4YKG | Genus

Total Genus 158

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	521
structure length	520
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps pubmed doi rcsb
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Escherichia coli k12
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
total genus	158
structure length	520
sequence length	521
ec nomenclature	ec 1.8.1.-:
pdb deposition date	2015-03-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4ykgA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA03

1S2QA 5ER0A 2Q6UA 4JQ9A 4B67A 4OCGA 1FCDA 3DGHA 1L9EA 2C75A 4JY3A 2YG6A 2WPCA 2C64A 3L1RA 4IA6A 1H84A 4U8JA 4Z24A 4ICYA 2WDQA 4RG3A 1NG3A 3SFDA 2C3CA 4OPIA 5EBKA 4H4VA 2B9YA 4TM4A 3CGEA 4U8MA 1TDEA 1TYTA 5CKUA 1XDIA 5JCMA 4MNNA 1Z6LA 3GDNA 3H8LA 4C77A 1FOHA 1PDHA 3F8RA 1L9DA 2APGA 1E7PA 1E39A 1BWCA 3VRAA 3E1TA 2E4GA 1H81A 3QJ4A 2WHDA 2FJDA 3BHFA 1EL8A 1ZY8A 3I6DA 4BK3A 3G5SA 4AP1A 5EOWA 1YY5A 2X8CA 1KSSA 1LPFA 1CF3A 1GRHA 2XLRA 1ZOVA 3AYIA 2GR3A 4H4XA 3UTHA 4A5LA 3C4AA 5KVHA 3AE2A 2R0CA 2WP9A 2IVDA 4YKFA 2Q0KA 2VVLA 5L46A 3ZDNA 1LQTA 3AEAA 3O0HA 4CNJA 1KF6A 1W4XA 2BK5A 2EQ9A 2YG4A 1XPQA 4H4QA 4LIIA 4WCTA 3P4QA 4EM3A 1DXLA 5C3JA 1TDFA 1H6VA 3IWAA 1GSNA 1DOBA 3AE1A 2C3DA 3BI4A 2B9WA 1TDNA 3QVPA 1COYA 3DJEA 4YKGA 4CY6A 3NGCX 4FK1C 1PJ6A 2CVJA 4FDCB 1BF3A 3GWDA 3ABVA 4C5OA 3WE0A 2XFUA 5J60A 3NLCA 1TYPA 2AR8A 3UTGA 4D03A 4FX9A 4UP3A 2B7SA 1P2HA 2X8HA 3P1WA 1EBDA 4TM1A 4YTMA 4AOSA 5M10A 3CTYA 3RP7A 3UCLA 2VQ7A 1B5QA 1AOGA 3EPTA 1GESA 3K7TA 2ARDA 1F8SA 2JB1A 3BNMA 2R0GA 1Y0PA 1ZX9A 1Q1RA 4K7ZA 5KRQA 2XFPA 1M64A 3FG2P 1CJ2A 1Y56B 4C3XA 1JU2A 3AD9B 3ATRA 4H7UA 1L0VA 3COXA 3DJDA 4ZN0A 5EB5A 4EIPA 2OAMA 4Z2RA 4Z44A 3BI5A 3AE8A 4TLXA 4U2SA 4YTNA 2VVLG 3GYJA 3SM8A 4DGKA 2JAEA 3ALJA 3ISHA 4JDRA 3NN0X 2WOVA 4IVOB 1ZDLA 1KNRA 2XLUA 1ZKQA 2GR1A 3F8DA 3NIXA 3LOVA 2GB0A 2WETA 4BK1A 3BNUA 3GMCA 4CCQA 3NHOX 3CNTA 3Q9TA 3KD9A 1FL2A 1GERA 1JRZA 2BS2A 2OLNA 4C74A 3REDA 2R9ZA 2A8XA 2WU2A 1ZOYA 5HXIA 2XYOA 1BGJA 2V61A 2ZZ0A 3GSIA 3VR9A 3CN8A 2WOIA 4IA5A 3QFAA 4ZCCA 2OA1A 5GSNA 3VRBA 1GTEA 4B1BA 3C4NA 2DKHA 4O5QA 4AT2A 4YSXA 2V5ZA 1O95A 2H89A 3PVCA 4CCRA 4TLZA 3S5WA 3ATQA 3NG7X 4H4SA 4P9SA 1PJ7A 5JCIA 2B7RA 3NN6X 4H4WA 2AAQA 2QCUA 3NRNA 1TDKA 1XANA 1YKJA 3UKLA 2GR0A 5BUKA 3DMEA 5U1OA 5HHFA 4BV6A 4Y4MA 3CPHG 3DJGX 2Y6QA 4JN9A 4UDRA 1VG9A 3CNDA 5CQFA 3CPIG 5IQ4A 1NHQA 3KA7A 4A7AA 2XVIA 3QFBA 4H4TA 4BURA 2R4JA 1NG4A 1D5TA 1PXCA 1FEAA 4U8LA 1VG0A 1NHRA 5KWFA 4CRTA 4LU6A 3R9UA 4ECHA 2PHHA 3UKAA 2BA9A 2IVEA 3AE7A 3ITJA 5M0ZA 2Y6RA 4U8PA 1F6MA 4BK2A 3CPJG 1K0JA 3IF9A 3RP8A 4U8OA 3M0OA 1OJTA 4H4RA 4OPDA 1PBCA 2X50A 4M52A 4PABA 2YWLA 3LXDA 4X9MA 4GCMA 1H7WA 3GYIA 5TR3A 2WS3A 3AXBA 3IHMA 3P4RA 4K8DA 1NHPA 3NNEA 4A65A 1IUSA 1DJNA 4OPGA 5IPYA 1DOCA 3NYEA 4Z43A 4OPTA 2BK3A 2GV8A 3ICRA 1UKVG 3CNJA 3LJPA 2YLZA 3UKFA 1EL7A 1PXBA 2YVFA 1ONFA 1ZP0A 2C7GA 3DA1A 3NT6A 2XLSA 2YR6A 4DSHA 2YLWA 4MJWA 2QA1A 1F3PA 4GDEA 2F5ZA 1K0LA 4U8IA 3T37A 2XFQA 3GDPA 4HA6A 1IUVA 3JSKA 1PBBA 1E1LA 4EIQA 1GRGA 1GRFA 3Q6JA 1PBEA 1S3EA 4CBQA 1FECA 4AT0A 4JNQA 1GETA 3I3LA 4OVIA 1H7XA 1LJ1A 1Y56A 3DH9A 1OJCA 2GAGB 4J33A 2FBWA 5JCNA 3LZXA 4NZHA 2R46A 3AD7B 1E1NA 4D04A 1GPEA 3VR8A 4BJZA 3KVEA 5EB4A 2CDUA 3II4A 2YLSA 2Q0LA 3DGZA 1QO8A 2OLOA 1B37A 3HZLA 3GMBA 3QVRA 1PN0A 4GDPA 4GRTA 2CULA 5KXJA 2WDVA 3KKJA 2DKIA 3OC4A 5JCKA 3LADA 4C3YA 3FBSA 3G5QA 3NYFA 3ALMA 2VZ2A 2RGHA 3KPFA 3KU9A 4J36A 1B8SA 3K30A 3IC9A 1VDCA 1NDAA 5FS9A 1D7LA 1KFYA 2V6OA 1IUUA 4X9NA 3UP5A 4AOXA 1B4VA 1JOAA 1RYIA 3GRTA 1PS9A 1RSGA 2C72A 2FJAA 3GRSA 5FS8A 3UKHA 1JRYA 2EQ6A 3K7MX 3AECA 4CY8A 1NPXA 3NKSA 4J2WA 2NPXA 1IJHA 3QSEA 4YXDA 4H2QA 2WESA 4TM0A 4EMJA 4YTPA 2I0ZA 2BYBA 3AE9A 3UTFA 4B64A 1BGNA 4J57A 5IQ1A 3LZWA 4EQSA 2YLRA 3CGBA 2HQMA 4U2TA 3L8KA 1N4UA 4H4UA 4AP3A 2IIDA 1PBFA 2RGOA 3UKQA 4I58A 2R4EA 1GNDA 1OJDA 2ZBWA 3AD8B 4KPRA 5U63A 3ZYXA 2WPFA 4B66A 2GMJA 3UKKA 4N9XA 2A87A 2BS4A 1DOEA 2QA2A 2X99A 3AE6A 1MXTA 3FMWA 4BJYA 1IUXA 4JY2A 1PXAA 1L9CA 4XWRA 4U2LA 1QJDA 2GQWA 4H2RA 3RHAA 2GMHA 4K5SA 3UP4A 3VQRA 4YSYA 2W0HA 4A99A 1M6IA 4ADWA 2BXSA 1DJQA 1LQUA 4OPLA 4A9WA 3CNSA 1D4EA 4J34A 1E1MA 2WP6A 2YM2A 3EANA 4EMWA 4Z2UA 3V3OA 1GV4A 3GD4A 1D4DA 1GTHA 3ICSA 5GRTA 3SFEA 3DK8A 3UOXA 2A89A 1F8RA 3D1CA 3RP6A 3QSMA 2FJBA 4B65A 5HY5A 1N1PA 3DK4A 2BCGG 5J7XA 4IVMB 1YQZA 5C2TA 3ICTA 1E6EA 4Z26A 1CC4A 1GEUA 1LVLA 4EMIA 1F8WA 3SQPA 4B69A 2WEUA 2R45A 2WU5A 4HB9A 2VOUA 2YVJA 3UOVA 2C67A 1OJAA 2YR4A 3CIRA 4GF7A 3S61A 4A6NB 3BI2A 2ZZCA 4YWOA 2YR5A 1TRBA 4YSZA 2BC0A 4DNAA 5KOXA 3B3RA 3ADAB 2XFOA 2TPRA 4RSLA 1CJ4A 1Q1WA 4NEVA 2YG5A 2XLTA 4NEWA 4GUVA 1N4VA 4PAAA 3URHA 1JRXA 4Z2TA 1K4QA 3AE4A 5KVIA 1SEZA 3P4SA 5HYMA 1MO9A 2V3BA 2AQJA 1YQ3A 4X4JA 4JNAA 1BKWA 4FK1A 1CJ3A 2GEWA 3AE3A 3CGCA 1MOKA 5FMHA 1GREA 2GH5A 5FS6A 3AEBA 2JK6A 4U8NA 4J31A 4K22A 1Q9IA 4RG4A 2XLPA 1NHSA 5BRTA 2X3NA 2XFNA 2WPEA 2GF3A 1XHCA 3D8XA 4H50A 3LB8A 4I59A 4H4ZA 1H86A 3UTEA 1KNPA 2EQ7A 4Y4LA 2B9XA 2C70A 1NAAA 2NVKX 1CC2A 3AEGA 4B68A 1VRQB 1ZYNA 1BZLA 1CL0A 1DODA 2E5VA 2JBVA 3AEDA 5KOWA 2CFYA 2V3AA 3GD3A 4E0VA 1D7YA 4EQRA 3ALLA 4USRA 5DBJA 2VRMA 1IUWA 3M12A 2H88A 4ZCDA 1NENA 2GRTA 2BABA 4UDPA 1H82A 3AWIA 3CNPA 5LV9A 3P4PA 5BVAA 3FIMB 1O5WA 2WBAA 3B6DA 2ACZA 4EQWA 2EQ8A 3CGDA 3GWFA 2PYXA 4H4PA 2C65A 4IV9A 2Q7VA 2Z5XA 2UZZA 4Y4NA 2OALA 2GAHB 2JKCA 4OPUA 4H2PA 4EM4A 2Z5YA 2YLXA 3RNMA 3PO7A 2BS3A 3FPZA 3OZ2A 4UDQA 4WX1A 2GQFA 4XXGA 3VRDB 1GRAA 4OPCA 2J3NA 4GR1A 3IHGA 1K0IA 4YSHA 3V3NA 3QSSA 2BK4A 1FEBA 3EAOA 2BXRA 3EF6A 1VQWA 2R0PA 2C76A 1E1KA 1KDGA 4CNKA 2X8GA 4U8KA 2V60A 3M13A 2BCPA 2YM1A 2O9ZA 1JEHA 4XWZA 3H8IA 2XVEA 1H83A 1PBDA 2XVJA 2YQUA 3NK2X 4LA1A 2VVMA 2FJEA 2BACA 2GVCA 1N4WA 3AYJA 3NTAA 3NK0X 3V76A 1JNRA 4REKA 4TM3A 4B63A 4EQXA 3DK9A 4H4YA 1ZMCA 2E1MA 1PJ5A 2YG7A 1P2EA 2C73A 3NH3X 1TDOA 4NTDA 4H2NA 4Z25A 4KX6A 3KLJA 2WP5A 4K5RA 2C66A 4DSGA 1GALA 2WDRA 3UKPA 3UOYA 5BULA 3C96A 1ZK7A 3G5RA 1ELIA 1CJCA 1EL5A 3NTDA 3SGLA 1HYUA 2TMDA 1DNCA 1IUTA 2YVGA 2BC1A 1RP0A 2VRLA 5FS7A 3AB1A 3DJJA 1CHUA 2YAUA 2XVFA 3K7QX 2XCGA 1NEKA 1YQ4A 2YLTA 1X31B 1S2YA 4NTCA 4A6NA 1O94A 2JB3A 1GOSA 3NK1X 3NYCA 3AEFA 4APNA 3P9UA 2B76A 2RGJA 1LV0A 4J56A 3AYLA 1CC6A 1REOA 1GRTA 1GRBA 1JNZA 4O5UA 1LTXR 2QAEA 2VQBA 1PHHA 2XDOA 5JCLA 4USQA 1ZYPA 1GT8A 1KSUA 2RABA 2ZZBA 1EL9A 2XVHA 1QLBA 3F8PA 2GR2A 5U25A 2WOWA 3BHKA 3UOZA 1ZMDA 3AE5A 1CBOA 1OJ9A 3AEEA 1V59A 1D4CA 3PS9A 4K2XA 4YT0A 2YG3A 2WQYA 4NTEA 3H4KA 2JB2A 4A79A 1GXFA 1S3BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4JQ9A 1CQHA 4IN0A 4IA6A 4IP6A 4Z24A 4ZL8A 1JFUA 4OPIA 5EBKA 3CGEA 2VCVA 1F3BA 5CKUA 1TU8A 1XDIA 1PMTA 3F8RA 3G7JA 4EVMA 3E1TA 1B4QA 3ME7A 5LCZA 4FO5A 3LQ7A 3FW2A 5DDLA 3BHFA 2E7PA 3A2XA 2ON5A 2I9HA 3G5SA 1KSSA 2R2JA 1GRHA 4MP4A 1GSQA 1THXA 5DAKA 4H4XA 4A5LA 3C4AA 5KVHA 3AE2A 2R0CA 2MMZA 2IVDA 4YKFA 1GTBA 5L46A 2VUPA 4K8MA 2A4HA 2VVLA 2D2ZA 3FZ4A 1LQTA 4H4QA 2BK5A 1AIUA 1XPQA 4LIIA 1GTIA 1M99A 1SYRA 2KHPA 3BI4A 1TDNA 4POMA 3NGCX 4TXOB 3KPKA 1PJ6A 1HNAA 4ML1A 7GSSA 1TYPA 1N2AA 2AR8A 1TK0B 4D03A 4TR3A 1T8EB 1R4WA 1P2HA 1DE1A 4BVYB 4TM1A 4USSA 3VWVA 1SD8A 2RLIA 1F37A 3K7TA 1IYIA 3UIWA 4K7ZA 4WEYA 3F8UA 1CJ2A 5L71A 3ATRA 4EIPA 4QL9A 5HFIA 4Z2RA 3S9FA 4U2SA 2JZSA 2JZRA 3GYJA 5IQYA 2P5QA 2IN3A 4JDRA 4BIKA 2WOVA 4IVOB 4PQ1A 1TI1A 2V2GA 3O6TA 4V2NA 2GB0A 3VLNA 4FYUA 4CCQA 3NHOX 3Q9TA 3LXZA 2HSYA 1GERA 1JRZA 5GAPD 4RI7A 1K0BA 2R9ZA 4KW6A 1ZOYA 2YN1A 3VR9A 3R2QA 1T1VA 3SX6A 2MYGA 1GTEA 3CSHA 4BL7A 4EDZA 2V5ZA 1PJ7A 4JZQA 1EOHA 3IOSA 4H4WA 4ZB8A 3NRNA 1TDKA 1XANA 2GR0A 4BV6A 4KDUA 3HHVA 1GP1A 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3TJFA 4J57A 5IQ1A 4EQSA 2YLRA 2WCIA 3J7Yk 4PGTA 4ML6A 4F2IA 2IIDA 2RGOA 3UL3A 1A8LA 3ZYXA 3WGXA 4G0LA 2GMJA 3UKKA 1KNGA 4BWSA 1YJ6A 2O87A 1DOEA 3AE6A 4JEDA 2YZHA 2F9SA 4F82A 1L9CA 2X4AA 1JHBA 1QJDA 1HQOA 2WRTA 4I97A 4G6GA 3RHAA 1EV4A 2W0HA 4A99A 4G10A 5B8BA 4A9WA 1D4EA 1E1MA 18GSA 2HZEB 2PUKC 1D4DA 3UEMA 1GTHA 3ICSA 1Z6MA 3DK8A 4G9HA 3D1CA 2FJBA 1AUCA 3KTBA 2BCGG 3ZIVA 4FH8A 3TUEA 1E6EA 4Z26A 1GEUA 4HUAA 3C73A 2R45A 4HB9A 1PN9A 4ZILA 4YWOA 3HDCA 2ZZCA 3HYWA 4YSZA 3B3RA 3ADAB 3Q6OA 2XFOA 1MTCA 2EC4A 2K9FA 3MYDA 4PAAA 3URHA 1JRXA 3SZFA 4MK3A 3VWWA 1XW9A 5HQPA 2I81A 4X4JA 1YQ3A 2AQJA 3Q18A 1S3CA 2GEWA 4HSCX 1NHSA 2X3NA 2GF3A 3LB8A 4GAPA 4EDYA 1H86A 1F6MC 1EP8A 4ZB6A 3QCPA 2GSSA 3VI5A 3GFKA 2JBVA 2HRAA 2C3NA 2PMTA 5A4UA 5KN1A 2AV4A 2CFYA 1OYJA 2GDRA 1D7YA 2B5YA 3ALLA 5DBJA 3O76A 5ECIB 5J5NA 3T2KA 2GRTA 1GTUA 3KTLA 1O6JA 4TKYA 3P4PA 3FIMB 5LV9A 3KGKA 3PH9A 4EQWA 3KH9A 4NAXA 2EQ8A 3GWFA 4H4PA 2C65A 5F07A 2OALA 2GAHB 5DAKB 5JWOB 4OPUA 4H2PA 3APOA 4HJMA 2YLXA 2IFQA 4L5LA 3GKMA 3FR6A 3PO7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4YKGA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations