2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Oxidoreductase
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
5EB5A 4GUVA 3URHA 1GETA 2TMDA 1F8WA 1OJAA 2C3DA 1H84A 2AQJA 1S3BA 1OJCA 2FJDA 2V5ZA 4OPLA 5L46A 2YLSA 4YSZA 1H7XA 1H86A 1KF6A 2WEUA 3CIRA 4GCMA 4BURA 3GDNA 1KSUA 2WESA 1S2QA 2BYBA 1RP0A 4MJWA 3NRNA 4FK1C 4YXDA 4H7UA 2GQWA 1LPFA 4AT2A 1IUUA 2B7SA 3QFBA 5JCLA 4O5QA 2C65A 2FBWA 2GQFA 2JKCA 1DJQA 1EL9A 4Y4NA 3NK2X 1PXAA 2QCUA 3L8KA 3QFAA 2V6OA 2EQ7A 2WOVA 2BC1A 4FK1A 4NEWA 4U8PA 2UZZA 1GSNA 1TDEA 3ITJA 3K7QX 4H4SA 1GRTA 2DKIA 2QAEA 2DKHA 4DGKA 2B9WA 2VVLA 2XLTA 2WBAA 3GSIA 3RP8A 4N9XA 1MO9A 2GR0A 3UOVA 2E1MA 3M13A 1K0JA 1LQTA 3Q6JA 4NTDA 4A79A 2C64A 1GESA 1P2HA 2C75A 3H8LA 3UKLA 3QJ4A 3P4RA 4YTPA 4KPRA 2GAHB 4YSHA 2J3NA 2BK4A 1XHCA 1N4UA 1D4EA 3AEBA 3NK0X 3QSMA 4B69A 3AEDA 2A8XA 1QO8A 3SQPA 3AD9B 2ACZA 2WPFA 1NG3A 1PBCA 5IQ4A 1K0IA 2B7RA 3UTFA 1PXCA 4TLXA 2GH5A 2X8GA 4CY8A 4OPGA 4TM1A 1SEZA 2C72A 3VR8A 4IVMB 1CC4A 3AEEA 2CFYA 2YG6A 1B4VA 1EL7A 5J7XA 1H7WA 1KNRA 2Y6QA 5BVAA 3EANA 1CBOA 3IC9A 5EOWA 3NT6A 3FG2P 1ZMCA 1CJ3A 4WCTA 2VVLG 5KVIA 1ELIA 3UOXA 1Q1WA 1E39A 3BI2A 4A5LA 3KU9A 3AYJA 3ALMA 3EF6A 3PVCA 1K4QA 4PAAA 2BS4A 4BJZA 2WU5A 1IUXA 2GMHA 3V3OA 2YG3A 1JOAA 3CNPA 5FS9A 5M10A 3CPHG 3SGLA 2I0ZA 3RP6A 4H4PA 2XFUA 1GTEA 3OZ2A 1H81A 1BGJA 1NPXA 3EAOA 1NG4A 1GV4A 2YLZA 4ICYA 3UOZA 4NEVA 2Q7VA 1QLBA 2VQBA 2YR6A 2RABA 4A99A 1CC2A 1M64A 2QA1A 3ADAB 4J56A 4USQA 5JCKA 1JRZA 3ALJA 3IWAA 5KOXA 2B9YA 2XVHA 5ER0A 4C3XA 2GR1A 5JCIA 3RP7A 4FX9A 4TLZA 1NHPA 2A87A 3IHGA 1E1MA 3R9UA 1Y56A 1PBDA 3QVRA 1ONFA 3UTGA 4B65A 2YM2A 2YG7A 3F8RA 3AE3A 1PBEA 3ICSA 2GRTA 5EB4A 2X99A 1KDGA 1D4DA 1JRYA 1B37A 4YT0A 1PHHA 3KD9A 4LU6A 3AECA 2C3CA 5U1OA 1LJ1A 5U25A 2GB0A 2JAEA 2XFNA 1S2YA 1PS9A 4REKA 2WU2A 1GRAA 3FPZA 4Y4LA 5CQFA 4WX1A 3JSKA 2NVKX 4BK3A 1GT8A 4XWZA 4Z24A 4IA6A 3KVEA 2RGJA 1YY5A 5GRTA 3RHAA 1PBBA 5JCNA 1ZKQA 4H4WA 3OC4A 3GD4A 1FL2A 2GAGB 4OCGA 1D4CA 2ZZ0A 1DJNA 2JB3A 3CNSA 3GD3A 3NN0X 1F6MA 1NENA 5TR3A 4BV6A 3BI4A 4H4ZA 3AEAA 2AR8A 3CGDA 4RSLA 2HQMA 3S5WA 2Y6RA 1COYA 2R0PA 3II4A 4H2QA 4A6NA 3AEGA 4B63A 2Q6UA 4Z44A 2Z5XA 1IUWA 3Q9TA 1NHSA 3VQRA 2C70A 4PABA 4BK1A 4H2NA 4J31A 1DOBA 4Z2RA 1VRQB 3DJEA 1S3EA 3LJPA 1E1NA 1ZMDA 3ATRA 3S61A 4EQWA 3NG7X 3I3LA 4GRTA 2XCGA 4Z2UA 2OLNA 3DK9A 3AYIA 4U2TA 1P2EA 3G5SA 1Z6LA 1TYTA 1XANA 1O95A 3ATQA 2R46A 1EL5A 1MXTA 3AD7B 3CNDA 1GALA 1L9DA 2E5VA 4B68A 4CRTA 2ZZBA 3UKHA 2GMJA 2XVFA 4UDPA 1W4XA 4RG3A 1ZOYA 2YVJA 4USRA 2XYOA 4K7ZA 1PXBA 2YG4A 4U8LA 1F3PA 3ICTA 2YLXA 1ZP0A 1M6IA 4LA1A 4AOXA 5KVHA 1NHRA 2WQYA 1FECA 2YQUA 3PO7A 2VZ2A 2VRMA 4GDPA 3CPIG 2FJAA 2XVIA 4JY3A 1FEAA 1LV0A 2AAQA 4B1BA 2PHHA 4U8JA 4D03A 1UKVG 3WE0A 1CJ2A 3GDPA 5HXIA 4DSGA 1AOGA 1GRGA 4EMIA 1K0LA 4OPUA 3VRAA 4OPTA 4AP1A 1GRBA 4M52A 4ZN0A 1GRFA 2R0CA 4KX6A 1H83A 1D7LA 3AWIA 3NYCA 1BF3A 3BNUA 2XLUA 4IVOB 4C74A 2YLRA 2C67A 2R4JA 2BA9A 4J36A 4U8NA 3GRSA 4B67A 5BRTA 1IUTA 3E1TA 4K5RA 2C66A 3ZYXA 1OJDA 3KLJA 4U2LA 3UTHA 1CJCA 3EPTA 1HYUA 2EQ6A 3ABVA 2H89A 2IVDA 4D04A 1DOCA 2APGA 3AD8B 4H2PA 3DJDA 4I58A 2XLSA 3AXBA 4OVIA 4XWRA 1TYPA 1LTXR 3DJGX 3F8DA 5JCMA 1PBFA 4BJYA 1YKJA 3L1RA 4A6NB 1PN0A 2WP6A 3P4QA 4AT0A 1YQZA 4E0VA 2XFOA 4EQRA 3LB8A 3BNMA 3T37A 1L0VA 1GREA 3KA7A 1D7YA 2TPRA 1B8SA 4J34A 2BS3A 4JNQA 1GRHA 4JQ9A 3AE8A 2NPXA 4GF7A 1ZDLA 2WPEA 4U8KA 2X8CA 4YWOA 1CJ4A 3CTYA 3LZXA 4A9WA 4U2SA 3M0OA 5C3JA 5LV9A 1GNDA 2BK3A 3VR9A 1E1KA 3COXA 3GYJA 1E1LA 1BWCA 1TDFA 2JBVA 4ECHA 1N4WA 1QJDA 5U63A 1ZK7A 1E7PA 4ADWA 2R4EA 3LOVA 3NLCA 3K7MX 4NTCA 4TM4A 1GXFA 3AB1A 4X4JA 1VDCA 1GEUA 2Q0LA 4AOSA 1TDNA 2WS3A 2X8HA 4CY6A 4OPDA 2BXSA 1V59A 3ISHA 3BHKA 1DOEA 4K8DA 2JK6A 2WDVA 2YVGA 2A89A 3O0HA 4UDRA 4DNAA 3UKPA 5BUKA 3P9UA 3V3NA 4EQXA 1PDHA 4H4TA 3NN6X 3UKQA 3V76A 3CGCA 2OLOA 1O5WA 3AE5A 2YM1A 3NIXA 2X50A 2R45A 3QSSA 4EQSA 3F8PA 3QSEA 1REOA 4HA6A 3NNEA 1NAAA 2XDOA 3K30A 3CNTA 1CF3A 3SM8A 3QVPA 3KPFA 1F8SA 4DSHA 3AE7A 1PJ6A 4H4QA 3FBSA 5KWFA 2IVEA 3DJJA 5KXJA 4B64A 5FMHA 4CCQA 1YQ3A 3CGBA 3FIMB 3CNJA 2VQ7A 1ZX9A 2BC0A 3AE1A 3DMEA 4YSXA 3K7TA 3AEFA 3NK1X 3M12A 1RYIA 3BHFA 2PYXA 4FDCB 4A65A 5C2TA 4EMJA 1OJTA 2WP9A 3UOYA 1PJ7A 2WDQA 1KFYA 1DODA 2ZZCA 5CKUA 5DBJA 3GRTA 4A7AA 2YG5A 2RGOA 1XDIA 1JNRA 2BXRA 4X9NA 1B5QA 3DGZA 1YQ4A 4Y4MA 1EBDA 3UP5A 3NTDA 1GPEA 1VG9A 2YR5A 3FMWA 4H4XA 2EQ9A 2V61A 4O5UA 3KKJA 2W0HA 2YWLA 3I6DA 5EBKA 1PJ5A 4U8OA 2YAUA 1IJHA 1RSGA 3CN8A 3G5QA 3NYEA 2CVJA 4H50A 3SFEA 2Q0KA 5HHFA 1Y56B 4YKGA 2XFPA 4U8IA 3NKSA 4H4VA 4CNKA 2ZBWA 4H4YA 3AE9A 2X3NA 4UDQA 2JB2A 5FS6A 5IQ1A 2OA1A 3H4KA 3UKAA 2WOIA 2XLRA 4GR1A 2FJBA 4APNA 4TM3A 1F8RA 1MOKA 1TRBA 3P4SA 3UTEA 3GWDA 4I59A 4BK2A 3C4AA 2BK5A 2GR2A 2QA2A 4EIQA 5FS7A 3NTAA 3UP4A 5J60A 5HY5A 2R0GA 2FJEA 3C4NA 3ICRA 1TDKA 3DA1A 2IIDA 4YSYA 1LQUA 1JEHA 3LXDA 3H8IA 2XFQA 3DK8A 1CC6A 1BKWA 2WP5A 4ZCDA 2VRLA 2B76A 1N4VA 2V60A 3SFDA 3ZDNA 1JRXA 3REDA 2VOUA 4CNJA 2WOWA 1EL8A 4CCRA 1L9EA 1ZY8A 2E4GA 2GVCA 1IUSA 1GERA 3D1CA 3HZLA 5KOWA 3NGCX 1FEBA 4X9MA 4C77A 2F5ZA 4J57A 3RNMA 4EMWA 2WDRA 1OJ9A 4OPCA 2GEWA 2V3AA 3GMCA 3UKKA 4JDRA 2C7GA 4H4RA 4EIPA 1CHUA 3C96A 2CULA 1Q9IA 4HB9A 2B9XA 2GR3A 1VG0A 4NTEA 2ARDA 2GV8A 2OAMA 2XLPA 3NH3X 2EQ8A 4NZHA 1IUVA 2R9ZA 4K2XA 2GF3A 2OALA 1L9CA 4C5OA 4CBQA 3AE2A 1BGNA 3LADA 2BCGG 2BCPA 1NEKA 3DGHA 4Z43A 1DXLA 4OPIA 3P4PA 3CGEA 2JB1A 2WPCA 1N1PA 2YLTA 4IA5A 4EM3A 4C3YA 1TDOA 4Z25A 5BULA 2V3BA 3BI5A 2C76A 3B3RA 1X31B 2CDUA 4H4UA 5FS8A 3LZWA 4H2RA 4U8MA 1CL0A 1LVLA 3AE4A 1FCDA 4YKFA 4GDEA 1VQWA 1H6VA 3CPJG 3NHOX 1DNCA 2O9ZA 1H82A 3UKFA 1KSSA 3DK4A 2YVFA 2WHDA 4EM4A 3AYLA 5IPYA 2RGHA 4TM0A 4Z26A 1FOHA 5KRQA 4J2WA 1D5TA 1O94A 2C73A 4JNAA 4ZCCA 3AE6A 4RG4A 4UP3A 5HYMA 1Q1RA 2H88A 4JN9A 1E6EA 4LIIA 2BS2A 5M0ZA 4XXGA 4AP3A 1ZOVA 1GTHA 1JU2A 2YLWA 2Z5YA 3IHMA 4K5SA 3D8XA 3P1WA 4JY2A 2XVEA 3B6DA 3DH9A 5GSNA 4YTNA 3VRBA 1KNPA 2VVMA 4IV9A 4B66A 3GWFA 1GOSA 2BACA 4Z2TA 3PS9A 4K22A 3UCLA 1NDAA 2YR4A 3GYIA 3ALLA 3G5RA 3IF9A 1XPQA 1NHQA 2WETA 2BABA 3GMBA 1Y0PA 3NYFA 1BZLA 4P9SA 4YTMA 1JNZA 3VRDB 4J33A 2XVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EB5A 3URHA 3SX6A 1GETA 3MDKA 5D9XA 3ZRDA 4FYBA 2G0FA 4XRDA 1W4VA 2B1KA 2VM1A 2YJ7A 2WEUA 1EOGA 2GDRA 1RP0A 3TB2A 2JACA 3NRNA 4FK1C 1YZXA 1LPFA 4AT2A 1IUUA 2B7SA 5E4WA 3QFBA 5JCLA 2C65A 4G2EA 1DJQA 4XS4A 3HJPA 6GSUA 1PX6A 3L8KA 3QFAA 2V6OA 3GV1A 2EQ7A 2BC1A 4NEWA 1SENA 5A4WA 3M0FA 2WULA 1TDEA 4POLA 3ITJA 3K7QX 2H66A 3KP9A 2DKIA 2QAEA 2GSSA 3A3TA 4N11A 2K8VA 2WBAA 5ECQB 1TI3A 3LYPA 5J41A 4N9XA 2GR0A 2XBIA 1K0JA 4V1Ag 4NTDA 4A79A 2C64A 3H8LA 3O76A 2GAHB 1HNAA 2CV4A 5ENUA 3TJKA 5IIZA 2WPFA 4TLXA 4DSRA 2A2SA 4OPGA 3C8EA 3H79A 4IVMB 1CC4A 4CW9A 2VLTA 4V2NA 1RW1A 2PN8A 3IC8A 2E49A 4QFDA 2Y6QA 3EANA 3IC9A 5EOWA 3D21A 3NT6A 4EUYA 2FWHA 3UOXA 4MJBA 1E39A 4A5LA 3KU9A 4AGSA 1K4QA 2LS5A 1NW2A 1S3CA 1SK2A 2H8LA 4TR1B 2GMHA 2A4VA 4K7IA 5KMRA 3TJJA 5M10A 4IW9A 1K3OA 2C1YA 4YJGB 5CRGA 1X5EA 2XFUA 1R26A 2X64A 1TK5B 1NG4A 1JLVA 3WT2A 2VL2A 2YLZA 5ABRA 3LQ7A 1NHOA 1CC2A 3P8WA 5ECMB 5INYA 4MABA 1JRZA 3ALJA 4TW5A 3F9UA 2HSYA 2GR1A 3RP7A 3U6VA 3HJOA 1WIKA 2V6KA 3UTGA 3F8RA 2L5OA 4IVFA 18GSA 3GSTA 1R4WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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