2DKHA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, in complex with the substrate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
639
structure length
614
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-hydroxybenzoate hydroxylase
total genus 195
structure length 614
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkhA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkhA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkhA01
2YLXA 3UCLA 1QJDA 1CC2A 4REKA 1NAAA 4EIPA 1SEZA 2XVEA 4YTNA 4CNJA 4AOXA 2GB0A 1PN0A 2YLRA 2C75A 2RGOA 2WP6A 4EM3A 3NRNA 4K7ZA 2OLOA 5BVAA 4K2XA 3GD3A 1LQTA 2IIDA 2B9YA 1DJQA 3DK8A 2BS2A 4PABA 3I3LA 4Z24A 2JKCA 2OLNA 4USRA 3AE7A 1F8WA 2BK4A 1JRZA 1H84A 1YY5A 2ZBWA 3AXBA 3H8IA 4U8JA 1NEKA 4OPUA 3SQPA 4D04A 4J31A 4JNAA 1FEAA 3H8LA 2Q7VA 3DMEA 2Y6QA 2BACA 3UOXA 2O9ZA 3FIMB 2WPEA 1OJCA 1IUXA 5FS7A 2BCPA 2XFPA 2A87A 3NG7X 2YG7A 3NN0X 1VRQB 2OAMA 2VZ2A 3AECA 3E1TA 2IVDA 1PDHA 1RYIA 3QSMA 4BURA 1H6VA 2GQWA 3IWAA 2RGJA 3AEEA 2BC1A 3K30A 3RHAA 4DGKA 1GRAA 4A5LA 1LPFA 4H2QA 5FMHA 2IVEA 4U8KA 1GT8A 2XVHA 1LTXR 2TMDA 5IQ4A 2FJDA 3CNJA 2XLSA 3UKHA 3LXDA 3AEDA 1CHUA 3KVEA 4Z26A 3FBSA 1B37A 2VOUA 2APGA 1GEUA 3NYCA 1REOA 4PAAA 1GRTA 4U8PA 5IPYA 3GWDA 2WP9A 2GH5A 4ECHA 2DKHA 1D4CA 2A89A 2NPXA 2JAEA 2E5VA 2V5ZA 1Y56B 2BC0A 5J7XA 3UTFA 3AD9B 3ALMA 1F3PA 2C76A 4AT0A 4CY6A 4A99A 3M13A 4XWZA 1PJ5A 4ZCCA 4M52A 3FPZA 2WPFA 3LOVA 3QFAA 3DK4A 3AE6A 1N4UA 3CNSA 5KVIA 4C5OA 1FCDA 1ZKQA 3COXA 3EAOA 2ACZA 2YLWA 1LVLA 3PO7A 2Q6UA 1Q9IA 1ZMCA 1KNPA 2X50A 2X8CA 5BULA 3P4QA 1DOCA 1GPEA 1GRBA 3BHKA 3CNTA 3QJ4A 3SM8A 1S2QA 5KVHA 3UKFA 1Y56A 2OA1A 2WS3A 3QSSA 3GDPA 3B6DA 3NGCX 4JNQA 4CRTA 1JOAA 4K5RA 2Q0LA 1NENA 2QA1A 2V3AA 1H7WA 1XDIA 3WE0A 2C72A 3UP5A 2ZZCA 1L9DA 2UZZA 1OJDA 1L9CA 2WPCA 1FECA 2V6OA 3F8PA 3NK2X 1O5WA 2WU2A 4FDCB 1H7XA 2WP5A 1F6MA 1COYA 2XFOA 4TM1A 3DJJA 4CCRA 3CPHG 3NK1X 1N4VA 4E0VA 2R0GA 3AD7B 2GR2A 2WHDA 4AP3A 2C3DA 2YG4A 1ZDLA 3CGEA 1YQ4A 3M0OA 1PJ6A 2R9ZA 4OPTA 1CC6A 2B9XA 2A8XA 3LB8A 3UKLA 3AE9A 1W4XA 4ADWA 4IV9A 1O95A 2YWLA 5CKUA 3AYJA 4BK1A 3FG2P 2GAHB 1E1NA 4B69A 4IA5A 4H4ZA 3GMCA 1H86A 2X3NA 2XLRA 3VRDB 1GV4A 1XHCA 2X99A 4A6NA 3P1WA 1KNRA 4A7AA 1GRFA 2GMJA 3NTDA 3DGZA 2V3BA 3ADAB 3QVRA 4YSHA 2YG6A 3UOVA 2JB1A 2PHHA 4Z2RA 4B68A 2E4GA 2XVIA 4OPGA 1L0VA 3ICSA 1D4DA 4J2WA 1N4WA 2YLZA 1EBDA 4NEWA 4C3YA 1CJ3A 4HA6A 4B66A 2VRLA 4EMWA 3DJEA 1CL0A 1FL2A 4A9WA 1NHRA 3G5SA 3C4AA 1D7YA 1VG0A 1GREA 1BWCA 1BZLA 1GALA 2R0CA 4XWRA 5EBKA 2WETA 1EL8A 3URHA 2J3NA 3CN8A 3KLJA 2VVLA 4YWOA 3UOZA 5LV9A 4UDRA 2XFQA 2ZZBA 1F8RA 4JDRA 2BYBA 4RSLA 2E1MA 4FK1A 4NTCA 2WOVA 1MXTA 1S3EA 2WU5A 3BNUA 5CQFA 3UKQA 4H2NA 4KX6A 2JBVA 3IC9A 1JNZA 1H81A 3NIXA 3O0HA 4B65A 4EMIA 1GTEA 2C67A 4OCGA 5FS9A 3C4NA 1HYUA 2YR5A 1GETA 4LU6A 1IUUA 1PXAA 4X9MA 3AEFA 2BK5A 2R46A 4U8IA 4K22A 4K5SA 3AE4A 3BI5A 3G5QA 4GR1A 4EIQA 4YKGA 4GDEA 5U1OA 4YSZA 4B64A 1BKWA 1BGJA 2WBAA 4H7UA 4USQA 1K0IA 1Y0PA 2C66A 5TR3A 3DK9A 3KU9A 3RP6A 2B9WA 2C73A 5IQ1A 1PXCA 2YG5A 2Z5YA 4LIIA 4AOSA 1E1KA 3LJPA 2H88A 3ITJA 2FBWA 1TRBA 3BI2A 1K0LA 3UKPA 1Z6LA 3UOYA 3DH9A 5JCMA 1CBOA 2WOIA 1JNRA 3NT6A 1E1LA 4EQXA 2YQUA 1PXBA 3R9UA 3GYIA 1JEHA 3AE3A 3JSKA 1JRXA 3NNEA 4AT2A 1E6EA 3S5WA 1GSNA 2GR3A 4H4UA 1IUWA 1RP0A 1TYPA 1ZK7A 3PS9A 4NZHA 3REDA 2YLTA 3CGDA 5BUKA 5M10A 3BHFA 2XCGA 1P2EA 4EM4A 5C3JA 1DOEA 2WDVA 4YSXA 4Z25A 2X8GA 2YVJA 3AEGA 4Z2TA 3F8RA 3P4SA 5FS6A 4CCQA 3SFEA 2WQYA 3UKAA 1LV0A 3IF9A 3CGCA 4OPIA 4J56A 1YQZA 4H2RA 4RG3A 5FS8A 3RP8A 1CF3A 3CPIG 1LJ1A 4P9SA 1DXLA 3NYFA 3CGBA 5EB4A 3HZLA 1KFYA 2C65A 1BGNA 2B76A 5JCKA 3K7MX 3NK0X 1PBEA 3EF6A 4NEVA 1PBCA 3IHGA 1Q1WA 1H82A 2CULA 2OALA 1GOSA 4H4PA 1TDNA 2AQJA 2C64A 2RABA 4ICYA 2FJAA 3AE5A 5KWFA 2C7GA 2DKIA 2VQBA 1PBDA 1TDEA 1S3BA 2GR0A 4A6NB 4X4JA 1OJTA 4C74A 4NTDA 4JY3A 3D8XA 2FJEA 1PHHA 4TM3A 4U8MA 2BS3A 3BI4A 4H4XA 4HB9A 3CIRA 2BA9A 1N1PA 1P2HA 3AYLA 3CNPA 3L1RA 1PS9A 1TDKA 2R0PA 2XLUA 4H4QA 4MJWA 4GCMA 4I58A 2ZZ0A 1GESA 1S2YA 2GR1A 3NTAA 4ZN0A 4BK2A 4YXDA 1DNCA 5ER0A 4EQWA 1IUVA 4GDPA 1D5TA 2XVJA 2I0ZA 4TLXA 2JK6A 4YKFA 4O5UA 5L46A 1K0JA 4Z43A 3KA7A 1PBFA 4OPLA 2GQFA 4YTPA 2CVJA 3GWFA 1DODA 4B67A 4H2PA 5GSNA 1FEBA 1KF6A 3VQRA 2GRTA 4D03A 3KPFA 3ZDNA 3NLCA 2XLPA 4YSYA 2W0HA 4NTEA 2B7RA 4CBQA 2YM1A 1NHPA 2XDOA 4H4VA 2GEWA 1ZP0A 2JB2A 3AWIA 1B4VA 4U2SA 1B5QA 4DNAA 1GTHA 2BCGG 3QFBA 5HHFA 2BS4A 4CNKA 3AE8A 4J33A 2Q0KA 5BRTA 2VQ7A 2QCUA 1OJAA 1NDAA 1CC4A 4O5QA 4Z44A 3UTHA 4OPCA 3EANA 3ICRA 1XANA 4GF7A 1DOBA 3AYIA 4DSGA 1D7LA 2R4EA 3ALLA 4XXGA 4A79A 3GSIA 2RGHA 3SGLA 5KOWA 3UTEA 3F8DA 5HXIA 3SFDA 4RG4A 4WX1A 3DA1A 4EQSA 1YKJA 3ICTA 4UDQA 1M6IA 3CTYA 1NG4A 2QA2A 1XPQA 3EPTA 2GVCA 3IHMA 1V59A 4BJYA 2GV8A 3G5RA 4KPRA 5C2TA 3K7QX 1Q1RA 3P4PA 4Z2UA 4OVIA 2YR4A 3UTGA 4B1BA 4B63A 1TDOA 1ZMDA 2V61A 2WEUA 4H50A 4A65A 3QVPA 2BXSA 2AAQA 2H89A 3ALJA 2Z5XA 4BK3A 2EQ9A 1UKVG 1ZX9A 2JB3A 4H4WA 4EQRA 1E1MA 4ZCDA 1RSGA 2ARDA 1D4EA 1B8SA 1GNDA 2R45A 4IA6A 3DJDA 3OZ2A 5EB5A 2GMHA 1VDCA 2C3CA 5KOXA 4LA1A 2TPRA 2WDRA 1O94A 3NYEA 4H4TA 2VRMA 5DBJA 3P9UA 3C96A 3FMWA 3GMBA 3GRTA 3ZYXA 3OC4A 1ONFA 1ZOYA 4JY2A 1L9EA 2GAGB 2YLSA 3BNMA 3GRSA 3I6DA 3V3NA 3GYJA 3KKJA 2Y6RA 1YQ3A 3CPJG 2EQ6A 3CNDA 2YAUA 2VVMA 2B7SA 1M64A 4AP1A 1FOHA 2XYOA 4U8LA 4U2LA 3D1CA 1EL9A 1GRHA 1VQWA 4BV6A 3AEAA 3NH3X 3GDNA 3AB1A 3VRBA 2GF3A 4JN9A 3UKKA 1ZOVA 1ELIA 1NPXA 4IVMB 4DSHA 1E7PA 1TYTA 4Y4MA 5EOWA 4I59A 3VRAA 1QLBA 2EQ7A 4FK1C 3ATQA 5JCIA 5KXJA 3LZWA 3PVCA 2EQ8A 4IVOB 3NKSA 3UP4A 4U8OA 1NHQA 2C70A 2X8HA 1GERA 4OPDA 1X31B 2R4JA 3Q6JA 1H83A 4J36A 3GD4A 3K7TA 3LADA 5J60A 3V3OA 1IJHA 2NVKX 2YVFA 1GXFA 3AE1A 1EL7A 2BABA 5KRQA 4TM4A 1KSUA 2WESA 4CY8A 5M0ZA 2YM2A 5U25A 1JU2A 5HY5A 4UDPA 4UP3A 2FJBA 4U8NA 4J57A 3DJGX 4EMJA 1IUSA 3LZXA 1CJ2A 4J34A 4Y4NA 5HYMA 1NHSA 3II4A 4JQ9A 2YG3A 4TM0A 3RP7A 1MOKA 1TDFA 2XLTA 2YR6A 4FX9A 4X9NA 2XVFA 2YVGA 3VR9A 1PBBA 3VR8A 4C77A 1F8SA 2AR8A 4H4RA 2VVLG 4H4SA 1OJ9A 4TLZA 5JCNA 3H4KA 3NHOX 4GUVA 2CDUA 2V60A 2WDQA 4K8DA 1MO9A 3B3RA 3S61A 1BF3A 3V76A 2QAEA 3Q9TA 3AEBA 1CJCA 4WCTA 2CFYA 2BXRA 4YTMA 3RNMA 1DJNA 1E39A 4GRTA 4C3XA 1PJ7A 1KDGA 4YT0A 5GRTA 1IUTA 4H4YA 1JRYA 3NN6X 3L8KA 4APNA 1NG3A 5JCLA 2PYXA 1QO8A 1EL5A 3AD8B 3M12A 3AE2A 3ATRA 2F5ZA 4Y4LA 1AOGA 4U2TA 3KD9A 3ISHA 1LQUA 1KSSA 2XFNA 1K4QA 2BK3A 1CJ4A 2XFUA 3QSEA 1VG9A 2HQMA 3DGHA 2WOWA 5U63A 1ZY8A 3P4RA 1GRGA 3ABVA 3T37A 4BJZA 4N9XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4REKA 4NWZA 2DJ2A 1M2BA 1NAAA 4EIPA 4RI7A 1SEZA 5HFIA 2H76A 2GSQA 2YLRA 4LMWA 3NRNA 1OE8A 4IELA 4MA9A 2OLOA 4K2XA 3I43A 2IIDA 2B9YA 2OE3A 4TN8A 4Z24A 1T7PB 5D9TA 4DSRA 1I5GA 2VD0A 3SZFA 5KN3A 1YQ1A 2BK4A 3AXBA 3ZFBA 2X64A 3H8IA 4U8JA 1VF4A 13GSA 5LNKe 2IMFA 4OPUA 3SQPA 1BJXA 5JWOB 2Q7VA 2Y6QA 3FIMB 1A2MA 2WPEA 5FS7A 2BMXA 2R3XA 3NG7X 5ID2A 1VRQB 1TDIA 20GSA 3UL3A 1GTAA 1F3AA 4NXIA 3TRQA 3K30A 4AGSA 3H93A 5FMHA 2LQOA 4U8KA 2XVHA 1LTXR 3QFBC 3CNJA 2XLSA 4MCUA 11GSA 1M3IA 4TRXA 3FBSA 2APGA 4N10A 1REOA 6GSTA 1EGRA 3GWDA 2GH5A 2DKHA 4I8BA 2NPXA 2E5VA 2DLXA 3J7Yk 4K9ZA 3M13A 1PJ5A 4BA7A 1R4WA 4HU7A 1N4UA 2E2MA 2GSTA 3I69A 5D73A 3UOMA 2ACZA 1TRWA 1LVLA 2LS5A 2YANA 1Q9IA 4MF6A 5D96A 1YJ6A 5BULA 5CP1A 3CNTA 1GPEA 3WT1A 2WS2A 4KAEA 4JR4A 2RIIA 4CRTA 4K5RA 1B8XA 2GZPA 5G5FA 2JZTA 2DJKA 1GSUA 2C72A 3UP5A 5ECSA 3G9BA 3KPKA 1FECA 3ED3A 2WU2A 4FDCB 5IO2A 4PGTA 5J5NA 2XFOA 1K0OA 4CCRA 2DSAA 4KB3A 5DBQA 3NK1X 1N4VA 4TOPA 1ZDLA 1YQ4A 4ISDA 2H30A 2R9ZA 1B9XC 2B9XA 2A8XA 4TR1B 4PURA 1ILOA 4GTUA 3VLNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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