 1E7PA 3H8IA 1VRQB 2EQ6A 2YR5A 4X9NA 3FMWA 3AEBA 2XFPA 3GDNA 4CNKA 2FJEA 4YTPA 2YLWA 1KNRA 3BHKA 3UP4A 4N9XA 4Z26A 4EQSA 1PBDA 3AECA 4C74A 2WESA 2BS4A 3QFBA 1EL8A 1PJ5A 1H83A 3C4AA 1PXBA 3F8DA 2JB3A 2YG3A 2C67A 1YQZA 3ABVA 4OCGA 2GR3A 3ISHA 1KF6A 2DKHA 2C66A 3NH3X 4TLXA 2CFYA 2EQ8A 4K8DA 1LPFA 3FPZA 4JDRA 3R9UA 2V61A 4KX6A 3C4NA 3NHOX 5KVHA 1ZY8A 3ADAB 1BGJA 4YWOA 3AD9B 2CVJA 2RGHA 3ICTA 3ICRA 4CY6A 2X8HA 3QSMA 2BC1A 3SGLA 5C2TA 3CPIG 1GRHA 4B1BA 3AE3A 1NPXA 3CGEA 3CPHG 1QO8A 3RP6A 4A65A 4GF7A 3CNDA 4U8IA 1FOHA 1GRBA 2XLTA 1DJQA 4CY8A 1FCDA 4I59A 2Z5XA 2GMHA 4J56A 1S2QA 2C70A 4A6NB 4H4ZA 1NAAA 1N4UA 2GB0A 1ZOYA 3QSEA 1OJAA 2AQJA 4EQWA 2R45A 2JAEA 4OVIA 1L9DA 1TDNA 3F8PA 1DJNA 2WPFA 3BHFA 3NRNA 1F8SA 4LU6A 2FJBA 2TPRA 2I0ZA 5JCIA 3S5WA 1D4CA 2GF3A 4B64A 2C3CA 4AT0A 2OLOA 1IUXA 3AEFA 3AYJA 4Z24A 4CCRA 4BK1A 1TYTA 4H4PA 4TM3A 3LXDA 4REKA 3NTAA 3ICSA 2BC0A 4KPRA 4EMIA 4H2PA 1B8SA 2C73A 4H4VA 3M13A 4J34A 5IQ4A 1H6VA 3PO7A 4U8MA 4TM4A 3K7QX 3CNPA 3GSIA 4K5RA 1NHSA 2GQWA 1QJDA 4A9WA 2IVDA 2YG7A 2RGOA 4C3XA 4H4TA 4CRTA 1PXAA 3P1WA 1E1MA 1ZK7A 4YKGA 5CQFA 2OA1A 3VRBA 2BS3A 3IF9A 5KVIA 2X3NA 1FECA 2XLPA 3L8KA 1NENA 2FBWA 2ZBWA 3KKJA 4YTMA 3NN6X 1SEZA 4HB9A 1IUSA 4NTDA 4X9MA 2V3AA 2WP6A 3K7TA 4ZN0A 1DODA 3RHAA 3UOYA 1N4WA 2XFOA 4YT0A 1COYA 1LVLA 5JCLA 4AT2A 5EB5A 4IA5A 2X99A 1XHCA 2FJAA 2WPCA 1GREA 2EQ7A 2VRMA 4H4QA 3UKHA 3VRAA 2VVLG 1PBEA 4PAAA 3NIXA 2JB2A 1YY5A 2R0CA 3QFAA 5EBKA 1P2EA 3UOZA 2B9WA 4FK1C 4TLZA 2HQMA 2YQUA 1NG3A 3DGHA 3DK4A 2GQFA 1L9EA 1F3PA 2J3NA 3UKPA 2C64A 3S61A 3AE8A 4UDPA 1PBCA 2X50A 3RNMA 5FS8A 1M64A 1S3EA 1TDKA 5BUKA 4Z44A 1EL7A 1QLBA 1S2YA 5L46A 2WDRA 4RSLA 2PYXA 1UKVG 2QA2A 3HZLA 1S3BA 2Q0LA 1CBOA 3AE2A 3LB8A 2RABA 1GRFA 1YQ4A 2Q6UA 3AD8B 4OPLA 3VR8A 2OLNA 1K0IA 3NK0X 4H2RA 2H89A 1KSUA 4GDPA 1E39A 1N4VA 5J7XA 2GR0A 4DSGA 2YR6A 2XYOA 2YM2A 2WP9A 3GWDA 4NTCA 4GUVA 3DJEA 5M10A 4IA6A 4RG3A 1GEUA 1REOA 4B65A 3GRSA 4DNAA 5HHFA 1VQWA 3NYCA 2R4EA 2OAMA 3QSSA 2XCGA 5EB4A 4IVOB 5TR3A 1O95A 3GD4A 2VVMA 3UTGA 4WX1A 5U63A 3UCLA 1O5WA 3UOVA 3AWIA 4U2LA 2B76A 4H4XA 1AOGA 4O5QA 1W4XA 1HYUA 5GRTA 4EM3A 2WBAA 2BXRA 3E1TA 1RYIA 1NDAA 2NVKX 3NLCA 1DOCA 4LIIA 4H4RA 4B63A 3FG2P 2BK4A 3AYLA 2F5ZA 3P4PA 2FJDA 1JRXA 1L0VA 4EQXA 3K30A 4GRTA 4ICYA 4YSZA 3KLJA 2YLSA 3O0HA 2VZ2A 2B9YA 1L9CA 3REDA 4AOXA 2APGA 2OALA 3PVCA 3SFDA 1PDHA 1O94A 3EANA 4U8LA 3NK2X 3AEDA 5JCMA 4H2QA 2R9ZA 2JBVA 1LTXR 3CIRA 3V76A 1D4DA 4CBQA 2YVJA 3GDPA 1K4QA 3DJJA 3LADA 3H4KA 4A79A 3T37A 3BNUA 4C77A 4EM4A 2YVGA 4EIPA 2A87A 2XVIA 3URHA 4FX9A 2YVFA 5KRQA 1PBFA 3DK8A 2WQYA 2RGJA 4K7ZA 1M6IA 3GYIA 5KXJA 1IUVA 3SQPA 1MOKA 3NG7X 3AE1A 3AEGA 2GRTA 5HY5A 4JQ9A 3AEAA 3BI4A 3VRDB 1JU2A 1TDOA 3ATRA 3V3OA 4E0VA 3NNEA 3UTEA 1GOSA 2YG4A 2R4JA 3JSKA 4UP3A 4IV9A 3P4RA 3GD3A 4DGKA 4YXDA 2EQ9A 1Y56B 2WHDA 1KFYA 3CGDA 1JOAA 2VQBA 2VQ7A 3NYEA 2WU2A 3DK9A 3LZWA 3ZYXA 1FL2A 2QA1A 2AAQA 2XLSA 4Z2UA 1CJ4A 4YSXA 1CF3A 2ZZBA 4ZCDA 4B68A 2GEWA 3GYJA 1CC6A 5BRTA 3KD9A 4Z25A 2VVLA 2X8CA 4D04A 5HXIA 2X8GA 2YM1A 1RSGA 2R0PA 4WCTA 4K2XA 4OPUA 4J31A 2WETA 1ZMDA 2Q7VA 4H7UA 3UTFA 2WS3A 5HYMA 1CHUA 1D7YA 5IQ1A 4IVMB 3H8LA 3UOXA 1B4VA 1EL5A 2C72A 1FEAA 3DH9A 3II4A 4BJYA 5LV9A 1PN0A 1DOEA 3OC4A 1ZKQA 3L1RA 1YQ3A 3CNJA 4JN9A 3EPTA 1OJTA 1GRTA 2IVEA 1E1NA 4NEVA 4APNA 1H7XA 3G5RA 2GH5A 1Y0PA 2A89A 2BA9A 1OJ9A 1H81A 1Q1WA 3IC9A 3CGBA 2AR8A 2B7RA 2WU5A 2GR1A 1PXCA 3VQRA 1KNPA 4OPTA 1CL0A 1K0LA 3KU9A 2O9ZA 5FS7A 3I3LA 1GETA 3VR9A 3WE0A 1XDIA 1JNRA 2WDQA 1JNZA 1LV0A 1CJ2A 2C3DA 1NEKA 1PBBA 2BCGG 1Z6LA 5KOWA 3AB1A 3DA1A 2R0GA 1E1LA 1TDFA 5JCKA 2BABA 4U8NA 2XVHA 1ZMCA 3NK1X 3GWFA 2XFNA 5U25A 4BK2A 4AP1A 3EF6A 4UDRA 1Q9IA 2GR2A 1GSNA 2XVJA 4BJZA 1MXTA 3K7MX 3F8RA 1BZLA 1PHHA 2CULA 1GRAA 3P9UA 4OPGA 4USQA 4A6NA 4D03A 3CNSA 3P4QA 2BYBA 2B9XA 4CCQA 2GMJA 4DSHA 1GNDA 1ONFA 1MO9A 2XVFA 2B7SA 2C75A 1H82A 2ARDA 2R46A 3Q9TA 4O5UA 4Z2TA 2XLRA 2ACZA 2YWLA 4J36A 5M0ZA 1PJ7A 4GDEA 3LZXA 1F8WA 4A99A 4TM0A 5EOWA 1CJCA 1GT8A 2XLUA 5JCNA 5GSNA 1Y56A 2ZZCA 2GVCA 3NYFA 2JB1A 4JNAA 3D1CA 1ZDLA 2NPXA 3CTYA 1CC4A 2IIDA 4I58A 1ZOVA 5ER0A 5BVAA 4FK1A 1JEHA 3AE6A 4XWRA 1OJCA 4H4SA 2E1MA 4TM1A 1GV4A 2W0HA 3AE4A 2JKCA 3B6DA 3ALMA 4EIQA 4NTEA 4XWZA 4BK3A 4P9SA 4OPDA 3AXBA 2WP5A 4U2TA 4A7AA 3OZ2A 1VDCA 1VG9A 3PS9A 3ATQA 4Y4NA 3UKQA 3UKLA 4H50A 3CNTA 1JRZA 2BS2A 2BXSA 3IHMA 5FMHA 1ZP0A 2UZZA 2QAEA 1XPQA 2WOIA 2YLZA 3IWAA 1BF3A 1F8RA 2WOVA 4EMWA 4Z2RA 2Q0KA 3NN0X 3G5SA 3DGZA 1ELIA 2PHHA 4OPIA 5J60A 3GMCA 1BKWA 1VG0A 2YLXA 4B69A 1JRYA 2A8XA 4YSHA 4AOSA 2DKIA 1KDGA 4H4YA 3NKSA 3QVPA 3QVRA 5FS6A 2WDVA 3Q6JA 4YTNA 1IUUA 2Y6RA 4BV6A 1NHPA 3RP7A 4YKFA 2VRLA 3UKFA 3DMEA 2BK5A 1OJDA 3M0OA 4ZCCA 2QCUA 1H86A 4Y4LA 4HA6A 1NHQA 2C7GA 3C96A 1TRBA 4ECHA 3P4SA 3SFEA 4Z43A 1D7LA 1RP0A 1GRGA 4H4WA 4LA1A 3UKAA 3AE7A 3AYIA 2YG5A 1IUWA 2CDUA 2TMDA 4K22A 1LJ1A 3FBSA 3RP8A 3UP5A 4NZHA 5CKUA 3ZDNA 1GPEA 4UDQA 1E6EA 5DBJA 3AEEA 4GR1A 3DJGX 1EBDA 1TYPA 1FEBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V3BA 3SM8A 2VIMA 3NTDA 1ZX9A 4KB3A 10GSA 5CNWA 2L57A 3DJDA 2C4JA 4X4JA 3FKFA 4JY3A 3AE9A 4A5LA 1GSYA 1UA5A 2YP6A 1GNWA 4GCIA 4HQSA 3BJ5A 5CRDA 3ZITA 3HCZA 2PN8A 5KEJA 3LG6A 3T31A 2GSSA 2RM5A 3GX0A 1XANA 1NHOA 1GESA 1Q1RA 3NT6A 4BURA 3EWLA 1PX7A 2J23A 2FA4A 5IOWA 2YAUA 4K8MA 4ADWA 4XS1A 3V3NA 3EYTA 4BVYA 1BGNA 3BNMA 4XRDA 4U8OA 2GT5A 2WPEA 3WGTA 4H2NA 2H88A 2PUKC 2LV3A 1ZL9A 3EVIA 1GSFA 2WULA 3ME7A 5G5FA 5ID2A 1P2HA 1PFOA 1X9WB 2A2SA 5HR3A 1NHRA 2BK3A 3NGCX 4PUAA 5ECIB 3LORA 1CC2A 5DAKB 1NG4A 2ZZ0A 1XBSA 3QR6A 1K0JA 2GAHB 4Z7XA 3F8UA 4K5SA 3MAKA 3AD7B 2CT6A 3F63A 3CPJG 4ECIA 1O8WA 2JSZA 4FDCB 3ALJA 4YJHB 1DNCA 2H0GA 1DXLA 1GERA 3KD0A 4K7OA 2Y6QA 3UKKA 4OFTA 3O6TA 4J33A 2K18A 3EU4A 4RG4A 2GV8A 4CNJA 1ZYQB 1TDEA 3H8IA 1PX6A 2EQ6A 2VLTA 4CNKA 3FR6A 3HJMA 1G7OA 4NPBA 4N9XA 4EL1A 5B8AA 3AECA 2WESA 3QFBA 5LD0A 4V2MA 3TKRA 3U6VA 3LQ7A 3Q74A 5KN0A 4PXOA 3L9SA 1YQZA 3ABVA 1EEMA 1KF6A 3GX8A 2C66A 3NH3X 5IMVA 2CFYA 4K8DA 1LPFA 2LRCA 1WRYA 5DJMA 1BJXA 2JL4A 1ZY8A 1WPIA 2YV9A 1BG5A 2B3SA 2RGHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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