2R0PA

K252c-soaked rebc
Total Genus 161
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
161
sequence length
529
structure length
512
Chain Sequence
MNAPIETDVLILGGGPVGMALALDLAHRQVGHLVVEQTDGTITHPRVGTIGPRSMELFRRWGVAKQIRTAGWPGDHPLDAAWVTRVGGHEVYRIPLGTADTRATPEHTPEPDAICPQHWLAPLLAEAVGERLRTRSRLDSFEQRDDHVRATITDLRTGATRAVHARYLVACDGASSPTRKALGIDAPPRHRTQVFRNILFRAPELRSLLGERAALFFFLMLLRFPLRALDGRGLYRLTVGVDTMDSFELVRRAVAFDTEIEVLSDSEWHLTHRVADSFSAGRVFLTGDAAHTLSPSGGFGMNTGIGSAADLGWKLAATLRGWAGPGLLATYEEERRPVAITSLEEANVNLRRTMDRELPPGLHDDGPRGERIRAAVAEKLERSGARREFDAPGIHFGHTYRSSIVCGEWRPSARPGARAPHAWLTPTTSTLDLFGRGFVLLSFGTTDGVEAVTRAFADRHVPLETVTCHAPEIHALYERAHVLVRPDGHVAWRGDHLPAELGGLVDKVRGAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords RebC
publication title Crystallographic trapping in the rebeccamycin biosynthetic enzyme RebC
pubmed doi rcsb
source organism Lechevalieria aerocolonigenes
total genus 161
structure length 512
sequence length 529
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-08-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 2r0pA02
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 2r0pA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 2r0pA01
2V6OA 2CVJA 3ALJA 1OJDA 1YKJA 2ZZ0A 5FMHA 2YLSA 3P4RA 3DK9A 1DOEA 4KX6A 1TDOA 1ZP0A 3ZYXA 2Q6UA 2C7GA 3B3RA 1PBDA 2GV8A 1IUUA 4RG4A 5U1OA 1NHQA 2GQWA 3GMCA 1JOAA 4OCGA 1ZOYA 2C64A 3AYJA 3UTFA 4U8NA 3CNDA 4FK1C 2ZZCA 4IA5A 1KNRA 4JDRA 3CNSA 2PYXA 3GRTA 4D03A 1ZKQA 4TLZA 2C3CA 3AEEA 4AP1A 1CF3A 3AD9B 4CY8A 4ADWA 1KF6A 5M10A 4EQWA 5KOWA 4GUVA 2EQ6A 4TM1A 3BI5A 3NT6A 1JRXA 5U63A 3ZDNA 4GR1A 4K2XA 1VDCA 4Z2TA 2V3AA 4U8LA 1CHUA 4EMWA 2C72A 2BXRA 2Z5XA 1TYPA 1XANA 2V3BA 3ABVA 3L8KA 2YM1A 2GVCA 2WHDA 4CNJA 5BULA 2FBWA 4Z2UA 4ZCCA 4A6NB 2WPCA 2YVJA 2NPXA 1IJHA 2Q7VA 2RGJA 1NHPA 1H86A 2TPRA 4U8KA 2YG4A 3ICTA 2WPEA 3UTEA 2WPFA 3KLJA 1CC2A 1FEAA 2GR1A 1Q1RA 4BK2A 5KWFA 5HXIA 2Y6RA 1GERA 1GRBA 4OPUA 5JCMA 1GT8A 2H88A 3G5RA 4AT0A 2YAUA 4A6NA 4I58A 2Y6QA 3AYIA 4OPLA 1CJ4A 3QSEA 4TM4A 2C3DA 1REOA 3GWDA 5C2TA 5JCKA 1YY5A 4YSZA 1H7XA 1F8RA 5J60A 4H4TA 1S2YA 3D8XA 2VVMA 5KRQA 1IUXA 3CTYA 3UKKA 4FK1A 2WU2A 1PXBA 4REKA 5HYMA 1NAAA 4H4XA 3AE7A 4BK1A 1YQ4A 4BURA 3UOYA 1TDEA 2F5ZA 2WESA 3E1TA 4JY3A 4A9WA 5BVAA 2JBVA 1MOKA 3DK8A 3G5QA 4M52A 1E39A 3NIXA 3SM8A 1DODA 3V3OA 2X8CA 3P1WA 4GDPA 2B76A 3NYEA 3DK4A 3KU9A 1BKWA 1D4DA 3EF6A 4ZCDA 2JB1A 4U2LA 3KKJA 5IQ1A 3SFEA 3FPZA 3S5WA 2WDRA 1F6MA 3KVEA 4GRTA 1P2EA 1TDFA 1GEUA 3GRSA 3ITJA 2YLZA 3UKHA 2AR8A 1B4VA 3FBSA 2WP5A 4CNKA 3IHMA 3LZXA 4DSGA 2XLUA 1D7YA 3DJEA 1ZX9A 3FMWA 3AEGA 4B69A 1M64A 4J36A 2XVHA 4B63A 2BK3A 1Y0PA 4H7UA 3K7TA 2GB0A 1N4WA 3AXBA 1PBBA 3REDA 4ICYA 5FS6A 2WP6A 1JEHA 4NZHA 4J56A 4Y4MA 3G5SA 5HY5A 2C66A 2NVKX 3II4A 3DGHA 2BS3A 1ELIA 2FJAA 2WETA 1JNZA 1PDHA 2BA9A 1IUSA 1H6VA 1OJCA 5TR3A 3AWIA 2V5ZA 4X9NA 3NGCX 2JKCA 1EL7A 3AE8A 1AOGA 3NTAA 4XWZA 3CPIG 3GYJA 1NHRA 3NKSA 2XFPA 1PJ6A 2O9ZA 4C74A 1NHSA 2ARDA 1NG3A 4O5UA 3BHKA 3VRDB 2GMHA 2WQYA 2X50A 4EIPA 4YKFA 3F8PA 4XWRA 4J31A 3UOXA 2XVJA 4EM4A 2GR2A 3LXDA 1GTEA 4UP3A 3ATRA 5DBJA 1FECA 1N4UA 2AQJA 4JNAA 4DGKA 1PN0A 1PHHA 2BCGG 2R4EA 4U8IA 4U8OA 2EQ8A 1EL9A 1OJTA 4AOSA 1Z6LA 2B7RA 2RGHA 2A87A 3NLCA 4C3YA 1E6EA 1BGJA 4JY2A 1EBDA 2OA1A 3V3NA 4A5LA 3NG7X 2BXSA 2GR0A 3JSKA 3CN8A 2E5VA 3DMEA 1PXAA 1FOHA 2OLNA 2GMJA 3F8DA 3AB1A 1ZOVA 1GRHA 2FJBA 2X99A 5CQFA 4B66A 1IUWA 2WDQA 2YM2A 3LADA 5HHFA 4U2SA 1NEKA 1F8SA 1DNCA 1NPXA 1JNRA 3AE6A 2QA2A 2GH5A 4KPRA 4NTDA 4Z43A 2JB3A 1GRGA 2VRLA 1BGNA 3M12A 1H84A 3UTHA 1N4VA 3CGBA 4YTNA 2IVEA 4WCTA 3NNEA 1RYIA 1V59A 2R45A 4J34A 5FS8A 2GEWA 3KD9A 3UOVA 3UKLA 3EPTA 2C73A 2YR5A 2WP9A 4NTEA 2YQUA 1F3PA 4IVMB 1LQTA 1LJ1A 1S3BA 3PS9A 4C5OA 4Z44A 4H2NA 2Q0LA 3AEDA 1OJAA 4U2TA 1K0LA 3D1CA 2XVFA 3IHGA 2VOUA 3AE9A 3VQRA 2X8HA 1E1KA 2V60A 3UKAA 1FEBA 4BJYA 2B9YA 2Q0KA 3DJDA 4H4SA 3Q9TA 1LQUA 4EMJA 3UKPA 3UKQA 2EQ7A 5L46A 1E1MA 2OLOA 4E0VA 1ZDLA 3PVCA 1ZMDA 4CCQA 4N9XA 4LU6A 1YQZA 3BHFA 5KOXA 3CPHG 3ALMA 1IUTA 1EL8A 2AAQA 4U8MA 5FS7A 1CJCA 3CGDA 4H4PA 2ZZBA 4TLXA 4EMIA 4CRTA 4B67A 4X9MA 2YR6A 4H4RA 5EB5A 2R9ZA 3NN0X 2YLRA 3M0OA 1CJ3A 1GETA 3UCLA 4WX1A 1EL5A 3AEBA 4K7ZA 3UKFA 3RP7A 5JCNA 1Y56B 2DKIA 1RP0A 2A8XA 2PHHA 2YR4A 2WU5A 2H89A 4IA6A 1DXLA 4CY6A 1VG0A 3EANA 3SQPA 4D04A 4PAAA 3I6DA 2BACA 3BNMA 4H2QA 4YXDA 1B5QA 1TYTA 2R46A 4GCMA 1DJQA 3NYCA 5JCLA 4J57A 4B1BA 4YTPA 5BUKA 4FDCB 3AE4A 1JU2A 2CDUA 1QJDA 2BK5A 1QO8A 1LVLA 4NTCA 1ZMCA 1Y56A 4EQSA 4ECHA 1FCDA 4OVIA 3P4QA 3SFDA 1MXTA 2YVGA 3ADAB 3QFAA 4OPIA 4RSLA 2GR3A 4AT2A 1KSSA 1PJ7A 3AE3A 3QVRA 3UP5A 4NEWA 4YKGA 3UTGA 3PO7A 2EQ9A 4YTMA 1L0VA 4RG3A 2XFNA 3B6DA 4MJWA 4CCRA 3URHA 2YVFA 1IUVA 4UDQA 2TMDA 4GDEA 2OALA 1XHCA 1UKVG 1GPEA 2UZZA 4EQRA 4JNQA 5EOWA 4A7AA 1CC6A 1DJNA 3H8IA 3COXA 4O5QA 4H4YA 4Z24A 2XLTA 3DJGX 2E1MA 3DJJA 4J2WA 4Y4NA 1CJ2A 3ATQA 3RHAA 1B8SA 4DSHA 1KNPA 3NRNA 4K22A 2WOIA 3CGCA 4B68A 4ZN0A 1BZLA 1GSNA 1DOBA 2XYOA 3DH9A 3UOZA 2XFOA 2VVLA 4H4WA 4HA6A 5J7XA 3CNPA 1X31B 4K5RA 3BI2A 2I0ZA 3GD3A 2CULA 3GDPA 2C75A 4H2PA 3GSIA 3QFBA 5C3JA 5IPYA 3GMBA 3BI4A 3NK2X 1D7LA 2JAEA 4YWOA 3L1RA 2XVEA 2BYBA 3LZWA 5FS9A 3UP4A 3V76A 3FIMB 1CL0A 1MO9A 4H4VA 5CKUA 1S3EA 3NK0X 2XLPA 4BV6A 4UDPA 1XPQA 2RABA 4YSXA 4CBQA 1E7PA 3CNJA 4LA1A 2XDOA 2GAHB 2QA1A 3VR9A 2GAGB 4TM0A 2BK4A 2JB2A 3ICSA 4FX9A 3ISHA 1VRQB 1L9EA 3QSSA 1O94A 3AYLA 1VQWA 3C4NA 2OAMA 1CC4A 4H4UA 4H50A 3WE0A 1GALA 3NK1X 2E4GA 2C65A 3CNTA 3AE5A 4AOXA 1KFYA 4OPDA 1GRTA 4OPGA 5KVIA 2FJEA 2WOVA 3H4KA 1L9DA 2A89A 2YG5A 4TM3A 4APNA 3BNUA 3P4SA 1F8WA 2BC0A 5ER0A 1JRZA 3LJPA 4U8PA 4H4ZA 4A99A 1H83A 3QSMA 5LV9A 1QLBA 3F8RA 1PJ5A 2BC1A 4DNAA 1O95A 4C77A 2APGA 2R4JA 4BJZA 4YT0A 5IQ4A 4H2RA 3NTDA 2ZBWA 2BS2A 3CPJG 3DGZA 2XLSA 3NH3X 2BABA 2YWLA 2GRTA 1E1NA 2V61A 4NEVA 4Y4LA 5EBKA 5GSNA 4IV9A 4A79A 2YLWA 1COYA 4I59A 2XFUA 2XVIA 1GRFA 3QVPA 1BWCA 3LB8A 4JQ9A 3R9UA 1GESA 4GF7A 1JRYA 3CIRA 2ACZA 3AEFA 4UDRA 2R0GA 1KDGA 4USRA 1FL2A 1GTHA 1Q1WA 1TDKA 3KA7A 2C67A 5JCIA 1P2HA 4AP3A 2VVLG 2X3NA 4USQA 3AECA 3RP8A 1ONFA 1NG4A 1LV0A 3RNMA 1OJ9A 1GOSA 1H81A 3FG2P 2YG7A 3CGEA 2X8GA 2HQMA 1K0JA 1PBEA 4IVOB 3O0HA 1B37A 2IVDA 2XLRA 1TDNA 2VQ7A 4HB9A 1XDIA 5BRTA 2YLXA 3P9UA 3AD8B 2BS4A 3NHOX 5GRTA 2R0PA 1K0IA 3C4AA 2Z5YA 4B64A 1D4CA 4U8JA 3SGLA 2YG3A 1D5TA 2GQFA 4PABA 2IIDA 3NYFA 2WOWA 3M13A 1CBOA 1H82A 2GF3A 3GD4A 5KXJA 1ZY8A 1BF3A 3VR8A 3GWFA 3I3LA 3H8LA 5U25A 1H7WA 1O5WA 2YG6A 1HYUA 3EAOA 4C3XA 4EQXA 1GXFA 4Z2RA 2R0CA 1W4XA 3IF9A 3AE2A 1SEZA 2B9WA 4LIIA 2BCPA 2QCUA 1PBFA 1VG9A 2C70A 1TRBA 3QJ4A 1LPFA 3IWAA 2JK6A 1GREA 3AE1A 3GYIA 4K8DA 4J33A 5KVHA 2WDVA 3P4PA 2XCGA 4JN9A 4OPCA 5EB4A 3RP6A 2B9XA 2VQBA 3HZLA 1NENA 2WEUA 1NDAA 3IC9A 4H4QA 4OPTA 1YQ3A 3AEAA 2WBAA 1M6IA 3OC4A 3C96A 1ZK7A 3NN6X 3K7QX 1DOCA 3OZ2A 3VRAA 3ALLA 4Z25A 1PS9A 2YLTA 4XXGA 1K4QA 3VRBA 1RSGA 4EM3A 3LOVA 4P9SA 2WS3A 2XFQA 2C76A 2VRMA 1GNDA 1KSUA 3S61A 3ICRA 2VZ2A 3T37A 3DA1A 3KPFA 1LTXR 1PXCA 3Q6JA 2CFYA 4K5SA 4X4JA 4A65A 4B65A 1D4EA 2DKHA 1E1LA 5M0ZA 4YSHA 2B7SA 2FJDA 1S2QA 3K30A 3GDNA 2J3NA 1N1PA 4BK3A 4YSYA 2QAEA 1PBCA 2RGOA 2W0HA 1GRAA 4Z26A 1GV4A 3AD7B 1L9CA 4EIQA 1Q9IA 3K7MX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2V6OA 2QSIA 2CVJA 3GKKA 4NMUA 4NPBA 1GSFA 2P31A 1PBDA 4MJEA 2GQWA 3GMCA 1ZOYA 2C64A 4G74A 5ELAA 5CRDA 4D03A 1XWAA 5JWQB 3AEEA 3AD9B 5IM9A 1HNBA 5G2ZA 5IPGA 4GAVA 2D2ZA 1FG4A 4KUNA 3NT6A 1BEDA 1T3BA 1JRXA 1GSYA 4HEA2 2YANA 5C04A 3L8KA 2GVCA 2WHDA 4MPGA 5BULA 2FBWA 1O7UA 3TRXA 1R4WA 2WGRA 1C0IA 2TPRA 5KMSA 4U8KA 4IW9A 3ICTA 2WPEA 1GSQA 1RW1A 3IRAA 1GUMA 2WPFA 4GWRA 3KLJA 2GR1A 1TI3A 5KWFA 3LYKA 1GT8A 2H88A 3G5RA 2E4AA 2Y6QA 3FHKA 2IMKA 2LKUA 1ILOA 5IMAA 1K0MA 3IPZA 4YAPA 3IK7A 2DSAA 4IKHA 2N5BA 3CUKA 5JCKA 1YEPA 2A2RA 4YSZA 3F3RA 2LQQA 5J60A 1PL1A 3ED3A 3P8WA 1ZGNA 3D8XA 3KM6A 5JWRB 2WU2A 4J2FA 3AE7A 1YQ4A 1SJ6A 3UOYA 3MSZA 2F5ZA 1XWGA 3E1TA 2N5AA 2TRXA 5ECRB 1OC8A 4J56E 3DK8A 3P1WA 4NWYA 1XVQA 2GZZA 3ZVJD 5E59A 3KU9A 1BKWA 1EEJA 2A2PA 2JB1A 4U2LA 4ZCDA 3SFEA 3S5WA 1YZXA 2HYXA 3ITJA 2AR8A 3FBSA 2WP5A 1FAAA 1K0DA 2XLUA 3ZL5A 5HFKA 2AAWA 5D93A 2BRAA 1HD2A 2BK3A 4KX4A 2R4VA 1A8YA 3EYTA 3REDA 5CRGA 2DJJA 4J56A 2BJXA 3DGHA 2XPEA 5CNWA 1JNZA 1H6VA 3BCKA 5TR3A 4ZL7A 5J9CA 1EL7A 2RM6A 1AOGA 3CPIG 1Z9HA 1PJ6A 3TJKA 2O9ZA 1NHSA 4O5UA 1NG3A 3F6DA 2GMHA 3M9KA 2X50A 3APQA 4GXZA 5BMUA 4YKFA 3F8PA 4POKA 4J31A 3ISOA 2EIQA 4OFMA 3ATRA 4UP3A 5DBJA 3J7Yb 3BBYA 3H79A 3ZMLA 2AQJA 4EO3A 1ACVA 2VLVA 5D9TA 4DGKA 1PN0A 1PHHA 2R4EA 1AXDA 2EQ8A 2H1GA 1OJTA 2HRNA 2DMLA 2A87A 4A5LA 1ZZYA 4QFCA 2IPAA 3KMOA 2E5VA 4GTUA 1FOHA 2OLNA 3SX6A 1QGVA 4HSCX 2H0GA 3J7Yk 2WDQA 2C3NA 1FOVA 4K0GA 4N0ZA 4NNJA 3G3EA 2JADA 1JNRA 2MBSA 4G73A 2QA2A 3DD3A 4KPRA 4Z43A 3TKPA 4PXOA 1BGNA 4XTSA 13GSA 1Q98A 1N4VA 3UTHA 4YTNA 4WCTA 5DQSA 3NNEA 4J34A 2JSZA 4TR4A 1XXUA 5FS8A 2O85A 4NTEA 3QFAC 2YQUA 3WD6A 1F3PA 3ZMKA 1S3BA 3PS9A 2H66A 2VM2A 1OJAA 1K0LA 4GQCA 1SK2A 4QL7A 3IHGA 1W4VA 3NOFA 1TU8A 1PSQA 2V60A 2CZ2A 3UKAA 1YDKA 2B9YA 2DC5A 4H4SA 1T8EB 4EMJA 3UKPA 3E0UA 3DVWA 3AY8A 3PVCA 1ZDLA 4J57E 4CCQA 1GLQA 2C0GA 3TJJA 5KOXA 3HJPA 1M0UA 1XW9A 1Z5YE 2L4CA 2HSMA 4POBA 1CJCA 3GKMA 4YAVA 4FO5A 1GTIA 1M2DA 3QFBC 4TLXA 5DDLA 3V1WA 18GSA 3KP8A 2J23A 4OWYA 3VWXA 3VRDB 3NN0X 2YLRA 3UCLA 5DJLA 1TK5B 4K7ZA 5JCNA 2OKAA 1Y56B 2A8XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2V6O A;  2QSI A;  2CVJ A;  3GKK A;  4NMU A;  4NPB A;  1GSF A;  2P31 A;  1PBD A;  4MJE A;  2GQW A;  3GMC A;  1ZOY A;  2C64 A;  4G74 A;  5ELA A;  5CRD A;  4D03 A;  1XWA A;  5JWQ B;  3AEE A;  3AD9 B;  5IM9 A;  1HNB A;  5G2Z A;  5IPG A;  4GAV A;  2D2Z A;  1FG4 A;  4KUN A;  3NT6 A;  1BED A;  1T3B A;  1JRX A;  1GSY A;  4HEA 2;  2YAN A;  5C04 A;  3L8K A;  2GVC A;  2WHD A;  4MPG A;  5BUL A;  2FBW A;  1O7U A;  3TRX A;  1R4W A;  2WGR A;  1C0I A;  2TPR A;  5KMS A;  4U8K A;  4IW9 A;  3ICT A;  2WPE A;  1GSQ A;  1RW1 A;  3IRA A;  1GUM A;  2WPF A;  4GWR A;  3KLJ A;  2GR1 A;  1TI3 A;  5KWF A;  3LYK A;  1GT8 A;  2H88 A;  3G5R A;  2E4A A;  2Y6Q A;  3FHK A;  2IMK A;  2LKU A;  1ILO A;  5IMA A;  1K0M A;  3IPZ A;  4YAP A;  3IK7 A;  2DSA A;  4IKH A;  2N5B A;  3CUK A;  5JCK A;  1YEP A;  2A2R A;  4YSZ A;  3F3R A;  2LQQ A;  5J60 A;  1PL1 A;  3ED3 A;  3P8W A;  1ZGN A;  3D8X A;  3KM6 A;  5JWR B;  2WU2 A;  4J2F A;  3AE7 A;  1YQ4 A;  1SJ6 A;  3UOY A;  3MSZ A;  2F5Z A;  1XWG A;  3E1T A;  2N5A A;  2TRX A;  5ECR B;  1OC8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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