4O5Q | Genus

Total Genus 168

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	168
sequence length	521
structure length	521
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
molecule tags	Oxidoreductase
total genus	168
structure length	521
sequence length	521
ec nomenclature
pdb deposition date	2013-12-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4o5qA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4o5qA03

3NTDA 4H4PA 2FJEA 4Z25A 4A65A 4TM4A 2C3DA 4B69A 2R4JA 3QVPA 4EIPA 2WDRA 2BABA 5BVAA 4YKGA 3QJ4A 1D4DA 4XWZA 4EQWA 4NEWA 5KOWA 4YSZA 2VQ7A 4YSHA 1B5QA 5KVHA 2C7GA 3EPTA 2I0ZA 1BGJA 3UKFA 1FECA 1PJ5A 4FK1A 4LIIA 3UTHA 4AT0A 1RYIA 2EQ7A 3G5SA 4B67A 5IPYA 2X8HA 3ZYXA 3NK1X 3UP5A 2YG4A 4K22A 3WE0A 2BCGG 2CFYA 3LZXA 4A99A 2XFUA 2CVJA 2XFPA 1PHHA 1ZOYA 3IHMA 2WEUA 1GPEA 4H4VA 1OJTA 1NDAA 5KOXA 1F6MA 1TDEA 2WPEA 1B8SA 1K4QA 3AE1A 2WOWA 3D1CA 3KVEA 4YKFA 4CBQA 1KNRA 1S3BA 2RGHA 2XVIA 1GRBA 4DNAA 4H50A 2R0PA 4C74A 3VRDB 3R9UA 1LVLA 2V3BA 2NVKX 1IUUA 2PYXA 4OPCA 1Q1WA 3DJEA 1K0JA 4JY3A 1REOA 3PO7A 3NIXA 3UOYA 4H2RA 5LV9A 5KRQA 4I58A 3GYIA 3AYLA 3DMEA 3QSMA 3M13A 2TPRA 1GREA 2X8CA 3AD8B 4HB9A 2JB1A 2WOIA 2FJAA 4ZCDA 1D5TA 2Y6QA 3AEGA 1CC4A 3RP6A 1IUWA 3ZDNA 4YTNA 3AEDA 2XVEA 2YG7A 1YQ4A 4C5OA 2YG5A 1YKJA 1GRFA 5BRTA 4NTCA 5J60A 4EM3A 4BJZA 1PBBA 1YQZA 3LADA 2ZZBA 4JNQA 3F8RA 3II4A 1ZKQA 1PJ7A 1PBDA 1GRHA 2A8XA 2C73A 2WPCA 1H82A 4LU6A 1P2EA 1Y56B 1MXTA 1CBOA 1LQUA 2XLRA 1E7PA 1XHCA 3P9UA 3BI2A 2QAEA 1COYA 5GRTA 2Q6UA 2BACA 5JCMA 3EANA 1JRZA 4K2XA 4H7UA 2GRTA 1KFYA 1N4UA 4A6NA 1E1NA 1NHRA 3B6DA 3P4RA 4ICYA 1MOKA 3V3NA 2TMDA 3AE7A 1KSSA 3AE3A 5FS7A 3S61A 2XVJA 4AP1A 1EL5A 1F8RA 4PAAA 4U8PA 3K7QX 2JB2A 1NENA 5EOWA 3UKHA 4YSYA 3UTFA 4LA1A 2ZZ0A 1DXLA 1HYUA 1O5WA 3ALMA 4YWOA 4J56A 3GRSA 4ZCCA 4C3YA 2APGA 2UZZA 3NN6X 4C77A 2EQ9A 2Q0KA 4Y4NA 1LV0A 3SM8A 2B76A 3NLCA 1GTEA 1PS9A 3RP8A 2WESA 3NYCA 4PABA 2X3NA 1CF3A 1V59A 1GV4A 1ZP0A 2XLPA 4CY6A 4EMWA 1CJ2A 1E1MA 2EQ8A 4H2NA 3DK4A 1PN0A 3GD3A 3P4SA 5HXIA 2BYBA 4X4JA 2JKCA 4CNKA 1S2YA 4OVIA 1M6IA 1H84A 3PS9A 2AAQA 2BCPA 1LPFA 4OPLA 1B37A 1GRTA 1P2HA 1D4CA 3UCLA 2XFNA 4CCQA 3GDNA 4EIQA 3NYEA 2R4EA 1FEAA 1X31B 2AQJA 2B7SA 4ADWA 4WCTA 4U8OA 1W4XA 4GDPA 3AECA 1H86A 4Y4MA 2XFQA 1KF6A 4U2TA 1XDIA 4JN9A 5FMHA 1NAAA 2GQWA 3GD4A 4IA6A 2ZZCA 5KVIA 2FBWA 3K30A 4MNNA 3S5WA 3UKKA 2YLRA 1FOHA 1H83A 2VVMA 2V3AA 4Z44A 4NZHA 4B65A 4YXDA 3SQPA 1D7YA 2YR6A 1M64A 1NHPA 4BK2A 2YLZA 3ICSA 3CPHG 1EL7A 2XLTA 1VDCA 5JCIA 1GALA 1JRYA 2NPXA 3CGDA 2YR5A 4X9MA 2WU2A 1O94A 3H4KA 1PJ6A 3IHGA 4K5RA 1FCDA 1DNCA 5JCKA 4H4XA 3JSKA 4EM4A 2YLTA 1E1KA 2GMHA 1ZMDA 3GWFA 4A79A 3NN0X 5C2TA 4I59A 3AWIA 4EQXA 1KDGA 1H7XA 4H4QA 4KX6A 1CL0A 1PDHA 3LJPA 2IIDA 1XANA 1ZYNA 2GVCA 2XVHA 4D03A 3VRAA 2R46A 2WDQA 4HA6A 3AE2A 1FL2A 1Q1RA 2VRLA 2OALA 1JEHA 2BC0A 2WBAA 1RSGA 2V5ZA 5JCNA 3GWDA 3K7MX 3AE9A 1CJ3A 1TYPA 4AOSA 2DKIA 2WOVA 4U8IA 3FG2P 5CKUA 4EQRA 4N9XA 2Q0LA 3AE5A 4TLZA 2WP5A 4DSHA 2E4GA 1OJDA 4U8NA 2BK3A 2X8GA 2DKHA 4FK1C 3KPFA 1Z6LA 1N4VA 3H8IA 4U8MA 3AE4A 4A6NB 2C76A 3CGCA 3NRNA 4H4YA 3IF9A 4NTDA 1PBFA 3CPIG 2OA1A 5BULA 2QCUA 3GRTA 4EMIA 1GXFA 3GMCA 3Q6JA 5HYMA 3UKLA 3NH3X 2XYOA 4MJWA 3NT6A 4OPTA 2FJBA 3NG7X 4WX1A 1L9DA 1YQ3A 4JY2A 4USQA 3L8KA 2RGJA 3B3RA 4X9NA 3SFDA 1YY5A 4H4ZA 4K8DA 1FEBA 3DA1A 5HY5A 2GR0A 2YVFA 2CULA 3DK9A 1QLBA 3NYFA 1F8WA 5M10A 1S3EA 2O9ZA 4XXGA 1GESA 3NHOX 2C67A 1CC2A 1TRBA 3P4QA 3GSIA 4FDCB 3D8XA 4ECHA 4H4RA 1GT8A 3AD7B 2C66A 3I6DA 4BV6A 2F5ZA 3BNMA 2Z5YA 4J36A 3AEBA 4OCGA 1UKVG 1TDKA 4C3XA 3GYJA 3URHA 1D4EA 2WETA 3C96A 4B68A 2ARDA 2GMJA 2GH5A 1EL8A 1CHUA 4J31A 3UKAA 1F3PA 4U8JA 2C72A 1NG4A 3CIRA 1NEKA 4OPGA 3AB1A 4K7ZA 4J34A 3RP7A 2RABA 2YVJA 3P1WA 3ICTA 3NK0X 4Z43A 4U8KA 2GEWA 1RP0A 1ZK7A 1OJAA 1AOGA 2B9XA 1ONFA 2VOUA 1PBCA 1ELIA 3AEFA 1Y56A 2OLOA 1L9CA 3VRBA 1JNZA 3SGLA 1NHQA 3UKQA 3BI5A 4O5QA 2B9WA 3LXDA 4NEVA 1BKWA 2C3CA 2VVLA 1L9EA 3QSSA 2JBVA 4A7AA 2A87A 4J2WA 3UOZA 3ABVA 4B66A 2YM2A 1DOBA 1H81A 1PXCA 3F8PA 3ISHA 3AE6A 4IV9A 3ATRA 1IUXA 2YLXA 4DGKA 4H4SA 4D04A 3OC4A 4GUVA 4YTMA 1CJ4A 2B7RA 3AYJA 4H4WA 4EQSA 2OAMA 1JU2A 3BNUA 4B1BA 5BUKA 3M0OA 4B64A 1GRGA 1EBDA 2YG6A 3DJGX 4CY8A 2VRMA 2R0CA 1LTXR 2QA2A 3QFBA 2WQYA 4TM3A 1IUVA 1JNRA 2RGOA 4FX9A 4TM0A 4UDPA 1QJDA 3KU9A 3UTGA 2B9YA 3ALJA 4GRTA 3V3OA 2C65A 3UTEA 3ALLA 5EBKA 2GF3A 4YT0A 4YSXA 3DGZA 1DJQA 2R9ZA 1NG3A 1VQWA 2YLSA 1BZLA 3DK8A 2YAUA 2JB3A 3V76A 1PXBA 2C75A 3LB8A 4JQ9A 4BK1A 1DODA 1JRXA 2YM1A 3AD9B 3RHAA 2R0GA 3K7TA 3L1RA 3ICRA 5FS9A 2YR4A 1BGNA 5KWFA 5EB4A 1B4VA 3E1TA 1GETA 3BI4A 2VQBA 4DSGA 4TLXA 4U8LA 4Z2TA 3CGEA 3IWAA 4J57A 1GERA 1GEUA 3C4AA 2XLSA 3DJJA 2AR8A 1XPQA 2BC1A 4REKA 3QVRA 4UP3A 2GV8A 1NPXA 3CPJG 4IVOB 2GR3A 2BA9A 3VQRA 3DH9A 4OPIA 2GB0A 4BJYA 2WP6A 3CNSA 3CNDA 5L46A 1ZY8A 1BF3A 2J3NA 2WP9A 1GOSA 2WDVA 1JOAA 4GR1A 3CGBA 2BXSA 3AE8A 2V6OA 1Q9IA 4KPRA 2C64A 1H6VA 2WU5A 1CJCA 1EL9A 2C70A 2VZ2A 2Z5XA 4APNA 2FJDA 2H89A 2BK5A 5HHFA 4K5SA 3KLJA 3NK2X 5FS8A 2GAHB 4H2QA 2WPFA 2IVDA 2YQUA 2CDUA 3UKPA 2PHHA 2V61A 3F8DA 4NTEA 1OJCA 4BURA 2V60A 3VR8A 3CNJA 1MO9A 1H7WA 3BHKA 3NKSA 4YTPA 4A5LA 1GRAA 4CNJA 3C4NA 4RG3A 5EB5A 3EF6A 1ZOVA 2X50A 3CN8A 4GDEA 2VVLG 3KKJA 4CCRA 4USRA 3ATQA 3UOXA 1F8SA 3FBSA 3KD9A 5ER0A 3QSEA 4H2PA 2BS2A 4H4UA 1N1PA 1GTHA 3AEAA 3ITJA 5M0ZA 2X99A 5JCLA 2WS3A 5DBJA 3CTYA 1DJNA 2Q7VA 2E5VA 1PXAA 3GDPA 1E39A 5IQ1A 3Q9TA 5J7XA 5U1OA 1ZDLA 2BS3A 3VR9A 4A9WA 5KXJA 1QO8A 4M52A 5U25A 1KNPA 1TYTA 5IQ4A 2YWLA 2HQMA 1TDOA 2YLWA 4JDRA 4RSLA 3SFEA 1E1LA 1OJ9A 3O0HA 4XWRA 4Z26A 1S2QA 3LOVA 1O95A 1PBEA 2XCGA 4O5UA 3AYIA 3T37A 2YG3A 3HZLA 2XVFA 2IVEA 4AOXA 3BHFA 1Y0PA 4AT2A 2W0HA 1KSUA 1VG0A 3P4PA 3G5QA 4OPUA 1K0LA 2XDOA 1N4WA 4JNAA 2R45A 1BWCA 3FMWA 1GNDA 4IVMB 2GQFA 2OLNA 3CNPA 4U2SA 3COXA 3GMBA 1DOCA 4AP3A 1E6EA 3UOVA 3AXBA 5U63A 4P9SA 3IC9A 4EMJA 4TM1A 4ZN0A 5C3JA 3OZ2A 3RNMA 5GSNA 1LJ1A 2XFOA 2Y6RA 3FIMB 2ZBWA 3G5RA 3NGCX 1IJHA 1L0VA 2BXRA 2GAGB 5TR3A 1VRQB 4U2LA 4UDQA 3CNTA 4J33A 4Z24A 2YVGA 1DOEA 4Y4LA 1ZX9A 2BS4A 2GR1A 1VG9A 2JAEA 4Z2RA 1CC6A 4BK3A 3ADAB 3AEEA 2JK6A 1IUTA 1TDFA 4GF7A 2QA1A 3REDA 1D7LA 1NHSA 4OPDA 2WHDA 2GR2A 3LZWA 3UP4A 4Z2UA 1ZMCA 3DGHA 3I3LA 2EQ6A 1SEZA 2E1MA 4GCMA 5CQFA 2BK4A 1IUSA 1GSNA 1K0IA 3FPZA 2H88A 4IA5A 3DJDA 4CRTA 4H4TA 3H8LA 3KA7A 4E0VA 4RG4A 2XLUA 3NNEA 4B63A 1ZYPA 3M12A 1TDNA 2ACZA 3QFAA 3NTAA 3PVCA 3EAOA 1LQTA 5FS6A 4UDRA 2A89A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4H4PA 1SKWB 4KSMA 3QVPA 2IJYA 4YKGA 3FZ9A 4MLYA 1D4DA 1VF2A 4EQWA 4NWZA 4YSZA 4HQZA 1EEMA 5E59A 2MMZA 3J7Yk 1YEPA 3UKFA 2LQOA 2Z9SA 3D21A 4LIIA 3UTHA 3IC4A 4POBA 2P31A 2BCGG 2CFYA 1EP8A 3FRCA 2H70A 2FA4A 1ZOYA 3IHMA 1GPEA 1GSUA 4H4VA 1NDAA 3AE1A 2WPEA 1DUGA 3HDCA 5G1LA 1KNRA 1GWCA 4G9KA 3C73A 4PUFC 4DNAA 1WIKA 3VWWA 3UARA 2TIRA 1IUUA 1Q1WA 2B5EA 4X43A 2ZNMA 2NTOA 3F8UA 2JZRA 1W89A 5IMVA 1JZDA 1NM3A 2H01A 3GYIA 2LUSA 3QSMA 2TPRA 2JB1A 3F6DA 2FJAA 3ZDNA 3QOUA 1GUMA 1Z9HA 2YG5A 1YKJA 1GRFA 2LJRA 1Q4JA 4EE0A 4ZB9A 4HSCX 4JNQA 2ON7A 2B6MA 5JWOB 2WPCA 1U88A 5HFIA 1GRHA 2A8XA 4GSNA 3KPKA 2HRFA 2XLRA 2VL3A 1E7PA 1XHCA 3P9UA 2OE1A 2V2GA 5CRHA 2ON5A 3BI2A 2HRKA 3F3RA 1WP0A 3EANA 4HJ2A 1GNWA 4JBBA 3B6DA 4ICYA 3P4RA 1SL0B 3V3NA 1Y6EA 1OAZA 3F4RA 1G0TA 1KSSA 3AE7A 3HYXA 1PX7A 4AP1A 2MBSA 4YSYA 1DXLA 1HYUA 4YWOA 5DAKA 1GTUA 2O87A 2UZZA 2EQ9A 4Y4NA 5D9WA 3NLCA 4AJ8A 1PS9A 3RP8A 2CT6A 1GV4A 4CY6A 3M8NA 1F37A 3F9UA 4WKWA 1V2AA 3F63A 3KM6A 2EQ8A 3D5JA 3SWLA 5HXIA 2YNXA 3G7JA 1MDIA 1VGLA 2GGTA 3HYPA 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3P4QA 1MD4A 2CV4A 4PXOA 1PA3A 2GQKA 4BV6A 4YQUA 5IOXA 5ECNB 4GQCA 4OCGA 5A4VA 3P8WA 3TRXA 5IMFA 3GYJA 2WETA 2GMJA 1SK0A 1FO5A 4IHUA 2YJ7A 3QMXA 4ZBDA 3EWLA 2GH5A 3UKAA 1F3PA 4ECCA 3CMMA 2DJ3A 3CIRA 2DJ1A 4OO4A 4OPGA 4K7ZA 4J34A 5C00A 2RABA 4Q5NA 2YVJA 3TOTA 1O8WA 3IAS2 1ZK7A 2V1MA 1AOGA 2B9XA 1FOVA 1ELIA 1XVWA 3AEFA 1L9CA 1EEJA 3SGLA 1NHQA 1V57A 3BI5A 1NSWA 1BKWA 3QAVA 1UC7A 2AUVA 1GNEA 1OC9B 5EPFA 1SK2A 1VF3A 3KZQA 1PXCA 3F8PA 2L6DA 4DGKA 4WR4A 1AXDA 1K3OA 2OAMA 3H8QA 2C3QA 1EBDA 3CTFA 3FW2A 4ISDA 5IQYA 2LNSA 4PTSA 1LTXR 2WQYA 4TM3A 3GKXA 4PNGA 4TR4A 12GSA 5IO0A 4FX9A 1JZOA 1TJDA 1JZRA 2G0FA 3US3A 2JSYA 2VL2A 3ALJA 1GL8A 3UTEA 3IC8A 2F8AA 3M1GA 3RHBA 4YT0A 3DGZA 3L78A 1M2DA 2AYTA 1F3BA 1VQWA 3EU3A 2X4AA 5HFKA 2AAWA 3QAGA 1TI3A 2NPBA 5AIXA 2JB3A 1Z6MA 4IP6A 2FWHA 3H1NA 5JCUA 2YM1A 3AD9B 5F0GA 4OO5A 2R0GA 1G7EA 3RHAA 3ICRA 1WWJA 2DBCA 2PVOC 5EB4A 1B4VA 1TRWA 4DSGA 4NAXA 4Z2TA 2YWOA 5CRDA 4J57A 4NXIA 4REKA 1XPQA 5AIVA 3QVRA 2GV8A 1U3IA 4D73A 1NPXA 3DH9A 2GB0A 3U6VA 1BAYA 3CNSA 3T0KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4H4P A;  1SKW B;  4KSM A;  3QVP A;  2IJY A;  4YKG A;  3FZ9 A;  4MLY A;  1D4D A;  1VF2 A;  4EQW A;  4NWZ A;  4YSZ A;  4HQZ A;  1EEM A;  5E59 A;  2MMZ A;  3J7Y k;  1YEP A;  3UKF A;  2LQO A;  2Z9S A;  3D21 A;  4LII A;  3UTH A;  3IC4 A;  4POB A;  2P31 A;  2BCG G;  2CFY A;  1EP8 A;  3FRC A;  2H70 A;  2FA4 A;  1ZOY A;  3IHM A;  1GPE A;  1GSU A;  4H4V A;  1NDA A;  3AE1 A;  2WPE A;  1DUG A;  3HDC A;  5G1L A;  1KNR A;  1GWC A;  4G9K A;  3C73 A;  4PUF C;  4DNA A;  1WIK A;  3VWW A;  3UAR A;  2TIR A;  1IUU A;  1Q1W A;  2B5E A;  4X43 A;  2ZNM A;  2NTO A;  3F8U A;  2JZR A;  1W89 A;  5IMV A;  1JZD A;  1NM3 A;  2H01 A;  3GYI A;  2LUS A;  3QSM A;  2TPR A;  2JB1 A;  3F6D A;  2FJA A;  3ZDN A;  3QOU A;  1GUM A;  1Z9H A;  2YG5 A;  1YKJ A;  1GRF A;  2LJR A;  1Q4J A;  4EE0 A;  4ZB9 A;  4HSC X;  4JNQ A;  2ON7 A;  2B6M A;  5JWO B;  2WPC A;  1U88 A;  5HFI A;  1GRH A;  2A8X A;  4GSN A;  3KPK A;  2HRF A;  2XLR A;  2VL3 A;  1E7P A;  1XHC A;  3P9U A;  2OE1 A;  2V2G A;  5CRH A;  2ON5 A;  3BI2 A;  2HRK A;  3F3R A;  1WP0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4O5QA

Total Genus

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Chain Sequence

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