4O5UA

Crystal structure of alkylhydroperoxide reductase subunit f from e. coli at 2.65 ang resolution
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 155
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5uA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA03
3KA7A 1OJTA 5KVHA 2R9ZA 2GAGB 3ITJA 4APNA 3BI5A 3SFDA 1CF3A 2X8HA 1D4EA 2YQUA 4B69A 3AYLA 4TM3A 4U8JA 1H84A 1CJ2A 1ZX9A 3UKQA 3C4NA 1JRXA 4H4YA 4B68A 1PS9A 1ZKQA 3RP7A 3GDNA 4KX6A 2YLWA 4EMWA 2Q7VA 2CULA 4U8KA 3UOXA 1TYTA 1GRBA 4CCQA 5KOXA 1CHUA 1JU2A 2C73A 1H83A 2FJDA 2QAEA 2YLSA 3LZXA 5KRQA 3FPZA 4U2SA 4J31A 3P4PA 4B65A 4X4JA 5JCIA 1D7LA 5HHFA 3D1CA 1L0VA 2XVFA 4EQWA 2AR8A 1BZLA 4YSYA 1Q9IA 1GALA 1B4VA 1DNCA 1ZK7A 3AE2A 3NK2X 4YWOA 2AQJA 3UKKA 4DSGA 1NPXA 2EQ8A 5U63A 3NG7X 1EL9A 2WPFA 3ALJA 5FS9A 4EIPA 5HXIA 4A65A 3DK9A 2VVMA 3NHOX 3G5QA 4UDRA 4GDPA 1F6MA 1FL2A 1PDHA 2BXSA 2C72A 5KVIA 2BK3A 4BK1A 2RGHA 3ISHA 3NTDA 4EMJA 3CNSA 5HYMA 3ATRA 1GTHA 4UDQA 2C75A 2XLRA 1XANA 2VVLA 2YVFA 5C2TA 2GMJA 1ZMCA 1GRFA 2IVEA 3F8DA 4AP3A 2C70A 1GREA 4NZHA 4NTEA 1E1NA 4BK2A 3P4SA 2XVEA 3SFEA 3AD7B 4LA1A 2YAUA 1GRGA 4OCGA 5U1OA 5GSNA 5KWFA 3UKHA 4H4QA 2GRTA 4YTMA 2RGOA 1M6IA 1MOKA 2V60A 1TDFA 2Y6QA 4J57A 4PAAA 4OPTA 4LIIA 2XLPA 1ZOVA 2YR4A 1NHQA 1DOEA 4JNQA 4XWRA 4K7ZA 4EQXA 1NHSA 1TDEA 4JDRA 2WPCA 2XDOA 1P2HA 1PHHA 4I58A 4HA6A 2R45A 4J2WA 1PJ5A 4JY3A 2V5ZA 4FK1A 4XXGA 3LJPA 3UTFA 1N4WA 4JY2A 2PHHA 3ICRA 4BJZA 4C3YA 4H50A 1VG0A 4YKFA 3I3LA 3AE8A 2YG4A 2QCUA 1XHCA 1V59A 1N1PA 4YTPA 2R0CA 1EL8A 1F8RA 2C67A 2XFUA 1DOBA 1PJ7A 3FIMB 1ZDLA 3ICTA 1AOGA 2ACZA 3NN0X 3ICSA 2WEUA 3JSKA 1GESA 4N9XA 3CNPA 3GMBA 2E4GA 4D04A 3KVEA 4ZN0A 3D8XA 1IJHA 3AE5A 3GDPA 1QLBA 4LU6A 1H7XA 4K5SA 3K7QX 1DJQA 5JCLA 5GRTA 3S5WA 3K7TA 4UP3A 3BI4A 1F8WA 2C7GA 2BC1A 2YLTA 3AE7A 1NG4A 2ZZCA 3COXA 4P9SA 5IQ4A 4IV9A 4CY8A 3AB1A 4EM3A 1ZMDA 4A9WA 4OPUA 2J3NA 1GOSA 5CKUA 4BK3A 3P1WA 2R0GA 5JCKA 1GSNA 2UZZA 3CN8A 3QFBA 3ALLA 3GRTA 5FS6A 3AE9A 1Y56B 3VQRA 3AYIA 3BI2A 3RNMA 2YG5A 2QA1A 1EBDA 3KPFA 1CJCA 1ZYNA 2WDRA 2YR6A 1IUXA 5FMHA 2FJBA 2XFNA 4CNKA 2GF3A 1ELIA 5L46A 4JNAA 2OLNA 1D4CA 4OPLA 4Z44A 4MNNA 1H82A 2WDVA 3QSMA 2XFPA 4H4XA 3UKFA 5IPYA 1QJDA 1LJ1A 2VRMA 2JKCA 1K0LA 2RGJA 2XVIA 3CGCA 3DK4A 4AP1A 4CNJA 2WETA 1RP0A 3NKSA 5ER0A 5FS8A 1YY5A 1YQZA 4Z25A 3AE4A 3M0OA 3QSEA 3VRBA 1LPFA 3EAOA 2E1MA 4K8DA 1GEUA 3NIXA 4H4VA 4I59A 3V3OA 4YSXA 1JRYA 5EOWA 3ALMA 1P2EA 4X9MA 2H89A 3IWAA 2ZZBA 4AT2A 3IHMA 1KSUA 2YG7A 3AEDA 3CPIG 4KPRA 4MJWA 4Y4MA 2YM2A 3LB8A 4GR1A 5BVAA 1BGNA 1GXFA 2WHDA 2A8XA 4IVMB 1NG3A 2RABA 3G5RA 3URHA 2E5VA 4YXDA 1KDGA 2FJAA 2YLRA 2YLXA 4ZCDA 4D03A 4TM1A 3F8PA 3AD8B 3AWIA 2R4EA 3IHGA 2VQBA 3AE3A 1K0JA 4Z2RA 2YVGA 4OPIA 2GH5A 2XVJA 3GYIA 2CDUA 1DODA 2JBVA 2WBAA 3NN6X 3LADA 3M13A 4ADWA 1YQ3A 1COYA 2BS3A 1CL0A 1UKVG 2GR2A 3V76A 5JCNA 3FBSA 4B64A 2OLOA 4H4PA 3CGDA 1DOCA 3K30A 3QFAA 4Y4LA 1S3BA 2GVCA 2WS3A 4JN9A 1IUTA 3UKAA 3R9UA 3P9UA 4WX1A 1NDAA 2Y6RA 3L8KA 4NEWA 1CJ4A 1EL7A 4FK1C 3CTYA 2IVDA 1S2YA 1PBEA 2XLUA 3H8LA 1PBDA 2VRLA 1E1MA 4NTDA 3AXBA 1PBCA 1E39A 2JAEA 4C74A 4J56A 2GAHB 1N4VA 2Q6UA 4CY6A 2WOWA 2I0ZA 2OALA 4TM0A 1PJ6A 3RHAA 2NPXA 4A7AA 3LXDA 3UOVA 4YSZA 2V3AA 2GB0A 1JRZA 3NYCA 3SQPA 5U25A 2B7RA 1KF6A 1K0IA 1PBFA 2XFQA 2ARDA 3AYJA 1CBOA 2BABA 4J33A 4A6NA 2H88A 3UCLA 1DJNA 3NT6A 4ICYA 4NEVA 2BCPA 4TM4A 1LQUA 1ZOYA 3H8IA 3NK1X 3GMCA 2B76A 2X8GA 3IF9A 4U8MA 2V61A 5J7XA 3EANA 1HYUA 4USRA 1OJ9A 1L9EA 4Z43A 4RSLA 1CC6A 4PABA 2WOVA 3CNJA 3REDA 3BHKA 2IIDA 2C3DA 1QO8A 1H81A 3S61A 4XWZA 4M52A 2C3CA 3KD9A 2BC0A 4DSHA 3ZYXA 1BGJA 1TYPA 1O5WA 3GRSA 2F5ZA 2JB3A 4C3XA 5EB4A 2YWLA 1D7YA 2BS2A 2BA9A 1H86A 2Q0LA 4J34A 4C5OA 3KLJA 3CGEA 1Q1WA 4H7UA 4Z2UA 4A79A 3F8RA 1FCDA 4TLZA 2FJEA 3DJEA 4AOSA 3UTEA 4BURA 3NH3X 3PVCA 3UKPA 2OAMA 2AAQA 1KSSA 1XDIA 2PYXA 3AEEA 3QVRA 4IA6A 3UP4A 4K22A 3LOVA 2YG3A 2QA2A 3WE0A 4EM4A 4OPDA 5KOWA 3PS9A 4H2QA 3NLCA 3DK8A 3FMWA 4B67A 4EQRA 3UKLA 4FDCB 1KNPA 4DNAA 4CRTA 1MO9A 1TRBA 1CC2A 4EMIA 4AT0A 3Q9TA 3KU9A 2YG6A 3GD3A 2B7SA 2Q0KA 4GF7A 2Z5XA 5M10A 4GRTA 1GTEA 2B9XA 3DGZA 2EQ9A 1JEHA 1GT8A 4UDPA 4CCRA 3GD4A 3NK0X 2JK6A 4U2LA 1VRQB 1GRHA 4O5QA 1GRAA 1CJ3A 1IUSA 4A99A 1OJCA 1GNDA 3M12A 1KNRA 2C65A 2GR0A 2ZBWA 3V3NA 5JCMA 2Z5YA 4OVIA 1JNRA 3CNTA 1NHRA 4DGKA 3ATQA 3NTAA 4U8IA 1B5QA 2GEWA 2YM1A 4JQ9A 5IQ1A 1NENA 3DJDA 1RSGA 1H6VA 1TDKA 3CPJG 4GUVA 1IUUA 1OJAA 3DJJA 4IA5A 3Q6JA 3VR9A 3BNMA 1ZY8A 3NNEA 3G5SA 2WU5A 3NYFA 2VVLG 2WQYA 3UOYA 2YVJA 1TDNA 3DGHA 4H4RA 3UTGA 3AEBA 1JNZA 2C64A 3GWFA 4YSHA 1KFYA 4CBQA 4H4UA 4AOXA 4Z2TA 4Z26A 3HZLA 2V6OA 4B66A 5J60A 2XCGA 1LV0A 2BK4A 1BKWA 1TDOA 1X31B 2WP9A 1NHPA 4B63A 2WP5A 1PN0A 4NTCA 4OPGA 2TPRA 4A5LA 1EL5A 2V3BA 3DA1A 1FECA 4U2TA 1GETA 1FEAA 1Y0PA 1ZYPA 2X50A 4J36A 4EQSA 2WU2A 4GDEA 5CQFA 3AEGA 4HB9A 3II4A 4K2XA 4Z24A 2GQWA 2DKHA 1SEZA 1BF3A 2VQ7A 1BWCA 5KXJA 1LVLA 1F8SA 1B37A 2R4JA 1IUVA 3CPHG 3L1RA 3BHFA 4BJYA 2BYBA 4WCTA 1PXBA 1FEBA 3VRAA 2A89A 1ZP0A 3C4AA 3AE1A 2OA1A 5BUKA 2X3NA 3OZ2A 1B8SA 5TR3A 2YR5A 2GV8A 4H4TA 2B9YA 3DJGX 3P4QA 2EQ7A 1GERA 3AEFA 1O94A 3KKJA 2DKIA 1CC4A 2BCGG 2X99A 3SM8A 2BACA 4RG3A 4O5UA 2R46A 2X8CA 1S3EA 1FOHA 3T37A 2C76A 2XFOA 3C96A 1E6EA 1LQTA 1N4UA 2NVKX 2WPEA 3VR8A 1NAAA 2WESA 3IC9A 4H2RA 4OPCA 3P4RA 1E1LA 3B3RA 3AECA 1W4XA 3CIRA 3LZWA 1Y56A 1YKJA 4ECHA 1YQ4A 4H4WA 4Y4NA 4B1BA 3O0HA 1Q1RA 3GWDA 1DXLA 2WOIA 2WP6A 5HY5A 1LTXR 1ONFA 4H2NA 1H7WA 3BNUA 1F3PA 4H4ZA 4TLXA 3UP5A 2BS4A 3AD9B 4GCMA 4YT0A 3E1TA 4C77A 4USQA 2A87A 4E0VA 1NEKA 1Z6LA 3AE6A 3EPTA 2XYOA 5LV9A 2JB2A 3QVPA 2XVHA 2FBWA 2W0HA 2GR3A 2WDQA 4REKA 4H2PA 3FG2P 5BRTA 2HQMA 3CNDA 4H4SA 3B6DA 5BULA 3PO7A 4EIQA 3OC4A 1OJDA 3QJ4A 3DH9A 2YLZA 1GV4A 2CVJA 5DBJA 4IVOB 2GR1A 3QSSA 1RYIA 2GMHA 5EBKA 1D4DA 2APGA 1JOAA 4FX9A 1PXCA 3UTHA 1M64A 1GRTA 3NYEA 4YTNA 1PXAA 3I6DA 4YKGA 3CGBA 4A6NB 1D5TA 2VZ2A 1MXTA 1XPQA 3EF6A 4RG4A 3ABVA 2CFYA 3GYJA 5EB5A 2ZZ0A 2R0PA 4X9NA 2GQFA 3NRNA 1IUWA 3ADAB 1O95A 2VOUA 3UOZA 1E7PA 1PBBA 1L9CA 2O9ZA 1K4QA 5M0ZA 3RP8A 1VDCA 1GPEA 3DMEA 3GSIA 3AEAA 3K7MX 4U8OA 1S2QA 1L9DA 1REOA 2XLTA 1VG9A 3H4KA 4ZCCA 3VRDB 3RP6A 3ZDNA 2JB1A 5C3JA 2C66A 2B9WA 1VQWA 4K5RA 3NGCX 4U8LA 4U8NA 4BV6A 2TMDA 5FS7A 2BK5A 4U8PA 2XLSA 2EQ6A 3SGLA 2BXRA 1E1KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NNJA 2YNXA 4HQZA 4G19A 2O8VB 2FNOA 1PA3A 1TKDB 3GHAA 3BI5A 3TRXA 3SFDA 1D4EA 1TRSA 3F6FA 5B6NA 1ZX9A 4H4YA 4GCIA 3EU4A 3CTFA 3DVWA 3GX0A 2Q7VA 6GSUA 1ERVA 5KOXA 1GRBA 5EL8A 3APSA 1SK2A 3GTUB 3KGKA 2C3QA 1TI3A 2FWHA 3HYPA 2DIZA 4X4JA 3D1CA 2AR8A 1BZLA 4YSYA 5ID2B 5B8BA 1A23A 1NPXA 3GA4A 5ECIB 1EL9A 2AJQB 3G5QA 4UDRA 4GDPA 1FL2A 1ZZYA 3CNSA 3EYTA 3F8DA 4AP3A 3DXBA 3VURA 1NM3A 2DJJA 1B8XA 9GSSA 4BK2A 4L0WA 3VWUA 2H0IA 2YAUA 1GRGA 2LS5A 5DAKA 3ZFBA 3VI7A 4H4QA 3IC8A 4YTMA 2WFCA 2ZNMA 4BL7A 2RGOA 2V60A 2EC4A 4MJBA 2Y6QA 2IPAA 4LIIA 1G6YA 19GSA 1R5AA 1OC9B 4EQXA 2H1BA 5H5RA 1NHSA 1TDEA 2WPCA 1EZKA 2XDOA 1PHHA 2R45A 4J2WA 1PJ5A 1AAZA 1PQNA 4ECIA 1N4WA 4KCEA 4JY2A 1WRYA 2YWIA 5AIXA 5HR0A 4H50A 2G2QA 1KNGA 4POMA 1DE1A 5D96A 3HKRA 3AE8A 4GAPA 3KJYA 4YTPA 5J5NA 4JR6A 2C67A 2XFUA 1BQ7A 3ICSA 4DSSA 2WEUA 3GFKA 3CNPA 4ZN0A 3KVEA 3GDPA 2GGTA 4XCSA 3K7QX 1DJQA 4POBA 1HNBA 3BI4A 1F8WA 3AE7A 3KMNA 1NG4A 2A2SA 5JCGA 22GSA 4DVCA 3RHCA 3TJKA 4OPUA 4BK3A 5JCKA 2R0GA 1ON4A 4NWYA 3QFBA 3ALLA 3HVVA 2H73A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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