4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
100200300400500020406080100120140160
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
1M64A 1IUSA 3UKHA 3AD9B 1GRBA 2WU5A 1TDOA 1CBOA 2C75A 3QJ4A 1H83A 1H86A 1VRQB 2JB1A 4NZHA 2VVMA 3M12A 2OLOA 5EBKA 3AWIA 5KVIA 2VOUA 4U2TA 2YVJA 4BK1A 4H4PA 2FJDA 2XYOA 1TDFA 2ZZ0A 1KNRA 3QVRA 4K5RA 3ATQA 1PBBA 3UOYA 2GVCA 1VG9A 2BA9A 4A6NA 3GSIA 3C96A 2H89A 2H88A 3AE6A 3IHMA 4UP3A 1RSGA 2WP9A 5U25A 5JCMA 2BK3A 3NYFA 3UKFA 3UTHA 4B69A 3CNSA 4ICYA 4TM4A 4BJYA 1BGJA 3RP7A 3FPZA 1FEBA 2C72A 2APGA 2GMJA 3SFEA 2VVLA 4B1BA 4EQWA 4Y4LA 3AEGA 2BC0A 2YG7A 3ITJA 1XDIA 2XVJA 5IQ1A 3CNPA 3VRDB 4NTDA 1NDAA 2YQUA 1GRTA 1GTHA 1JNRA 1YQ4A 4OPUA 2WBAA 3KLJA 3SM8A 3AB1A 2R46A 2BACA 2VQ7A 3R9UA 5IQ4A 4BK2A 3CNTA 1M6IA 3S61A 3UTEA 4JNQA 2WDVA 4RSLA 3ICTA 2EQ8A 1PJ7A 2B9YA 3EAOA 4TLZA 4OCGA 2AAQA 4M52A 1DOCA 4X9NA 1GTEA 4LA1A 1L0VA 3P4PA 3GD3A 2JKCA 2GMHA 3CNDA 3ALJA 3DMEA 4H2RA 1RP0A 2ARDA 4TM0A 4EMWA 3RP8A 2GB0A 3OZ2A 4IA5A 3V3OA 4C3XA 4TM1A 1GSNA 4XWZA 2B9XA 5GSNA 2PHHA 3ALLA 4DNAA 4A6NB 3KVEA 2CVJA 4K22A 4ECHA 1DNCA 4GDPA 1GPEA 3ZDNA 2Q0LA 3CPIG 4C77A 1QO8A 1LTXR 2BXRA 2YG4A 2ZZCA 1XHCA 2C7GA 2XFPA 2GR0A 2XLSA 4EM3A 1JU2A 1LQUA 2Q6UA 2YLXA 1E1LA 4OPDA 3AYJA 4A99A 1L9DA 3DJJA 1RYIA 1ZOVA 3AEDA 2C3CA 2ACZA 2C67A 3UKKA 1EL8A 3IWAA 1N4UA 4JQ9A 4A9WA 4WCTA 2XFOA 1GOSA 1NENA 4Z43A 1BGNA 5J60A 1KF6A 3KU9A 3UKAA 4FK1C 2WPFA 2BCPA 4YKFA 1TDEA 2GV8A 2IIDA 3F8PA 2YLRA 2GAGB 3SQPA 3ICRA 4PAAA 4YXDA 4KPRA 1ZX9A 1B37A 4EQRA 3QVPA 4A7AA 1VG0A 4Z2UA 3UOVA 1GREA 1H7XA 3V76A 2FBWA 2Q7VA 1ONFA 1GXFA 3AECA 2AQJA 2ZZBA 3BI4A 4HB9A 2B9WA 1DOEA 3GDNA 1DOBA 1DODA 3NK0X 2DKIA 2V3BA 4U2LA 2PYXA 1PJ6A 2R4EA 3QFBA 3I6DA 3G5SA 2A87A 4HA6A 3ADAB 1NHPA 3K7TA 2YLSA 4OPTA 3AYIA 3O0HA 5KVHA 5GRTA 4UDQA 4Y4MA 2WQYA 1ZP0A 3FG2P 2A89A 2CULA 3KKJA 2XFQA 3PS9A 3AEEA 3M13A 3NGCX 1PXAA 1JRZA 2TMDA 3B6DA 3S5WA 1VQWA 3SFDA 3G5QA 1PBCA 2X8CA 3EANA 4XXGA 4ZN0A 4U8LA 1IUWA 2VZ2A 2W0HA 3IC9A 1JOAA 4APNA 1P2HA 2V60A 1H7WA 3H8LA 3ZYXA 3AEFA 3AE4A 1KDGA 3NYCA 1ELIA 3L8KA 2JBVA 4GDEA 2DKHA 1VDCA 4AOSA 5JCIA 2IVDA 4H4VA 3GWFA 1H81A 4H4TA 3RHAA 1IUUA 1NHSA 3FMWA 2EQ6A 2QA1A 2RABA 2GF3A 1B4VA 2CDUA 2R0CA 1GT8A 3K7MX 1FEAA 5BULA 4KX6A 3AEAA 4O5QA 2NPXA 2WPEA 1MXTA 3GMBA 1EL7A 5U1OA 3LOVA 2WOWA 3F8RA 2WDRA 2JK6A 3IHGA 3P4RA 4J2WA 1CC2A 2R45A 3M0OA 1GRFA 2C73A 3LB8A 2VRLA 4GCMA 4C5OA 4GRTA 2F5ZA 3GRTA 1FCDA 2Y6QA 1LVLA 3NHOX 3UCLA 2YVGA 3GRSA 1O95A 3P4QA 4GR1A 4D04A 1XANA 3NNEA 2YR5A 4P9SA 5DBJA 2RGOA 1D7LA 2BYBA 4C3YA 3AD8B 1PS9A 2WEUA 1CF3A 1H84A 3K30A 3NN6X 1CJ2A 4E0VA 4Z25A 4U8JA 1NPXA 4YSXA 4C74A 1TYTA 2YVFA 3NTAA 3NYEA 1D4EA 1H82A 1FECA 1KSSA 3ISHA 2GH5A 3NRNA 4JN9A 1ZMDA 2BS2A 2C76A 4ZCCA 1DXLA 1NG3A 1X31B 1FL2A 1Y0PA 3BI2A 3BHFA 5BRTA 2UZZA 2WU2A 3CTYA 3NK2X 3DGHA 1EBDA 1Q9IA 3CN8A 1DJQA 1IUVA 4H7UA 2XLTA 1E39A 2I0ZA 4NTEA 1F3PA 1PBFA 4FK1A 5KOXA 1IJHA 1MOKA 4K7ZA 4RG4A 2C66A 4AP1A 1YY5A 2ZBWA 2E5VA 1QLBA 1GETA 2WETA 3DA1A 4DSHA 1CL0A 1ZYPA 1LPFA 3SGLA 2X99A 1D4CA 3B3RA 4I58A 3UP5A 4J36A 4CRTA 1V59A 2GQFA 2XCGA 1JRXA 5FMHA 5HY5A 3WE0A 2QA2A 3AE2A 3II4A 2JB3A 4YSYA 3T37A 2NVKX 4XWRA 5KWFA 4U8KA 3NKSA 1YQZA 3NK1X 2GAHB 2BS3A 3PO7A 4CNJA 1F8RA 1OJTA 3UKLA 1NAAA 1S2QA 2YR6A 5CKUA 3CPJG 4H50A 2Z5XA 3DJGX 4USQA 5FS6A 3V3NA 3LZWA 5EOWA 3VR8A 1KNPA 3G5RA 2V61A 4H2QA 3ATRA 2XDOA 1YQ3A 4H4QA 3VRBA 2YG3A 1Z6LA 2VVLG 4K2XA 1LJ1A 4FDCB 4OPIA 1GEUA 1ZY8A 3QSSA 2YR4A 4X9MA 2WPCA 3GYJA 4EMJA 4BURA 1JRYA 1QJDA 4BJZA 1F6MA 4OPCA 1GRGA 4YKGA 4Z2RA 2Y6RA 3NN0X 4H2PA 4O5UA 4EQSA 1LV0A 3OC4A 1Q1WA 4JDRA 4K8DA 3AD7B 1NHQA 3LXDA 1GRAA 2V6OA 4H4SA 5JCNA 3C4NA 1GERA 1CJCA 1E1KA 1F8SA 4H4ZA 5C3JA 5KRQA 3KD9A 2R0PA 3NH3X 3K7QX 4UDPA 2X8GA 4DGKA 2XVEA 1EL9A 1GALA 2BABA 2YLWA 3D1CA 3KPFA 5EB4A 1P2EA 1ZMCA 2BS4A 3FIMB 1E6EA 4YWOA 4YTNA 3AE5A 3DGZA 3UOXA 1TDKA 3ALMA 2CFYA 5L46A 2Z5YA 5IPYA 1N4VA 3UKQA 2XLUA 4BV6A 2FJAA 2GRTA 2R0GA 1B8SA 2X50A 2X8HA 1YKJA 3BHKA 4IVMB 4X4JA 3UTFA 1TDNA 2XLPA 1K4QA 2TPRA 3DK4A 2XVFA 3BNUA 1CJ3A 4B67A 2EQ7A 1BZLA 1PXBA 1JEHA 3E1TA 4N9XA 5EB5A 4J33A 1IUXA 1E1NA 3L1RA 3QSMA 3EPTA 1MO9A 1KSUA 1NG4A 4I59A 1N1PA 4U8IA 4B64A 4GUVA 1PBDA 2FJBA 4EQXA 4D03A 1DJNA 4YT0A 2B7SA 3AYLA 5LV9A 4NTCA 1ZK7A 4OPLA 1CC6A 1PBEA 2BCGG 2YAUA 2YM2A 2O9ZA 3AEBA 4B68A 3AE3A 1Y56B 2BC1A 2YM1A 1K0LA 3UKPA 4A79A 5C2TA 4USRA 2JB2A 2QCUA 2YWLA 1IUTA 2A8XA 2YLZA 2C64A 4H2NA 4K5SA 3IF9A 1AOGA 1OJCA 4AP3A 3VRAA 4EMIA 4EIQA 4LU6A 4DSGA 5J7XA 2OLNA 4H4UA 4JY2A 5FS8A 4U8PA 4JY3A 2C70A 4NEVA 4Y4NA 4NEWA 4WX1A 1ZYNA 1B5QA 2WP6A 3H8IA 3QSEA 1BKWA 3DK8A 4H4XA 2RGJA 4MNNA 2XFUA 3UOZA 4TM3A 3NIXA 2YG5A 4B63A 1REOA 4Z24A 5M10A 3AE1A 3UTGA 1F8WA 5JCKA 2X3NA 4U8NA 2WP5A 5BVAA 1GNDA 5FS7A 2C65A 2VRMA 4CCQA 3DH9A 2JAEA 1PDHA 3P1WA 2XVHA 1L9CA 2GR1A 3CNJA 4J34A 4IV9A 4Z26A 3CGDA 4H4YA 1UKVG 3CGCA 4CY6A 5HHFA 2IVEA 3JSKA 1OJ9A 1PXCA 3UP4A 3RP6A 3P9UA 4AT2A 2E4GA 3CIRA 3NLCA 5KOWA 1COYA 1CHUA 1GRHA 1PHHA 1TYPA 1S3BA 4BK3A 2BK5A 4REKA 2BXSA 1E7PA 1D4DA 2B76A 1K0JA 4J56A 4B65A 2R9ZA 1FOHA 1SEZA 2RGHA 4U8OA 2WESA 5JCLA 3LZXA 1HYUA 2V3AA 2GEWA 1ZOYA 2OA1A 4Z44A 3PVCA 3P4SA 1CC4A 3GMCA 2E1MA 3NT6A 4CY8A 1PJ5A 2WHDA 3DJDA 5HYMA 2AR8A 2YG6A 2OALA 2GR3A 2WOVA 4YTMA 3GDPA 3NG7X 4ZCDA 3DK9A 3CGEA 3FBSA 3GWDA 1H6VA 1K0IA 3GYIA 5CQFA 3VQRA 3AXBA 5ER0A 5HXIA 1O5WA 1D5TA 3H4KA 2WOIA 2XVIA 3CGBA 5TR3A 4OVIA 1NHRA 4JNAA 4CBQA 4CNKA 1TRBA 3QFAA 4Z2TA 3D8XA 3BNMA 2BK4A 1EL5A 2VQBA 4J57A 4GF7A 1LQTA 2R4JA 1Q1RA 3ABVA 3AE9A 1OJAA 1CJ4A 4IA6A 1Y56A 2QAEA 1O94A 3GD4A 4B66A 3VR9A 3CPHG 3BI5A 4EM4A 4YSZA 2B7RA 2Q0KA 2WS3A 3HZLA 3Q9TA 1OJDA 1BF3A 3DJEA 5U63A 1D7YA 4RG3A 2YLTA 3F8DA 2C3DA 4UDRA 4YSHA 5M0ZA 1GV4A 1S2YA 3KA7A 4ADWA 4AOXA 2XFNA 3AE7A 4EIPA 3LJPA 1PN0A 1S3EA 1E1MA 2GR2A 2XLRA 4A5LA 3RNMA 1BWCA 3AE8A 1ZKQA 4MJWA 5FS9A 3EF6A 3I3LA 3Q6JA 4CCRA 2GQWA 2OAMA 5BUKA 3ICSA 2FJEA 3NTDA 1N4WA 5KXJA 4AT0A 4A65A 4YTPA 4FX9A 1GESA 4OPGA 4H4WA 2V5ZA 3COXA 1XPQA 1ZDLA 4TLXA 4U2SA 1NEKA 1JNZA 4H4RA 4IVOB 4LIIA 3REDA 2HQMA 4PABA 3LADA 4U8MA 2EQ9A 4J31A 3URHA 2WDQA 1KFYA 2J3NA 1L9EA 1W4XA 3C4AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IUSA 4DEJA 3AD9B 5D9TA 1CBOA 1XG8A 1H83A 3I6AA 2VVMA 3M12A 5KVIA 2VOUA 3VWXA 5CRHA 3Q6OA 1TU7A 5J3RA 4GCIA 3QVRA 4BL7B 3BCKA 3UOYA 3ME8A 1ML6A 4A6NA 3GMFA 2R37A 3C96A 3ZL5A 3HCZA 4KW6A 4UP3A 1RSGA 5U25A 2B7JA 2MMOA 2BK3A 3NYFA 3UKFA 4B69A 4TM4A 1UN2A 1DBYA 1BGJA 3RBTA 4FO5A 2C72A 2IJYA 3SFEA 4TXVA 3APOA 2DJ3A 2YG7A 2YWMA 5IQ1A 2VCXA 3IK7A 2V1MA 4TR1A 2HT9A 5HR2A 3F6DA 4ECCA 1T4YA 3ZIVA 4EUYA 1AC1A 1FOVA 2R2JA 1DSBA 4ML6A 2OE1A 3SM8A 2CVBA 2XBQA 3DWVA 3FHKA 3AB1A 3TJKA 2FCHA 2VQ7A 3EE2A 1PSQA 3LQ7A 5KMRA 1SL2B 5JWOB 1YEPA 4JNQA 3ISOA 1YEXA 4XS6A 5ECSA 2EQ8A 1PJ7A 3T2YA 3KXOA 4G0LA 4OCGA 4GSNA 4CDOA 2IMFA 3N5OA 1GL8A 2DC5A 1OAZA 4AJ6A 4TM0A 2GB0A 3RPPA 4C3XA 2F8FA 4TM1A 2B9XA 3R2QA 4A6NB 1SU9A 2WULA 4MF6A 2GSSA 2X49A 3HA9A 3CBUA 1X5EA 1DNCA 4GDPA 3ZDNA 1Q98A 3MWHA 4WF4A 4HZ2A 3ZZXA 3ZRDA 3KP8A 1LQUA 4HJ2A 1BYEA 1RYIA 1N8JA 3AEDA 1BAYA 3KCMA 4PQHA 1N4UA 4WCTA 2P0GA 2PPTA 3RHCA 1NENA 4K8MA 5J60A 4TR1B 16GSA 1ILOA 2GV8A 1GTUA 2YLRA 2DLXA 2CVDA 1ZX9A 2YCDA 3UOMA 4EQRA 1MD3A 3QVPA 4A7AA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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