4YKG | Genus

Total Genus 158

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	521
structure length	520
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Escherichia coli k12
total genus	158
structure length	520
sequence length	521
ec nomenclature	ec 1.8.1.-:
pdb deposition date	2015-03-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4ykgA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA03

1H84A 3AE4A 1JNZA 1JRZA 1YQ4A 4J33A 1IUSA 2R46A 4H2PA 3ZDNA 2QCUA 1KF6A 4Z25A 3EAOA 1H83A 4LU6A 3VRAA 2GV8A 3UKKA 3NTAA 1BWCA 2EQ9A 4EQRA 4GR1A 1O94A 4U8PA 2YR4A 3FBSA 1DJNA 4USQA 3ZYXA 1ZP0A 2VVMA 3RNMA 2GB0A 4YSXA 4DSGA 4A9WA 1PBFA 4IA6A 2JB2A 1PBBA 3AYLA 1BGJA 1KNRA 2BS2A 1ZYPA 2WP9A 3AEFA 5IQ1A 1CC2A 2OLOA 3RP7A 4OPCA 1LJ1A 1KDGA 1TDEA 3B6DA 4FK1A 1TYPA 1PHHA 1D4EA 3RHAA 3ALLA 4U8KA 5U25A 2VQBA 2C65A 3DGHA 5KRQA 1VG0A 1PJ5A 5U1OA 3CGDA 2IVDA 3UKAA 3H4KA 4U2LA 5CQFA 4H4WA 1EL9A 2X8CA 1VDCA 2BK4A 3URHA 1KSUA 4EMJA 4H2NA 2C3CA 2E1MA 1ZDLA 4U8NA 3AWIA 1ZYNA 2WBAA 4NTCA 1GRAA 2FBWA 5KOXA 4J56A 2Y6QA 3LADA 1GSNA 2QA1A 2YLTA 1ONFA 3E1TA 4TM0A 3PVCA 5KVIA 2WP6A 2X8HA 1O95A 3UOYA 3NLCA 2X50A 4AT2A 3NTDA 2XVEA 3BI2A 4OPDA 4YKGA 3AYIA 5LV9A 3O0HA 2Q0LA 2IIDA 3LOVA 1N1PA 2A8XA 4H4YA 4KPRA 4H4UA 4KX6A 3UKQA 1NHRA 2ZZBA 3LJPA 2ZZ0A 3WE0A 3EPTA 3EANA 4EM3A 3NYEA 1NG4A 1IUWA 1XDIA 1CC6A 1GRHA 2BYBA 1OJAA 2WOWA 2HQMA 2Z5XA 3FMWA 3UOVA 2GQWA 2XFUA 3ICRA 4NTEA 4YXDA 4IVMB 1VG9A 1FECA 1ZOYA 2C3DA 4RG3A 2Q0KA 4PAAA 4Z2RA 3NNEA 1XANA 3BNMA 3Q9TA 1PJ6A 4A6NA 2WEUA 2BS3A 1UKVG 2VRMA 2B7SA 1JOAA 1NPXA 3B3RA 1JRYA 2GR0A 1PBCA 4H4XA 3GWFA 2BCPA 3RP6A 5JCNA 1PN0A 3FG2P 3L1RA 4TM4A 4EM4A 3UKPA 1LQUA 4YSHA 4ZN0A 1ZMDA 5BRTA 2EQ8A 2WESA 4C74A 3AEBA 4D04A 3KLJA 1D4CA 4Z24A 1FEBA 2O9ZA 3AXBA 3IWAA 3GRTA 5FS9A 3SGLA 2YAUA 4E0VA 5IPYA 2ACZA 2YLXA 3GDPA 4EQXA 3V3NA 5FS8A 1Q9IA 5JCIA 4A5LA 2Z5YA 3CPJG 4JQ9A 1L9DA 1D5TA 1F8SA 2FJAA 4Z2UA 3UKFA 2FJDA 1CJ2A 3Q6JA 1FL2A 4U8MA 3SQPA 4FDCB 3ATQA 1O5WA 1ZX9A 1MO9A 1Q1WA 4CBQA 4O5QA 2JB1A 3GD3A 1H7WA 4H4ZA 4B67A 2VVLG 3QSSA 2Q6UA 2XLTA 1CBOA 2RABA 1OJCA 2WOVA 4AOXA 3M13A 3C4NA 1MOKA 3H8IA 4K22A 2WPCA 3NKSA 5EB4A 3T37A 3UTFA 1H86A 4I58A 1B5QA 1JNRA 3BNUA 3DK8A 3NK1X 5HXIA 1REOA 3OC4A 1L9EA 3VR8A 3NG7X 3R9UA 4CY6A 5GSNA 3H8LA 4J31A 4X9NA 5KWFA 3ADAB 3JSKA 3CPHG 4ECHA 3OZ2A 4FX9A 2WU2A 2EQ6A 2FJEA 3P4PA 3CNPA 1NHPA 3AEAA 4C3YA 3NH3X 4N9XA 2B9WA 2H89A 4Y4NA 4A79A 2X3NA 2X99A 4YT0A 4CCQA 4EMIA 1Y56A 1JEHA 3FPZA 3NHOX 1F3PA 2C64A 4UDPA 1K0LA 3CIRA 2B9XA 1TDKA 1Q1RA 4H4VA 4ICYA 1JU2A 4B68A 3P1WA 3LZWA 1CL0A 2R45A 2GR3A 2XFPA 4C5OA 4J34A 1LTXR 1S3BA 1FCDA 2XDOA 3IC9A 3M0OA 2C72A 4OCGA 4PABA 3VR9A 4ADWA 3KVEA 4NTDA 1ZMCA 1KSSA 4ZCDA 4EIQA 4YSYA 2YG5A 2VVLA 4B65A 4CNKA 3G5RA 3LB8A 2XVFA 3BHKA 4WCTA 4UDQA 3SFEA 3NK2X 3C4AA 4B1BA 1GREA 2YLWA 1L0VA 1K0IA 1GT8A 3UP5A 3PS9A 2OA1A 4YSZA 3P9UA 4JY2A 2XFOA 4P9SA 5BULA 4MJWA 4M52A 2BK5A 1ELIA 4O5UA 1RP0A 2YG7A 2APGA 2GR1A 1BZLA 2R0CA 4FK1C 4JN9A 4BK2A 5L46A 3V76A 3CN8A 5FMHA 3AE5A 1E7PA 4B69A 1S3EA 1NG3A 2WETA 5BVAA 3EF6A 2BABA 2VZ2A 4EQWA 2AQJA 4H50A 3SFDA 3CTYA 3LXDA 3UTGA 2XVIA 1N4WA 1D7LA 5FS6A 4Z2TA 1DXLA 1COYA 2EQ7A 3K30A 5EBKA 5BUKA 3NT6A 4U8LA 4BURA 4YKFA 4CNJA 1ZK7A 4YWOA 4BK1A 1JRXA 1PS9A 4I59A 2Q7VA 2C76A 3GDNA 3I3LA 2GQFA 1OJDA 2YM1A 3IF9A 3GYJA 5KOWA 4X4JA 4NZHA 1IUVA 2YM2A 4XWZA 3COXA 4Z26A 1H7XA 1NHQA 1E39A 2R0PA 2JB3A 1KFYA 2CVJA 1TRBA 4UP3A 2I0ZA 3AE9A 5FS7A 2R4EA 3G5SA 4ZCCA 2GMJA 3DMEA 2V3AA 4NEVA 3CGEA 3GD4A 3ITJA 2BK3A 3QVRA 5HY5A 4RG4A 3UKLA 1FEAA 3AYJA 2WDQA 1CC4A 1E1KA 1L9CA 1LPFA 2GR2A 4B66A 2DKHA 2GAGB 2YVJA 3AE3A 3DK4A 4C77A 2ZBWA 4TLZA 3UCLA 3AEGA 5EB5A 5M10A 2V5ZA 4K8DA 4CRTA 1GXFA 2YWLA 4U8IA 3DJGX 1YQ3A 2ARDA 1SEZA 1P2EA 4TM1A 2NVKX 1QLBA 3GRSA 3P4QA 3CNSA 1GRBA 1XHCA 1PDHA 2YLZA 1DOCA 3ALJA 4UDRA 4OPGA 1VQWA 2BXRA 2PYXA 2B76A 3IHGA 4A6NB 2YG4A 1K0JA 1NDAA 1H81A 1LVLA 1OJTA 3ALMA 4IA5A 4JNAA 1B8SA 1YKJA 4H7UA 3NIXA 3QFBA 4OPTA 3AE1A 5TR3A 3AD7B 4REKA 2YR6A 3CGBA 2XVHA 1GV4A 3F8DA 2XFQA 4AT0A 4BJYA 4LA1A 2J3NA 4H4RA 3DK9A 4OPLA 3REDA 2CDUA 4B63A 3SM8A 2WS3A 1E1LA 4GRTA 2WPEA 2AAQA 4GDEA 1IJHA 1PBEA 4X9MA 1RYIA 2YLSA 3P4SA 4C3XA 4CCRA 2GMHA 3KD9A 2C7GA 2Y6RA 5JCMA 3P4RA 1X31B 2B9YA 1H82A 2OAMA 1EL5A 1RSGA 4K5RA 2YQUA 4HB9A 4J2WA 1E6EA 2R4JA 4BJZA 3UTHA 3ABVA 4H4QA 3D1CA 4K7ZA 4BV6A 1HYUA 2GH5A 3CGCA 3ICSA 4Z44A 5IQ4A 2WDVA 2WP5A 1CJCA 2JBVA 4NEWA 1GESA 1B4VA 1GRFA 1E1MA 2WDRA 5DBJA 2OALA 3RP8A 5JCKA 1N4UA 1KNPA 3ICTA 4DGKA 2C75A 3NRNA 2GAHB 1GALA 3DGZA 1NENA 3V3OA 1DODA 3DA1A 2XLPA 3K7MX 3S5WA 4GCMA 1DOEA 2WOIA 1NEKA 2IVEA 3NN6X 2XLRA 1DJQA 2FJBA 1XPQA 2YR5A 4IVOB 3KA7A 2H88A 4XXGA 3ISHA 1EBDA 1ZOVA 2YG6A 3AECA 3AE6A 3DJEA 2XVJA 4OPIA 1Y56B 1YQZA 5CKUA 2XYOA 2JAEA 1ZKQA 2XCGA 3GMCA 3UTEA 4B64A 1CJ4A 1NHSA 2XLUA 3GMBA 1IUTA 1CHUA 2YVFA 2XFNA 4TM3A 1M64A 2A89A 2V60A 4AP1A 5J60A 2C66A 4U8OA 2UZZA 3QJ4A 5M0ZA 2RGHA 3UKHA 1BGNA 2BACA 5GRTA 1CJ3A 3CNJA 3VRBA 1LQTA 4BK3A 1GETA 4JNQA 5KXJA 1E1NA 4K5SA 1M6IA 3BI5A 1PJ7A 2F5ZA 3CNDA 5HHFA 1IUUA 4CY8A 5KVHA 4JDRA 1NAAA 4RSLA 4EMWA 2YVGA 2BC1A 1IUXA 4HA6A 2C67A 2DKIA 2RGOA 4DNAA 1TDOA 2GEWA 1TYTA 3FIMB 3F8PA 2X8GA 4Y4LA 1QO8A 1V59A 1GRGA 1QJDA 2V61A 3QVPA 4JY3A 1GPEA 5HYMA 3S61A 1CF3A 3KKJA 4AP3A 4IV9A 3DJJA 3NYFA 1S2QA 2VOUA 1OJ9A 1S2YA 1BKWA 2BXSA 1FOHA 3DJDA 3AD8B 4DSHA 2C70A 2XLSA 3D8XA 1F6MA 2OLNA 3DH9A 3QFAA 2BCGG 1N4VA 3I6DA 4GUVA 4EIPA 4YTNA 3AE2A 5J7XA 3F8RA 1VRQB 2JKCA 4K2XA 4H4PA 2WU5A 1GOSA 4D03A 1BF3A 2RGJA 4U2SA 1GTEA 5EOWA 2C73A 4J36A 1H6VA 4A65A 5ER0A 3AEEA 1MXTA 4YTMA 2VRLA 3AB1A 1D7YA 3LZXA 3KU9A 5C2TA 3BI4A 3CNTA 3C96A 2GRTA 3NK0X 1PXBA 4GDPA 1W4XA 4U2TA 4H2RA 2WPFA 1PXAA 3UOXA 2GVCA 1GTHA 1TDFA 2CULA 2R0GA 4A99A 4H4SA 1AOGA 3AE8A 2TMDA 3G5QA 1LV0A 5U63A 2TPRA 4EQSA 2E5VA 5C3JA 1P2HA 3VRDB 3HZLA 3KPFA 1DNCA 4APNA 4A7AA 1TDNA 2GF3A 3L8KA 1PBDA 4Y4MA 2BS4A 2W0HA 2WHDA 2NPXA 4USRA 4OPUA 3K7QX 3NN0X 1Z6LA 3VQRA 1PXCA 2QAEA 3NGCX 2WQYA 3BHFA 4YTPA 3M12A 1GRTA 1F8WA 2YLRA 1F8RA 4XWRA 4MNNA 3ATRA 2CFYA 4H2QA 1EL8A 3UOZA 3UP4A 3GYIA 4J57A 4TLXA 1K4QA 2A87A 1D4DA 4OVIA 1ZY8A 3QSMA 1GEUA 1DOBA 3GSIA 4WX1A 3AD9B 1GERA 5JCLA 2JK6A 2V3BA 3CPIG 2BC0A 4AOSA 3IHMA 4LIIA 3AEDA 3NYCA 2ZZCA 3K7TA 1YY5A 2R9ZA 4Z43A 3GWDA 2VQ7A 3QSEA 2BA9A 2V6OA 2B7RA 2YG3A 1Y0PA 3II4A 1EL7A 3PO7A 2QA2A 4H4TA 2E4GA 1GNDA 3AE7A 4U8JA 1B37A 4GF7A 2AR8A 2PHHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1H84A 2H30A 4ILFA 2MMNA 1YQ4A 1TK8B 3ZITA 1N2AA 3GKKA 4BA7A 2QCUA 2HZEB 2AHEA 4N11A 3APQA 2MBSA 2GV8A 3GMFA 3VPQA 4MPGA 6GSVA 4USQA 4HDEA 3EURA 2C3NA 1ZP0A 2VVMA 3FR6A 1MD4A 2B5YA 1J08A 3HXSA 3AYLA 1KNRA 2WP9A 5IQ1A 5JWRB 2QSIA 2D2ZA 1W89A 2H19A 4POMA 4OPCA 1LJ1A 1PQNA 4EDYA 2H1DA 5F05A 4JZQA 4G6HA 2VQBA 2C65A 3T2ZA 4RUVA 4NNJA 5KRQA 3CGDA 2IVDA 5CQFA 1FB6A 4G0LA 4Q5RA 1VDCA 3URHA 2QC7A 4KB3A 5HR2A 4H2NA 3C73A 1MDJA 1ZYNA 4IN0A 4XIHA 4PNFA 4J56A 3ERWA 2H1AA 16GSA 1ONFA 5KMQA 3PVCA 3PH9A 3ZFLA 3NLCA 3KTBA 4OO4A 3NTDA 2XVEA 4YKGA 3F3QA 5DAKB 2IIDA 1N1PA 5ECOB 4H4YA 4MZCA 4H4UA 1NHRA 5ID2A 4FO5A 4BVYB 1NG4A 4H86A 1CC6A 4HQZA 3VFIA 3TKSC 3LG6A 1EWXA 1KBNA 1M7TA 2HQMA 1M0UA 3UOVA 4IQ1A 3D0ZA 3ICRA 4NTEA 3KP8A 3IC4A 1VG9A 3GTUB 1PKWA 2Q0KA 4PAAA 3FR3A 4V1Ag 4ZB6A 1CQHA 4A6NA 3WYWA 1GL8A 1JRYA 2GR0A 2YJ7A 1PBCA 3T0KA 5EVOA 5IO0A 3GWFA 5JCNA 4TM4A 2VL9A 2TRXA 3UMAA 1JZDA 2OE1A 1JHBA 5BRTA 1OE8A 1ZMDA 2EQ8A 3KTLA 1D4CA 4Z24A 3EINA 5KN3A 3AXBA 3KEBA 3ISOA 2ACZA 3GDPA 3SXIA 5G1LA 5FS8A 5CREA 1Q9IA 2V41A 4A5LA 2IWTA 1WIKA 5AIXA 3IRAA 5H5RA 2FJDA 4MLYA 3UJ1A 1CJ2A 3Q6JA 3IC8A 4X0XA 1MO9A 2JB1A 2VVLG 3H8IA 2MBTA 1OAZA 4K8MA 2WPCA 4K22A 5EB4A 5G1KA 4I58A 5H5SA 1JZOA 1AW9A 3IK7A 2ZUPA 1KNGA 4AF2A 3BNUA 3NK1X 4P3YB 3OC4A 2G2QA 2GQKA 1QK8A 4LMWA 4CY6A 3H8LA 4J31A 5KWFA 4ECHA 2WU2A 5ELAA 3HJOA 1XW6A 4C3YA 3NH3X 2H89A 4A79A 2X99A 4CCQA 4EMIA 2C64A 2LNTA 1TDKA 1Q1RA 2F3MA 1CL0A 4GAVA 4F9ZA 3CSIA 5J3RA 2UZ8A 2CVDA 1FCDA 3IC9A 3M0OA 4KA0A 2JSZA 20GSA 3U6VA 1TK5B 4O92A 2L59A 1KSSA 2YG5A 2VVLA 1PX7A 4GQCA 2DLXA 2C0DA 2XHFA 3U5RE 4B1BA 2JADA 5HFGA 1GT8A 5KEJA 4EC0A 1ELIA 2H72A 1RP0A 1BZLA 3C71A 5AN1A 2HFDA 5FMHA 1XWCA 4BVYA 1S3EA 3ZLPA 3KMNA 3SFDA 4IKHA 5C00A 1JZRA 2DMLA 4Z2TA 3EE2A 5DDLA 4N10A 1COYA 5BUKA 4HEA2 3L9UA 4YKFA 5JCUA 2Q7VA 5IMCA 3I3LA 1LJRA 1SYRA 5KOWA 3GSTA 4X4JA 3UVTA 3VPTA 3I9V2 3WD6A 4XWZA 3FK8A 3COXA 1H7XA 2YCDA 3RHBA 4PX1A 4KX4A 2JB3A 1MDKA 2LV3A 2CVJA 1XWGA 3AE9A 3FHKA 2VM1A 4NEVA 4ECBA 4BWQA 2XBQA 4RG4A 4L8EA 3AYJA 2WDQA 3HKRA 1GSSA 1LPFA 2MMOA 2CV4A 1DE2A 2GR2A 2B6MA 3LWAA 2VOCA 4DSSB 4G0KA 4XS4A 1GSQA 2XBIA 1PMTA 1O6JA 4TXOA 5IOXA 1QLBA 2NVKX 3CNSA 2OBKA 1XHCA 1ZYEA 3GA4A 1DOCA 2L6DA 4UDRA 4OPGA 2BXRA 1GTUA 3HVXA 3IHGA 4GF0A 1GSDA 1K0JA 4JNAA 1B8SA 1XZOA 3IBHA 3R2QA 2A2RA 4OPTA 4REKA 2YR6A 2AAWA 5INYA 4BJYA 4D73A 2XFQA 3DK9A 3P7XA 4OPLA 3REDA 3SM8A 5E59A 2HRAA 2AAQA 3QAGA 4C3XA 1M2DA 2GMHA 1GWCA 4A5PA 2Y6RA 1NHOA 1K0NA 3HYPA 4HI7A 1EL5A 1BEDA 2RIIA 2R4JA 3CBUA 3PR8A 5HR3A 2YWIA 3ERGA 4WEYA 1CJCA 2JBVA 4NEWA 1GESA 2HLSA 3D4MA 1GRFA 1E1MA 2WDRA 2DJ3A 5DBJA 2LRTA 3N9JA 4GLTA 1EEMA 4DGKA 2R2JA 1VGLA 1SKSB 3DGZA 1NENA 1DODA 4NV2A 2VD0A 1JLWA 3I43A 3Q74A 3VK9A 1Y25A 1XPQA 4IBPA 2HSYA 3P8WA 2WZ9A 3ISHA 2H1BA 5KN0A 1DBYA 1SD8A 4WF5A 1GLPA 3HDCA 1YDKA 5L71A 3GX0A 1ZKQA 3GMCA 1CJ4A 2XLUA 1XWAA 19GSA 2B1LA 1M64A 1Y6EA 3SZCA 4AP1A 3LYKA 4F2IA 1V2AA 1BGNA 5GRTA 4PXOA 3CNJA 2AUVA 2CQ9A 4BK3A 1ACVA 4G10A 4K5SA 1E1NA 3BI5A 2LQQA 2F5ZA 5HHFA 1IUUA 2DSAA 3QOUA 3HYWA 4RSLA 3LXTA 4EMWA 2YVGA 1VF3A 2QKEA 4GXZA 2RGOA 2MMAA 4DNAA 3QAWA 1TYTA 1GP1A 1PX6A 1QO8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YKGA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations