2DKHA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, in complex with the substrate
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
639
structure length
614
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Oxidoreductase
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-hydroxybenzoate hydroxylase
total genus 195
structure length 614
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkhA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkhA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkhA01
5GSNA 4J33A 4U2SA 3QFBA 3AEBA 3D8XA 4J36A 1ZP0A 2V60A 2BS4A 1E1NA 2BK3A 2XFNA 3AYLA 5HXIA 4B65A 2X8HA 1TDOA 1ZY8A 2VOUA 4YKGA 1Y0PA 1PS9A 3ADAB 4ZCCA 5FS9A 4GR1A 4DSHA 3KPFA 1MO9A 3BHFA 5FS6A 2GAGB 2Z5XA 1E39A 3QSMA 1KDGA 2XFPA 3NK2X 2JKCA 1ZOVA 3H4KA 2YVFA 1YKJA 4RSLA 2C3DA 2CULA 3GDPA 1D7LA 3I6DA 3KKJA 2OALA 2V3AA 4H4WA 4H4UA 3UP4A 5KOXA 1NHSA 3M0OA 4A9WA 1CF3A 1IUWA 2C76A 2V5ZA 3AE9A 3LXDA 4J31A 4U8MA 3UOVA 4EQSA 1E1KA 3GYJA 3GSIA 1BGNA 4D04A 2WEUA 2Y6QA 2WESA 2XLSA 2YG4A 2ZZBA 3NN0X 4A6NB 3HZLA 3AYIA 2WPEA 1H82A 2JBVA 1L9DA 3GWDA 4U8PA 1GOSA 2V3BA 4CNKA 2GRTA 1CJ3A 3AEGA 3QVRA 1H84A 4H2PA 2GR3A 1CL0A 3DJGX 3V3NA 4CY8A 3C96A 3AWIA 2QCUA 1M64A 2RABA 1GRTA 2AR8A 3ALLA 1QO8A 3SM8A 4BK3A 1O94A 4EM4A 4J34A 1L0VA 2VVLA 1EBDA 2FJAA 4CCQA 4FDCB 1ZX9A 4A5LA 2GQWA 4C3YA 3B3RA 1MOKA 2WS3A 4FK1A 3AEDA 1L9CA 3VR9A 4H50A 2WDVA 3BNUA 4J2WA 4BK2A 2H88A 4EM3A 1Q1WA 1Q9IA 1PJ5A 2IVEA 4OPLA 1KNRA 4EIPA 1E6EA 1JNRA 3RP8A 5BULA 1OJ9A 2V6OA 2GB0A 3DMEA 3M13A 1Y56B 2XVFA 2A89A 3SFEA 4NTCA 3NN6X 4BK1A 2XDOA 4H4VA 3NYFA 3RP6A 2E1MA 3DK8A 4IVMB 3JSKA 2B9XA 1D4EA 1JOAA 1PJ7A 2BCPA 1B37A 3CPIG 1PXAA 1GRHA 3D1CA 5JCIA 3KU9A 5U63A 3ICSA 3S5WA 3CNPA 1DOCA 1EL7A 2FJBA 3CNSA 3GRTA 1E1MA 4OCGA 2WQYA 1H86A 1GT8A 1N4UA 1GEUA 1GRBA 4FX9A 4H7UA 3UTGA 3PO7A 1EL9A 2CFYA 1K4QA 3CNTA 2R0GA 1XANA 2EQ8A 2C72A 2WETA 3AECA 1TYPA 3OC4A 2GR0A 3FMWA 2I0ZA 3QSSA 4OPIA 2ZBWA 2OLNA 3IWAA 4GUVA 3NK0X 3O0HA 3IF9A 1Q1RA 4H4RA 3EPTA 1YQ3A 3COXA 3UKAA 5BUKA 2BK5A 1COYA 2GV8A 4GCMA 2YG7A 4TM3A 4XWRA 5J7XA 3VRBA 1OJAA 3UTFA 4UDPA 4C3XA 5KVIA 1XHCA 1YQ4A 4IA5A 1B5QA 1ZDLA 3K30A 3KLJA 4H4SA 1XDIA 3AE2A 5KOWA 1NDAA 3G5QA 2X99A 2GH5A 3P1WA 2XVHA 4USQA 5EOWA 5M10A 2YG5A 1VG0A 3NTAA 1JRYA 3AYJA 4O5QA 3GD3A 2GR1A 2WP6A 4H4PA 4D03A 1ZK7A 1XPQA 1S2YA 2C73A 3F8RA 3UKHA 2WOWA 4EQRA 3CTYA 3UKPA 1B8SA 1VQWA 3AE7A 1D7YA 3BNMA 3BHKA 1KFYA 2X50A 2XCGA 4YTNA 3K7QX 2A87A 2Q6UA 1V59A 1D5TA 1BF3A 1QJDA 3L8KA 5L46A 4JNAA 4K2XA 5HHFA 3NYCA 3ABVA 3RHAA 1LV0A 2O9ZA 1Z6LA 1GTEA 5DBJA 1PBFA 2WHDA 2GVCA 2C65A 3H8LA 3LZXA 5CKUA 2VRLA 2VVMA 3NYEA 4O5UA 1ONFA 2WU2A 4X9MA 4Y4NA 4WCTA 5FS8A 1GREA 3F8DA 4EIQA 1NG3A 2ARDA 4Y4LA 4YTMA 3CGBA 4YTPA 1S2QA 2R46A 2TMDA 3GMBA 4EMJA 4OPCA 2BYBA 2XVEA 2A8XA 3UTEA 4H2QA 2XFUA 3P4RA 4EQWA 3PS9A 3CGDA 4FK1C 2F5ZA 3LZWA 3UKFA 1BWCA 4DGKA 3CN8A 2WOVA 1RP0A 3KD9A 3BI2A 3NIXA 2YR4A 3R9UA 3EAOA 5U25A 2C3CA 3P9UA 2JAEA 2BABA 4U8LA 1IUTA 4WX1A 4BURA 4B69A 3UOZA 4X4JA 4AOSA 1GERA 2GQFA 2CDUA 4U8IA 4USRA 2YG6A 5ER0A 1EL5A 4CNJA 3ATQA 3FIMB 2TPRA 4EQXA 2B9WA 4H4YA 4CY6A 2BACA 1GNDA 4GRTA 4U2TA 2J3NA 2XFQA 3KVEA 1S3EA 1DODA 1X31B 2YQUA 3FPZA 3NHOX 4GDEA 4HA6A 4UDRA 5HY5A 5KVHA 2X3NA 1F8RA 4JNQA 3I3LA 1GETA 4MJWA 3UKQA 1PBEA 2BK4A 3GYIA 2HQMA 4TLZA 3C4AA 5FMHA 2WOIA 4K5SA 3K7MX 4H4QA 4UP3A 2NPXA 1GRFA 2BC1A 4CBQA 5GRTA 2WDRA 2XLRA 2C75A 3GD4A 2VZ2A 5IPYA 1KNPA 1MXTA 3DJEA 4H2RA 4OPUA 1BGJA 1KSSA 2NVKX 2YG3A 1BKWA 2VQ7A 4K7ZA 4PAAA 3RP7A 5KXJA 2IVDA 2WP9A 3ATRA 3DK4A 3DGZA 5JCNA 1YQZA 2OAMA 2CVJA 2X8GA 3G5RA 4YSZA 2R0PA 2VVLG 3UTHA 1OJTA 1F8WA 1FECA 2B9YA 1GSNA 4NZHA 4IVOB 1H7WA 4K5RA 2Q7VA 1TDKA 2XYOA 1LTXR 2C67A 2B7SA 4NTEA 5JCKA 3LB8A 3F8PA 4XWZA 4X9NA 3DGHA 2BS3A 3PVCA 4B63A 2RGOA 3GRSA 1AOGA 1SEZA 3NH3X 2B76A 4REKA 3AD8B 1NHRA 2BCGG 2YM2A 2DKIA 3AE4A 1FEAA 4IV9A 2APGA 1F8SA 4B66A 3NKSA 2OLOA 4APNA 4PABA 4ADWA 4I58A 3UKLA 4B67A 1NENA 5KRQA 3ICTA 1TDNA 4ZN0A 2RGHA 3NRNA 3AE5A 3Q6JA 2BXSA 2EQ9A 1P2EA 1IUVA 1CJCA 1PBDA 2YR6A 1P2HA 2ZZCA 2YM1A 1K0IA 2R4EA 3EF6A 1H83A 1N4WA 5TR3A 4Z2UA 1CJ4A 4LA1A 4DSGA 1E7PA 2WDQA 1GALA 1ZKQA 2C70A 5JCLA 1S3BA 1JNZA 4CRTA 4C77A 1JRZA 1LQTA 2E4GA 1RSGA 2R9ZA 4A65A 4TLXA 2YAUA 3H8IA 4C74A 2JK6A 3NT6A 5JCMA 1W4XA 1HYUA 1O5WA 1REOA 1NHQA 2IIDA 5M0ZA 1IUSA 4N9XA 3AEEA 3LJPA 3ALMA 1GRGA 4U8JA 1VG9A 2WPFA 4JY2A 2QA1A 4KPRA 4Z44A 1VDCA 1PHHA 1CBOA 1K0JA 2GMJA 2X8CA 1TDEA 2WU5A 3DA1A 1D4CA 4JY3A 3FG2P 1FEBA 1PBBA 1PXCA 3VR8A 4A99A 1NEKA 3VRDB 3V3OA 4E0VA 2EQ7A 2YR5A 4H4ZA 3IC9A 4U2LA 2ACZA 4DNAA 1PDHA 1F6MA 3FBSA 1CC2A 4A79A 3AE1A 3NTDA 1JRXA 3DJDA 3S61A 2WBAA 2XVJA 1H7XA 2AQJA 4CCRA 4Z2RA 3C4NA 2QAEA 3QSEA 1L9EA 1LQUA 3G5SA 1LJ1A 3SGLA 3Q9TA 5BVAA 4H2NA 5EB4A 1N1PA 1EL8A 2YLZA 3VRAA 2YLWA 1KSUA 3ZDNA 4I59A 2BS2A 4ICYA 2Y6RA 3REDA 3AXBA 2YVGA 5BRTA 1M6IA 1OJDA 4Z24A 3GDNA 5EB5A 1PJ6A 4YWOA 3DK9A 3CPJG 3QFAA 3DJJA 4M52A 2C64A 2ZZ0A 4NTDA 1D4DA 3K7TA 2PHHA 4K22A 4YXDA 1TYTA 2YWLA 1JEHA 3AD7B 1DJNA 3WE0A 2WP5A 4OPDA 4ECHA 2FJEA 3ALJA 4BJYA 5C2TA 1UKVG 2VQBA 1DXLA 3GMCA 1DOEA 4YSYA 4IA6A 5HYMA 1DJQA 1KF6A 1H81A 3GWFA 4EMWA 2XLPA 3NGCX 1K0LA 5IQ4A 2PYXA 3URHA 2RGJA 2BA9A 4JDRA 3V76A 4AP1A 3L1RA 4TM1A 4OVIA 4Z2TA 3AB1A 1DNCA 2R4JA 1CC6A 2Z5YA 2YLSA 4Z26A 1PXBA 4LU6A 1OJCA 4A6NA 3KA7A 3P4QA 3QJ4A 4C5OA 2Q0LA 4B68A 3B6DA 1JU2A 1QLBA 1IJHA 1GRAA 1RYIA 2OA1A 4YKFA 5IQ1A 3UP5A 4KX6A 4TM0A 5U1OA 1NG4A 3AE3A 4GF7A 1IUUA 5C3JA 2DKHA 1YY5A 5CQFA 2UZZA 1DOBA 2EQ6A 4U8OA 1GXFA 4TM4A 3NK1X 2JB3A 4AT2A 3DH9A 4OPTA 5KWFA 4GDPA 4H4TA 3P4SA 1CJ2A 2WPCA 1E1LA 2XLUA 3II4A 4P9SA 1IUXA 3QVPA 2Q0KA 5LV9A 2V61A 5EBKA 4Y4MA 1PN0A 4OPGA 1ELIA 3NLCA 2E5VA 3BI4A 1VRQB 2YLXA 1BZLA 3ITJA 3UOXA 2YLRA 3AD9B 3BI5A 4Z43A 3CPHG 2XFOA 2XVIA 4B64A 2GEWA 4RG4A 1FOHA 1N4VA 2FBWA 2VRMA 3CIRA 4J56A 4LIIA 3SQPA 4BV6A 1CC4A 1Y56A 1TRBA 4U8KA 2QA2A 3E1TA 1LPFA 1NHPA 1TDFA 2JB2A 3AEFA 3IHMA 4U8NA 3ZYXA 1H6VA 4AOXA 3LADA 4XXGA 1O95A 2JB1A 3CNDA 4ZCDA 3VQRA 3AE8A 3ISHA 4RG3A 4AP3A 3AEAA 2B7RA 2R0CA 4YSHA 4UDQA 2GMHA 3CGEA 2BXRA 3P4PA 3NNEA 3CNJA 3NG7X 3UKKA 1GPEA 1ZMDA 4JN9A 2R45A 3OZ2A 2GR2A 3UCLA 2FJDA 2BC0A 3SFDA 3ICRA 2XLTA 5J60A 1FCDA 1ZMCA 1FL2A 2AAQA 4K8DA 1ZOYA 4BJZA 3CGCA 1GTHA 1GV4A 1CHUA 1NAAA 2C66A 2YLTA 3M12A 3LOVA 4AT0A 4JQ9A 2GF3A 3IHGA 1GESA 2H89A 4HB9A 3RNMA 4YSXA 3UOYA 1NPXA 1PBCA 4B1BA 3AE6A 1LVLA 4J57A 2W0HA 1F3PA 2YVJA 4NEWA 2C7GA 4EMIA 1B4VA 4NEVA 3EANA 4YT0A 3T37A 2GAHB 4H4XA 4Z25A 4A7AA 5FS7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DE2A 4U2SA 3QFBA 2B6MA 4IKHA 2BK3A 1TDOA 4EDZA 3SY4A 4ZCCA 1SJIA 1TI3A 5COHA 4MNNA 1VF3A 2Z5XA 1E39A 2TRCP 2JKCA 1ZOVA 3GDPA 1Z6MA 3UP4A 4ZXGA 2BTOT 2FA4A 4A9WA 5ID2A 2V5ZA 3LXDA 4MLYA 4J31A 1T8EB 4MK3A 4D04A 3NN0X 4A6NB 3HZLA 3D0ZA 1DAOA 3AYIA 1H82A 2JBVA 2K9FA 3T2KA 1SJ6A 2L4QA 2FGXA 4KE3A 1GTIA 1EEJA 1V40A 2YZHA 1SU9A 1CJ3A 3TGZA 1H84A 2GR3A 5IMZA 2OKAA 1M64A 1PD21 2VL3A 1HNAA 5DAKA 1GRTA 3SM8A 4OCFA 6GSTA 4F2IA 2FJAA 4FDCB 1ZX9A 3BOAA 4C3YA 4FK1A 2OBIA 1QQ2A 4KF9A 1V57A 1L9CA 1GNEA 4H50A 3BNUA 1NHOA 1THXA 2H1DA 4EM3A 4NHWA 1Q1WA 17GSA 2RLIA 2IVEA 1JNRA 4FYUA 5DCGA 4TOPA 4ISDA 2GB0A 1Y56B 2XVFA 2A89A 1UC7A 2CT6A 4Z7XA 1KEBA 3SFEA 4BK1A 3NYFA 5DVBA 2LUSA 4YJFA 2IFQB 1JOAA 1ZYQB 2YOIA 1T7PB 1EGRA 5GSTA 3ICSA 3GRTA 1TW9A 2WQYA 5ELAA 1H86A 1GT8A 4TR3A 4O7HA 2LV3A 3PO7A 1QK8A 1K4QA 8GSSA 4POMA 3FR6A 2EQ8A 4ID0A 3GYXA 3OC4A 3HYPA 4FH8A 4NMUA 2GR0A 1PMTA 1A2MA 1TTZA 4N11A 5ECLB 1B48A 3IWAA 3NK0X 3IF9A 4GQCA 1Q1RA 1YQ3A 5KMQA 2HSHA 2L59A 2YG7A 4LMVA 1OJAA 3UTFA 1F6MC 2FWHA 2YPMA 4TW5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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