3IHGA

Crystal structure of a ternary complex of aklavinone-11 hydroxylase with fad and aklavinone
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
535
structure length
535
Chain Sequence
MNDHEVDVLVVGAGLGGLSTAMFLARQGVRVLVVERRPGLSPYPRAAGQNPRTMELLRIGGVADEVVRADDIRGTQGDFVIRLAESVRGEILRTVSESFDDMVAATEPCTPAGWAMLSQDKLEPILLAQARKHGGAIRFGTRLLSFRQHDDDAGAGVTARLAGPDGEYDLRAGYLVGADGNRSLVRESLGIGRYGHGTLTHMVGVIFDADLSGIMEPGTTGWYYLHHPEFKGTFGPTDRPDRHTLFVEYDPDEGERPEDFTPQRCVELIGLALDAPEVKPELVDIQGWEMAARIAERWREGRVFLAGDAAKVTPPTGGMSGNAAVADGFDLAWKLAAVLQGQAGAGLLDTYEDERKVAAELVVAEALAIYAQRMAPHMAEVWDKSVGYPETLLGFRYRSSAVLATDDDPARVENPLTPSGRPGFRGPHVLVSRHGERLSTVDLFGDGWTLLAGELGADWVAAAEAVSAELGVPVRAYRVGAGLTDPESAVSERYGIGKAGASLVRPDGIVAWRTDEAAADAAQTLEGVLRRVLDR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for substrate recognition and specificity in aklavinone-11-hydroxylase from rhodomycin biosynthesis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords RdmE
molecule tags Flavoprotein, oxidoreductase
source organism Streptomyces purpurascens
total genus 164
structure length 535
sequence length 535
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 1.14.13.180: Aklavinone 12-hydroxylase.
pdb deposition date 2009-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.9.50 Alpha Beta 2-Layer Sandwich D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 3ihgA02
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 3ihgA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 3ihgA01
3IF9A 3CNJA 3T37A 1PBCA 3LZXA 4K2XA 1RSGA 1EL7A 5CKUA 4I59A 5KOXA 1N4UA 1D4EA 2PHHA 4FK1C 2V6OA 4CNKA 1OJCA 1DODA 3IHMA 1DOEA 3DJDA 2Y6QA 4K8DA 4U8LA 2VRMA 5KRQA 2XLPA 4IVMB 2XCGA 1KSUA 1VQWA 4U8NA 4USRA 2DKIA 4BK2A 1JU2A 3NK1X 1LV0A 1H7WA 4JDRA 2AQJA 2Z5YA 2WETA 3ZDNA 2C67A 4B69A 3DJGX 1H6VA 1ZX9A 5C2TA 4WCTA 1CJ2A 4NEWA 1H7XA 1JRYA 5KWFA 3H8LA 1BZLA 1L9DA 1GREA 4PABA 2YQUA 4XWRA 4B67A 1IUUA 1SEZA 2C72A 2XVJA 5J7XA 2XVHA 2BK4A 4AT0A 4H4RA 4OPLA 3G5QA 5IQ1A 4CBQA 3GMBA 5DBJA 1M6IA 2CVJA 4U8MA 4BJYA 1REOA 3E1TA 1GRTA 1JRZA 3P4PA 2JKCA 3EAOA 4H4ZA 2C64A 1S3BA 2QAEA 4J33A 4OPTA 3QSSA 3QSEA 1VG0A 3KKJA 1EL9A 5JCLA 4C5OA 2GEWA 4CCQA 3GWFA 1HYUA 1ONFA 2E1MA 4IVOB 3GSIA 1D5TA 1GRGA 1GV4A 3CGDA 2YLXA 1H82A 3BNMA 5M0ZA 2GMHA 5KOWA 1E1NA 3AEGA 1Y56A 1Y56B 5LV9A 1PXAA 3GDNA 2WDQA 4B68A 4DGKA 3NYEA 4EMWA 3UP5A 4ADWA 4GR1A 4JNAA 4OPGA 2BS3A 3UTGA 3NH3X 4LA1A 2GR2A 1BKWA 2OLNA 2YG6A 3GD3A 5U63A 4NTCA 1ZMCA 3VQRA 3CIRA 3NTAA 1N4VA 3DK4A 4TM1A 5FS7A 4A6NA 4A6NB 1O95A 2WDVA 4Z24A 3IC9A 2XLTA 3SFDA 3KA7A 2FJAA 2GH5A 3URHA 3FBSA 1NEKA 1FEAA 3UOVA 2GQWA 2X8GA 3ATQA 4UDPA 2XLUA 3BHFA 4WX1A 1QO8A 3NT6A 4NZHA 4GDEA 4RG3A 4O5QA 2AAQA 2UZZA 1L9CA 2JB3A 4RSLA 2ZZ0A 4EIQA 2YLWA 1E7PA 3LOVA 3KLJA 3COXA 4GUVA 3VRBA 3NNEA 4A99A 3LJPA 4C77A 1H83A 1F6MA 1GRAA 2R0GA 1GT8A 4H4UA 1JRXA 2JB2A 2BABA 3L1RA 3LXDA 4Z26A 3ALMA 5IQ4A 3RHAA 2TMDA 5EB5A 3AD8B 1IUTA 4YXDA 4ECHA 4AP3A 2YLTA 1JEHA 3K7TA 2CULA 1JNRA 2EQ8A 4TM0A 1ZY8A 1BF3A 2YG3A 2Y6RA 3AE7A 4P9SA 2RGHA 2APGA 1B37A 3UOXA 1ZKQA 1GERA 3PO7A 2A89A 4TM4A 3RNMA 1BWCA 3AE9A 1PXBA 4CY8A 2DKHA 1PJ5A 3KU9A 2Q6UA 1FEBA 2BC1A 3NYFA 4GF7A 2E5VA 1OJAA 2WS3A 2C75A 5EBKA 1L9EA 3M12A 2WESA 2IIDA 3C4AA 3CGEA 1KFYA 3S61A 4D04A 3AYIA 1E39A 3KVEA 4B63A 4DSGA 1CJCA 2XYOA 4PAAA 2V3BA 2C70A 2WP9A 4GDPA 3NYCA 1IJHA 1PXCA 3AD9B 1K0LA 1DJNA 4APNA 4Z25A 3L8KA 3H8IA 1NHPA 1EBDA 3CTYA 3CPJG 5KVIA 1PS9A 4H4XA 2C7GA 1K4QA 5U1OA 4YSZA 5BUKA 5M10A 3G5RA 1YY5A 5HHFA 1F8SA 2WHDA 1BGJA 1MO9A 3DH9A 3DJJA 3NN6X 3P4SA 4A65A 4C74A 3DK8A 4NTDA 1ZOVA 2YG5A 3S5WA 4BURA 1DJQA 4Z2TA 3SM8A 5KVHA 4Y4NA 4CNJA 5EB4A 5FS9A 4UP3A 4Y4MA 4YKGA 1ZMDA 3UOZA 1UKVG 3AECA 2C3DA 3JSKA 2B7RA 1GOSA 4C3YA 2YLRA 2QA2A 3VR8A 3WE0A 2X3NA 2BACA 2CDUA 1D7YA 1VRQB 2C76A 1MXTA 2X50A 5KXJA 2ZBWA 3D8XA 1E1MA 4RG4A 4H4PA 5GSNA 4A79A 1PN0A 4OPDA 3DMEA 5JCNA 4AP1A 3AE5A 3UKAA 3RP7A 3V3NA 3AE6A 4H2QA 1B5QA 2X8HA 2C65A 4YSXA 3GYJA 3IWAA 3V3OA 2I0ZA 3KD9A 2V61A 3F8RA 3P4RA 1XDIA 3V76A 3BI4A 1CJ4A 3PS9A 4I58A 1OJ9A 3G5SA 1K0JA 4XXGA 3AEBA 1OJTA 3ZYXA 2GMJA 1ZP0A 3AE8A 3AE3A 4OCGA 1COYA 1CC6A 1MOKA 5U25A 3FPZA 4KX6A 4D03A 2B7SA 4EQWA 3AEAA 1NHRA 2YVJA 5J60A 1XHCA 3BI5A 2GR1A 4H4TA 3Q6JA 4X9NA 2R4JA 1X31B 4H50A 2GB0A 4LIIA 4DNAA 3K7QX 2XVEA 3UKKA 4OPIA 5BVAA 2GRTA 2OALA 4FK1A 4JQ9A 1PBDA 4MJWA 2BXRA 3AE2A 3BNUA 4UDQA 1IUWA 5FS6A 1NPXA 3BI2A 1S2YA 4J2WA 4ZCDA 1GETA 1TYTA 2YAUA 2TPRA 2FJDA 4AOSA 4K5RA 1PBBA 1TYPA 2RABA 2R0CA 2R45A 3SGLA 1GALA 2H88A 3LADA 2JBVA 5EOWA 3R9UA 3AYLA 5HYMA 2R0PA 3C96A 2WQYA 2VOUA 3AEDA 1ZOYA 3KPFA 1ELIA 2XVFA 1GSNA 5BULA 1CF3A 2FJBA 1CBOA 4HB9A 1N4WA 3CNPA 3QSMA 1GPEA 3UTHA 2OAMA 4A5LA 2YWLA 2QA1A 2BCGG 2VQ7A 2VVLG 1GTHA 3B3RA 3NN0X 2NPXA 2IVDA 3FIMB 5HXIA 3CPHG 3ISHA 2F5ZA 4C3XA 1E1LA 1OJDA 5JCKA 3K30A 3M0OA 4M52A 5FMHA 1Z6LA 2HQMA 3NG7X 3NRNA 4TLZA 1F8RA 1CHUA 1GNDA 3UTEA 1P2EA 2GAGB 4X9MA 1KNRA 1PJ7A 3NK2X 2R4EA 3I6DA 4EQSA 3NGCX 2GAHB 2WP6A 4E0VA 2V5ZA 4U8KA 1CL0A 4OVIA 2YR5A 1B8SA 4U8PA 3UKFA 3SFEA 1DOCA 2X99A 3LB8A 4JN9A 4CY6A 1E1KA 1PBEA 3BHKA 5GRTA 4Z2UA 2WOWA 1Q9IA 1PJ6A 4Z2RA 4H2PA 3ALLA 1Q1WA 4YTMA 2WOVA 1NAAA 1YQ3A 3M13A 1LTXR 3OZ2A 2ACZA 1YKJA 2WU5A 2VVMA 5JCMA 4AT2A 3UKHA 1QLBA 3QJ4A 2BCPA 2R46A 3UKLA 3ITJA 4IA6A 2XFQA 1VDCA 4ICYA 3F8DA 2VVLA 4GCMA 4EM4A 4YWOA 2WOIA 1B4VA 4UDRA 4EMJA 1IUXA 4K22A 3ALJA 1NHSA 3B6DA 4J57A 4IV9A 5FS8A 2WU2A 4X4JA 3VRAA 4DSHA 1QJDA 2YM2A 1DOBA 4H4WA 3NKSA 3GRSA 2B9YA 1NDAA 3UKPA 5HY5A 4J56A 1PBFA 2EQ7A 1ZK7A 1PDHA 2GR0A 1JNZA 4XWZA 3SQPA 2ZZBA 4JNQA 3GRTA 2YLZA 1GRBA 3HZLA 3UTFA 3K7MX 3PVCA 4CRTA 1Y0PA 3CNTA 3NK0X 1PHHA 2B9WA 3GDPA 3NIXA 2BXSA 2XLRA 1H86A 4J31A 1FOHA 2O9ZA 3GD4A 3CNSA 4H4VA 1F8WA 2XVIA 3C4NA 4H2RA 2GQFA 2OLOA 3UOYA 5CQFA 3CPIG 2BS4A 4J36A 1DXLA 4H4YA 4YSYA 2V60A 1F3PA 2GF3A 3ADAB 2XDOA 1TDOA 3LZWA 3QVPA 2JK6A 1LJ1A 2V3AA 1AOGA 3QFBA 2JAEA 4EIPA 3QFAA 4A7AA 3VR9A 4LU6A 2XFOA 2GV8A 1FL2A 3GWDA 2WDRA 1CJ3A 1V59A 1GTEA 2XFNA 4FDCB 4A9WA 2CFYA 1L0VA 4U8JA 2W0HA 2ZZCA 4NTEA 3AE4A 1KNPA 3IHGA 2XFUA 3II4A 2FJEA 2OA1A 3RP8A 4TLXA 4OPCA 3UP4A 1DNCA 4KPRA 3GYIA 1BGNA 4U2TA 4YT0A 5BRTA 4ZN0A 4AOXA 3ATRA 1S3EA 3AE1A 2BK3A 4H7UA 1H81A 5C3JA 3NLCA 3EANA 1S2QA 4TM3A 5IPYA 4GRTA 5JCIA 3ICSA 2WPCA 1GESA 3DK9A 4EQXA 1KDGA 1CC4A 2Q0LA 1TDNA 4REKA 4YSHA 2R9ZA 2JB1A 4B64A 4EMIA 3ICTA 2XLSA 1TDEA 3D1CA 3AB1A 2A87A 4ZCCA 4K7ZA 2WPEA 1D4DA 2B76A 1JOAA 1K0IA 2VZ2A 3REDA 2WBAA 2GVCA 1VG9A 3AEFA 2GR3A 3P9UA 2BC0A 1N1PA 3AEEA 3DGZA 1XPQA 4U2LA 2YVGA 3DGHA 1CC2A 3Q9TA 4U2SA 4CCRA 2YM1A 3ABVA 4YTPA 3EPTA 1YQ4A 2IVEA 2C73A 1LVLA 2YVFA 4U8IA 4YTNA 1TRBA 1EL8A 2AR8A 4HA6A 4IA5A 2Z5XA 1LQTA 3FMWA 3DA1A 3NHOX 4BJZA 4O5UA 3H4KA 5ER0A 3I3LA 1D7LA 4H4QA 1E6EA 2H89A 3AD7B 1GRFA 4EM3A 2ARDA 3CNDA 1TDFA 3UCLA 1EL5A 4U8OA 1RYIA 3EF6A 2Q7VA 2BYBA 2NVKX 1M64A 3AYJA 4J34A 2WPFA 1FCDA 1O5WA 3AWIA 1P2HA 2YLSA 1NG3A 4USQA 2C3CA 1NHQA 4B65A 4BV6A 4OPUA 2WEUA 3DJEA 5TR3A 3CGCA 2X8CA 3F8PA 1NG4A 3UKQA 2A8XA 3GMCA 1TDKA 2VQBA 2FBWA 4BK3A 4N9XA 3QVRA 3RP6A 2J3NA 4FX9A 1O94A 2YG7A 3P4QA 1YQZA 1GEUA 1D4CA 2VRLA 1GRHA 3NTDA 3CGBA 1RP0A 4JY3A 1IUSA 3VRDB 2XFPA 4BK1A 4B66A 2YR6A 1XANA 4H2NA 4B1BA 2RGOA 3OC4A 1LQUA 1KSSA 2BS2A 1H84A 1W4XA 3P1WA 2PYXA 2EQ9A 1NENA 2E4GA 3FG2P 2BA9A 4Z44A 2WP5A 3AXBA 2YR4A 4H4SA 4JY2A 2B9XA 4YKFA 1FECA 2BK5A 4EQRA 1ZDLA 3ICRA 3O0HA 2EQ6A 2Q0KA 2QCUA 3CN8A 4Y4LA 1IUVA 4NEVA 2YG4A 5L46A 2C66A 4Z43A 1GXFA 1LPFA 1Q1RA 2RGJA 1KF6A 4K5SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IF9A 3UJ1A 1PBCA 3HXSA 3LZXA 2RLIA 2HRKA 5KOXA 1N4UA 1D4EA 2CV4A 4HDEA 4CNKA 3TOTA 2GZYA 1GSYA 3ZITA 1MEKA 2FA4A 1DOEA 3UBLA 3FK8A 4L0UA 5GSTA 2Y6QA 2VRMA 4U8LA 4IVMB 2XCGA 1KSUA 1VQWA 2CVKA 8GSSA 2VCQA 2ZCTA 3GTUB 3GTUA 4FYUA 4QL9A 2AQJA 2C1YA 3R3EA 1ZX9A 2JSYA 2DU8A 3EYTA 3CRUA 6GSYA 3TJKA 4PABA 4B67A 4MK3A 5J7XA 2H6ZA 2BK4A 4AT0A 5IQ1A 4N0VA 3G5QA 4IELA 2KOKA 4OWYA 4BJYA 3LSZA 1GTBA 1EOHA 4X43A 3W4JA 5G1KA 2C64A 4J33A 3HA9A 3MWHA 4OPTA 3QSSA 2N5FA 1HNBA 2OE1A 1VG0A 4C5OA 2GEWA 1HYUA 2YV7A 4HI7A 4OFNA 2FWFA 3C7MA 5M0ZA 3IPZA 1E1NA 5D9WA 5EVOA 3C73A 4EMWA 3UP5A 4NV2A 4LA1A 1BKWA 3GD3A 4NTCA 1I9DA 1ZMCA 2DMLA 5AIVA 2PPTA 3KP8A 4PGTA 2XLTA 2FJAA 3TJBA 2DC5A 2PVQA 5KMRA 1TRSA 1HQOA 5AN1A 3ZNNA 2A2SA 4HU7A 3P90A 2HI7A 4Q5NA 4H86A 3M1GA 3LOVA 4A99A 3COXA 4TKYA 1JRXA 3L1RA 2BABA 3LXDA 1R4WA 4Z26A 2P5QA 5IQ4A 2TMDA 4TM0A 1ZY8A 3WT2A 1KBNA 2BRYA 2Y6RA 2APGA 1OE7A 3FW2A 4FH8A 1S3CA 3IDVA 1PXBA 4K0NA 1PJ5A 3KU9A 5HR1A 3QR6A 3EC3A 1QFNA 1G7OA 2E5VA 3CYNA 3M12A 3HYPA 1WP0A 2KP1A 3CGEA 4D04A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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