4CY8A

2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase (hbpa) in complex with fad
Total Genus 179
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
179
sequence length
582
structure length
539
Chain Sequence
SAETDVLIVGAGPAGAMSATLLASLGIRSLMINRWRSTSPGPRSHIINQRTMEILRDIGLEESAKSLAVPKEYMGEHVYATSLAGEEFGRIPAWASHPQAHAEHELASPSRYCDLPQLYFEPMVVSEAALRGADVRFLTEYLGHVEDQDGVTARLLDHVSGAEYEVRAKYIIGADGAHSLVAQNAGLPFEGINIEFSADLSSGDMYWMFRGVAALRMNKWICVEEKKIIHEIIGTDEIPEVGPISTWTINQQYAVRNTSGRVFCMGDAVHRHTPMGGLGLNTSVQDAYNLAWKLALVLKGQAAPTLLDSYDAERSPVAKQIVERAFKSLSTFPPVFEALSLPPAPTESEMAEALVRLKDASEEGAKRRAALRKAMDATIIGLGGGHGVELNQRYVSRAVFPDGTPDPGFVRDQEFFYQASTRPGAHLPHVWLTENQRRISTLDLCGKGRFTLLTGLSGAAWKHEAEQVSQSLGIELKVCVIGPGQEFVDTYGEYAKISEIGESGALLVRPDMFIAFRAKDASREGLEQLNVAVKSILGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structures of the Apo and Fad-Bound Forms of 2-Hydroxybiphenyl 3-Monooxygenase (Hbpa) Locate Activity Hotspots Identified by Using Directed Evolution.
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Pseudomonas nitroreducens hbp1
molecule keywords 2-HYDROXYBIPHENYL 3-MONOOXYGENASE
total genus 179
structure length 539
sequence length 582
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.14.13.44: 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase.
pdb deposition date 2014-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4cy8A03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4cy8A01
3EPTA 3I3LA 3ICTA 3UTEA 2RGHA 2WPFA 1IUTA 3GYIA 2A87A 1MXTA 1GERA 1GRBA 4C74A 5KXJA 2XYOA 1PXCA 4JNQA 4DNAA 4YSYA 2Q6UA 3GMCA 4A99A 2C66A 3P9UA 4HA6A 4AP1A 3GD4A 2CULA 4PAAA 2XLUA 4TM4A 1PBBA 2C73A 2B9XA 3BHKA 3ABVA 3HZLA 3IC9A 4JDRA 4U8MA 4USRA 1L0VA 3V76A 4CBQA 5M10A 3NYEA 1FEAA 1EBDA 2WDQA 1M64A 3ICRA 3AE1A 1H6VA 1PDHA 1PHHA 4M52A 5KOWA 3UKKA 2WQYA 2YG3A 1LV0A 3NIXA 4FK1C 2BK3A 3KPFA 2Y6QA 3CGCA 1K4QA 2CDUA 4YSZA 4B1BA 4OPCA 5EB4A 1F8SA 3NNEA 4H2RA 3SFDA 4CNJA 1JU2A 1CBOA 3CGBA 2V3BA 2E4GA 4TM0A 1E1NA 2BS3A 1E6EA 4C5OA 3UOVA 3KKJA 2WU2A 3CNSA 2CFYA 2V5ZA 3NYFA 2WDRA 4CNKA 2EQ9A 4RG3A 1LPFA 1B37A 2WOVA 2VOUA 2WP5A 2YM1A 3ZYXA 4C3YA 1TYTA 2DKIA 4C3XA 4NZHA 5FMHA 4AT0A 2W0HA 3FG2P 2B7RA 2YAUA 2YR6A 2XFNA 4K5SA 4B69A 1UKVG 2X50A 4NEVA 2OLOA 2UZZA 3QSMA 3ZDNA 1FCDA 1P2EA 4TLZA 4YTNA 1GEUA 2VVLG 4J33A 3B3RA 2YG5A 3P4QA 4H4QA 2GR0A 2NVKX 2B9WA 1JNZA 2V6OA 4A9WA 3KU9A 1S2QA 2XFPA 3QFAA 3M0OA 2GR3A 4FX9A 4H4SA 4H50A 4BK2A 1E7PA 2TMDA 4PABA 3AEGA 1E1LA 3NK2X 4LA1A 2FJBA 1BGNA 1IUVA 3P4SA 1O5WA 4K8DA 2Y6RA 4K7ZA 2R0PA 4H2QA 3K7MX 5CQFA 2A89A 5EOWA 1KNPA 3ALLA 3VRAA 4GF7A 3UKHA 1CJ3A 3VRDB 2CVJA 2WPCA 3QSSA 1N1PA 2GR2A 3BNUA 3DJEA 4U2TA 1YQ3A 4H4TA 1DOCA 2C75A 2RGOA 1KNRA 3EF6A 2APGA 3UOXA 3P1WA 5EBKA 5CKUA 1O94A 3KD9A 1JRZA 1Z6LA 1B4VA 1IUXA 3LXDA 3CIRA 1YQZA 2YLRA 2EQ8A 4GDPA 1B8SA 3II4A 4C77A 3CNDA 1ZK7A 2JB2A 3NTAA 1KSSA 4X9MA 4EM4A 2XLPA 5J60A 3SQPA 5JCNA 1FEBA 1GRGA 3FMWA 4ICYA 3E1TA 4APNA 4Z44A 2AQJA 2BC1A 1XANA 3P4RA 3LB8A 4RG4A 1GRFA 4JY2A 1VG9A 2R0GA 4YSXA 4U8OA 1CC2A 1PS9A 1CF3A 3KLJA 1YY5A 3DK8A 1X31B 4DSGA 3Q9TA 3DMEA 4X4JA 3AD8B 4BJZA 2RGJA 2XFOA 1F8WA 3VQRA 4BK1A 1TDNA 3AWIA 4B68A 5BRTA 1DJQA 2WETA 3BI4A 3AEFA 2Z5YA 2V60A 1H86A 4U8IA 2GMJA 1TYPA 2BS4A 1S3EA 3RNMA 2B76A 2YLZA 3G5QA 1QO8A 2YG7A 4J31A 4UDQA 3KVEA 4O5UA 1MOKA 1QJDA 5JCMA 2AR8A 3NT6A 3C96A 4H7UA 4LU6A 1D4EA 3LJPA 1E39A 2XFQA 3AEDA 1Y56A 2WOIA 1GTEA 4CY8A 1CC4A 2FJDA 1GALA 2DKHA 2B7SA 3UOYA 1GT8A 2FJAA 2GH5A 3SM8A 3O0HA 4A7AA 2XVEA 4K2XA 3AEAA 1RSGA 2XVFA 4YTMA 3SGLA 2BXSA 2PHHA 5FS8A 2WU5A 1YQ4A 4N9XA 3F8PA 2VVLA 4D03A 1KDGA 2FBWA 2JB1A 3CPIG 5C3JA 4X9NA 3CGDA 1PN0A 4Y4MA 4MJWA 1PXBA 2C65A 3ATRA 2GRTA 3CTYA 2YWLA 4OCGA 2OALA 4XWZA 4XXGA 2YVFA 2Z5XA 1EL8A 4Y4LA 1N4VA 4EM3A 3L8KA 2TPRA 2XVJA 3VRBA 1NHQA 1BWCA 1KF6A 4YTPA 4WCTA 1TDEA 1BF3A 2BCPA 3BI5A 3UCLA 5FS7A 3UKAA 3GWFA 1L9DA 1H7WA 5TR3A 3UP4A 2GEWA 2GMHA 5JCLA 3RP6A 2XVHA 2YLTA 4IA6A 1K0JA 2JB3A 3DH9A 4YKGA 1GRHA 1N4UA 3NRNA 3IF9A 3UTHA 5BVAA 1GSNA 3ATQA 2H88A 2PYXA 3LZWA 4BJYA 3C4AA 3LADA 1Y0PA 3NTDA 3NK1X 4A6NB 3GD3A 3K7TA 4CRTA 2JAEA 4H4ZA 3ALJA 3GWDA 2F5ZA 3QVPA 5KVIA 1AOGA 5FS6A 3G5RA 1QLBA 1GESA 4YT0A 4B67A 1NHRA 3AECA 4Z2UA 4EQWA 2X3NA 2OAMA 3AYIA 4TM1A 1GNDA 4LIIA 4CCQA 4GCMA 4Z26A 1IUUA 1E1KA 1PBCA 4GR1A 2C7GA 2X99A 3REDA 1D4CA 1E1MA 2BACA 2JKCA 1ZOVA 3AE2A 2YG4A 4D04A 1IUSA 4JNAA 2E1MA 2BCGG 3CNJA 3OZ2A 2Q0LA 2ARDA 2XVIA 3NYCA 3DJDA 4BK3A 2XFUA 3B6DA 2A8XA 2YG6A 3AE5A 4IVOB 5KWFA 1LTXR 3WE0A 1PJ5A 4CCRA 1D7YA 3PVCA 1Q1RA 2GAHB 5KRQA 1NG4A 4A6NA 1VQWA 4EMJA 2WDVA 2JK6A 1S2YA 4OPTA 2WP9A 2V3AA 4OPUA 1TDKA 3BI2A 3IHGA 1NPXA 1ZMCA 2WPEA 1F6MA 4IVMB 1ZMDA 1M6IA 1TRBA 2C67A 2J3NA 4I59A 3EAOA 1F3PA 2XCGA 4Z2TA 5HY5A 4H4WA 2O9ZA 3P4PA 3M13A 3GSIA 1O95A 3OC4A 4U2SA 4B64A 3CNTA 2C70A 3GDNA 4J2WA 5JCIA 2EQ6A 3UKLA 1ZP0A 4CY6A 1JRXA 4JN9A 2XLRA 1COYA 4H4RA 4KX6A 4NEWA 5GRTA 4ZCDA 2C72A 2QA1A 2WS3A 1NHSA 2VQBA 1JNRA 3IHMA 2QA2A 5LV9A 4EQSA 4Z24A 1XPQA 3AB1A 2V61A 3GYJA 4GUVA 4NTCA 4RSLA 4U8JA 5U1OA 1GREA 2GAGB 1GRAA 4TLXA 1K0LA 2WBAA 4EIQA 1TDOA 3AEEA 4NTDA 4ZN0A 1JRYA 3AE6A 3DJGX 3DK9A 4XWRA 4Y4NA 4IV9A 1PBDA 2R4JA 4OPIA 1KSUA 3VR9A 1GOSA 4H2NA 1ZX9A 1PBEA 3ADAB 3K30A 2YVGA 5KOXA 2GVCA 1ZKQA 4I58A 1ZY8A 3DJJA 4AT2A 1PBFA 4J57A 3LOVA 3R9UA 1RP0A 1MO9A 2BC0A 3NK0X 4H4YA 3URHA 1LQUA 1CL0A 3RP8A 3UKFA 3FBSA 2WEUA 4AOXA 2C3CA 2ZZ0A 3AE9A 5HYMA 5L46A 1W4XA 3NLCA 3G5SA 1H7XA 3DK4A 3JSKA 3UKQA 3BNMA 2E5VA 2BK5A 2GV8A 3CPHG 3QJ4A 3D8XA 3ITJA 1L9EA 3AE8A 4EQXA 3NGCX 3QVRA 3S61A 5JCKA 3AYLA 1NAAA 4H4UA 3UTGA 4EMWA 4USQA 1XHCA 3S5WA 2WESA 4A5LA 4H4VA 2BS2A 4H2PA 4JQ9A 4U8LA 3PO7A 5ER0A 5C2TA 1PJ6A 3UP5A 1ZOYA 5FS9A 2EQ7A 4BURA 5DBJA 1K0IA 5J7XA 3D1CA 3BHFA 5BUKA 2JBVA 2X8CA 2YM2A 1HYUA 1CJCA 1GRTA 1NENA 2GR1A 2ZZCA 3L1RA 3SFEA 2ZBWA 3AD9B 4ADWA 4EMIA 3NG7X 3RHAA 1GV4A 3FPZA 1V59A 3AE3A 3H8LA 2X8HA 2R9ZA 1OJAA 3ALMA 3AXBA 5KVHA 4U8PA 3K7QX 1BZLA 1JEHA 2WOWA 4BV6A 1D4DA 2BK4A 3QSEA 4HB9A 4REKA 5IQ4A 1PXAA 2OA1A 3CGEA 2OLNA 1H82A 1OJDA 3ICSA 4OPDA 2Q7VA 2R45A 5M0ZA 3V3NA 4Z43A 2YLXA 4JY3A 3GMBA 4A65A 2H89A 4NTEA 5GSNA 2R46A 2C3DA 1DNCA 1EL5A 1EL7A 1NEKA 2R4EA 2VRMA 4K22A 3PS9A 1DXLA 3DA1A 1CJ4A 1S3BA 4J56A 1YKJA 3H8IA 5IQ1A 1FL2A 3UKPA 1VDCA 4O5QA 1P2HA 3KA7A 3QFBA 2GF3A 4ECHA 1OJCA 2BXRA 2BABA 3CN8A 1FECA 3AYJA 3FIMB 1CJ2A 2B9YA 3LZXA 1GXFA 1EL9A 3F8RA 1ELIA 3DGHA 2QCUA 1BKWA 1CHUA 1NG3A 2C76A 4B66A 1LQTA 1LJ1A 1F8RA 1GTHA 1N4WA 1SEZA 4TM3A 3Q6JA 4H4XA 2QAEA 4Z25A 2GB0A 1OJTA 1FOHA 1NDAA 1NHPA 3EANA 3V3OA 2R0CA 1Q9IA 4U8NA 5U63A 4YWOA 3UTFA 3VR8A 2HQMA 1KFYA 4WX1A 4IA5A 3UOZA 2C64A 1H81A 3AEBA 1IJHA 3CNPA 4J34A 2VQ7A 1REOA 1IUWA 2BA9A 1Q1WA 1VG0A 4ZCCA 3ISHA 2IVEA 2WP6A 2XLTA 4AP3A 1XDIA 4U2LA 4OVIA 2ACZA 1B5QA 2YQUA 3T37A 4H4PA 1GETA 5U25A 1H84A 4EIPA 5BULA 1D5TA 1GPEA 5HHFA 3IWAA 4B65A 1JOAA 3M12A 4OPGA 2IVDA 1ONFA 2VVMA 1PJ7A 2VRLA 2AAQA 2XLSA 2YLSA 2BYBA 4Z2RA 3GDPA 4A79A 2VZ2A 3NN6X 1H83A 4GDEA 4YSHA 3CPJG 3F8DA 1TDFA 5IPYA 1DODA 2X8GA 1DOEA 4E0VA 3AE4A 1DOBA 2YLWA 2ZZBA 4DGKA 1Y56B 2FJEA 4KPRA 4YXDA 1D7LA 1OJ9A 4K5RA 2XDOA 1LVLA 4P9SA 4AOSA 3NHOX 2Q0KA 4GRTA 4J36A 1ZDLA 4UDPA 1BGJA 4DSHA 5EB5A 2NPXA 3NKSA 4B63A 5HXIA 2RABA 4EQRA 3H4KA 3NN0X 3AD7B 2YR4A 3AE7A 3GRTA 4UDRA 2WHDA 1CC6A 4FK1A 2GQFA 2YR5A 4FDCB 3C4NA 3DGZA 1VRQB 1RYIA 4YKFA 2IIDA 2I0ZA 3NH3X 4OPLA 3I6DA 4U8KA 2GQWA 1DJNA 3RP7A 1L9CA 3GRSA 4UP3A 2YVJA 3COXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3EPTA 3HZ8A 17GSA 2RGHA 3GYIA 2A87A 1GERA 1GRBA 3VLNA 2DC5A 3TUEA 4NWYA 4GCIA 4YSYA 5IMVA 2I9HA 4AP1A 1Z5YE 2CULA 2XLUA 3TOUA 3BHKA 4USRA 2C0EA 1F2EA 1FEAA 2WDQA 1M64A 1A24A 4G9HA 5HQPA 2HFDA 1EZKA 2CA8A 3M8NA 1VF2A 1PDHA 4XS6A 1PHHA 3UKKA 3L9UA 3UVTA 2WQYA 2JACA 1I9DA 1LV0A 2L59A 3KPFA 1K4QA 3CTFA 4B1BA 4YAPA 1F8SA 4H2RA 1JU2A 3ERFA 1CBOA 2E7PA 2O8VB 3CGBA 4TM0A 1E1NA 2VL2A 3CNSA 3EYTA 2V41A 2EQ9A 4RG3A 4WXTA 1SD8A 1B37A 2VOUA 2FWEA 1YKCA 1NW2A 4K0GA 5IPGA 2H30A 1TRWA 2B7RA 3KPKA 3P7XA 1OC3A 2X50A 5AGYA 4NEVA 2OLOA 2H6XA 1P2EA 4TLZA 4YTNA 4CHSA 3GL3A 4J33A 1W4VA 3B3RA 1WRYA 1QMVA 3FEUA 4HU9A 2XFPA 4H4SA 4PABA 2OADA 2WJUA 2RM6A 3IHQA 2EC4A 2N5BA 3K7MX 18GSA 5CYYA 5KN0A 5EOWA 5F05A 4F9ZA 3UKHA 4MNNA 1N1PA 3BNUA 3BJ5A 1YQ3A 3DXBA 4ILFA 4POBA 1KNRA 2APGA 3P1WA 2LKUA 1OC9B 1JRZA 3QPMA 1V58A 2JZSA 3IPZA 4FYUA 2EIRA 2EQ8A 4GDPA 1X9MB 3II4A 2E0QA 2I4AA 4GQFA 1E2YA 2E2GA 3E1TA 4APNA 4Z44A 4NV5A 6GSUA 1XANA 4G2EA 4WR5A 4BIKA 4JY2A 3W8SA 2ON7A 2HI7A 3IA1A 3VWWA 5AIVA 4U8OA 1TJDA 3TKSC 1PS9A 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4ZL8A 1YY7A 2FA8A 3KCMA 2C4CA 2DMMA 2JK6A 3QAVA 1S2YA 3F3QA 4OPTA 4OPUA 4I2UA 1NPXA 1ZMCA 2WPEA 3SX6A 6GSSA 1J0FA 4TR1A 14GSA 3F4RA 2VCWA 4G0KA 3DWVA 2H01A 3LJRA 4H4WA 1GSDA 3P4PA 2KUCA 3FZ5A 4IP1A 3OC4A 5GAPD 2YZUA 3H93A 3NZNA 5HR1A 3CNTA 3KP8A 3GDNA 1JRXA 5GRTA 4H4RA 4ZCDA 2QA1A 3T2KA 2X4AA 2QA2A 4EC0A 4EQSA 4Z24A 3AB1A 4RSLA 4U8JA 4NTCA 2V32A 3D21A 3MWHA 1GREA 2GAGB 1GRAA 4F2IA 3P2AA 1TDOA 3J7Yk 3AEEA 1JRYA 3AE6A 5DDLA 4OPIA 2R4JA 4HEA2 4K8MA 3SZWA 2P5QA 2CT6A 4H2NA 1VF3A 1NSWA 1PBEA 4MK3A 4N11A 5KOXA 1ZKQA 1XWAA 3HKRA 3DJJA 4J57A 3TB2A 3LOVA 3R9UA 3GTUA 1MO9A 4TXVA 5HFKA 5DJLA 4H4YA 3URHA 2GS3A 1V98A 2PU9C 3FBSA 2C3CA 5HYMA 5L46A 3NLCA 3FW2A 3GH9A 3G5SA 3DK4A 1FB0A 2VL3A 2OACA 1XZOA 1BYEA 3NGCX 1T1VA 5JCKA 2H76A 2OJLA 1NAAA 4H4UA 3UTGA 4TN8A 2WESA 1ZYQB 1AQXA 2A2SA 2C0GA 3ERWA 4U8LA 4EE0A 5IMZA 1R5PA 3UP5A 4BURA 5FS9A 4G19A 3H79A 5BUKA 3ZVJD 2X8CA 5ELAA 2YM2A 5JCNA 1GRTA 1NENA 2GR1A 2YCDA 3HJPA 4Q5RA 5J5NA 4ADWA 4EMIA 1T4ZA 3NG7X 3FPZA 2Z9SA 3H8LA 2R9ZA 3ALMA 1F37A 4NPBA 3EWLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3EPT A;  3HZ8 A;  17GS A;  2RGH A;  3GYI A;  2A87 A;  1GER A;  1GRB A;  3VLN A;  2DC5 A;  3TUE A;  4NWY A;  4GCI A;  4YSY A;  5IMV A;  2I9H A;  4AP1 A;  1Z5Y E;  2CUL A;  2XLU A;  3TOU A;  3BHK A;  4USR A;  2C0E A;  1F2E A;  1FEA A;  2WDQ A;  1M64 A;  1A24 A;  4G9H A;  5HQP A;  2HFD A;  1EZK A;  2CA8 A;  3M8N A;  1VF2 A;  1PDH A;  4XS6 A;  1PHH A;  3UKK A;  3L9U A;  3UVT A;  2WQY A;  2JAC A;  1I9D A;  1LV0 A;  2L59 A;  3KPF A;  1K4Q A;  3CTF A;  4B1B A;  4YAP A;  1F8S A;  4H2R A;  1JU2 A;  3ERF A;  1CBO A;  2E7P A;  2O8V B;  3CGB A;  4TM0 A;  1E1N A;  2VL2 A;  3CNS A;  3EYT A;  2V41 A;  2EQ9 A;  4RG3 A;  4WXT A;  1SD8 A;  1B37 A;  2VOU A;  2FWE A;  1YKC A;  1NW2 A;  4K0G A;  5IPG A;  2H30 A;  1TRW A;  2B7R A;  3KPK A;  3P7X A;  1OC3 A;  2X50 A;  5AGY A;  4NEV A;  2OLO A;  2H6X A;  1P2E A;  4TLZ A;  4YTN A;  4CHS A;  3GL3 A;  4J33 A;  1W4V A;  3B3R A;  1WRY A;  1QMV A;  3FEU A;  4HU9 A;  2XFP A;  4H4S A;  4PAB A;  2OAD A;  2WJU A;  2RM6 A;  3IHQ A;  2EC4 A;  2N5B A;  3K7M X;  18GS A;  5CYY A; 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