4O5Q | Genus

Total Genus 168

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	521
structure length	521
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus	168
structure length	521
sequence length	521
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-12-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4o5qA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA03

1ZOYA 1DXLA 2X50A 2YG4A 3PO7A 4OPGA 3UTHA 3IHMA 5ER0A 1OJDA 1H82A 3NT6A 4A5LA 3SFDA 2F5ZA 2GMJA 1E1KA 5JCMA 3KLJA 3AE6A 3IF9A 4UDRA 3GYJA 5U1OA 4AOXA 4ECHA 1MXTA 3ITJA 3F8PA 5U25A 4CCRA 1DJNA 3DK4A 4USQA 1L9EA 1CHUA 3AYJA 4AT2A 2BCGG 1ELIA 4H2PA 1PS9A 1H7XA 2QA1A 3VQRA 5HYMA 1ONFA 3DJGX 1N4UA 2BXRA 3K7QX 1H7WA 1D4EA 3C96A 4H4VA 2ACZA 4YT0A 3B3RA 2YR5A 4Z44A 5KOWA 3CGEA 2GR2A 2CULA 1SEZA 2Q6UA 1LTXR 2IVEA 4C5OA 3ICSA 4YWOA 4H4TA 1LJ1A 2R4JA 4H4UA 2XLPA 3WE0A 1ZKQA 4PAAA 1S3EA 3NTAA 2BA9A 4B67A 1PBFA 3QVPA 2VVMA 1ZY8A 2OA1A 1BKWA 1CC6A 3R9UA 3BI2A 3UKPA 2B9WA 2WOWA 3NYCA 3OZ2A 4BJZA 1GV4A 1NHPA 1FEBA 1D5TA 1MOKA 3M12A 2V61A 4YSHA 5FMHA 1PBBA 4DSHA 3V76A 3E1TA 3KD9A 5JCIA 4K22A 4REKA 4AP3A 4M52A 1JNZA 1GESA 4H2RA 1BF3A 3QJ4A 4RSLA 4U8OA 3CNSA 4NEVA 3AEDA 3DK8A 3GD4A 4C3XA 1TDFA 1IJHA 4FX9A 5M0ZA 4X4JA 2XFOA 4J57A 1PXBA 4B64A 2ZZ0A 3UTFA 1M64A 1O5WA 3AEAA 1REOA 2QCUA 1VG0A 3ADAB 3P9UA 3P4QA 2X8HA 1LQUA 1QJDA 1ZX9A 2R45A 4X9NA 4XWRA 5EOWA 4CNJA 1Y56A 2WDRA 3CGDA 5IQ1A 3COXA 1L9CA 1LV0A 1Q1WA 1NHRA 3DA1A 3NH3X 1CJ2A 3P4SA 4H4WA 1FEAA 2V6OA 1L9DA 3AD9B 3CNJA 2Y6RA 3C4NA 4NZHA 1Y56B 2WS3A 3GSIA 1FL2A 2APGA 3L8KA 3LOVA 1B4VA 4FK1C 4UP3A 5BUKA 5GRTA 3AYIA 4H4YA 4A79A 2V3BA 1PBDA 2WP9A 4PABA 3CPJG 1EL5A 4C3YA 1NG4A 1LQTA 2BACA 4LA1A 1P2EA 2C67A 4MNNA 1YQ4A 2YR6A 1XDIA 3DJJA 1GTEA 2TMDA 3RHAA 4EQRA 1H84A 2EQ9A 3QFBA 2FJDA 4JDRA 2VQBA 5HHFA 1PHHA 1QLBA 2WDQA 4H4RA 4BK3A 4YTPA 1ZK7A 1IUSA 4K2XA 4UDPA 1W4XA 2GAHB 1Z6LA 4H4SA 2WP5A 1MO9A 4OVIA 3NIXA 3UKKA 1NHQA 4WCTA 2XFNA 4EMWA 1PBCA 2GRTA 2NVKX 4EM3A 1PN0A 1YY5A 2GQWA 5C3JA 1TDEA 2GR3A 2QA2A 3CNDA 4OPLA 2FJBA 2C64A 2WESA 4ZCDA 3KA7A 3ALJA 4BK1A 4H2QA 4YTMA 2CVJA 2WPEA 4EQSA 3AD8B 1VRQB 2W0HA 3LADA 3CTYA 3DH9A 3UOZA 2UZZA 2VOUA 4APNA 2YVGA 2XFQA 4JNAA 2H89A 2GV8A 4KPRA 3UKQA 4UDQA 2YM1A 1N4VA 3K7MX 1PJ7A 1GETA 4GDPA 5FS8A 5C2TA 4EMIA 2BS2A 1FCDA 3AE3A 5J60A 1CF3A 3NK0X 3Q6JA 2YVJA 3RP8A 2XVJA 4K7ZA 4X9MA 5JCNA 5KWFA 2BK3A 2DKHA 5FS6A 4YTNA 5IQ4A 3VR9A 2GAGB 4B63A 3BNMA 1KSSA 2E5VA 4Z2TA 4A7AA 3G5SA 2A89A 1DNCA 2YWLA 2OAMA 3H4KA 3NLCA 5JCLA 1TYTA 4ZN0A 5M10A 4GR1A 3Q9TA 3K30A 1XPQA 1OJTA 5FS7A 3V3NA 2IIDA 1L0VA 2RGHA 3DGZA 4CRTA 1Q1RA 3GMBA 2Z5XA 3UTEA 2WOVA 3UKFA 1CC4A 2C76A 3KKJA 4OCGA 1DOEA 3ALLA 5KOXA 1H83A 1BZLA 2A87A 2OALA 3AE1A 2VVLG 3RP6A 1IUVA 1F8RA 1H81A 4RG4A 4K5RA 4ADWA 1XHCA 3IC9A 2OLNA 1PJ6A 4OPIA 3UOXA 4H4PA 2YG6A 5FS9A 5HY5A 3DJDA 1GREA 2RGOA 2X8CA 1PXCA 2XYOA 1CJ4A 5GSNA 1B8SA 1X31B 2R46A 3NHOX 4H4ZA 1CJCA 3NYEA 3H8LA 3JSKA 1PBEA 1YQ3A 2WBAA 4N9XA 3FMWA 1TYPA 4Z26A 3QSEA 1DJQA 3S61A 2C7GA 4O5UA 2VQ7A 4U2SA 1K0LA 2GR0A 4IA5A 3AE5A 3AEEA 3SGLA 4TM4A 2PHHA 5EB5A 4BURA 1DODA 2Q0KA 2C66A 1XANA 2GMHA 1VG9A 3EF6A 1JRXA 2R0CA 3LZWA 3PVCA 1ZYNA 1GRGA 1VDCA 2WOIA 4JY2A 4HB9A 4P9SA 2C3CA 2R4EA 5CQFA 1QO8A 3DK9A 3ICRA 3F8RA 2XDOA 4Z2UA 2V5ZA 3VRDB 3RP7A 1GRTA 3P4RA 4Y4MA 1GRAA 2R9ZA 3M0OA 3GD3A 3UTGA 4XXGA 1ZMDA 4USRA 1AOGA 2AR8A 2XCGA 3ALMA 3AYLA 4Z25A 3BI4A 2C72A 3ABVA 4NTDA 4GDEA 4A99A 2VRLA 1JNRA 3G5QA 3GWFA 1O94A 2BC0A 4HA6A 1GALA 4GUVA 3GWDA 4I58A 1D7YA 2Q7VA 2YLRA 1HYUA 2B76A 3KVEA 2EQ8A 3H8IA 2AAQA 2J3NA 5J7XA 2FJAA 3O0HA 1DOCA 1KFYA 3AEGA 4EQXA 3FIMB 4GCMA 2E1MA 4J36A 1JEHA 4DNAA 1V59A 1K0IA 1NHSA 1N4WA 3UCLA 2WU2A 5DBJA 1TDOA 2X8GA 2YLTA 1NPXA 4H4XA 4XWZA 2FJEA 2XVHA 3BNUA 2XLSA 5KVIA 3FPZA 1JRZA 2HQMA 3QFAA 3GRSA 2WPFA 4AOSA 4GRTA 2H88A 3AECA 4D03A 1KF6A 1S3BA 4EMJA 2WEUA 4I59A 4ZCCA 1EL8A 4B65A 2VRMA 1TRBA 2GVCA 2ZBWA 3CPHG 4JN9A 2EQ7A 3GDPA 1Y0PA 1OJAA 3ICTA 2XFUA 3NK2X 1ZOVA 2A8XA 1GNDA 4JNQA 4Z24A 4AP1A 4B68A 4Z2RA 2WDVA 1D7LA 2YLWA 3AE9A 1GERA 2FBWA 3UKAA 1FOHA 2C3DA 1Q9IA 4B1BA 3CGBA 3DMEA 4U2TA 2XLTA 4U8KA 2NPXA 3NK1X 4E0VA 2YLSA 3GDNA 3I3LA 4Z43A 5LV9A 2GF3A 4ICYA 3G5RA 1RP0A 3FG2P 1OJ9A 2YG3A 3CNPA 3REDA 3UOYA 3DGHA 3UP5A 2BYBA 4EIQA 1JOAA 2X3NA 3C4AA 4D04A 1S2QA 1GXFA 3CIRA 4U8IA 3LXDA 2JK6A 3K7TA 1NG3A 1S2YA 4J34A 4CBQA 4CNKA 4YSZA 4J2WA 5BULA 1E1LA 1E39A 4A65A 2XVEA 4B69A 5CKUA 1F8WA 1IUWA 2X99A 3D1CA 4Y4LA 1ZMCA 4TLZA 5EB4A 4A6NA 2TPRA 1BGNA 2VVLA 4K8DA 3RNMA 2AQJA 3AXBA 1CL0A 2RABA 3BI5A 4K5SA 1P2HA 4A6NB 1K4QA 1NDAA 1CBOA 1CC2A 1GOSA 3NN0X 4WX1A 4CY6A 3BHKA 1E1MA 3UKLA 4J31A 4BK2A 3GMCA 3HZLA 3AE7A 3ZDNA 1GPEA 3NN6X 5BVAA 2PYXA 4H4QA 4U8MA 4J56A 1KDGA 4CCQA 1NAAA 4JY3A 2JKCA 2GR1A 3KPFA 2DKIA 4H2NA 2V60A 1BGJA 3ATRA 2BCPA 3GYIA 3NG7X 4FDCB 4C77A 1F3PA 1VQWA 3LJPA 2WU5A 4IVMB 3IHGA 4OPTA 2WHDA 1IUUA 1GT8A 2XLRA 3CPIG 4LIIA 4CY8A 3P1WA 2XFPA 3BHFA 5TR3A 1F6MA 2B7SA 1FECA 1E6EA 4GF7A 2GH5A 3D8XA 3EANA 1LPFA 2Q0LA 3IWAA 3AE8A 5U63A 3AWIA 1YQZA 1KNPA 3LZXA 4LU6A 3GRTA 3AEBA 4O5QA 4DGKA 1NENA 4B66A 1YKJA 4TLXA 1IUXA 3UKHA 2BC1A 1GRBA 4RG3A 3VRAA 2C65A 1F8SA 2YAUA 3AEFA 5KRQA 4H50A 1E7PA 3UP4A 3EAOA 2CDUA 4AT0A 3I6DA 4OPDA 4TM3A 1D4DA 1KNRA 3URHA 3SFEA 1CJ3A 5IPYA 1GEUA 3UOVA 4YXDA 2YG5A 3V3OA 2BS3A 3B6DA 3LB8A 2YLZA 1GRFA 1ZYPA 3M13A 1NEKA 2Y6QA 5KVHA 2JB2A 2ZZCA 2YR4A 3QSMA 3AB1A 2GEWA 2WETA 3ZYXA 4U8PA 3ATQA 1GSNA 2E4GA 3QVRA 2YM2A 4H7UA 2B9XA 2RGJA 3S5WA 2EQ6A 2ZZBA 4FK1A 4TM0A 5L46A 2XVFA 2Z5YA 1JU2A 2GB0A 1EL7A 5KXJA 1LVLA 2BK5A 3NKSA 3NGCX 2XLUA 1E1NA 2IVDA 5JCKA 4A9WA 2V3AA 3CGCA 3DJEA 2BABA 3L1RA 1PDHA 3II4A 1TDKA 2GQFA 3SQPA 4C74A 2C73A 1ZDLA 4U8LA 1H86A 2JB1A 4OPCA 1RSGA 4BJYA 1RYIA 4IVOB 3P4PA 1GRHA 2O9ZA 1EL9A 1H6VA 4JQ9A 1BWCA 4EQWA 1EBDA 1OJCA 2BS4A 2XVIA 4Y4NA 2C75A 4J33A 1PJ5A 2JBVA 1B5QA 2JAEA 3AD7B 4IA6A 3NYFA 4NEWA 2C70A 4U8JA 2WPCA 3T37A 3VR8A 1PXAA 4NTCA 3QSSA 5BRTA 4YSYA 1JRYA 3ISHA 2WQYA 4YKGA 5HXIA 2B7RA 3AE2A 1DOBA 3KU9A 4KX6A 4IV9A 4TM1A 4DSGA 3NNEA 4EIPA 3OC4A 3FBSA 3PS9A 2YG7A 2YQUA 2CFYA 1B37A 3CNTA 4NTEA 1D4CA 2BXSA 2OLOA 2QAEA 3F8DA 1UKVG 4MJWA 5EBKA 2YVFA 4OPUA 4U2LA 2YLXA 2WP6A 3EPTA 2BK4A 1KSUA 2R0GA 4U8NA 4BV6A 2B9YA 3NRNA 2R0PA 3CN8A 2ARDA 3SM8A 1K0JA 2VZ2A 1IUTA 1TDNA 1ZP0A 1GTHA 3VRBA 4YSXA 4EM4A 3NTDA 4YKFA 1M6IA 1N1PA 3AE4A 1O95A 2I0ZA 1COYA 2JB3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3PO7A 4V2NA 1GNEA 3IOSA 3IHMA 3KH7A 1XXUA 2A4HA 1OJDA 4A5LA 1YDKA 1F37A 1E1KA 3AE6A 4NMUA 4I6XA 4PNGA 5DVBA 3ITJA 5CRGA 1GSQA 1DJNA 3DK4A 2TRXA 1FOVA 3AYJA 2HSHA 2WDUA 1XVQA 4H2PA 4XS4B 1H7XA 1ONFA 1Z3EA 2BXRA 2LRTA 3C96A 3T2KA 4ZB8A 4GAPA 1QMVA 4Z44A 4HU7A 1SEZA 3KP9A 2XLPA 2V32A 1ZKQA 3NTAA 4B67A 2VLTA 2AUVA 2OA1A 4BJZA 1JLWA 3NYCA 4H86A 1GV4A 4KGIA 1EP7A 2V61A 5JCIA 2JZRA 1MDJA 4K22A 4REKA 3QJ4A 1EV9A 2PVOC 3KXOA 1B9XC 3AEDA 1PMTA 3DK8A 3GD4A 3KJYA 4BWQA 4MF6A 4C3XA 3APOA 2XFOA 1PXBA 4B64A 2ZZ0A 20GSA 3UTFA 3IK7A 1O5WA 5G5EA 3AEAA 3P9UA 1JFUA 2WS2A 1LQUA 4GQCA 3TKSA 2R45A 4XWRA 2DLXA 2GZZA 5EOWA 4CNJA 4IGJA 5G1KA 3GSTA 3SWLA 2GQLA 5IQ1A 1SL1B 4PAAA 1FEAA 3FZ5A 5FHIA 3WGEA 2VL2C 2LV3A 2WS3A 3GSIA 3LOVA 3L8KA 4FK1C 4MZWA 4K2DA 1XBSA 1SK2A 3QAWA 3GKXA 1I9DA 1HNBA 1NG4A 4WEYA 18GSA 1YF1A 3EYTA 3M9KA 4MDCA 4MNNA 2YR6A 5H5SA 1XDIA 2H30A 1GTEA 2TMDA 3WD6A 2QSIA 4JDRA 4ID0A 5ECNB 3M8NA 2YPMA 4V1Ap 2L6CA 4BVYB 2WDQA 1TRSA 4BK3A 5CYYA 2LRCA 4GLTA 4K2XA 5HR2A 3EMXA 5C00A 1AC1A 4DSSB 1Z6LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3PO7 A;  4V2N A;  1GNE A;  3IOS A;  3IHM A;  3KH7 A;  1XXU A;  2A4H A;  1OJD A;  4A5L A;  1YDK A;  1F37 A;  1E1K A;  3AE6 A;  4NMU A;  4I6X A;  4PNG A;  5DVB A;  3ITJ A;  5CRG A;  1GSQ A;  1DJN A;  3DK4 A;  2TRX A;  1FOV A;  3AYJ A;  2HSH A;  2WDU A;  1XVQ A;  4H2P A;  4XS4 B;  1H7X A;  1ONF A;  1Z3E A;  2BXR A;  2LRT A;  3C96 A;  3T2K A;  4ZB8 A;  4GAP A;  1QMV A;  4Z44 A;  4HU7 A;  1SEZ A;  3KP9 A;  2XLP A;  2V32 A;  1ZKQ A;  3NTA A;  4B67 A;  2VLT A;  2AUV A;  2OA1 A;  4BJZ A;  1JLW A;  3NYC A;  4H86 A;  1GV4 A;  4KGI A;  1EP7 A;  2V61 A;  5JCI A;  2JZR A;  1MDJ A;  4K22 A;  4REK A;  3QJ4 A;  1EV9 A;  2PVO C;  3KXO A;  1B9X C;  3AED A;  1PMT A;  3DK8 A;  3GD4 A;  3KJY A;  4BWQ A;  4MF6 A;  4C3X A;  3APO A;  2XFO A;  1PXB A;  4B64 A;  2ZZ0 A;  20GS A;  3UTF A;  3IK7 A;  1O5W A;  5G5E A;  3AEA A;  3P9U A;  1JFU A;  2WS2 A;  1LQU A;  4GQC A;  3TKS A;  2R45 A;  4XWR A;  2DLX A;  2GZZ A;  5EOW A;  4CNJ A;  4IGJ A;  5G1K A;  3GST A;  3SWL A;  2GQL A;  5IQ1 A;  1SL1 B;  4PAA A;  1FEA A;  3FZ5 A; 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4O5QA

Total Genus

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Chain Sequence

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