2R0PA

K252c-soaked rebc
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
529
structure length
512
Chain Sequence
MNAPIETDVLILGGGPVGMALALDLAHRQVGHLVVEQTDGTITHPRVGTIGPRSMELFRRWGVAKQIRTAGWPGDHPLDAAWVTRVGGHEVYRIPLGTADTRATPEHTPEPDAICPQHWLAPLLAEAVGERLRTRSRLDSFEQRDDHVRATITDLRTGATRAVHARYLVACDGASSPTRKALGIDAPPRHRTQVFRNILFRAPELRSLLGERAALFFFLMLLRFPLRALDGRGLYRLTVGVDTMDSFELVRRAVAFDTEIEVLSDSEWHLTHRVADSFSAGRVFLTGDAAHTLSPSGGFGMNTGIGSAADLGWKLAATLRGWAGPGLLATYEEERRPVAITSLEEANVNLRRTMDRELPPGLHDDGPRGERIRAAVAEKLERSGARREFDAPGIHFGHTYRSSIVCGEWRPSARPGARAPHAWLTPTTSTLDLFGRGFVLLSFGTTDGVEAVTRAFADRHVPLETVTCHAPEIHALYERAHVLVRPDGHVAWRGDHLPAELGGLVDKVRGAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystallographic trapping in the rebeccamycin biosynthetic enzyme RebC
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Lechevalieria aerocolonigenes
molecule keywords RebC
total genus 161
structure length 512
sequence length 529
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2r0pA02
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2r0pA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2r0pA01
3CPJG 2AAQA 1PBEA 1ZKQA 4Z43A 3AE8A 2FJAA 3BNUA 5BVAA 1EBDA 3CGBA 3S61A 2WQYA 3UTGA 1JNZA 2FJEA 4ECHA 4J2WA 4Z2UA 2V61A 1BGNA 2E5VA 4A6NB 1Q1RA 3VRDB 4J34A 2GR1A 4AOXA 4EQXA 3VR8A 3IF9A 3PS9A 3RNMA 3E1TA 1CL0A 1D7YA 5BUKA 4K7ZA 1B5QA 3JSKA 2H89A 2C7GA 4J36A 4B66A 4BK3A 2XLTA 2NVKX 3M0OA 3CPHG 4YKFA 2WOVA 2WOWA 4IA6A 3UKFA 3ALMA 1S2QA 4C3XA 3AE4A 4J31A 2YLRA 4OPGA 2VQBA 3AE6A 1NHRA 3C4AA 1RSGA 3H4KA 3K7MX 4ADWA 4A9WA 3ATRA 4K8DA 2XFNA 3NRNA 3NN0X 3AEFA 2XLSA 4USRA 1DJNA 4BURA 4J57A 1IUWA 1GETA 4H4YA 4TM1A 2C73A 4IV9A 4NEVA 2IIDA 2BXRA 1VDCA 2BXSA 2GH5A 2OLNA 3GD4A 1S3BA 4M52A 2XVHA 5ER0A 2J3NA 2RGJA 4Y4MA 4EIQA 4H7UA 3NH3X 4U8LA 3UKQA 2YG6A 4YSZA 3B3RA 2R4EA 4EM3A 1L9DA 2X8HA 5JCKA 2UZZA 1DOCA 2QAEA 1CJCA 4O5UA 3M13A 3GMBA 3AYLA 3CNDA 5C2TA 3RHAA 2EQ6A 3ICSA 3ITJA 5HY5A 1GERA 2BCGG 4YSHA 4H4PA 4YTPA 2NPXA 2YWLA 4ICYA 1IUVA 1IJHA 3DK4A 3D8XA 5JCNA 4OPTA 1GV4A 1TDKA 3V76A 2APGA 4DNAA 4GDPA 4N9XA 2FJDA 3G5RA 2QA2A 3AD9B 5M0ZA 3ZYXA 2XFUA 4P9SA 1EL5A 1EL8A 3GDPA 1PXBA 4E0VA 3ADAB 3UKLA 3DJEA 1M6IA 1VG9A 4IVOB 1O95A 2QCUA 3AD8B 3DMEA 3UOXA 4B69A 5KOXA 1EL7A 1X31B 1OJTA 1K0IA 3UCLA 1JEHA 2YVGA 1JRXA 2GMHA 3NLCA 1ZX9A 4CNKA 4MJWA 1PDHA 4AT2A 4CCQA 1DOBA 1F8RA 3NTAA 1TDNA 3F8RA 1NHPA 4RG3A 1CJ3A 4BV6A 1RP0A 2ZZCA 1NAAA 1XANA 1CJ4A 1DNCA 1XPQA 2XVIA 3BNMA 3PO7A 5KVHA 1OJAA 1CBOA 2Y6QA 3AEGA 5CQFA 3T37A 4Z2RA 4DSGA 3AEAA 4U8PA 1KFYA 2BC0A 4H4TA 4B63A 5M10A 1PJ5A 3LOVA 2GQWA 3Q6JA 4PABA 1NG3A 4K2XA 2XVJA 3CIRA 3G5QA 4TM3A 2B9XA 1JOAA 2YQUA 1RYIA 1GT8A 2GR0A 3CTYA 2C3DA 5EBKA 3NYCA 4X9NA 2C64A 2WP6A 3FG2P 3KLJA 2WETA 3ZDNA 1KDGA 2YR5A 3REDA 2JBVA 1GESA 4H2QA 4D03A 2FBWA 3EF6A 4Z25A 5IQ4A 1ZDLA 1DODA 1GRTA 1LTXR 1GTEA 1GRHA 4BJYA 3OC4A 2B9YA 3EPTA 2TPRA 3D1CA 1H7XA 1MXTA 2GV8A 2I0ZA 3AD7B 2WDRA 3NNEA 2A89A 3P1WA 3UOZA 4GCMA 3FBSA 4GUVA 1E39A 1H7WA 4H4QA 3UKAA 4A5LA 2X8CA 1D4DA 1E1NA 1FCDA 2AR8A 2C76A 2BK4A 2R4JA 4FK1C 1OJCA 1TDFA 1IUUA 1GPEA 3SQPA 2VVLG 3EAOA 4C77A 2GAGB 4CY8A 3KD9A 3DK8A 3K30A 1KSUA 4RSLA 4H4UA 3QSMA 4TLXA 3ABVA 3C4NA 4A79A 5JCLA 3QVPA 2YLSA 4WCTA 4AP3A 1GRBA 2A8XA 3NYEA 5GRTA 1CF3A 1F8WA 2JK6A 2R46A 1YQ4A 3Q9TA 5L46A 4TM0A 1E1KA 1GALA 3AYJA 2R0GA 1E6EA 2BCPA 2AQJA 5KOWA 1S3EA 4U8JA 5JCMA 3LB8A 2GAHB 2Z5YA 3AWIA 4D04A 4JQ9A 3ATQA 4U2TA 4OPIA 3P4PA 3BHFA 3AE9A 4Z2TA 1D4EA 4CBQA 2XFOA 1ZY8A 2YVJA 2R0PA 5IQ1A 3F8DA 4Y4LA 4YT0A 2YG3A 1D5TA 1K4QA 1ONFA 1MO9A 1N4VA 4B65A 2YR6A 1H84A 2VVLA 2YG5A 2XYOA 2JB1A 4A7AA 4JNQA 1PHHA 3NN6X 3SGLA 1O94A 1ZMCA 3BHKA 3C96A 2BK5A 1E7PA 1PJ6A 2WU2A 3M12A 4JY3A 2EQ9A 3AXBA 5BRTA 2Q6UA 2Q7VA 4LA1A 2C72A 1PBBA 4EMWA 3P4RA 2Y6RA 5DBJA 3IHMA 2BA9A 4UDPA 1E1MA 5FS8A 4EMJA 3CNPA 1JRZA 3GMCA 4NTEA 3AB1A 1XDIA 2GR2A 3KKJA 1GSNA 4O5QA 2O9ZA 5EOWA 3FMWA 2EQ7A 1TDOA 3GWDA 1DJQA 2XVFA 3UTEA 4USQA 2XLPA 4BK2A 3CGDA 2BYBA 3VR9A 4PAAA 1ZMDA 4TLZA 3L1RA 3PVCA 4DSHA 3LADA 1B37A 4H4XA 3CN8A 2IVDA 2BC1A 3ICTA 2YM2A 1L9EA 3NYFA 3UKKA 3UOVA 4B67A 4U8IA 4I58A 1Y0PA 4U8NA 1VQWA 1QLBA 1TRBA 2C65A 2BS3A 2JKCA 1GRAA 2BK3A 4CNJA 4EQRA 2C3CA 3P4QA 1D7LA 3ICRA 3SFEA 4REKA 4U8OA 3AEBA 3R9UA 4H2RA 2YM1A 2ZZBA 1PBDA 4OPUA 5HHFA 3BI4A 3CNTA 2CVJA 4J33A 5HYMA 3URHA 1ZOYA 2QA1A 4A99A 2A87A 1LV0A 1PN0A 5IPYA 1E1LA 2F5ZA 3IWAA 1NDAA 1NHQA 1SEZA 2OLOA 2WS3A 1TYPA 2R9ZA 3II4A 2WBAA 2V3BA 4EQWA 3OZ2A 4YTMA 2B76A 4K22A 1B8SA 1BGJA 1PXCA 4XWZA 2X8GA 1CC2A 1ZP0A 1L9CA 2XCGA 2PHHA 2WHDA 3CNSA 2WPFA 3GDNA 4LIIA 2E4GA 5KRQA 1TDEA 1OJDA 3GD3A 3LJPA 4YWOA 1CJ2A 2ZZ0A 4JN9A 1LQTA 4U8MA 5FS7A 2CFYA 3DJJA 2OA1A 1D4CA 2VVMA 1KNPA 3ISHA 3FPZA 3UP4A 3AE1A 1DOEA 1Z6LA 1AOGA 2X50A 2TMDA 5C3JA 2OAMA 4CRTA 2C70A 1BWCA 2VRLA 4FDCB 2VOUA 3I6DA 2YR4A 3O0HA 2B7RA 2B7SA 2GEWA 2GF3A 2HQMA 3NK0X 4HA6A 3DGHA 4Z24A 1OJ9A 2X3NA 3VRBA 2DKHA 2VQ7A 3AE5A 4B64A 3GSIA 4EQSA 2IVEA 1ZK7A 1N4WA 2WOIA 3NKSA 4OPDA 5U1OA 4U2LA 4YTNA 1GTHA 1NHSA 4X9MA 5LV9A 2GMJA 3UTFA 3AECA 3HZLA 1JNRA 2WU5A 2CDUA 3AE2A 1YKJA 2WP9A 4HB9A 2ACZA 2YG4A 3CPIG 3EANA 1REOA 1YQZA 2W0HA 4TM4A 4U8KA 1HYUA 3KVEA 2GB0A 3IHGA 1P2EA 2DKIA 5FS9A 2Q0KA 3LZXA 4ZN0A 4JDRA 2RGHA 3RP6A 3GYIA 1N1PA 4JY2A 4YSXA 3NIXA 5CKUA 3NT6A 1NENA 1F8SA 4H50A 4Z26A 3NG7X 1P2HA 1LJ1A 4AT0A 4K5RA 3QSEA 2YG7A 1Y56B 4KPRA 4EMIA 2OALA 4GF7A 1KNRA 3KPFA 2EQ8A 4J56A 1ZOVA 4NTDA 4XWRA 4BJZA 2WPEA 4X4JA 4H4ZA 1H6VA 4FK1A 3RP8A 3CGCA 1L0VA 3VQRA 5JCIA 1N4UA 3QJ4A 4ZCDA 5J7XA 3K7TA 3IC9A 3UKHA 4K5SA 1BKWA 1V59A 1S2YA 1Y56A 3ALLA 3LXDA 4FX9A 4NEWA 3L8KA 1H82A 1Q9IA 4ZCCA 2RABA 2WEUA 4NZHA 1BZLA 4RG4A 2YLWA 4H4VA 4A65A 4A6NA 4UDRA 4GR1A 2BABA 1CHUA 2WDVA 1O5WA 1LPFA 4UDQA 2B9WA 2YLZA 3NHOX 4OVIA 3P9UA 3CGEA 3NK2X 3GRSA 1F6MA 3COXA 5HXIA 1GNDA 3QFAA 4CCRA 2V5ZA 1Q1WA 2C67A 5EB4A 1YQ3A 1IUXA 1LVLA 3AE3A 3F8PA 2FJBA 4KX6A 1GREA 4OCGA 4XXGA 1LQUA 3FIMB 3P4SA 3QVRA 5BULA 4C3YA 2ZBWA 2CULA 2VZ2A 2JB3A 5KXJA 4B1BA 1IUTA 1GRFA 3DGZA 2PYXA 2WESA 3G5SA 2V6OA 4Z44A 3AYIA 1GRGA 3S5WA 2V60A 4B68A 4H4WA 4AP1A 2WP5A 2X99A 5GSNA 2BS2A 2XDOA 2Z5XA 4LU6A 2XFPA 3I3LA 3KA7A 4EM4A 1W4XA 2Q0LA 1GXFA 2V3AA 3DJDA 2JB2A 2C66A 2YLTA 4H2PA 1M64A 2ARDA 1DXLA 3UOYA 2XLUA 3QFBA 4H4RA 5KWFA 3UTHA 2YAUA 3B6DA 3SFDA 2E1MA 1CC4A 4U2SA 3V3OA 1UKVG 4UP3A 1K0JA 4OPCA 1TYTA 2RGOA 1B4VA 2GRTA 1PBFA 2XLRA 3NTDA 5FS6A 4YSYA 1NG4A 1NPXA 1IUSA 2GR3A 2VRMA 5J60A 1F3PA 2GVCA 4IA5A 2XFQA 4H2NA 1GEUA 3H8IA 1JU2A 3DA1A 2BS4A 3DJGX 1CC6A 1PBCA 2WDQA 1ELIA 4CY6A 3AEEA 1QO8A 3GRTA 3V3NA 4APNA 2R45A 3WE0A 3UP5A 1FECA 1H81A 1XHCA 2WPCA 3NK1X 3GYJA 5U63A 3SM8A 3CNJA 4I59A 1FOHA 1KF6A 4OPLA 4C5OA 4EIPA 4IVMB 3LZWA 4YXDA 2YLXA 4JNAA 3BI2A 2R0CA 3KU9A 2H88A 1FL2A 4WX1A 1H86A 1EL9A 4YKGA 4Y4NA 1PXAA 3UKPA 3NGCX 3QSSA 1FEAA 2C75A 4NTCA 3ALJA 5FMHA 5KVIA 3AEDA 1KSSA 2BACA 1K0LA 5TR3A 2YVFA 4BK1A 1BF3A 1YY5A 5U25A 4C74A 1VG0A 3RP7A 3AE7A 1QJDA 4H4SA 2XVEA 4AOSA 1MOKA 1FEBA 3K7QX 3DH9A 2GQFA 4GDEA 3VRAA 1PS9A 1COYA 1JRYA 1PJ7A 3H8LA 1GOSA 3DK9A 4DGKA 1NEKA 2JAEA 1VRQB 3GWFA 3BI5A 4GRTA 1H83A 5EB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1GSEA 3CSHA 1ZKQA 2CVKA 4YQUA 2FJAA 5BVAA 4ECHA 3IC8A 2MBTA 5CNWA 2BTOT 1BGNA 3D6IA 2HRNA 4IKHA 2GR1A 2A2RA 2JZTA 4USSA 3VPTA 4J34A 4AOXA 3VR8A 1SK1A 1OE8A 5HR1A 1B5QA 4J36A 4B66A 4II2A 2WS2A 3M0OA 4YKFA 2H75A 2NVKX 2WOVA 2LUSA 3A5IA 4OO4A 3ALMA 2PWJA 4O92A 2YLRA 4G10A 3AE6A 1RSGA 1G6WA 4A9WA 1Z3EA 3F3RA 1M2AA 1IUWA 1GETA 2PMTA 2C73A 2BXRA 4BWSA 1AN9A 4AGSA 3GKXA 1S3BA 2XVHA 1VF3A 3WGTA 2RGJA 1PFOA 4H7UA 3NH3X 5DCGA 4TR1A 4YSZA 3B3RA 5JCKA 2N5FA 4MF5A 3LXZA 1DOCA 4EXJA 3CBUA 5EVOA 4BVXB 3AYLA 3RHAA 2EIOA 2BCGG 4H4PA 1C72A 2L6DA 2YWLA 3PPUA 5DDLA 1IJHA 2LRCA 5JCNA 4OPTA 1TDKA 2J23A 2APGA 4DNAA 4N9XA 2J9HA 3ZYXA 4KDXA 2XFUA 5D9XA 2GZZA 4E0VA 1PXBA 2CVDA 1DUGA 4HJMA 1CQGA 3DMEA 3UOXA 3TOUA 1EL7A 1TU8A 3TKRA 3TKSE 1JEHA 4K2DA 1JRXA 5ID2B 4CNKA 2DU8A 4MJWA 1PDHA 4AT2A 4CCQA 3NTAA 3DEXA 2LNSA 2DMMA 1CJ3A 2YWIA 4F03A 1AQXA 3GYXA 2XBQA 1RP0A 3PO7A 5KVHA 4K7IA 1JZWA 1SL0B 1EGRA 2Y6QA 4G0IA 4G0LA 3T37A 3AEAA 2HSHA 1KFYA 4U8PA 2BC0A 2L4QA 4GTUA 5M10A 5F0GA 3KCMA 5KN1A 2DSAA 4ZB8A 2CQ9A 4IP6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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