4O5Q | Genus

Total Genus 168

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	521
structure length	521
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus	168
structure length	521
sequence length	521
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-12-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4o5qA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA03

3QJ4A 1LV0A 1IUSA 4JNQA 3BI2A 5U63A 1ZY8A 3IC9A 2XVEA 4TLZA 4ZCDA 3L8KA 4J31A 3UKKA 4A65A 2W0HA 1DOBA 3CPJG 1B4VA 4NTEA 2VZ2A 3DJGX 1H7XA 2YVFA 3FG2P 2IVDA 5C3JA 2XLTA 2WU5A 2XLPA 2YLWA 1B8SA 1NHRA 2BC1A 1E1KA 3KKJA 4OVIA 3T37A 1FECA 4Z25A 5IPYA 2WDRA 2WBAA 1GRFA 2C3CA 4ADWA 2C3DA 3DK8A 4WCTA 1GERA 2H89A 2C72A 1Y56A 3P1WA 2V5ZA 2YR5A 3AEDA 1E1LA 2ZZBA 2XVHA 1N4WA 5JCKA 4HA6A 1KF6A 4A6NB 1PS9A 4CBQA 3B6DA 4FDCB 2IIDA 3IWAA 2VQ7A 4H4XA 4J36A 1TDFA 1L0VA 3NGCX 4BJZA 4UP3A 3ISHA 4ZCCA 1S2QA 1ZYNA 1PN0A 3AE7A 4AOXA 2GQFA 2AAQA 4JDRA 1N1PA 2B7SA 4NEVA 4YTMA 4A5LA 1NAAA 2YLZA 2GR3A 2BCGG 3UOVA 2YR6A 1ZKQA 1GALA 2FBWA 4H4UA 4OPCA 4YTNA 2R45A 1S3EA 3CGEA 3K30A 4LIIA 1BWCA 3GDPA 3R9UA 3RP8A 3CGBA 3ATRA 4K5SA 4KX6A 4CNKA 1JRZA 3HZLA 3LZXA 1IUUA 1PJ5A 1QJDA 2PHHA 2EQ6A 1KDGA 1VG9A 1Q1RA 1RP0A 4AOSA 2B76A 1GXFA 4EIQA 2V60A 1Y0PA 3GYIA 2ZZ0A 1K0LA 2B9YA 4REKA 5IQ4A 4C5OA 1W4XA 2TMDA 4OPLA 1JEHA 4H4QA 2GR2A 1IJHA 3UKFA 1DNCA 2B7RA 3ICRA 3NG7X 3ZYXA 2BK4A 2YG4A 1CJ3A 4IA5A 2BS2A 2GH5A 2BABA 3AE8A 2PYXA 2C67A 3Q9TA 5JCIA 2ACZA 3P4RA 4USRA 4Z2TA 5FS6A 4H4PA 3AYJA 1CL0A 3DK9A 3DMEA 3F8RA 3NK0X 4NZHA 5BULA 2AQJA 1LJ1A 3IHGA 5FS7A 2YLRA 3Q6JA 3UKLA 2YQUA 4B68A 2BXSA 4DSHA 4YKGA 3AYLA 4YXDA 1KNPA 2WP6A 4HB9A 4TM0A 2AR8A 1ZOYA 3NYEA 2WOVA 1OJCA 1CF3A 2CDUA 2DKIA 1GREA 2JAEA 1DOEA 4H4YA 1K0JA 2GRTA 3DJJA 4AP3A 3QVPA 3CTYA 1DJNA 3GRSA 1NHQA 3NLCA 2B9WA 1IUTA 2YM2A 3SFDA 1H81A 2XCGA 3EPTA 3UKQA 3G5QA 1F8WA 1TYPA 2GR1A 2QA2A 4EIPA 1GEUA 3KD9A 3DJEA 4GCMA 1KSSA 4IVOB 3NK1X 4C74A 2XFNA 2WOWA 1JRYA 2OALA 3D8XA 2WS3A 4H50A 2Q7VA 3LOVA 4IVMB 1PBFA 1F6MA 4K2XA 3V76A 4B69A 1B5QA 5IQ1A 1XANA 4D03A 1Q9IA 2ZZCA 2WESA 3DH9A 2BYBA 5C2TA 1S3BA 4H2RA 3CNTA 3AE9A 5HY5A 3K7MX 4U2SA 3VR9A 5JCNA 4YSXA 4H4WA 3GSIA 1NHSA 2YM1A 1DOCA 2BACA 2Q6UA 2WP9A 3GRTA 4EQSA 4RG4A 3AEBA 1D4CA 1E1MA 3QFBA 2GVCA 3IHMA 1PXCA 2X3NA 3AE1A 1IUVA 4DGKA 3D1CA 4BURA 3UP5A 1H82A 2GAHB 2WEUA 4O5UA 2WU2A 2OA1A 3G5SA 1JRXA 3P4PA 4EQWA 3S5WA 1O95A 2IVEA 3ADAB 4FK1C 1BKWA 3KU9A 3DGZA 4Y4NA 2X50A 4YSHA 4B65A 5JCMA 2C75A 1O94A 4GRTA 4UDRA 1TDKA 2BS4A 1PBBA 4CY8A 1NG3A 1REOA 2Y6QA 4U8LA 4BJYA 2BK3A 2BA9A 2HQMA 4H2QA 4Z44A 4U2LA 4EQXA 1UKVG 3DGHA 1V59A 2GV8A 2VVMA 3AYIA 3NN0X 4OPUA 4J56A 5KWFA 2DKHA 2YLTA 1D4EA 1E7PA 1F8RA 1HYUA 3COXA 4XWRA 3UP4A 1CC2A 2OAMA 1FEAA 2QCUA 1FL2A 2V6OA 4U8IA 1BZLA 2XLSA 4GUVA 4UDPA 1B37A 5KOXA 1OJ9A 5DBJA 4BK3A 1BF3A 4H4ZA 4BK1A 3K7TA 1TRBA 4AT2A 4XWZA 4A6NA 1EBDA 2OLOA 2R9ZA 3AD8B 4GF7A 2UZZA 1E1NA 2WDVA 5KXJA 2VOUA 4TM4A 1GOSA 3EF6A 2NPXA 4N9XA 2VRMA 5EB5A 2CVJA 3DA1A 4EMJA 1MXTA 3S61A 4GDPA 4TLXA 1PJ7A 3QSSA 3CPHG 3V3NA 1JOAA 4K22A 2JB3A 2C65A 2XLRA 4K5RA 4CNJA 4YT0A 3SGLA 4A79A 2ZBWA 1DJQA 2R46A 2XYOA 2YAUA 3FPZA 1DODA 4Z43A 3AEFA 2VVLA 4H2PA 3NKSA 1H84A 3UKPA 2APGA 2E4GA 1BGJA 4O5QA 1F8SA 1CJ4A 3NK2X 3GYJA 3RP7A 2BC0A 1OJDA 1GETA 1YQ4A 5J60A 3AEGA 3BNUA 3ITJA 3NTDA 4U8MA 1GNDA 4PAAA 3F8DA 2GF3A 4LA1A 4ICYA 3ICSA 1ONFA 1ELIA 2YLSA 1YQZA 4UDQA 2EQ9A 4B67A 1EL8A 5M10A 2C64A 2Y6RA 4I58A 3AECA 3JSKA 4B63A 3ABVA 3AE4A 3H4KA 2FJEA 2C7GA 5HYMA 3VQRA 1LQTA 4Y4MA 2E5VA 5JCLA 1F3PA 4CY6A 1L9CA 4WX1A 3RNMA 4C77A 1GRTA 4B1BA 3URHA 2RGOA 1H86A 2EQ7A 4JNAA 2GQWA 4D04A 3VRDB 1YKJA 2YG3A 3BNMA 3K7QX 3LJPA 4K8DA 4M52A 3UOXA 3ALLA 1VDCA 4IV9A 3LADA 4U8PA 3UTGA 5KVIA 4ECHA 1NEKA 3BI5A 1XDIA 1D5TA 5L46A 1NPXA 1RSGA 3UTHA 5BRTA 3BI4A 2RGJA 4TM3A 5KVHA 1OJTA 2XFOA 3ALMA 4PABA 4APNA 1N4VA 4B64A 3AXBA 2R4EA 5CKUA 4EM3A 1GESA 2RABA 2XFPA 2VRLA 2A89A 3G5RA 3UTFA 4CCRA 2C76A 1BGNA 4OPTA 2C66A 5BVAA 2QAEA 3NTAA 4OCGA 4H4RA 3ALJA 3O0HA 3NIXA 4Z2UA 2VVLG 1PBCA 5EOWA 4USQA 4AT0A 1H83A 3FMWA 1YY5A 1ZDLA 5TR3A 4ZN0A 1OJAA 3AE2A 3M13A 4MJWA 3M12A 5M0ZA 4E0VA 1Q1WA 4OPGA 4RSLA 4DNAA 4H4VA 2C73A 1CC4A 3V3OA 3WE0A 2C70A 1PXBA 1PHHA 1LTXR 4EM4A 1DXLA 3ZDNA 1QO8A 1EL7A 1CBOA 2V61A 3NN6X 3CPIG 2X8HA 2XFUA 2YG7A 3AEEA 3NYFA 1JNZA 3P9UA 1E6EA 4Z24A 5EB4A 1D7LA 1LVLA 1Y56B 5EBKA 3F8PA 2YG5A 3SQPA 3OC4A 4U8KA 4A9WA 1EL9A 1D4DA 3H8LA 4XXGA 4Z2RA 4H4SA 5J7XA 1NDAA 5U1OA 3RHAA 3CNJA 5LV9A 1XHCA 2EQ8A 3LXDA 3REDA 2WP5A 2OLNA 3P4QA 3CNPA 1D7YA 5CQFA 4A7AA 1S2YA 5KOWA 1VG0A 4YSYA 2X99A 1EL5A 3QVRA 5FS8A 2YG6A 1GRBA 2XVIA 4AP1A 2NVKX 2YR4A 2XVJA 3GMCA 5ER0A 1P2HA 3I3LA 5HHFA 3NT6A 1N4UA 4U8NA 3UKAA 2CULA 3B3RA 4Y4LA 2WPFA 1LPFA 3DK4A 1GSNA 2XVFA 1KSUA 2E1MA 3AD9B 3GMBA 2R0GA 4IA6A 1X31B 3NH3X 4RG3A 3AWIA 3AE3A 1CC6A 3FIMB 4H7UA 2GMHA 2WPCA 3VRAA 4EQRA 3CNSA 1GTEA 2XLUA 2GB0A 2CFYA 3L1RA 5FS9A 2FJAA 3CIRA 3E1TA 3M0OA 3LZWA 3KVEA 4NEWA 2GEWA 4YWOA 4YKFA 3UOZA 4C3XA 3NNEA 1ZYPA 1ZMDA 3C96A 4X9NA 3ICTA 3AE6A 3UKHA 2QA1A 3GD3A 4FK1A 3C4NA 4JQ9A 4U8OA 3GWFA 1H6VA 2YLXA 3AD7B 4A99A 1GT8A 1PJ6A 4GDEA 1IUWA 1TYTA 3CGCA 1KFYA 1NG4A 2V3AA 1XPQA 1NENA 2WHDA 4BK2A 3II4A 1GTHA 2GR0A 3VR8A 2A87A 1ZOVA 1GRAA 3KPFA 4LU6A 2F5ZA 3NRNA 4TM1A 1P2EA 2WPEA 2WETA 2JB2A 1K0IA 3QFAA 5BUKA 2R4JA 1ZP0A 2WQYA 4X9MA 4BV6A 4FX9A 2WOIA 1NHPA 1L9EA 2J3NA 4NTCA 2BK5A 3AEAA 3GDNA 4H4TA 4J2WA 4U8JA 2O9ZA 4Z26A 1AOGA 3SM8A 3ATQA 2R0PA 3PO7A 2Q0LA 1KNRA 1M6IA 3PS9A 1O5WA 1E39A 1MOKA 1ZX9A 1FEBA 2RGHA 3CNDA 3CN8A 1TDOA 3SFEA 4EMIA 2BXRA 3RP6A 3H8IA 2JK6A 4JY2A 4J57A 1TDNA 4OPIA 1M64A 1PBEA 2R0CA 3I6DA 4U2TA 5HXIA 2Z5XA 2GMJA 1CJCA 1GV4A 2YWLA 2ARDA 5GRTA 2JKCA 1LQUA 1JU2A 3BHKA 3AE5A 4YSZA 4YTPA 2X8CA 4H2NA 2TPRA 3KA7A 1ZMCA 3NHOX 1L9DA 3UOYA 1CHUA 2BS3A 4B66A 2A8XA 1SEZA 4DSGA 1MO9A 4JY3A 1TDEA 2YVGA 3C4AA 1GRGA 2JB1A 2Q0KA 1COYA 2H88A 1QLBA 4J33A 4KPRA 1GPEA 1PXAA 4K7ZA 1VRQB 3EAOA 4CRTA 1ZK7A 5GSNA 1FOHA 2FJBA 4EMWA 1Z6LA 2YVJA 2X8GA 3BHFA 4J34A 2I0ZA 1GRHA 3CGDA 1FCDA 4C3YA 2VQBA 1YQ3A 1IUXA 5U25A 4GR1A 2BCPA 4JN9A 2XFQA 3UTEA 3LB8A 3DJDA 1VQWA 4NTDA 3NYCA 1H7WA 1K4QA 3IF9A 4X4JA 5KRQA 1CJ2A 2B9XA 3GWDA 3GD4A 4MNNA 2GAGB 3KLJA 3P4SA 5FMHA 2XDOA 3VRBA 2Z5YA 3OZ2A 3QSMA 1PDHA 4I59A 3EANA 2JBVA 3AB1A 2WDQA 3FBSA 3PVCA 3QSEA 1JNRA 3UCLA 2V3BA 1PBDA 2FJDA 4P9SA 4OPDA 4CCQA 1RYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4Q5NA 1LV0A 4I2TA 3IC9A 4TLZA 4J31A 3UKKA 4A65A 3M3MA 1M2AA 4MPFA 4K8MA 2HE3A 5KN2A 1AC1A 4MJBA 2LUSA 5C3JA 2XLPA 2C3CA 2YZHA 2ZUPA 4OCFA 2C3DA 4WCTA 1M3IA 1Y56A 1E1LA 3UVTA 2XVHA 2P5RA 1N4WA 1FAAA 5ECOB 3GTUA 3CRTA 4CBQA 3QAGA 4GSNA 2IIDA 4H4XA 4J36A 5G5EA 2LS5A 2H6YA 3NGCX 4HSCX 4BJZA 2C0GA 1PD21 2WRTA 4ZCCA 1S2QA 2KUCA 3KH7A 1UN2A 4JDRA 1EOGA 2B7SA 4NEVA 4YTMA 2JSZA 4GTUA 2YZUA 4KUNA 1GL8A 3KM6A 1ZKQA 2FBWA 4H4UA 4OPCA 1S3EA 1DSBA 1BWCA 3T0KA 4K5SA 1F2EA 1OC8A 3KEBA 2I4AA 1PJ5A 5KMRA 4F0BA 1KDGA 1Q1RA 1Z7PA 1SL2B 3QR6A 1TXXA 2ZZ0A 4V1Ap 1JEHA 4OPLA 4H4QA 4KDYA 3ZL5A 3IAS2 2J9HA 2YG4A 4IA5A 3AE8A 2WDUA 2FA8A 4IN0A 3F3QA 4G74A 5F8BA 3DK9A 3F8RA 2GVPA 3IHGA 1FB0A 3GRXA 4DSHA 2FA4A 4YKGA 3SBCA 3AYLA 1KNPA 2GSQA 5DALB 4DSSA 4TM0A 1GUHA 3NYEA 4I8BA 2CDUA 1OKTA 4EVMA 2JAEA 3OR5A 6GSUA 3BCIA 1DOEA 5B6MA 1I5GA 2H71A 5HR3A 2GRTA 1M0UA 3DJJA 3GRSA 2VD1A 1BAYA 4JR6A 5D93A 4ZXGA 1H81A 3UKQA 4POBA 3P7XA 4EIPA 4NNJA 4F82A 1NSWA 2GS3A 3FR6A 3NK1X 5D9VA 1JRYA 3D8XA 3UARA 2Q7VA 2K18A 4K2XA 4FQUA 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5JCLA 1F3PA 4WX1A 2P31A 4HU9A 3RNMA 2VUPA 2GQWA 5CAXA 4D04A 2H76A 4IBPA 2R2JA 3K7QX 4MLYA 1VDCA 3IE3A 4ECHA 4IVFA 5JWRB 5KN3A 1XDIA 4TOPA 4PURA 2DJ1A 2HFDA 2RGJA 3HHVA 4K9ZA 3T14A 5KVHA 2VL2A 2XFOA 4PABA 1GESA 1OC9A 3G5RA 3HYVA 4RQRA 4OPTA 1A0FA 2HSYA 1BX9A 5LCZA 2IPAA 3W6GA 5A4WA 4H4RA 3DRNA 3NIXA 5EOWA 3FMWA 5G1KA 4GCIA 2YWNA 2BRYA 4GF0A 2MMAA 2HZFA 3I6AA 3VURA 1DXLA 2PUKC 1EL7A 4ZIJA 2X8HA 2XFUA 2YG7A 3AEEA 2QKEA 2MZCA 1JNZA 4XS4A 1EGOA 1E6EA 3QOUA 5EB4A 3CTFA 1XW9A 3GKKA 3OC4A 3MIXA 4N0VA 1D4DA 2IL3A 2IMDA 2N5AA 5J7XA 5U1OA 4G0LA 1XHCA 2EQ8A 3REDA 3F4TA 3CNPA 1D7YA 4NMUA 4A7AA 2X99A 1FOVA 3QVRA 4YH2A 1FW1A 4HEA2 2XVIA 1TK5B 5ABRA 5ER0A 1P2HA 1E6BA 3KZQA 2O8VB 5ELGA 2H19A 3APQA 4MZWA 5GSSA 2CULA 4Y4LA 5ECHB 2WPFA 3DK4A 5B6NA 5KRQA 2RLIA 3AWIA 3FIMB 2LJKA 3VRAA 2VCZA 1GTEA 3L1RA 2GB0A 5FS9A 1XWBA 1B9XC 2FJAA 1PL1A 2F8AA 3MNGA 3CIRA 4NEWA 4FYUA 3WGDA 10GSA 2GEWA 4C3XA 1GTAA 1KNGA 1TRVA 4X9NA 2H8LA 2P5QA 1H6VA 4ECBA 1GT8A 1PJ6A 4GDEA 4ISDA 5KN1A 2CVKA 2F3MA 5DJMA 1V2AA 1NG4A 4AF2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4Q5N A;  1LV0 A;  4I2T A;  3IC9 A;  4TLZ A;  4J31 A;  3UKK A;  4A65 A;  3M3M A;  1M2A A;  4MPF A;  4K8M A;  2HE3 A;  5KN2 A;  1AC1 A;  4MJB A;  2LUS A;  5C3J A;  2XLP A;  2C3C A;  2YZH A;  2ZUP A;  4OCF A;  2C3D A;  4WCT A;  1Y56 A;  1E1L A;  3UVT A;  2XVH A;  2P5R A;  1N4W A;  1FAA A;  5ECO B;  3GTU A;  3CRT A;  4CBQ A;  3QAG A;  4GSN A;  2IID A;  4H4X A;  4J36 A;  5G5E A;  2LS5 A;  2H6Y A;  3NGC X;  4BJZ A;  2C0G A;  1PD2 1;  2WRT A;  4ZCC A;  1S2Q A;  2KUC A;  3KH7 A;  1UN2 A;  4JDR A;  1EOG A;  2B7S A;  4NEV A;  4YTM A;  2JSZ A;  4GTU A;  2YZU A;  4KUN A;  1GL8 A;  3KM6 A;  1ZKQ A;  2FBW A;  4H4U A;  4OPC A;  1S3E A;  1DSB A;  1BWC A;  3T0K A;  4K5S A;  1F2E A;  1OC8 A;  3KEB A;  2I4A A;  1PJ5 A;  5KMR A;  4F0B A;  1KDG A;  1Q1R A;  1Z7P A;  1SL2 B;  3QR6 A;  1TXX A;  2ZZ0 A;  4V1A p;  1JEH A;  4OPL A;  4H4Q A;  4KDY A;  3ZL5 A;  3IAS 2;  2J9H A;  2YG4 A;  4IA5 A;  3AE8 A;  2WDU A;  2FA8 A;  4IN0 A;  3F3Q A;  4G74 A;  5F8B A;  3DK9 A;  3F8R A;  2GVP A;  3IHG A;  1FB0 A;  3GRX A;  4DSH A; 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4O5QA

Total Genus

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Chain Sequence

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