4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1NPXA 2NVKX 4USQA 3VRDB 2C72A 4AP3A 1ZYNA 4H7UA 1GPEA 2YG3A 1FEBA 5IQ4A 2X3NA 1LQUA 4EQXA 2BK4A 3EANA 4FX9A 4U2LA 1S2YA 1PJ7A 4X9NA 2C65A 3LOVA 5JCIA 4BURA 3EAOA 1O95A 4JNQA 1OJCA 4JDRA 2WOWA 3IHMA 4GR1A 3UP5A 4FDCB 3UOZA 3UCLA 2FJEA 2Z5XA 4YSZA 3DMEA 3CGCA 3KLJA 3L1RA 1KF6A 3DK9A 3F8DA 2BK5A 1B8SA 4K5RA 1OJAA 2OLOA 3EPTA 1LTXR 4AOXA 5M0ZA 1XDIA 4K7ZA 5KOXA 4Y4LA 2BCPA 1PHHA 1NHRA 3BNUA 5DBJA 3P9UA 4Z2UA 3RP7A 3O0HA 2GV8A 4JY2A 2XVHA 2BS3A 2GF3A 2R46A 4Z44A 1ZOVA 4O5QA 3B6DA 2F5ZA 4X9MA 2R0CA 2YAUA 3P4PA 1FCDA 1IUWA 1CC4A 3DJDA 3NTAA 2XFPA 3RNMA 3UKFA 1N1PA 3AE8A 2JKCA 1B5QA 1NG4A 2EQ9A 1F8RA 1EL9A 2V60A 3II4A 3ISHA 3OC4A 4C3YA 3HZLA 3NN0X 4BK3A 1BZLA 4CCRA 4CY6A 4K22A 4UDRA 3BHKA 2CFYA 2JB3A 1KFYA 5C2TA 1PJ6A 2C73A 2WP5A 3V3NA 2VOUA 3Q6JA 1K0LA 3LB8A 2I0ZA 1CJ2A 3JSKA 4U8JA 1ZOYA 1GRHA 1GREA 1JOAA 2RGJA 3K30A 4OPDA 4U8NA 2YVJA 4UDQA 3H8LA 3GD3A 3DJGX 3H4KA 3NG7X 3AXBA 4B67A 3DA1A 3IWAA 1F3PA 2BACA 4H2RA 3M12A 1CL0A 1IUTA 4EQSA 4H4ZA 4KPRA 1BGNA 2GEWA 2YG4A 3CGDA 4IVMB 1GRBA 1VRQB 4YTNA 4HA6A 4AT2A 5BVAA 4CBQA 4BJZA 1QO8A 2Q6UA 2GMHA 3QVRA 2C75A 1E7PA 1GT8A 1M64A 2WBAA 2WOIA 3E1TA 2VVLG 3VRBA 3S5WA 2XLRA 4U8MA 4BK1A 1DOEA 1DOBA 1N4UA 3C4AA 1JRYA 1O94A 3DGHA 4ZCCA 5KXJA 4YSHA 3SGLA 4OPIA 1LJ1A 3AYJA 2O9ZA 4NTEA 2VZ2A 4JQ9A 5EBKA 5BRTA 2Q7VA 1TDNA 2NPXA 2R4JA 1OJDA 4U8KA 1F6MA 4YTMA 4ICYA 2EQ6A 3NRNA 1NENA 5FMHA 2FJBA 4Z2TA 2C3DA 2V6OA 5EB5A 3NTDA 3AWIA 4H4PA 3AE7A 1JRXA 4H4SA 4OPLA 2E4GA 4B66A 1KSSA 4H2PA 4A7AA 3UKAA 2XLPA 3CPIG 4N9XA 4P9SA 3AE3A 3NK2X 4E0VA 1D4EA 3P4RA 2XLTA 2XLSA 2RABA 4EM4A 4U8PA 2B7RA 2QAEA 2OALA 4MNNA 4U8OA 3GDPA 1K0IA 1TDFA 2GR3A 4EIQA 2WDQA 5M10A 3PO7A 1K4QA 2WPFA 1PXAA 3DGZA 2JB1A 3DH9A 3GYJA 3ALLA 3KPFA 4H4VA 4TM3A 1GERA 4DSHA 1FL2A 5KWFA 3OZ2A 2GMJA 4REKA 4A6NA 3I6DA 5U1OA 1VDCA 4BV6A 1EL5A 4EQWA 4C77A 2ACZA 1LQTA 1GOSA 3AD9B 3AE5A 1GEUA 1XPQA 2J3NA 4OCGA 4OPUA 2QCUA 4OPTA 4RG3A 3AE6A 3ZDNA 2GH5A 4UDPA 2ZZBA 4K5SA 1IUVA 2OAMA 3H8IA 3G5QA 2A8XA 1Q1WA 2XCGA 2BK3A 4IA5A 2YG6A 3AE1A 1K0JA 1YQ4A 1ZMCA 3FMWA 2APGA 1KSUA 1Z6LA 4H50A 2GAHB 2R4EA 4J57A 3CNPA 1ZX9A 1D5TA 3QJ4A 1JU2A 4IVOB 4ADWA 4YSXA 1CJ3A 2TMDA 4GDPA 4H4RA 1MOKA 2R45A 2X99A 2Q0KA 3IF9A 3GYIA 2XVFA 3UOYA 3AE4A 4CRTA 1ZDLA 2OLNA 2ZZCA 2XFNA 2GAGB 4NZHA 2IIDA 3QFAA 1L9CA 1B37A 1D4CA 3IHGA 5FS8A 3UTFA 1N4VA 1V59A 2HQMA 3UKHA 1F8WA 1YQZA 4B64A 2VRMA 4WX1A 1O5WA 4C3XA 2R0PA 3ATRA 2WESA 2YWLA 3QSMA 2R0GA 4A6NB 2B7SA 2YLSA 5J7XA 2WEUA 1BWCA 3VRAA 3ALJA 2ARDA 5JCLA 4I59A 3GSIA 4OPGA 2VRLA 1MXTA 2XFOA 4CNKA 3NNEA 2BS4A 2JK6A 4Z26A 2YLTA 1NDAA 1NEKA 4JNAA 1GTEA 3UKLA 4C5OA 3C96A 4GF7A 5CKUA 3D8XA 3NGCX 3G5RA 2YVGA 3UP4A 1H84A 2V61A 4ZCDA 2IVEA 2RGOA 5KRQA 3ICSA 4U2SA 2XFQA 3NYFA 2Z5YA 3NIXA 2XYOA 3P4QA 3UTEA 1GTHA 2GR0A 3QSEA 4IV9A 4LU6A 1Y56A 1DJQA 1JNRA 2JBVA 2VVLA 3AEDA 2WU2A 2DKIA 4TM0A 4PAAA 5GSNA 5L46A 2VQBA 3VR8A 3M0OA 2B9WA 3CPJG 1CHUA 4C74A 3CGEA 4LA1A 3REDA 4YXDA 4KX6A 1CJ4A 1N4WA 4YKFA 5EOWA 1OJ9A 3AEFA 1TYTA 4EQRA 4Y4NA 1LPFA 1MO9A 1Q9IA 2B9XA 2PHHA 2QA2A 3ZYXA 3KU9A 1LV0A 3DJJA 1JEHA 2E5VA 2XVIA 2YG5A 2A89A 5GRTA 2YLWA 1E1MA 4FK1A 3BI5A 4BJYA 3CNJA 4EIPA 3UOVA 4X4JA 3VR9A 1F8SA 3GMCA 3ITJA 5U63A 1S2QA 2BA9A 3SFEA 3ADAB 2YQUA 2V3AA 4U8LA 4EMIA 1AOGA 1ZP0A 1TYPA 2B9YA 4BK2A 3CTYA 1PXBA 2Y6RA 4MJWA 3LXDA 3Q9TA 3CIRA 1ZK7A 2YR5A 3AEBA 3CNSA 2WDRA 3KD9A 3QVPA 3I3LA 1PBFA 4PABA 4YT0A 2AR8A 1CC2A 2WHDA 1YY5A 3URHA 1QLBA 3GWDA 3S61A 3BI2A 4H4UA 3C4NA 2X8HA 4GCMA 2W0HA 3LADA 1Y56B 1IJHA 4K2XA 5HXIA 1COYA 2X8CA 1H83A 1KNPA 2GR2A 1E6EA 4APNA 4YTPA 1BF3A 1IUSA 1GRAA 4RSLA 2C3CA 4OVIA 5FS9A 4GDEA 2BXRA 3NK0X 2WOVA 1RSGA 1CBOA 1PS9A 1JNZA 3ALMA 3CN8A 2V3BA 3GDNA 3UKKA 3SQPA 3AD7B 2BC1A 1CF3A 3CNDA 1GRTA 1W4XA 2ZZ0A 1BKWA 1S3BA 4TM4A 5JCKA 3T37A 2BABA 2V5ZA 1H82A 2XVEA 4J36A 4J56A 3WE0A 4EMJA 2WP6A 3SFDA 3BI4A 4H4TA 1EBDA 4B1BA 4AP1A 5JCMA 5C3JA 2B76A 4J2WA 2YLXA 1PN0A 4Z24A 3NT6A 3RP6A 2ZBWA 3V3OA 4B69A 1ZYPA 1D7LA 2XFUA 4D03A 4A9WA 1H6VA 1PJ5A 1TDOA 4XWZA 4D04A 3G5SA 3KVEA 5J60A 1XANA 1RP0A 1YQ3A 2AAQA 5HY5A 2XLUA 3IC9A 3AECA 1HYUA 2GRTA 1Q1RA 1NAAA 1GV4A 4TM1A 1FEAA 2BC0A 5HHFA 4O5UA 1YKJA 2X8GA 3P1WA 3D1CA 1ZKQA 1NHPA 4GRTA 4J34A 2WDVA 3GD4A 5LV9A 1XHCA 2H89A 2BYBA 3FBSA 3P4SA 1E39A 2C67A 1ELIA 3GRSA 1CC6A 1LVLA 2YM2A 1Y0PA 1NHQA 5FS6A 3AEAA 3K7QX 3GRTA 2WP9A 3COXA 2WS3A 2IVDA 3AD8B 2YVFA 3LZXA 3PS9A 3ICTA 1DNCA 2YLZA 2EQ7A 4EM3A 1E1LA 2C7GA 3CPHG 1H7XA 1X31B 2WPCA 4USRA 1BGJA 4JY3A 4LIIA 1JRZA 3CNTA 3AB1A 3F8RA 1PBBA 1VG9A 2WPEA 2AQJA 4CY8A 2TPRA 4RG4A 1GRFA 5KVIA 2QA1A 2YM1A 5ER0A 2C76A 3PVCA 5BULA 3V76A 2FBWA 1GRGA 4U2TA 4J31A 4AT0A 2YR6A 4YKGA 4OPCA 3UOXA 3AEGA 4I58A 3RHAA 2YR4A 1ZMDA 4J33A 1EL8A 1GSNA 1P2EA 4JN9A 2BXSA 4U8IA 1P2HA 2OA1A 1UKVG 2CULA 2R9ZA 2XDOA 1L9DA 3DK4A 2YLRA 4AOSA 1M6IA 4H2NA 5KVHA 3VQRA 4HB9A 4B63A 2X50A 2GR1A 3ATQA 2XVJA 3NHOX 3NKSA 2VQ7A 3BNMA 3LJPA 4H4XA 3KA7A 4H4YA 1CJCA 1SEZA 1L9EA 1H81A 3ABVA 3FG2P 4UP3A 1H7WA 1DJNA 3F8PA 3LZWA 4ZN0A 1S3EA 4GUVA 3FIMB 2E1MA 4TLXA 1IUUA 1FECA 1NHSA 2YG7A 4Z43A 1VG0A 3ICRA 1KDGA 5TR3A 1RYIA 5IPYA 3UTHA 3BHFA 1E1KA 3NN6X 3AE9A 1FOHA 2EQ8A 1KNRA 3FPZA 2C66A 2PYXA 4NEVA 1VQWA 1PBEA 1GALA 2UZZA 3R9UA 2GQWA 1GXFA 1QJDA 2FJDA 2GQFA 4XXGA 2JB2A 4DNAA 3AYLA 1IUXA 2CDUA 4XWRA 3CGBA 1PBCA 3AE2A 3NH3X 2GVCA 2RGHA 3GWFA 4K8DA 1DXLA 3UKQA 5BUKA 1DODA 1DOCA 4Z2RA 1D4DA 3AYIA 3NYCA 2C64A 2C70A 4Z25A 3K7MX 1E1NA 2CVJA 4H4WA 4WCTA 3RP8A 1TDKA 4DGKA 2WQYA 4FK1C 3UTGA 1D7YA 1OJTA 4CNJA 4Y4MA 3B3RA 3SM8A 2BS2A 2VVMA 1L0VA 3NYEA 3L8KA 2WETA 1PXCA 3DK8A 3EF6A 1GESA 2FJAA 3KKJA 5IQ1A 4A79A 4ECHA 3NLCA 3QSSA 3GMBA 2A87A 1ONFA 4IA6A 4B65A 1PDHA 4DSGA 5CQFA 2DKHA 3AEEA 2GB0A 2WU5A 4EMWA 5KOWA 1GNDA 3QFBA 3M13A 4NTDA 4TLZA 5FS7A 5EB4A 5U25A 1REOA 1B4VA 1ZY8A 2Q0LA 4B68A 4H2QA 5JCNA 4A65A 2Y6QA 1TDEA 3DJEA 4H4QA 1NG3A 4A5LA 2BCGG 1PBDA 1TRBA 3UKPA 4YSYA 1GETA 3NK1X 2JAEA 4A99A 1EL7A 4NEWA 1H86A 5HYMA 4NTCA 2H88A 4YWOA 4CCQA 4M52A 3K7TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CMIA 3QFBC 3HJOA 2C72A 4AP3A 4ZL9A 4KB3A 2X3NA 4EQXA 2GLRA 3DMLA 3L9UA 1PJ7A 3EAOA 1O95A 2M72A 2Z5XA 3LORA 1OE8A 4H86A 3L1RA 1XW9A 2H6ZA 1OJAA 2OLOA 4MPFA 1LTXR 4AOXA 3C1RA 1B48A 3RHCA 5B6NA 1XDIA 1M2BA 1FW1A 3LJRA 2IPAA 3EWLA 2BS3A 2CVBA 2R46A 4O5QA 4X9MA 4YAPA 2R0CA 3P4PA 1IUWA 3RHBA 4ID0A 3DJDA 3HVNA 3ZRDA 2QKEA 3IV4A 3AE8A 1OC3A 5G2ZA 2ES7A 4NV5A 1EL9A 3ISHA 2MBSA 2MMAA 1ML6A 3NN0X 3TKRA 4BK3A 4I5QA 4IP1A 2DJ2A 4CCRA 14GSA 5DCHA 3HVXA 4CY6A 2CFYA 5C2TA 4RQRA 2VOUA 3Q6JA 1X9SB 2NTOA 3LB8A 1W89A 3GV1A 2HZEA 1Z7PA 4WKWA 1CJ2A 2F8AA 1GRHA 1GREA 4MH2A 4MZWA 4OPDA 3NG7X 1TXXA 4B67A 2I1UA 3IWAA 3GYKA 1U6TA 3M12A 1CL0A 2CZ2A 1IUTA 1Y25A 4POLA 4LMVA 2GEWA 2YG4A 1GRBA 4YTNA 1HD2A 4D73B 2C3TA 2GMHA 2C75A 2WGRA 2WBAA 1QGVA 1FOVA 2H66A 2XLRA 4U8MA 3FEUA 1DOEA 1N4UA 4ZCCA 1YDKA 3M9JA 3S9FA 2O9ZA 4NTEA 2VZ2A 3MIXA 2GQKA 5BRTA 2Q7VA 2QC7A 5A4WA 2NPXA 1OJDA 4YAVA 1AW9A 4ICYA 2DJKA 2V6OA 3KTBA 4IKHA 1PD21 4H4PA 4H4SA 3WGDA 1M0UA 4B66A 3UKAA 1RK4A 3CPIG 1Y6EA 1FAAA 2RABA 4HZ4A 2B7RA 2X4AA 4U8OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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