4X4JA

Structural and functional studies of bexe: insights into oxidation during be-7585a biosynthesis
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
486
structure length
482
Chain Sequence
DAPVVIAGAGPAGLMLAGELRLAGIGVVVLERLPARTGESRGLGFTARTMEVFDQRGLLRRFGEVQTSDQGHFGGIPVDFGLLDGAHQAAKTIPQSATEAVLEAWAGELGADIRRGHELTGVRDDGDGVAVTVRGPAGEHVLRAGWLVGCDGGRSAVRKAVGFDFPGTAATREMFLADLRGVELEPRMSLPGGMVMVGPLPGGVTRIIVCERDAPPRRRTGPPPFHEVADAWKRITGIDISAAEPVWLSAFGDATRQVTEYRRGRVLLAGDAAHVHLPAGGQGMNAGIQDAVNLGWKLAAVVRGTARADLLDTYHGERHPVGVRLLMNTRAQGLLFLNGAEMQPLRDVLAELTGYPDVARHLAAMVSGLEIAYDVGGGSHPWLGRRLPRLELDRGGRPSSTAELLRPARGLLLDFAGNAALRDRAAPWAGRIDVVTARPAGRVPGATTAVLVRPDGHVAWAAPGTHADLPMALERWFGPAPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Functional Studies of BexE: Insights into Oxidation During BE-7585A Biosynthesis
rcsb
molecule keywords Putative oxygenase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Amycolatopsis orientalis subsp. vinearia
total genus 134
structure length 482
sequence length 486
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4x4jA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4x4jA01
3Q6JA 3UP5A 1H81A 3AEAA 1PHHA 1YY5A 4P9SA 2R46A 1IUVA 3UKLA 5M10A 1NAAA 3DK4A 1CF3A 2QAEA 3GD3A 4AOSA 3LOVA 2GMHA 3DJEA 5IPYA 5JCKA 1D4DA 2YG4A 2IVEA 2YR5A 4CCRA 4C77A 1REOA 1NHRA 3AYJA 2C7GA 1H82A 1FEAA 1OJTA 4IVMB 4CRTA 3AB1A 5JCMA 4M52A 1GEUA 2R9ZA 4A9WA 2YLWA 4YTMA 4EQXA 3LZXA 3O0HA 1F8SA 2EQ7A 5FS7A 2YLXA 2JAEA 1H7WA 2VZ2A 4REKA 4B65A 1PXAA 3QSMA 2NPXA 3AE9A 1E39A 1DXLA 1QJDA 5HHFA 3GMCA 4WX1A 1FOHA 3ALMA 4EQSA 1ELIA 5HYMA 1KNPA 1ZK7A 3NK0X 5JCLA 1E1LA 3VQRA 1Q1RA 4J36A 4JY3A 2XLSA 2CFYA 4NTEA 1N4WA 2XVFA 1JOAA 1GESA 2JB1A 3P4RA 2YAUA 2ZZ0A 3DGZA 1TYTA 2GAGB 3S5WA 1DNCA 2WP9A 1X31B 3GMBA 1L0VA 4OCGA 1SEZA 2BK3A 2V61A 3BHFA 5LV9A 2WPFA 2XFUA 2DKHA 4OPIA 3BNMA 4DGKA 2WS3A 3DJJA 5KXJA 1BGNA 1MO9A 1D4EA 4U2SA 3DA1A 2XVJA 1ZOYA 4I58A 2GF3A 2GR3A 3AYIA 2ARDA 1P2EA 2AQJA 1DOBA 3B6DA 3M12A 2GQFA 2HQMA 2WU5A 1IUXA 5HXIA 2NVKX 4Z2TA 3IHMA 2V5ZA 5CQFA 1CBOA 2XLPA 1B37A 1IJHA 3GRTA 3GYIA 2I0ZA 2EQ8A 2FBWA 4DSHA 3WE0A 1E1NA 3M0OA 3QVPA 5BUKA 5C3JA 2EQ6A 3FG2P 3QVRA 4FK1A 4USRA 1OJAA 4H2PA 2BK4A 1KSUA 2B7RA 3RNMA 1TRBA 1JRYA 1LV0A 1PXBA 2X8GA 2Z5XA 2V3BA 3CNPA 4OPUA 2GQWA 1TDKA 2R45A 3H4KA 1KDGA 4A65A 3DK9A 1OJDA 4GRTA 5IQ1A 3RP8A 4IV9A 4YWOA 2BCPA 3C96A 1S2YA 4YSHA 3ALJA 1GTHA 3REDA 3BHKA 4H50A 4ZCCA 4CBQA 2ZBWA 2VOUA 2C64A 1NHPA 1O94A 3NHOX 2BC0A 4PABA 1CJCA 1IUSA 3ISHA 3IHGA 1EBDA 1JU2A 5EBKA 2BACA 2WHDA 2XFPA 4TLZA 1TDNA 3KLJA 4AT0A 3NTDA 1YQ4A 5U1OA 1H6VA 1Y0PA 4J57A 2YQUA 5EOWA 5KVIA 2R0PA 4K5RA 4A99A 1YQZA 2C76A 4Z26A 1K0LA 3I3LA 4EM4A 1OJ9A 4GDPA 1DJNA 2YR4A 3DJDA 2AR8A 1PJ5A 1CJ2A 1EL9A 4YKGA 1F6MA 3NYFA 2QA1A 1VRQB 4TM4A 3KU9A 3UKQA 4X9NA 2YLTA 3V3OA 4KX6A 1GERA 4JN9A 4OPDA 1M6IA 5KVHA 4K8DA 3ICSA 1ZMDA 4FX9A 2XCGA 4H4VA 3AE3A 3RHAA 3DK8A 2VVLG 2BXSA 4USQA 4I59A 1B5QA 1E6EA 1GPEA 3G5SA 1GT8A 3PS9A 4H2QA 4K22A 3BNUA 3UKHA 2BCGG 4EM3A 3F8DA 1Y56A 3UTEA 1NHQA 3GWFA 2Y6RA 3PO7A 3C4AA 4EMWA 3RP7A 1EL7A 1GTEA 1TDFA 1V59A 1XANA 4KPRA 2CDUA 1LTXR 3ITJA 3DJGX 3CNSA 3LJPA 3FIMB 4FK1C 1KNRA 3E1TA 3NH3X 1M64A 1PDHA 2CVJA 3ICTA 3UTGA 1PJ6A 1S3EA 4U8LA 2X99A 2VRLA 2GV8A 2X8HA 3NYEA 3Q9TA 4H2NA 4U8JA 1OJCA 1GRAA 2WDRA 3NIXA 3VRDB 4JNAA 1E7PA 2WDQA 1E1MA 2YVJA 4Y4MA 3UKFA 4C3YA 2JK6A 4NEVA 3IWAA 3AYLA 1F8RA 4OPGA 1ZDLA 2F5ZA 2C75A 3ATRA 1JRZA 2R0GA 4TM3A 1Q1WA 4H4TA 3UKKA 4K5SA 4A6NA 4A7AA 2DKIA 4XXGA 5DBJA 1GRGA 4CNKA 4CY6A 5KOWA 5TR3A 1JRXA 2R4EA 4IA5A 2E5VA 3AE1A 2IIDA 3EAOA 1L9DA 4LA1A 1W4XA 2BC1A 4AOXA 4BJZA 3ATQA 1E1KA 3GRSA 1L9EA 2AAQA 2BS4A 3UTFA 2R4JA 2XVIA 2C70A 4U8PA 2WPEA 3H8IA 1L9CA 1PJ7A 4A5LA 2RGOA 3BI5A 3AD9B 2VQBA 4O5UA 1H86A 5IQ4A 1N1PA 4WCTA 3VR8A 2C65A 1GRFA 2OALA 3KA7A 4UDPA 3URHA 3GWDA 3KPFA 2XLUA 3AXBA 4RSLA 5FS9A 4E0VA 4EQWA 1D4CA 2B76A 2WETA 3I6DA 2RGHA 5JCNA 4ADWA 1GNDA 2C67A 5FS8A 3M13A 5EB4A 3ALLA 4ZCDA 1COYA 2PYXA 4BV6A 4U8IA 1NDAA 2V3AA 2GRTA 4N9XA 3ADAB 4D04A 1LQTA 2C72A 4YTPA 2WP6A 2ZZBA 4PAAA 4OPLA 1FECA 1O5WA 1K4QA 1PBFA 4Z43A 4AP3A 1KFYA 1S2QA 3L8KA 3UOVA 4H4QA 2H88A 2FJDA 3GD4A 3II4A 4YKFA 1AOGA 3P9UA 4NTDA 4J56A 3FPZA 2YLZA 4Z25A 3KD9A 3F8PA 3P1WA 3VRAA 2FJEA 2H89A 3GYJA 3ZYXA 4CY8A 3CN8A 1N4UA 5J60A 2JB3A 1BZLA 5GSNA 3IF9A 3AE7A 3EANA 3SFDA 3G5QA 5J7XA 1BGJA 2X50A 4H4RA 4OVIA 2GAHB 1F3PA 4BJYA 1D7LA 2GR1A 1GREA 2JKCA 3L1RA 3UKPA 4Z2UA 2V6OA 3QSSA 4IVOB 3NK1X 3F8RA 1LVLA 3DMEA 4CCQA 4Y4NA 2XDOA 4XWRA 1D7YA 2BYBA 2Q0KA 4LIIA 2BS3A 3NRNA 5HY5A 1D5TA 4A79A 2C3DA 3BI2A 2YG5A 1P2HA 3QJ4A 4AT2A 3IC9A 4X4JA 4J33A 1PBDA 1DJQA 1VG9A 5BRTA 5KWFA 4TM0A 2WEUA 3DGHA 2A89A 3ABVA 1FEBA 3CTYA 1CC4A 2OLNA 2WOIA 3AEFA 3UKAA 1RSGA 5EB5A 1BWCA 1LQUA 2VRMA 3AEGA 3CPIG 4GF7A 2WOWA 3UOXA 1QO8A 2Q0LA 2WQYA 4Z24A 4EMIA 4OPTA 3QSEA 2PHHA 2YR6A 4YSYA 4U2LA 1GALA 4LU6A 4CNJA 3V3NA 1GRHA 1H83A 1CHUA 3EPTA 2Q6UA 3AE8A 1MXTA 3UOYA 3S61A 3OC4A 2FJAA 1BF3A 1DOCA 4DNAA 1GV4A 2YG7A 4UDRA 1DOEA 2WOVA 2C3CA 2V60A 2XFNA 3PVCA 1BKWA 1ONFA 1TDEA 3B3RA 2IVDA 4K2XA 1MOKA 1CL0A 1VQWA 4Z2RA 2YM1A 1GETA 3AEDA 1LJ1A 1CJ3A 3AD7B 2RABA 4B68A 5BVAA 4B67A 2B7SA 1PBCA 1Q9IA 1VG0A 2TPRA 1S3BA 1IUWA 1JEHA 1PBEA 4H4UA 3G5RA 4C5OA 1HYUA 3NLCA 5U63A 3KKJA 4NEWA 1ZX9A 2OAMA 3NYCA 4H2RA 4B1BA 4GCMA 1QLBA 4H4PA 4TM1A 4YXDA 2QCUA 1XDIA 2RGJA 1GRTA 2C66A 3LZWA 4U2TA 3AWIA 3K7TA 3UP4A 3VR9A 3AE5A 4EIPA 1LPFA 5KRQA 2JBVA 2WESA 4J34A 4UP3A 2YWLA 3VRBA 4GDEA 1EL8A 2WDVA 2YVFA 4EIQA 2O9ZA 3KVEA 1H84A 2GH5A 1FCDA 3DH9A 2FJBA 4YTNA 4MJWA 2R0CA 4D03A 3FBSA 3R9UA 4H4SA 1GXFA 3CGCA 1NPXA 1F8WA 3AE6A 1GSNA 1YQ3A 3CNJA 3RP6A 3OZ2A 4Y4LA 2Q7VA 4ECHA 3ICRA 3FMWA 1GRBA 3COXA 3SGLA 5KOXA 1ZOVA 2VQ7A 3NN0X 1ZP0A 3JSKA 2QA2A 3P4PA 4U8KA 3CGDA 2YVGA 2GEWA 4ICYA 3K7QX 2W0HA 3AE4A 2GR2A 1CJ4A 2X3NA 1NHSA 4UDQA 1UKVG 1IUTA 1NEKA 1NG3A 5FS6A 1DODA 2ACZA 5FMHA 1RP0A 3AD8B 3K30A 1XHCA 1ZMCA 4APNA 2J3NA 3GSIA 2XVHA 3ZDNA 2WPCA 2C73A 1B8SA 2YG3A 3NTAA 3NG7X 4HA6A 1Y56B 4AP1A 2YM2A 1H7XA 1CC2A 4JDRA 4BURA 2WU2A 2E1MA 4GR1A 4IA6A 2BA9A 3AECA 4B63A 2VVMA 1PS9A 4O5QA 3HZLA 2JB2A 5U25A 1O95A 2GB0A 3LB8A 4TLXA 2XFOA 4C74A 3AEBA 3V76A 4GUVA 5C2TA 3GDPA 1K0JA 4ZN0A 2VVLA 3CNTA 2BABA 3C4NA 3D8XA 1TDOA 2WBAA 4HB9A 2XVEA 4RG3A 4H4XA 1IUUA 2ZZCA 3K7MX 1PBBA 4BK3A 4YSZA 2APGA 4EMJA 1NG4A 4DSGA 1Z6LA 2EQ9A 3CGBA 4BK1A 1ZY8A 4YSXA 4X9MA 3NKSA 2X8CA 3GDNA 3LADA 4FDCB 2GR0A 4H4ZA 4C3XA 4JQ9A 3NT6A 3UCLA 5GRTA 3CPHG 1JNZA 1B4VA 2OA1A 4A6NB 3LXDA 2BS2A 2YLSA 3P4QA 3SQPA 5L46A 2BK5A 1CC6A 4YT0A 2Y6QA 3AEEA 5ER0A 2B9XA 2YLRA 5JCIA 2GMJA 1YKJA 3T37A 2A8XA 3UOZA 1TYPA 1N4VA 1ZKQA 3CNDA 4B69A 3CIRA 4NZHA 4U8MA 5BULA 3NN6X 3QFBA 2TMDA 1RYIA 4B66A 3EF6A 3NNEA 2CULA 2B9YA 1XPQA 4H4WA 4H4YA 4J31A 4B64A 1NENA 2BXRA 4XWZA 2XFQA 3P4SA 3CPJG 4NTCA 2OLOA 4OPCA 4U8OA 4H7UA 2XLRA 3SM8A 4BK2A 3AE2A 1EL5A 3CGEA 4Z44A 5CKUA 1PN0A 3SFEA 1K0IA 3BI4A 4J2WA 3UTHA 2WP5A 5M0ZA 1GOSA 1KSSA 2YG6A 3D1CA 2E4GA 1KF6A 3NK2X 1JNRA 4K7ZA 4RG4A 4U8NA 2A87A 2UZZA 2GVCA 1VDCA 2Z5YA 3H8LA 2B9WA 2XLTA 3QFAA 1PXCA 4JNQA 1FL2A 4JY2A 4EQRA 2XYOA 3NGCX
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UJ1A 3UKLA 2R5GA 2MMNA 3GYXA 3EYTA 5M10A 4AOSA 4IVFA 2FD3A 2LSTA 1U87A 3DJEA 5IPYA 5JCKA 2YR5A 2NDOA 3P8WA 5D9VA 5DQYA 1X9SB 1NHRA 2C7GA 1THOA 1FB6A 5CYYA 3D0ZA 2R9ZA 2H6XA 1BQ7A 4XRDA 4YTMA 4EQXA 5KMRA 1M0UA 5AGYA 3TGZA 4B65A 1SKSB 1PXAA 5IPHA 3QSMA 4OD7A 3AE9A 4ZB9A 1EOGA 1TK5B 3VQRA 4JY3A 2H76A 2CFYA 1J0FA 3UVTA 5KNLA 3P4RA 1JOAA 4G9HA 1GESA 2JB1A 2KUCA 1EGRA 1GH2A 2BK3A 2V61A 5LV9A 1MDKA 2H0GA 3F63A 3BNMA 3A2VA 1K0CA 1VF1A 1TTZA 4U2SA 4MZWA 5EL8A 2LV3A 3L4NA 2GR3A 3AYIA 1THXA 2BJXA 2TIRA 3M1GA 2HQMA 2XLPA 1B37A 4F03A 2GT6A 3GRTA 5ENUA 4PXOA 3WE0A 5C3JA 2EQ6A 4USRA 2HSMA 6GSWA 4H2PA 1TRUA 1J9BA 1TRBA 2H01A 3SBCA 1JRYA 2Z5XA 4HQZA 5IMFA 4ECBA 2GQWA 3SZCA 3KMNA 4TXVA 3H4KA 1TDKA 3LWAA 4A65A 4IV9A 1EEMA 4OFNA 2GSRA 3QDNA 3A5WA 4GF0A 1S2YA 1GTHA 3R3EA 1R4WA 4H50A 1QK8A 3FKFA 1SKWB 2VOUA 1SJZA 3NHOX 1O94A 2H66A 1MD3A 3NOFA 3ISHA 4KGIA 3U6VA 5EBKA 3HZ4A 3PPUA 1Y0PA 2YQUA 3GN3A 2R0PA 4K5RA 2C80A 1ON4A 2R3XA 4GDPA 3DJDA 1EL9A 4GSSA 3NYFA 2GLRA 1M9AA 2YJHA 3WT1A 4GCIA 3ICSA 2XCGA 4H4VA 3UARA 4DEJA 1N2AA 1Z9HA 3UIWA 1B5QA 3D21A 3G5SA 1QMVA 1TRWA 2F8AA 3PINA 5DALA 2IMEA 3LQ7A 3C1RA 3CRUA 3C4AA 1QUWA 2D2ZA 3F4RA 4IS0A 1TOFA 3TB2A 1V59A 3RHBA 3ZIJA 2JZRA 4PGTA 1U3IA 1LTXR 3DJGX 3FIMB 2J9HA 3HXSA 3E1TA 2LTKA 2VCVA 3W6GA 1M64A 5DDLA 3ICTA 1S3EA 2X99A 4BPYA 4ILFA 4MJCA 3NYEA 1AAZA 3GKXA 4MF6A 3VWUA 4H2NA 4U8JA 4MPFA 4K9ZA 4HUAA 2WDRA 2YV7A 1E7PA 4JNAA 1DE2A 2WDQA 4C3YA 3IRAA 4WF4A 3D22A 3AYLA 4OPGA 3ATRA 3UKKA 4TM3A 4A6NA 4H4TA 4K5SA 4IKHA 1GRGA 1B9XC 2YPMA 4CW9A 5TR3A 2R4EA 4IA5A 3L9SA 4OCFA 1F6MC 2H71A 1S3DA 5DJLA 3UTFA 2R4JA 2XVIA 2YZUA 3IV4A 1L9CA 3FZ9A 4KDUA 6GSTA 2OE1A 2VQBA 3GKKA 3TJKA 1GRFA 2RM6A 2V41A 4WF5A 1VF3A 2C65A 1K3LA 5A4VA 17GSA 3F8UA 3AXBA 3C73A 2B76A 4ADWA 2C67A 4GLTA 1S3RA 4ZCDA 3ALLA 1COYA 2PYXA 4BV6A 4TW5A 2OKAA 2GRTA 3ADAB 4CHSA 1LQTA 2C72A 4TKYA 4OPLA 1K4QA 3EWLA 2FJDA 1F3BA 2B1LA 1EP7A 2RIIA 2MBSA 3VRAA 1GP1A 2B5EA 5J60A 3I43A 3EU3A 3F4SA 5J7XA 2OACA 4L8EA 4MPGA 4EL1A 3APSA 1F3PA 2GAHB 4KW6A 2FA8A 4ZXGA 3UKPA 4LMVA 3M3MA 2V6OA 3QSSA 5EPFA 4IVOB 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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