4O5UA

Crystal structure of alkylhydroperoxide reductase subunit f from e. coli at 2.65 ang resolution
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 155
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5uA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA03
4AP3A 1VG9A 2XLUA 3G5RA 4UDQA 1NDAA 3H4KA 2QAEA 3AEBA 1NEKA 2YVFA 1NG3A 4IVMB 5JCIA 1NHQA 2WP6A 2XFUA 3CGBA 3SFEA 3UKFA 4BK2A 2Q7VA 3II4A 1GRTA 2R0CA 2EQ8A 4PAAA 4A7AA 1M6IA 5KXJA 2QA2A 1ZMDA 1ZMCA 1KSSA 2BCPA 3BNUA 1GV4A 4U8LA 1YQ4A 2NVKX 4KX6A 1OJCA 4H4UA 1GRBA 2GVCA 2YR6A 3NYCA 4X9NA 3VRDB 4B64A 3QVPA 2XLTA 5GRTA 2V60A 1O5WA 3CTYA 4CCQA 1E6EA 1BWCA 4IA5A 3NG7X 2CVJA 2X3NA 4H4TA 4YSYA 3NTDA 2GMJA 2RGOA 1GRAA 1JRYA 4UDRA 4U2TA 4TM3A 3NKSA 3H8IA 2Y6RA 5IQ4A 2YR4A 3CPHG 2YLTA 3AE6A 4C3YA 1JU2A 4EIQA 4ICYA 4ECHA 4P9SA 1H7WA 3KLJA 3NTAA 3P4RA 2APGA 1L0VA 3SM8A 4AOXA 4H4ZA 2BACA 2J3NA 5JCLA 2VQ7A 1CJ3A 1ZP0A 4YKFA 1PJ6A 3DA1A 2XDOA 4H4RA 1JOAA 4XWRA 1VQWA 3NK0X 2B9YA 4EQSA 2XVEA 2GR2A 4H4PA 1N4VA 3QSMA 2FJDA 4M52A 2C72A 3NHOX 4MJWA 2IVDA 4J33A 1GSNA 1COYA 1Y56A 3AD7B 3ATQA 2B7RA 3CGEA 3GRSA 1DNCA 2FJBA 3NN0X 1DOBA 3AYJA 4GDEA 3DK9A 2PHHA 3GWFA 3RHAA 1LQUA 4J34A 1IUWA 5ER0A 4UDPA 1B5QA 2WESA 4H4YA 4J57A 3QSEA 3P9UA 4DGKA 5M0ZA 3V3OA 1H83A 3V3NA 1CF3A 2GQWA 3GDPA 5FMHA 2E4GA 1GRFA 3GD4A 4YSHA 4YSZA 5IQ1A 1NHRA 3CIRA 1D5TA 1S3BA 2WDVA 3CN8A 3E1TA 5L46A 1K0LA 1D4CA 2CFYA 2BS2A 2GR3A 3LZWA 4Z2RA 1CJ4A 1GOSA 3DJDA 4H4WA 1KNPA 3CNDA 2X8HA 1FEAA 4NEVA 1BKWA 3S61A 1RSGA 1H86A 2XFPA 4Z2UA 5KRQA 2VVLA 3AYIA 4I58A 4NTCA 2YG4A 4CCRA 1FEBA 1N4UA 3F8DA 3FBSA 2WQYA 2WDQA 4C77A 3URHA 1S2YA 1M64A 3AB1A 5EBKA 5EOWA 4BJZA 2EQ9A 2YAUA 1PDHA 3UP5A 2B76A 3B3RA 5KOWA 4A6NB 2BK3A 3LXDA 1K0IA 2R4EA 2YLZA 2GH5A 2RGHA 3GRTA 4H4QA 3UTHA 2OAMA 3AE9A 2V6OA 3UKHA 1ZK7A 3UTGA 2YVGA 1K0JA 1IUVA 2VOUA 2R0PA 2B9WA 3CGDA 4U8JA 3QSSA 1VG0A 2CULA 1IJHA 3AE1A 1JEHA 2ZZ0A 4NTEA 5CKUA 1B8SA 4RSLA 2A8XA 2YG5A 5KWFA 3UTEA 2WBAA 2BXSA 1JNRA 4N9XA 4YTPA 1PBDA 1E1MA 1PXCA 1MO9A 2VZ2A 3BI4A 2C76A 3H8LA 5CQFA 2VVLG 4AP1A 3UKQA 1O95A 3IHMA 3ICSA 3NLCA 3LZXA 3FG2P 3G5QA 1FOHA 1PXBA 4TLZA 1EL7A 5BULA 1NHSA 1TDNA 3DMEA 2GEWA 2XFOA 4MNNA 1LVLA 3GYIA 2F5ZA 2IVEA 2WPFA 1GTEA 2OLNA 3AE2A 4UP3A 4H2QA 1IUTA 1VRQB 3DJJA 1GESA 5DBJA 4ZCDA 2VQBA 4B68A 2ARDA 2O9ZA 3AXBA 4JQ9A 2C3CA 3DGZA 3Q6JA 3AYLA 2XYOA 2XVFA 1EL8A 3VQRA 1MOKA 2X99A 1CJCA 1X31B 1DODA 2BCGG 4IVOB 3NRNA 4B67A 5BRTA 4XXGA 1DOCA 1XPQA 4DSHA 3C4NA 2OALA 4B63A 3COXA 4FK1A 3ITJA 1RP0A 2WP9A 2BC1A 2XVHA 1XDIA 4H4VA 1QJDA 2WOIA 1EL5A 2JB2A 3K7QX 4GRTA 4LA1A 1B37A 3BHKA 1F8SA 1PBBA 2QA1A 2GV8A 4EM3A 4WX1A 3OZ2A 4YTNA 1D4DA 1GRHA 2XCGA 3GWDA 5FS6A 4HB9A 3AE8A 4H4SA 1LQTA 3ADAB 4A99A 3D8XA 3LADA 1Q9IA 2GF3A 4Y4LA 4GF7A 1REOA 2PYXA 4YT0A 2I0ZA 3UOYA 4B66A 2YR5A 4ZCCA 1DOEA 3T37A 1P2EA 2GRTA 2R0GA 3NNEA 1GETA 2V61A 4K2XA 3REDA 4AT2A 3DH9A 4U2SA 4U8OA 4Z26A 1CHUA 4JDRA 2AR8A 3CPJG 3ICTA 1PJ7A 2XLPA 1BZLA 1YQ3A 3QJ4A 4OPGA 4APNA 4B65A 4BK3A 2WPCA 4RG3A 2CDUA 4IA6A 2Z5XA 2WS3A 3DK8A 2C7GA 2B7SA 2IIDA 1TDKA 3CNJA 3K7MX 1CBOA 4D03A 2RABA 3WE0A 3AE7A 2JBVA 2VRLA 4C74A 3EF6A 2FBWA 1GERA 5GSNA 2GB0A 4AOSA 3BNMA 1ZX9A 3C96A 4K8DA 2Q6UA 3RP8A 1ONFA 2YM1A 5HXIA 3V76A 2X50A 4A65A 1E39A 4J36A 3P4SA 4EMJA 1PBFA 2H89A 1N4WA 3UKPA 1UKVG 3AEGA 3NGCX 4NEWA 3DK4A 3EANA 1ZYPA 2YQUA 3NYFA 5HYMA 2ACZA 1ELIA 4JNAA 3UOVA 2RGJA 3CNTA 3ALLA 2R45A 5BUKA 4C3XA 5KVIA 1KF6A 3IHGA 4A79A 4LIIA 4TM0A 2E1MA 3QVRA 1IUUA 2XFNA 3ISHA 2C73A 1ZY8A 2VVMA 4K22A 1YQZA 4X4JA 1YKJA 3ZDNA 4EM4A 3O0HA 5LV9A 1DXLA 3IC9A 3GDNA 1EL9A 1EBDA 1ZOYA 1NENA 2C3DA 3K7TA 3ZYXA 4YXDA 3VRBA 3AE4A 3UKLA 4U8KA 1PHHA 2EQ7A 3AEAA 1K4QA 4C5OA 3PO7A 2X8GA 4D04A 4YWOA 1LJ1A 1Q1WA 1W4XA 1XHCA 5HHFA 3ABVA 3KU9A 4BURA 5JCMA 2BA9A 4ZN0A 2VRMA 3S5WA 1GNDA 3ICRA 4JNQA 2YG6A 1CC2A 5TR3A 3C4AA 4I59A 1B4VA 1MXTA 1NPXA 2WU5A 3GD3A 2R4JA 3RP7A 3HZLA 1LPFA 4YTMA 3PVCA 3EPTA 1DJNA 1Y56B 3IF9A 4U8PA 1H84A 3AEFA 3LJPA 1P2HA 3FIMB 2E5VA 2WEUA 3I3LA 4CY6A 3ALMA 4OPDA 2V3AA 1F8RA 2BS3A 3CNPA 1FL2A 1CL0A 2AAQA 3RNMA 1F6MA 4NZHA 2BK4A 2XVJA 4EQXA 3P4PA 3NIXA 2YLSA 2C70A 3OC4A 2V5ZA 5FS9A 1TDFA 4Y4MA 1LV0A 4ADWA 5HY5A 2JB1A 4CBQA 1KSUA 3NN6X 2GQFA 2JB3A 4TLXA 4U8IA 5FS8A 5KVHA 5M10A 4IV9A 4WCTA 2BK5A 2GR1A 1D7YA 1OJAA 1TRBA 2YLXA 3I6DA 3M13A 3NK2X 4OPCA 5C2TA 3AE5A 3ATRA 5J60A 1IUSA 4H2RA 2JAEA 3UKAA 5J7XA 3GSIA 3CNSA 1F3PA 2H88A 2JKCA 2BXRA 2WP5A 3Q9TA 4USRA 3DJGX 1V59A 3KD9A 3NT6A 3VR8A 3KVEA 1PBCA 2NPXA 3F8PA 1FCDA 1E7PA 3D1CA 4U2LA 2V3BA 4EMIA 4BJYA 2XVIA 1OJDA 2HQMA 2R9ZA 2XFQA 4NTDA 1H82A 3QFAA 4OPUA 1ZKQA 1JRXA 4OPIA 4GR1A 4REKA 4FDCB 3BI2A 4U8MA 4JY2A 3FMWA 3P4QA 4OPLA 2ZBWA 2DKIA 1GPEA 1YY5A 3LOVA 1XANA 5U25A 3M0OA 1D4EA 4BK1A 4A6NA 3VR9A 1Y0PA 4H7UA 1RYIA 3R9UA 1TDOA 3UOZA 3UP4A 5JCKA 2GMHA 4GUVA 4YKGA 1PN0A 4EQWA 4H2PA 1SEZA 4J2WA 4K7ZA 4OPTA 1LTXR 1D7LA 2B9XA 4Z24A 1PXAA 2TMDA 3F8RA 2AQJA 4TM1A 4CNJA 1GRGA 1O94A 2W0HA 1OJTA 3JSKA 1BF3A 4EQRA 3AEDA 2ZZBA 3AECA 1HYUA 1L9CA 1VDCA 3EAOA 1NG4A 1JRZA 4CY8A 2GR0A 2WU2A 5EB5A 2WPEA 1CC6A 2WETA 3BI5A 4EMWA 4DNAA 4E0VA 1KFYA 4K5SA 4Z43A 2FJEA 1DJQA 5IPYA 4LU6A 4RG4A 4FX9A 4AT0A 2DKHA 2OA1A 1QLBA 3ALJA 1S2QA 4J31A 3AEEA 2GAGB 1TYPA 2XLSA 2TPRA 1H6VA 4FK1C 4Y4NA 1PBEA 2YM2A 1L9EA 1KNRA 3AD8B 3GYJA 2QCUA 3K30A 4PABA 5EB4A 2X8CA 3SQPA 1S3EA 4O5UA 1ZYNA 3NYEA 1BGNA 2YLRA 2WOWA 3BHFA 3DGHA 1Q1RA 3KPFA 4Z25A 2C67A 1JNZA 3NK1X 2YWLA 3AE3A 2ZZCA 1E1KA 5C3JA 2FJAA 2BS4A 2YG3A 4GCMA 4H2NA 1PJ5A 3AWIA 3L1RA 1GTHA 4X9MA 5BVAA 1BGJA 3CPIG 4GDPA 3GMCA 5FS7A 3UKKA 2WHDA 4HA6A 4DSGA 4H4XA 4CRTA 2YLWA 3UOXA 1NHPA 1CJ2A 2C75A 3L8KA 5KOXA 4YSXA 3KKJA 3NH3X 2A89A 2GAHB 2WDRA 3SFDA 4CNKA 2XLRA 4OCGA 1GREA 4JY3A 1E1NA 4A5LA 1FECA 2C65A 3M12A 3UTFA 5U1OA 1CC4A 2R46A 2BABA 4U8NA 4EIPA 1NAAA 4B69A 4KPRA 3P1WA 3DJEA 3QFBA 3UCLA 4H50A 1KDGA 3SGLA 4OVIA 1GXFA 3FPZA 1F8WA 2YVJA 3AD9B 3KA7A 1E1LA 1OJ9A 4Z2TA 1AOGA 1GEUA 1PS9A 4A9WA 1H81A 2BYBA 2YG7A 1ZOVA 5JCNA 2UZZA 1Z6LA 3GMBA 3CGCA 2WOVA 1N1PA 2Z5YA 2BC0A 3PS9A 4BV6A 2C64A 3LB8A 4K5RA 3IWAA 2OLOA 1GALA 1GT8A 2A87A 1QO8A 1IUXA 4XWZA 3VRAA 2JK6A 4J56A 1L9DA 3RP6A 4TM4A 4O5QA 1TDEA 5U63A 4USQA 4JN9A 2Q0LA 2C66A 2Q0KA 3B6DA 1H7XA 2Y6QA 4B1BA 4Z44A 3G5SA 2EQ6A 1TYTA 1ZDLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NWZA 3L9SA 2FWHA 2XLUA 1U87A 4UDQA 4ISDA 3EWLA 3FR9A 4HSCX 2R0CA 4FQUA 5IOXA 4I2UA 3TJJA 5IMFA 2WCIA 4ECIA 5CP1A 4POMA 4H4UA 3WGEA 2YR6A 2MBSA 4X9NA 5CRHA 4B64A 3KGKA 4G0IA 5ID2A 4CCQA 1W89A 3HVSA 1E6EA 2LNTA 2CVJA 4H4TA 3NTDA 1YF0A 4NAXA 2GMJA 2FHEA 2RGOA 3F4TA 3RHBA 4UDRA 1SK2A 2Y6RA 1XWGA 4WETA 1UA5A 3DMLA 1TP9A 3GTUA 2YLTA 1H7WA 3KLJA 2APGA 4AOXA 2BACA 2J3NA 4J56E 1CJ3A 3V1WA 3KTBA 3UVHA 1PA3A 3TJBA 5BMUA 4H4RA 1JOAA 3GSTA 1VQWA 2QGVA 3NK0X 2RUEA 3A2XA 4LMVA 4WKWA 3LEFA 2A4HA 2KUCA 5IOWA 2R37A 1GSNA 1Y56A 1K0NA 3CGEA 1DSBA 5HR3A 2FJBA 1DBYA 2E7PA 4BL7A 2PHHA 3WD6A 1IUWA 4H4YA 3QSEA 5JWRB 2MMOA 5M0ZA 1VGLA 3CTGA 2XBQA 2GQWA 4IGJA 1KBNA 1QFNA 3GD4A 2TRXA 4YSZA 4IP1A 1NHRA 3CN8A 2YZUA 2WDVA 1GNWA 5J9CA 4YH2A 2CFYA 3LZWA 3IRAA 4LMWA 4Z2RA 4BWSA 2H8LA 1CJ4A 4H4WA 5D8IA 3S61A 1JZRA 2VVLA 3AYIA 4I58A 2YG4A 3GYXA 4TXOB 3UBKA 2CZ2A 2WDQA 2EIOA 5EBKA 4KDUA 2L6DA 4BJZA 2EQ9A 3TKRA 4GQCA 5GAPD 2LEGA 4TRXA 4L0UA 2KP2A 3ED3A 2YLZA 3HHVA 2GH5A 4KCAA 2FA4A 3GRTA 4H4QA 3UTHA 2OAMA 2V6OA 1ZK7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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