4X4JA

Structural and functional studies of bexe: insights into oxidation during be-7585a biosynthesis
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
486
structure length
482
Chain Sequence
DAPVVIAGAGPAGLMLAGELRLAGIGVVVLERLPARTGESRGLGFTARTMEVFDQRGLLRRFGEVQTSDQGHFGGIPVDFGLLDGAHQAAKTIPQSATEAVLEAWAGELGADIRRGHELTGVRDDGDGVAVTVRGPAGEHVLRAGWLVGCDGGRSAVRKAVGFDFPGTAATREMFLADLRGVELEPRMSLPGGMVMVGPLPGGVTRIIVCERDAPPRRRTGPPPFHEVADAWKRITGIDISAAEPVWLSAFGDATRQVTEYRRGRVLLAGDAAHVHLPAGGQGMNAGIQDAVNLGWKLAAVVRGTARADLLDTYHGERHPVGVRLLMNTRAQGLLFLNGAEMQPLRDVLAELTGYPDVARHLAAMVSGLEIAYDVGGGSHPWLGRRLPRLELDRGGRPSSTAELLRPARGLLLDFAGNAALRDRAAPWAGRIDVVTARPAGRVPGATTAVLVRPDGHVAWAAPGTHADLPMALERWFGPAPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural and Functional Studies of BexE: Insights into Oxidation During BE-7585A Biosynthesis
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Amycolatopsis orientalis subsp. vinearia
molecule keywords Putative oxygenase
total genus 134
structure length 482
sequence length 486
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01494 FAD_binding_3 FAD binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.120 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4x4jA03
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4x4jA01
2VQ7A 1X31B 2BS3A 1ZK7A 3GD3A 1D4DA 2C3DA 2WOIA 2XVIA 1B5QA 3AD8B 4FX9A 4OPCA 4U8NA 4YTMA 4A9WA 1BKWA 2XFNA 4H4RA 4Y4NA 4C77A 4EIPA 1NDAA 3AECA 2WPEA 4M52A 1IUWA 2WHDA 3UOXA 1GTEA 1PXBA 3M12A 4YT0A 1CC4A 2YLXA 1GT8A 5U1OA 1D4EA 1KNRA 2XCGA 4EMJA 2Q6UA 1DOEA 3VR8A 1JU2A 2GMJA 4Z2TA 3FMWA 1Y0PA 4H2QA 2VQBA 4X9NA 4BV6A 1LTXR 1E1NA 2JB1A 3NN6X 4H4SA 4U8LA 2R0PA 4H2PA 1FECA 3GYJA 2R9ZA 2FJDA 1CJ2A 4JN9A 2C72A 3BNUA 4Z2UA 3P4PA 4I58A 4J34A 1NPXA 3FPZA 3DJDA 1F8WA 3F8RA 3AE8A 4GDPA 4JDRA 4OPGA 4GR1A 4H4WA 1OJAA 5U25A 4B1BA 3UKFA 4NTCA 2OAMA 1TDOA 4NTEA 2OALA 2OA1A 1NHSA 4B64A 3URHA 3S5WA 2X8GA 2GVCA 5BRTA 2XFOA 2X8HA 5FS7A 3L8KA 4TM1A 1B37A 5GRTA 3SFEA 1NHRA 3UKLA 3K30A 4BJYA 4EQWA 3H8LA 5FMHA 3V3OA 3ICTA 1F3PA 2WQYA 3II4A 3S61A 4GUVA 1EL7A 1VG0A 3GDPA 3PO7A 2XLTA 4A6NA 3UP4A 2BA9A 1E1LA 3VRDB 4HB9A 5L46A 5ER0A 3AEBA 3NIXA 2ZZBA 4EM3A 1YQZA 2YG3A 3F8PA 3GD4A 2XVFA 3IC9A 4I59A 4B69A 5KRQA 1D4CA 2V5ZA 1TRBA 3GYIA 5J60A 1KNPA 1FL2A 4OPDA 1Z6LA 3DJEA 4N9XA 3ALJA 2OLOA 4J2WA 3G5RA 3UKKA 5M10A 2XDOA 4TM3A 1ZKQA 2BACA 1V59A 1S2YA 3NTAA 1AOGA 1PXCA 1BWCA 1N4VA 4DSGA 4X4JA 2X50A 1XDIA 3AE7A 3LZXA 1VQWA 2R4JA 2WEUA 2H88A 3RP6A 3NG7X 1COYA 3DJGX 4YWOA 2CFYA 2YM2A 4WCTA 4APNA 1GOSA 2O9ZA 1H81A 4U8JA 1B4VA 3H8IA 4UDQA 2X99A 3GDNA 1GRAA 4FK1A 2GR0A 2FBWA 2XVJA 2VVLA 4NEWA 3BHFA 2A89A 2BS4A 2GR2A 1GESA 2YWLA 4YTPA 1D5TA 5EBKA 4K5SA 1NEKA 2GQWA 4A99A 2DKIA 4Z26A 1Q1WA 1FEAA 3IWAA 4YSHA 1YQ3A 4C5OA 2AAQA 3UKHA 2XFUA 2QAEA 1CJ3A 2Z5YA 2Q7VA 3BI5A 5M0ZA 3P4RA 4EIQA 4IVMB 5EB5A 1B8SA 1H7WA 3NYFA 4KPRA 2JB3A 4USRA 4Y4MA 4U8IA 4A65A 4A79A 4U8KA 2I0ZA 4CCRA 3ISHA 4H2NA 3WE0A 4WX1A 1H82A 3LADA 5LV9A 2EQ6A 1Q1RA 3AEAA 2IIDA 2VZ2A 4EQXA 5TR3A 1S3BA 4EQSA 5BULA 4TM0A 2YLSA 4H4PA 4ZCDA 2ZBWA 1K4QA 2PHHA 1GRHA 1JRZA 3D8XA 4IVOB 1S2QA 1Y56A 3QFBA 1GETA 2GF3A 2UZZA 1N1PA 5J7XA 1E1KA 3QVPA 3D1CA 4EMWA 1H83A 3IHGA 4ZN0A 3AE2A 4BJZA 4C3YA 2TPRA 2GAGB 2WETA 3GMBA 1ZDLA 1LQTA 4JNAA 2B9YA 4Z24A 3BNMA 3CN8A 1HYUA 2WDQA 3AWIA 4A6NB 2PYXA 5KOXA 1RP0A 3GRSA 3BI2A 4X9MA 3KD9A 3ZDNA 3KKJA 2EQ8A 3UKAA 2YR5A 5HY5A 4REKA 1CF3A 2B7RA 2J3NA 1XANA 2YR4A 2X8CA 3DJJA 3ICSA 4GCMA 4U8OA 4Z43A 4A7AA 2YG7A 4H4UA 1F8RA 3E1TA 5KVHA 2R46A 3ALMA 1P2HA 4FK1C 1EL5A 1OJTA 2WU5A 3NLCA 1PBBA 2TMDA 1L0VA 1GSNA 2GR1A 4U8PA 3GRTA 2B7SA 1M64A 2X3NA 5CQFA 2BC1A 3AE5A 3Q6JA 1CJ4A 1ZOVA 2APGA 3K7QX 1MOKA 1GREA 5JCMA 4XWZA 1QJDA 3P9UA 4K22A 4A5LA 3G5SA 2C67A 1BZLA 2VOUA 4H4TA 1TDEA 4AP3A 5HYMA 2BK4A 4H7UA 2YG5A 4K5RA 5HHFA 1N4WA 4ICYA 2AR8A 1E1MA 2Z5XA 4XXGA 4LU6A 1LPFA 2YM1A 5IQ1A 2C76A 2V3BA 3CNPA 4B67A 2WS3A 1IUTA 1OJ9A 3L1RA 3UOYA 1JOAA 4Y4LA 3CNTA 4H4QA 2WDRA 3P4QA 4AOXA 3BI4A 2GMHA 4B68A 1PXAA 2E1MA 3AYJA 3NK0X 4AP1A 2JB2A 2ARDA 1F6MA 4CNJA 2GEWA 3ABVA 3SM8A 1ONFA 1GEUA 3G5QA 2CVJA 3AEDA 1ZP0A 2JAEA 2C73A 4GF7A 1KSSA 2W0HA 2JKCA 4OCGA 1JEHA 4K7ZA 2RGOA 1CBOA 3LZWA 2BCPA 1IUSA 2BC0A 3DGHA 5BVAA 5C3JA 1LJ1A 2YVFA 3NGCX 1MO9A 1NG4A 1PJ6A 4JNQA 2ZZCA 1DJNA 1Y56B 5KXJA 2OLNA 4KX6A 1E6EA 1E7PA 3RHAA 1ZMDA 4E0VA 2B9WA 1GALA 1GRFA 5KWFA 5EOWA 3NNEA 4UP3A 1JNRA 4J33A 4B65A 5JCIA 3ATQA 3DH9A 4O5QA 3LOVA 1JRYA 1GXFA 2YVJA 2C65A 2YLWA 1L9EA 1KF6A 1QO8A 3I6DA 3OZ2A 4H50A 3V3NA 1XHCA 4OPIA 2WP9A 4U2LA 3KVEA 1TDKA 1PBCA 2VVLG 3CPIG 2GAHB 2NPXA 3EPTA 4Z2RA 5IQ4A 5HXIA 4EM4A 1L9DA 2ZZ0A 3CPJG 4YKGA 1QLBA 4EQRA 1KFYA 2EQ9A 4CCQA 3BHKA 3DMEA 1UKVG 1ZOYA 1H86A 4OPUA 4K8DA 3CGBA 3F8DA 2C3CA 4H4YA 3CNSA 2NVKX 3AE6A 1BGNA 3OC4A 2F5ZA 4YXDA 4DNAA 3UCLA 2WP5A 3QSEA 2Q0KA 3UOVA 3KU9A 3KLJA 4U2SA 1EBDA 3VRBA 4BK3A 1IUUA 2VRLA 1IJHA 3NHOX 3VQRA 1L9CA 4BK2A 1LQUA 1PBEA 4YSYA 4OPLA 4PABA 3DK9A 4BK1A 4MJWA 2JBVA 2WDVA 3C96A 3AE9A 2YG4A 3UTEA 3COXA 2V61A 4UDRA 2XLUA 3K7TA 1NHPA 1PJ5A 5FS9A 1H84A 3EAOA 3QSSA 2FJEA 4J31A 4YSXA 1KDGA 4TLZA 4H4XA 3AE4A 2C70A 3REDA 1RSGA 2XYOA 1DOCA 1LVLA 4U8MA 1PS9A 1GRTA 3UTGA 2AQJA 3AE3A 3M0OA 3M13A 3ALLA 1OJDA 2E4GA 2B76A 2EQ7A 1TDFA 3DK4A 3KPFA 3NRNA 1FEBA 2YVGA 3UKPA 3CPHG 3FIMB 3VRAA 4H4ZA 2C64A 4AT0A 4B66A 2HQMA 1ZY8A 1ZMCA 2B9XA 3B3RA 2BS2A 3AD7B 4ADWA 1Q9IA 4CRTA 4H4VA 2V6OA 4Z44A 2Q0LA 2WP6A 2C66A 1YQ4A 1GV4A 2GB0A 3AEGA 3CGEA 3QVRA 1P2EA 5IPYA 2C75A 3B6DA 1EL8A 1K0LA 1VG9A 4IA5A 1SEZA 2BK3A 3CNJA 3SQPA 1REOA 4NEVA 3NKSA 3EF6A 1EL9A 1GTHA 1CHUA 3R9UA 3AYLA 2ACZA 1GRBA 4IA6A 3AEEA 3ADAB 3ITJA 3PVCA 4H2RA 1K0JA 4RG4A 1IUVA 1XPQA 1ZX9A 1JRXA 3AEFA 2R0CA 2RGJA 1MXTA 4FDCB 4O5UA 4D04A 3AE1A 5U63A 4ZCCA 2VVMA 2RABA 4J36A 2BCGG 4JY2A 2C7GA 4TM4A 3SFDA 2BYBA 1CC2A 2YLTA 1NHQA 1H7XA 4CNKA 3NYCA 3AB1A 3P4SA 3Q9TA 2BK5A 1DNCA 2YR6A 4AOSA 3NTDA 2XLPA 4IV9A 4JY3A 2H89A 1M6IA 1S3EA 5KVIA 4BURA 1DOBA 1ELIA 2WESA 3H4KA 4J57A 1D7LA 3K7MX 1N4UA 2XLSA 2V60A 2WOWA 3FG2P 3JSKA 2A87A 3DK8A 2BXSA 4C3XA 5KOWA 4LIIA 3I3LA 1O94A 2Y6RA 4AT2A 3GSIA 3UKQA 1YY5A 3KA7A 2GV8A 1GPEA 3GWDA 3FBSA 3NK1X 4CY8A 3UP5A 1OJCA 1D7YA 3VR9A 4NZHA 2XFQA 2QA1A 4YTNA 4D03A 2GQFA 1GNDA 2Y6QA 1JNZA 3NT6A 1NAAA 5DBJA 1H6VA 2XVHA 3AD9B 3GWFA 3ICRA 4RG3A 2V3AA 3NH3X 2R45A 3CIRA 1FOHA 2YLZA 3AYIA 4J56A 4C74A 4Z25A 1IUXA 3UTHA 2XLRA 2WU2A 2R0GA 1TDNA 4OPTA 2RGHA 2IVDA 2CDUA 5JCKA 5JCLA 3UOZA 1DXLA 3T37A 1E39A 3QSMA 1KSUA 4USQA 3RP8A 3EANA 1CJCA 3ZYXA 1F8SA 3V76A 4UDPA 5FS6A 3UTFA 1BGJA 1VRQB 4HA6A 5CKUA 4GDEA 2FJBA 1DODA 3IHMA 4JQ9A 3DGZA 4RSLA 4DGKA 4OVIA 1PBDA 2VRMA 4YKFA 4B63A 1CC6A 1DJQA 4LA1A 3GMCA 3NYEA 4EMIA 1GRGA 2E5VA 5JCNA 3RP7A 3HZLA 5C2TA 5BUKA 2WBAA 3CNDA 3QFAA 1LV0A 3C4NA 3CTYA 1NENA 3C4AA 4CY6A 1VDCA 2YAUA 3LJPA 3CGCA 4U2TA 2QCUA 3RNMA 1BF3A 3LXDA 2XFPA 2WPCA 3SGLA 1TYPA 1GERA 1K0IA 3NK2X 4P9SA 1PDHA 4GRTA 3IF9A 4NTDA 3LB8A 2R4EA 2BXRA 1O5WA 2GR3A 2YQUA 3NN0X 4TLXA 4PAAA 1W4XA 1CL0A 2GH5A 1RYIA 3ATRA 2XVEA 3O0HA 3CGDA 5GSNA 1PHHA 4CBQA 3PS9A 1PBFA 1FCDA 2WOVA 3AXBA 3DA1A 4XWRA 5EB4A 2JK6A 1YKJA 4YSZA 1O95A 3QJ4A 5FS8A 4DSHA 2FJAA 1NG3A 2IVEA 2CULA 2YG6A 1TYTA 2DKHA 2YLRA 3P1WA 2A8XA 2QA2A 4K2XA 2BABA 2WPFA 4ECHA 1PN0A 1PJ7A 2GRTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
16GSA 2VQ7A 2C3DA 2GGTA 4GWRA 4U8NA 5DCHA 1B5QA 1WWJA 4OPCA 1SK1A 2XFNA 2GQKA 2YV7A 3AECA 4M52A 1G7EA 3RAZA 2RIIA 3UOXA 3M12A 2OE1A 2VLTA 3E0UA 4ZBDA 4BWQA 4EL1A 3VR8A 4Z2TA 3FMWA 2BRYA 4BV6A 1OC3A 3VI5A 2R0PA 4K0GA 4JN9A 2C72A 2K8VA 1FVJA 4Z2UA 2B3SA 1X9SB 3P4PA 2LQQA 3F8RA 4JDRA 4O5RA 3AE8A 2LUSA 4H4WA 2KP2A 2OAMA 4N10A 3IRAA 1QK8A 2GSQA 5DCGA 1TDOA 4NTEA 4IN0A 2E2MA 4ZXGA 4ECCA 4G74A 3UKLA 3K30A 3A2XA 4BJYA 1AQXA 3TDGA 4NNJA 5IMDA 3GL5A 5FMHA 1F3PA 1VG0A 1Z3EA 4WXTA 1E1LA 4EDYA 5L46A 2VO4A 3GYXA 1GSFA 1GTUA 4MZBA 1TK8B 2ZZBA 4B69A 3F8PA 1XWBA 2WULA 3HCZA 1TRBA 2FGXA 2O89A 3LORA 2LSTA 1BYEA 1M9BA 3U6VA 3Q19A 4HQZA 1J9BA 1WE0A 1UC7A 1GLQA 4AJ7A 4TOPA 2JZRA 1S2YA 3NTAA 2EC4A 1EEJA 4DSGA 4X4JA 2VL2A 1TU8A 2ALBA 3KXOA 3RP6A 1G0TA 1COYA 4YWOA 2AYTA 2CFYA 2DMMA 4HU9A 4APNA 5HR2A 3TRQA 1B4VA 4MMMA 2VL9A 3TJBA 3H8IA 3ERWA 3HJPA 1GESA 4YTPA 4K5SA 2GQWA 1R5AA 3FZ5A 2FLSA 4Z26A 1Q1WA 1BX9A 3Q74A 1U6TA 5JCWA 2Z5YA 5M0ZA 1V57A 5D8IA 4EIQA 4KSMA 3DKSA 1H7WA 2H0GA 4A79A 3MIXA 4U8KA 5J4UA 4CCRA 1XPVA 3ISHA 3UMAA 1AQWA 2QSIA 2EQ6A 5D9VA 3AEAA 1TXXA 3TCOA 2C80A 2YWOA 4TM0A 4ZCDA 3KD0A 2M46A 1K4QA 2PHHA 1JRZA 5CRGA 3HDCA 2H6YA 2UZZA 3W8JA 3QVPA 3D1CA 4EMWA 2XBQA 3ME7A 2B9YA 3BNMA 1RP0A 1Z6MA 5ENUA 4X9MA 4WR4A 5G30A 3UKAA 1ZZYA 4REKA 1CF3A 2B7RA 2H6ZA 2J3NA 1XANA 2GSSA 4MF5A 1F8RA 2R46A 3ALMA 3DGQA 1GRXA 3TJJA 4TKYA 3NLCA 1K0OA 3GX0A 5F8BA 2A4HA 3AE5A 1XW5A 2APGA 1M7TA 2N5AA 3TJKA 2A2PA 1AC1A 1HNCA 4XWZA 3KTBA 1QJDA 3KJYA 2IPAA 2VOUA 1TDEA 4AP3A 2OA7A 4H7UA 4YQMA 5JWQB 5HHFA 2AR8A 1XVQA 2DJ0A 22GSA 2YZHA 5B6NA 1FB6A 3GUSA 1ERVA 5INYA 5HR0A 5IQ1A 2C76A 3CNPA 1JZRA 4D73B 4K1FA 1OJ9A 1JOAA 4Y4LA 5EVOA 4H4QA 3P4QA 1NW2A 4TR1A 5KMPA 1PXAA 4EF0A 2ARDA 2GEWA 1FHEA 4KCEA 1GEUA 4IQAA 3P8WA 2L59A 1ZP0A 2JAEA 2C73A 4GF7A 2W0HA 1O7UA 1JEHA 3SZ0A 5G31A 3APSA 4MPGA 2RGOA 2P5QA 2I81A 4POKA 4GAPA 4WR5A 5ELGA 5ECKB 2BCPA 2C3TA 1IUSA 1GUHA 2BC0A 4G10A 2HRAA 4GAVA 1MO9A 1PJ6A 1E6EA 5ECPB 1PQNA 2DJKA 4E0VA 5KWFA 1GALA 1X9WB 1AQVA 2WS2A 4B65A 2DBCA 3ATQA 3KPKA 1GXFA 1HNAA 1KF6A 1QO8A 1GSSA 4H50A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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