2DKIA

Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from comamonas testosteroni, under pressure of xenon gas (12 atm)
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
639
structure length
615
Chain Sequence
MQFHLNGFRPGNPLIAPASPLAPAHTEAVPSQVDVLIVGCGPAGLTLAAQLAAFPDIRTCIVEQKEGPMELGQADGIACRTMEMFEAFEFADSILKEACWINDVTFWKPDPGQPGRIARHGRVQDTEDGLSEFPHVILNQARVHDHYLERMRNSPSRLEPHYARRVLDVKVDHGAADYPVTVTLERCDAAHAGQIETVQARYVVGCDGARSNVRRAIGRQLVGDSANQAWGVMDVLAVTDFPDVRYKVAIQSEQGNVLIIPREGGHLVRFYVEMDRNITVEQLIATAQRVLHPYKLEVKNVPWWSVYEIGQRICAKYDDVVDAVATPDSPLPRVFIAGDACHTHSPKAGQGMNFSMQDSFNLGWKLAAVLRKQCAPELLHTYSSERQVVAQQLIDFDREWAKDPKEFQKYFEQHGRFTAGVGTHYAPSLLTGQAKHQALASGFTVGMRFHSAPVVRVCDAKPVQLGHCGKADGRWRLYAFAAQNDLAQPESGLLALCRFLEGDAASPLRRFTPAGQDIDSIFDLRAVFPQAYTEVALETLPALLLPPKGQLGMIDYEKVFSPDLKNAGQDIFELRGIDRQQGALVVVRPDQYVAQVLPLGDHAALSAYFESFMRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of 3-hydroxybenzoate hydroxylase from Comamonas testosteroni has a large tunnel for substrate and oxygen access to the active site
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-HYDROXYBENZOATE HYDROXYLASE
molecule tags Oxidoreductase
total genus 197
structure length 615
sequence length 639
ec nomenclature ec 1.14.13.23: 3-hydroxybenzoate 4-monooxygenase.
pdb deposition date 2006-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
A PF07976 Phe_hydrox_dim Phenol hydroxylase, C-terminal dimerisation domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2dkiA02
3.40.30.20 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2dkiA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2dkiA01
4H4VA 3IHGA 2YAUA 2FJEA 4YTPA 3KD9A 1OJDA 2E4GA 3NLCA 4OPLA 2YG7A 1B4VA 3GYJA 2X8CA 3AEAA 4JQ9A 2WS3A 1PBDA 4A5LA 1KNRA 2ARDA 2OLOA 3B3RA 4GRTA 2BK3A 1DJQA 3PVCA 4H4PA 4ZCDA 5IPYA 4FDCB 1D4DA 2C72A 3UOVA 4TM4A 3Q9TA 4J2WA 3CNSA 3L1RA 3AD9B 1O5WA 2WETA 3UP4A 1CJCA 3CNDA 4H4TA 3UP5A 1ZK7A 2ZBWA 5CQFA 2XFPA 1D7LA 2GQFA 3DJJA 3C96A 1S3BA 1TDNA 3ALJA 2XVJA 2GAGB 3DK8A 3LXDA 1NHSA 2XFUA 3UOXA 4JY2A 2BS3A 4Z43A 3CIRA 3QFAA 4YSYA 1NHPA 2BCGG 2PYXA 4X9NA 1QLBA 3RHAA 3UTHA 2X3NA 2ZZCA 3CGBA 1NENA 3H4KA 4B67A 3AXBA 2X99A 3EPTA 5U1OA 2JBVA 2XFNA 3GMBA 4B68A 2W0HA 3UKAA 2BACA 1D4EA 2CULA 1RSGA 1CC4A 3UOZA 2XVEA 1IUXA 1GRHA 3KA7A 1E1LA 2WQYA 1LVLA 4UDRA 4B1BA 1XPQA 5JCLA 1PJ5A 5TR3A 2V3AA 1EL5A 1F8WA 2VVMA 2XFOA 3CPHG 3NHOX 2GAHB 3SFDA 2VQBA 5GRTA 1VQWA 3REDA 4EIPA 1K0LA 1JNRA 2DKHA 4H4YA 2F5ZA 3CNPA 2FJAA 3FPZA 3G5SA 3QSEA 2C66A 4ZCCA 2WOWA 1EL8A 2TPRA 2X8HA 3ITJA 1GTEA 3NK0X 1Q9IA 1VG0A 4IV9A 4Y4NA 2Z5XA 3IWAA 3H8IA 5JCIA 2BK4A 1CL0A 1H7WA 1GOSA 3B6DA 2WDVA 2CFYA 2RGJA 2B9XA 1P2EA 4YXDA 4Y4MA 4J33A 3KVEA 3CPJG 5HHFA 3S61A 5IQ4A 2DKIA 1FECA 1TDFA 4U8KA 1BGNA 3RP8A 2GH5A 4BJYA 4WCTA 2BK5A 4H4UA 2WP6A 1E7PA 4RG3A 1N4VA 2Q0LA 2WHDA 4NTCA 1VRQB 4TM0A 3UKLA 1RYIA 3GDNA 4GDPA 3V76A 4YTNA 1XDIA 5GSNA 1JOAA 3AE5A 4AP3A 1BKWA 4A99A 4YWOA 1NPXA 3ADAB 2ZZBA 1PS9A 2YLZA 3CN8A 1LTXR 2B9WA 1H83A 1E1NA 1F6MA 1E1KA 2R0GA 3NYCA 5C2TA 5M10A 2C70A 3GD3A 2OAMA 2XVIA 1FL2A 2IVDA 1PDHA 4U8JA 4M52A 3AD7B 1PHHA 1ONFA 4NTDA 4CRTA 4U8IA 2V5ZA 2BYBA 4LIIA 4EIQA 4U8OA 2JAEA 2A8XA 3DJGX 3QSSA 1YQ3A 3AYJA 4EM4A 5KVHA 2XFQA 4OPDA 5BULA 3SQPA 4LU6A 2V6OA 1GESA 3NKSA 4U8NA 1CBOA 4BK1A 1KFYA 3K7TA 4JDRA 2WPEA 2R0PA 4OPIA 4U8MA 1ZMDA 1MXTA 4A9WA 1S3EA 2O9ZA 2Q7VA 1N1PA 4C5OA 2WESA 4FK1A 2Y6RA 3GDPA 1JNZA 1S2QA 3NG7X 3QVPA 4HA6A 4CY8A 1H84A 1ELIA 2VVLA 1LJ1A 1W4XA 3LADA 1BWCA 2R46A 4H4QA 4B63A 4EMJA 2R4EA 3M0OA 3RNMA 2XVFA 4B69A 2R45A 1JEHA 1KDGA 2H88A 5JCNA 2YR4A 1FCDA 4X9MA 3F8RA 2Q0KA 5KVIA 4Z2RA 2GR0A 2OALA 3IHMA 3NTDA 1EBDA 1M64A 5KWFA 1FEAA 5BVAA 3OZ2A 1DNCA 3PS9A 4XXGA 4IA6A 4DGKA 1TYTA 1L9CA 4Z24A 2C65A 2V3BA 3DK4A 4CNJA 1N4UA 1E39A 2EQ7A 4C3YA 1NG4A 1GTHA 3T37A 4A65A 4A79A 2BCPA 2JB3A 3AE3A 1GRBA 4EM3A 3Q6JA 4DNAA 1JRZA 2YLWA 4OPCA 4BK3A 1E1MA 4IVOB 1PXCA 2B76A 4RSLA 1GPEA 3VR9A 4OPTA 2GRTA 1NDAA 1IUVA 1B37A 3C4NA 3VRBA 3P4QA 4YKGA 4YTMA 3HZLA 3I3LA 2WDQA 3BHFA 2RGHA 1ZOYA 2XLRA 4K8DA 4OVIA 2YG5A 3FIMB 4U2LA 3DGZA 2GEWA 2YG3A 2RABA 3GYIA 4CY6A 4GR1A 2WOVA 3COXA 4USQA 1X31B 4OPGA 4OPUA 2C76A 4XWRA 3L8KA 3ICTA 1K0IA 3LOVA 4E0VA 3K7MX 5HXIA 4CCQA 5C3JA 2BXRA 4J57A 4N9XA 3E1TA 2FJDA 3D1CA 4TM1A 3CTYA 1GEUA 1JRYA 1OJAA 3NIXA 1DJNA 1K0JA 1NHQA 3QJ4A 3UTGA 4Y4LA 3KKJA 1IUWA 4REKA 2I0ZA 1CJ3A 2ACZA 4C77A 3P4SA 3OC4A 4NEVA 3AB1A 2WP5A 3G5QA 2VZ2A 2HQMA 3BNMA 4BK2A 4OCGA 4H4SA 4FK1C 5KRQA 1H7XA 1QJDA 4J34A 1BZLA 1S2YA 2RGOA 3BHKA 4K5SA 2JB2A 1N4WA 3F8DA 1YKJA 3CGDA 3JSKA 2XYOA 2AR8A 1Q1WA 3UCLA 1MO9A 4NTEA 3V3NA 3AE1A 2YM1A 1REOA 4U2SA 5FS8A 1L0VA 1JU2A 4GF7A 2PHHA 4D04A 4EQSA 1GETA 1TDKA 2JB1A 3M13A 4PABA 1VDCA 2FJBA 2BA9A 4J31A 2VOUA 3AYLA 5U63A 1CC6A 1LQTA 3LJPA 2B7RA 3LZXA 5EB5A 1GRTA 4H50A 2V61A 3BI4A 2ZZ0A 1KF6A 3AE6A 3KLJA 4H4WA 1TDOA 1QO8A 3GWDA 2GVCA 4B65A 3AECA 4USRA 2R4JA 2C3DA 5CKUA 5J7XA 4H4ZA 2BS2A 2YG4A 2XLTA 3UOYA 2AQJA 4IVMB 3AEBA 2YR5A 3GMCA 4C74A 3RP7A 1PBBA 3S5WA 1OJTA 4YT0A 4O5QA 1ZMCA 4JNAA 3AYIA 3GSIA 4B66A 4BJZA 3M12A 4UP3A 1ZDLA 3LZWA 3VRAA 2EQ6A 1IUSA 2WU2A 4CCRA 1F3PA 1O94A 3KPFA 2QCUA 2YM2A 2XCGA 4NZHA 1RP0A 1Z6LA 3UKFA 3GRSA 2WBAA 1NEKA 1KSUA 2UZZA 3NYEA 4TLXA 3ATQA 4X4JA 2YG6A 3NK2X 2B7SA 1Y56A 2C73A 3II4A 2JK6A 3VR8A 3KU9A 2XLSA 3ABVA 3AEEA 2WDRA 4RG4A 5EOWA 5FS6A 3AE2A 1MOKA 2R0CA 2APGA 3NYFA 2FBWA 3NTAA 3WE0A 5KXJA 3FMWA 1GSNA 4U8LA 4ADWA 2YWLA 3UKQA 1PBEA 2OA1A 2X50A 3ALMA 1CHUA 1HYUA 2BC0A 2GR2A 4Z2UA 1PXAA 4BURA 3H8LA 1DOEA 3DH9A 1CF3A 3UKKA 3DJEA 3IF9A 1Q1RA 1D4CA 2V60A 2H89A 2WPFA 3IC9A 5EB4A 1ZKQA 4C3XA 3GRTA 4AOXA 4Z25A 3FBSA 3SM8A 3NH3X 3QVRA 4H2NA 3BI5A 2BABA 2JKCA 4AT0A 2YVJA 2BC1A 3SFEA 2GB0A 2AAQA 4KPRA 3NK1X 3CNJA 2Z5YA 3DA1A 3EF6A 1EL9A 1DXLA 1GERA 1GRFA 3SGLA 5KOXA 1YY5A 2YR6A 3F8PA 3I6DA 2GMHA 1PBFA 3FG2P 3AE8A 4AP1A 4AOSA 3AWIA 2A87A 1M6IA 1GALA 2BXSA 4GUVA 3NNEA 2WU5A 4A7AA 1H82A 3CNTA 1F8RA 5EBKA 3VRDB 2E1MA 4J36A 4IA5A 1KSSA 3DMEA 3G5RA 1TRBA 2GR3A 1DOCA 1GT8A 2YVFA 3GWFA 4XWZA 1GRGA 1CC2A 3AEFA 3K30A 4JY3A 2WEUA 1H86A 2XLUA 1XHCA 3P9UA 2XDOA 1FOHA 2C3CA 3EAOA 1Y56B 2TMDA 2A89A 4MJWA 5BUKA 3CGCA 1F8SA 1GREA 1GRAA 1O95A 2C75A 4K22A 2C64A 2QAEA 1K4QA 5ER0A 2NPXA 3CGEA 1CJ4A 1FEBA 4LA1A 5U25A 1IUTA 2GV8A 3UKPA 4ECHA 1L9DA 3EANA 3URHA 3R9UA 1H81A 4DSGA 3QSMA 3NT6A 4H2QA 3GD4A 3LB8A 1LV0A 4H2PA 3CPIG 4EMIA 1IUUA 4K5RA 4B64A 4ZN0A 2GQWA 4UDQA 2J3NA 3AEDA 2VRMA 1V59A 2OLNA 4GCMA 4GDEA 4A6NA 2IVEA 1ZY8A 3UKHA 1B5QA 2GF3A 1AOGA 4EQXA 1GV4A 5JCMA 2E5VA 3C4AA 3NGCX 4KX6A 2Q6UA 1KNPA 2QA2A 3QFBA 1LQUA 5L46A 1GNDA 1GXFA 2NVKX 2C67A 2YLXA 4H7UA 3UTEA 4H4RA 5DBJA 4H2RA 5FS7A 3NN0X 4DSHA 1PJ7A 2YLRA 4K2XA 1YQ4A 1ZOVA 1H6VA 1PXBA 1YQZA 4H4XA 4I58A 2WOIA 1D7YA 1JRXA 1IJHA 4U2TA 3RP6A 5HY5A 1B8SA 3AE7A 1ZP0A 2QA1A 3DK9A 3V3OA 3VQRA 1DOBA 2WPCA 2R9ZA 3ZYXA 3NN6X 2Y6QA 2WP9A 4P9SA 2XVHA 3K7QX 5IQ1A 1NAAA 1TYPA 4HB9A 1BGJA 1UKVG 2YLTA 4YSHA 3ICRA 4Z44A 3UTFA 5J60A 3BNUA 3ALLA 2EQ9A 4YSXA 4JNQA 2VRLA 3P4PA 4PAAA 1DODA 3ICSA 1LPFA 1P2HA 1ZX9A 2IIDA 5KOWA 4EQRA 4O5UA 3PO7A 3DJDA 2YQUA 5FS9A 2GR1A 1PN0A 1D5TA 4ICYA 1XANA 3DGHA 2C7GA 4WX1A 5FMHA 4TM3A 4CNKA 4CBQA 3ZDNA 3P1WA 4YKFA 4YSZA 5JCKA 1PBCA 2X8GA 1L9EA 2YVGA 2CDUA 1OJCA 2B9YA 2YLSA 4BV6A 4Z26A 1EL7A 3AE9A 3ATRA 4APNA 3AD8B 3BI2A 4UDPA 4TLZA 4EQWA 3O0HA 2EQ8A 1TDEA 3D8XA 1COYA 4NEWA 4A6NB 4K7ZA 1E6EA 4J56A 4JN9A 5HYMA 4EMWA 1SEZA 1CJ2A 1VG9A 2CVJA 3AEGA 3NRNA 2VQ7A 5BRTA 1BF3A 4D03A 4AT2A 2XLPA 4FX9A 2BS4A 5LV9A 1NHRA 3AE4A 4U8PA 4Z2TA 4I59A 1Y0PA 3P4RA 3ISHA 1PJ6A 2VVLG 1OJ9A 5M0ZA 2GMJA 1NG3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YAUA 2FJEA 4KH7A 3NLCA 2E4GA 2FCHA 10GSA 3FZAA 3ZMKA 4G0IA 4GTUA 2I9HA 1XWKA 4ZCDA 5INYA 2B1LA 3FRCA 4TM4A 2VD0A 3VI7A 2GDRA 3L1RA 3AD9B 1M9BA 2HE3A 5JCWA 4MNNA 3UP5A 2HXKA 5D9XA 5CQFA 3DJJA 3C96A 4OO5A 2XVJA 1U6TA 2G0FA 5JWQB 4TXVA 4YSYA 1O7UA 1QXHA 1NHPA 2PYXA 4X9NA 1QLBA 4EE0A 4F9ZA 3UTHA 2LQQA 1MDJA 3H4KA 3EPTA 2YWNA 2XFNA 5DJMA 2W0HA 3F3QA 3UKAA 4L5OA 1XBSA 2C0GA 2L4QA 5G5FA 1GH2A 3SYIA 3E9JB 1XPQA 2DJ1A 3NHOX 4ZBAA 4OFNA 2VLUA 1FVKA 1JNRA 4XRAA 1PFOA 3TJGA 3FPZA 1ZZYA 2O87A 2C66A 4ZCCA 3T2ZA 1EL8A 3I43A 3PR8A 2X8HA 3ITJA 2D2ZA 3HHVA 4GAVA 1S3RA 2VIMA 1SL0B 4OFTA 3HCZA 4MZWA 1NM3A 4NWYA 4JEDA 1CL0A 1X5DA 4MK3A 1J0FA 3B6DA 1R5PA 2LRTA 4YXDA 4X1UA 1V2AA 4L0UA 3CPJG 3S61A 1GUHA 4A5PA 4WCTA 2C4JA 1E7PA 4RG3A 3Q18A 2Q0LA 3QPMA 4NTCA 4TM0A 2OBKA 3V76A 4ECBA 5GSNA 2YJ7A 2RM5A 4Q5NA 5ID2A 1BKWA 4JBBA 3CN8A 3A2VA 3APOA 4I6XA 2C70A 3AY8A 4O32A 3RHCA 3F9UA 1T8EB 3TRPA 5EVOA 4F2IA 5IMCA 1PDHA 3UBKA 1X9SB 1HNCA 4M52A 2WFCA 1PHHA 3TCOA 4CRTA 4U8OA 4EIQA 1MEKA 1M2DA 3UARA 1Z6MA 1EEMA 4KCEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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