4YKG | Genus

Total Genus 158

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	158
sequence length	521
structure length	520
Chain Sequence	MLDTNMKTQLKAYLEKLTKPVELIATLDDSAKSAEIKELLAEIAELSDKVTFKEDNSLPVRKPSFLITNPGSNQGPRFAGSPLGHEFTSLVLALLWTGGHPSKEAQSLLEQIRHIDGDFEFETYYSLSCHNCPDVVQALNLMSVLNPRIKHTAIDGGTFQNEITDRNVMGVPAVFVNGKEFGQGRMTLTEIVAKIDTGAEKRAAEELNKRDAYDVLIVGSGPAGAAAAIYSARKGIRTGLMGERFGGQILDTVDIENYISVPKTEGQKLAGALKVHVDEYDVDVIDSQSASKLIPAAVEGGLHQIETASGAVLKARSIIVATGAKWRNMNVPGEDQYRTKGVTYPHCDGPLFKGKRVAVIGGGNSGVEAAIDLAGIVEHVTLLEFAPEMKADQVLQDKLRSLKNVDIILNAQTTEVKGDGSKVVGLEYRDRVSGDIHNIELAGIFVQIGLLPNTNWLEGAVERNRMGEIIIDAKCETNVKGVFAAGDCTTVPYKQIIIATGEGAKASLSAFDYLIRTKTA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
molecule keywords	Alkyl hydroperoxide reductase subunit F
publication title	Crystallographic and solution studies of NAD(+)- and NADH-bound alkylhydroperoxide reductase subunit F (AhpF) from Escherichia coli provide insight into sequential enzymatic steps pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli k12
total genus	158
structure length	520
sequence length	521
ec nomenclature	ec 1.8.1.-:
pdb deposition date	2015-03-04

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00070	Pyr_redox	Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
A	PF13192	Thioredoxin_3	Thioredoxin domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.80	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	4ykgA01
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA02
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	4ykgA03

2EQ7A 2R0CA 3REDA 4B69A 3SFDA 4UP3A 2XFQA 2C73A 2C67A 2YLSA 4GF7A 4XWZA 2GR3A 1PXCA 1XDIA 1E7PA 3AB1A 4K2XA 5CQFA 4BV6A 1XHCA 1SEZA 3UOZA 4ADWA 1ZY8A 3GWDA 3IC9A 2R4JA 4H2PA 3IHGA 1GETA 2OAMA 2PHHA 1PHHA 4HB9A 3RP7A 1DJNA 4Z44A 1NG3A 1GRTA 3C4AA 2RGOA 1ZYNA 4U8OA 3DK9A 1IUXA 2B9YA 4J31A 2WS3A 1MOKA 1ZMDA 3LOVA 2OLNA 3KLJA 1NHRA 1V59A 4WCTA 3UKKA 1GRGA 5BULA 3V76A 2GH5A 3CPHG 3I3LA 3PVCA 4FK1A 4H4RA 4Z25A 3M13A 3VRDB 2XLTA 2VQ7A 4FK1C 3WE0A 3RNMA 1ZOVA 1DOCA 4Z2UA 5U25A 1K0JA 2YWLA 3L1RA 3QJ4A 3FMWA 3CPIG 2J3NA 1D7LA 1H83A 3BNUA 1QO8A 3HZLA 1H84A 2I0ZA 3LB8A 3NGCX 2A87A 2QCUA 4IA5A 5GRTA 1D4EA 1L9EA 2BS4A 4YSZA 2GMJA 3AEAA 4H4ZA 4X9MA 3UKLA 1CHUA 3UTEA 2BXRA 3QSSA 1O95A 4K22A 1ZKQA 1VQWA 2C3DA 4U8NA 4USQA 4H4YA 4BJYA 4APNA 2TMDA 1LVLA 1BWCA 4YKFA 4DSHA 3QVPA 4NTEA 1MXTA 3KKJA 2GAHB 3Q9TA 2BYBA 3PO7A 3NK0X 4GCMA 4YWOA 4OPDA 4GRTA 1PBDA 3NH3X 1F8RA 4YSHA 4TLZA 4C77A 4OPGA 1BGNA 2YQUA 3T37A 2VQBA 4B67A 4RG3A 5KOXA 3S61A 3DJEA 1DJQA 1GTEA 5IPYA 3G5SA 4P9SA 1F3PA 2BK5A 5JCLA 1D4DA 4K7ZA 2XVJA 3NG7X 1QJDA 4YSYA 2R4EA 2V5ZA 1COYA 3AEDA 5KWFA 3DJJA 2X8HA 2C70A 1ZX9A 4XWRA 2WP9A 2BACA 2OALA 4J57A 3NN6X 4H4PA 4X9NA 1GESA 1PJ6A 1XPQA 1GRBA 4YTNA 2EQ6A 2Y6QA 3EANA 1HYUA 3NYFA 3GD4A 4AOSA 3ICTA 5KVHA 2JB3A 3ATRA 1P2EA 4WX1A 2AR8A 1TDOA 4BK2A 2H88A 4RSLA 1L9CA 3CNDA 3DK8A 3UCLA 1L0VA 4EQWA 2VVLG 1PJ7A 1IUSA 2HQMA 2GRTA 1GREA 1KFYA 2X50A 3GRSA 2R0PA 3C4NA 4C3YA 1S2QA 1O5WA 3AXBA 4YSXA 1OJTA 3NT6A 5HYMA 3NTDA 3DGZA 2Q0KA 4K8DA 3CTYA 5JCMA 3ALJA 2WDVA 2XVFA 3QFBA 3UKQA 3AD7B 4O5QA 2C76A 3K30A 2OLOA 2DKIA 5JCNA 3F8DA 3EPTA 5J7XA 1CC2A 1H6VA 4UDQA 4C3XA 4CY8A 1PXBA 3VR8A 2YVJA 2C65A 2AQJA 3O0HA 1GOSA 5EB5A 4A6NB 4E0VA 3DK4A 3C96A 1M64A 2XDOA 3S5WA 5TR3A 4Z24A 1TDEA 4USRA 1GRFA 5M0ZA 3RHAA 3UOVA 4NTDA 4H4VA 2FBWA 3CGCA 1PN0A 1JU2A 1DOEA 3GYIA 4Y4MA 4U8MA 2XLRA 3VRAA 1S3BA 3PS9A 3CGBA 2BS2A 3DMEA 4A5LA 1ZDLA 3DA1A 2CVJA 2C7GA 1H7XA 4ECHA 2YG3A 4GDEA 4BURA 1ZP0A 1BKWA 3OC4A 4JQ9A 1MO9A 3CGDA 1N4VA 3KVEA 1IJHA 2R0GA 4TM1A 2JBVA 1S3EA 1NENA 1NEKA 2XLPA 1JNZA 5BRTA 2YLZA 2VOUA 1PBEA 2W0HA 3KPFA 5HHFA 3UP4A 4B64A 2NVKX 1KF6A 2Q6UA 2YG7A 2Z5YA 3AE4A 3DGHA 3ALMA 4K5RA 4PABA 1GEUA 4ZCDA 3AEGA 4FDCB 2OA1A 4A65A 3LADA 4OCGA 5FS6A 2C66A 3AD9B 3AD8B 4TM3A 4BK1A 3CNSA 1Y0PA 3BI2A 4IVOB 4IA6A 1L9DA 4A9WA 2IVEA 3ICRA 4BK3A 2YG5A 5IQ4A 3EAOA 4K5SA 3GMBA 4OPUA 2BXSA 2QA1A 3GDNA 2RGHA 1PBFA 4CNJA 2Z5XA 1M6IA 2B76A 2C64A 3D1CA 2C72A 1F8SA 2BC1A 1EL5A 1CF3A 2GVCA 2WU2A 2RABA 2VVLA 3AE2A 1XANA 4I59A 1K0IA 2YLTA 4H4TA 1TDKA 4A79A 4B65A 1CJ3A 2VRMA 1CC4A 4AOXA 4RG4A 1NG4A 5IQ1A 1VG9A 2XVIA 4LIIA 1OJDA 2BK3A 3AE7A 2ZZ0A 5KVIA 4J34A 2EQ9A 2CFYA 4Y4NA 4KX6A 1LQUA 4ICYA 3GDPA 4O5UA 4H2RA 1K4QA 1W4XA 3DJGX 4GDPA 3EF6A 3AE6A 1NHSA 1NHPA 1Q1RA 2FJDA 2JKCA 3F8RA 4H4WA 3P4RA 4X4JA 1K0LA 1KSUA 4YTMA 4C74A 4A99A 4YT0A 2B7RA 3P1WA 2JK6A 3UKHA 1H81A 3NHOX 1ZMCA 3CNJA 3FBSA 3FIMB 4J56A 3UKPA 4EMWA 2VZ2A 2WOVA 2XFOA 1JRZA 5EOWA 1H7WA 1Q1WA 4Z2TA 4NTCA 5HY5A 2VVMA 3IWAA 4BJZA 2UZZA 1FECA 3ADAB 1LQTA 3SM8A 2WPCA 1H82A 1EL8A 3G5RA 3P4SA 3VR9A 3VRBA 3UTFA 1ONFA 4OVIA 2X3NA 2AAQA 3NLCA 1Y56A 4I58A 4U8JA 2GQFA 2C75A 2GR2A 1FEBA 4H4UA 1ZK7A 1BF3A 1CJCA 2YM1A 3II4A 3ZYXA 4A7AA 4CNKA 1LTXR 1YQ3A 5FS7A 4CY6A 3KD9A 2H89A 3NRNA 4U2LA 1REOA 1X31B 2WP6A 4ZN0A 1VDCA 4H4QA 4JDRA 1VG0A 1AOGA 3BI4A 2JB2A 3BNMA 2Q7VA 3RP6A 2EQ8A 4H4SA 3H4KA 2WPFA 1RYIA 2APGA 2YVFA 3NIXA 2BC0A 4HA6A 4PAAA 4YKGA 3CGEA 3B6DA 2XCGA 4U8KA 2XFPA 1OJCA 2YR4A 5KRQA 4JN9A 2GR0A 4B68A 1LJ1A 4H7UA 4J2WA 2XYOA 1YQZA 1LV0A 1F6MA 1FEAA 1S2YA 2B9WA 4OPIA 1KNPA 2E5VA 4U8LA 4H2QA 2BABA 3IF9A 3AE5A 4IV9A 1GNDA 1OJAA 5C3JA 2WBAA 2O9ZA 2GQWA 4UDRA 2JAEA 1CC6A 2GF3A 2WPEA 1E1MA 2VRLA 3M12A 5DBJA 4CBQA 2IIDA 1CJ2A 1UKVG 2WEUA 3AE9A 2QAEA 4DGKA 2GR1A 3G5QA 4EMJA 5FS9A 4LU6A 3RP8A 4AP1A 2WP5A 3ZDNA 1PDHA 1PS9A 3NN0X 2FJAA 2QA2A 3FPZA 1OJ9A 3UKFA 3CPJG 1GXFA 2GAGB 3QFAA 2WOIA 1D7YA 1E1NA 2V6OA 3KU9A 1FOHA 3SGLA 2XVHA 1B8SA 3URHA 2R46A 1B37A 1E6EA 2ZBWA 4YXDA 2X8CA 3NYCA 1KNRA 2GB0A 1CL0A 3I6DA 2V3AA 3BHKA 2IVDA 3AE8A 4H2NA 4TLXA 1YQ4A 3R9UA 4Y4LA 3UKAA 3AECA 1JOAA 2XFUA 3AYLA 4CCRA 4TM4A 2YLXA 1B4VA 3DJDA 4FX9A 4KPRA 3UTHA 4D04A 4IVMB 2YG4A 3P4PA 4EQSA 1RP0A 2DKHA 5FS8A 5JCIA 2YR5A 3AE3A 2WOWA 5LV9A 1LPFA 4Z43A 4GR1A 2XLSA 2YLWA 5BVAA 1E39A 3NYEA 1IUTA 1E1LA 3V3NA 2R45A 3VQRA 3H8LA 1PJ5A 4NZHA 4EIQA 2ACZA 3DH9A 2ZZCA 1VRQB 3GRTA 3LZXA 5EB4A 2BS3A 1IUVA 1N4WA 2BCGG 1DOBA 1JEHA 3JSKA 4U8IA 5ER0A 5BUKA 5J60A 2WHDA 4B63A 2XLUA 1GRAA 2WESA 3GYJA 3AEEA 3BI5A 3AE1A 3E1TA 4CCQA 1PBCA 1P2HA 3NKSA 1Q9IA 5FMHA 1RSGA 3UP5A 3COXA 3NK2X 1GV4A 1TYTA 2A89A 2YVGA 1NPXA 1N4UA 1PXAA 1JRYA 2V60A 3UOXA 5C2TA 1BZLA 3QSMA 2YG6A 1IUUA 2WDQA 4B1BA 2XFNA 4U8PA 4MNNA 3SFEA 4EQRA 4LA1A 2GEWA 3BHFA 3D8XA 3GMCA 1FCDA 4DNAA 2WETA 1CBOA 3CNPA 3ICSA 4EIPA 1BGJA 2GV8A 4H50A 3K7TA 1ELIA 1FL2A 3AYIA 4H4XA 4C5OA 4EMIA 1PBBA 3ISHA 2E4GA 3LXDA 4MJWA 2X8GA 4JY2A 3LJPA 1TDFA 1TRBA 4J33A 1D5TA 1F8WA 3ABVA 2NPXA 4JNQA 5HXIA 1ZOYA 1GRHA 3AWIA 2V3BA 3NK1X 3QSEA 2Q0LA 2B9XA 3AEBA 3H8IA 3NNEA 4AT2A 1GT8A 5M10A 1KDGA 5GSNA 1GERA 4EM3A 4YTPA 1D4CA 1Z6LA 1NDAA 5KOWA 4NEVA 4EM4A 2WQYA 1KSSA 1GPEA 4JY3A 4TM0A 4CRTA 2BCPA 1GTHA 1DNCA 4OPLA 3ITJA 4ZCCA 2A8XA 2XVEA 4NEWA 3OZ2A 2GMHA 4U2TA 1NHQA 1EL7A 3M0OA 4AP3A 3B3RA 1IUWA 1TYPA 4XXGA 2V61A 3V3OA 3P4QA 4AT0A 1Y56B 2R9ZA 2JB1A 3IHMA 3GSIA 2WDRA 1YKJA 3F8PA 3FG2P 4OPCA 3Q6JA 2TPRA 5CKUA 4DSGA 4A6NA 2CDUA 3SQPA 1TDNA 3CIRA 1EL9A 2FJEA 2ARDA 1NAAA 1YY5A 3LZWA 1QLBA 3AYJA 1CJ4A 2X99A 3UTGA 1JNRA 2E1MA 2YAUA 1EBDA 2PYXA 3P9UA 2WU5A 4Z26A 3CN8A 2FJBA 1B5QA 3K7MX 3KA7A 4EQXA 1DODA 2YR6A 4N9XA 5JCKA 4J36A 3UOYA 3ATQA 2BA9A 5L46A 4JNAA 1ZYPA 4B66A 1O94A 5EBKA 5U1OA 2YLRA 3K7QX 2RGJA 1H86A 3ALLA 4U2SA 1E1KA 4REKA 2F5ZA 4UDPA 4D03A 3CNTA 2Y6RA 3GWFA 1GALA 2ZZBA 4GUVA 4M52A 2B7SA 2CULA 1GSNA 3NTAA 3QVRA 3L8KA 4Z2RA 5U63A 3GD3A 5KXJA 1JRXA 1N1PA 2C3CA 2BK4A 4OPTA 2YM2A 3AEFA 1DXLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

3ZFBA 3CTGA 2GR3A 1PXCA 1XDIA 1E7PA 3AB1A 4BV6A 1WJKA 3DVXA 1SEZA 1SL1B 3UOZA 3ZLPA 1GETA 2WS2A 2PHHA 1X9WB 2O89A 1V57A 3CQFA 1NG3A 3N9JA 3C4AA 1IUXA 3GN3A 2N5BA 2FWGA 3LOVA 2OLNA 1V59A 2BTOT 3PH9A 2C80A 3PVCA 3ERWA 4FYUA 1EV9A 8GSSA 1ST9A 4FK1C 1DOCA 1K0JA 2YWLA 3L1RA 3FMWA 2B5EA 1QK8A 1ERWA 2E7PA 1H83A 2GTUA 16GSA 3A2VA 5AGYA 1L9EA 2AUVA 2VCVA 3L9UA 1EV4A 1SJ6A 5EY6A 3F4TA 1X9MB 2V41A 2CVDA 1PD21 3VWUA 3UTEA 5D9TA 2FWEA 3CMMA 4GRFA 1O95A 2A4VA 5KEJA 1XWAA 4MMMA 4ZL7A 2HXKA 1SK1A 4NTEA 5KN1A 1ILOA 4GCMA 4YWOA 2P5RA 1M9AA 1V98A 4YSHA 3QAGA 2FA8A 3T37A 3LFLA 3ZYWA 2P0GA 4V1Ap 5ECSA 2VCQA 1GRXA 2MBSA 1GTEA 2XPDA 5LCZA 3I6AA 5HFGA 1F3PA 4G9HA 5F07A 1Y25A 5DJMA 4YSYA 4OMVA 5KWFA 2PU9C 2X8HA 4TKYA 3Q74A 5FHIA 2WP9A 1AQXA 3Q18A 3FZAA 1WE0A 2CQ9A 2EQ6A 2Y6QA 3NYFA 2YV9A 4ECJA 2WZ9A 3GD4A 4OFTA 4G9KA 1P2EA 1AUCA 3D6IA 2AR8A 1YY7A 1V2AA 2H88A 1FAAA 4G2EA 4EQWA 1PMTA 2VVLG 1PJ7A 2WFCA 1IUSA 3G7JA 2DJ0A 3K8NA 3SZWA 4K1FA 1VGLA 3C4NA 2GLRA 3ZFLA 5HYMA 3NT6A 4KE3A 4PUFC 3DGZA 4K8DA 1EOGA 4G73A 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2UZZA 2CZ3A 1H82A 3G5RA 2MMNA 5G1KA 3UTFA 4OVIA 2AAQA 1YZXA 4I58A 1THXA 1PSQA 2M72A 11GSA 2GR2A 2C75A 4H4UA 2YM1A 1CJCA 4YAVA 1KTEA 3APQA 3HYWA 2H89A 3NRNA 4U2LA 4ZN0A 1VDCA 2ES7A 2JB2A 3BNMA 4MABA 3RP6A 2EQ8A 1GWCA 1OE8A 5DALB 3F4SA 2BC0A 3CSIA 4PAAA 2WRTA 4YKGA 1TP9A 2IFQB 3CGEA 3B6DA 2XCGA 2TIRA 2C1YA 3GKNA 2FD3A 1OJCA 2HI7A 2GR0A 1LJ1A 4MF5A 2H73A 3VPTA 5B6NA 2RM6A 1Q4JA 3U6VA 4TXOA 1F6MA 1FEAA 4OPIA 3F6FA 4H2QA 2BABA 3AE5A 1GNDA 1K0CA 1CC6A 2WPEA 2LV3A 5DAKA 2LEGA 3A3TA 4I97A 4EF0A 1GSSA 3GYKA 5GSSA 3AE9A 2GR1A 4EMJA 4G0IA 2FJAA 3FPZA 3DIEA 5KMRA 5JCUA 3I43A 3HYPA 1E1NA 3QFAC 5DJLA 3UEMA 3URHA 4IP6A 2JZTA 1CL0A 2F9SA 1R26A 4QL7A 2MBTA 6GSSA 4H2NA 3T2ZA 1YQ4A 1JOAA 1E6BA 4TM4A 3DJDA 2H1GA 2NVLA 5C04A 1JZDA 1RP0A 1MDIA 5JCIA 4GR1A 2YLWA 2H6XA 4GTUA 1ON4A 3ZMLA 3V3NA 1A24A 2R45A 1M7TA 3DH9A 1NHOA 3C1RA 1X0RA 1VRQB 1JEHA 1DOBA 4U8IA 5BUKA 3W8JA 1HNAA 3AE1A 3E1TA 2R5GA 4CCQA 1E2YA 2VL2C 14GSA 3KXOA 3TKPA 3J7Yk 1R7HA 5E4WA 2H01A 3UP5A 3COXA 2YVGA 1JRYA 5HR1A 3QSMA 2YG6A 2QSIA 4U8PA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4YKGA

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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pfam database annotations