2R0PA

K252c-soaked rebc
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
529
structure length
512
Chain Sequence
MNAPIETDVLILGGGPVGMALALDLAHRQVGHLVVEQTDGTITHPRVGTIGPRSMELFRRWGVAKQIRTAGWPGDHPLDAAWVTRVGGHEVYRIPLGTADTRATPEHTPEPDAICPQHWLAPLLAEAVGERLRTRSRLDSFEQRDDHVRATITDLRTGATRAVHARYLVACDGASSPTRKALGIDAPPRHRTQVFRNILFRAPELRSLLGERAALFFFLMLLRFPLRALDGRGLYRLTVGVDTMDSFELVRRAVAFDTEIEVLSDSEWHLTHRVADSFSAGRVFLTGDAAHTLSPSGGFGMNTGIGSAADLGWKLAATLRGWAGPGLLATYEEERRPVAITSLEEANVNLRRTMDRELPPGLHDDGPRGERIRAAVAEKLERSGARREFDAPGIHFGHTYRSSIVCGEWRPSARPGARAPHAWLTPTTSTLDLFGRGFVLLSFGTTDGVEAVTRAFADRHVPLETVTCHAPEIHALYERAHVLVRPDGHVAWRGDHLPAELGGLVDKVRGAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystallographic trapping in the rebeccamycin biosynthetic enzyme RebC
pubmed doi rcsb
molecule keywords RebC
molecule tags Oxidoreductase
source organism Lechevalieria aerocolonigenes
total genus 161
structure length 512
sequence length 529
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2r0pA02
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2r0pA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2r0pA01
1PDHA 1E1LA 1PJ6A 3GMBA 4Z2TA 1JNRA 2J3NA 4U8NA 5FS8A 1JOAA 4H4QA 4Y4NA 3CPIG 3KLJA 4E0VA 3AD7B 3L1RA 2BACA 2WS3A 2R46A 2YLZA 3LZXA 2FJDA 4JQ9A 2GMJA 2WDRA 1CC2A 3DJDA 4OPTA 2YLSA 4K7ZA 2H88A 1ZK7A 2Z5YA 1D7YA 1IJHA 1D5TA 1CC6A 2GRTA 2DKHA 4ZCCA 4K5SA 3AEFA 3II4A 4H50A 4OPGA 1TDFA 3AEBA 1ZMCA 1JRYA 3NK2X 3AECA 2VVLA 1TDEA 3DGZA 4H2NA 2YWLA 5IPYA 4Y4LA 2OAMA 3AXBA 3GDPA 4AOXA 1DOBA 1PXCA 1DNCA 1B4VA 1L9CA 1REOA 2FJEA 2Y6RA 2X3NA 4EQWA 4OPIA 3DJEA 5JCMA 1PN0A 4FK1A 2WP6A 3ADAB 4J56A 1FCDA 3FBSA 5EOWA 3VR9A 3EPTA 5KVHA 1JU2A 3G5RA 4ICYA 4EIPA 3ZYXA 3ALMA 1K0LA 4XWRA 1GRTA 3GRSA 4BV6A 2V3AA 3AYJA 3NNEA 4ADWA 1FEBA 3BNUA 2B9YA 5BUKA 3UOZA 1RSGA 1EBDA 5KOXA 1VG0A 4K22A 3AE3A 3KU9A 5IQ1A 4IA6A 1DJNA 2YVJA 1O94A 2RABA 2GVCA 4CNKA 4LA1A 4O5UA 3UKQA 4BURA 2V60A 4EMJA 5KRQA 4IV9A 2V6OA 4WX1A 2GR2A 1V59A 2TMDA 3CGDA 4H4PA 2YG3A 2CULA 2TPRA 2FJAA 4A9WA 3IHMA 4K8DA 2ZBWA 3K7QX 3NRNA 2AR8A 2WESA 1IUUA 1OJCA 3NK0X 2DKIA 1FL2A 3AE7A 3CNDA 3OC4A 1O5WA 4EIQA 2XLUA 3AWIA 4WCTA 3VRBA 4UDPA 4YSYA 5JCKA 1CHUA 3P4QA 1H86A 4UDRA 3RP8A 2C73A 4Z43A 4ECHA 3I3LA 3ABVA 3GMCA 3EAOA 1E1KA 1GRGA 1IUVA 4C74A 2YAUA 4RG3A 2JKCA 4B67A 5U63A 2WPCA 2OLNA 4U8IA 2C3CA 4EQXA 4YXDA 1P2HA 2WETA 3AEGA 4C3YA 2B7SA 4BJZA 1L9DA 1W4XA 1VQWA 2JAEA 2YG7A 4CNJA 3ALJA 1EL7A 2JB3A 3M13A 4J36A 1TDKA 2F5ZA 5BULA 3B3RA 4GCMA 1CJ4A 1QJDA 4Z2RA 3S5WA 2BC0A 4H7UA 1H81A 2XFNA 3CNJA 4I59A 1DODA 1GTEA 4DNAA 2JB2A 4EM4A 1VDCA 1ZMDA 4NTCA 1NHSA 2XVHA 1CBOA 3M12A 4GUVA 4YKFA 1E6EA 4EQSA 1MOKA 4GR1A 1NPXA 3V3NA 5CKUA 1PBBA 3AE5A 3ATRA 1Y56B 3CTYA 4TM3A 4H4ZA 2YLTA 1ZP0A 3H4KA 2GAHB 2EQ9A 3GD3A 3NH3X 1JEHA 3AYIA 3IHGA 1Q1RA 1GOSA 1B5QA 1PXBA 1CJCA 2EQ6A 1EL5A 1YQZA 2RGHA 3BHFA 3KPFA 1OJ9A 3LZWA 3NN0X 3VQRA 3AD8B 2XLSA 3CPJG 4C5OA 1DOCA 4YSHA 2XVJA 3KA7A 4EMIA 3UTFA 3CIRA 5KVIA 1LV0A 3IWAA 4CRTA 1GERA 1KNRA 1XHCA 4H4YA 1O95A 2ZZ0A 3ICTA 4B1BA 3ICRA 1S3EA 2CFYA 2OA1A 2WQYA 1PS9A 3CGEA 3CN8A 5LV9A 2X8GA 1XDIA 4OPUA 2C75A 5FS9A 3NTDA 1GV4A 2OALA 1F8WA 1GPEA 3P1WA 4A6NB 2QA2A 2GF3A 5L46A 3CNTA 2BK5A 2X99A 3CNSA 4J31A 4CY6A 3BI2A 3Q9TA 4OPCA 2IIDA 4U2SA 3AE2A 4PAAA 4H2RA 4HA6A 5C3JA 4A99A 2WOVA 1NHRA 1BGNA 3LADA 1MXTA 2XCGA 1SEZA 2XYOA 2YM1A 1YKJA 3NG7X 2GR1A 4NEWA 1Y56A 3LB8A 1UKVG 3ATQA 3GRTA 3AE4A 4X9MA 1PBEA 1YQ3A 2C76A 3FPZA 3VRAA 4U8MA 1OJTA 1N4WA 2YLWA 1L9EA 2BS2A 3QSSA 4EMWA 4FK1C 4YSXA 3DJGX 1NHPA 3DMEA 4M52A 2PYXA 4D04A 2H89A 5BVAA 1PXAA 2R0PA 3AB1A 5KWFA 1ONFA 2WU2A 1IUWA 2BCGG 2GR0A 4JNAA 4RSLA 4DGKA 4TLXA 3DJJA 2GEWA 1QO8A 3NK1X 1TDNA 4H4UA 5FS7A 4U8OA 3KD9A 2E1MA 3GWFA 1TRBA 4KX6A 2R4EA 3NYFA 1GT8A 3SFEA 4NTEA 1JNZA 4JY2A 2GQWA 3PS9A 3SQPA 3UP5A 1GALA 2WP5A 4A6NA 4J57A 1XPQA 4C3XA 1CF3A 2C64A 2Y6QA 2CVJA 3GDNA 5TR3A 1ZY8A 4CY8A 3FMWA 3IF9A 4B65A 1NDAA 4Z25A 1IUTA 5KOWA 3CNPA 1D4CA 3UOVA 2QAEA 5FS6A 1PBCA 4TM0A 2X50A 2C7GA 2GMHA 2R9ZA 2XDOA 1D4EA 4CCQA 3GYIA 3H8IA 2WEUA 1OJDA 2JB1A 3REDA 5J60A 5HXIA 1H6VA 5CQFA 4IA5A 3DK9A 4AT0A 4U8KA 3O0HA 1CJ3A 2NVKX 3K30A 4O5QA 4U8JA 1AOGA 1P2EA 4JY3A 4GRTA 4YTMA 3L8KA 3QSMA 2YR5A 2R0CA 3UKFA 2GQFA 4U2LA 1BWCA 1OJAA 1LJ1A 3UTHA 2Q0KA 3AD9B 2FBWA 5GSNA 2CDUA 3M0OA 3QFAA 4H4TA 1BZLA 4H2PA 1LPFA 4IVMB 1N1PA 3ALLA 5EBKA 2Q7VA 2X8CA 1E39A 4OPLA 1GTHA 1Y0PA 1QLBA 4YKGA 3UKKA 1S2QA 1D7LA 1JRXA 1X31B 4JN9A 2VRLA 1F6MA 2B9WA 3PVCA 1PJ7A 2I0ZA 3CGBA 3S61A 4AT2A 4A65A 2VOUA 1NG3A 4ZCDA 2YG6A 3EF6A 1H7WA 4BK3A 5M0ZA 1PBDA 1MO9A 2BS3A 1RP0A 3AE6A 3T37A 5EB4A 1ELIA 4P9SA 1PJ5A 1KF6A 1IUXA 3VR8A 5FMHA 2B7RA 2XFOA 3FG2P 1E7PA 4USQA 3RP6A 1F3PA 3KKJA 4IVOB 3URHA 1ZX9A 2WBAA 3K7MX 3ITJA 1Q9IA 1RYIA 2BK3A 2EQ8A 3VRDB 4BJYA 1L0VA 5JCIA 1NEKA 1XANA 2VZ2A 3E1TA 3BI4A 1DXLA 4U8LA 5C2TA 3P4SA 3AYLA 1FEAA 4APNA 1KSUA 1KSSA 3R9UA 2XFPA 1Z6LA 1IUSA 4H4WA 4TM1A 4OCGA 2PHHA 4FX9A 1PHHA 4YSZA 4D03A 2QCUA 1GRHA 1GEUA 4YT0A 4XXGA 4TM4A 1CL0A 2XFUA 4B69A 3JSKA 3UTGA 3QVRA 4LIIA 5JCNA 3Q6JA 4JDRA 2V5ZA 2C67A 4J34A 2WPEA 2GV8A 1B37A 2Z5XA 4CBQA 3NIXA 1N4UA 1TYTA 2C65A 1CC4A 2ARDA 2UZZA 4H4XA 1GRBA 3SM8A 2AAQA 4Z2UA 1DOEA 1K0JA 4AOSA 4AP3A 3NKSA 3UCLA 2HQMA 1HYUA 3UOYA 4B66A 1FOHA 3CPHG 2BABA 3UKLA 5IQ4A 2BYBA 2WOWA 2BCPA 4GDPA 4XWZA 1EL8A 3SGLA 1LTXR 2XLTA 4Z26A 3NYEA 4UDQA 1YQ4A 3AE1A 4ZN0A 1VG9A 3NT6A 2YQUA 4DSGA 3C96A 3GWDA 2XLRA 3I6DA 1EL9A 2VRMA 2WOIA 2X8HA 3BHKA 4AP1A 2BXSA 1LQUA 1NHQA 2YM2A 4B68A 3LXDA 3GSIA 4B64A 2A8XA 5EB5A 1YY5A 2QA1A 4YWOA 4H2QA 3COXA 2ZZBA 1BKWA 1KDGA 4X4JA 5ER0A 4X9NA 3LOVA 2IVDA 3IC9A 5J7XA 5GRTA 4GDEA 1GXFA 1VRQB 2VVLG 3EANA 2Q6UA 2XVIA 2V61A 1DJQA 2WDQA 3P9UA 2GB0A 4U2TA 3GD4A 3NTAA 3K7TA 4PABA 2YVGA 2BC1A 5HY5A 2XLPA 1GREA 3NHOX 2R45A 2JBVA 2V3BA 3ICSA 2WU5A 1H7XA 1H84A 2E4GA 2C66A 4UP3A 4Z44A 1M64A 1NAAA 3KVEA 2YG5A 2B9XA 3C4AA 4BK1A 4J2WA 3FIMB 2XVFA 4EQRA 2OLOA 2B76A 3F8DA 4H4VA 3DK4A 2JK6A 4KPRA 1TYPA 2C72A 4LU6A 5HYMA 1GRFA 2YLRA 2WHDA 3LJPA 3AEEA 3NN6X 4MJWA 2BK4A 3B6DA 3F8PA 3NGCX 3NLCA 3AEAA 3NYCA 1LQTA 1GSNA 4N9XA 5KXJA 2GAGB 1TDOA 1NG4A 5HHFA 1Q1WA 3ZDNA 5M10A 2XFQA 2ZZCA 1K4QA 2RGJA 5DBJA 3RP7A 2YVFA 1PBFA 2XVEA 3UKHA 3UKPA 4A7AA 3G5SA 3DA1A 1GETA 1BF3A 2YLXA 3OZ2A 3WE0A 1NENA 1COYA 4A79A 2FJBA 1BGJA 2WDVA 4H4RA 1S3BA 1GNDA 2O9ZA 1LVLA 2YR6A 4JNQA 4REKA 1F8RA 3DGHA 2R4JA 4CCRA 2BXRA 2E5VA 3UP4A 4U8PA 4BK2A 1N4VA 4HB9A 1F8SA 4YTPA 2VQBA 3AE8A 4RG4A 3AE9A 1S2YA 3D8XA 2RGOA 4DSHA 4GF7A 4FDCB 2BS4A 3ISHA 3G5QA 3PO7A 3RHAA 1KNPA 4OVIA 4A5LA 2AQJA 3GYJA 2GR3A 3D1CA 3UTEA 5JCLA 3H8LA 1D4DA 2C3DA 3QVPA 2EQ7A 4I58A 2GH5A 2W0HA 4NZHA 3V3OA 2A89A 3P4RA 4K2XA 2BA9A 2YR4A 3C4NA 2YG4A 3QSEA 1H83A 2NPXA 3RNMA 3BNMA 4NTDA 2IVEA 1ZOVA 3QJ4A 4C77A 1B8SA 1ZDLA 3DH9A 4TLZA 4K5RA 3BI5A 1KFYA 2WP9A 5U1OA 2Q0LA 1E1NA 1GRAA 3F8RA 3QFBA 4OPDA 3UKAA 1FECA 4Z24A 2VQ7A 2C70A 3V76A 1JRZA 1GESA 4J33A 2VVMA 3SFDA 1K0IA 5BRTA 2A87A 1E1MA 5U25A 1CJ2A 2R0GA 4B63A 1M6IA 4NEVA 3AEDA 3P4PA 2APGA 4EM3A 2WPFA 4USRA 3UOXA 1H82A 1ZOYA 3HZLA 4YTNA 4H4SA 2ACZA 1ZKQA 4Y4MA 3CGCA 3DK8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3HVVA 4E0VA 3C7MA 1SKWB 4K6XA 3L1RA 2WS3A 2DIZA 3C1RA 2P31A 4Q5RA 1SK2A 2FJDA 3LZXA 4JQ9A 2DJJA 4X1UA 2H88A 4ZXGA 1IJHA 1CQHA 1CC6A 1ZOFA 3VWUA 2DKHA 4ZCCA 3F4RA 5D9XA 2ZNMA 1TDFA 3AEBA 1RQMA 4MF5A 3UL3A 1PFOA 2VVLA 1TDEA 3DGZA 1TXXA 2JL4A 2OAMA 3ZYWA 2KOKA 2E7PA 3J7Yk 1V98A 2REMA 1PXCA 3P8WA 5D9WA 3A2VA 2X3NA 4EQWA 4OPIA 4OO4A 5CRGA 1PN0A 2WS2A 1OKTA 5DALA 5COHA 2ZCTA 3SZFA 4XWRA 3FR9A 2FWEA 3GRSA 3C71A 2I81A 3AYJA 3NNEA 4BVXB 4LLRA 3UOZA 3AE3A 3IC8A 1VG0A 3P7XA 4TXOA 3WT1A 4CNKA 1K0MA 4LA1A 4GAVA 5KRQA 2CAQA 3LQ7A 2CX4A 3T2KA 2YG3A 3KH7A 2FJAA 4A9WA 3IHMA 3IDVA 4HJMA 3SZWA 3K7QX 4V2LA 3QFAC 3M3MA 1EOHA 3CNDA 3AE7A 5FT3A 2H8LA 3AWIA 1VE9A 2DIYA 4F03A 2UZ8A 1C72A 3LW9A 1CHUA 3WGTA 4NHWA 3P4QA 4JRRA 2VCVA 4O7HA 4YJDA 3I3LA 4NV5A 6GSXA 1IUVA 2G2QA 2YNXA 1PGTA 2JKCA 3US3A 4EQXA 3FRCA 4OCEA 4C3YA 2R2JA 4BJZA 1F9MA 1W4XA 2GQKA 3ALJA 3FHKA 2JB3A 1TTZA 3F6FA 3ZMLA 3ZVJD 5BULA 1TU8A 1CJ4A 1QJDA 3KXOA 4O32A 2XFNA 3FEUA 2JB2A 4EM4A 1NHSA 2H1GA 4V2MA 1CBOA 5AIVA 1E6EA 1XW5A 4YJGB 2CX3A 1NPXA 5CKUA 14GSA 4E8HA 3GTUB 3CTYA 1CQGA 2YCDA 2AB6A 3NIXA 3AYIA 3IHGA 1BYEA 1PXBA 3VQRA 1EL5A 3LZWA 1XVWA 4KUNA 3TJBA 3TJJA 11GSA 3CPJG 1DOCA 3ZREA 4GQCA 4EVMA 18GSA 2VM1A 2HRAA 3UTFA 3DKSA 2H75A 4EKZA 5KVIA 4TKYA 2IMEA 3FZ9A 1XHCA 6GSUA 2C3QA 1M2BA 6GSYA 1ZCPA 3ICRA 1S3EA 3N9JA 4HZ2A 4HSCX 1QUWA 4MNNA 3NTDA 1EEMA 1ZMAA 1GV4A 4K0NA 5IPHA 2EIQA 5L46A 2IL3A 1ACVA 1GLQA 3BI2A 4TR4A 1YJ6A 2GQLA 3RBTA 2IIDA 4PAAA 2VL9A 3G7JA 1WE0A 1BGNA 5KN0A 1FO5A 2YM1A 3LB8A 3D4TA 5IMZA 3IK9A 4MF7A 3ATQA 3D4MA 1BAYA 3ZIVA 3VRAA 4NAXA 1L9EA 3TRXA 4EMWA 1NHPA 1GLPA 4M52A 2HSYA 2PYXA 2H89A 4D04A 1PXAA 1PKZA 1ONFA 1U88A 4DGKA 2OBKA 4XRDA 3ZNNA 3DJJA 4G9HA 2E82A 2J23A 4H4UA 5FS7A 1GSYA 1FAAA 2GZYA 1G6WA 2H74A 1M2DA 4NTEA 1GALA 2WP5A 1EV9A 4J57A 1O6JA 3CRTA 4A6NA 4C3XA 2C64A 5EL8A 2Y6QA 3TJGA 5IIZA 1K0OA 2CVJA 4B65A 2QSIA 4AJ6A 4PQIA 4CY8A 2K6VA 1IUTA 2AJQB 5KOWA 3CNPA 1PBCA 1E2YA 1T3BA 4GSNA 1V40A 1IYIA 2XDOA 4MH3A 2RIIA 3QMXA 2H0HA 3GKMA 2VOCA 4NWYA 1OJDA 3EMPA 2RM5A 1VRSD 3REDA 3T2ZA 1H6VA 4HI7A 1VGLA 4PGTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3HVV A;  4E0V A;  3C7M A;  1SKW B;  4K6X A;  3L1R A;  2WS3 A;  2DIZ A;  3C1R A;  2P31 A;  4Q5R A;  1SK2 A;  2FJD A;  3LZX A;  4JQ9 A;  2DJJ A;  4X1U A;  2H88 A;  4ZXG A;  1IJH A;  1CQH A;  1CC6 A;  1ZOF A;  3VWU A;  2DKH A;  4ZCC A;  3F4R A;  5D9X A;  2ZNM A;  1TDF A;  3AEB A;  1RQM A;  4MF5 A;  3UL3 A;  1PFO A;  2VVL A;  1TDE A;  3DGZ A;  1TXX A;  2JL4 A;  2OAM A;  3ZYW A;  2KOK A;  2E7P A;  3J7Y k;  1V98 A;  2REM A;  1PXC A;  3P8W A;  5D9W A;  3A2V A;  2X3N A;  4EQW A;  4OPI A;  4OO4 A;  5CRG A;  1PN0 A;  2WS2 A;  1OKT A;  5DAL A;  5COH A;  2ZCT A;  3SZF A;  4XWR A;  3FR9 A;  2FWE A;  3GRS A;  3C71 A;  2I81 A;  3AYJ A;  3NNE A;  4BVX B;  4LLR A;  3UOZ A;  3AE3 A;  3IC8 A;  1VG0 A;  3P7X A;  4TXO A;  3WT1 A;  4CNK A;  1K0M A;  4LA1 A;  4GAV A;  5KRQ A;  2CAQ A;  3LQ7 A;  2CX4 A;  3T2K A;  2YG3 A;  3KH7 A;  2FJA A;  4A9W A;  3IHM A;  3IDV A;  4HJM A;  3SZW A;  3K7Q X;  4V2L A;  3QFA C;  3M3M A;  1EOH A;  3CND A;  3AE7 A;  5FT3 A;  2H8L A;  3AWI A;  1VE9 A;  2DIY A;  4F03 A;  2UZ8 A;  1C72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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