4X4JA

Structural and functional studies of bexe: insights into oxidation during be-7585a biosynthesis
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
486
structure length
482
Chain Sequence
DAPVVIAGAGPAGLMLAGELRLAGIGVVVLERLPARTGESRGLGFTARTMEVFDQRGLLRRFGEVQTSDQGHFGGIPVDFGLLDGAHQAAKTIPQSATEAVLEAWAGELGADIRRGHELTGVRDDGDGVAVTVRGPAGEHVLRAGWLVGCDGGRSAVRKAVGFDFPGTAATREMFLADLRGVELEPRMSLPGGMVMVGPLPGGVTRIIVCERDAPPRRRTGPPPFHEVADAWKRITGIDISAAEPVWLSAFGDATRQVTEYRRGRVLLAGDAAHVHLPAGGQGMNAGIQDAVNLGWKLAAVVRGTARADLLDTYHGERHPVGVRLLMNTRAQGLLFLNGAEMQPLRDVLAELTGYPDVARHLAAMVSGLEIAYDVGGGSHPWLGRRLPRLELDRGGRPSSTAELLRPARGLLLDFAGNAALRDRAAPWAGRIDVVTARPAGRVPGATTAVLVRPDGHVAWAAPGTHADLPMALERWFGPAPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Functional Studies of BexE: Insights into Oxidation During BE-7585A Biosynthesis
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Amycolatopsis orientalis subsp. vinearia
molecule keywords Putative oxygenase
total genus 134
structure length 482
sequence length 486
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4x4jA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4x4jA01
2BACA 3URHA 4AOSA 1NHRA 2YM1A 4H2PA 4CNKA 3Q6JA 1YQ3A 4YTMA 4PAAA 1CJ3A 2YG4A 3NRNA 4DNAA 2WESA 2X50A 1PXBA 1D5TA 2BC1A 5U63A 4LA1A 4ICYA 3HZLA 3K7QX 4TM4A 3WE0A 4AT0A 1PBCA 3LADA 4DSHA 3F8PA 2GVCA 4CNJA 5EBKA 3GDPA 2C3DA 1CJ4A 1H84A 4UP3A 3RP6A 2ACZA 4I59A 5JCIA 4KPRA 2BK5A 5L46A 3COXA 3NHOX 4H4PA 3IHMA 3ALLA 1IUVA 3GRTA 1GSNA 2VRMA 4U2TA 5ER0A 4YKFA 1DOCA 1GRHA 4H4UA 2JAEA 3NN6X 5TR3A 4UDQA 4EQSA 1GOSA 2TMDA 3UKHA 4NEWA 4A5LA 1Q9IA 2OLOA 1MO9A 3EAOA 3GRSA 2XLSA 1ZOYA 1EL5A 1ZK7A 1P2EA 4J56A 4WCTA 1K4QA 1TDOA 3QVRA 3AB1A 4Z2RA 2YLSA 2RGOA 4GUVA 2BABA 3RHAA 4Z2TA 4CY6A 1EBDA 3L1RA 3NT6A 4DGKA 3KKJA 3UKQA 2NPXA 2BXRA 5U25A 2WDQA 5C3JA 3UTGA 2YLRA 5FS8A 4TM3A 2BS2A 3F8RA 3G5RA 1BGJA 4EIPA 1X31B 3CPHG 3NK0X 4BJZA 2AQJA 2RGHA 1V59A 1EL7A 3I3LA 1E1LA 1OJCA 5BVAA 1S2YA 2NVKX 1JNRA 3PO7A 4U2SA 2B9WA 4K5SA 2ZZ0A 4J34A 4BK2A 4Z2UA 5KOWA 4REKA 2H89A 2BYBA 2VZ2A 4B65A 3NKSA 2V61A 3CNTA 3CNPA 4FX9A 1IUSA 1GALA 2JB2A 4J33A 4YSZA 2WETA 3FG2P 3QJ4A 4B69A 1GTEA 1NHQA 2WS3A 3ICTA 2Q0KA 3UKKA 1TDEA 2R4JA 4U8NA 1H81A 3V3NA 1GTHA 1QJDA 3S61A 2YR5A 2Z5XA 4Y4MA 2XYOA 3AEFA 5KVIA 4YKGA 4N9XA 2FJBA 3UOVA 3F8DA 3FIMB 4IA5A 3BNMA 3CGDA 5EB4A 1GEUA 1O5WA 1ZMDA 2E5VA 1FEBA 4H4WA 4ADWA 1H82A 4B63A 2GQWA 2YVFA 4NTDA 4Z25A 3CNDA 1E1NA 1KSSA 1NEKA 3GYIA 1K0JA 2GEWA 4IVMB 2BC0A 4USQA 2PHHA 1H83A 3AD9B 3SFEA 2JB1A 3NYCA 4C74A 4B67A 1IJHA 2HQMA 4HA6A 1PBBA 5FMHA 3VR9A 3K30A 4A79A 2EQ7A 1Q1WA 4IA6A 4YTNA 2IVEA 1ZX9A 3LXDA 2GF3A 3BI4A 2E1MA 2C7GA 4JN9A 2B9YA 4EM4A 4C77A 3B6DA 2JB3A 3DJEA 3SQPA 2A89A 2VVLG 1F8RA 3SM8A 5HXIA 3D1CA 3DJDA 4B1BA 1PS9A 4KX6A 2B9XA 3QVPA 1YQ4A 4FK1A 1NHPA 1F6MA 2YAUA 1E7PA 1JRXA 1PBDA 1Q1RA 5KOXA 4E0VA 5LV9A 3B3RA 3QSSA 3EF6A 3P4RA 2JK6A 1DOEA 1PDHA 2AAQA 2TPRA 3DK9A 2X8CA 2YM2A 2EQ6A 3RP8A 1ZDLA 2XLPA 2ZZBA 2RABA 3S5WA 4YWOA 2C66A 1Y56A 4GDEA 3P4PA 1VQWA 3CNJA 1N4UA 3UP5A 1KNRA 4K2XA 2OAMA 1TDKA 3M0OA 4OVIA 1PBEA 1HYUA 3NTDA 4OPUA 2YLXA 1GXFA 1NHSA 4ECHA 2QA1A 5M0ZA 1CF3A 1CJ2A 3IWAA 2B7RA 1CJCA 1COYA 2A87A 1DJQA 3PS9A 4C3XA 5M10A 2XDOA 5GSNA 4OPIA 1ZOVA 4H2QA 1MOKA 2VVMA 1KSUA 3AECA 4U8LA 4Z24A 3UOYA 3P1WA 2XLUA 3ITJA 5JCLA 5KXJA 1OJ9A 2FJDA 1BZLA 5CQFA 3AE9A 5HYMA 4BURA 3OZ2A 5IQ4A 3EANA 3FBSA 2C64A 3H8IA 1FL2A 2XFPA 1BGNA 2GMJA 2QAEA 5BUKA 1DJNA 1QO8A 1SEZA 3QFBA 4X4JA 3P9UA 1GESA 1JRYA 1L9DA 1LV0A 1K0LA 5J7XA 2CFYA 1F3PA 1KNPA 1CHUA 3D8XA 1GRGA 3KD9A 5J60A 4OPCA 3GWDA 1ONFA 3AWIA 3NNEA 4AP3A 2WP6A 3UOZA 2B7SA 2X8HA 4Z43A 1GERA 4XXGA 2WPFA 3NYFA 2WPCA 4JDRA 4YTPA 1D7YA 3G5QA 3Q9TA 1CC2A 3IF9A 1XDIA 4A9WA 3E1TA 3KLJA 1PJ6A 1PXCA 2BCPA 2R0PA 2VVLA 2YLZA 3AE1A 4UDPA 1KDGA 1K0IA 3UOXA 4P9SA 3KPFA 4H7UA 3DGHA 2VQ7A 2Z5YA 3AEGA 3LZWA 4H2RA 4J2WA 4OCGA 2XVEA 4YXDA 3NN0X 1LPFA 1E1MA 2YG6A 3CGCA 4XWZA 2OALA 2YQUA 4O5UA 3C96A 4JQ9A 4HB9A 4GRTA 1RP0A 1PJ5A 4BK1A 1OJAA 1B37A 4U8MA 1E39A 3G5SA 3ATQA 4D04A 2IIDA 5BULA 3BHKA 3GD4A 4A6NA 2W0HA 5FS7A 4OPLA 3ABVA 3IHGA 3GD3A 3NG7X 5EB5A 4H4QA 1S3BA 1DOBA 1S3EA 4B68A 3NTAA 4K5RA 2YVJA 4K22A 4WX1A 3QSEA 1L9CA 2R45A 4U8IA 1GREA 2WP9A 2GR1A 1ZY8A 2YG7A 2ARDA 3CTYA 4OPGA 3VRDB 2Q6UA 2XLRA 4OPTA 4C5OA 5C2TA 1FCDA 1VG9A 3FMWA 2YVGA 2YWLA 3ISHA 3M13A 4TM1A 1NPXA 4CCQA 4YSHA 4Z26A 1LQTA 3AE8A 4K7ZA 4I58A 1F8WA 2GB0A 3ICRA 4IVOB 4EIQA 3L8KA 4IV9A 4EMIA 3IC9A 5JCMA 2BK4A 4NTEA 2C76A 1UKVG 2WEUA 2WU5A 1ZMCA 4NTCA 1B4VA 1VG0A 2GAHB 1NDAA 3II4A 2QA2A 1O95A 4JNQA 3GMBA 2Y6QA 1YKJA 4J36A 2IVDA 3CNSA 3UCLA 2GV8A 1DNCA 1XHCA 2FJAA 1OJDA 5EOWA 4CRTA 2APGA 3AD8B 5BRTA 3C4AA 4J57A 1Y0PA 2C72A 2C65A 4H4XA 3UP4A 4EQXA 1M64A 2RGJA 4PABA 4FK1C 2VOUA 2BS4A 4B64A 1LTXR 1YY5A 1PBFA 1ZP0A 4EMJA 4EMWA 4JNAA 3NGCX 3GDNA 1O94A 1XPQA 4H4ZA 3KU9A 4JY2A 1REOA 2WOIA 4YSXA 1H6VA 3AE6A 2XFQA 1DODA 4U8JA 5FS6A 1Z6LA 2CULA 2EQ8A 2H88A 2YG5A 1GRFA 3ICSA 3OC4A 2AR8A 3VRAA 4CY8A 2Y6RA 1VRQB 1TYPA 2YLWA 1M6IA 1GT8A 1JEHA 1RSGA 5IPYA 1ZKQA 2PYXA 3ALMA 5GRTA 1GRAA 3AE7A 1L0VA 2VQBA 3SGLA 3ZYXA 4H4RA 1P2HA 4EQRA 3AYIA 3GYJA 4LIIA 2XFNA 2GR2A 1N4VA 1H7XA 3AE3A 4FDCB 1CC4A 1KFYA 2WDVA 2F5ZA 2FBWA 2J3NA 4M52A 2BXSA 2GMHA 5JCKA 2DKIA 4TLZA 1NAAA 1B8SA 2C3CA 4ZCCA 2BA9A 2X99A 3C4NA 2V3AA 2BK3A 1L9EA 3I6DA 5KRQA 2CDUA 2WDRA 4U2LA 1GV4A 4BV6A 3AEEA 5IQ1A 3ATRA 5FS9A 4H2NA 3R9UA 2R46A 2V6OA 3DMEA 2BCGG 5DBJA 5HY5A 4AP1A 4YSYA 1GETA 3AYJA 4XWRA 3UTEA 1D4DA 2XCGA 3AE4A 3GSIA 4GR1A 1KF6A 1B5QA 2FJEA 2WHDA 3QSMA 4Z44A 3V3OA 4X9MA 2C70A 2VRLA 1QLBA 3AEDA 3LOVA 3UKPA 2JBVA 1D4CA 3NIXA 3BNUA 1PHHA 2B76A 3CN8A 1FOHA 2JKCA 3CPJG 4OPDA 1D4EA 2WOVA 4B66A 1EL9A 2O9ZA 4APNA 4CBQA 1IUWA 2C75A 3DK8A 1PN0A 3DGZA 1XANA 4EM3A 5CKUA 1MXTA 2CVJA 4UDRA 3ZDNA 4BJYA 2R0GA 3DH9A 4YT0A 1AOGA 1YQZA 3CPIG 3DK4A 1TYTA 3UKAA 3AYLA 1Y56B 4Y4LA 3UTFA 4A65A 1GRBA 3AXBA 3GMCA 1H7WA 4C3YA 3AE2A 3LZXA 2R9ZA 3LJPA 1TDFA 4RG3A 2GRTA 4A7AA 3NYEA 4U8OA 1N4WA 1GNDA 2X3NA 1CL0A 3O0HA 3K7MX 1GRTA 1N1PA 3NK2X 2WQYA 2XLTA 3DJJA 3QFAA 4JY3A 2EQ9A 3RNMA 4Y4NA 3K7TA 4LU6A 3FPZA 3H4KA 2Q7VA 2XVJA 1E1KA 2WPEA 3AEBA 3AE5A 3VR8A 3PVCA 3ALJA 4K8DA 1OJTA 1GPEA 2DKHA 1LJ1A 2WOWA 3SFDA 1NENA 3BHFA 3V76A 2R4EA 1LVLA 3EPTA 4MJWA 2YR4A 3CIRA 1PJ7A 2GR3A 2XFOA 4GDPA 4TLXA 1IUUA 4DSGA 2UZZA 1RYIA 2OLNA 4EQWA 2WP5A 2V60A 2GH5A 3KVEA 2GR0A 4U8PA 2ZZCA 1BKWA 3ADAB 1JOAA 2XVIA 3UKFA 2XVHA 1JU2A 2OA1A 4GCMA 3UKLA 2V3BA 3NH3X 4H4TA 2WBAA 1BWCA 1CBOA 2YLTA 4H4YA 1W4XA 4ZN0A 1EL8A 2XVFA 2E4GA 3H8LA 5HHFA 2WU2A 4USRA 3VRBA 5U1OA 4TM0A 1NG4A 4H4SA 1E6EA 4A99A 1PXAA 3RP7A 1LQUA 1S2QA 3JSKA 5KVHA 1TRBA 5JCNA 1TDNA 1BF3A 3CGBA 3NK1X 3T37A 2Q0LA 3BI2A 2C73A 4AOXA 2I0ZA 3KA7A 2BS3A 3CGEA 2V5ZA 2A8XA 4BK3A 4O5QA 1JRZA 4H50A 1F8SA 4RSLA 1IUXA 1FECA 3GWFA 4ZCDA 4AT2A 4NEVA 2ZBWA 4J31A 3M12A 3BI5A 1ELIA 1FEAA 2YG3A 4X9NA 3UTHA 1CC6A 4U8KA 4A6NB 2GQFA 1H86A 3REDA 3DJGX 4NZHA 3DA1A 1IUTA 1VDCA 3AD7B 2QCUA 3NLCA 4CCRA 1DXLA 3AEAA 3LB8A 5KWFA 2XFUA 4GF7A 2X8GA 4D03A 1D7LA 1JNZA 2YR6A 2R0CA 2GAGB 4H4VA 3P4QA 1NG3A 2C67A 3P4SA 4RG4A 3VQRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1TP9A 2YP6A 3URHA 8GSSA 4NV2A 2C4JA 1YQ3A 3G7IA 1PXBA 3IHQA 2GZYA 5FT3A 5B7CA 4V2MA 4DSHA 2GVCA 4IKHA 5EBKA 3GDPA 4JE1A 4NPBA 4MF6A 1XXUA 1YY7A 1CJ4A 1H84A 4J57E 3RP6A 2NTOA 1QUWA 3GURA 4PX1A 2BK5A 5L46A 3COXA 2YZHA 1V58A 5F06A 3GRTA 1GSNA 4U2TA 3F4SA 3QMXA 4BVXB 4YKFA 3FR3A 1GRHA 5TR3A 4UDQA 4N0VA 2M80A 2JACA 1GOSA 2TMDA 4A5LA 1MDKA 3EAOA 5IQYA 1ZOYA 2XLSA 4V1Ag 4WCTA 1TDOA 3DVWA 3QVRA 3AB1A 2YLSA 4GUVA 2RGOA 2RIIA 2VIMA 4IP6A 4GWRA 1EBDA 1J08A 1PSQA 4XS4A 1M99A 2BXRA 1ZOFA 5AN1A 3UTGA 2LSTA 5D9TA 2YLRA 5FS8A 2CT6A 1B8XA 4I97A 3F8RA 3NK0X 2L5OA 2AQJA 3UMAA 2NVKX 4U2SA 1GLPA 1KTEA 4BK2A 2CV4A 4B65A 2H89A 1ABAA 3KJYA 2V61A 5J3RA 2AUVA 2JB2A 2YJ7A 3FG2P 1GL8A 2YPMA 3TJGA 1MDIA 4ML1A 3ICTA 1TDEA 1NHOA 3V3NA 1H81A 4Y4MA 1O73A 1SL0B 2FJBA 2OE3A 5F07A 3FIMB 1TXXA 1GEUA 4LL1B 4ADWA 1OKDA 5A4VA 4B63A 4IVMB 1E1NA 1KSSA 1NEKA 3GYIA 3SFEA 3D22A 2K8SA 4DSRA 4NNJA 5B8AA 3UBKA 2O89A 4B67A 4C74A 1IJHA 5ABRA 3K30A 3L9SA 2EQ7A 5H5RA 4IA6A 2IMKA 4KDXA 3TKSC 2E2GA 3G7JA 4POLA 1NW2A 2VCZA 2GQMA 4JN9A 4EO3A 4C77A 5HR1A 1Z5YE 2A89A 3SQPA 2VVLG 2HZEA 5CRDA 1F8RA 3SX6A 5HXIA 1HQOA 4B1BA 3ED3A 1PS9A 2H72A 2B9XA 1YQ4A 3T2KA 2YAUA 1E7PA 3P2AA 1JRXA 3F3RA 4E0VA 1S3DA 3MDKA 4Q5FA 3ZTLA 4HI7A 4OMVA 5D9VA 2TPRA 4KNDA 3ZLPA 3DK9A 4DSSA 2XLPA 2ZZBA 3S5WA 4YWOA 2C66A 4GDEA 3P4PA 4X43A 3GKXA 4OVIA 4XTSA 1QXHA 2UZ8A 4F82A 1PBEA 4OPUA 2DJ0A 5G30A 1CF3A 4KB3A 2B7RA 1COYA 2LQOA 1MD4A 4C3XA 3SZWA 4H2QA 2HRKA 4JEDA 4Z24A 4YH2A 1VF1A 3P1WA 3RDWA 2OBIA 5KXJA 3HYVA 1DBYA 1GUKA 3BD2A 5IQ4A 4GSTA 4ZBDA 4AJ7A 3UAPA 4MZWA 3IR4A 3FBSA 2C64A 2QAEA 4EF0A 3QCPA 2J9HA 1L9DA 5IIZA 1K0LA 3F9UA 2CFYA 1KNPA 3KD9A 1A2JA 4HQZA 3GWDA 1ONFA 4AP3A 1PRXA 3RPPA 4XRDA 4TR3A 3W6GA 4EXJA 2VM2A 4XXGA 3R2QA 5H5SA 5DDLA 1CC2A 3US3A 4JR4A 1XDIA 4A9WA 1GULA 3BCIA 1K0IA 5ECHB 2GQKA 4J2WA 2OKAA 2VQ7A 3AEGA 2OADA 3GX0A 2XVEA 1TDIA 4YXDA 3NN0X 1UN2A 1LPFA 2WB9A 2P0GA 4EL1A 2P31A 1E1MA 1WE0A 4XWZA 4KUNA 4GRTA 1TK0B 1PJ5A 3HJPA 4NWZA 3I43A 3D4MA 2AV4A 3G5SA 3SZCA 2N5BA 5IMAA 2D2ZA 4RUVA 1A8LA 1QGVA 3GD3A 4Q5NA 3NG7X 3EURA 3T0KA 1DOBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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