4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1BZLA 3F8PA 2WU5A 3H8LA 4GRTA 4EM3A 4OPUA 2X99A 2C64A 1BWCA 2R0GA 5M0ZA 3GWDA 1F8SA 2V3AA 1GRTA 1QJDA 1YQ3A 2EQ8A 4N9XA 2R45A 4RSLA 4Z44A 4E0VA 2FJEA 2DKIA 3AE8A 2OLNA 2YQUA 3CGBA 5BVAA 1D7YA 1S2QA 2GEWA 1JRXA 4OVIA 4Y4LA 4AOXA 4AT2A 3QJ4A 3AE9A 2BS2A 3D1CA 1EL8A 2WP9A 2NPXA 2WOIA 3CNDA 3NRNA 5GSNA 1JNZA 2GQFA 5EOWA 4B65A 1CL0A 3IF9A 1GERA 3K7TA 4A7AA 2F5ZA 1CJ3A 3B6DA 2RGJA 2X8HA 2Z5YA 4B66A 1N4WA 3AE4A 3CNTA 2XLPA 4FK1A 3LZXA 4K8DA 4TLZA 4TM1A 4WX1A 5J60A 4ZCDA 3REDA 4JQ9A 5FMHA 1LQTA 3AYIA 3F8RA 1L9DA 4NTCA 3HZLA 4Y4NA 2BS4A 3EAOA 4K5SA 4NZHA 3ICRA 1CF3A 1PJ7A 1PS9A 4GDEA 4FK1C 1JU2A 1YKJA 3P4RA 3DMEA 1H86A 4REKA 2BXSA 2C75A 2Z5XA 4UDPA 1UKVG 3DH9A 3QFBA 4H4QA 3BNUA 1CC6A 2GRTA 1ELIA 3C96A 3D8XA 4U8MA 2B76A 2R0CA 2GR2A 3ATRA 2GF3A 4EMWA 1W4XA 4BK1A 2YM2A 1GTEA 2QA2A 2YLSA 2Q6UA 1DXLA 3BI4A 1FECA 2YR5A 4CNKA 5KOWA 5JCNA 2UZZA 2XVEA 3GYIA 1TRBA 3UOVA 4OPGA 3UOYA 2WETA 1NENA 1GNDA 3EANA 1TDNA 2H89A 3GYJA 3DK8A 2OAMA 4H2RA 4ICYA 4EQWA 2GV8A 3COXA 4C3XA 1BGJA 1N4UA 5U63A 1OJDA 3UOZA 1K4QA 2ZZBA 2X8GA 3AXBA 1GSNA 3UTGA 1YY5A 3NNEA 2XFUA 1E1LA 3PO7A 4BV6A 1B37A 1E6EA 2C70A 2EQ9A 3QVPA 4K5RA 4A9WA 4K2XA 1GT8A 3RNMA 1IJHA 4YSYA 1E1NA 1CC4A 2FJBA 3NIXA 1DJNA 3AB1A 4NEVA 1FL2A 4NEWA 1FCDA 1O94A 4AOSA 1PJ6A 4JDRA 2R46A 3T37A 3RP8A 1GV4A 2BC1A 3CGCA 1D4CA 5HY5A 2C65A 3GWFA 1TYPA 2Q0KA 2H88A 3QSMA 3NYEA 2AR8A 2IVEA 4D03A 1PBEA 3NHOX 4USRA 4H2QA 4A65A 4RG4A 3IC9A 3ALJA 4AT0A 2GR0A 4C74A 2XVHA 4IA5A 3AEAA 2WEUA 4H2NA 2YG4A 4JY2A 4X9NA 1OJ9A 4H4YA 2QAEA 2WQYA 3OC4A 1KF6A 3AD7B 2I0ZA 1CBOA 1DOEA 3AYLA 3UKFA 3H4KA 2WBAA 1COYA 3GMBA 2B9YA 2XLSA 1Y0PA 4FX9A 1PXCA 2RGOA 1NPXA 3AWIA 1LPFA 3CGEA 4Z26A 4XWZA 1S2YA 1KNPA 1O5WA 2R4JA 4YWOA 3SQPA 3ATQA 4JN9A 3DGHA 4KX6A 4NTDA 1IUSA 3P4QA 1GPEA 1V59A 3II4A 2A89A 1HYUA 2Q7VA 4YXDA 2AAQA 2Y6RA 1ZX9A 1D4EA 2ZZCA 3LZWA 4GR1A 3OZ2A 1F8WA 1VQWA 2R9ZA 5CKUA 3LOVA 3UKHA 1JOAA 2IIDA 2RABA 3E1TA 4B67A 4YSXA 1CC2A 3AD8B 1NDAA 1TDKA 4JNAA 2V61A 3DJEA 3FPZA 3FMWA 2PHHA 4OPTA 5IPYA 4GDPA 4TM3A 2WPCA 3S61A 4B69A 1JRYA 3V3OA 3FBSA 3ICSA 4YKFA 2XVJA 4H2PA 1B5QA 1BGNA 1BKWA 1Q9IA 1YQZA 2JB3A 2Q0LA 1LV0A 3GSIA 1KSSA 4ADWA 2YLRA 2YWLA 4IV9A 2YG5A 1NG4A 1XDIA 4JY3A 1BF3A 3QFAA 2GMJA 1Z6LA 2C7GA 1ZMDA 4K7ZA 3LXDA 4J56A 2HQMA 1CHUA 2J3NA 2O9ZA 1GETA 2XVIA 3M13A 3BHKA 2YLXA 2C67A 1MXTA 2JBVA 2XFOA 3AEEA 3LB8A 4U8IA 4B64A 4EM4A 2WPFA 3O0HA 2XYOA 2GMHA 3PS9A 4Z2TA 1ZOVA 4WCTA 2VOUA 1GALA 2GR3A 3Q9TA 1E1KA 1ZK7A 3I3LA 4TM0A 1NHRA 3SFDA 3QSSA 4A6NA 4UDQA 3AE6A 4H4UA 4EQSA 3QSEA 3P4PA 4H4PA 1DNCA 1KNRA 5HXIA 1AOGA 2WP6A 2APGA 2YM1A 1GRFA 4EIQA 2B9XA 3V76A 3C4NA 5EB4A 2XDOA 1MO9A 4Z43A 2VRMA 3AECA 2WDVA 4LIIA 3IWAA 5KRQA 1D7LA 4CRTA 4EIPA 4GCMA 4U8LA 4A5LA 3UTHA 3UKQA 4BJZA 4EQXA 2C76A 1PDHA 1PXBA 3CN8A 1GTHA 4B63A 4YT0A 3DA1A 1GOSA 3NN0X 4NTEA 3NKSA 3NK1X 3GMCA 4GF7A 3S5WA 1KFYA 2ARDA 3IHGA 4LA1A 2BABA 3VRDB 3NK0X 3CTYA 4CY8A 4I58A 5U1OA 2BK4A 4ECHA 3VRBA 3FIMB 2WHDA 1M64A 1ZOYA 2JAEA 3Q6JA 4Z2UA 3NG7X 3KVEA 1GRGA 2JB1A 1DOCA 2OALA 3VQRA 1IUVA 2WOVA 3F8DA 4IVMB 4U2TA 1N4VA 3C4AA 4BURA 4OCGA 3KD9A 2JB2A 2BCPA 4YTMA 2VZ2A 4H50A 3RHAA 1B4VA 4FDCB 4C77A 3AD9B 5IQ1A 4H4RA 1PBDA 4YKGA 3CGDA 3NTDA 1NAAA 3ICTA 3NYCA 4O5QA 1EL9A 4U8JA 5FS6A 3UKPA 3EPTA 3CIRA 2VRLA 1H82A 2VQ7A 5BRTA 1H84A 4D04A 1ZY8A 4H4ZA 4MJWA 4B1BA 1GRBA 1JRZA 4CNJA 1PBBA 4U8OA 2BC0A 3BI5A 1CJCA 1Q1WA 4H4XA 3GDPA 4MNNA 3AE5A 1GESA 1LJ1A 1TDFA 1XHCA 3ALLA 1F8RA 1B8SA 3GD4A 1N1PA 3GRSA 5CQFA 3VR8A 3VRAA 1VG0A 4A79A 3WE0A 1GREA 1H7XA 1ZDLA 5IQ4A 1PBCA 4J2WA 1PBFA 1VDCA 2QA1A 1GEUA 2E4GA 2YR6A 5C2TA 1H81A 1KDGA 2BXRA 2QCUA 3ZYXA 2WDQA 3RP6A 4YSZA 2B7SA 3AEFA 1PN0A 3CNSA 4HA6A 4A99A 4YTPA 3ZDNA 1X31B 2AQJA 2VVLG 3DJDA 1NHPA 2OA1A 4OPIA 3UKAA 2WS3A 4AP1A 3DJJA 4Y4MA 1OJCA 1ZYNA 2FJDA 3AEDA 2CULA 5EBKA 2IVDA 3UTFA 3NN6X 4Z25A 2VQBA 4USQA 2C73A 1LTXR 1ZMCA 3ABVA 3K7QX 3UKLA 1CJ2A 1GRAA 1Q1RA 3NGCX 2B7RA 2YLZA 2YLWA 4KPRA 3BI2A 3B3RA 4PABA 5TR3A 2ZZ0A 2XFQA 1KSUA 4H4VA 3CPJG 1IUTA 2BK5A 2GH5A 1TYTA 2YVGA 3LADA 3CPIG 4J57A 2V3BA 3I6DA 1PXAA 3NK2X 4H4SA 4IA6A 4BJYA 2C66A 1ZYPA 2JKCA 2PYXA 1MOKA 2YVJA 3H8IA 4APNA 4CCRA 2XLRA 4PAAA 1ZKQA 1JNRA 1LQUA 1H7WA 2CFYA 1FEBA 5JCKA 3GRTA 2VVMA 1EBDA 3VR9A 2BS3A 4TLXA 4J33A 1OJTA 4OPDA 1REOA 3AE7A 4AP3A 3G5SA 1NG3A 1F6MA 3ISHA 4C5OA 3G5RA 4O5UA 2WU2A 3NH3X 4BK3A 2V6OA 2GAGB 3SGLA 4TM4A 3IHMA 2FBWA 5JCMA 1H6VA 1L9EA 3CNPA 3K7MX 5KOXA 1SEZA 2Y6QA 1NEKA 2C3DA 5HYMA 3LJPA 2GQWA 1FEAA 4M52A 2GR1A 2TMDA 2WP5A 2VVLA 2WPEA 4XWRA 5U25A 2WOWA 4HB9A 2XLTA 4DSHA 3DGZA 4ZN0A 1GXFA 4CCQA 2CDUA 2WDRA 2B9WA 3AE1A 4H4WA 4LU6A 2TPRA 2YG7A 4J31A 3UTEA 4EQRA 2FJAA 1E1MA 3ADAB 5BUKA 4K22A 5KVHA 2X8CA 3JSKA 3UCLA 5LV9A 1LVLA 3P1WA 3KA7A 3CNJA 1L0VA 1K0JA 4H4TA 5FS7A 4B68A 3GDNA 2GB0A 5JCIA 2V60A 1DJQA 1RP0A 2A8XA 4J34A 3DK9A 2YLTA 2BACA 2ZBWA 2XVFA 3L1RA 1VG9A 1EL7A 1Y56A 1ZP0A 5BULA 1YQ4A 1IUUA 2YAUA 1XANA 2R4EA 4U8PA 2X50A 3P4SA 3NTAA 3ITJA 4UDRA 4YTNA 1GRHA 3URHA 1D5TA 1K0LA 2BA9A 2JK6A 1OJAA 3DK4A 3NT6A 5J7XA 4DSGA 4C3YA 5KWFA 1P2EA 2NVKX 1XPQA 3FG2P 2YG6A 3M0OA 5DBJA 1M6IA 4ZCCA 4A6NB 1F3PA 1DODA 1EL5A 4U2LA 1NHSA 3P9UA 3UKKA 5KVIA 5FS9A 5JCLA 1H83A 3AEGA 1PJ5A 1TDOA 4P9SA 2XFNA 4DNAA 4J36A 2V5ZA 3GD3A 1QLBA 3EF6A 1RYIA 4CY6A 3BHFA 3R9UA 2ACZA 2DKHA 2X3NA 3BNMA 2XCGA 1IUXA 4OPLA 4GUVA 3PVCA 4U2SA 3SM8A 3KU9A 3AE3A 4I59A 3AE2A 4DGKA 3G5QA 3UOXA 5KXJA 4X4JA 2W0HA 3V3NA 3KPFA 5GRTA 3NYFA 4X9MA 1RSGA 2BCGG 3UP5A 1K0IA 2C3CA 1CJ4A 4UP3A 1Y56B 2A87A 2C72A 3NLCA 1ONFA 2YR4A 5ER0A 2YG3A 1PHHA 1S3EA 1TDEA 5EB5A 4H7UA 3QVRA 4Z24A 4EMJA 2BYBA 1NHQA 3CPHG 5FS8A 5L46A 1D4DA 1S3BA 2BK3A 3KKJA 3RP7A 1E39A 3ALMA 2E5VA 1P2HA 4JNQA 3L8KA 2GAHB 2R0PA 2XLUA 4U8NA 4OPCA 3M12A 1FOHA 5HHFA 5M10A 4BK2A 2RGHA 1QO8A 5C3JA 3AYJA 4EMIA 3DJGX 2E1MA 4RG3A 4XXGA 3UP4A 2EQ6A 1L9CA 1JEHA 4CBQA 4YSHA 2WESA 3K30A 3AEBA 2OLOA 2XFPA 3SFEA 4Z2RA 2CVJA 1IUWA 4U8KA 1O95A 1DOBA 4IVOB 1VRQB 2GVCA 2EQ7A 2YVFA 3KLJA 1E7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2K18A 2WU5A 1MD4A 4G9HA 1EGRA 5D9XA 1F8SA 2C3TA 2EQ8A 2V3AA 2V1MA 4GQCA 4E0VA 2FJEA 5IMAA 3AE8A 4USSA 3GIXA 1D7YA 1J0FA 2BS2A 2WP9A 3H8QA 2WOIA 4PQ1A 4F9ZA 3VPQA 5EOWA 4KSMA 4LLRA 3K7TA 4IJ3A 3GKXA 5DCGA 4B66A 4AOXA 4IELA 2XLPA 4K8DA 5J60A 1VF3A 5FMHA 10GSA 3A2XA 1DUGA 4BWSA 4POLA 3WGEA 1M2BA 4L0UA 1CQHA 5ECQB 4HQZA 1JU2A 3KTBA 4ACSA 3DMEA 4TVEA 3DVXA 1LBKA 1UKVG 4KB3A 2OE3A 1VGLA 4TN8A 2FCHA 3QFBA 3BNUA 1CC6A 1OAZA 1TTZA 1ELIA 4MH3A 4U8MA 1E2YA 3UEMA 2GF3A 2C4JA 2WRTA 2ZCTA 2LJAA 2ZNMA 3Q74A 5G5FA 4ML6A 5KOWA 4CNKA 2XVEA 2CQ9A 3GYIA 1TRBA 3EANA 2E7PA 3TDGA 1BGJA 1XOAA 1RQMA 4K6XA 3NNEA 4TR3A 4YAVA 1XW5A 4KAEA 2EQ9A 4JR4A 4K5RA 4G74A 4A9WA 2PGTA 3RNMA 2XPDA 4NEWA 2VIMA 2HSHA 5H5SA 2B6MA 2HYXA 12GSA 2J23A 3CXGA 3CGCA 5HY5A 1WP0A 1GWCA 3NYEA 3NHOX 2RUFA 4A65A 5CAXA 3QCPA 4K2DA 3TJKA 2YG4A 2HI7A 3LYPA 3ZVJD 1OJ9A 3AD7B 3LJRA 1GH2A 2ZUPA 5IMFA 3LWAA 1COYA 1QGVA 2RGOA 3AWIA 2JSYA 4KCEA 1KNPA 1Z7RA 2A2PA 4JR6A 2R4JA 5J5NA 3ATQA 4JN9A 4DEJA 3ZFLA 4LMVA 1TJDA 1GPEA 3EWLA 3I6AA 2GLRA 5H5QA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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