4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1FCDA 2BYBA 2JBVA 2RGJA 4EM4A 1PBCA 3FPZA 2Y6QA 2YG7A 4YXDA 1V59A 1NHSA 2DKHA 1QJDA 2X3NA 3D1CA 1GPEA 4WX1A 4J57A 1W4XA 3L8KA 4U2SA 2OALA 3CPJG 1IUXA 3M12A 1JNZA 1GREA 1DOEA 4YTPA 3AEEA 2VOUA 4REKA 5ER0A 3WE0A 3AD7B 1VDCA 3E1TA 1ONFA 1ZMDA 2X8HA 1PHHA 2XVEA 1ZX9A 1ZDLA 2GMHA 1YKJA 2Q0KA 4BK1A 2WP6A 3VR9A 1GTHA 1HYUA 1M64A 3LZWA 2EQ8A 1IUUA 2W0HA 4K5RA 5C3JA 2YM2A 3K30A 4B69A 2GR1A 3QVRA 3JSKA 2V60A 3R9UA 3BHFA 5TR3A 3CNDA 1XDIA 4A5LA 1D7YA 3NT6A 4DSGA 3AE4A 1OJ9A 2YG4A 2X50A 2Z5XA 1B8SA 2XVJA 3M13A 3DH9A 3NK0X 4OCGA 3DJEA 3VRBA 2YAUA 1NG3A 2BK4A 3I6DA 5U1OA 4Z25A 2TMDA 3UTEA 3CPIG 1IUTA 1OJAA 1CL0A 4A6NB 2NVKX 2XVFA 4Z26A 1Y0PA 1N4UA 1O5WA 2ACZA 1PJ7A 3BNMA 3DJJA 3C4AA 1ELIA 3AEGA 3EPTA 2X8GA 3KD9A 4K22A 1LQUA 1TDNA 3UKHA 4B64A 2R4JA 3OC4A 2X8CA 4TM0A 3AE5A 4B1BA 4P9SA 2CULA 3UKQA 4BURA 1ZYPA 2PHHA 3BNUA 1PXCA 1REOA 2GB0A 2BCPA 4M52A 4OPTA 4A79A 1Y56B 1ZYNA 2GH5A 4DGKA 2B9YA 3BHKA 4LU6A 4B68A 1CF3A 4H2NA 1N1PA 1F3PA 2H88A 1JOAA 1N4VA 2QA2A 5CQFA 1D4EA 1NG4A 1B5QA 1IJHA 2C73A 2C64A 2GAHB 2YG5A 2YLTA 3ATQA 3CNTA 3G5RA 3IC9A 2YG6A 4CBQA 1PDHA 2YM1A 2BK3A 2I0ZA 3PS9A 1PJ5A 3NYFA 4H50A 4Y4LA 5FS7A 3REDA 4H7UA 4H4XA 3FMWA 4H4VA 5HHFA 5KOWA 2WETA 1YQ4A 4H4YA 1EL9A 1BGNA 3GSIA 2OA1A 3B3RA 4IA5A 1E39A 3NN6X 4A7AA 4CRTA 2XLTA 3AB1A 3DJDA 4O5UA 4H4PA 2XFNA 4Z24A 4FK1C 5EB5A 1LPFA 1OJDA 4H2QA 4D03A 3C4NA 3GMBA 4ICYA 1COYA 3EANA 4YKFA 4HA6A 3L1RA 1Q1RA 4TM1A 3P9UA 4B67A 3V3OA 1JNRA 2BCGG 4AT0A 2GR3A 1NHRA 3AYJA 2WQYA 2FJEA 5JCLA 1X31B 4NZHA 1GNDA 3CGEA 4IA6A 4YSXA 2XLRA 2VVMA 3NYCA 3NG7X 4TLZA 4AOXA 4JDRA 2YG3A 1E1NA 2WS3A 3UOVA 1TDOA 3AE9A 3AEBA 1CJCA 2XLPA 3CNJA 4K7ZA 4U8IA 5IQ4A 1GEUA 1YQ3A 3LZXA 4BJZA 4ECHA 3LJPA 4H4SA 4K5SA 4Y4NA 1TDFA 2EQ6A 4ZCCA 1LVLA 1NENA 2WPEA 3IHGA 1PN0A 2BACA 2C3CA 1FEBA 4CNJA 2YVJA 2BABA 1E1KA 1NDAA 1E6EA 2WP5A 1B4VA 1VG0A 2V61A 4EIPA 1DNCA 2QA1A 2YQUA 5EOWA 3UOXA 4BK2A 3DGZA 3EF6A 1CHUA 3QSEA 1S2YA 2WOWA 4OPGA 1GETA 1PBFA 4USQA 1OJTA 3NLCA 1KDGA 1Q9IA 1P2EA 2FBWA 2Z5YA 3II4A 3V3NA 1LTXR 1BZLA 4C5OA 4Y4MA 2RABA 3G5SA 1KSSA 4GCMA 4I58A 4ADWA 3ATRA 2BC0A 2R46A 1ZOVA 3UOZA 1DXLA 3ALLA 4OPIA 3AYLA 4J36A 3NHOX 3UTGA 3NTDA 3H8LA 4OVIA 5U63A 5FS8A 3FBSA 3AWIA 3DA1A 3FG2P 3SQPA 3UKKA 1JU2A 1IUSA 2R4EA 1B37A 2UZZA 2WOIA 3ITJA 3RP6A 5LV9A 4U8LA 5M10A 4AP3A 4USRA 3SFEA 1ZP0A 4ZN0A 3GD3A 4MJWA 2GR2A 1JEHA 2VRMA 2WEUA 4EQSA 1CBOA 3NTAA 4WCTA 2YWLA 2JB2A 3AEFA 1K0LA 1GALA 1O94A 2GRTA 1BGJA 1DOBA 1H83A 1GSNA 4IVMB 1D7LA 3GMCA 3EAOA 2E5VA 3VR8A 1GERA 1D4DA 5FMHA 1ZKQA 4BV6A 1CJ4A 4U8JA 2DKIA 1D4CA 1TDKA 2GAGB 1K4QA 3P4PA 4E0VA 1H84A 5EB4A 2E4GA 3VQRA 2V3BA 1KFYA 1GRAA 2VVLG 2PYXA 1L9DA 3DGHA 4TM4A 4NTDA 3AE3A 4C3XA 1EL8A 4OPUA 1FEAA 2WU2A 2WOVA 5CKUA 2FJAA 2Q0LA 1DODA 1H7XA 3NK1X 4I59A 4JY3A 4YTNA 1K0JA 3ICSA 4B66A 5HYMA 1QO8A 3UP4A 4EQWA 3ISHA 4J31A 4OPDA 2C76A 1GESA 3VRAA 4EM3A 2VQBA 2V5ZA 1M6IA 2C7GA 2WPCA 4TM3A 4BJYA 2HQMA 1N4WA 3PVCA 3DK4A 1XHCA 3NK2X 1CJ3A 1SEZA 2WDVA 3CPHG 4J34A 2R9ZA 1Q1WA 1RP0A 3KLJA 4AOSA 3ICTA 2JAEA 1H86A 3KPFA 4OPLA 4U2TA 4YKGA 1CC6A 4XWRA 5GRTA 3NIXA 5U25A 4YSHA 5BRTA 2BK5A 5J7XA 2WU5A 3DJGX 3F8DA 3RHAA 2Q7VA 4CCQA 5GSNA 5J60A 2GR0A 2B7SA 4J56A 3F8RA 2FJBA 4A99A 4EQRA 3P1WA 1PBDA 3ICRA 3H8IA 4YSZA 5JCIA 2XLUA 2C65A 1UKVG 1GRGA 2XFQA 2A8XA 1MXTA 3CGCA 2WDQA 4IVOB 4D04A 3KKJA 4U8OA 3HZLA 3UCLA 5IQ1A 4YT0A 3CIRA 4GDPA 1GXFA 4Z2TA 1Z6LA 2B9WA 3F8PA 3UOYA 1ZK7A 4EMWA 3Q9TA 4FX9A 3UKPA 1GOSA 1TYPA 4H4QA 4C3YA 2Q6UA 2VQ7A 2NPXA 2WESA 2YR5A 3AEAA 2C72A 2XFOA 4RG3A 2WDRA 3O0HA 5KWFA 1EBDA 1KF6A 2H89A 1H81A 2QAEA 3G5QA 3GYJA 3QJ4A 2WPFA 2A89A 1CC4A 1YY5A 3COXA 4N9XA 1FECA 1P2HA 3C96A 2OLNA 3M0OA 1PXAA 4K8DA 3GRTA 1PBBA 1GV4A 3P4RA 4B63A 1DJQA 4AT2A 2EQ9A 4CY8A 1GRHA 2VZ2A 2AR8A 4NTEA 3UTHA 2C70A 3URHA 1EL7A 3UKAA 3S61A 1PJ6A 4H4WA 1VRQB 3AECA 1F8SA 3LB8A 1E1LA 3DK8A 4X4JA 4MNNA 4CCRA 2BA9A 2GEWA 1KSUA 4GUVA 4GRTA 1L0VA 3BI2A 3GD4A 3AE7A 3UKLA 1GRTA 1H6VA 2JB1A 1KNRA 5L46A 5JCMA 3QSMA 4UDPA 2CFYA 4H4RA 3DK9A 1O95A 2C75A 3KU9A 1F8RA 2ZZCA 4X9NA 5M0ZA 1LV0A 4IV9A 4NEWA 3NN0X 4Z43A 4EMJA 2XVIA 2B7RA 3CNSA 1NAAA 5FS6A 2OAMA 5DBJA 4Z2UA 5HXIA 1E7PA 3AE6A 5JCNA 1NHQA 2GQWA 4H4TA 3VRDB 2FJDA 2C3DA 3K7TA 2EQ7A 3LXDA 5C2TA 2BS2A 1ZOYA 4GDEA 4YTMA 3RP8A 4TLXA 1GRFA 2YLXA 1GT8A 3IWAA 4RSLA 4U2LA 2J3NA 4Z2RA 3CNPA 4X9MA 3SGLA 2C67A 1BF3A 1H82A 3K7QX 4APNA 4YSYA 3LADA 3GWFA 4RG4A 4GF7A 3UP5A 5BUKA 1K0IA 2APGA 3NRNA 4A6NA 2XLSA 3CTYA 2AAQA 1KNPA 1JRZA 1ZMCA 1F6MA 5KOXA 1PXBA 2VVLA 4O5QA 3CGBA 2F5ZA 2B76A 2ZZBA 4JN9A 1H7WA 4NTCA 3UTFA 2C66A 2XYOA 1BWCA 3GWDA 1S3EA 1XPQA 2RGOA 4YWOA 4J33A 3CN8A 3S5WA 3FIMB 2B9XA 3AEDA 3AYIA 1L9EA 3V76A 1QLBA 2QCUA 4LA1A 4DNAA 2YLRA 4ZCDA 1Y56A 3GDNA 2O9ZA 2WHDA 2XVHA 1TRBA 1YQZA 2XCGA 4JNAA 2GF3A 2R0PA 3RNMA 4EMIA 3RP7A 5IPYA 3AE8A 5HY5A 3GYIA 2IIDA 4H4UA 2WBAA 2JKCA 5KVIA 1RSGA 5KRQA 4H2RA 3K7MX 2R0GA 4CNKA 5BULA 4PAAA 4U8PA 2TPRA 2GQFA 4KX6A 2XFPA 1DOCA 1BKWA 5EBKA 1NPXA 4B65A 4BK3A 1EL5A 2V6OA 3B6DA 3KVEA 1VG9A 1GRBA 4HB9A 2BXSA 2AQJA 3AE1A 4KPRA 1E1MA 2BS4A 4UDQA 3BI5A 1CC2A 3QFBA 3SFDA 4FK1A 2BC1A 1RYIA 1NEKA 3CGDA 3T37A 1TYTA 2VRLA 2CDUA 3ABVA 1AOGA 1VQWA 2A87A 2Y6RA 3D8XA 3QSSA 1JRXA 4Z44A 2YLSA 3AD8B 3AXBA 4GR1A 3IHMA 2YLZA 4DSHA 2R0CA 1NHPA 1XANA 1OJCA 4K2XA 2XFUA 2BS3A 4U8KA 2XDOA 4H4ZA 3NNEA 2YVFA 3SM8A 4A65A 3P4QA 5BVAA 5KVHA 4H2PA 1D5TA 3QVPA 4LIIA 3AD9B 2BXRA 1FL2A 2R45A 2GV8A 1LJ1A 3NGCX 3NKSA 2V3AA 1TDEA 3PO7A 2CVJA 3AE2A 3NYEA 4A9WA 4C77A 1PBEA 1PS9A 5FS9A 4EIQA 3H4KA 3UKFA 1S3BA 1IUWA 1GTEA 2ZBWA 3ADAB 3ALJA 3GDPA 2GMJA 2ZZ0A 1CJ2A 2YVGA 1LQTA 2GVCA 3IF9A 3Q6JA 4JQ9A 3I3LA 1DJNA 4NEVA 1F8WA 1IUVA 1MOKA 2IVDA 3LOVA 1L9CA 1MO9A 2YR4A 4XXGA 3P4SA 3BI4A 2X99A 3NH3X 3DMEA 2ARDA 4FDCB 4C74A 3KA7A 3ZYXA 4U8NA 2IVEA 2E1MA 4UDRA 3OZ2A 4JY2A 4U8MA 2RGHA 3GRSA 1JRYA 4OPCA 4XWZA 4JNQA 4PABA 1S2QA 4J2WA 3QFAA 2YLWA 4EQXA 2YR6A 1FOHA 5KXJA 2WP9A 3ZDNA 5JCKA 4AP1A 2JK6A 2OLOA 1ZY8A 4UP3A 3ALMA 2JB3A 4CY6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RGJA 5D8IA 1PN9A 1W4VA 2P31A 2DKHA 1V59A 1QJDA 4MPFA 3Q18A 1VF4A 2MBTA 4U2SA 2V32A 2YV7A 1GREA 2BRAA 3AY8A 4TXOA 1ZMAA 2JSYA 1ZMDA 1PHHA 1KEBA 3A5WA 2B7KA 4JR4A 1ZDLA 12GSA 1HYUA 2V1MA 1TOFA 3TKQA 3ZLPA 2YM2A 3K30A 4B69A 3QVRA 2CQ9A 3R9UA 5TR3A 3FY7A 1XDIA 3NT6A 1OJ9A 2Z5XA 3DXBA 4XS1A 2XVJA 2E2GA 2BK4A 4F9ZA 4MDCA 4Z25A 4NHZA 1F6MC 1Y0PA 1PJ7A 3EPTA 2X8GA 4IKHA 1LQUA 3HJPA 2PUKC 3D22A 3OC4A 2X8CA 3UMAA 3AE5A 5IQYA 3LXTA 4B1BA 3Q6OA 5AIVA 4BURA 3LSZA 3F3QA 4LMWA 1JZDA 3BNUA 1PXCA 1REOA 2O85A 4OPTA 1AC1A 1AQVA 3GA4A 4LU6A 4P3YB 4JEDA 5CQFA 3KCMA 1IJHA 1GSDA 2GAHB 3CNTA 1V57A 1PDHA 2YM1A 4NMUA 2BK3A 3PS9A 4H50A 1MD3A 1XVWA 4H7UA 4J57E 5HHFA 3C8EA 1EL9A 1PGTA 3R2QA 3MIXA 4G19A 2OA1A 5G5FA 3ZZXA 1B9YC 1E39A 4O5UA 1SK2A 1OKTA 1LPFA 4H2QA 3US3A 3GMBA 3L1RA 3O76A 3DVXA 3P9UA 2MBSA 3CSJA 3AYJA 3GYKA 2C0EA 2FJEA 5JCLA 1T8EB 4AOXA 3CMIA 4JDRA 3KH7A 2WS3A 4NPBA 1TDOA 3AE9A 1CJCA 2XLPA 1ML6A 2CX4A 5AN1A 4ECHA 3H8QA 3RPPA 4KDXA 4H4SA 1IYHA 3G7JA 4Y4NA 2JZRA 3KMNA 1PN0A 4KAEA 4CNJA 3S9FA 2MMAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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