4Z2RA

Crystal strucutre of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase from pseudomonas azelaica
Total Genus 187
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
187
sequence length
581
structure length
566
Chain Sequence
AETDVLIVGAGPAGAMSATLLASLGIRSLMINRWRSTSPGPRSHIINQRTMEILRDIGLEESAKSLAVPKEYMGEHVYATSLAGEEFGRIPAWASHPQAHAEHELASPSRYCDLPQLYFEPMVVSEAALRGADVRFLTEYLGHVEDQDGVTARLLDHVSGAEYEVRAKYIIGADGAHSLVAQNAGLPFEGQMGIGDSGSINIEFSADLSSLCEHRKGDMYWMFGVAALRMIRPWNKWICVWGYPEITKEEAKKIIHEIIGTDEIPVEVGPISTWTINQQYAVRNTSGRVFCMGDAVHRHTPMGGLGLNTSVQDAYNLAWKLALVLKGTAAPTLLDSYDAERSPVAKQIVERAFKSLSTFPPVFEALSLPPAPTESEMAEALVRLKDASEEGAKRRAALRKAMDATIIGLGGGHGVELNQRYVSRAVFPDGTPDPGFVRDQEFFYQASTRPGAHLPHVWLTENQRRISTLDLCGKGRFTLLTGLSGAAWKHEAEQVSQSLGIELKVCVIGPGQEFVDTYGEYAKISEIGESGALLVRPDMFIAFRAKDASREGLEQLNVAVKSILGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase with bound substrate provides insights into the enzymatic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
molecule tags Oxidoreductase
source organism Pseudomonas nitroreducens hbp1
total genus 187
structure length 566
sequence length 581
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4z2rA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4z2rA01
3RP7A 3KLJA 4A6NB 4EQWA 2WS3A 3GDNA 2YG3A 4REKA 2GQFA 3OZ2A 1GSNA 4H4RA 1IUUA 1E1MA 2RGHA 1B8SA 4K8DA 4U8PA 4H4QA 2GVCA 4ICYA 2YQUA 2VRLA 5HHFA 4BV6A 3AB1A 1B5QA 2NPXA 3NLCA 1LPFA 2GB0A 2RGJA 1KNRA 1DODA 4DNAA 1F3PA 4EMWA 5HXIA 1O95A 1PDHA 1QO8A 1JRXA 2YLTA 1YQ3A 3DJGX 4B66A 1COYA 4BJYA 3EPTA 1FEAA 3CNDA 4YTPA 4BK3A 3L8KA 1P2HA 1CJCA 2XFNA 3VRDB 5KRQA 2V61A 3F8PA 3UKKA 1BZLA 2YLSA 3II4A 3IWAA 4N9XA 2YWLA 1PXBA 2DKIA 1GESA 2R4EA 5JCNA 4OPIA 2H89A 1M64A 3GWFA 2A89A 4AP3A 1OJCA 2ARDA 1H82A 3BI5A 3IC9A 1H83A 4H4ZA 1FOHA 3P4PA 5FS6A 3IHMA 1LV0A 2BXSA 2VVMA 3RNMA 4K22A 4IVMB 4AT0A 4D04A 2V3AA 2BS2A 2WDVA 4U8IA 1VDCA 1NG4A 1S2QA 4I59A 2EQ7A 4A65A 4TM3A 4CNJA 2DKHA 4ZN0A 2XFPA 3CPJG 4EIQA 2R0GA 2GAGB 2YG6A 1REOA 3DK8A 4B69A 1FEBA 2JAEA 2YLXA 1TYPA 3KVEA 2WOVA 4J33A 1ZKQA 4WCTA 1PXAA 1M6IA 2C65A 1EL5A 2GH5A 4GCMA 3VRAA 4EQXA 4E0VA 3DJJA 4K5SA 2FBWA 4RG3A 2YLWA 2XFOA 2JKCA 3REDA 4U2LA 3UKFA 1VQWA 4EQSA 3QSMA 1NDAA 3I3LA 4GR1A 2C3CA 1GRAA 2OLOA 3BHFA 1GT8A 4LU6A 4AOSA 1CJ3A 2YVGA 3PO7A 2EQ8A 3K7QX 3AE1A 4BURA 3SM8A 1NEKA 4JDRA 3QJ4A 1JOAA 4OPCA 2C64A 1GTEA 3C96A 3UKLA 1CJ2A 4X4JA 3AYJA 1JU2A 1KFYA 3EF6A 4H4WA 1H6VA 2XLPA 2APGA 3QSEA 2J3NA 4H2RA 1KSSA 3LZXA 3URHA 5L46A 2WESA 4ECHA 3UOXA 4B67A 4K5RA 1BF3A 1H7WA 1PBFA 5U63A 4CY6A 3BI4A 1H84A 4EMJA 1ZK7A 3NK1X 2R0CA 1XHCA 3COXA 2V60A 4D03A 3CPHG 4Z2UA 3NTDA 3DMEA 3SFEA 4AOXA 3NK0X 4YSHA 1XPQA 2E4GA 2GRTA 1IUVA 1YKJA 2QAEA 1EL8A 4K2XA 1L9CA 3Q6JA 1NHSA 1JEHA 1CC4A 2BCPA 4XXGA 3T37A 3UTGA 2Y6QA 4OPUA 1LQUA 4C3XA 1GERA 4NEVA 4Z24A 3UP4A 2YM2A 1VG9A 4HA6A 4X9NA 5JCLA 2E1MA 3AD8B 2AR8A 4IV9A 4BK1A 1GRBA 2UZZA 2WOWA 4FK1C 4GRTA 4J57A 4USRA 4RG4A 4YTMA 3EANA 5ER0A 1D7LA 2C76A 3NN0X 4JNQA 1E7PA 2WHDA 1NHPA 3UOVA 5CQFA 5IQ4A 4CCRA 3NH3X 1DOBA 3NKSA 2GMJA 2V6OA 3P1WA 2GR3A 3F8DA 1SEZA 1N4WA 1AOGA 1K0JA 3ALLA 3AE8A 3LOVA 2VOUA 1H86A 3V76A 2B76A 3P4QA 2BABA 1TDKA 2BACA 1L9DA 2B7RA 1ZY8A 2TMDA 2A8XA 4IA6A 4U2TA 1GRHA 4EIPA 1IJHA 3DA1A 3NGCX 3QVPA 2AQJA 2VZ2A 3FMWA 3FPZA 4MJWA 2YVJA 3AXBA 2XLTA 2Q7VA 3LJPA 2IVDA 3S61A 2XLSA 4NZHA 1F6MA 1MOKA 1N4UA 1S3BA 2YR4A 2Z5XA 1B37A 3AWIA 3K30A 4K7ZA 4NTCA 5FS9A 5U1OA 1Y56A 4B65A 5EOWA 3CTYA 2QA2A 1GALA 2C72A 4FK1A 1BWCA 3UKPA 1GV4A 4OCGA 4M52A 1MXTA 2CDUA 3O0HA 4XWZA 1PHHA 2XCGA 4YKGA 2B7SA 5HY5A 2R46A 5LV9A 1GRFA 2I0ZA 2WU5A 3NHOX 3GMCA 2GQWA 1PJ6A 3ATRA 2C67A 4C5OA 4YSZA 3AE5A 1ZOVA 1LQTA 4H4PA 1RP0A 4X9MA 3ATQA 3CNJA 5J7XA 1CBOA 3QVRA 2GR1A 4JY2A 3SFDA 1ZP0A 2ZZ0A 2FJDA 3AE2A 5J60A 1PS9A 5KVIA 3V3NA 1V59A 2Q0LA 4Y4LA 1P2EA 5GSNA 3BHKA 4WX1A 2AAQA 2BA9A 1HYUA 3D8XA 3GYIA 3Q9TA 5C2TA 1H7XA 4H2QA 1O5WA 1L9EA 4C74A 1K4QA 3CNSA 3ICSA 2VVLG 2NVKX 1QJDA 4OPLA 5EB4A 3B3RA 5EB5A 3AE6A 3LB8A 3ALMA 3K7MX 1QLBA 1S3EA 2YG7A 4U2SA 4APNA 5BRTA 1E6EA 3BNMA 4GDPA 3QFAA 2Q0KA 4U8KA 3WE0A 5IPYA 2FJEA 1GTHA 4IA5A 2CULA 4NTEA 2R45A 1GRGA 1GNDA 1FL2A 3EAOA 5KXJA 3HZLA 1GPEA 5CKUA 4NTDA 4LA1A 4ZCDA 5BUKA 2WP9A 1NENA 3AE4A 1K0LA 2WOIA 3BI2A 3GDPA 4DSGA 3UKAA 4CBQA 5IQ1A 4O5UA 2OALA 4H2NA 4J2WA 2WEUA 2XVJA 1PJ7A 4H4TA 2CVJA 4KX6A 1RYIA 2XVIA 4ADWA 1LTXR 2TPRA 3NIXA 3CGBA 1NPXA 3M0OA 4TLXA 2C3DA 3F8RA 3DH9A 3UKQA 3DK9A 4TLZA 1BKWA 1DJNA 4A99A 3I6DA 3AE7A 5M0ZA 2WDQA 4YSXA 5JCMA 2BCGG 2C7GA 2H88A 4H4UA 2BC1A 4Z26A 4PAAA 5M10A 3FG2P 1JRYA 2XDOA 3H8IA 2Y6RA 1KSUA 3ISHA 1H81A 1Y0PA 1OJDA 4IVOB 3ZDNA 4Z43A 5KWFA 4OPGA 4B68A 1CHUA 1PBEA 4RSLA 4H7UA 3H4KA 4H4XA 2VVLA 2BS3A 1IUTA 1IUWA 4J34A 2V3BA 3C4AA 1D4CA 5GRTA 3GWDA 3UOYA 4EQRA 4USQA 4HB9A 1K0IA 1FCDA 1TDNA 3NG7X 3DJDA 4BJZA 2IIDA 2BK3A 2GF3A 4FDCB 5FMHA 4Y4NA 2YLRA 3NYFA 3GYJA 3CPIG 4YKFA 3QFBA 3M12A 5JCIA 3KA7A 3NTAA 1ZDLA 4TM4A 5HYMA 1EL9A 2WPFA 2BK4A 1N1PA 2ZBWA 3CGEA 1GXFA 2BK5A 1DOEA 3AYIA 1GETA 3ALJA 2WPCA 4U8OA 2YR5A 2XFQA 3AECA 4UDPA 2WPEA 2X8HA 3M13A 1NG3A 3SGLA 3SQPA 3L1RA 1GRTA 3KD9A 3GRTA 2GEWA 2JK6A 4A9WA 3JSKA 4FX9A 4J31A 5U25A 2XFUA 1Y56B 3LZWA 4EM4A 1PJ5A 2XLRA 3PS9A 4EMIA 2BYBA 5FS8A 2W0HA 1DOCA 1GREA 3VR8A 2PHHA 3CN8A 4YT0A 1FECA 1D4EA 4U8MA 3UKHA 4UP3A 1DXLA 2JBVA 3D1CA 3NRNA 5FS7A 2BC0A 3OC4A 3E1TA 3AEEA 3FBSA 3NNEA 2C66A 3GMBA 4O5QA 3AD7B 2VQBA 3UTEA 3CGDA 1PN0A 1TRBA 3UP5A 2OLNA 3B6DA 1BGJA 4A6NA 1ZOYA 3AEBA 1GEUA 3VRBA 1UKVG 2R4JA 2GAHB 2C75A 1E1LA 3GRSA 1XANA 4A7AA 1B4VA 4Z25A 2YM1A 5DBJA 4AT2A 3KKJA 4C3YA 1TYTA 1D5TA 2WU2A 1X31B 4JN9A 1TDEA 1VG0A 3GD3A 2FJAA 2E5VA 4A79A 1EBDA 2WQYA 3AEDA 3LADA 4GF7A 4UDRA 1PBCA 2RGOA 3CNTA 2JB3A 1Q9IA 3RHAA 2HQMA 2IVEA 2XLUA 4NEWA 2BXRA 4XWRA 2GR0A 3AE3A 2WDRA 3NN6X 2FJBA 2EQ6A 2EQ9A 3ABVA 3AEFA 5BVAA 2ACZA 1ZMDA 4H4YA 3FIMB 4OVIA 2X50A 3S5WA 1BGNA 1NHRA 4Y4MA 3VR9A 1JNRA 4YWOA 4ZCCA 1JNZA 4UDQA 3QSSA 1Q1WA 4Z2RA 2GMHA 2JB1A 1KNPA 3C4NA 4GDEA 4U8NA 1IUXA 1D4DA 2R0PA 4YSYA 1YQ4A 5EBKA 1N4VA 2YG4A 4YTNA 4YXDA 3GD4A 1F8SA 2CFYA 4A5LA 4OPDA 3G5QA 2YVFA 1ZX9A 1PXCA 2X99A 4U8JA 4J36A 1RSGA 2RABA 4TM0A 4U8LA 4PABA 4B64A 3P4RA 3P4SA 3RP6A 1DJQA 2X3NA 1PBBA 4J56A 1OJ9A 4CY8A 2R9ZA 3NYCA 3DGZA 3K7TA 3UTFA 3KU9A 1D7YA 1JRZA 3VQRA 4CRTA 3CGCA 2YR6A 4CNKA 4DSHA 2A87A 1GOSA 4H4SA 3P9UA 5TR3A 4BK2A 1W4XA 4JY3A 2PYXA 2YG5A 3GSIA 1F8RA 3ADAB 2ZZCA 3PVCA 4H50A 3AEGA 1TDOA 2F5ZA 4GUVA 3RP8A 4DGKA 1YY5A 1E1KA 3CIRA 1KF6A 3G5SA 1F8WA 5KOXA 1LVLA 1DNCA 1CL0A 2JB2A 4P9SA 2B9YA 3DK4A 3NT6A 4TM1A 1VRQB 2X8CA 1ELIA 3LXDA 4H2PA 4JQ9A 3UTHA 2GR2A 1CJ4A 4AP1A 5BULA 4CCQA 4I58A 4KPRA 1S2YA 3AEAA 1E39A 4OPTA 2C73A 3IF9A 3ZYXA 2B9XA 3ICRA 3DGHA 1NAAA 4Z44A 3ICTA 1YQZA 2XYOA 2OAMA 4B1BA 3ITJA 3NK2X 2O9ZA 3R9UA 1KDGA 3AD9B 2QA1A 4LIIA 1E1NA 4C77A 3H8LA 3AYLA 5JCKA 1Z6LA 4JNAA 2OA1A 1CF3A 2ZZBA 2WBAA 2VQ7A 3IHGA 2VRMA 4Z2TA 2V5ZA 2XVHA 1MO9A 2YLZA 3BNUA 3UCLA 1TDFA 2GV8A 3KPFA 5KVHA 4B63A 1IUSA 1NHQA 3NYEA 1Q1RA 2Q6UA 1CC6A 5KOWA 2XVFA 1EL7A 1OJAA 3G5RA 1LJ1A 2BS4A 5C3JA 2QCUA 1ONFA 1O94A 2B9WA 2XVEA 2Z5YA 2WP5A 3DJEA 1CC2A 1L0VA 3UOZA 2C70A 1XDIA 3CNPA 1OJTA 4EM3A 1PBDA 1ZMCA 2WETA 2YAUA 2X8GA 3AE9A 4H4VA 2WP6A 3V3OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HQSA 3TJKA 5AIXA 4A6NB 4EQWA 3GDNA 4REKA 2GQFA 3MDKA 2REMA 3OZ2A 3HVSA 1E1MA 1B8SA 3O6TA 2GVCA 1BX9A 3PINA 4ICYA 5HHFA 4MF5A 3C1SA 1ABAA 3AB1A 1B5QA 5HR3A 4MPFA 4EMWA 1O95A 3NZNA 1X9WB 4WKWA 1YQ3A 4B66A 2GZPA 1XVWA 1FEAA 1XWGA 1P2HA 1CJCA 4DVCA 2XFNA 3UKKA 3R2QA 2YLSA 1XFLA 3TUEA 1PKZA 4CHSA 2A89A 4PX1A 3F9UA 3P4PA 5FS6A 3IHMA 2VVMA 2CAIA 1T4YA 1YF0A 4IVMB 4D04A 5G30A 3ZL5A 1VDCA 1PL2A 3CYNA 4I59A 2XFPA 3CPJG 3E0UA 3HYWA 1UA5A 3ZTLA 4ULXA 1REOA 1FEBA 2JAEA 2YLXA 1JFUA 3QDNA 1TRWA 3KVEA 4KW6A 3UBKA 1A8LA 1O7UA 4WCTA 2H76A 3RHCA 3VRAA 4PTSA 1ERUA 1F37A 5AIVA 3REDA 4MLYA 18GSA 1VQWA 3QSMA 3I3LA 1NSWA 2OLOA 5GSSA 1CJ3A 4HI7A 4WF4A 3PO7A 2EQ8A 3K7QX 1WE0A 3AE1A 2R2JA 3SM8A 2DIYA 2NTOA 1SL1B 4JDRA 1SJ6A 2C64A 2P5RA 4BPYA 1CJ2A 3A2VA 2HE3A 5CO3A 2XPEA 2DBCA 2GSQA 3EINA 3MWHA 2WS2A 4XS6A 1GTAA 2VCQA 4KCAA 2H6YA 3SZWA 2YJ7A 1AIUA 3UOXA 4B67A 1PBFA 5U63A 3L9SA 3D6IA 1ZK7A 1LJRA 2V60A 3COXA 4Z2UA 3DMEA 14GSA 2E2MA 2L59A 3IDVA 3NK0X 2GRTA 2P5QA 3RHBA 1L9CA 4XXGA 1JEHA 2BCPA 3IOSA 4OPUA 4G10A 4KA0A 1GERA 5J4UA 1OKTA 4Z24A 2YM2A 2HI7A 4BVYA 1AQXA 5IMCA 4K2DA 1FB0A 4IV9A 4HU9A 1FB6A 3KH7A 2UZZA 4GRTA 4J57A 4USRA 4RG4A 5DCGA 5A4WA 1M3IA 1F2EA 8GSSA 1D7LA 3ZMKA 3UOVA 1NHPA 5IQ4A 4YQVA 9GSSA 2LTKA 4CCRA 3GL5A 1DOBA 3P1WA 5J9CA 2GR3A 3F8DA 1N4WA 1AOGA 2IJYA 2VM1A 1ZZYA 2GLRA 2KUCA 2MZCA 4MCUA 4TN8A 4TR3A 4EIPA 4ZBDA 3FZ9A 3QVPA 5KEJA 4J2FA 3AXBA 5CP1A 2HSHA 4N10A 2XLSA 1ZL9A 1QQ2A 1N4UA 3AWIA 4G9HA 4NTCA 5FS9A 1VRSD 1ZYNA 3DKSA 4YAPA 1Y56A 1A23A 1GALA 1BWCA 4FYCA 1GV4A 1PGTA 4OCGA 3WT2A 2PN8A 1PMTA 3KM6A 1ZYPA 3TJGA 2NDOA 1G7OA 1QFNA 2XCGA 4AF2A 1K0OA 2B7SA 2CT6A 4EXJA 2WU5A 2RM5A 3ZITA 1M2DA 2GQWA 2C67A 3IK9A 2DSAA 4NAXA 4YSZA 3AE5A 4G2EA 12GSA 2VCTA 3NIVA 3ATQA 3KP8A 3SFDA 5HR2A 2WCIA 5FHIA 2IIYA 1V59A 4Y4LA 5GSNA 4WX1A 4GSSA 1YEXA 5J41A 1SL0B 1XG8A 1PX6A 4G19A 2QSIA 1U3IA 1O5WA 3T31A 3CNSA 3GN3A 2E2GA 3M1GA 2NVKX 3KPKA 2M80A 4ZL9A 1M2BA 1QLBA 4V1Ap 2K8VA 4PQIA 4U8KA 2Q0KA 3WE0A 2FJEA 3M3MA 3GRXA 3PH9A 4G6GA 5KXJA 4L0UA 3DVXA 4GAPA 4I97A 4XS4B 4NTDA 5IIZA 4XCSA 2WOIA 1Q4JA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HQS A;  3TJK A;  5AIX A;  4A6N B;  4EQW A;  3GDN A;  4REK A;  2GQF A;  3MDK A;  2REM A;  3OZ2 A;  3HVS A;  1E1M A;  1B8S A;  3O6T A;  2GVC A;  1BX9 A;  3PIN A;  4ICY A;  5HHF A;  4MF5 A;  3C1S A;  1ABA A;  3AB1 A;  1B5Q A;  5HR3 A;  4MPF A;  4EMW A;  1O95 A;  3NZN A;  1X9W B;  4WKW A;  1YQ3 A;  4B66 A;  2GZP A;  1XVW A;  1FEA A;  1XWG A;  1P2H A;  1CJC A;  4DVC A;  2XFN A;  3UKK A;  3R2Q A;  2YLS A;  1XFL A;  3TUE A;  1PKZ A;  4CHS A;  2A89 A;  4PX1 A;  3F9U A;  3P4P A;  5FS6 A;  3IHM A;  2VVM A;  2CAI A;  1T4Y A;  1YF0 A;  4IVM B;  4D04 A;  5G30 A;  3ZL5 A;  1VDC A;  1PL2 A;  3CYN A;  4I59 A;  2XFP A;  3CPJ G;  3E0U A;  3HYW A;  1UA5 A;  3ZTL A;  4ULX A;  1REO A;  1FEB A;  2JAE A;  2YLX A;  1JFU A;  3QDN A;  1TRW A;  3KVE A;  4KW6 A;  3UBK A;  1A8L A;  1O7U A;  4WCT A;  2H76 A;  3RHC A;  3VRA A;  4PTS A;  1ERU A;  1F37 A;  5AIV A;  3RED A;  4MLY A;  18GS A;  1VQW A;  3QSM A;  3I3L A;  1NSW A;  2OLO A;  5GSS A;  1CJ3 A;  4HI7 A;  4WF4 A;  3PO7 A;  2EQ8 A;  3K7Q X;  1WE0 A;  3AE1 A;  2R2J A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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