4O5QA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase ahpf from escherichia coli
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 168
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5qA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5qA03
3IWAA 1K0JA 3PVCA 3KA7A 1CC6A 2BK3A 3D8XA 2WQYA 3VR8A 4B68A 2WETA 5BULA 1JOAA 2RABA 4H4VA 3K30A 1NHSA 3GMCA 4BJZA 3CGDA 1YQ4A 2XLPA 3T37A 2YWLA 4YTPA 4IVMB 1F6MA 1JNRA 1PDHA 3HZLA 1CBOA 4H4ZA 1CC4A 4K7ZA 2GH5A 3BNUA 4EM4A 1H86A 2Y6QA 2AQJA 2APGA 3AYIA 4RG4A 4JN9A 2OALA 3I3LA 4NEWA 3C4NA 4REKA 1NDAA 2YM1A 2XVHA 4Z25A 3UKKA 2YLWA 2V3BA 4GR1A 3R9UA 3ITJA 4XXGA 3WE0A 2GQWA 2WS3A 3AE5A 3EANA 1TDEA 1UKVG 4LU6A 2WESA 1EBDA 2C65A 4YKGA 2GR1A 2GR0A 4U8PA 2QAEA 2VVLG 2XLTA 1E1MA 2YM2A 2BS4A 3Q9TA 1M6IA 3ICRA 3P1WA 4FK1A 3UTHA 3GD4A 2CDUA 4Z43A 4WCTA 2C70A 1NHPA 4H4XA 2WP6A 2YLXA 4TM0A 1VRQB 3AD8B 5HXIA 4C3YA 2GR2A 1Y56A 2X99A 1DNCA 2JKCA 1Q1RA 3LZWA 1B37A 4X9MA 1F8WA 1LPFA 4YSYA 3P4RA 4K2XA 2WPFA 2XVEA 1GRTA 4J56A 2EQ6A 3UTEA 2C3DA 2BC1A 3GYJA 3K7TA 3V3OA 4BK2A 3V76A 1Q1WA 1OJAA 1FL2A 2QA1A 4AP3A 1CC2A 1F8SA 1P2HA 2XYOA 2ZBWA 3PO7A 1NENA 2Q6UA 1DXLA 4USQA 4APNA 1PJ7A 1VG9A 3SGLA 2E4GA 1IUXA 4B67A 3AD9B 1PBBA 3SFDA 2E5VA 3JSKA 1NAAA 3LOVA 2PHHA 2QA2A 2W0HA 4B65A 2R45A 2X3NA 2V61A 3P9UA 5J7XA 5M10A 1N4UA 4P9SA 2WU2A 1XPQA 3QSSA 5HYMA 2C66A 3NN0X 3NTDA 1PHHA 3ISHA 2YQUA 1LVLA 4ZCDA 1ZP0A 2GVCA 1FEAA 1E1LA 4U8KA 4Z2RA 2R0PA 4YWOA 4HA6A 3BI4A 5M0ZA 1GV4A 2A87A 1ZYPA 2GAGB 1YKJA 4TM4A 2WDRA 5KOWA 3AB1A 4USRA 3P4PA 4ICYA 1BF3A 5U63A 3FMWA 2V60A 3OZ2A 3AEDA 4ZCCA 4BURA 2CULA 2XVIA 1GNDA 3DJGX 4CCQA 4Z24A 3S5WA 1GPEA 4C5OA 4EQXA 4JY3A 1CJCA 2FJDA 3CNTA 1F8RA 4EMIA 4I59A 2H88A 4J33A 1O5WA 3UKLA 1CF3A 2YVFA 1IJHA 4AT2A 1GETA 3LB8A 1D4DA 3ALJA 4AOXA 3UKQA 3AE3A 3NIXA 2BCGG 3G5SA 2GQFA 2VOUA 2AAQA 4KPRA 3B3RA 2ARDA 3AEEA 4EQRA 1ZKQA 2GAHB 3CNPA 1VDCA 3NN6X 4LA1A 4N9XA 2C7GA 1DOBA 3QJ4A 1D5TA 4B69A 2C67A 1GRGA 1DOCA 1N4WA 2B9XA 2B9WA 3M12A 3NT6A 1Y56B 3DGZA 4YKFA 4U2SA 1KFYA 3VR9A 1KDGA 3NYCA 1AOGA 2X8HA 2BA9A 4J31A 3DH9A 2NPXA 2C3CA 2YG4A 1NPXA 5ER0A 2YAUA 3B6DA 4FX9A 1H82A 1O94A 4B63A 2DKHA 2A8XA 4H2RA 2OLOA 2ACZA 3GSIA 1NHRA 3KPFA 1OJTA 4H4QA 1IUVA 1H7XA 4K22A 4CNJA 3L1RA 5EB4A 4NTDA 2JB3A 2WOWA 3IHGA 2GF3A 5FS9A 1LV0A 2BK5A 4IVOB 1LJ1A 1PBEA 3C4AA 4Z2TA 1MOKA 3VRBA 3GD3A 2J3NA 2XFQA 5IQ4A 4PABA 2WPEA 3AXBA 1XDIA 3DMEA 5CQFA 1JNZA 2NVKX 4OPCA 3K7MX 3AE4A 1KSSA 3CPIG 2YR5A 1OJDA 1CJ3A 1S2YA 3NRNA 1Y0PA 4IA6A 5BRTA 1Q9IA 3AE8A 3VRDB 1GSNA 1REOA 2WDVA 1TDFA 3DGHA 3II4A 4J34A 4ZN0A 1L9EA 1BGNA 3ZDNA 2I0ZA 4DSGA 1QO8A 1ZX9A 4A65A 4OPDA 1KNPA 4H4YA 1W4XA 2GEWA 4AOSA 4CRTA 1LQTA 4EIPA 2X8GA 2CVJA 2V6OA 3DK8A 4K5RA 1XANA 1D4EA 3CGCA 2JB2A 2C76A 2VRMA 2YG7A 2VVLA 4GUVA 1PBCA 4ECHA 3UOZA 1ZMCA 3CTYA 1IUSA 4U8NA 3Q6JA 1D7LA 4GRTA 3NLCA 2HQMA 2Z5XA 1IUWA 4X4JA 4A6NA 1DJQA 4CNKA 4BK1A 4ADWA 2AR8A 4XWZA 4AP1A 4HB9A 4O5QA 3AEFA 1GALA 1GOSA 5EBKA 1ONFA 3ATRA 2YR6A 2C72A 2C73A 3AYJA 2IIDA 4H2PA 4U2TA 3DJJA 4H4SA 4XWRA 2JB1A 2YR4A 1PS9A 4K8DA 5FS8A 4BV6A 1JEHA 3I6DA 3GYIA 3GRTA 3NH3X 1GRAA 1KSUA 3UOXA 2YLSA 3EPTA 1E7PA 2YVGA 1SEZA 1NG4A 4GDEA 3NG7X 4D03A 3UP4A 1OJCA 1COYA 1VQWA 2YLRA 2YG3A 4NZHA 1TDKA 2BYBA 2FJEA 1HYUA 4RSLA 1TDNA 5EOWA 3NHOX 1GEUA 1K0IA 1KF6A 1YY5A 2BXSA 3FBSA 4U8JA 3M13A 5IPYA 1PXCA 2EQ7A 5KVIA 3REDA 2C64A 4A7AA 4U8OA 1BKWA 1VG0A 3M0OA 1S3EA 5LV9A 1ZY8A 2VVMA 3DJEA 4CCRA 2JAEA 3NKSA 4OPIA 3QSMA 2EQ9A 1PJ5A 2BABA 2B9YA 1RSGA 3ICSA 1EL7A 3RHAA 4Z2UA 4CY8A 5CKUA 5KVHA 3P4QA 3NTAA 5U25A 1ZMDA 3KKJA 2Z5YA 3H4KA 4OVIA 1DOEA 4U8MA 1GTEA 3RP7A 2XDOA 1S2QA 4B66A 3AYLA 3GMBA 3VRAA 2DKIA 1H6VA 1NG3A 1TRBA 2YG6A 3AEAA 4BJYA 1TYTA 3F8PA 1D4CA 3FPZA 3NGCX 3V3NA 5C3JA 4MJWA 2CFYA 2V3AA 1N1PA 3H8LA 1TDOA 1YQZA 5FS7A 4Z26A 5JCLA 5HY5A 1E1KA 1PBDA 1K0LA 3CGBA 4Y4MA 5JCKA 1BZLA 2FJAA 3ZYXA 2R0CA 4IA5A 4WX1A 2C75A 3NNEA 5KXJA 2XLRA 4A6NB 2BCPA 4A9WA 2QCUA 1BGJA 1CHUA 1DODA 4RG3A 5GSNA 3ABVA 4B1BA 4H50A 5C2TA 1BWCA 3DJDA 3IF9A 3G5QA 4NEVA 4EMJA 4DSHA 2TMDA 1PXAA 3PS9A 4GCMA 4B64A 4D04A 2R4JA 3AEBA 4A99A 3K7QX 4C74A 3GRSA 2WOVA 1D7YA 3FIMB 1O95A 4YXDA 3UP5A 2WP9A 2RGOA 4GF7A 2OAMA 4TM1A 3BI5A 4UDQA 2B76A 2R9ZA 1PBFA 2VQBA 1PN0A 3G5RA 3IHMA 4H2QA 3E1TA 4A79A 2FBWA 3C96A 3URHA 2R46A 4E0VA 3O0HA 2JBVA 4EQSA 2XLSA 1FOHA 3RP6A 4LIIA 1GREA 4A5LA 2XFNA 4H4TA 3NK1X 2YLZA 4H4UA 1B5QA 4OPLA 1ZOVA 1CL0A 3UOVA 5KWFA 1IUTA 3UTGA 4C3XA 3OC4A 2Y6RA 3GDPA 1JRZA 4TM3A 2X8CA 4OPGA 1N4VA 3AE2A 1H83A 4H4PA 3AECA 5BVAA 2VQ7A 4FK1C 4TLZA 1CJ4A 1PJ6A 1JRYA 2BC0A 5FS6A 5KOXA 1YQ3A 2XCGA 2H89A 1H81A 1GXFA 4JNQA 2Q0KA 3CNSA 5BUKA 1LTXR 4EQWA 4H4WA 4YSXA 1B4VA 2YLTA 3AE9A 2Q7VA 3CNDA 4OCGA 3LJPA 4J2WA 2VRLA 4JQ9A 1L9DA 4YSZA 5EB5A 1ZDLA 1FEBA 2R0GA 3ATQA 4Z44A 4CY6A 4NTCA 2GMHA 3QFBA 3QVRA 3ALLA 2JK6A 3CPJG 5L46A 4JNAA 2WDQA 2WHDA 1RP0A 2GV8A 5IQ1A 3ALMA 3RNMA 3H8IA 5J60A 1JRXA 4IV9A 3RP8A 1M64A 3F8RA 2YG5A 1E6EA 2Q0LA 3BHFA 3CIRA 1H7WA 1OJ9A 3P4SA 2BXRA 2BACA 1MO9A 3SFEA 1RYIA 3NYEA 4JY2A 3ICTA 3GDNA 1L0VA 1GRHA 3QSEA 3BHKA 2O9ZA 5TR3A 3SQPA 1K4QA 4TLXA 2BK4A 4AT0A 1CJ2A 4J57A 3UKAA 4YT0A 2XFUA 4JDRA 3NYFA 5HHFA 1ZK7A 3COXA 3LZXA 4U2LA 4H7UA 3UKHA 2XLUA 4H4RA 1XHCA 2WU5A 2OLNA 1QLBA 4Y4LA 3EAOA 2XVJA 1KNRA 2XFPA 4BK3A 2X50A 5JCNA 1S3BA 2IVEA 1TYPA 3KVEA 4DNAA 4YTNA 1QJDA 1V59A 3UCLA 2WP5A 3QFAA 2IVDA 3VQRA 4DGKA 3SM8A 1X31B 4UP3A 1F3PA 1GESA 1FCDA 1E1NA 1GT8A 1L9CA 2FJBA 4J36A 1DJNA 1ZYNA 1ZOYA 3ADAB 4U8IA 1MXTA 4PAAA 1PXBA 3AD7B 1EL5A 2EQ8A 2WPCA 1B8SA 3F8DA 4UDPA 2GR3A 4YTMA 3AE6A 3EF6A 1JU2A 2WOIA 3CPHG 3LXDA 4K5SA 2WBAA 4MNNA 2E1MA 4X9NA 1GERA 1E39A 5U1OA 5JCMA 2ZZBA 3AE1A 4YSHA 3FG2P 2WEUA 2GRTA 2GMJA 2XVFA 3CGEA 4EIQA 3S61A 1LQUA 1GRFA 1GTHA 4M52A 2ZZ0A 3NK0X 1P2EA 2B7SA 3IC9A 4KX6A 1H84A 4U8LA 3UKPA 1GRBA 3DA1A 2PYXA 3AEGA 2V5ZA 1EL9A 3CNJA 1ELIA 2ZZCA 4NTEA 1NEKA 4GDPA 4C77A 3KD9A 2YVJA 1FECA 3DK4A 3NK2X 3DK9A 4I58A 2B7RA 3L8KA 5DBJA 3KU9A 4EM3A 3GWFA 3AWIA 3BI2A 3D1CA 3UTFA 2GB0A 5KRQA 2BS3A 4OPUA 1EL8A 2BS2A 2UZZA 3CN8A 4CBQA 5JCIA 3LADA 4OPTA 2VZ2A 1NHQA 1Z6LA 3BNMA 4H2NA 4Y4NA 4EMWA 5GRTA 3UOYA 2TPRA 5FMHA 3QVPA 2RGJA 3AE7A 3GWDA 2A89A 4UDRA 2RGHA 2R4EA 3UKFA 2OA1A 3KLJA 4O5UA 2XFOA 4FDCB 1IUUA 2F5ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TOUA 2KHPA 3IAM2 1FW1A 1WWJA 3C1SA 3GTUB 1OE7A 1M9AA 3Q74A 1T3BA 1GWCA 2FWHA 2GT6A 1JOAA 3K30A 3D6IA 1PN9A 3GMCA 5DAKB 2L4QA 2JACA 1PD21 4MDCA 2FWFA 4ECCA 3OR5A 5G1KA 4H4ZA 2H1AA 2L4CA 1CC4A 1SKWB 2GH5A 2V32A 2Y6QA 2OALA 4ML6A 1Z3EA 2A4HA 3KP9A 1NDAA 5IPHA 3UKKA 1G7OA 3H93A 3M9JA 4HOJA 2H72A 1W4VA 3ITJA 2IJYA 3FR9A 1EGRA 1UKVG 4K7IA 2FNOA 3UOMA 2VVLG 3IDVA 5ECIB 2YM2A 2H1DA 1JZWA 5ABRA 1SU9A 4WCTA 3KJYA 1W89A 2C70A 1HNBA 4TR1B 2IFQB 2JZSA 3HVVA 3TGZA 4C3YA 2MMOA 4X9MA 2PVOC 1F8WA 1X9SB 1N2AA 2WPFA 4AJ8A 3MWHA 3V3OA 2LQQA 4BK2A 3FHKA 4BWSA 1CC2A 1F8SA 2ZBWA 2E0QA 2G2QA 1DXLA 6GSXA 1ZMAA 3DXBA 1PBBA 3SFDA 3JSKA 4ISDA 4B65A 1NHYA 2DSAA 1OAZA 5J7XA 1YF0A 4P9SA 1PA3A 5HYMA 2YJ7A 1TK8B 4MJAA 3ISOA 1LVLA 5A4WA 3R2QA 4ZCDA 1ZP0A 1PKWA 2NDOA 1FEAA 1E1LA 2HRKA 2GAGB 1S3CA 3U6VA 1JHBA 4MJEA 1XCCA 3IE3A 1QUWA 2GSSA 2B1KA 3AEDA 2CULA 2XVIA 4ECJA 1GPEA 1JZOA 2XPEA 4POLA 3F63A 3UJ1A 1F8RA 4EMIA 4NMUA 3IA1A 2H88A 4RQRA 1O5WA 4QL9A 1K0DA 4G73A 4HU7A 5D73A 1D4DA 2ES7A 3BBYA 3UKQA 5J9BA 3NIXA 3DWVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3TOU A;  2KHP A;  3IAM 2;  1FW1 A;  1WWJ A;  3C1S A;  3GTU B;  1OE7 A;  1M9A A;  3Q74 A;  1T3B A;  1GWC A;  2FWH A;  2GT6 A;  1JOA A;  3K30 A;  3D6I A;  1PN9 A;  3GMC A;  5DAK B;  2L4Q A;  2JAC A;  1PD2 1;  4MDC A;  2FWF A;  4ECC A;  3OR5 A;  5G1K A;  4H4Z A;  2H1A A;  2L4C A;  1CC4 A;  1SKW B;  2GH5 A;  2V32 A;  2Y6Q A;  2OAL A;  4ML6 A;  1Z3E A;  2A4H A;  3KP9 A;  1NDA A;  5IPH A;  3UKK A;  1G7O A;  3H93 A;  3M9J A;  4HOJ A;  2H72 A;  1W4V A;  3ITJ A;  2IJY A;  3FR9 A;  1EGR A;  1UKV G;  4K7I A;  2FNO A;  3UOM A;  2VVL G;  3IDV A;  5ECI B;  2YM2 A;  2H1D A;  1JZW A;  5ABR A;  1SU9 A;  4WCT A;  3KJY A;  1W89 A;  2C70 A;  1HNB A;  4TR1 B;  2IFQ B;  2JZS A;  3HVV A;  3TGZ A;  4C3Y A;  2MMO A;  4X9M A;  2PVO C;  1F8W A;  1X9S B;  1N2A A;  2WPF A;  4AJ8 A;  3MWH A;  3V3O A;  2LQQ A;  4BK2 A;  3FHK A;  4BWS A;  1CC2 A;  1F8S A;  2ZBW A;  2E0Q A;  2G2Q A;  1DXL A;  6GSX A;  1ZMA A;  3DXB A;  1PBB A;  3SFD A;  3JSK A;  4ISD A;  4B65 A;  1NHY A;  2DSA A;  1OAZ A;  5J7X A;  1YF0 A;  4P9S A;  1PA3 A; 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