2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
1PHHA 2EQ7A 2R9ZA 3AYJA 1F6MA 2CVJA 3KLJA 4H4VA 3EF6A 3L8KA 2FBWA 1M64A 3HZLA 4H4XA 5J7XA 4K5SA 3B6DA 2C3CA 1PBEA 1NHPA 2OLNA 4OPGA 1OJAA 2RGJA 4PAAA 4OPDA 3GD4A 4ZCDA 2O9ZA 4EQRA 2Y6QA 2PYXA 3DK8A 4H4ZA 3P1WA 5JCNA 1CL0A 2IIDA 1GRGA 3GD3A 3LJPA 1O5WA 1GEUA 4A99A 4AT0A 4NZHA 1GETA 3ITJA 3NTDA 3B3RA 1E1MA 3F8DA 4IVMB 1DOCA 1FL2A 3UKLA 3GMCA 3KU9A 4K22A 4CY8A 2R0CA 2C72A 4U2LA 1H82A 2GQFA 1PJ6A 4DSGA 2NPXA 4Z26A 4GDEA 5U1OA 1K4QA 2XFQA 5KWFA 3NYFA 2ZBWA 3UKAA 1RYIA 2QCUA 5FS6A 4GDPA 1BKWA 1GOSA 2Z5YA 2YG3A 5ER0A 3UP5A 1TDEA 1XDIA 1KSUA 2W0HA 4A6NA 4A9WA 2YVJA 1JRXA 2XVFA 3T37A 4YKGA 3AE3A 2BK5A 1OJ9A 2WOWA 5KVIA 4XWZA 1D4CA 3RP7A 1Q9IA 2RGOA 2BS2A 1E1LA 4NEWA 2XFNA 2GB0A 4K8DA 3P4PA 4J34A 4X9MA 1NDAA 2Y6RA 3DH9A 4EQSA 1VQWA 3RP8A 3BI5A 1GRFA 2ZZCA 1GXFA 1O95A 4Y4NA 3H4KA 1D5TA 3ADAB 3DGHA 5CKUA 3CNPA 3GWDA 2WHDA 2QAEA 2WU2A 1P2HA 1PBDA 3GSIA 3UCLA 2AAQA 2JB1A 2YR4A 2B7RA 4J57A 4GRTA 1ZKQA 4P9SA 4B1BA 1MO9A 2C67A 3VQRA 2V61A 1PJ7A 2A89A 1VRQB 2V5ZA 3OC4A 1TDOA 3ABVA 1CC4A 3ATQA 5KOXA 2YLTA 1OJDA 4AOXA 2VRLA 3VRBA 4RG3A 2YLXA 2CDUA 3UOYA 3CIRA 4BV6A 3FPZA 4CRTA 3P4RA 4U8KA 1GV4A 2TMDA 4Y4LA 1E6EA 1B37A 1N4VA 2FJAA 2YVGA 3H8LA 3NHOX 3UP4A 4B63A 1F8RA 2GAGB 1Q1WA 4H4TA 3DK9A 4IA5A 3GMBA 2XYOA 1FECA 3AYIA 1CBOA 1PBBA 3QSEA 2V6OA 1YQ3A 1E1KA 2EQ8A 4ECHA 2GF3A 1N4UA 2UZZA 1H84A 2BK3A 1PDHA 4U8PA 2GV8A 3KKJA 4UDPA 3LZXA 2VZ2A 1XHCA 4EIPA 4GCMA 4I59A 2C75A 1EL5A 4H4QA 4NEVA 2R4EA 4C74A 2HQMA 4Z43A 1DXLA 3S61A 2GQWA 3CNJA 4FK1A 3I6DA 3BI4A 1ZP0A 4A65A 2BK4A 2YLZA 4ZN0A 3ATRA 2WBAA 4IA6A 3UKPA 1DOBA 1JOAA 3C4AA 3ICSA 3ZDNA 3VRDB 1F8WA 1TYPA 1L9CA 3NKSA 3VR8A 2YR6A 2YG7A 1ELIA 1BGNA 5C3JA 3G5SA 2R45A 4A6NB 1KDGA 1GNDA 2GMJA 2CULA 2Q7VA 2WESA 5TR3A 2H89A 3AXBA 2BS4A 5EB5A 3CNSA 4LU6A 3BHFA 3NYEA 1V59A 4XXGA 1GESA 1IUWA 1DOEA 3JSKA 4JY2A 3I3LA 4H4RA 1PBFA 4EQWA 1UKVG 3NH3X 4H7UA 2B9WA 4JY3A 2GR2A 3NLCA 3UOXA 1B8SA 1JNZA 2XLSA 5KVHA 4LA1A 2R0PA 1F3PA 3GYIA 4LIIA 2A8XA 3PS9A 1KNRA 1N1PA 4HB9A 5DBJA 2QA1A 3KPFA 2VVMA 2XVIA 1BGJA 4TM4A 3GWFA 4Z2TA 1IUXA 3UKKA 3V3OA 2VVLG 4TM0A 2XLRA 1D7LA 4N9XA 3GYJA 2DKIA 1DJQA 1ZOVA 4C3XA 4BK1A 2WEUA 2XDOA 3FG2P 3UTHA 4HA6A 4X4JA 2VOUA 4H4WA 1FEAA 2GEWA 2JK6A 3P4SA 2YG5A 3AEGA 2WS3A 1VDCA 3D8XA 2E5VA 1REOA 2B9YA 2V3AA 3GRSA 1JNRA 3LADA 4BJYA 3DGZA 4DNAA 3LZWA 2WOIA 2AQJA 3LOVA 5EB4A 1S2QA 4IVOB 1S3EA 5U63A 3CGEA 4EM4A 4EMIA 1PN0A 2APGA 1JRZA 1LTXR 3RNMA 3II4A 2BS3A 1PXCA 4H4PA 4U2SA 2BABA 3CPJG 2YM1A 3REDA 3BI2A 4H4SA 2WPEA 1YQZA 2YLSA 3GDPA 3UKQA 1K0JA 3OZ2A 4NTEA 2BXRA 2WPFA 2C7GA 2VVLA 2RGHA 3AEAA 4J2WA 2TPRA 1SEZA 1GPEA 1MOKA 3AE6A 2XVJA 3AE7A 2R4JA 4DGKA 2B76A 4GR1A 4UDRA 3DJEA 5HY5A 1LPFA 4PABA 1ZY8A 3IWAA 1NHSA 1GERA 3IHMA 1DJNA 1M6IA 3NNEA 2ARDA 3WE0A 3ALLA 3AD7B 3QVPA 1D4DA 1H86A 1TYTA 3DMEA 4ADWA 3AWIA 4O5UA 1XANA 2GR0A 3AE8A 1GALA 5HYMA 4U2TA 1NHQA 5BVAA 3CGCA 3NK0X 1CHUA 4K7ZA 2GR1A 3GRTA 4J31A 4U8OA 2X3NA 4M52A 4BK2A 3G5QA 1KNPA 4JN9A 4B65A 2YVFA 3ALMA 3AE4A 2WQYA 1NEKA 1DODA 3IF9A 2X8GA 1RP0A 4C3YA 3DA1A 2GMHA 2WDVA 2YR5A 1JRYA 1S3BA 2Z5XA 4U8LA 4UDQA 1Y56A 2A87A 3P4QA 3AE5A 4ZCCA 1D4EA 2B7SA 3SFDA 2R0GA 1H6VA 1GTHA 1GT8A 1KFYA 3UOVA 5EOWA 5M10A 2FJDA 1XPQA 2YQUA 4I58A 2R46A 3AD9B 2GR3A 5GSNA 3AE9A 1JU2A 1ZMDA 1NPXA 2H88A 2C76A 2JBVA 3V76A 3VR9A 4USQA 5JCIA 1K0IA 2WETA 5EBKA 2V3BA 3FMWA 1CC6A 4O5QA 2EQ6A 1QJDA 3Q6JA 2C66A 5FS8A 3SM8A 4DSHA 5JCKA 4OPLA 3QVRA 1S2YA 2BCGG 4UP3A 2DKHA 1DNCA 3V3NA 3K7TA 4XWRA 1P2EA 2GAHB 4AP3A 3K7MX 3M13A 4E0VA 2YM2A 2XVEA 2XVHA 2I0ZA 2VQ7A 1AOGA 1CJ4A 3NT6A 2Q0LA 4H50A 3IC9A 3NK2X 3AEBA 4YSZA 2BC1A 2C65A 4K2XA 5KOWA 1PS9A 3RP6A 1RSGA 4H2QA 4NTCA 5BUKA 1FCDA 1D7YA 3UKFA 3O0HA 3KD9A 3NGCX 2F5ZA 1YQ4A 4EM3A 1GRBA 2GVCA 4Z2UA 2FJBA 3K7QX 3UTGA 4RG4A 1OJCA 3CGDA 1L0VA 4YXDA 1EL9A 4Z2RA 3AB1A 2ZZBA 1ZK7A 3UKHA 1E39A 3CNTA 1LJ1A 3QSMA 1OJTA 3VRAA 1H7XA 3AE2A 4EMWA 3COXA 1VG0A 3ICTA 5FS9A 3BNMA 4J33A 2XFPA 3PO7A 4OPTA 1LV0A 4A7AA 4OCGA 2JAEA 2XFOA 3F8RA 4JQ9A 4BURA 4KPRA 2C73A 4YWOA 1BF3A 1KF6A 2BA9A 3SFEA 4B68A 2XLUA 3AEFA 5JCMA 1B5QA 1KSSA 5U25A 1Y56B 5GRTA 4CBQA 1H83A 4U8MA 1GREA 2B9XA 2VQBA 2YG6A 4J36A 1E7PA 3KVEA 3LXDA 1ZMCA 4YTMA 5LV9A 2C3DA 4OPCA 2XCGA 3BHKA 4B66A 4BJZA 4CY6A 1HYUA 1ZX9A 2WDRA 4OVIA 1LQUA 4H2NA 2X99A 3UTEA 4IV9A 3P9UA 1CJ3A 1ONFA 2E1MA 4AT2A 1EL8A 2X8CA 3Q9TA 4YTPA 4EMJA 1GSNA 5BULA 1PXAA 1K0LA 1GRAA 2Q0KA 4KX6A 3EPTA 1NENA 4D04A 3DK4A 4GUVA 5BRTA 4JNAA 4RSLA 5KRQA 1BZLA 1COYA 3KA7A 1CF3A 3ICRA 5M0ZA 2QA2A 3C96A 3NK1X 4OPIA 4YSYA 5C2TA 5IQ4A 2PHHA 4FDCB 5IPYA 4EIQA 1GRTA 1LVLA 2WU5A 3EAOA 3AD8B 1PBCA 1Y0PA 4TLXA 2XLPA 3SGLA 2YLRA 2VRMA 3NYCA 3PVCA 1IUVA 5CQFA 3M12A 1EBDA 2AR8A 4U8IA 4REKA 1MXTA 2YWLA 1YY5A 2ZZ0A 4ICYA 3IHGA 1PJ5A 4TLZA 2RABA 1GTEA 4YSXA 1L9DA 1O94A 1QO8A 3CTYA 3EANA 2BC0A 4YTNA 5JCLA 5L46A 2BACA 3UTFA 2GRTA 4H2RA 4B67A 3C4NA 5FS7A 5HXIA 1QLBA 1H81A 4X9NA 3H8IA 3NRNA 5IQ1A 4C77A 5KXJA 2WP6A 1N4WA 1NAAA 2NVKX 3QFAA 4JDRA 3S5WA 3R9UA 4A5LA 3K30A 2OA1A 4Z44A 3BNUA 2JB2A 4C5OA 4U8JA 4FK1C 2V60A 1X31B 2BYBA 4GF7A 1LQTA 1TDFA 3F8PA 2EQ9A 4YKFA 2WDQA 1NHRA 3AEEA 1BWCA 2Q6UA 3DJJA 4AP1A 3NN0X 2BCPA 4WX1A 3ISHA 2WPCA 4WCTA 3UOZA 1Q1RA 1FOHA 1NG3A 4H4YA 4JNQA 4B69A 1TDKA 3ZYXA 4YT0A 4A79A 4CCRA 4CNKA 3CPHG 2JKCA 2IVEA 2OAMA 5J60A 1EL7A 4OPUA 2FJEA 3E1TA 4H2PA 1PXBA 1TRBA 4CNJA 4Z25A 2BXSA 4Y4MA 3AEDA 2XFUA 2YG4A 4NTDA 3M0OA 3NIXA 1YKJA 3L1RA 3NG7X 4U8NA 1IUSA 2WP9A 4TM3A 5FMHA 4Z24A 1CJCA 1H7WA 1CJ2A 2WOVA 3D1CA 4MJWA 3LB8A 2GH5A 4B64A 5HHFA 3DJDA 2YAUA 3NTAA 4J56A 4APNA 4AOSA 4YSHA 3AE1A 3QFBA 3G5RA 3ALJA 1IJHA 1B4VA 1JEHA 3FIMB 4EQXA 4CCQA 2XLTA 4D03A 1L9EA 3NN6X 2JB3A 2J3NA 3CN8A 1VG9A 1E1NA 4USRA 2CFYA 2X50A 4TM1A 3CGBA 4K5RA 3DJGX 3URHA 2C64A 1CC2A 2OLOA 3RHAA 2WP5A 1GRHA 1IUUA 2YLWA 2X8HA 4FX9A 1F8SA 1TDNA 2ACZA 1IUTA 1FEBA 1W4XA 1NG4A 3CNDA 3CPIG 3GDNA 3QJ4A 2OALA 2E4GA 2C70A 3AYLA 4H4UA 1Z6LA 1ZDLA 2IVDA 3FBSA 4BK3A 3SQPA 3QSSA 1ZOYA 3AECA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2EQ7A 3AYJA 3I6AA 2C0DA 3EF6A 4MK3A 2AUVA 1M64A 3HZLA 4Q5NA 1Z6NA 4IHUA 4K2DA 2FBWA 5HR1A 1K3OA 4K5SA 1TKDB 2K18A 2BRAA 1NHPA 4OPGA 4PAAA 1PX6A 1RQMA 1XWAA 3GD4A 2Y6QA 5ABRA 1GLPA 3VWWA 4DEJA 4MJCA 5D9XA 4X0XA 1CL0A 3IXRA 1GRGA 1G6WA 2IIDA 5G1LA 4A99A 4AT0A 1WP0A 3GKXA 1TTZA 3GN3A 1GETA 1LU4A 4MPGA 2H70A 1URMA 2MBSA 1E1MA 3US3A 3GHAA 5COHA 2D2ZA 5JWQB 1EGRA 3GSSA 3KTLA 1PSQA 4PUFC 1PJ6A 2B1KA 2EIQA 2J9HA 4PQ1A 5G30A 1XIYA 3UAPA 1K4QA 3M0FA 1RYIA 1S3DA 1DAOA 2QCUA 5FS6A 4MPFA 4L0WA 5DCGA 1A2JA 3LJRA 4MLYA 5IM9A 2PERA 3DWVA 1PKWA 1TDEA 1XDIA 2HYXA 3QAVA 4A9WA 1FOVA 3F9UA 3H8QA 3O6TA 4MJEA 2BK5A 1C0PA 1Q9IA 2YOIA 2RGOA 4DNAA 1E1LA 2XFNA 3P4PA 4EQSA 2Y6RA 1VQWA 3UOMA 1BJXA 3A2WA 4Y4NA 5C00A 1D5TA 3ADAB 3W8SA 5CKUA 2QAEA 2I3YA 1R5AA 5HFKA 4POBA 3WGTA 2PWJA 4DSSB 3RHBA 5JWOB 1QFNA 1ZKQA 1TDIA 3FK8A 1MO9A 4B1BA 2V5ZA 2CX4A 1CC4A 3APQA 2C0EA 1OJDA 2YLTA 4AOXA 5ECPB 1HNBA 3BD2A 5H5QA 2QKEA 5IO2A 2CDUA 1SJZA 3ZVJA 3P4RA 4U8KA 1N4VA 2YVGA 2LQOA 3UP4A 1F8RA 2IMFA 3P2AA 3GMBA 2XYOA 1FECA 2ON5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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