2DKH | Genus

Total Genus 195

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	195
sequence length	639
structure length	614
Chain Sequence	MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4481230371185672__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4481230371185672__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/2DKH/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4481230371185672__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4481230371185672","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/2DKH/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4481230371185672__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfcdc9c93e091edeaab63d4/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfcdc9c93e091edeaab63d4/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfcdc9c93e091edeaab63d4/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfcdc9c93e091edeaab63d4/pdb.gz): 1371 ms

reading 614 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

614 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 41 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:613});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase
publication title	Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site pubmed doi rcsb
molecule keywords	3-hydroxybenzoate hydroxylase
total genus	195
structure length	614
sequence length	639
ec nomenclature	ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date	2006-04-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01494	FAD_binding_3	FAD binding domain
A	PF07976	Phe_hydrox_dim	Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.30.9.50	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2	D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2	2dkhA02
3.40.30.20	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	2dkhA03
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	2dkhA01

2YM1A 1DNCA 2E1MA 3AE9A 4TM0A 4B68A 4NTEA 2R9ZA 1L9EA 4APNA 4J31A 1PN0A 1KSUA 1B8SA 3C4NA 4U8MA 5HXIA 4Y4NA 4TM1A 3AWIA 3DH9A 5IPYA 4XXGA 1O95A 2YR6A 3EANA 1VRQB 1YQ4A 1EL5A 2ZZBA 4H7UA 5JCNA 2Q6UA 3K30A 1EBDA 1CJ3A 4A9WA 1ZP0A 4YSXA 1F8RA 2C3DA 2Q7VA 2WPCA 3SM8A 1ZDLA 4B63A 4JNAA 5KVHA 3ITJA 1ZK7A 2R46A 2XFNA 1LVLA 2Q0LA 3FMWA 3L1RA 1GETA 4B66A 3DJJA 1SEZA 4K5SA 4YSZA 3SFEA 4YT0A 1B5QA 2RGOA 2RGHA 3UOXA 2XFUA 1TYTA 5TR3A 2X3NA 1CC2A 2A8XA 1CBOA 4P9SA 4GCMA 4U2LA 3P4QA 3AE1A 3NN6X 3M13A 1VQWA 2B7SA 2FJAA 2TMDA 3C96A 2GH5A 4GDPA 3UTGA 4EIPA 4YWOA 1B4VA 2YG5A 2A89A 5M0ZA 3ALMA 1ZMCA 3GWFA 4U8IA 4H4XA 3KU9A 3VRBA 3WE0A 2GVCA 4JN9A 4REKA 3D1CA 1BWCA 2EQ8A 2XLUA 4I59A 2YR5A 4EMWA 4WCTA 2B7RA 3QVPA 4EM3A 4IA5A 3NN0X 1JNRA 5FS6A 2GR1A 1DXLA 1ZKQA 3NIXA 3ISHA 3UOZA 4E0VA 3CN8A 1PJ6A 2GAGB 1NG3A 3UKHA 3O0HA 4YTPA 1E7PA 1PDHA 1YQZA 4EIQA 1JNZA 1TYPA 3R9UA 4J2WA 2FJDA 4B65A 1QO8A 4BJZA 1GRAA 2XVEA 5M10A 4O5QA 2JB3A 3IC9A 4H2RA 3NHOX 1ONFA 2YVFA 2YM2A 2GV8A 3NTDA 2XVHA 4EQWA 3EAOA 3S61A 1IUVA 1Z6LA 5JCLA 4Y4LA 2HQMA 2RGJA 4CCQA 2NPXA 3SQPA 5JCKA 2WHDA 3AD8B 4YXDA 3Q9TA 2QCUA 3H8IA 2XFOA 2XVIA 3PVCA 1KSSA 3P1WA 2V61A 2B9YA 4J34A 4K2XA 4NTCA 4H2QA 3DJGX 1D7LA 1H6VA 2JB2A 3QSSA 3ZYXA 3JSKA 1D4DA 3GYIA 3AE6A 3QSEA 3LJPA 3ALLA 4AT2A 3LADA 5BUKA 1K0LA 3AE2A 4H2PA 2C66A 2WESA 4Z2UA 4A99A 5C3JA 4A6NA 5JCIA 1PBCA 3CPIG 4J57A 1TRBA 2VVMA 5LV9A 2XCGA 3F8PA 2WP5A 3LB8A 3Q6JA 3URHA 1E39A 3KKJA 1F6MA 2XVFA 2ZZCA 4LIIA 4H4VA 3DK9A 3F8RA 1QJDA 2OAMA 2QA1A 2H88A 3BNMA 3CNTA 2AAQA 3GD3A 3VR9A 3M0OA 3DGZA 1PJ7A 2BK4A 2TPRA 2JK6A 1PXCA 1N4WA 4RG4A 5EB5A 3NKSA 3NK1X 1GESA 4HA6A 4H4SA 3UKPA 2BXRA 3T37A 3AE7A 2GR3A 5HY5A 1PXAA 4USRA 4UDPA 2WPEA 1DODA 1GPEA 1GOSA 4I58A 4EMIA 4O5UA 3KLJA 4RG3A 3GWDA 1GXFA 3P4SA 4DSHA 4OPUA 4LU6A 2WOVA 4XWZA 1UKVG 3CGBA 1GTEA 4D04A 3ADAB 1P2EA 1V59A 1NDAA 2CFYA 1NHSA 4K7ZA 3QVRA 5CKUA 3VRAA 4GF7A 4EM4A 2BYBA 3UCLA 3DJEA 2BABA 2BS4A 3H4KA 4CNKA 1CF3A 1IUXA 1GEUA 2B9WA 2H89A 2XLRA 2GRTA 4FDCB 4YSHA 3RP7A 1CJCA 2VRMA 5BVAA 1NPXA 4K22A 4J36A 1KNRA 3KVEA 2BS3A 2VQ7A 1COYA 4IA6A 1FOHA 3QFAA 2ACZA 4C3XA 2PHHA 2XLPA 4H4RA 1CL0A 2VVLG 3E1TA 4NTDA 1TDKA 1FEBA 1F8SA 1OJ9A 3AXBA 1YY5A 1GALA 1D4CA 1PBBA 3AYJA 3I3LA 5FS7A 3GMCA 4OPIA 1RYIA 3HZLA 3ICRA 3B3RA 4A5LA 1GREA 4CBQA 4USQA 2WP9A 4BV6A 3EPTA 1ZY8A 1HYUA 3K7MX 1D7YA 4JY3A 1Q1RA 2B9XA 3G5QA 4OPDA 2WDVA 4ZCCA 4OVIA 2E4GA 3AEGA 2X8GA 1H84A 1FEAA 2XLSA 2JKCA 4PAAA 2ZZ0A 2C76A 1IJHA 2AQJA 2WOWA 1BGJA 1GERA 4NEVA 4U2TA 4UDQA 2YVJA 2IVDA 1GRGA 4CNJA 2WDQA 4UDRA 1DOBA 3P4PA 3NYFA 1FECA 1ELIA 1PBFA 1XHCA 1E1MA 2NVKX 1BGNA 4U2SA 5KVIA 2PYXA 2R0CA 4Z44A 1Y56B 4JY2A 3UOVA 2YR4A 4A79A 1H7XA 4KX6A 1XDIA 2YQUA 1LJ1A 1LTXR 1F8WA 4OPCA 5BULA 3AECA 3RHAA 2CULA 1BF3A 3NK2X 4A65A 2BACA 4JDRA 4C3YA 1L9DA 1VDCA 3CNDA 3AYIA 1VG9A 5CQFA 3P4RA 2YG3A 1LV0A 3K7TA 4ZN0A 2YLXA 3ALJA 2YLTA 3NT6A 1OJAA 3PO7A 2GAHB 5DBJA 4H4UA 4IVOB 3ABVA 2FBWA 1QLBA 3GDPA 4MJWA 5HHFA 4B69A 1CJ4A 3UP5A 2APGA 1DJQA 5J60A 3GRSA 4TM3A 5GRTA 1N4VA 4UP3A 1S2QA 2JB1A 2WS3A 4GUVA 3UKQA 1JRYA 2C70A 3GDNA 1S3EA 2WU2A 2QAEA 4IV9A 3II4A 5BRTA 4YTNA 2XVJA 3DJDA 1REOA 3B6DA 1L9CA 4GR1A 3C4AA 1K0JA 3BI2A 1GRBA 1E1KA 3QJ4A 2WBAA 1X31B 5ER0A 1GV4A 4TM4A 3CPJG 3UTFA 4OPGA 1ZOYA 2IVEA 4HB9A 3IF9A 2WQYA 2YLRA 2E5VA 4CRTA 4BK1A 2WEUA 4OPLA 1CHUA 1OJTA 1E6EA 4Z24A 1H83A 2EQ9A 1CC4A 2VZ2A 3ATRA 2WU5A 3P9UA 5KRQA 2C75A 2X8HA 3V3NA 3IHGA 3VR8A 2WOIA 1KDGA 1NHQA 2EQ6A 2X50A 1MO9A 4H2NA 1EL7A 3V76A 4AP3A 2BCPA 2V3BA 1FCDA 1GTHA 3CNJA 2C65A 3DK8A 2VRLA 4AOSA 1N1PA 2XDOA 3EF6A 3NRNA 4Z26A 5KXJA 1KNPA 1K4QA 4H4QA 4CY6A 5HYMA 3AE3A 2DKHA 3AB1A 4J33A 4AT0A 5JCMA 2V60A 2Y6RA 2VVLA 5EOWA 3NGCX 1JRZA 2B76A 2GR2A 1P2HA 3ATQA 1TDNA 3NG7X 4H4YA 1IUWA 2GMJA 3DGHA 2Z5XA 4C77A 2GQWA 4FK1A 3FG2P 3L8KA 1LQTA 4TLXA 4B67A 2BC1A 4YTMA 1GRFA 1TDFA 3BNUA 2XLTA 1RSGA 2XFPA 4JNQA 3UKFA 2XYOA 1DOEA 2UZZA 3CTYA 3NH3X 4U8LA 3REDA 3UKAA 3COXA 4X4JA 2GB0A 2YG6A 1YQ3A 4Y4MA 1H7WA 2YLWA 3DA1A 4U8JA 3QSMA 3NK0X 2BA9A 3UTHA 4EQXA 1IUTA 2A87A 3CIRA 1YKJA 4M52A 4JQ9A 4Z2TA 1RP0A 1BKWA 3G5SA 4CCRA 3BI5A 1ZMDA 3GD4A 3RP8A 3AEDA 4GDEA 4WX1A 2I0ZA 1CC6A 4H4PA 1JOAA 3OC4A 5U63A 1LPFA 4GRTA 1Y0PA 3DK4A 3VRDB 1K0IA 4ICYA 1NENA 1PJ5A 1O94A 1IUUA 1PBDA 2VQBA 4NEWA 5IQ4A 2YG4A 2RABA 3K7QX 2CDUA 4U8NA 1TDOA 1DOCA 1H81A 1W4XA 2R45A 1E1NA 3UTEA 2V3AA 4BK3A 4XWRA 1F3PA 3LZXA 4H50A 4FX9A 4PABA 5GSNA 1NG4A 1OJCA 4YSYA 1ZX9A 3D8XA 1H82A 3ICTA 4AOXA 3AYLA 3PS9A 3AE8A 3I6DA 2R0PA 5IQ1A 3DMEA 1GRTA 3S5WA 4EMJA 2WP6A 4EQRA 1NEKA 1Q9IA 4OCGA 3AE4A 2OALA 4X9MA 1JEHA 3AEBA 4H4ZA 1E1LA 2WETA 3M12A 5J7XA 3UKKA 3GSIA 1S3BA 4H4TA 1DJNA 2XFQA 1EL8A 4KPRA 1AOGA 4N9XA 2R4JA 4A6NB 1XPQA 2YVGA 4K8DA 5KOXA 5L46A 1O5WA 1Q1WA 2JAEA 2Q0KA 3G5RA 2C3CA 5U25A 1IUSA 1D5TA 4LA1A 5FMHA 4DSGA 2ZBWA 3V3OA 4U8PA 3GMBA 4ECHA 2YAUA 3F8DA 1M64A 2GR0A 4NZHA 1N4UA 2JBVA 3IWAA 1XANA 1TDEA 1PHHA 3NTAA 5EBKA 2WDRA 2EQ7A 4B64A 1VG0A 4RSLA 1OJDA 1JU2A 5KWFA 4TLZA 3SFDA 3BI4A 3OZ2A 1ZOVA 2F5ZA 3UKLA 3SGLA 1GSNA 2R4EA 2FJEA 1GNDA 1PS9A 3LXDA 5U1OA 4CY8A 3UOYA 1LQUA 3CGCA 4YKFA 2C64A 3BHKA 4BURA 2FJBA 2J3NA 2OA1A 4FK1C 2BK5A 2C7GA 3CGEA 2CVJA 3FIMB 1Y56A 3GYJA 3FPZA 2C72A 2W0HA 3IHMA 4X9NA 2AR8A 4BK2A 3ICSA 3NNEA 2IIDA 3NYCA 4OPTA 3AEAA 2R0GA 3AD7B 2GF3A 3AD9B 3AEEA 4ZCDA 3BHFA 2BS2A 2ARDA 4EQSA 1BZLA 4B1BA 4Z43A 4Z25A 4D03A 3CGDA 4U8KA 2BXSA 4C74A 3ZDNA 1NHPA 1PXBA 2YLZA 3CNSA 2C73A 2QA2A 4J56A 1MOKA 1JRXA 2Z5YA 3LOVA 2Y6QA 2V5ZA 1S2YA 1GRHA 2GQFA 3VQRA 4DNAA 4AP1A 2VOUA 4Z2RA 2DKIA 3H8LA 2YLSA 1D4EA 2BK3A 3FBSA 2C67A 2GMHA 2X99A 1GT8A 1H86A 1KFYA 1CJ2A 3GRTA 4BJYA 4A7AA 2OLNA 3CNPA 4IVMB 1EL9A 2V6OA 1B37A 4U8OA 3QFBA 2BCGG 3KPFA 1KF6A 3AE5A 2WPFA 4H4WA 1NHRA 4ADWA 2GEWA 4C5OA 5C2TA 2BC0A 2YG7A 3AEFA 2OLOA 5KOWA 3KD9A 5FS8A 2O9ZA 3NLCA 1NAAA 1MXTA 4YKGA 1M6IA 2X8CA 3RP6A 1PBEA 4DGKA 2YWLA 1FL2A 1L0VA 3UP4A 3KA7A 4K5RA 3RNMA 3NYEA 3LZWA 5FS9A 5EB4A 3CPHG
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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Chain Sequence

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