4O5QA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase ahpf from escherichia coli
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
molecule tags Oxidoreductase
total genus 168
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5qA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA03
1PN0A 1GT8A 2YLWA 4Y4MA 2C76A 3DGHA 4U8IA 5JCIA 1LTXR 2XLSA 2WOWA 5HHFA 3DMEA 2WU2A 3ICSA 1FOHA 3T37A 3GMBA 1GETA 1TDOA 3LADA 2YM2A 3DJDA 2Z5YA 1GREA 1EBDA 4JNQA 4OPDA 3OC4A 3NRNA 2YR4A 3UOZA 4YWOA 2VZ2A 2XDOA 3H8LA 4AP1A 4H4VA 4CBQA 1N4UA 2GMJA 2Q0LA 3AE2A 4ZCDA 4CY6A 4RG4A 1W4XA 4EIQA 4K22A 2XLPA 3ALLA 4A65A 1Q1RA 3CPJG 4H7UA 4LU6A 2GR2A 2ZZBA 1D7LA 2BACA 2IIDA 4AT0A 2XYOA 4IA6A 3SQPA 2WP6A 3ZDNA 1XHCA 1GERA 2BA9A 2R0CA 2R0PA 2YLRA 3DJGX 2YAUA 3NN0X 4WX1A 3S61A 4K5RA 4B65A 4EIPA 1NEKA 2XVFA 5EB4A 4FK1A 4C3YA 1ZK7A 5DBJA 1LPFA 3G5RA 3CNSA 1HYUA 2CDUA 2R9ZA 1F8WA 1XDIA 1ZMDA 4A5LA 3QSEA 2NPXA 2X99A 5EB5A 4H4TA 4OPUA 2WOVA 4FDCB 3NK2X 1GALA 3K7TA 4B63A 4CY8A 5HYMA 2GR0A 4UDRA 2Y6QA 2ARDA 3EANA 1GEUA 2YLTA 2CVJA 1ZX9A 3UP5A 3RP8A 1NPXA 5KOWA 3AEAA 4O5UA 1CC6A 2QA2A 1PJ7A 2JB2A 4XXGA 2PHHA 1TDFA 2A87A 4U2LA 4H4YA 4A79A 4YSHA 4OPGA 1K0IA 3VR8A 3FG2P 2BK5A 1GV4A 3DJJA 2GQWA 4BK3A 3FBSA 1TYPA 1SEZA 4H2PA 1PS9A 1VRQB 1KNPA 2A89A 1H82A 2WPCA 4U8LA 4LA1A 2GH5A 1F8SA 5U63A 5KOXA 1B37A 2AAQA 1QO8A 4JNAA 2GR3A 3SM8A 1GNDA 3ZYXA 1ELIA 2C65A 2JAEA 2PYXA 2QA1A 3UKLA 4H2QA 2BYBA 3UKQA 4U8PA 2R4EA 2APGA 1Z6LA 2VRMA 3AEGA 1H83A 4U8KA 2F5ZA 3UKKA 1YQ4A 2CULA 3KD9A 1MXTA 4IVOB 4IVMB 2GR1A 2E1MA 1EL7A 3NN6X 3GDPA 3H8IA 3UKHA 4J2WA 1TDEA 1S3EA 1NHSA 3AD8B 2XFUA 1ONFA 3AE1A 2C70A 4KX6A 4EM3A 3CGBA 3GWDA 5ER0A 4H2RA 2V3BA 3UTHA 4GUVA 4B67A 3GSIA 2V3AA 3IC9A 2VVLA 1ZMCA 3F8PA 4U8NA 1K0JA 3NTAA 4GCMA 3CNTA 3AYIA 3DK8A 1XPQA 4NZHA 1IUSA 4X9MA 3NIXA 1H84A 2BXRA 1EL5A 3NNEA 3LOVA 3UTFA 1FEAA 3NYCA 3C4NA 3BHKA 2C73A 4EQWA 3VRBA 2WETA 2YQUA 3AB1A 3NG7X 3P4SA 2A8XA 3GD4A 4DSHA 1NHPA 1IUXA 4A9WA 2ACZA 2BS3A 1PBCA 4ECHA 1N1PA 2DKIA 3CNJA 4GR1A 3UOXA 3ATQA 3FPZA 3KLJA 4GRTA 2BS4A 1YQ3A 1CJ3A 4Z2RA 4UDQA 1TRBA 2B7RA 3NYFA 4C3XA 1LQTA 4B1BA 2WOIA 2YVGA 1E6EA 3AEFA 4ZN0A 2YM1A 3AECA 1LVLA 2C72A 3RHAA 3IF9A 1UKVG 2XVIA 4AOSA 1FL2A 1ZP0A 3AE9A 1B8SA 3BI2A 2I0ZA 1E1MA 2X8GA 1OJDA 2XVJA 3JSKA 3P4RA 3KU9A 1JNRA 2C64A 1DODA 4Z24A 3CPHG 4YTPA 1KDGA 1REOA 3P4QA 1YKJA 5KVIA 3CGEA 3FMWA 1DOBA 2FJEA 1LJ1A 1BF3A 2JKCA 3UOVA 2EQ9A 1CHUA 1X31B 1ZY8A 4EM4A 1H86A 1BGJA 3AYLA 2XLRA 4U8OA 4EQSA 1IUUA 4BJYA 4RSLA 4C5OA 1JOAA 4TM3A 3NYEA 2TPRA 3QVPA 2BC1A 5HXIA 2Q0KA 4Z2TA 4IA5A 4EMJA 1CC4A 1E1KA 2R4JA 1KSUA 1S2YA 1DOCA 3COXA 3DGZA 3OZ2A 4K7ZA 1L0VA 2Y6RA 1JRYA 3BI4A 4OPLA 4NTCA 4OPTA 2WS3A 1GTHA 4TM4A 1NHRA 4CCRA 3KKJA 3M0OA 2Z5XA 5FS6A 3ISHA 5BULA 1RP0A 1XANA 4B68A 4YTMA 2EQ8A 3P9UA 2B9YA 4GF7A 4DSGA 4Z25A 1H81A 2BK4A 2O9ZA 2OA1A 1PXBA 3L1RA 4YSYA 1Y56A 2TMDA 3AEDA 2GAGB 3AD7B 3K30A 3C96A 1O95A 4YKGA 4B69A 1BWCA 5FS9A 1PBEA 2OALA 5BUKA 2YLZA 4K8DA 4LIIA 1MO9A 4TM1A 3LZWA 4TM0A 1VQWA 3ABVA 4X4JA 1NG3A 4CRTA 3E1TA 4H4PA 2YVJA 3VRAA 3G5QA 3CGDA 3V3OA 5KXJA 3CN8A 2BC0A 1GSNA 2GAHB 2H89A 4FK1C 1PXCA 4PAAA 2W0HA 3KA7A 2E5VA 1CJ2A 5KWFA 1VDCA 2V6OA 1F3PA 2GB0A 2OLOA 4UDPA 1IUTA 1CF3A 4Z43A 2ZZCA 1NG4A 5U25A 3REDA 4H4WA 1EL9A 5LV9A 3F8DA 1O5WA 4CNJA 3G5SA 4APNA 5M10A 2WP9A 2XVEA 4CNKA 1YY5A 4ZCCA 4YT0A 2VQ7A 2B7SA 1TDNA 1ZDLA 2VVLG 4YTNA 1QLBA 3FIMB 4RG3A 4B66A 4REKA 2QAEA 2C67A 3LJPA 3EF6A 1H7WA 1Y56B 2JB3A 3BI5A 4YXDA 3B6DA 1PJ6A 3NK0X 4H4QA 1JRZA 1IUWA 3KVEA 2Q6UA 2VQBA 4A6NA 2C3DA 2EQ7A 3R9UA 1PHHA 1DJQA 2BABA 2R45A 3PS9A 4J33A 3SFDA 3RNMA 5KVHA 4EMWA 4TLXA 4YKFA 3PVCA 3GD3A 4K2XA 2YG5A 4C74A 2BS2A 3IHGA 4PABA 1GPEA 3LXDA 3CNDA 1OJCA 3L8KA 2ZZ0A 3Q9TA 4XWZA 2IVDA 3BHFA 3BNMA 3CIRA 1CL0A 3DJEA 3VRDB 3CGCA 4OCGA 4YSXA 1D7YA 4K5SA 3ALJA 2XLUA 4U2TA 3SFEA 3AE5A 3M12A 5JCNA 4ADWA 2VOUA 3UP4A 3K7MX 3NH3X 2HQMA 4MJWA 1OJAA 5CKUA 2X8CA 2E4GA 2XLTA 4USQA 2WU5A 3GDNA 2WDVA 3I6DA 2FJDA 4J36A 5JCKA 2ZBWA 1OJTA 2BXSA 1KNRA 2YG6A 1BKWA 4J31A 2V5ZA 2AQJA 3UKPA 2WQYA 1RSGA 2WP5A 4M52A 2OAMA 2JK6A 3AWIA 2FJBA 2YG4A 3CTYA 1FEBA 4JY2A 3H4KA 4A6NB 3UTEA 1FCDA 1GRAA 1GTEA 3RP7A 2GF3A 3AEBA 2X3NA 3ADAB 1E7PA 4Z26A 4A99A 2WPFA 1E39A 1KF6A 3Q6JA 1AOGA 5GRTA 1LQUA 3SGLA 2B76A 2X8HA 2WESA 1NENA 2GV8A 5JCLA 1GESA 3P4PA 2JB1A 3NTDA 3GYIA 3WE0A 3UKAA 2WPEA 4O5QA 3UCLA 4C77A 3O0HA 1ZYNA 1BZLA 1PXAA 3D8XA 3LB8A 4BJZA 3VQRA 3AD9B 4H4XA 1MOKA 3D1CA 4ICYA 2R0GA 5EOWA 2YG7A 2YWLA 1B4VA 3B3RA 4IV9A 1TYTA 4U2SA 4H2NA 3S5WA 5C3JA 4U8MA 5M0ZA 2WHDA 3QFAA 4WCTA 1V59A 4AP3A 4N9XA 4Z44A 5L46A 3NK1X 4BURA 4MNNA 4OVIA 1L9DA 1L9EA 2B9XA 2BK3A 4Y4LA 1DJNA 3II4A 1Q9IA 2JBVA 3GWFA 2VVMA 3KPFA 3V3NA 3NGCX 1GXFA 1PBFA 3AE3A 1ZYPA 2GMHA 2YR5A 3GRTA 5CQFA 2C7GA 1E1LA 1IUVA 1L9CA 1DXLA 2QCUA 1GRTA 2YVFA 1QJDA 3PO7A 3QJ4A 3C4AA 2YLSA 3AE8A 4P9SA 2WDRA 3P1WA 1VG0A 2R46A 1CBOA 3DH9A 3RP6A 1H6VA 4I58A 1P2HA 4X9NA 4JDRA 5HY5A 1E1NA 4OPCA 1D4CA 1H7XA 2J3NA 4D03A 1Y0PA 2FBWA 2XFOA 2XCGA 3DK9A 5IQ1A 2DKHA 1KFYA 5U1OA 3UTGA 4BK2A 2RGJA 1GRFA 3DK4A 3ICRA 1M6IA 1S3BA 2XVHA 1BGNA 5FMHA 1IJHA 4AT2A 3GRSA 1PBDA 4NTDA 3AE7A 3QVRA 4NEVA 3QSSA 1NHQA 1Q1WA 1TDKA 3VR9A 3AE4A 4EMIA 2IVEA 1F8RA 1D5TA 2C66A 4Y4NA 3AYJA 3GMCA 3HZLA 3NLCA 4KPRA 5IQ4A 5C2TA 2WBAA 1JU2A 2RGOA 5TR3A 2Q7VA 4NTEA 3EAOA 3ALMA 1JRXA 2H88A 5JCMA 5BVAA 4I59A 3URHA 1K4QA 1LV0A 3EPTA 4J56A 2CFYA 2GEWA 3NT6A 1COYA 1M64A 1CC2A 1CJCA 1DOEA 1GOSA 2UZZA 1CJ4A 2WEUA 4AOXA 4DGKA 5IPYA 3ICTA 1N4WA 3M13A 4GDPA 3AXBA 2X50A 3DA1A 4B64A 3LZXA 2NVKX 4E0VA 3UKFA 2VRLA 4JY3A 1RYIA 1GRBA 1JNZA 5FS7A 2XFQA 3NKSA 4J57A 4H4SA 2V60A 3ITJA 4H4ZA 4U8JA 4GDEA 5FS8A 3BNUA 4USRA 4JQ9A 4BK1A 1GRHA 3UOYA 2OLNA 2RABA 4UP3A 1F6MA 4JN9A 1S2QA 4A7AA 5BRTA 1KSSA 4BV6A 3CPIG 3QSMA 1D4EA 1D4DA 1FECA 4OPIA 3IHMA 4HB9A 3CNPA 2GRTA 4YSZA 3GYJA 4HA6A 1EL8A 4NEWA 1ZOVA 5EBKA 2BCGG 3AEEA 5J60A 1O94A 4H50A 1NDAA 1N4VA 1K0LA 4D04A 4XWRA 1PDHA 3IWAA 4H4UA 4TLZA 4FX9A 1PJ5A 3K7QX 2C3CA 2EQ6A 4DNAA 2GQFA 2AR8A 2WDQA 3NHOX 3AE6A 2RGHA 1GRGA 2YLXA 3V76A 1DNCA 5KRQA 3F8RA 5J7XA 1NAAA 2C75A 5GSNA 2V61A 2XFPA 1OJ9A 1P2EA 3QFBA 2XFNA 2BCPA 4CCQA 4Z2UA 2YR6A 2GVCA 3ATRA 4EQRA 1B5QA 3I3LA 2B9WA 1VG9A 4J34A 1PBBA 4H4RA 4EQXA 1JEHA 1YQZA 2YG3A 1ZOYA 1ZKQA 2FJAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EVOA 1PN0A 2WDUA 1DBYA 1CQGA 5KEJA 3DGHA 3D21A 2HSMA 1X9MB 1PGTA 2XLSA 5ECHB 1S3RA 3ICSA 2GGTA 3GMBA 3T37A 5GSTA 5B8BA 2B7JA 4KW6A 5J3RA 2C0GA 2YM2A 5CO3A 1PFOA 3IHQA 4J56E 3DWVA 4I8BA 3UOZA 1KBNA 3TJKA 4E8EA 2Q0LA 3IK9A 3IXRA 4CY6A 4RG4A 4IS0A 4EIQA 1W4XA 1ZYEA 1ZMAA 5A4WA 1Q1RA 4LU6A 2IMDA 1ON4A 3IAM2 3WT1A 1D7LA 2BACA 3O6TA 5E4WA 2R0CA 2VLTA 1PKZA 5EB4A 4KE3A 4C3YA 1ZK7A 5DBJA 2CDUA 4MF5A 1ST9A 1T7PB 1E6BA 5F06A 5EB5A 3W8SA 3NK2X 1GALA 4UDRA 1BQ7A 2LJAA 1VGLA 3N5OA 3AEAA 1CC6A 1PJ7A 2JB2A 4HQSA 4H4YA 3FG2P 3DJJA 3FBSA 3PPUA 1SEZA 1NW2A 1M2BA 2VL2A 1KNPA 1LJRA 3VWVA 3PH9A 4LA1A 2GH5A 1F8SA 2DIYA 2L6CA 3I9V2 3L9SA 1B37A 5G1LA 3SM8A 1QQ2A 2VAFA 2C65A 4U8PA 3LXZA 4CDOA 3T0KA 2R4EA 1JZWA 3GH9A 3U6VA 4G0IA 2VRMA 3N9JA 2H6XA 4YQUA 3GDPA 3H8IA 4FYCA 4J2WA 1NHSA 3AE1A 4NHWA 2C70A 4IBPA 1YQ1A 1DE2A 4B67A 3WGXA 3CRTA 3F8PA 2K9FA 4FH8A 1EP7A 4GLTA 1T3BA 3AYIA 3DK8A 1XPQA 4NZHA 2WCIA 2R2JA 1IUSA 2OBKA 4XTSA 2I81A 1H84A 2MMOA 3LOVA 4K7NA 4V1Ap 3AB1A 4AF2A 10GSA 3EINA 1TU7A 4OCEA 3P4SA 3Q18A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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