4CY6 | Genus

Total Genus 181

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	181
sequence length	582
structure length	561
Chain Sequence	SAETDVLIVGAGPAGAMSATLLASLGIRSLMINRWRSTSPGPRSHIINQRTMEILRDIGLEESAKSLAVPKEYMGEHVYATSLAGEEFGRIPAWASHPQAHAEHELASPSRYCDLPQLYFEPMVVSEAALRGADVRFLTEYLGHVEDQDGVTARLLDHVSGAEYEVRAKYIIGADGAHSLVAQNAGLPFEGQMGIGDGSINIEFSADLSSLCEHRKGDMYWMFRVGVAALRMIRPWNKWICVWEEAKKIIHEIIGTDEIPVEVGPISTWTINQQYAVRNTSGRVFCMGDAVHRHTPMGGLGLNTSVQDAYNLAWKLALVLKGQAAPTLLDSYDAERSPVAKQIVERAFKSLSTFPPVFEALSLPPAPTESEMAEALVRLKDASEEGAKRRAALRKAMDATIIGLGGGHGVELNQRYVSRAVFPDGTPDPGFVRDQEFFYQASTRPGAHLPHVWLTENQRRISTLDLCGKGRFTLLTGLSGAAWKHEAEQVSQSLGIELKVCVIGPGQEFVDTYGEYAKISEIGESGALLVRPDMFIAFRAKDASREGLEQLNVAVKSILGR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	2-HYDROXYBIPHENYL-3-MONOOXYGENASE
publication title	Structures of the Apo and Fad-Bound Forms of 2-Hydroxybiphenyl 3-Monooxygenase (Hbpa) Locate Activity Hotspots Identified by Using Directed Evolution. pubmed doi rcsb
source organism	Pseudomonas nitroreducens hbp1
total genus	181
structure length	561
sequence length	582
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 1.14.13.44: 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase.
pdb deposition date	2014-04-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01494	FAD_binding_3	FAD binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.120	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4cy6A03
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4cy6A01

2CULA 1N4VA 3G5QA 4NTDA 1ZMDA 2XLRA 1DOBA 2E5VA 2XVIA 4J34A 3AWIA 4JN9A 1DJNA 4RG4A 3CIRA 5M0ZA 2WOVA 1PXBA 2JK6A 4XXGA 1GREA 2APGA 2XCGA 3P4RA 2UZZA 2XVJA 3BNMA 1XHCA 3AE9A 3D8XA 1JNRA 1TYPA 3M0OA 3NN6X 5LV9A 3AEDA 4Y4MA 1NENA 4H4SA 2WDVA 1GEUA 3AYIA 1E1LA 2XDOA 1GV4A 3SM8A 4CNJA 2YM2A 3DK8A 4IV9A 1CJ3A 1IUUA 1Y0PA 4U2SA 1QJDA 3KU9A 3K7TA 3CNDA 3AEAA 3P4SA 1GPEA 1CJCA 3P4QA 2QA1A 2Q0KA 1KNRA 2BACA 2PYXA 3CPJG 2B76A 4FX9A 4OPGA 2BABA 4YTMA 4JDRA 5FS6A 2BXRA 5IPYA 4H4ZA 3UOZA 1VQWA 2EQ8A 3UTEA 4EMJA 1N4WA 1MXTA 2J3NA 3ATRA 3EAOA 1GOSA 2WU2A 4J36A 3UKLA 3COXA 4Z24A 4I58A 1VDCA 3UKAA 1F3PA 2WOIA 3REDA 3O0HA 2WPEA 2R4JA 3CNSA 3ZYXA 1Q1RA 4YXDA 1AOGA 5GSNA 2JBVA 3BNUA 4CCQA 5JCNA 1GRBA 2JAEA 2NVKX 1TDOA 1Y56A 2YWLA 3Q6JA 4U8JA 4DSHA 2B7RA 3S5WA 4A99A 3H4KA 4C3YA 2JKCA 4OVIA 1KFYA 3KKJA 2Y6RA 4H4VA 4K5RA 3IHGA 3LXDA 3NIXA 3UKPA 2ARDA 2WQYA 5C2TA 5TR3A 3H8IA 3NYCA 4GDEA 1RSGA 2WP5A 3B3RA 3UOYA 4A6NB 1ZOVA 4IVOB 4H4TA 4H2PA 3VRBA 4ZN0A 4U8OA 1H7WA 2YM1A 5JCLA 2GH5A 4U2LA 3UKQA 4UDPA 1IUXA 3D1CA 2WOWA 4H4WA 4UP3A 4AOSA 1GNDA 2YLRA 1UKVG 2GR0A 2XFPA 2Z5XA 3NKSA 2C3CA 2GF3A 4Z2UA 1TRBA 1TDEA 4JNQA 1FEAA 4EMIA 3AE3A 4EMWA 3CGDA 1COYA 3NH3X 4U8IA 1FEBA 1Q1WA 1NHRA 2Q6UA 3NTAA 4JQ9A 4TM0A 1GRGA 2XYOA 4B65A 5DBJA 5KVHA 1KDGA 1LQTA 1CHUA 3JSKA 1N4UA 1B8SA 3UP4A 1ZP0A 2VVLA 2R0CA 3SFDA 3UP5A 4B66A 5BRTA 5KXJA 3C4AA 3NN0X 1TDKA 2YVFA 5IQ1A 2VVMA 3VR8A 2OAMA 3UTGA 3VR9A 1KNPA 3V3NA 1GT8A 1DNCA 3F8PA 2WU5A 3QSMA 4U8NA 5HXIA 1MO9A 4A7AA 3V3OA 4H4YA 4FDCB 1CJ4A 3ALJA 2ACZA 2Q0LA 2WS3A 5BVAA 4H4XA 2GAHB 4EIPA 3KD9A 4UDRA 3AE8A 3G5RA 2XLSA 2XFNA 3DK4A 3NK1X 3NYEA 5GRTA 2GMHA 2R9ZA 1OJ9A 1NAAA 2GB0A 4A5LA 1P2HA 2VQBA 5KOWA 2WP6A 4CCRA 4KX6A 4Y4NA 1YQ3A 1ELIA 1LJ1A 1L9EA 4OPTA 3SGLA 2CVJA 1SEZA 2I0ZA 3FBSA 3BI5A 1ZOYA 1F8RA 3RP8A 1BZLA 1ZK7A 4U8PA 3AD9B 4J56A 3GWDA 2GQWA 3QJ4A 3QSEA 1VG9A 2RGHA 3KPFA 3ZDNA 1GRFA 5JCKA 1S2YA 2H89A 2RGJA 2FJBA 4JY3A 3RP6A 2A87A 3ICTA 3FIMB 1NG4A 3DGHA 1PBBA 1CC2A 1KSUA 4ZCCA 3RP7A 3LB8A 2X99A 3L8KA 2BA9A 3KA7A 4APNA 1OJCA 1BKWA 3L1RA 2XLTA 2RGOA 4B64A 4D03A 3P1WA 2C64A 2QAEA 3KVEA 4IA5A 2R45A 1LQUA 1FCDA 3BI2A 4JNAA 4EM3A 3NGCX 1YQZA 2QA2A 4FK1A 3Q9TA 2YG6A 3NYFA 4H4PA 1FOHA 1H86A 3T37A 4B63A 3AE1A 1JNZA 2VVLG 4OPCA 4H4RA 2BS2A 4Z25A 3ISHA 2YLTA 3DMEA 2YAUA 4OPIA 1TDFA 3AYJA 2Z5YA 3DK9A 3PVCA 4BJYA 2IVDA 4Z44A 1B4VA 4H4UA 4DNAA 2ZBWA 3GDNA 2YVGA 1W4XA 4AP3A 2V3AA 1O94A 2YG5A 2JB2A 3LZWA 3R9UA 2V60A 4C77A 1EBDA 2B9WA 4TLXA 2VQ7A 1DOEA 4ADWA 4YKFA 3AECA 4H50A 2WDRA 2B9YA 4JY2A 4LU6A 3H8LA 2DKHA 2TPRA 1K0LA 4H2RA 3C96A 4A65A 5CQFA 2B7SA 1OJAA 4EQWA 1D4DA 1CC6A 3DJJA 2V61A 4H2NA 4NEVA 4GRTA 3UKHA 3VQRA 2GVCA 2A89A 1PXCA 3CPIG 1IUVA 2VRLA 3CGBA 3GD3A 1JRZA 5BULA 3GMBA 3QSSA 2BS4A 2GAGB 3NLCA 2YLXA 2FJAA 3UTFA 2WEUA 4BK3A 2RABA 1E39A 1VRQB 3GRTA 4B67A 1PJ7A 2E4GA 2WHDA 3AD7B 3K30A 4DSGA 1GRHA 4U8LA 3VRDB 3I3LA 3LOVA 1PBDA 2GR3A 1DJQA 2YLWA 3GD4A 4GCMA 1O95A 4OPUA 4Z26A 2YLSA 4DGKA 2XVHA 3NT6A 4XWRA 2F5ZA 1FECA 4EQXA 2V3BA 3S61A 4J33A 4BJZA 3GMCA 1GESA 3CN8A 3G5SA 3UCLA 3ICRA 2YQUA 3ICSA 4U8KA 2EQ7A 4J57A 1IUWA 1PJ6A 2WP9A 1H6VA 2BS3A 3C4NA 2C73A 3OC4A 4LA1A 5FMHA 1REOA 3NG7X 1L9CA 4YTPA 3AEEA 1ZY8A 4REKA 2R4EA 5U1OA 1F8SA 1H84A 4HA6A 1QO8A 4TM1A 2YG4A 4K8DA 4D04A 4NZHA 2PHHA 4YSHA 4YT0A 1BGNA 1FL2A 2Y6QA 4B1BA 2ZZBA 1H82A 5EBKA 5EB4A 1IJHA 4YKGA 2WETA 3NRNA 5KRQA 2FJDA 1PHHA 3GSIA 4TM4A 4UDQA 1PJ5A 4C74A 1GERA 2JB1A 2QCUA 3CNPA 1Y56B 3GYIA 4YTNA 1YQ4A 1XDIA 4USQA 3EPTA 1DXLA 4YSYA 1H81A 3UOVA 2C66A 4B68A 3FG2P 4NTEA 4PABA 2WDQA 3V76A 1JEHA 5EOWA 4CY8A 2C67A 4CY6A 1MOKA 4EQRA 3M12A 3M13A 5J7XA 2BC0A 4YSXA 2GQFA 1NHSA 5U63A 1CC4A 2H88A 4A9WA 4TM3A 4E0VA 3LZXA 5HY5A 1ZMCA 4EIQA 3AE2A 5C3JA 1S3BA 3GYJA 1NDAA 4TLZA 3LJPA 1EL7A 2BK5A 1D4EA 1EL8A 2DKIA 5EB5A 2FJEA 3AD8B 2FBWA 1ZDLA 1NHPA 1Q9IA 2HQMA 5JCMA 3BI4A 4GF7A 4C3XA 3DH9A 3F8RA 3NK0X 4GR1A 1ZX9A 3AB1A 3SFEA 1CBOA 2YG7A 3ITJA 3BHFA 4XWZA 3NTDA 3IWAA 1GTEA 2WESA 1PBCA 3ATQA 2XVFA 1JU2A 2OLNA 2X8GA 1PBFA 1VG0A 3AEFA 2XFUA 4GUVA 1GTHA 2XVEA 1N1PA 5HHFA 2C72A 2R0GA 2YR4A 1D5TA 3CNJA 4A6NA 4ECHA 2BCGG 3RHAA 4EM4A 4OCGA 4O5UA 2C70A 3EF6A 1S2QA 4A79A 4B69A 1LVLA 4MJWA 2ZZCA 3ALMA 3AXBA 4AOXA 1LTXR 4IA6A 2E1MA 2C3DA 1LV0A 1H83A 1Z6LA 2C7GA 1PS9A 4GDPA 4KPRA 2YLZA 1F6MA 2EQ9A 5KOXA 1IUSA 1D4CA 2BYBA 4WCTA 3ALLA 3P9UA 1KF6A 3CGCA 1E1KA 3LADA 2OALA 4J31A 3GRSA 4ZCDA 4N9XA 2R46A 2XLPA 3AEBA 1L0VA 2X50A 5CKUA 4CRTA 2YR6A 4K7ZA 2AAQA 1H7XA 2BC1A 3OZ2A 1JRYA 1PN0A 4K2XA 1NG3A 3K7MX 4X9NA 5KVIA 4YWOA 3AE4A 3VRAA 1M64A 3DJGX 3BHKA 1KSSA 2BK4A 1JRXA 2X3NA 1X31B 2XFQA 5JCIA 3CTYA 4Z2RA 4J2WA 2BCPA 5HYMA 1O5WA 1HYUA 3UKKA 3HZLA 1ZKQA 2GMJA 2YG3A 1E1NA 1EL5A 1CL0A 1GETA 3KLJA 4PAAA 4BV6A 1GALA 1K0JA 4AT2A 1DODA 5BUKA 3E1TA 1OJTA 4BK1A 2GV8A 3QVPA 1TYTA 5FS8A 3DJDA 3FPZA 4OPDA 3WE0A 1YY5A 4BURA 2WBAA 4Z43A 5IQ4A 1D7YA 2C76A 3ABVA 4HB9A 3NHOX 3SQPA 3PO7A 1JOAA 1BF3A 1E7PA 1K0IA 2BXSA 2IVEA 2XFOA 5ER0A 3AE6A 2V6OA 2GEWA 1QLBA 4H7UA 3UOXA 2C75A 4AT0A 2IIDA 4NEWA 4U2TA 4U8MA 1GSNA 1EL9A 2EQ6A 3DJEA 1NPXA 4Y4LA 2O9ZA 2V5ZA 2YVJA 2VOUA 1PDHA 3AYLA 4RG3A 2A8XA 3QVRA 4P9SA 5FS9A 2OLOA 3UTHA 1B37A 2WPFA 5U25A 2W0HA 3B6DA 3I6DA 4H2QA 1GRTA 3F8DA 1RYIA 1IUTA 1E6EA 1CJ2A 2GR2A 1TDNA 5J60A 3AE7A 1ONFA 1B5QA 3CPHG 3EANA 4I59A 4M52A 4O5QA 1OJDA 4YSZA 2WPCA 4WX1A 2VZ2A 1GRAA 1D7LA 4IVMB 1V59A 1E1MA 2VRMA 1M6IA 2CFYA 2X8CA 2X8HA 4LIIA 4RSLA 2R0PA 4BK2A 2YR5A 4FK1C 1L9DA 2AR8A 2C65A 4X4JA 1XPQA 3PS9A 4K22A 2Q7VA 1RP0A 3UKFA 1PXAA 4ICYA 3NNEA 3GDPA 2XLUA 2ZZ0A 4OPLA 3IF9A 2CDUA 3DGZA 4H4QA 4USRA 1NHQA 5FS7A 3FMWA 3CNTA 3IC9A 4K5SA 5L46A 4EQSA 1LPFA 2OA1A 1S3EA 5M10A 4AP1A 3CGEA 4CNKA 4CBQA 4NTCA 5KWFA 2GR1A 1DOCA 1K4QA 2NPXA 3ADAB 4X9MA 1PBEA 1NEKA 1BWCA 1CF3A 2BK3A 3AEGA 3DA1A 3II4A 3QFBA 3AE5A 1BGJA 4Z2TA 3K7QX 3NK2X 3RNMA 1YKJA 1GXFA 1F8WA 3IHMA 2TMDA 4C5OA 1P2EA 2GRTA 2AQJA 2B9XA 3P4PA 3URHA 2JB3A 3QFAA 1XANA 3GWFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3G5QA 1ZMDA 3KTLA 4HJMA 2XLRA 2MBTA 4MLYA 4JR6A 2LQOA 2WOVA 1PXBA 1MDJA 4WF4A 2JK6A 3ZFBA 4KW6A 2APGA 5HFIA 5HR2A 3D8XA 3SY4A 3NN6X 4Y4MA 4DSSA 1NENA 1XVQA 3NIVA 1GV4A 4O7HA 3SM8A 3DK8A 4CHSA 4IV9A 1WRYA 2H1DA 1Y0PA 4U2SA 1PSQA 13GSA 3P4QA 2QA1A 1JLWA 1OVNA 1LBKA 2PYXA 4JDRA 2BXRA 3T2YA 4H4ZA 3UOZA 1VQWA 4OO5A 4POKA 3EAOA 5KNLA 1WJKA 3ME8A 1B4QA 3COXA 4I58A 2NPBA 3FR6A 3WGXA 1Q1RA 3R2QA 1AOGA 5GSNA 3GH6A 3QD9A 4WR5A 3F3RA 1TJDA 4NHZA 3UBLA 2VD0A 2B7RA 4MNNA 4A99A 3MSZA 1TP9A 4LMVA 4EL1A 3KKJA 3L78A 4K5RA 3IHGA 2QKEA 1O6JA 3LXDA 3CSIA 3M9JA 1MD3A 3GX8A 4OFMA 3VI5A 2H75A 5A4WA 2PVOC 3SYIA 4ZN0A 1FB6A 4BPYA 4K0NA 1IUXA 2WOWA 3D1CA 4H4WA 1A0RP 2WZ9A 1UKVG 3NKSA 3ZMKA 2XFPA 2C3CA 3QR6A 4Z2UA 2B1LA 3LWAA 14GSA 5A4UA 2DJKA 3GA4A 4EMWA 1G6YA 1FEBA 3KP9A 1BEDA 2Q6UA 5KVHA 4B65A 4Z7XA 3H8QA 5DAKB 1B8SA 4I2UA 4EF0A 2VVLA 3SFDA 5BRTA 3C4AA 1OE8A 5IQ1A 5F0GA 1IYHA 2CV4A 1KNPA 3V3NA 3F8PA 4ECCA 3QSMA 1TI3A 5HXIA 4IP6A 3T2KA 2DIZA 4EDYA 4FDCB 1AC1A 2DJJA 2H6YA 3SZWA 4DSRA 3HDCA 2JZTA 2GZYA 5JCUA 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5F06A 3UVTA 4MMMA 4HA6A 2YV7A 1EGOA 4EXJA 4D73A 5KN0A 2GZPA 3GRXA 5GAND 3FY7A 4D04A 1K0DA 4YT0A 2ZZBA 5EBKA 5G31A 5KRQA 2J23A 5HFKA 1GERA 3CNPA 1DXLA 4YSYA 1H81A 4G74A 3FG2P 5DALA 3H93A 2HZFA 1KBNA 3LYPA 4CY6A 1MOKA 4NWYA 3EMXA 5J7XA 1I9DA 5U63A 4YQUA 2H88A 4A9WA 3DGQA 4E0VA 1LU4A 5DVBA 4EKZA 1ZMCA 2FCHA 4MCUA 2R3XA 1NDAA 1EL7A 4HOJA 5CRDA 4G0KA 5KN2A 1THOA 2FBWA 1OC3A 4USSA 2HQMA 1HNBA 3NK0X 1SKWB 3EU3A 3AB1A 2YG7A 1PL2A 3ITJA 4XWZA 1XZOA 4MDCA 2KUCA 1GTEA 2BMXA 3ATQA 2XVFA 3IV4A 4ZB6A 1ZYPA 4OD7A 3TJFA 4I2TA 5IMAA 2XFUA 2WB9A 4GAPA 1I5GA 4XCSA 5EPFA 3CNJA 1D5TA 2CVBA 1GULA 3M3MA 3IBHA 5INYA 4XRDA 2C70A 3ZZXA 1S2QA 4WXTA 2PUKC 3AXBA 1GSFA 4BL7B 4I6XA 4IA6A 2C3DA 5C04A 3MDKA 2RIIA 4GDPA 5J41A 2VAFA 1HNAA 3W8SA 5KOXA 2H73A 3ALLA 5F05A 3P9UA 2HRKA 1KF6A 3KMNA 3L9VA 4WETA 2VL3A 5G2ZA 1Y6EA 4ZL8A 4N9XA 3M9KA 5BMUA 1G7EA 4K7OA 4YQVA 2YR6A 5JCGA 5D73A 1H7XA 5ECIB 1Q4JA 1XIYA 3VRAA 2V1MA 1VF4A 3KZQA 1YJ6A 5IM9A 1ZCPA 4F2IA 1JRXA 5JCIA 3TRXA 3I69A 3TJBA 2GVPA 4IQ1A 1HYUA 1U3IA 3HZLA 1YDKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3G5Q A;  1ZMD A;  3KTL A;  4HJM A;  2XLR A;  2MBT A;  4MLY A;  4JR6 A;  2LQO A;  2WOV A;  1PXB A;  1MDJ A;  4WF4 A;  2JK6 A;  3ZFB A;  4KW6 A;  2APG A;  5HFI A;  5HR2 A;  3D8X A;  3SY4 A;  3NN6 X;  4Y4M A;  4DSS A;  1NEN A;  1XVQ A;  3NIV A;  1GV4 A;  4O7H A;  3SM8 A;  3DK8 A;  4CHS A;  4IV9 A;  1WRY A;  2H1D A;  1Y0P A;  4U2S A;  1PSQ A;  13GS A;  3P4Q A;  2QA1 A;  1JLW A;  1OVN A;  1LBK A;  2PYX A;  4JDR A;  2BXR A;  3T2Y A;  4H4Z A;  3UOZ A;  1VQW A;  4OO5 A;  4POK A;  3EAO A;  5KNL A;  1WJK A;  3ME8 A;  1B4Q A;  3COX A;  4I58 A;  2NPB A;  3FR6 A;  3WGX A;  1Q1R A;  3R2Q A;  1AOG A;  5GSN A;  3GH6 A;  3QD9 A;  4WR5 A;  3F3R A;  1TJD A;  4NHZ A;  3UBL A;  2VD0 A;  2B7R A;  4MNN A;  4A99 A;  3MSZ A;  1TP9 A;  4LMV A;  4EL1 A;  3KKJ A;  3L78 A;  4K5R A;  3IHG A;  2QKE A;  1O6J A;  3LXD A;  3CSI A;  3M9J A;  1MD3 A;  3GX8 A;  4OFM A;  3VI5 A;  2H75 A;  5A4W A;  2PVO C;  3SYI A;  4ZN0 A;  1FB6 A;  4BPY A;  4K0N A;  1IUX A;  2WOW A;  3D1C A;  4H4W A;  1A0R P;  2WZ9 A;  1UKV G;  3NKS A;  3ZMK A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4CY6A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

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