4O5UA

Crystal structure of alkylhydroperoxide reductase subunit f from e. coli at 2.65 ang resolution
Total Genus 155
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
155
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure, mechanism and ensemble formation of the alkylhydroperoxide reductase subunits AhpC and AhpF from Escherichia coli
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 155
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2013-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4o5uA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4o5uA03
4EQXA 3EAOA 2YG4A 3NN6X 1PS9A 4IVOB 4X9MA 1H7WA 1GRTA 1JNRA 1GPEA 3QFAA 2A89A 1K0JA 3CPJG 1KNRA 1ZOYA 3F8PA 1TDFA 2XVEA 2C7GA 2WDRA 2Y6RA 3UKPA 1FL2A 1S3BA 2C75A 2DKHA 3VRAA 1IUSA 3AYJA 5BULA 1DJNA 1ZMDA 3NK1X 4BJZA 4PAAA 1LV0A 1IUUA 1CC4A 1V59A 2BS3A 3AECA 3HZLA 2GF3A 4OCGA 3ALLA 3VRDB 2WOVA 3AYIA 1N4WA 4H2NA 1NDAA 4YWOA 1TDEA 4BV6A 2ARDA 1NEKA 3UTFA 4EQSA 3AD8B 3P9UA 3L1RA 3BNMA 1AOGA 4TM4A 1F8RA 3EANA 3FBSA 2ZZCA 3GWDA 1GSNA 3F8RA 4FK1A 4H4QA 4K22A 4UDRA 1GRFA 1H86A 2V3AA 3NK0X 4GF7A 5C2TA 1UKVG 1FOHA 4XWRA 3P1WA 3AE9A 4YTMA 4YSZA 2JKCA 3KA7A 2Q0KA 1GERA 4EM3A 4TLXA 1M64A 3GD3A 1OJDA 4HA6A 3IHGA 3UKHA 5KWFA 2E1MA 2FJBA 3AE2A 1VG0A 2V5ZA 4U8IA 1EBDA 1GRGA 3CNTA 1L0VA 3I3LA 1O95A 4NEWA 2W0HA 3P4PA 4I58A 4J31A 4OPGA 3P4QA 2TPRA 3G5QA 2B7RA 2YG7A 5GRTA 4Y4NA 1QO8A 4Z43A 2XLUA 4RG3A 2WDVA 2PHHA 3VRBA 3ATRA 5IPYA 1IUVA 2GR2A 3NGCX 1PBFA 2AAQA 1ZMCA 2GV8A 2IVEA 4EMJA 3NHOX 1MO9A 3UKQA 2OLNA 5L46A 5JCIA 3ALJA 2VVLA 3BHKA 3F8DA 2YM1A 3B6DA 3GWFA 4WCTA 3KKJA 2X99A 4H4ZA 5FS8A 4PABA 1PXBA 2WS3A 3M13A 1FECA 2V6OA 2Y6QA 4USQA 2R4JA 1GALA 3AE7A 1KF6A 2B9XA 4CY8A 1ZY8A 3K7QX 4B1BA 3H4KA 5EBKA 1DOCA 3UOVA 1D5TA 4D03A 1YQ3A 4YTNA 4IA6A 4FK1C 4TM1A 5J60A 4GUVA 5U63A 2X50A 1JEHA 3AE8A 5KRQA 4MJWA 2YAUA 2GR0A 2YM2A 2JBVA 2GMHA 2OAMA 1XPQA 2VRLA 3GDNA 3QVPA 2BACA 4H4TA 5CQFA 3AB1A 3COXA 3LXDA 4GCMA 2YVGA 5FS6A 3NTDA 2BK4A 2QCUA 3ALMA 1NHSA 4DGKA 4C77A 5KVHA 5KXJA 4AOSA 2GRTA 4K2XA 2GQFA 1JRZA 2WPEA 3PVCA 4B67A 4B65A 2YG3A 3CPHG 1QLBA 4OPCA 3D1CA 3UTGA 2A8XA 2WP5A 2YLXA 2OA1A 3O0HA 4E0VA 1IUTA 1H6VA 3ICSA 2EQ6A 3OZ2A 2C76A 2VQ7A 3VR9A 1CJ3A 1LQTA 4OPDA 3Q6JA 3UOYA 1K0LA 3K7TA 3S5WA 1OJCA 1YY5A 4YKGA 1ZDLA 1GT8A 4XXGA 3CGBA 1F8SA 1CJCA 2NPXA 1PBEA 2RABA 2BK3A 3URHA 1CJ4A 2B9WA 3H8IA 5J7XA 2WU2A 2YG5A 1MOKA 4OVIA 2C67A 3NKSA 3IC9A 1IUXA 1EL9A 1OJAA 2YLRA 3GDPA 1K4QA 4H4XA 1TYPA 2RGJA 3QFBA 1F3PA 2OLOA 1PN0A 4YSXA 3REDA 2R4EA 4ICYA 1EL7A 2WHDA 2WPCA 4GR1A 4H4SA 4H4WA 2XVFA 4OPTA 1E1MA 1Y0PA 4ZCDA 1DODA 2YLWA 1TDOA 2Z5YA 2GEWA 5FS7A 1JRXA 3I6DA 1IJHA 3CN8A 1X31B 4APNA 4DSHA 1E39A 2VOUA 2QAEA 2BS2A 4BK3A 5FS9A 1LVLA 2C66A 1BGJA 1S2YA 4GDPA 4LIIA 4X4JA 1N4VA 1REOA 2F5ZA 3FG2P 3NRNA 4J57A 4AP1A 4AOXA 1PXAA 4X9NA 4B68A 2EQ7A 1L9EA 4UDPA 4J2WA 4OPUA 3Q9TA 4C3XA 3DK8A 5IQ4A 1H7XA 4J36A 4H4YA 2WOWA 2AR8A 2BXRA 3NN0X 2Q0LA 3V3NA 3ZDNA 4I59A 1ZKQA 3KD9A 2BXSA 2E5VA 3G5RA 3KLJA 2H89A 4AT2A 2E4GA 2QA2A 1ELIA 4H4RA 4EQRA 5BRTA 1PJ7A 3LJPA 1NHPA 2R9ZA 3ISHA 3FIMB 3DK9A 5JCMA 4U8KA 3DJJA 2BABA 2WU5A 4O5UA 2BC0A 4GRTA 3AE1A 1PJ5A 4A5LA 2QA1A 4YSHA 4J56A 1DJQA 1FEAA 3QVRA 2AQJA 3CNPA 3LZXA 3DJGX 2VRMA 4LU6A 3UKAA 3L8KA 3CIRA 4K7ZA 4EM4A 3NT6A 2XFQA 5TR3A 4A99A 5C3JA 4EMWA 1PBDA 4TM0A 2APGA 2B76A 3DMEA 4B64A 2DKIA 3BI5A 3LB8A 1DOEA 1GTEA 3PO7A 2PYXA 4H4PA 3AD7B 2BYBA 3FPZA 3IHMA 4TM3A 2OALA 4DSGA 3GRTA 2R0CA 1COYA 3UKKA 4N9XA 4BK2A 2O9ZA 2WESA 5HHFA 3ADAB 3CGEA 1H83A 1D4DA 4P9SA 2JK6A 1BZLA 3V76A 1N4UA 3AE6A 3C4AA 3DGHA 1ZYPA 1VG9A 1XHCA 3KU9A 3SQPA 3UTHA 1Y56B 1GRHA 1B8SA 4MNNA 3E1TA 4EMIA 1E1LA 1LQUA 1F8WA 4JDRA 3GYIA 1PXCA 4AP3A 1D4CA 1KSUA 2GQWA 2YG6A 3AWIA 1Z6LA 3CNJA 4USRA 2R45A 1YQ4A 2WOIA 4BJYA 1P2HA 2I0ZA 2XFPA 2XLRA 1JU2A 1NG3A 1SEZA 2FBWA 2RGHA 3AEAA 1S3EA 5EOWA 3K7MX 4A6NA 3NIXA 3AEGA 3P4SA 4AT0A 4CBQA 1TRBA 4YTPA 1DNCA 1ZOVA 5KVIA 2RGOA 1GRAA 3EF6A 1GXFA 4EIQA 2GAGB 3GRSA 4Y4LA 5U25A 2X8GA 1H81A 2YR6A 2Z5XA 4LA1A 2Q7VA 3KPFA 2R46A 1W4XA 3BHFA 4K5SA 3AE4A 4JNAA 4NTDA 3AYLA 4OPIA 1GOSA 4K5RA 4K8DA 1H84A 1Q9IA 2J3NA 2C65A 2CVJA 2VZ2A 3AE5A 3FMWA 3ABVA 4UDQA 1ZK7A 2XVJA 4A7AA 3C4NA 1GREA 3ITJA 1L9CA 2YVFA 1EL5A 4A65A 4EQWA 4NTEA 4OPLA 3VR8A 1E1KA 1L9DA 1ONFA 1FCDA 4H4VA 4U8NA 1E6EA 3UP4A 4HB9A 1B37A 1F6MA 1CF3A 2B7SA 1RYIA 2BCGG 2WQYA 3NLCA 4H2RA 4ZN0A 2ZZ0A 3BNUA 3UP5A 3V3OA 3M12A 1GRBA 2GMJA 2HQMA 5BUKA 3LADA 3BI4A 4U2TA 1BWCA 4YT0A 4CNJA 1K0IA 1VDCA 3S61A 2CDUA 2IVDA 3AD9B 1DOBA 1JOAA 1Q1WA 1GV4A 2XVHA 4Z2TA 3OC4A 1Y56A 2R0PA 3GYJA 3QJ4A 3AXBA 2ZZBA 1NPXA 3II4A 4IV9A 2GVCA 4JY2A 3AEDA 4JQ9A 4XWZA 2XFNA 2GR3A 4C5OA 3CPIG 4O5QA 4IVMB 1PJ6A 1NENA 3UKFA 4ECHA 1YQZA 3NNEA 3UCLA 3UOXA 4U8LA 2BC1A 1RP0A 5EB4A 2XCGA 2EQ8A 1XANA 2WP9A 2VQBA 4H4UA 4A6NB 2BK5A 2YVJA 2CULA 1B5QA 3D8XA 2ACZA 1EL8A 3CGDA 3KVEA 1CHUA 3C96A 1NAAA 2NVKX 3H8LA 3B3RA 4WX1A 4RG4A 4Z25A 1PHHA 2XLPA 3ATQA 1H82A 4J33A 4REKA 3IF9A 2C72A 1CC2A 2XFUA 5KOXA 1BKWA 2XDOA 2X8HA 4DNAA 2WEUA 3GMCA 2VVLG 1VRQB 2JB2A 5U1OA 4U2SA 4H7UA 4FX9A 5ER0A 4JNQA 5HY5A 1DXLA 2YWLA 4CCRA 3NTAA 5EB5A 3RP8A 1NHQA 1CJ2A 1MXTA 2JB3A 2YQUA 1KSSA 4H50A 1TYTA 4B66A 1KNPA 1NG4A 1OJTA 4CY6A 2GH5A 2GB0A 2GAHB 4NZHA 4C74A 3K30A 2WBAA 4BURA 2BCPA 1D4EA 1GTHA 3ICRA 4RSLA 1ZYNA 1CL0A 2YLZA 5BVAA 3SFEA 1XDIA 2XVIA 4Z26A 4KX6A 5GSNA 2WP6A 4EIPA 5KOWA 4H2QA 2JAEA 2YR4A 3QSEA 3NK2X 4U8OA 2V3BA 2VVMA 2XFOA 3CNSA 4U8PA 4U2LA 3JSKA 2A87A 3G5SA 4YKFA 3DJEA 3BI2A 3VQRA 5JCLA 1IUWA 2XLTA 1O5WA 4H2PA 1LPFA 5DBJA 3DK4A 3DH9A 1CBOA 2XLSA 1LTXR 1RSGA 3NH3X 3LOVA 3GD4A 1CC6A 5LV9A 1KDGA 1TDKA 4CCQA 4YSYA 1M6IA 5JCKA 3ICTA 3UKLA 4UP3A 3SM8A 1QJDA 5HXIA 2GR1A 4KPRA 5M10A 4A9WA 2BS4A 2H88A 4YXDA 2YR5A 3ZYXA 1B4VA 2FJDA 4TLZA 4ADWA 2WPFA 3M0OA 2Q6UA 3EPTA 3LZWA 4Z24A 3PS9A 3RHAA 1GEUA 1S2QA 3UTEA 1KFYA 4M52A 1PBBA 1OJ9A 3QSSA 4NEVA 5JCNA 3AEBA 3R9UA 3DA1A 2YLTA 1BF3A 1JRYA 1PDHA 3QSMA 4JY3A 4U8MA 2C73A 2TMDA 2C3DA 4FDCB 4D04A 1D7LA 3RP6A 1P2EA 5CKUA 1O94A 4B63A 1ZP0A 1BGNA 4Z44A 2R0GA 4U8JA 2V61A 3AEEA 1E1NA 5M0ZA 1N1PA 2C64A 1JNZA 3CNDA 4Z2RA 4GDEA 3NYFA 2V60A 2BA9A 3CGCA 1GESA 4Z2UA 4CRTA 2FJEA 2EQ9A 3IWAA 5HYMA 1LJ1A 3DGZA 3NYCA 2X3NA 5FMHA 2ZBWA 5IQ1A 1ZX9A 3GMBA 1Q1RA 1D7YA 3UOZA 4A79A 2X8CA 3RNMA 2C3CA 4IA5A 4Y4MA 2JB1A 2XYOA 4J34A 4CNKA 1GNDA 3RP7A 1TDNA 1HYUA 4B69A 1NHRA 2WDQA 2WETA 4NTCA 1VQWA 4JN9A 4BK1A 3NYEA 3AE3A 2CFYA 1YKJA 2FJAA 3P4RA 1GETA 2YLSA 3GSIA 3SGLA 3DJDA 3NG7X 3CTYA 3WE0A 1PBCA 1FEBA 4C3YA 3T37A 2B9YA 2C70A 2UZZA 3SFDA 2IIDA 3AEFA 4ZCCA 1E7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1Z3EA 4EQXA 3EAOA 2YG4A 1PS9A 2C3QA 1JNRA 3QFAA 3F6FA 2E7PA 2M46A 3EU3A 4RI7A 5ECLB 1KNRA 2H70A 6GSUA 1PMTA 1OKDA 1KNGA 1FL2A 2C75A 2QKEA 1TRVA 2DKHA 2LEGA 5BULA 3AYJA 1DJNA 2B7KA 2XBQA 2OE3A 3O76A 1CC4A 3LG6A 2DC5A 5ECPB 1VF3A 3HDCA 2VO4A 2WOVA 2DMMA 5EL8A 1THXA 1W4VA 3P9UA 1F8RA 2ALBA 3EANA 3FBSA 3SFDA 3TKSC 5HR1A 5C2TA 1AW9A 1K3OA 1V9WA 3IR4A 4FH8A 4XWRA 2RUEA 3DGQA 4YTMA 2JKCA 4YSZA 1Y25A 4DSQA 4HUAA 4TLXA 1M64A 1T8EB 1OJDA 3UKHA 3DMLA 5KWFA 3VPQA 1VG0A 3CTFA 5DQSA 3IK9A 1FOVA 1EV4A 1RQMA 3P4PA 1ZYEA 2GZZA 2VOCA 3CMMA 4I58A 4J31A 2TPRA 5EY6A 4ZB6A 1B9YC 4Y4NA 1BG5A 4BWSA 3UL3A 3I69A 3QAVA 4ILFA 2L5OA 2XLUA 5CNWA 3ATRA 5IPYA 2GR2A 3NGCX 2IVEA 4EMJA 2FA8A 3HJOA 3IPZA 3NHOX 1MO9A 3IRAA 3FZ5A 2VVLA 3GX8A 3F8DA 2PN8A 5EPFA 1PXBA 4N0VA 3HVSA 3M9KA 4USQA 2LRNA 2O7KA 4CY8A 2AJQB 5EBKA 4YTNA 4IA6A 4TM1A 4KSOA 3O6TA 3H93A 4MJWA 5IMCA 2YM2A 2OAMA 3R3EA 1XPQA 1GLQA 4GCMA 1WJKA 2VLUA 5KMSA 1SL2B 2BK4A 2BJXA 3F4TA 1NHSA 4DGKA 4C77A 1AC1A 4AOSA 4K2XA 2GRTA 2KOKA 2ZCTA 2GQFA 1JRZA 2E2MA 5HFIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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