4YKG | Genus

Total Genus 158

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	521
structure length	520
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Escherichia coli k12
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus	158
structure length	520
sequence length	521
ec nomenclature	ec 1.8.1.-:
pdb deposition date	2015-03-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4ykgA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA03

2B7RA 3P4RA 5U1OA 1IUUA 1TRBA 2GV8A 1O94A 2WP6A 2BCPA 2X8CA 3Q6JA 1IJHA 3NIXA 4B68A 1CBOA 1IUVA 2C73A 3GDNA 2BYBA 3AYJA 3VRBA 3P9UA 4OVIA 3GWFA 2C67A 1REOA 1ZOVA 2EQ7A 3B6DA 4USQA 3UP4A 2WQYA 3DMEA 2YG4A 3ITJA 2YVFA 4B65A 1K0JA 2CVJA 5M10A 2RGJA 1X31B 2QA1A 4OPTA 3T37A 3S61A 2GR2A 3EF6A 3H4KA 1IUTA 2WOIA 2BA9A 4U8NA 1PBFA 3WE0A 1QJDA 3AEFA 1NG4A 4A5LA 4CRTA 5KWFA 3UKHA 1W4XA 1FECA 1MO9A 1O5WA 3BNMA 1GTHA 4EM3A 2IIDA 3Q9TA 4KPRA 4J34A 1YQ3A 2BS3A 2WPCA 2WDVA 2TMDA 3DA1A 4LA1A 4CBQA 2X8GA 1L9EA 2R45A 3AD7B 3II4A 3AECA 3NK1X 3AE1A 1CJ3A 4K8DA 4J31A 2BS2A 4JDRA 5FS6A 1K0LA 1D4CA 3R9UA 1E1NA 1H83A 2JB2A 2WS3A 3BI5A 2C66A 2YLXA 4APNA 1SEZA 2RABA 4TLZA 1F8WA 4CCQA 3DK8A 3K7MX 3E1TA 3UOXA 4YSHA 5KVIA 2X8HA 2WETA 4ICYA 2EQ9A 3GSIA 1EL5A 1JRZA 3G5QA 2VZ2A 3G5RA 4TLXA 3C4AA 3CGBA 4U8OA 3O0HA 4ZCCA 3AB1A 5HXIA 4AT0A 1DXLA 1Q1WA 3C96A 1S2QA 5BULA 2BCGG 2H88A 2YQUA 5JCNA 3UKKA 2C72A 3CNSA 4Z2RA 4GF7A 2XFQA 4DGKA 3QVPA 3SQPA 4C74A 4H4XA 2C3DA 3QSSA 3IHMA 2C64A 1GT8A 1GEUA 2NPXA 5CQFA 3I3LA 3NYEA 1FEAA 4OPUA 2BK5A 1JRXA 2JBVA 1XPQA 1BGNA 1BZLA 2A87A 3PVCA 2WPEA 2YR6A 4K5RA 1JRYA 2XLTA 1B4VA 3RNMA 4B67A 3CN8A 4GR1A 4B64A 2OALA 1TDNA 3NK0X 2BXRA 3AE3A 5DBJA 1LVLA 3BI4A 4A99A 3V3OA 3NYCA 2AQJA 4CY6A 1RP0A 2AAQA 2C3CA 1D4DA 5U25A 3NTAA 4BJZA 2JB3A 2Q0LA 4RG4A 4Z26A 1BF3A 2V3BA 2VQ7A 4H4TA 2QAEA 3ALJA 3EANA 1EBDA 3CGCA 3AEEA 2XFOA 4HB9A 1NAAA 1V59A 3ZYXA 1VQWA 1F3PA 1PJ7A 1TDKA 1IUSA 3M0OA 4CNJA 4EQWA 3CIRA 3QFAA 4OPLA 1GRGA 4A79A 1BKWA 4EMIA 1P2EA 2C7GA 2WESA 2ZZCA 3NKSA 4OPGA 4A9WA 4YKGA 1N4WA 3UP5A 5KXJA 4RG3A 1ZK7A 2GQFA 3B3RA 4EQXA 3AEDA 4XWRA 3NK2X 4JQ9A 3AYIA 3VQRA 3KKJA 1IUXA 2YVJA 4I58A 4CY8A 5KOWA 1F8SA 2HQMA 5JCMA 2X3NA 1NG3A 1M64A 1ONFA 3FMWA 1H7XA 3GD3A 2JB1A 4H50A 4TM3A 3AD9B 4J56A 3DGHA 3KD9A 3D1CA 1H82A 2VVLA 4BJYA 1GTEA 2EQ8A 3AE5A 4DNAA 1GETA 2GH5A 1O95A 1PHHA 4TM4A 3AE9A 3M12A 5IQ1A 3AEGA 2QA2A 1PBDA 1CC6A 4K7ZA 1ZOYA 1TDOA 2YM1A 1H6VA 2GR1A 3KPFA 3NGCX 2Q7VA 1BGJA 4N9XA 5GRTA 1NHRA 4H4RA 3NLCA 2ACZA 1VDCA 3D8XA 4AOSA 1ELIA 2GVCA 2XDOA 1TDFA 5BUKA 1YQZA 4EIPA 1NENA 2IVDA 4Z44A 3FG2P 4C77A 1ZY8A 3NN6X 4YSYA 3EAOA 4J57A 2FJDA 3AE2A 1KNRA 1H86A 2J3NA 1CC4A 1NHSA 3F8RA 3M13A 3NYFA 3P1WA 4NTCA 2DKIA 2YR4A 2XCGA 2CDUA 1E1MA 2GR0A 1NPXA 2YAUA 5U63A 4PAAA 4K22A 4IA6A 4GRTA 1KF6A 4EQSA 1PDHA 4P9SA 2B9YA 1GOSA 4UP3A 5HHFA 1NHQA 2BABA 1PJ5A 2XYOA 2E4GA 2JAEA 1PXAA 4J33A 3QJ4A 1L9DA 4U8JA 3UKAA 1ZP0A 2FJBA 3UOZA 4ADWA 2XVHA 2OLOA 2R9ZA 4AT2A 4NTDA 2WDQA 5FS7A 1LV0A 1VRQB 3RP7A 3UCLA 2R4JA 2YLTA 4WX1A 2F5ZA 2RGHA 2Z5YA 1DOCA 2W0HA 3L1RA 2R0CA 2XVIA 1D5TA 5J7XA 4NEWA 4H7UA 5FMHA 3VR8A 3KU9A 1QLBA 2AR8A 3ATRA 3CNPA 2WEUA 2X50A 4JN9A 3KLJA 3F8DA 2H89A 1ZYPA 2BC1A 2XFPA 3LADA 4YTPA 1Q9IA 1CHUA 1S3EA 1B37A 1PXCA 2XLUA 3CPJG 1PJ6A 2VQBA 4NTEA 1PBBA 3QSEA 3GRSA 2GAHB 4YXDA 3SM8A 4BK1A 4JY2A 4YTNA 4M52A 4Z43A 3RHAA 1IUWA 2WDRA 3V76A 4O5UA 3ICTA 3SFEA 4YT0A 2I0ZA 4YKFA 3RP6A 1DOEA 4B63A 2Y6RA 3GWDA 2GB0A 1FL2A 4U2SA 3GYJA 3V3NA 4I59A 1PN0A 3ICRA 1ZDLA 2WP5A 3ADAB 3GDPA 5GSNA 2JKCA 1ZX9A 1NHPA 2GF3A 3LB8A 2V60A 3QSMA 4CCRA 1F6MA 1FCDA 1M6IA 4IV9A 4Y4NA 5C3JA 2GAGB 1S2YA 4BV6A 4FX9A 2C75A 3K7QX 2GMHA 2XVFA 3AE4A 4CNKA 2V6OA 4LIIA 3AWIA 4U8KA 2PYXA 4EQRA 1K4QA 2XVEA 4JNAA 3VRAA 1LJ1A 4H4PA 2WU2A 3NRNA 2WOWA 4OPIA 4IVMB 1AOGA 3DJJA 2VVLG 5L46A 2GR3A 3URHA 3AE8A 2RGOA 5BRTA 1YQ4A 2XFNA 3FBSA 4Z2TA 4H4ZA 2ZBWA 4DSGA 1OJDA 1FOHA 4USRA 4OCGA 1QO8A 2TPRA 3ICSA 2JK6A 2X99A 5KVHA 4J2WA 1KSSA 1E1LA 3DH9A 4XXGA 4K5SA 2BC0A 2FJEA 4EIQA 1LPFA 5HYMA 4MNNA 5KOXA 3UKLA 4C3XA 1DOBA 1LTXR 4HA6A 4X9MA 3LZXA 3BHKA 3BNUA 3UTFA 5EOWA 4U8MA 1MXTA 2FBWA 3F8PA 3K7TA 3EPTA 3UOYA 3CNJA 3IF9A 3KVEA 3JSKA 1JEHA 1MOKA 3NH3X 4IVOB 2V3AA 2UZZA 2B7SA 4A65A 1GRHA 1H7WA 3NNEA 3AEBA 3UKQA 1N1PA 5JCKA 1CJ2A 1Y56B 2QCUA 1PBEA 3NTDA 5IPYA 4MJWA 1ZMCA 4Y4MA 2YG3A 3NG7X 3HZLA 2A89A 2WHDA 3QFBA 2OA1A 3G5SA 3P4PA 5FS8A 2Q6UA 5LV9A 3PS9A 1D4EA 1GXFA 2YG7A 3CTYA 4BK3A 1Z6LA 1D7LA 2BK3A 4FK1C 4GDEA 4Z25A 2YLSA 4K2XA 5M0ZA 3ALMA 2EQ6A 3LXDA 3NN0X 4LU6A 3SGLA 2R46A 5KRQA 2Q0KA 2VRMA 4H4QA 3AYLA 2YM2A 3RP8A 3AE7A 1OJAA 1XANA 2IVEA 2WU5A 5C2TA 4GDPA 1KFYA 1F8RA 4GUVA 4BK2A 1TDEA 3OZ2A 4C5OA 1GRBA 1LQTA 2GEWA 1JOAA 2R0GA 2V61A 4ZCDA 4D03A 3SFDA 2Z5XA 2CULA 1GSNA 2XLRA 1B8SA 3GMBA 4U2TA 1ZYNA 2B76A 3UKPA 4RSLA 1GRFA 2YLWA 3DK4A 4NEVA 1CF3A 4JY3A 1PBCA 3ABVA 3AD8B 2C70A 1CJCA 3CPHG 1H84A 1ZMDA 5HY5A 4PABA 1EL8A 1RSGA 4B1BA 3FPZA 1JU2A 3GYIA 4H4WA 3NT6A 4H4UA 4KX6A 2YWLA 1B5QA 3UTEA 5JCIA 4A6NB 1CL0A 3PO7A 1YKJA 1E7PA 2WPFA 1Q1RA 4YWOA 4REKA 2GRTA 4U8LA 1Y56A 4OPDA 3UTGA 3QVRA 1NEKA 4U8IA 3REDA 4E0VA 2WOVA 1GESA 2GQWA 4H4VA 3H8IA 4NZHA 2ZZBA 3OC4A 4TM1A 3L8KA 2R4EA 4B66A 3DJEA 4H4SA 2YVGA 4D04A 3AE6A 3C4NA 3UKFA 3CPIG 3DK9A 4UDQA 3FIMB 4UDRA 2ZZ0A 3DJDA 1GALA 1E6EA 1OJ9A 5FS9A 4YSZA 1CJ4A 1BWCA 2ARDA 3UOVA 1XDIA 4OPCA 3AEAA 3VRDB 1EL7A 1OJCA 1GRTA 2DKHA 3IC9A 1KDGA 3CNDA 1S3BA 1VG0A 2XLPA 3I6DA 3VR9A 4H2QA 4Z24A 5BVAA 3CGEA 3LOVA 1GV4A 2YG6A 3GMCA 4ZN0A 2BS4A 1K0IA 1XHCA 2BACA 3ZDNA 4DSHA 4JNQA 4U2LA 4TM0A 1GPEA 3KA7A 3BHFA 4H2RA 4YSXA 2XLSA 2VOUA 4X9NA 2BXSA 1EL9A 4AP1A 3LJPA 2OLNA 2B9XA 1P2HA 1L0VA 2PHHA 1PS9A 2XVJA 5EB4A 1COYA 1VG9A 3ISHA 3AXBA 1DNCA 2V5ZA 3IWAA 4A6NA 1KNPA 1OJTA 1HYUA 1CC2A 1N4VA 4IA5A 5IQ4A 4XWZA 1UKVG 2Y6QA 1JNRA 2YLZA 4J36A 3S5WA 2NVKX 2BK4A 3BI2A 4EMJA 5CKUA 2E5VA 4GCMA 1TYTA 2WP9A 2C76A 4B69A 1TYPA 4EMWA 1DJNA 1GRAA 3IHGA 1L9CA 1N4UA 3CGDA 1DODA 1GNDA 2A8XA 2VRLA 2WBAA 4Z2UA 1JNZA 3H8LA 4FK1A 1E39A 1NDAA 3LZWA 4YTMA 3P4SA 3ALLA 2C65A 3GD4A 2YLRA 3P4QA 5EB5A 4H4YA 5JCLA 1Y0PA 3CNTA 2O9ZA 1DJQA 3COXA 4C3YA 4WCTA 4Y4LA 5ER0A 2YR5A 4BURA 4EM4A 1KSUA 2CFYA 2YG5A 2OAMA 3DJGX 1PXBA 1YY5A 3K30A 4O5QA 2APGA 2VVMA 4A7AA 2FJAA 1GERA 1E1KA 1D7YA 4AOXA 4FDCB 2B9WA 1RYIA 3UTHA 3NHOX 1ZKQA 4H2NA 3GRTA 1H81A 4ECHA 2GMJA 1GREA 4X4JA 4U8PA 5EBKA 2R0PA 3DGZA 1LQUA 5J60A 4AP3A 1FEBA 3ATQA 4UDPA 5TR3A 2E1MA 2XFUA 4H2PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

2GT6A 3FR3A 2H0HA 1TRBA 3C1RA 2GV8A 2BCPA 2WP6A 3Q6JA 1IJHA 5ECQB 1PFOA 3ZMLA 4YQMA 2VD0A 5F05A 1IUVA 1HD2A 4MMMA 2C67A 2BTOT 3VURA 2HRKA 3TJFA 3TGZA 4EF0A 2WULA 1SJZA 4RI7A 2YVFA 2CVJA 5M10A 2QA1A 4GWRA 2EC4A 4OPTA 3T37A 3HXSA 3H4KA 1R7HA 3DWVA 4E8EA 2BA9A 4U8NA 3WE0A 1B8XA 1OYJA 2I4AA 1QJDA 5KWFA 3UVTA 3RBTA 3UKHA 1VF1A 2HSHA 1FECA 1SJIA 1MO9A 1O5WA 1GTHA 2AHEA 2CAQA 2NBSA 2IIDA 1ZMAA 3HCZA 1GRXA 1YQ3A 1F37A 2VOCA 5DVBA 2TMDA 3DA1A 2F8AA 3KTBA 3II4A 3AE1A 4N0VA 4J31A 5DALA 3CMIA 3ZZXA 1K0LA 1E1NA 3CSIA 2C66A 2C0GA 2YLXA 3MWHA 4TLZA 2YZUA 2PVQA 5FWGA 4YSHA 2Z9SA 1TW9A 5A4VA 1T00A 5FHIA 2VL2C 3I6AA 4TLXA 4ZCCA 3J7Yk 4PTSA 3AB1A 4X43A 3TJBA 1K0BA 4PX1A 3HYPA 3FHKA 3C96A 5JCNA 1A2MA 2OACA 4XS4A 3F3RA 4GF7A 2A2RA 3QVPA 10GSA 3QSSA 4J56E 4JU5A 2DJKA 2H1DA 3NYEA 4OPUA 1JZOA 1YKCA 1BGNA 3PVCA 4MJEA 2HNLA 1XVWA 1B4VA 4G0LA 4ZL7A 3W8JA 3GH9A 1TDNA 3TJJA 1QMVA 3V3OA 5ECKB 1PSQA 2AQJA 3NYCA 3L9UA 5ECIB 3SBCA 4HDEA 3DVWA 5U25A 3PINA 1XZOA 2I3YA 2JB3A 2Q0LA 1SYXA 2IJYA 4POMA 1GUMA 2QAEA 5IMDA 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1AQVA 1FL2A 3V3NA 3SZWA 2JADA 2ZNMA 1PN0A 1H75A 4ZB6A 5GSNA 1ZX9A 2GF3A 5ABRA 3Q18A 1TKDB 2V60A 1JZDA 4KSMA 5B6MA 1M6IA 1K0CA 1S2YA 4FX9A 2NTOA 1C72A 5B6NA 3AY8A 3KP9A 2H30A 4ULXA 3KM6A 3HJPA 2CA8A 3BBYA 3HVXA 3IOSA 3AWIA 5IO2A 3GHAA 4EQRA 3TKSA 3D4TA 5DQYA 2XVEA 4I6XA 2QC7A 3RAZA 2RM5A 2RGOA 2IPAA 4POLA 2ZBWA 3LYKA 1OJDA 1KTEA 2X99A 1SD9A 3IV4A 2FJEA 1XWGA 4MNNA 3QMXA 1USBA 1XBSA 5F06A 4HA6A 1WPIA 1DUGA 4LMVA 4U8MA 4ZILA 2N5BA 5J4UA 1MXTA 2NVLA 3SYIA 3CNJA 4NWZA 3JSKA 2F51A 3NH3X 4OFTA 4WR5A 3IR4A 3UKQA 3NNEA 1N1PA 3HD5A 1T4ZA 3NTDA 1A0FA 1ZMCA 4POBA 2WHDA 2OA1A 3G5SA 3P4PA 3WGDA 5LCZA 2Q6UA 1D4EA 1NHYA 4HUAA 1D7LA 4FK1C 2DJ3A 1TRSA 2DSAA 1OC9A 3ALMA 3MIXA 5G30A 5KRQA 3BJ5A 4ILFA 1JHBA 1GSDA 4N30A 3IBHA 3CYNA 1HNCA 3OZ2A 1TRVA 4GQFA 1GRBA 3A5IA 1JOAA 2V61A 4ZCDA 4D03A 8GSSA 3GNJA 3GRXA 4RSLA 1ZYEA 22GSA 1HNBA 2C70A 3CPHG 4KF9A 4PABA 2B7KA 4B1BA 1ML6A 3NT6A 4BWSA 4KX6A 2YWLA 1B5QA 3TUEA 5KEJA 4EE0A 3UTEA 1XWKA 1U3AA 5H5SA 2K8SA 4EC0A 3PO7A 3HJMA 1R5PA 5B8AA 5KN1A 3QVRA 2HZEB 2B6MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2GT6 A;  3FR3 A;  2H0H A;  1TRB A;  3C1R A;  2GV8 A;  2BCP A;  2WP6 A;  3Q6J A;  1IJH A;  5ECQ B;  3ZML A;  4YQM A;  2VD0 A;  5F05 A;  1IUV A;  1HD2 A;  4MMM A;  2C67 A;  2BTO T;  3VUR A;  2HRK A;  3TJF A;  3TGZ A;  4EF0 A;  2WUL A;  1SJZ A;  4RI7 A;  2YVF A;  2CVJ A;  5M10 A;  2QA1 A;  4GWR A;  2EC4 A;  4OPT A;  3T37 A;  3HXS A;  3H4K A;  1R7H A;  3DWV A;  4E8E A;  2BA9 A;  4U8N A;  3WE0 A;  1B8X A;  1OYJ A;  2I4A A;  1QJD A;  5KWF A;  3UVT A;  3RBT A;  3UKH A;  1VF1 A;  2HSH A;  1FEC A;  1SJI A;  1MO9 A;  1O5W A;  1GTH A;  2AHE A;  2CAQ A;  2NBS A;  2IID A;  1ZMA A;  3HCZ A;  1GRX A;  1YQ3 A;  1F37 A;  2VOC A;  5DVB A;  2TMD A;  3DA1 A;  2F8A A;  3KTB A;  3II4 A;  3AE1 A;  4N0V A;  4J31 A;  5DAL A;  3CMI A;  3ZZX A;  1K0L A;  1E1N A;  3CSI A;  2C66 A;  2C0G A;  2YLX A;  3MWH A;  4TLZ A;  2YZU A;  2PVQ A;  5FWG A;  4YSH A;  2Z9S A;  1TW9 A;  5A4V A;  1T00 A;  5FHI A;  2VL2 C;  3I6A A;  4TLX A;  4ZCC A;  3J7Y k;  4PTS A;  3AB1 A;  4X43 A;  3TJB A;  1K0B A;  4PX1 A;  3HYP A;  3FHK A;  3C96 A; 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4YKGA

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sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations