4YKFA

Crystal structure of the alkylhydroperoxide reductase subunit f (ahpf) with nadh from escherichia coli
Total Genus 170
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
170
sequence length
521
structure length
521
Chain Sequence
MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYCPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli k12
molecule keywords Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus 170
structure length 521
sequence length 521
ec nomenclature ec 1.8.1.-:
pdb deposition date 2015-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00070 Pyr_redox Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A PF13192 Thioredoxin_3 Thioredoxin domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.80 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4ykfA01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4ykfA03
3VR9A 2JAEA 2Q6UA 1E1MA 4OPLA 3KKJA 4IVOB 1GRFA 4DNAA 4J34A 1PBFA 3NK2X 3II4A 1DJNA 3PS9A 1IUTA 1F3PA 4BJZA 1GRHA 4OVIA 1PBCA 1H84A 2RGJA 4H2RA 3LADA 3ATQA 3ICRA 3G5RA 4XXGA 4Z2RA 2BXSA 3AE4A 3NN0X 1CJ4A 2BABA 1NHSA 4XWRA 3AYJA 3QFBA 5KOXA 3DK4A 1CHUA 3NTDA 4PABA 2EQ7A 2YR5A 2PHHA 2JB2A 3K30A 3FG2P 4YTPA 3GD4A 4EQWA 3PO7A 1LTXR 2IVDA 1VG9A 2GR2A 3H4KA 2WDRA 5C3JA 1KSUA 3B6DA 4A7AA 2ZZ0A 1CBOA 1GRAA 1VDCA 4U8OA 1MOKA 1GEUA 3DGHA 1ZY8A 1RP0A 2B7RA 3F8DA 5IPYA 2YM1A 4H2PA 1DODA 4OPUA 2WETA 3DA1A 3F8PA 1ZOVA 1OJAA 1ZMCA 1MXTA 3AE7A 3BHFA 2B9YA 1TDFA 1PBEA 2VQ7A 2W0HA 3KLJA 1COYA 2XFUA 1EL5A 4I59A 4BK1A 3NT6A 2NVKX 4ICYA 3LJPA 4X9MA 4B66A 1RSGA 2WP6A 4RSLA 4AOXA 3UKFA 2GH5A 3FPZA 4C3XA 1ZOYA 3OZ2A 3FBSA 1D7YA 5IQ4A 2R9ZA 2YG7A 3NN6X 1GSNA 4A79A 1NPXA 2Z5YA 2A8XA 2C7GA 3LZWA 2Q0KA 1YKJA 2XVFA 3NTAA 4K2XA 4X9NA 4ZN0A 1SEZA 1K0LA 1O94A 3NRNA 4GCMA 5U1OA 5LV9A 1GALA 1Z6LA 1NAAA 1TDKA 2A89A 4DSHA 4C77A 4U2SA 1REOA 2FBWA 3BNMA 3KA7A 1PBDA 3BI2A 3CGEA 3L8KA 1JEHA 2YLXA 5HY5A 1NG4A 1PJ5A 4XWZA 4EM3A 1CJ3A 4MNNA 1ZKQA 4C5OA 2C3DA 2H88A 3QSMA 2HQMA 3UKQA 2B7SA 1L0VA 2BA9A 4EMJA 2CULA 3V76A 4CNKA 5CKUA 4H4ZA 2BXRA 2RABA 3DJGX 3ICTA 1PDHA 3SGLA 1NENA 4UDRA 1KF6A 1YY5A 1D7LA 3UOYA 4U2LA 1L9EA 4K7ZA 4B68A 2Q7VA 4YKFA 2V3AA 2X99A 1IJHA 4OPDA 5KVHA 3BNUA 3LB8A 2BK3A 3I6DA 4AT2A 2WU5A 4ECHA 3UTGA 2CVJA 4KPRA 2FJAA 2X8HA 2UZZA 3COXA 2ZZBA 5KRQA 2C64A 2ACZA 1B4VA 1ONFA 1CJCA 3GD3A 2XLPA 2WP5A 2WOIA 3DGZA 2C73A 3M12A 5FS7A 4B64A 4LU6A 2GB0A 3ABVA 3GDPA 2JB1A 1B8SA 3AD9B 4AOSA 3AB1A 1YQ4A 3RNMA 4JQ9A 3EPTA 2VVLG 1X31B 2WOVA 3UP4A 4Z2UA 3DK8A 1YQ3A 1DNCA 2C67A 3CGBA 2IIDA 1W4XA 3LOVA 4H4TA 1CJ2A 2V6OA 1H7WA 5DBJA 3QSSA 2F5ZA 2WESA 1BGNA 1Y0PA 3NNEA 3SFEA 1JU2A 4H4YA 4H2QA 1CF3A 4U8PA 4NTCA 1GREA 2ZBWA 4JDRA 2TPRA 3EF6A 2XVIA 3GMCA 3CTYA 5JCMA 3D1CA 4U2TA 3AE8A 2VQBA 1EBDA 5U63A 1JRYA 3CNSA 2XFPA 4CRTA 5JCLA 3CPIG 3VRDB 1LV0A 2C76A 3NYFA 4U8NA 3UOXA 2YAUA 3UKPA 3QJ4A 1Q9IA 5EB5A 4AP1A 4BURA 1H6VA 4CNJA 2YLWA 4GDEA 5BVAA 3NKSA 1PXCA 2WPFA 4H4SA 3RP8A 2BC1A 4EQXA 4I58A 4K5SA 3UKAA 2XDOA 2JB3A 4A6NA 4Y4LA 3DJJA 2YR6A 1UKVG 1BF3A 3AEBA 3DH9A 4EIQA 2APGA 4TM0A 1GXFA 1PS9A 4UDQA 2YVFA 2XFNA 1S3BA 3NH3X 4D03A 2YM2A 1LQUA 5HYMA 1F8SA 4OCGA 4RG3A 3RHAA 3D8XA 4APNA 1FOHA 2VRLA 1NEKA 3AD7B 4GF7A 4OPIA 3REDA 2B9WA 2AR8A 3CGCA 2VVLA 4JY3A 4YTNA 4H4RA 1TDOA 1H81A 1XHCA 1E1LA 2C65A 3V3OA 3CPJG 2FJEA 2QA2A 3SQPA 4TM4A 4IA5A 1EL8A 2WEUA 1OJCA 1EL7A 4WX1A 3IHMA 2EQ9A 4JN9A 2WPCA 1BKWA 1S3EA 2BACA 3IWAA 4Z24A 2B76A 3ITJA 4N9XA 2XLTA 4REKA 4Z2TA 1MO9A 3ISHA 1PXBA 1FEBA 1QO8A 4OPCA 2A87A 2XCGA 3S5WA 1E7PA 1KNPA 2QA1A 2XLRA 1D4EA 3C96A 4H4QA 1S2QA 3AE2A 4FDCB 2WP9A 3ADAB 1CC4A 1LPFA 1GTHA 2BYBA 4BV6A 2X50A 4A9WA 3CNJA 3JSKA 1DXLA 4EQRA 3WE0A 4ADWA 1PJ6A 3NK0X 1FCDA 3SFDA 4PAAA 1K4QA 1OJDA 3C4AA 3OC4A 3PVCA 3ICSA 3NG7X 1JNRA 3UOVA 2BK5A 5U25A 2YR4A 2B9XA 4EM4A 2Q0LA 5TR3A 2OAMA 2RGHA 4NTEA 3Q6JA 3BI5A 4FX9A 1Q1RA 2AQJA 1RYIA 1H82A 1TDNA 1GNDA 5M0ZA 2ARDA 3CGDA 2EQ8A 4H4WA 4HA6A 2WQYA 3IHGA 3GSIA 5FMHA 4U8KA 1ELIA 3VQRA 3UTHA 4NTDA 1GRGA 4B1BA 5KXJA 2BCPA 3P4PA 2GAHB 3UTFA 5BULA 3LXDA 5EOWA 2C3CA 5FS9A 2XFQA 4U8IA 3AE9A 1E1NA 2BCGG 5GSNA 4BJYA 1HYUA 1FL2A 5EB4A 1QLBA 1GRBA 1CC2A 4K8DA 1ZP0A 4P9SA 5C2TA 3NK1X 2JK6A 3P4SA 3DJEA 4M52A 1M64A 2R0PA 4BK2A 2AAQA 3L1RA 4H7UA 3AECA 1H83A 4YSHA 1TDEA 2C75A 1NHPA 1P2EA 3SM8A 2OALA 1BZLA 3AEDA 3KPFA 4AT0A 2BS2A 2XLSA 1Q1WA 2GR3A 2YLTA 2FJDA 2OLNA 3RP7A 2WU2A 3AEEA 1TRBA 4B63A 3K7TA 1GOSA 1OJTA 3NYCA 1E1KA 3UKKA 5EBKA 4A99A 4J33A 2GEWA 4LA1A 3VRBA 2JBVA 3AEAA 4USRA 3QVRA 2WPEA 2NPXA 4U8MA 1ZK7A 4WCTA 2YVJA 4YWOA 2WHDA 2WDQA 3R9UA 3UOZA 3IC9A 3GMBA 3GDNA 1VG0A 1JOAA 1NHRA 1TYTA 2R4JA 4B69A 4YT0A 5BUKA 4CBQA 2C72A 1QJDA 3DK9A 2XFOA 4D04A 4HB9A 4EMWA 4A65A 3UTEA 4TM1A 4H50A 1TYPA 4RG4A 2YLZA 3AXBA 1B37A 4TM3A 2C70A 2YVGA 4U8JA 2YG3A 3QVPA 2VVMA 3GWFA 1ZYPA 3B3RA 2OA1A 2TMDA 2GV8A 3UP5A 1XPQA 1YQZA 2CFYA 4FK1C 1B5QA 1VQWA 1DOCA 1PHHA 2QAEA 2YG4A 4UP3A 1JRXA 1N4WA 4CY6A 2YG5A 4C74A 2V3BA 4Z43A 5HXIA 2I0ZA 2GQWA 1VRQB 2FJBA 1NDAA 3GWDA 3CPHG 1P2HA 1AOGA 3ATRA 1N1PA 1LJ1A 1ZYNA 2WOWA 3ALMA 3VR8A 4ZCCA 1D5TA 2R45A 3NHOX 4GUVA 4O5QA 2R0GA 5KOWA 1ZDLA 2BK4A 2YLSA 3M0OA 3ALLA 3AYLA 3BI4A 4IVMB 3S61A 2VOUA 3GRTA 4YSZA 2GMJA 3QFAA 4H2NA 4J56A 2XVEA 1E6EA 1D4DA 3NIXA 5FS6A 5JCIA 1IUUA 3LZXA 3K7QX 1GESA 4NEWA 4Z25A 3GYIA 2VZ2A 2YG6A 1O5WA 3CNTA 2GQFA 1KSSA 1N4UA 1ZX9A 1E39A 4YSXA 1H86A 1K0IA 5GRTA 4OPTA 3CNDA 1CC6A 3AWIA 1F8RA 3URHA 4C3YA 1N4VA 2E1MA 4IA6A 2GAGB 4TLXA 2CDUA 2GMHA 2GR0A 1XANA 1O95A 2H89A 1DOEA 2O9ZA 4JNAA 1D4CA 1OJ9A 5ER0A 3V3NA 1IUSA 2V5ZA 4J31A 4YKGA 2X3NA 5BRTA 3EAOA 5JCKA 1NG3A 1DOBA 1PJ7A 2WBAA 3GYJA 3C4NA 3NGCX 2BS4A 4FK1A 1Y56A 4CY8A 4J57A 2PYXA 4U8LA 2RGOA 3DMEA 2XYOA 4K22A 1PBBA 3H8LA 3Q9TA 3KD9A 1M6IA 1GPEA 1IUVA 2GRTA 4B65A 4E0VA 5KVIA 5CQFA 2DKHA 2GR1A 1L9CA 3RP6A 3AE5A 4GDPA 1IUWA 3BHKA 4DSGA 4EQSA 2R0CA 2DKIA 2R46A 5J60A 4UDPA 2WS3A 4GRTA 4IV9A 3ZDNA 4YTMA 3AE6A 4MJWA 4B67A 3AEFA 1V59A 4A5LA 3FIMB 4GR1A 4A6NB 4JY2A 1ZMDA 2E5VA 3AYIA 1DJQA 3O0HA 1LVLA 3P9UA 5KWFA 1GERA 3G5SA 4CCRA 4LIIA 3AE3A 1K0JA 3UCLA 1S2YA 3P4RA 4Z44A 4NZHA 2Z5XA 2GF3A 5JCNA 2V60A 2Y6QA 2EQ6A 3E1TA 4X4JA 1F6MA 2X8CA 1JNZA 2XLUA 1PN0A 3UKHA 4J2WA 1KFYA 1XDIA 3KU9A 3F8RA 2YQUA 3CNPA 1FEAA 3IF9A 4H4PA 4AP3A 3I3LA 2E4GA 1H7XA 1PXAA 2IVEA 3AE1A 2WDVA 4EIPA 4K5RA 1BWCA 4H4VA 5IQ1A 3AD8B 3NLCA 4O5UA 1CL0A 2OLOA 3ALJA 4Y4NA 3HZLA 3CN8A 1GTEA 4YXDA 4JNQA 2ZZCA 4J36A 3CIRA 5HHFA 1JRZA 2BC0A 3P4QA 3VRAA 3UKLA 5FS8A 3M13A 1GETA 2XVHA 4H4UA 1LQTA 4Y4MA 4EMIA 1FECA 3FMWA 1KNRA 3NYEA 2V61A 2X8GA 2R4EA 3T37A 1NHQA 2YLRA 2BS3A 4NEVA 4TLZA 2GVCA 2J3NA 2JKCA 4BK3A 1BGJA 5M10A 1GT8A 3GRSA 3DJDA 3G5QA 4USQA 5L46A 1Y56B 4DGKA 1KDGA 1IUXA 1F8WA 4Z26A 3QSEA 2QCUA 3P1WA 4ZCDA 2Y6RA 4CCQA 3EANA 3H8IA 2VRMA 2YWLA 1GV4A 4KX6A 3KVEA 4YSYA 1EL9A 1GRTA 3K7MX 4H4XA 5J7XA 3ZYXA 3AEGA 1L9DA 2C66A 2XVJA 4OPGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZXGA 2JAEA 2Q6UA 3D22A 4PUAA 3P90A 1E1MA 2MYGA 2O8VB 3KKJA 4POKA 1DJNA 1XFLA 4YAVA 3HXSA 1IUTA 4BVYB 1F3PA 4BJZA 1PBCA 2RGJA 3GX0A 2A4VA 2I9HA 5JCGA 4DVCA 3SX6A 3F8UA 3TOUA 3TRXA 3AYJA 1O8WA 1CHUA 4PABA 5F07A 5ECLB 3FG2P 4YTPA 1YY7A 1SJIA 1JZDA 3H4KA 2G2QA 3GH9A 2ALBA 1R5PA 5C3JA 3KGKA 5LNKe 3MWHA 5A5KA 4KE3A 1A8YA 4JR6A 3F8DA 4OCEA 4F82A 3DA1A 1ZOVA 3AE7A 5H5RA 1HD2A 3DVXA 1TTZA 5A4VA 1E6BA 2XFUA 4KSMA 4I59A 1K0DA 3LJPA 5LCZA 4C3XA 3UVHA 3EVIA 3OZ2A 3FBSA 2F3MA 2WS2A 1D7YA 5IQ4A 3HY2A 4A79A 1NPXA 3LZWA 4II2A 2L5OA 2XVFA 2IMDA 3KTBA 4V1Ag 1SEZA 2KHPA 3NRNA 5IO0A 2NBSA 1K3OA 4DSHA 4C77A 3L9UA 5D9WA 2CX4A 3BNMA 2DJ1A 2YLXA 3GSSA 5HY5A 1NG4A 3WD6A 2DIZA 1CJ3A 3TKQA 1ZKQA 4C5OA 2H88A 3QSMA 3FK8A 4OMVA 4V2MA 4H4ZA 3A3TA 2BXRA 2CA8A 1MDIA 2PPTA 3SGLA 2AHEA 3SXIA 1DE2A 3KTLA 1L9EA 3ERWA 2X99A 3VPQA 4V1Ap 3BNUA 3ED3A 1ZL9A 4USSA 3TRQA 4ZB6A 4L8EA 1EV4A 1KTEA 1SYRA 3CSIA 2FJAA 1OYJA 3QCPA 2UZZA 3COXA 2ZZBA 1B4VA 1CJCA 2WOIA 5KN1A 2C73A 5FS7A 1TRWA 3TUEA 4AOSA 2MZCA 1FVKA 4MF5A 2VLVA 3UP4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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