4CY6 | Genus

Total Genus 181

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	181
sequence length	582
structure length	561
Chain Sequence	SAETDVLIVGAGPAGAMSATLLASLGIRSLMINRWRSTSPGPRSHIINQRTMEILRDIGLEESAKSLAVPKEYMGEHVYATSLAGEEFGRIPAWASHPQAHAEHELASPSRYCDLPQLYFEPMVVSEAALRGADVRFLTEYLGHVEDQDGVTARLLDHVSGAEYEVRAKYIIGADGAHSLVAQNAGLPFEGQMGIGDGSINIEFSADLSSLCEHRKGDMYWMFRVGVAALRMIRPWNKWICVWEEAKKIIHEIIGTDEIPVEVGPISTWTINQQYAVRNTSGRVFCMGDAVHRHTPMGGLGLNTSVQDAYNLAWKLALVLKGQAAPTLLDSYDAERSPVAKQIVERAFKSLSTFPPVFEALSLPPAPTESEMAEALVRLKDASEEGAKRRAALRKAMDATIIGLGGGHGVELNQRYVSRAVFPDGTPDPGFVRDQEFFYQASTRPGAHLPHVWLTENQRRISTLDLCGKGRFTLLTGLSGAAWKHEAEQVSQSLGIELKVCVIGPGQEFVDTYGEYAKISEIGESGALLVRPDMFIAFRAKDASREGLEQLNVAVKSILGR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structures of the Apo and Fad-Bound Forms of 2-Hydroxybiphenyl 3-Monooxygenase (Hbpa) Locate Activity Hotspots Identified by Using Directed Evolution. pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas nitroreducens hbp1
molecule keywords	2-HYDROXYBIPHENYL-3-MONOOXYGENASE
total genus	181
structure length	561
sequence length	582
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.14.13.44: 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase.
pdb deposition date	2014-04-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01494	FAD_binding_3	FAD binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.120	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4cy6A03
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4cy6A01

4YXDA 4NEWA 4JQ9A 3AYJA 3IHGA 3NGCX 1JRXA 1DOCA 4AT2A 2BK3A 2CFYA 1H82A 4H7UA 1DJNA 2C70A 3D1CA 4J36A 1GRGA 2IVEA 1X31B 5J60A 5GRTA 2B7SA 1BWCA 3ICTA 4YSZA 1K4QA 3AYLA 5EOWA 2OLNA 2AQJA 5GSNA 4GUVA 2RGHA 4ZCCA 4AOSA 4B67A 1ZKQA 3IHMA 2FJDA 3VR9A 3GWDA 3CGCA 1IUTA 1Q1WA 3DH9A 3G5QA 4PAAA 4AP3A 1GSNA 1RP0A 2WP6A 1DOEA 3NH3X 4OPCA 4OPGA 4YTMA 2YG6A 3S61A 4U8OA 4C77A 5C3JA 1ZK7A 1ZP0A 4PABA 2V5ZA 2C76A 2R46A 2XFQA 3NN6X 2C3CA 4REKA 4TLZA 3QSMA 3CNDA 5JCIA 2BCPA 4YTNA 4K2XA 4FX9A 1K0JA 1PBEA 1H6VA 2GEWA 4Z43A 2TPRA 3RP6A 2RGJA 2X8CA 2XCGA 3VRBA 3K7MX 1S2YA 2JBVA 3BNUA 4EMJA 4EMWA 2BCGG 3FMWA 1EL8A 1N4WA 3DMEA 1DXLA 3RP7A 3F8DA 2R0CA 4RSLA 4TLXA 4YKFA 1KDGA 5FS8A 3CPJG 3EAOA 3AE5A 4N9XA 3UOXA 2E5VA 1REOA 4X9MA 3URHA 2XYOA 3GSIA 3PO7A 4EQRA 3UKLA 5IQ4A 2YM2A 3M0OA 2YR5A 1B5QA 2A8XA 2C65A 2WU5A 3CPHG 4NTCA 3GYIA 5KOXA 3KU9A 1Q9IA 1H84A 2ZBWA 1KNRA 4OPUA 4U2SA 2R9ZA 2XDOA 1PBCA 1ZMCA 2WPEA 4HA6A 4CCRA 2WOWA 2YAUA 4H4WA 4K22A 4A6NB 4K7ZA 1OJDA 2BC1A 3BNMA 3REDA 2VRLA 3NTAA 2OAMA 4H2PA 3SQPA 2Q6UA 4X4JA 1TDOA 2GAHB 4U2LA 4C5OA 2GV8A 1P2EA 3NG7X 2YQUA 1ZMDA 3SM8A 2Z5YA 1B37A 3C96A 3P4QA 5U63A 4U2TA 1NHRA 2YLTA 3AEBA 3C4NA 4NEVA 1OJCA 2GR2A 2B9YA 2BXRA 3B6DA 2WPFA 3NK2X 4DSHA 2YG5A 4YSYA 1IJHA 3NTDA 2Q0KA 3EPTA 4FDCB 3UTEA 3DGHA 3NKSA 3V76A 2VQBA 3OZ2A 4UP3A 3UCLA 2WBAA 5DBJA 3NK0X 2BS2A 4CY6A 1E39A 1VG0A 5BRTA 1E6EA 2GR0A 2WDRA 3LJPA 3QFAA 4OPIA 4EQSA 2EQ9A 2YLXA 3GMCA 3BHKA 3QSSA 3AE9A 3LB8A 2AAQA 2A89A 1O94A 2ZZ0A 3M12A 3I6DA 4H4UA 2QA2A 3AD9B 3AD7B 3QVPA 2Y6QA 1HYUA 3GRTA 4GDEA 4Z24A 2XLUA 1NHSA 4I58A 4USQA 4XWRA 2C67A 4Z2UA 4GR1A 4U8JA 5EBKA 1ONFA 3P1WA 5ER0A 3GRSA 2GH5A 2WHDA 3BI2A 4P9SA 1CJ3A 1Y56B 3GDNA 4A9WA 1F8RA 4TM3A 1AOGA 1FCDA 1MXTA 2V3AA 4OPDA 5JCKA 4A6NA 2WP5A 2JAEA 2R0PA 1RSGA 1XPQA 2WOVA 2ZZBA 2GB0A 3RHAA 4B64A 3UKAA 1MO9A 3HZLA 3UOYA 5C2TA 1GRTA 2F5ZA 3JSKA 2WPCA 4OPTA 1XANA 2E1MA 2XLTA 1GV4A 3AD8B 3AECA 4GDPA 4LIIA 4OVIA 4Y4MA 5TR3A 3S5WA 1GTHA 2WETA 3DK4A 5EB5A 4DSGA 1GRFA 1H81A 2BS4A 4AP1A 1KSUA 5JCNA 5KWFA 1NG3A 3NHOX 4H4ZA 3RP8A 3UP4A 4D04A 3FBSA 4JY2A 2BC0A 2DKIA 1XDIA 2XVJA 1VDCA 1TYTA 2A87A 5FS6A 3AEDA 4J34A 1F8SA 4J2WA 3UKHA 3GDPA 4Z25A 4YKGA 1CC6A 2JKCA 4CNKA 3KA7A 4Z2RA 3KLJA 4APNA 1RYIA 3GWFA 2GVCA 3GYJA 3NNEA 3GD4A 1N1PA 1GERA 3FIMB 3DGZA 3OC4A 3EANA 5BUKA 4GF7A 3UTGA 3UKPA 1GOSA 3QFBA 3ADAB 2R4JA 4B65A 4B63A 2V3BA 1NDAA 3G5RA 3UTHA 5HXIA 4CRTA 4CBQA 1GALA 1LQUA 1CJCA 1PN0A 3K30A 4H2QA 3KPFA 4IVOB 4EIQA 3WE0A 1Y56A 2OA1A 3NRNA 5IQ1A 3CPIG 1D4CA 5JCMA 5EB4A 1NAAA 3D8XA 2C3DA 1GRBA 2XFUA 2Y6RA 3ABVA 3AEAA 5U25A 4CCQA 1JEHA 4X9NA 3V3OA 4AT0A 3Q6JA 1ZY8A 3R9UA 3C4AA 2AR8A 2DKHA 1DOBA 2BK4A 3M13A 2Z5XA 1O5WA 2BA9A 2FBWA 4RG3A 1D4EA 1GRHA 1PXCA 1GPEA 3CNSA 1IUSA 3CGEA 2RABA 3P4PA 1GEUA 5LV9A 1GTEA 3AXBA 4BJZA 3BHFA 1E1MA 2VRMA 3ATQA 3LXDA 3ISHA 2CDUA 1LTXR 2R45A 5KOWA 2XLPA 3AEEA 4E0VA 4LU6A 1H86A 2RGOA 1DODA 5KXJA 1NHPA 3ITJA 1L9CA 3DJDA 4K8DA 1QO8A 2WS3A 3ALJA 4H4VA 1E7PA 4IA5A 2EQ6A 4NTEA 4A79A 3DJGX 1PJ5A 2C72A 2VVMA 4M52A 1GNDA 3II4A 1VG9A 2GMHA 1JNRA 3IWAA 4YWOA 3P4SA 4J31A 4WCTA 2BABA 4K5SA 1DJQA 5BVAA 1S3EA 1CJ4A 2XFOA 2XVEA 1JOAA 4OPLA 2EQ7A 1TYPA 4Z2TA 1IUUA 1P2HA 4B69A 5FMHA 3CNTA 3VRDB 3AE4A 4AOXA 1KSSA 1L9DA 5CKUA 4XXGA 2QAEA 1PBDA 1EBDA 4ZN0A 2JB2A 1H7XA 4U8NA 2YLSA 2VOUA 4EMIA 4WX1A 1CJ2A 3LZWA 4D03A 2ARDA 3CIRA 1O95A 4JNAA 2B76A 1CC2A 1IUVA 2FJEA 4K5RA 1QLBA 4LA1A 3P4RA 4JDRA 1GRAA 1UKVG 1PDHA 2BXSA 4YSHA 3QJ4A 3AEGA 1IUXA 1GT8A 3L1RA 1CF3A 2GQFA 3AE6A 1GETA 1H83A 2B7RA 3B3RA 4IA6A 3CGDA 1PXBA 4H4PA 4BV6A 2JB3A 1TDFA 3H4KA 1NEKA 1PHHA 3AE7A 4CY8A 1N4UA 2Q7VA 4NTDA 4B1BA 1K0IA 3NLCA 3KVEA 1F3PA 5M10A 3GMBA 1KNPA 3V3NA 1FL2A 2E4GA 2YVFA 2XVFA 1FECA 2C7GA 2YLRA 4KX6A 3CNPA 1ZX9A 3AEFA 5IPYA 5L46A 1FOHA 1QJDA 3ZYXA 5FS7A 3SGLA 3VRAA 4IVMB 4U8PA 4C74A 1MOKA 2CVJA 1K0LA 2X99A 2BYBA 1PJ6A 3COXA 3T37A 1LJ1A 3UKKA 3UP5A 1FEBA 3F8PA 4KPRA 4TM0A 1PXAA 4H4SA 4O5UA 4ADWA 4A7AA 2R4EA 2YM1A 3CGBA 3I3LA 3H8IA 4RG4A 2W0HA 1S3BA 4CNJA 3CTYA 1TDEA 4ICYA 4TM4A 4BK2A 1D4DA 1KF6A 2WESA 5HHFA 5J7XA 4UDPA 1GESA 1VRQB 2YR6A 2GF3A 1BKWA 2OALA 2YLZA 4YTPA 2IIDA 3E1TA 4FK1A 5HYMA 1NHQA 2WQYA 4J56A 4U8LA 2XVHA 4Y4NA 3K7TA 1DNCA 4EM4A 3LADA 2PYXA 2BK5A 1EL7A 1H7WA 3FG2P 4B68A 1PS9A 4U8MA 1F8WA 1Z6LA 4MJWA 5U1OA 1CL0A 4OCGA 2YG4A 2X50A 3QVRA 2IVDA 3PVCA 1JNZA 3AE8A 3IF9A 4FK1C 2OLOA 1E1KA 4B66A 4H4QA 1PJ7A 2H88A 2BS3A 2XFNA 1OJAA 3ICRA 4IV9A 2I0ZA 3AE2A 3NYEA 4U8KA 2O9ZA 4USRA 3AE1A 3P9UA 4BK1A 1ZDLA 3CNJA 4DGKA 3AYIA 3IC9A 3F8RA 3EF6A 2WDVA 4XWZA 3VQRA 1CBOA 1EL9A 2JB1A 1IUWA 4O5QA 1D7LA 4GRTA 3O0HA 2FJBA 3UOZA 1L9EA 1OJTA 4H2NA 3NYCA 1JRZA 3AWIA 4JNQA 5M0ZA 2WP9A 3UOVA 4BJYA 1GXFA 2C66A 2VVLA 1JU2A 2GRTA 1YY5A 4U8IA 4J33A 1ZOYA 2HQMA 2XLRA 4YT0A 4ECHA 4GCMA 4EQXA 1YQZA 1M6IA 3L8KA 1BGJA 4DNAA 3BI5A 5KRQA 1FEAA 4C3XA 3UKQA 2H89A 2GMJA 4Y4LA 1LVLA 1XHCA 2YWLA 4NZHA 4C3YA 1V59A 3NK1X 2Q0LA 4EIPA 2ACZA 1EL5A 2BACA 1CC4A 3CN8A 4A5LA 1BGNA 3NYFA 4ZCDA 2C73A 3DJJA 1BZLA 5BULA 3ICSA 3LZXA 3QSEA 5KVIA 2VQ7A 1PBBA 2CULA 3DA1A 3UKFA 4Z26A 2QA1A 2UZZA 2EQ8A 3UTFA 1N4VA 1B8SA 1L0VA 1YQ4A 5FS9A 4BK3A 2GQWA 1E1NA 2V6OA 4A99A 1LV0A 4I59A 3AB1A 2YVGA 3G5SA 3SFEA 1VQWA 2YVJA 2YR4A 3DK9A 4TM1A 3RNMA 2GAGB 4JY3A 2NPXA 4H4RA 2QCUA 3H8LA 2APGA 4J57A 1ZOVA 2C75A 3VR8A 1OJ9A 1TDKA 2WU2A 5KVHA 1M64A 2X8HA 3ZDNA 1BF3A 3PS9A 5JCLA 2B9XA 2GR3A 1COYA 1KFYA 2X8GA 1D5TA 1GREA 2NVKX 2X3NA 2ZZCA 2XVIA 5CQFA 3SFDA 1CHUA 4H50A 4JN9A 1Y0PA 1YKJA 1F6MA 2GR1A 1D7YA 1S2QA 2TMDA 3FPZA 4YSXA 3ATRA 3ALMA 3KKJA 2WEUA 2XFPA 2V61A 2VZ2A 1NENA 1B4VA 1LQTA 3LOVA 2C64A 4H2RA 3DK8A 2J3NA 2PHHA 1W4XA 1YQ3A 3Q9TA 3AE3A 1SEZA 4H4YA 2YG7A 4BURA 1NPXA 1TDNA 4EM3A 3KD9A 4H4TA 1Q1RA 2FJAA 4EQWA 4A65A 2R0GA 1LPFA 2YG3A 4H4XA 4UDQA 3NT6A 2XLSA 3NIXA 2V60A 3BI4A 5HY5A 1ELIA 4UDRA 3ALLA 1JRYA 1E1LA 1NG4A 3GD3A 3NN0X 2JK6A 2VVLG 2WDQA 2WOIA 4HB9A 1TRBA 2B9WA 1PBFA 2YLWA 4Z44A 3K7QX 3DJEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2XPDA 1WPIA 2FWFA 4QL9A 4H7UA 4KCEA 3T2YA 1SKSB 2YWMA 4PUFC 1GRGA 2IVEA 5J60A 4PGTA 5GRTA 2B7SA 8GSSA 1K4QA 2B3SA 3F8UA 4MJEA 3ZIJA 5IM9A 3H1NA 4GUVA 1TRVA 1FG4A 3GWDA 2WS2A 3FKFA 3TJKA 1GSNA 4OPCA 4YTMA 4OPGA 2DC5A 5CRDA 1ZK7A 3GHAA 4X1UA 2V32A 3S9FA 4N0ZA 2C76A 2XFQA 4TLZA 3QSMA 5JCIA 5LD0A 3VWXA 5D9WA 2BTOT 3UOMA 2C4CA 2TPRA 4HZ4A 2B7KA 2XCGA 3K7MX 1S2YA 4EMWA 4K6XA 2BCGG 3FMWA 2TRXA 1EL8A 1GULA 3ZRDA 3SXIA 4YKFA 1KDGA 5FS8A 1Q98A 4N9XA 2GSQA 4X9MA 2L59A 3PO7A 4EQRA 1YEXA 1SK2A 1B5QA 2A8XA 2C65A 2C4JA 2VO4A 3KU9A 4EE0A 4NNJA 2UZ8A 1H84A 5HFGA 1MDKA 1OYJA 4TXVA 2H76A 3IDVA 2VL3A 1U3IA 1WRYA 3RAZA 3VPQA 3TUEA 1ZYPA 2VLUA 2BJXA 1XVQA 4K2DA 2BC1A 2VRLA 3ZLPA 4C5OA 3SQPA 2Q6UA 3TRXA 2GV8A 3UJ1A 5G1KA 1P2EA 2Z5YA 2AYTA 3P4QA 3H79A 3AEBA 2L6CA 2GR2A 2B9YA 3DEXA 2WPFA 3QR6A 4DEJA 2YG5A 3NK2X 4EF0A 2XC2A 2ZCTA 3HYPA 5ID2B 3NTDA 3WYWA 2Q0KA 3EPTA 3UTEA 3DGHA 2JSZA 4JR6A 4MA9A 3FY7A 4UP3A 3UCLA 2WBAA 2VOCA 1TK0B 2BS2A 5DALB 1S3CA 4OPIA 2N5AA 3BCIA 5DCHA 2LRTA 2YLXA 2MYGA 3QSSA 2AAQA 3GTUB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XPD A;  1WPI A;  2FWF A;  4QL9 A;  4H7U A;  4KCE A;  3T2Y A;  1SKS B;  2YWM A;  4PUF C;  1GRG A;  2IVE A;  5J60 A;  4PGT A;  5GRT A;  2B7S A;  8GSS A;  1K4Q A;  2B3S A;  3F8U A;  4MJE A;  3ZIJ A;  5IM9 A;  3H1N A;  4GUV A;  1TRV A;  1FG4 A;  3GWD A;  2WS2 A;  3FKF A;  3TJK A;  1GSN A;  4OPC A;  4YTM A;  4OPG A;  2DC5 A;  5CRD A;  1ZK7 A;  3GHA A;  4X1U A;  2V32 A;  3S9F A;  4N0Z A;  2C76 A;  2XFQ A;  4TLZ A;  3QSM A;  5JCI A;  5LD0 A;  3VWX A;  5D9W A;  2BTO T;  3UOM A;  2C4C A;  2TPR A;  4HZ4 A;  2B7K A;  2XCG A;  3K7M X;  1S2Y A;  4EMW A;  4K6X A;  2BCG G;  3FMW A;  2TRX A;  1EL8 A;  1GUL A;  3ZRD A;  3SXI A;  4YKF A;  1KDG A;  5FS8 A;  1Q98 A;  4N9X A;  2GSQ A;  4X9M A;  2L59 A;  3PO7 A;  4EQR A;  1YEX A;  1SK2 A;  1B5Q A;  2A8X A;  2C65 A;  2C4J A;  2VO4 A;  3KU9 A;  4EE0 A;  4NNJ A;  2UZ8 A;  1H84 A;  5HFG A;  1MDK A;  1OYJ A;  4TXV A;  2H76 A;  3IDV A;  2VL3 A;  1U3I A;  1WRY A;  3RAZ A;  3VPQ A;  3TUE A;  1ZYP A;  2VLU A;  2BJX A;  1XVQ A;  4K2D A;  2BC1 A;  2VRL A;  3ZLP A;  4C5O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2XPD A;  1WPI A;  2FWF A;  4QL9 A;  4H7U A;  4KCE A;  3T2Y A;  1SKS B;  2YWM A;  4PUF C;  1GRG A;  2IVE A;  5J60 A;  4PGT A;  5GRT A;  2B7S A;  8GSS A;  1K4Q A;  2B3S A;  3F8U A;  4MJE A;  3ZIJ A;  5IM9 A;  3H1N A;  4GUV A;  1TRV A;  1FG4 A;  3GWD A;  2WS2 A;  3FKF A;  3TJK A;  1GSN A;  4OPC A;  4YTM A;  4OPG A;  2DC5 A;  5CRD A;  1ZK7 A;  3GHA A;  4X1U A;  2V32 A;  3S9F A;  4N0Z A;  2C76 A;  2XFQ A;  4TLZ A;  3QSM A;  5JCI A;  5LD0 A;  3VWX A;  5D9W A;  2BTO T;  3UOM A;  2C4C A;  2TPR A;  4HZ4 A;  2B7K A;  2XCG A;  3K7M X;  1S2Y A;  4EMW A;  4K6X A;  2BCG G;  3FMW A;  2TRX A;  1EL8 A;  1GUL A;  3ZRD A;  3SXI A;  4YKF A;  1KDG A;  5FS8 A;  1Q98 A;  4N9X A;  2GSQ A;  4X9M A;  2L59 A;  3PO7 A;  4EQR A;  1YEX A;  1SK2 A;  1B5Q A;  2A8X A;  2C65 A;  2C4J A;  2VO4 A;  3KU9 A;  4EE0 A;  4NNJ A;  2UZ8 A;  1H84 A;  5HFG A;  1MDK A;  1OYJ A;  4TXV A;  2H76 A;  3IDV A;  2VL3 A;  1U3I A;  1WRY A;  3RAZ A;  3VPQ A;  3TUE A;  1ZYP A;  2VLU A;  2BJX A;  1XVQ A;  4K2D A;  2BC1 A;  2VRL A;  3ZLP A;  4C5O A; 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4CY6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

pfam database annotations