4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
2XLRA 4Y4NA 3UP5A 5L46A 1K0JA 2VVLA 2IVEA 2WS3A 2R0PA 3CNPA 1KDGA 1B8SA 3QSEA 2GMJA 5FS9A 4NEVA 3KD9A 4H4VA 3AE9A 1YQ3A 3P4QA 5IQ4A 4KPRA 3C4NA 3B6DA 2BK4A 1GRAA 3G5RA 1IUXA 2A89A 3F8PA 5U63A 3ADAB 4A99A 1K4QA 4KX6A 2BXSA 2C75A 4K22A 4YTMA 2CDUA 4EQWA 2YWLA 1Y56B 4B69A 4Y4LA 2PYXA 2ZBWA 3L1RA 1XPQA 2XVFA 2HQMA 3HZLA 5CQFA 3UKKA 2GAHB 2GMHA 1ZP0A 2XFPA 2ZZBA 1E1KA 3FPZA 2XVHA 3DK4A 4H4YA 3BI4A 4BK2A 5IPYA 3IHGA 3BHFA 4B64A 1GRHA 3EAOA 1EL5A 1KFYA 2WESA 1ZMDA 1VG0A 2Q0KA 3GWDA 4U8JA 4H2NA 4XXGA 2FJBA 4RG4A 1DOCA 2C65A 2GR3A 4EM3A 1COYA 4JN9A 1YY5A 4FDCB 3AE8A 3M12A 3AECA 1GRTA 4FK1A 1H83A 3AYJA 3QSMA 1QLBA 1OJTA 2FJEA 1CJ4A 3AE3A 1LQUA 2OLNA 4ICYA 3NIXA 2FBWA 2AAQA 4JY2A 3FMWA 4J56A 3AE5A 4JY3A 5KVHA 1PBEA 4U2TA 4BURA 1GOSA 4H4TA 4Z2TA 1F8SA 2H89A 1P2HA 2BCGG 4MJWA 4ZCCA 2F5ZA 2QA2A 3AD9B 2JBVA 1E1MA 1DODA 3ALLA 2WOIA 3CGDA 1M6IA 1PN0A 2ZZCA 3DMEA 5GSNA 4I58A 2XLPA 5BRTA 4UDPA 1E39A 3I3LA 1NPXA 2WPFA 4ECHA 4JQ9A 3CIRA 4AP1A 1ZX9A 3ALMA 1E6EA 3SGLA 1CJ2A 3VRAA 1N4UA 3AEDA 4H4ZA 3AEFA 3NNEA 1GNDA 1S3EA 2GB0A 2YG5A 3LXDA 4OPUA 5DBJA 4YSXA 2GR0A 5EOWA 1DJNA 2WP9A 1O95A 3VR9A 5HY5A 2YVGA 3OC4A 2C72A 1TDKA 3EANA 1L9CA 1S2YA 4GCMA 3T37A 4XWRA 3AE4A 3M13A 1GRBA 2TMDA 4Y4MA 1VRQB 2WU5A 3RP6A 2B9YA 3GYJA 2JB2A 2C76A 2ACZA 4CBQA 3K7QX 3QVPA 3NN6X 1CJ3A 4YT0A 2EQ9A 2RGJA 4Z24A 2YVFA 4E0VA 4U8IA 3SQPA 2VRMA 2WOVA 1GETA 2YG3A 2XLTA 1OJDA 2C70A 1DNCA 3FG2P 4AP3A 5HYMA 1PJ6A 4C3XA 1Z6LA 4GDEA 1RSGA 2R0CA 4X9NA 1JRZA 1PDHA 1LJ1A 2X8HA 4K2XA 5JCKA 4BK1A 1B4VA 1ZK7A 1CJCA 4EIQA 2R9ZA 1NAAA 2BS2A 4CNKA 3LZWA 4B66A 2GVCA 4B63A 4YKFA 1GPEA 4H4PA 2O9ZA 5HXIA 3H4KA 4EIPA 4YXDA 1GRGA 1TYTA 3OZ2A 3P4RA 4UDQA 5J60A 2B9XA 4Z2RA 3CPIG 2WOWA 3DA1A 2V60A 3EPTA 3NK0X 4AT2A 2BC1A 3K7TA 1TDOA 1CC2A 1YQZA 2ARDA 1PXCA 4RSLA 2XLUA 1LTXR 1NHSA 4U2LA 2C3DA 2QCUA 2C66A 1L9DA 1K0LA 4U8MA 2X50A 3ICRA 3VRDB 4P9SA 4BJZA 3R9UA 3ICTA 3URHA 4C77A 2XFUA 2IIDA 1MO9A 2JKCA 3RP7A 3CPHG 4J31A 4H4WA 1QJDA 3AE1A 3ALJA 2JAEA 1PXAA 2CULA 3L8KA 4A79A 4AOSA 3K7MX 5BULA 1VG9A 3DJJA 4CY6A 3D1CA 5TR3A 4WCTA 1IUTA 2BCPA 2R45A 1EL7A 1OJCA 3NK1X 4H50A 4ZN0A 2TPRA 1KNPA 2WP5A 1JOAA 3CN8A 2A87A 2OAMA 3UTEA 1RP0A 5HHFA 3ITJA 4Z44A 4NTDA 4A65A 1TDFA 1KNRA 4AOXA 5JCMA 2FJDA 1CL0A 4GRTA 2UZZA 4BK3A 3VQRA 1BF3A 1NHPA 1Y56A 4N9XA 1O5WA 1CHUA 4EM4A 1RYIA 2J3NA 2WPCA 2XCGA 3UTFA 2X8GA 1ZYNA 3UKHA 3LZXA 3AEGA 4CCQA 2AQJA 4A9WA 3QFBA 2DKIA 5EBKA 3KLJA 4JDRA 1Q9IA 2EQ7A 5M10A 2WBAA 4DNAA 4HA6A 2GQWA 3VR8A 4YSZA 2XFOA 1DOBA 4HB9A 2VVMA 4OPGA 4H4QA 1GESA 3P4PA 3VRBA 5KWFA 1X31B 5C2TA 1GTHA 3GYIA 3DK9A 3CNSA 4IA6A 1XDIA 3IC9A 3NYFA 4B65A 2C73A 1FOHA 1GSNA 3LB8A 3PS9A 5IQ1A 2BA9A 2E4GA 2QA1A 3LADA 3S61A 2QAEA 3DGZA 4TM0A 1TYPA 1TDEA 4AT0A 4Z2UA 2H88A 4H7UA 4IVOB 3DGHA 2FJAA 4K8DA 1TRBA 1FEBA 2YR6A 4I59A 5BUKA 4J36A 1CC4A 1H81A 4LIIA 3GRSA 3V76A 4DSGA 3QFAA 1REOA 1DJQA 4USRA 2YLRA 4IA5A 3P4SA 1XHCA 4GF7A 3UTGA 4FK1C 3V3NA 1OJ9A 1KSUA 1H6VA 2YLTA 4GUVA 2YM1A 2NVKX 1JNRA 3CNDA 4X4JA 5FS6A 1TDNA 4TLXA 1K0IA 1ZMCA 2C7GA 2YG7A 3DK8A 3GWFA 4OPIA 3UKPA 1MOKA 2BACA 4EQRA 3NYCA 1CBOA 3P1WA 4OPCA 1Y0PA 2VQBA 2VRLA 5KRQA 1ZDLA 2AR8A 3G5QA 3SM8A 5EB4A 2XYOA 4CRTA 1YKJA 4RG3A 4YTNA 3CPJG 3C4AA 1IUSA 3F8DA 2A8XA 1JRXA 3B3RA 3NKSA 3SFEA 2XDOA 2C67A 4A7AA 5JCNA 1N4WA 4D04A 3QSSA 3AE6A 3H8IA 1M64A 3LJPA 2WHDA 3DH9A 4YSHA 1L9EA 3KKJA 1FECA 3E1TA 3EF6A 4U8KA 4APNA 2B7RA 1QO8A 2DKHA 2IVDA 1D4EA 4M52A 5FS8A 1SEZA 1BWCA 4A6NB 4B1BA 3NGCX 3H8LA 3AWIA 1FCDA 2OLOA 3GSIA 2Q6UA 3Q9TA 1E1LA 1F8WA 2BC0A 2ZZ0A 1H7WA 5C3JA 4IVMB 4BV6A 3UOVA 4J57A 4JNAA 2B7SA 1D7YA 4U8NA 3GD4A 4A5LA 3BHKA 2YLSA 1PS9A 4PAAA 3SFDA 3UTHA 2GV8A 1B5QA 4O5QA 1H84A 1DXLA 4LA1A 4X9MA 3BNMA 2WU2A 2Z5YA 2V5ZA 1JU2A 4Z43A 3NTDA 3UKQA 3AYIA 3KU9A 3UOXA 2WETA 1NHQA 2GH5A 2V3BA 1Q1WA 2YR4A 3NT6A 4H2PA 3RHAA 3ATQA 1FL2A 1VDCA 3II4A 5EB5A 1ZYPA 3AD7B 1PXBA 2YLWA 4USQA 1GRFA 3AXBA 1LV0A 3QVRA 2V61A 2VQ7A 4GDPA 3S5WA 1LPFA 1NHRA 3NN0X 2Q7VA 2WEUA 3UCLA 1GALA 2CFYA 4U8OA 1PBCA 2XFQA 4NEWA 3RP8A 4CNJA 4OCGA 1ZKQA 2BS3A 1BGNA 2E1MA 3REDA 3F8RA 2WDVA 2Z5XA 2R4JA 3DJDA 3JSKA 5KVIA 5M0ZA 3PO7A 2RABA 1D7LA 1ZOVA 3IWAA 4TLZA 2GAGB 2V3AA 1H82A 3UOYA 2GR1A 3DJGX 4Z26A 1GEUA 5JCLA 1NG4A 1PBBA 1S3BA 3NK2X 2EQ6A 4ADWA 2YLZA 3NYEA 1JEHA 4LU6A 2VVLG 3CGBA 2E5VA 3AEEA 5CKUA 1FEAA 2I0ZA 2X3NA 1F8RA 5JCIA 4EMJA 4YKGA 4OPTA 4U2SA 1KF6A 1NG3A 3AEAA 4H4SA 1NENA 2Y6RA 1E7PA 2VOUA 2YAUA 2YLXA 4YTPA 4PABA 1EBDA 1IUWA 1AOGA 2WDQA 5BVAA 2GRTA 2NPXA 2JK6A 4H4RA 4EMWA 4OPDA 4H4XA 4EQXA 4H2RA 4D03A 3IHMA 5J7XA 1PJ7A 1Q1RA 1GERA 3GMCA 2YM2A 4TM4A 2B9WA 3ZDNA 5GRTA 4BJYA 4J34A 1D5TA 3Q6JA 4FX9A 2GEWA 1ELIA 1N4VA 1ONFA 1EL9A 4K5RA 3AEBA 4YWOA 4B67A 2BXRA 1PHHA 3GDNA 1S2QA 1IUVA 1BKWA 1UKVG 4H2QA 3CNJA 3NG7X 3KPFA 1H86A 3CNTA 1GXFA 3D8XA 2YG6A 1P2EA 5KOXA 3AB1A 4J2WA 1LVLA 2JB1A 2XLSA 4K5SA 3UKAA 3NH3X 2VZ2A 1B37A 5U1OA 1O94A 3UP4A 1H7XA 1KSSA 2B76A 3AE7A 3DJEA 1GREA 4NZHA 1GTEA 4OPLA 1EL8A 3GD3A 4TM1A 1VQWA 1ZOYA 4NTCA 1NDAA 3NLCA 1PJ5A 2JB3A 2R0GA 2WP6A 5LV9A 4CCRA 1JNZA 3K30A 4ZCDA 4EQSA 5KXJA 3P9UA 3UKLA 2GR2A 3O0HA 4DGKA 3KA7A 4EMIA 4J33A 2BS4A 3FBSA 1HYUA 2XVEA 2WQYA 1GV4A 3NHOX 1MXTA 3AD8B 1D4CA 4REKA 1E1NA 3FIMB 2C64A 2OALA 4MNNA 3NRNA 1YQ4A 4H4UA 2BYBA 2C3CA 1V59A 4O5UA 1D4DA 1BGJA 3CTYA 2XFNA 2WDRA 3BI2A 1GT8A 3C96A 3QJ4A 3BNUA 3CGEA 3UOZA 1CF3A 3PVCA 3ZYXA 1OJAA 4A6NA 2R46A 4U8LA 1DOEA 1ZY8A 4TM3A 3ATRA 3GMBA 5FMHA 5U25A 2YG4A 1F6MA 4B68A 1L0VA 3LOVA 4C74A 2BK3A 4Z25A 2YVJA 1N1PA 1NEKA 2W0HA 3NTAA 3V3OA 3AYLA 2BABA 1CC6A 1IUUA 3RNMA 2WPEA 3AE2A 3ISHA 2BK5A 2GF3A 4UDRA 4C3YA 4GR1A 1W4XA 1BZLA 4JNQA 3GDPA 3GRTA 2CVJA 4C5OA 2X99A 1IJHA 2OA1A 1PBDA 2Y6QA 4CY8A 5KOWA 3G5SA 1LQTA 2X8CA 2YQUA 3KVEA 2GQFA 4NTEA 4U8PA 4K7ZA 4DSHA 3I6DA 2R4EA 4IV9A 5FS7A 3ICSA 2PHHA 3COXA 4UP3A 1XANA 4YSYA 2Q0LA 2YR5A 4XWZA 2APGA 3BI5A 3IF9A 4WX1A 1F3PA 3M0OA 2XVIA 2RGHA 1JRYA 2EQ8A 3CGCA 3UKFA 2RGOA 5ER0A 3WE0A 1PBFA 4OVIA 2XVJA 2V6OA 3ABVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2C3TA 5DBQA 3FW2A 2R0PA 2RM6A 5G30A 3QSEA 2FNOA 2H01A 7GSSA 4L8EA 5FS9A 2F8AA 3KD9A 2MMOA 2VD1A 3HJMA 3C4NA 4HI7A 2BK4A 3ADAB 1K3YA 1K4QA 5D93A 3CMMA 4K22A 1K0NA 1KEBA 3F3QA 1FOVA 3GV1A 4EL1A 2B5EA 1K3LA 2GAHB 1E1KA 3FPZA 2ES7A 2XVHA 2WRTA 5B6NA 1GH2A 4B64A 3EAOA 2WESA 3GWDA 1X9MB 2GT6A 1HQOA 4EM3A 5F06A 3SZ0A 4J2FA 4FDCB 4NV2A 3AECA 4FK1A 1H83A 4XIHA 1QLBA 3ME8A 2FJEA 1VF3A 4J57E 1EOHA 5A4WA 4J56A 4JY3A 3NIVA 2D2ZA 5KVHA 1U6TA 4BURA 4Z2TA 3D6IA 4TR3A 2H89A 3EVIA 1ST9A 2F5ZA 1E1MA 2IMDA 3C1SA 3F6FA 3ALLA 2LS5A 5D73A 9GSSA 5IIZA 1R5AA 4X43A 2H6YA 3T14A 4CDOA 4BA7A 5JWRB 4G9KA 3LXZA 4ECHA 4JQ9A 3CIRA 1FVJA 1TKDB 5AIXA 4QQ7A 1OYJA 4TXOA 1MDJA 1Q4JA 3NNEA 4YSXA 2GB0A 2YG5A 3LXDA 5DBJA 4F0BA 1K0MA 4DSSA 3DIEA 4MDCA 2BJXA 2GSTA 4K6XA 2YVGA 2C72A 4GCMA 2IL3A 1L9CA 1S2YA 2WS2A 3UVTA 1OKDA 3HYPA 1GRBA 4Y4MA 1VRQB 2WU5A 2B9YA 5EY6A 4IQ1A 2JB2A 2C76A 4CBQA 1T4ZA 2B7JA 2EQ9A 4AJ8A 4E0VA 1DE2A 2VRMA 2OBKA 5HYMA 2LUSA 4AP3A 4IKHA 2C0DA 2N5AA 3GKKA 3H8QA 3IBHA 4ZBDA 3SBCA 4EF0A 3F8UA 4K2XA 4PUFC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2C3T A;  5DBQ A;  3FW2 A;  2R0P A;  2RM6 A;  5G30 A;  3QSE A;  2FNO A;  2H01 A;  7GSS A;  4L8E A;  5FS9 A;  2F8A A;  3KD9 A;  2MMO A;  2VD1 A;  3HJM A;  3C4N A;  4HI7 A;  2BK4 A;  3ADA B;  1K3Y A;  1K4Q A;  5D93 A;  3CMM A;  4K22 A;  1K0N A;  1KEB A;  3F3Q A;  1FOV A;  3GV1 A;  4EL1 A;  2B5E A;  1K3L A;  2GAH B;  1E1K A;  3FPZ A;  2ES7 A;  2XVH A;  2WRT A;  5B6N A;  1GH2 A;  4B64 A;  3EAO A;  2WES A;  3GWD A;  1X9M B;  2GT6 A;  1HQO A;  4EM3 A;  5F06 A;  3SZ0 A;  4J2F A;  4FDC B;  4NV2 A;  3AEC A;  4FK1 A;  1H83 A;  4XIH A;  1QLB A;  3ME8 A;  2FJE A;  1VF3 A;  4J57 E;  1EOH A;  5A4W A;  4J56 A;  4JY3 A;  3NIV A;  2D2Z A;  5KVH A;  1U6T A;  4BUR A;  4Z2T A;  3D6I A;  4TR3 A;  2H89 A;  3EVI A;  1ST9 A;  2F5Z A;  1E1M A;  2IMD A;  3C1S A;  3F6F A;  3ALL A;  2LS5 A;  5D73 A;  9GSS A;  5IIZ A;  1R5A A;  4X43 A;  2H6Y A;  3T14 A;  4CDO A;  4BA7 A;  5JWR B;  4G9K A;  3LXZ A;  4ECH A;  4JQ9 A;  3CIR A;  1FVJ A;  1TKD B;  5AIX A;  4QQ7 A;  1OYJ A;  4TXO A;  1MDJ A;  1Q4J A;  3NNE A;  4YSX A;  2GB0 A; 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