4YKG | Genus

Total Genus 158

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	521
structure length	520
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Escherichia coli k12
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus	158
structure length	520
sequence length	521
ec nomenclature	ec 1.8.1.-:
pdb deposition date	2015-03-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4ykgA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA03

3NN0X 1H7XA 2V6OA 4H4RA 4OVIA 3UP5A 4CRTA 3Q6JA 5BVAA 2XFQA 5KOXA 1H6VA 4GRTA 5M10A 4J56A 2CVJA 5KVIA 1FL2A 3AWIA 2BS3A 2B9YA 4I58A 1MO9A 2WEUA 3AYLA 3K7QX 4NZHA 3K30A 2XFOA 4A6NA 1XPQA 2GRTA 3UOYA 3B6DA 4DGKA 4CY6A 4H4XA 5FS7A 1QJDA 4Z2UA 1PN0A 3KD9A 2Q0KA 1F8RA 2FJEA 4K5RA 2RGOA 2C3CA 2WBAA 2XLSA 2C70A 3GRSA 3RHAA 3FMWA 5FS9A 4AT2A 4JNQA 2XVJA 1LJ1A 2WPCA 4Z2TA 5C2TA 2YG7A 3BNUA 2YG3A 1GXFA 3CNJA 2X8HA 1NG3A 1DOCA 2V5ZA 2UZZA 1TDNA 1GOSA 1VDCA 2RGJA 3NK0X 1S2YA 5FS6A 5L46A 4UDQA 2BS4A 3FG2P 4GCMA 1S3BA 3AE3A 1CL0A 2R4JA 1GRGA 4NTCA 3UOZA 2GH5A 3JSKA 3FIMB 1EL8A 1ZYPA 1PJ7A 2C7GA 3RNMA 4X4JA 1D7YA 4YKFA 1JU2A 4Y4MA 1L9EA 2XVIA 2BK3A 3CGCA 3PVCA 4B68A 1OJ9A 2B7RA 3VRDB 3AD7B 1DXLA 1REOA 4U2SA 1PBCA 2ZZ0A 2ACZA 4BK1A 4UP3A 1ELIA 2BC0A 3ZDNA 4TM3A 3NG7X 2YAUA 3EANA 2X8GA 4X9MA 2YM1A 3IHMA 4A9WA 1IUWA 3NHOX 3GYJA 3UTFA 2Q6UA 3V76A 3OC4A 1IUUA 3KPFA 1ZP0A 4A65A 2EQ9A 4WX1A 1VG9A 2R45A 3QVRA 4IVMB 4AP3A 2VOUA 4B69A 2YG4A 3GRTA 3AE4A 4U8OA 3I3LA 2IVDA 5JCKA 1L9DA 2WPEA 3LJPA 4XWZA 2YG5A 2APGA 2BA9A 2YLRA 5EB5A 5KRQA 1CJCA 1JNRA 4MNNA 2GAHB 3D1CA 4U2TA 3QFAA 3AE9A 2VRMA 1GPEA 4Z43A 1E39A 2CDUA 4GF7A 1ZK7A 3NTDA 4O5UA 4DNAA 4H4PA 4H4UA 2XLPA 3ATQA 2GQFA 1H83A 3AEGA 2JB3A 2Y6RA 3NNEA 3RP8A 2BXRA 1GREA 4J33A 4TLZA 2A8XA 5U63A 3CN8A 1NENA 2RGHA 3LZWA 4YSYA 2WP6A 3BI4A 1JOAA 1YQZA 2VVLA 4J31A 3O0HA 4UDPA 4NEWA 3CTYA 4H4VA 4BV6A 2GMHA 5CQFA 2NPXA 2I0ZA 4AP1A 4YT0A 1F8WA 2WOIA 3BHFA 2H88A 1MXTA 2BCGG 2YWLA 1FEBA 2DKIA 4YSHA 4JY3A 4TM0A 2TMDA 3RP7A 5KVHA 1N1PA 2HQMA 4OPGA 3KA7A 3DH9A 4P9SA 1M64A 4GUVA 1LVLA 2OALA 3NYCA 1KSSA 2AAQA 2QA2A 1EL7A 2X3NA 2XFNA 4ICYA 3C4AA 3UOXA 5LV9A 3AE7A 2GV8A 3SM8A 1VG0A 2GQWA 3ADAB 4AOXA 1Q1RA 1OJAA 3CGBA 2BK4A 2VRLA 3GD3A 5J60A 1JRYA 1PS9A 2ARDA 2WPFA 3UKQA 4BK3A 1PBBA 2F5ZA 4U8LA 1PXAA 3G5SA 3ALJA 4I59A 1LQUA 2WDRA 3P4PA 2GVCA 2V60A 4H4QA 3SFDA 3SQPA 4CCRA 3L1RA 2B76A 4Z24A 1E1LA 1XANA 3P4QA 1D4EA 3QVPA 1COYA 1EBDA 1GALA 4AOSA 4YWOA 1O5WA 2W0HA 2CULA 3UKLA 1XDIA 3AE8A 3CPHG 4YSXA 1GT8A 1QO8A 5ER0A 1IUXA 3R9UA 3UOVA 2YLWA 4X9NA 2PHHA 1CHUA 4OPIA 1KNRA 1OJCA 3QJ4A 2E5VA 2XVFA 3ISHA 4CY8A 4EIQA 4TM1A 4EIPA 1QLBA 3DJEA 1GESA 4EQXA 4EQSA 3COXA 1TYPA 2YLXA 1H7WA 1B37A 2FJBA 1NG4A 5FS8A 3P4RA 2R0GA 4PAAA 3BI2A 2GF3A 4CNJA 1CBOA 2YVFA 1CC6A 3AD8B 1DNCA 4JQ9A 4Y4LA 1CF3A 1E7PA 5M0ZA 5DBJA 2WU5A 4NEVA 3GDNA 3QSMA 3RP6A 2XFUA 3BI5A 4FK1A 1SEZA 3VRBA 2WDQA 2YQUA 4H4ZA 2XVHA 4NTEA 1F8SA 3PO7A 4U8NA 1NPXA 4Z44A 4GDEA 1PBEA 1PBFA 3ICRA 3CPIG 4B67A 4EM4A 4OPCA 5GRTA 3AE2A 1D7LA 3DJGX 1S2QA 2WHDA 2B9XA 4LA1A 4YSZA 2BACA 2OA1A 1N4UA 1OJTA 2WDVA 2X99A 2O9ZA 1GV4A 1ZMCA 4APNA 2RABA 1CC2A 2BXSA 1GTEA 5EOWA 3DMEA 4K5SA 3F8RA 3S61A 4CNKA 2V3BA 2Y6QA 3GMBA 1NAAA 1JEHA 2E1MA 2C72A 2XCGA 2GR2A 3QFBA 3UTHA 1AOGA 1Y56B 4KX6A 2XDOA 4OPTA 3DK4A 1BF3A 3GWDA 2BYBA 4C3XA 4ZN0A 1EL5A 3VQRA 3NKSA 2R0CA 3LB8A 2BC1A 4C77A 2GR3A 1ZX9A 1RSGA 1ZMDA 1GTHA 4H50A 2A87A 3ICSA 1TDOA 5C3JA 1BZLA 4AT0A 3VRAA 1NHRA 1NEKA 1Y56A 2GEWA 1O95A 4H2RA 4Y4NA 5U1OA 2GAGB 1DOEA 2WP5A 2ZZCA 3M12A 3AXBA 3NLCA 1H84A 2JKCA 2XLTA 3UP4A 1H81A 3IC9A 1CC4A 2Q0LA 2YR6A 4RG3A 1D5TA 2EQ6A 4IA5A 1MOKA 3NTAA 4WCTA 2R4EA 1K0IA 1YQ4A 4ZCCA 4H4YA 1H86A 1M6IA 1F6MA 4K22A 1E1NA 1ZYNA 4BURA 3GMCA 4BK2A 2XLUA 2CFYA 4USRA 3URHA 1LTXR 3BNMA 4GR1A 3DGHA 1LQTA 4JN9A 4OCGA 4E0VA 3GD4A 2YVGA 3NYFA 2XLRA 2ZBWA 3P9UA 4HA6A 4USQA 3ITJA 4U8IA 4ZCDA 4FK1C 2OAMA 4B64A 4C74A 4H2PA 4K7ZA 4H4SA 2GB0A 1ZDLA 4YXDA 4Z25A 2H89A 1ZKQA 3C96A 5IQ4A 1K0JA 4LIIA 4U8KA 4N9XA 1B5QA 1EL9A 2WESA 3T37A 2IIDA 2C75A 1ZOYA 5JCLA 4IV9A 2GR0A 1N4VA 2YM2A 1NHQA 4FX9A 3NN6X 4B66A 4EMIA 3H8LA 4OPDA 1ZOVA 2AR8A 4C3YA 1Z6LA 1X31B 3DGZA 4HB9A 3GYIA 4RSLA 1IUSA 1HYUA 3ICTA 1B4VA 5U25A 5KXJA 1LV0A 4REKA 1RYIA 5JCMA 4CBQA 1O94A 3M0OA 5GSNA 2FJAA 2J3NA 3GSIA 1TDFA 5TR3A 1PHHA 3K7TA 3V3OA 2E4GA 3ZYXA 3NIXA 4K8DA 4U8JA 2JK6A 5BULA 3NT6A 4EQRA 2VVLG 3I6DA 2BCPA 3S5WA 3C4NA 3NK1X 1D4CA 1GERA 2TPRA 3NK2X 4C5OA 4FDCB 1GRHA 3E1TA 3UKAA 3UKPA 4EQWA 1H82A 3AEBA 3V3NA 1BGJA 2GMJA 3CGEA 4EMWA 3M13A 1E1KA 4U2LA 4YTMA 2EQ7A 2R0PA 1W4XA 3CNTA 4H4WA 4J36A 4A7AA 1KNPA 3DK9A 5HHFA 1BKWA 1NHSA 2NVKX 3EAOA 2XYOA 3II4A 4H2QA 3FPZA 1GRBA 5BRTA 3H8IA 3AEEA 1DJNA 1PXBA 3F8PA 3SGLA 1CJ4A 1P2EA 1PBDA 1KFYA 5JCNA 3H4KA 3ALMA 3DJDA 1IJHA 3CNSA 4UDRA 2WOVA 3AYJA 3AE1A 1P2HA 3QSSA 2BK5A 1YY5A 3ATRA 2VZ2A 3IWAA 1JRXA 4ADWA 1OJDA 1PJ6A 1YKJA 2QA1A 2EQ8A 4YTPA 1JRZA 3VR9A 4D04A 2YR4A 3OZ2A 1B8SA 2A89A 2YLSA 1D4DA 3AEFA 3CIRA 4B63A 4BJZA 5BUKA 1IUVA 4BJYA 1E6EA 2OLNA 2XVEA 4OPUA 4XXGA 1UKVG 4J2WA 5EBKA 4B1BA 4A79A 4RG4A 2WP9A 3QSEA 1KDGA 2WU2A 4H2NA 4D03A 2VQ7A 3AE6A 1GETA 1TDKA 1CJ2A 3ALLA 2VVMA 2ZZBA 3GWFA 1IUTA 1K0LA 3REDA 2YLZA 4U8MA 4GDPA 3UKKA 2BABA 2WS3A 3AECA 2X50A 4IVOB 1K4QA 3D8XA 5EB4A 1FECA 3EPTA 1DJQA 1FOHA 1Q1WA 1NHPA 2V61A 2Q7VA 3AE5A 3PS9A 2QAEA 1FCDA 1TRBA 1YQ3A 3AB1A 4Z26A 3AEDA 3G5RA 3DA1A 2AQJA 2JBVA 3L8KA 3AD9B 3CNPA 2PYXA 3UCLA 2C3DA 1ZY8A 1GSNA 3FBSA 3CGDA 4XWRA 1GRAA 3GDPA 4TLXA 3WE0A 3UKHA 2FBWA 3NGCX 3NYEA 1KSUA 4JDRA 1Y0PA 4ECHA 4J57A 1ONFA 4IA6A 1GEUA 1BWCA 5IQ1A 1NDAA 3ABVA 3CNDA 3LOVA 2WOWA 3VR8A 1BGNA 1GRTA 3IHGA 3LADA 1PJ5A 4YKGA 2JB1A 1RP0A 2R46A 3SFEA 2Z5YA 1TDEA 2DKHA 4U8PA 1N4WA 4YTNA 3LXDA 3G5QA 4PABA 4A99A 4EMJA 2OLOA 2BS2A 2GR1A 3F8DA 5KOWA 1PXCA 5HYMA 3Q9TA 1DOBA 5FMHA 5KWFA 3EF6A 1L9CA 1Q9IA 1CJ3A 1KF6A 2YLTA 4CCQA 4H4TA 4A5LA 3UTGA 2C66A 1JNZA 3IF9A 3KKJA 1V59A 5CKUA 2WQYA 3B3RA 3NRNA 1GRFA 2X8CA 2YVJA 1F3PA 4LU6A 2C76A 1FEAA 2B7SA 4KPRA 2R9ZA 2WETA 2JB2A 4EM3A 3UKFA 1GNDA 4Z2RA 1TYTA 5HXIA 1VQWA 2V3AA 2XFPA 2FJDA 4TM4A 5J7XA 2B9WA 3BHKA 2C65A 1L0VA 2C64A 3K7MX 1DODA 3KVEA 3CPJG 5IPYA 1E1MA 2YR5A 2QCUA 3LZXA 3HZLA 3DK8A 4DSHA 5JCIA 2Z5XA 3AYIA 2IVEA 4MJWA 3DJJA 3P1WA 4JY2A 4JNAA 3AEAA 3NH3X 4J34A 1PDHA 4M52A 1LPFA 4H7UA 3KLJA 2JAEA 4DSGA 2YG6A 3UTEA 2C67A 2VQBA 3KU9A 4K2XA 1VRQB 3P4SA 4A6NB 4O5QA 4OPLA 4NTDA 5HY5A 4B65A 2C73A 1S3EA 1XHCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2V6OA 2I9HA 1PQNA 1B9YC 4GSNA 1DE1A 1PA3A 3ERGA 1CQHA 4TR1A 4XS4A 1Z7PA 2PVOC 2BS3A 4AF2A 1MO9A 2H71A 4ISDA 4X0XA 4XTSA 3K7QX 3UOYA 1YJ6A 2ES7A 1AQXA 3GA4A 1PN0A 2H76A 1XWAA 5KMRA 2XLSA 3GRSA 2R2JA 3RHAA 3FMWA 2HSHA 2K6VA 3ME7A 3QPMA 6GSUA 4Z2TA 1LJ1A 3BNUA 5FHIA 2YG3A 1SU9A 1DOCA 1TDNA 3NK0X 1S2YA 5FS6A 3ZVJA 3FG2P 4GCMA 1S3BA 2GSSA 1CL0A 3GURA 4RUVA 3QOUA 2N5BA 4MZBA 2R3XA 5G31A 4WBJA 4WXTA 4EC0A 2DJ2A 4GAVA 4Y4MA 4GLTA 3PVCA 2BK3A 4NPBA 1OJ9A 5J41A 2PMTA 4F0CA 2I81A 3KGKA 1ELIA 2BC0A 3WGDA 4TM3A 4X9MA 3EANA 4A9WA 1IUWA 3BOAA 1FVJA 4I5QA 3OC4A 1EZKA 4N30A 1TK0B 3KMOA 2H75A 2H74A 2VOUA 2YG4A 4EDZA 4U8OA 3HYWA 4F0BA 1NSWA 4KH7A 2APGA 2BJXA 5FT3A 2NVLA 1SK0A 2B6MA 3CRUA 1B8XA 2YJHA 3CMIA 3DKSA 3M9KA 1OE8A 3VWVA 1I9DA 3TUEA 2XLPA 1SJZA 2GQFA 3P90A 3NNEA 1NM3A 2A8XA 1LU4A 2H1GA 3EE2A 3GRXA 3MSZA 4HQZA 3TOTA 3BI4A 2VVLA 3TCOA 4NEWA 4H4VA 2NPXA 4AP1A 1ST9A 5DAKA 1FEBA 1WP0A 4JY3A 4TM0A 2TMDA 5KVHA 2H72A 2HQMA 1HD2A 4MH2A 3EMXA 4P9SA 3DVWA 2BMXA 4PQHA 1ZZYA 3VFIA 2OALA 3NYCA 2AAQA 3TJFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2V6O A;  2I9H A;  1PQN A;  1B9Y C;  4GSN A;  1DE1 A;  1PA3 A;  3ERG A;  1CQH A;  4TR1 A;  4XS4 A;  1Z7P A;  2PVO C;  2BS3 A;  4AF2 A;  1MO9 A;  2H71 A;  4ISD A;  4X0X A;  4XTS A;  3K7Q X;  3UOY A;  1YJ6 A;  2ES7 A;  1AQX A;  3GA4 A;  1PN0 A;  2H76 A;  1XWA A;  5KMR A;  2XLS A;  3GRS A;  2R2J A;  3RHA A;  3FMW A;  2HSH A;  2K6V A;  3ME7 A;  3QPM A;  6GSU A;  4Z2T A;  1LJ1 A;  3BNU A;  5FHI A;  2YG3 A;  1SU9 A;  1DOC A;  1TDN A;  3NK0 X;  1S2Y A;  5FS6 A;  3ZVJ A;  3FG2 P;  4GCM A;  1S3B A;  2GSS A;  1CL0 A;  3GUR A;  4RUV A;  3QOU A;  2N5B A;  4MZB A;  2R3X A;  5G31 A;  4WBJ A;  4WXT A;  4EC0 A;  2DJ2 A;  4GAV A;  4Y4M A;  4GLT A;  3PVC A;  2BK3 A;  4NPB A;  1OJ9 A;  5J41 A;  2PMT A;  4F0C A;  2I81 A;  3KGK A;  1ELI A;  2BC0 A;  3WGD A;  4TM3 A;  4X9M A;  3EAN A;  4A9W A;  1IUW A;  3BOA A;  1FVJ A;  4I5Q A;  3OC4 A;  1EZK A;  4N30 A;  1TK0 B;  3KMO A;  2H75 A;  2H74 A;  2VOU A;  2YG4 A;  4EDZ A;  4U8O A;  3HYW A;  4F0B A;  1NSW A;  4KH7 A;  2APG A;  2BJX A;  5FT3 A;  2NVL A;  1SK0 A;  2B6M A; 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4YKGA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations