4X4J | Genus

Total Genus 134

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	134
sequence length	486
structure length	482
Chain Sequence	DAPVVIAGAGPAGLMLAGELRLAGIGVVVLERLPARTGESRGLGFTARTMEVFDQRGLLRRFGEVQTSDQGHFGGIPVDFGLLDGAHQAAKTIPQSATEAVLEAWAGELGADIRRGHELTGVRDDGDGVAVTVRGPAGEHVLRAGWLVGCDGGRSAVRKAVGFDFPGTAATREMFLADLRGVELEPRMSLPGGMVMVGPLPGGVTRIIVCERDAPPRRRTGPPPFHEVADAWKRITGIDISAAEPVWLSAFGDATRQVTEYRRGRVLLAGDAAHVHLPAGGQGMNAGIQDAVNLGWKLAAVVRGTARADLLDTYHGERHPVGVRLLMNTRAQGLLFLNGAEMQPLRDVLAELTGYPDVARHLAAMVSGLEIAYDVGGGSHPWLGRRLPRLELDRGGRPSSTAELLRPARGLLLDFAGNAALRDRAAPWAGRIDVVTARPAGRVPGATTAVLVRPDGHVAWAAPGTHADLPMALERWFGPAPR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__944647809275865__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__944647809275865__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4X4J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__944647809275865__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"944647809275865","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4X4J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__944647809275865__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00c43c29f7b62267dd6876/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00c43c29f7b62267dd6876/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00c43c29f7b62267dd6876/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00c43c29f7b62267dd6876/pdb.gz): 566 ms

reading 482 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

482 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:481});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Amycolatopsis orientalis subsp. vinearia
publication title	Structural and Functional Studies of BexE: Insights into Oxidation During BE-7585A Biosynthesis rcsb
molecule keywords	Putative oxygenase
total genus	134
structure length	482
sequence length	486
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-12-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01494	FAD_binding_3	FAD binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.120	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4x4jA03
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4x4jA01

3KD9A 4GDPA 1KNPA 1TDEA 2C76A 4MJWA 1ZDLA 4Z2RA 3G5QA 3M13A 1KDGA 4AT0A 3IC9A 2B76A 2R0PA 2C3DA 4XWRA 2V3BA 1GRBA 1CC4A 2R4JA 3ICRA 4LA1A 4B67A 3AEBA 3DK9A 2VVLG 1GOSA 3L1RA 2WPFA 2WDVA 2Y6RA 2BK4A 2V60A 3Q6JA 4H2PA 1SEZA 4J34A 3GYIA 3OZ2A 5EB5A 2C70A 1AOGA 4K8DA 4NTEA 3UKLA 4J33A 4K7ZA 2OLOA 3CN8A 2YG3A 4JY3A 2YLWA 2OLNA 1FECA 4H4RA 4XWZA 2O9ZA 2YVGA 2R4EA 2BXRA 3AE1A 3NLCA 4ZN0A 1GEUA 1LTXR 3PO7A 4J36A 1JOAA 3AYIA 4JQ9A 1D4EA 1LJ1A 3LADA 5FS6A 1D4DA 5KVIA 2CDUA 4Z24A 2JKCA 4A7AA 4U8JA 1DOCA 1KSSA 4AOSA 1VQWA 3CNSA 3QVRA 1H6VA 3GSIA 2GR3A 4WCTA 1E7PA 5LV9A 1X31B 4YXDA 5J7XA 1HYUA 2WDRA 1H81A 3ATRA 4O5UA 1KNRA 3M0OA 1BGJA 3NK2X 3WE0A 2XLPA 4U2TA 3CTYA 3KA7A 2GMJA 4OPLA 1NHRA 1PDHA 2I0ZA 3AE2A 2VZ2A 1E1NA 2BACA 4NZHA 2B9YA 4Y4MA 5EBKA 1EL5A 4YWOA 4FDCB 4USRA 4CCQA 1BKWA 1GRGA 2XCGA 1CJ2A 5GSNA 2XFNA 1ZMCA 3RP6A 5KOXA 1CJ3A 2YLZA 2OAMA 2BABA 3EANA 5HXIA 2XLTA 1LV0A 5HY5A 3DMEA 3UCLA 3AE6A 5C2TA 3G5SA 2C75A 2H88A 4ZCDA 4N9XA 1F8RA 4UDQA 1ZKQA 3AE4A 4CRTA 1N4VA 1PXAA 3AYLA 3NN6X 3KKJA 4BV6A 2BA9A 3BHFA 3UOXA 2GQFA 2XVHA 3CNDA 1H7WA 4K5RA 4HA6A 3S5WA 2WHDA 4U8NA 4C74A 4TM3A 3DK4A 4H4SA 3GD4A 1EL9A 1KF6A 3RNMA 1EBDA 2GH5A 2ZBWA 1JNRA 4BK3A 1TDOA 2ACZA 3DA1A 1RYIA 3C4NA 4H4YA 1ZK7A 3SM8A 2X8CA 5U63A 4OPCA 3V3OA 1D7YA 2WU2A 3DJDA 3F8PA 4H4ZA 3AEAA 2ZZBA 4J31A 4Z44A 2Z5YA 1TDNA 5DBJA 1PXCA 3NTAA 2EQ6A 1IJHA 1E1MA 4JNAA 2CVJA 4YSHA 1P2HA 2B7SA 3CGCA 3QFBA 1IUWA 1EL8A 3CGBA 3FBSA 4H4VA 1OJ9A 2JB3A 4CNKA 4KPRA 2VRLA 3UTFA 1XANA 1NG4A 4BJYA 4YSZA 4J56A 1N4UA 2WS3A 1N4WA 3BHKA 3DJGX 3KLJA 3KPFA 4I58A 4EQSA 4X4JA 5GRTA 3NG7X 1DJQA 3DGHA 4H4UA 4EMWA 4OPGA 5TR3A 2V61A 4JNQA 1N1PA 2XFQA 3LZWA 1BGNA 1K4QA 2YAUA 3GMBA 1Z6LA 3AYJA 2B9XA 2X8GA 3AE5A 4U2LA 2BCGG 2DKHA 3I3LA 3SFEA 3H4KA 3NT6A 5FS7A 2VVMA 5IPYA 2Q7VA 4ECHA 4J2WA 1CJCA 3NGCX 4YSXA 2YLRA 3UKAA 4CCRA 1QLBA 1S3EA 2H89A 4NEWA 1BF3A 1S3BA 1D7LA 1Y56B 3KU9A 1FL2A 4EM4A 4YT0A 5KRQA 4H2QA 4AP1A 3P4RA 4AP3A 1CC6A 5KXJA 2GR1A 2PYXA 3ICTA 2XVIA 2C72A 3SQPA 1JRZA 2JAEA 1Y56A 1E1LA 2FBWA 2V3AA 2IVDA 2Q0LA 3BNUA 2J3NA 1K0JA 3T37A 4XXGA 3QSMA 2CULA 4TLZA 1E1KA 3GWDA 3NIXA 1ZOVA 4Y4NA 3P4QA 2EQ7A 3R9UA 2WEUA 4C77A 4U8MA 1GTEA 2YG5A 2Z5XA 4P9SA 2C7GA 4Z2UA 2C64A 4OPUA 4B1BA 2Q6UA 4A9WA 1GALA 4IA6A 4WX1A 2YVJA 4O5QA 4BK2A 1ELIA 1YKJA 3NKSA 3NYFA 2YR4A 3K7TA 5J60A 1DXLA 3LXDA 1Y0PA 4NEVA 1JRYA 1NAAA 2BC1A 3UKHA 3DH9A 3II4A 2WOWA 4EQRA 3LOVA 3NK1X 4A5LA 5FMHA 1ZY8A 4U8KA 2Y6QA 3IWAA 1E6EA 2YM2A 1PBFA 2RABA 2YLTA 4RG4A 4H7UA 4GF7A 4IV9A 3SFDA 2YWLA 4ADWA 1B5QA 5C3JA 3ATQA 1NHSA 1L9CA 3UKKA 2VQBA 1DJNA 2X8HA 4ICYA 2DKIA 1B37A 4EQXA 4OCGA 5U25A 3UTHA 2BS2A 1CJ4A 1JNZA 2GEWA 3CPJG 1S2QA 1IUVA 3REDA 2YR6A 3C96A 3EF6A 3NK0X 4OPIA 3FG2P 4GUVA 1Q1RA 2F5ZA 2WDQA 3UKFA 1JU2A 2FJEA 5JCMA 4EMIA 1O95A 4Z26A 2WESA 2A8XA 3L8KA 2FJBA 2XLSA 4H4QA 2RGHA 1DODA 4BJZA 3O0HA 1REOA 2FJAA 2XFUA 2AQJA 1CF3A 1B8SA 3V76A 1PBEA 2EQ9A 2YG4A 1GREA 4ZCCA 4DSHA 1XPQA 3D8XA 1H84A 1IUXA 2W0HA 3LB8A 2FJDA 5JCLA 2BYBA 1H83A 3GWFA 1QO8A 2ARDA 3AEEA 1VDCA 1F6MA 3GDNA 1TDKA 2GMHA 2TMDA 3JSKA 1XHCA 3PS9A 2QAEA 3BI2A 3CGEA 1F8WA 1OJTA 2YQUA 3RHAA 4Z25A 1B4VA 1GESA 2BK3A 4FK1A 1KSUA 4C3YA 1OJAA 4FX9A 3GDPA 1IUSA 1GTHA 2XVEA 1LQTA 2RGOA 2XFOA 2YM1A 4J57A 2WOIA 1FOHA 2XLRA 4YKGA 3DGZA 2XFPA 3BI4A 3CNJA 3DJJA 5FS9A 2WP5A 3AEFA 2C3CA 3AE7A 2ZZ0A 4B68A 2WETA 2TPRA 1NEKA 1PJ7A 2B7RA 3AECA 4B65A 4GDEA 5FS8A 4BURA 2YVFA 3QSSA 4TM4A 2C65A 2RGJA 4A99A 2XVFA 4H2NA 4NTDA 4PAAA 1O5WA 1PBBA 3Q9TA 4B66A 2X3NA 4NTCA 4B63A 3B6DA 1FEBA 4I59A 3ALJA 4Z2TA 4DGKA 1H82A 1K0LA 2QA2A 5IQ4A 4YSYA 2GAGB 2GV8A 4DSGA 2GB0A 3P9UA 1TDFA 1UKVG 2R45A 4KX6A 5L46A 3QJ4A 2WU5A 2BS3A 2WPEA 3K30A 3S61A 2JBVA 1YQZA 3AE9A 3C4AA 1PJ5A 4A65A 1QJDA 3H8LA 1MOKA 2B9WA 3D1CA 4TM1A 2YR5A 1ZOYA 4H50A 3M12A 2YG6A 4CY8A 3EAOA 2V5ZA 2WP6A 2E1MA 4YTPA 3UTGA 5BUKA 2E5VA 1H7XA 2ZZCA 5JCNA 4RG3A 1Q1WA 1CL0A 3CGDA 3EPTA 5KWFA 1ZP0A 3ZDNA 1GXFA 3UKPA 2GR2A 3NHOX 4YTNA 2PHHA 5BULA 3AB1A 3LZXA 5KOWA 2R9ZA 3KVEA 4B64A 2GVCA 1F8SA 2WP9A 4X9NA 3ICSA 5IQ1A 4D04A 4AOXA 1NHPA 3AD7B 2Q0KA 4CY6A 1PXBA 1GSNA 3BI5A 5EB4A 2JK6A 3ZYXA 3AE8A 4Z43A 4JN9A 2JB1A 2VVLA 5ER0A 1DOEA 1ZX9A 2V6OA 3ALLA 3NYEA 3NTDA 4H2RA 3V3NA 3AD8B 2QA1A 4EIQA 3F8RA 4C5OA 4USQA 3COXA 2AR8A 2WPCA 1COYA 2BC0A 3QSEA 4GCMA 1RP0A 2UZZA 3IF9A 1E39A 2VRMA 4K5SA 4JY2A 1VG0A 1CHUA 3AEGA 3K7MX 2C67A 2XVJA 2GAHB 3NN0X 2QCUA 3ALMA 3UOYA 1PS9A 3VRDB 1PN0A 4LU6A 3CNTA 4B69A 2BXSA 5JCKA 3NH3X 1OJCA 1PJ6A 1DOBA 1RSGA 1TRBA 2E4GA 4C3XA 1XDIA 1NPXA 1MXTA 3LJPA 3NNEA 3RP7A 3BNMA 1W4XA 3SGLA 5JCIA 2GRTA 1S2YA 3AD9B 2BK5A 4UP3A 4U8OA 1YY5A 2GR0A 3CPIG 3ABVA 3FPZA 5EOWA 2X99A 2A87A 2EQ8A 3PVCA 4H4XA 4IVMB 4UDRA 2WBAA 4IA5A 1M64A 4JDRA 4UDPA 3UKQA 3ITJA 2OA1A 4EIPA 1FCDA 4GR1A 4BK1A 4EQWA 1DNCA 5U1OA 1GRFA 3CPHG 2NPXA 5CKUA 2R0GA 5M0ZA 1GV4A 3FMWA 3HZLA 4REKA 1L9EA 1Q9IA 2CFYA 4K2XA 1K0IA 1MO9A 5HYMA 1BWCA 1GRAA 2BCPA 3P4SA 3UTEA 3RP8A 4YKFA 1KFYA 3GD3A 3NRNA 4LIIA 3VRBA 4Y4LA 1NENA 1O94A 1F3PA 2WQYA 1YQ3A 2XYOA 4H4PA 4CNJA 4YTMA 1PBCA 1FEAA 4H4WA 4D03A 1BZLA 1LPFA 4U8LA 3E1TA 1GRTA 3H8IA 3URHA 4EM3A 1ONFA 4X9MA 3F8DA 2VOUA 4M52A 5CQFA 5KVHA 2NVKX 2WOVA 3DK8A 4HB9A 2IVEA 1IUUA 3OC4A 1LQUA 2YLSA 2YLXA 4EMJA 1PHHA 4OPDA 2OALA 4U2SA 3GRTA 2R46A 4FK1C 1GERA 3DJEA 3AEDA 3AWIA 3UOZA 4DNAA 3GRSA 3AE3A 3VR9A 5M10A 2A89A 1VRQB 4A79A 1YQ4A 1L9DA 1M6IA 4H4TA 1GT8A 2GQWA 1GETA 3CNPA 3GMCA 1JRXA 3UP4A 3AXBA 2IIDA 1NDAA 1OJDA 3CIRA 2YG7A 1JEHA 3I6DA 3UOVA 4RSLA 4A6NB 4CBQA 1CC2A 3K7QX 3UP5A 1GPEA 1VG9A 3ISHA 4IVOB 2XDOA 3ADAB 1GNDA 3B3RA 4AT2A 3VQRA 3FIMB 4APNA 1TYTA 4OPTA 4OVIA 5BVAA 4A6NA 2HQMA 5HHFA 2R0CA 1GRHA 1L0VA 1NHQA 2JB2A 2XLUA 3P1WA 1CBOA 1H86A 2APGA 3P4PA 3QFAA 3IHGA 3NYCA 4E0VA 3VR8A 2GF3A 3IHMA 1V59A 4K22A 1TYPA 1P2EA 3QVPA 3VRAA 5BRTA 4TLXA 1PBDA 3GYJA 4TM0A 1ZMDA 4GRTA 2C66A 1D4CA 4U8PA 1EL7A 4U8IA 2BS4A 2AAQA 1LVLA 2C73A 4PABA 2VQ7A 3G5RA 1D5TA 1IUTA 2X50A 1NG3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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 3ISH A;  4BA7 A;  4IVO B;  2GST A;  3FIM B;  4OPT A;  2PU9 C;  1XCC A;  3ISO A;  2C0G A;  2JL4 A;  2HQM A;  1S3A A;  1PKZ A;  2DJ1 A;  2R0C A;  2OKA A;  3P1W A;  3IV4 A;  2GF3 A;  4IHU A;  1MEK A;  4NPB A;  3FKF A;  4KH7 A;  1O6J A;  4GF0 A;  3IXR A;  3VRA A;  5CRH A;  14GS A;  4DEJ A;  1PBD A;  1ILO A;  3GYJ A;  4TM0 A;  2C66 A;  1R5P A;  3GV1 A;  4JBB A;  4PAB A;  1R7H A;  1G6Y A;  2FA4 A;

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4X4JA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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