5BRT | Genus

Total Genus 188

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	188
sequence length	581
structure length	554
Chain Sequence	AETDVLIVGAGPAGAMSATLLASLGIRSLMINRWRSTSPGPRSHIINQRTMEILRDIGLEESAKSLAVPKEYMGEHVYATSLAGEEFGRIPAWASHPQAHAEHELASPSRYCDLPQLYFEPMVVSEAALRGADVRFLTEYLGHVEDQDGVTARLLDHVSGAEYEVRAKYIIGADGAHSLVAQNAGLPFEGGSINIEFSADLSSLCEHKGDMYWMFGVAALRMIRPWNKWICVWGTKEEAKKIIHEIIGTDEIPVEVGPISTWTINQQYAVRNTSGRVFCMGDAVHRHTPMGGLGLNTSVQDAYNLAWKLALVLKGTAAPTLLDSYDAERSPVAKQIVERAFKSLSTFPPVFEALSLPPAPTESEMAEALVRLKDASEEGAKRRAALRKAMDATIIGLGGGHGVELNQRYVSRAVFPDGTPDPGFVRDQEFFYQASTRPGAHLPHVWLTENQRRISTLDLCGKGRFTLLTGLSGAAWKHEAEQVSQSLGIELKVCVIGPGQEFVDTYGEYAKISEIGESGALLVRPDMFIAFRAKDASREGLEQLNVAVKSILGR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A crystal structure of 2-hydroxybiphenyl 3-monooxygenase with bound substrate provides insights into the enzymatic mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	2-hydroxybiphenyl-3-monooxygenase
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas nitroreducens hbp1
total genus	188
structure length	554
sequence length	581
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-06-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01494	FAD_binding_3	FAD binding domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.40.30.120	Alpha Beta	3-Layer(aba) Sandwich	Glutaredoxin	Glutaredoxin	5brtA03
3.50.50.60	Alpha Beta	3-Layer(bba) Sandwich	FAD/NAD(P)-binding domain	FAD/NAD(P)-binding domain	5brtA01

5U25A 3AWIA 4YWOA 5HY5A 4U8JA 2WOVA 1F6MA 2YAUA 3RP8A 2OA1A 1NAAA 2GF3A 3F8RA 4M52A 5FS6A 1GTHA 1PJ7A 4H4VA 4A6NB 3SQPA 1IUTA 1P2HA 4D04A 4U8NA 1QLBA 3DJDA 1K0LA 1YY5A 3LZXA 1H7XA 1F3PA 1E1KA 1H82A 2C73A 1Q1RA 1CJCA 2WETA 4U2LA 5KVIA 4AP1A 3CNSA 1PXCA 3GRSA 3CGBA 2BYBA 1OJAA 4JNQA 2X8GA 4YTNA 4HA6A 2YG4A 2QAEA 3GDNA 2QA1A 3H8IA 5EB5A 1YQ3A 1XHCA 2PYXA 1TDFA 4P9SA 1IUUA 3PO7A 2DKIA 4H4YA 5FS7A 2JAEA 2WP5A 2FJEA 3ICSA 2GEWA 1M64A 5BVAA 4CBQA 1W4XA 4H2RA 4EIPA 1PBDA 3KA7A 3M12A 5JCIA 1H7WA 4C77A 2Z5XA 3F8PA 1NHRA 2ZZ0A 3NG7X 1TDKA 4CNKA 1CF3A 1GRGA 1K0JA 2WPEA 4J57A 4YT0A 2FJDA 4OPDA 4UDPA 1NPXA 3QJ4A 4J33A 3NK0X 3RP6A 1Y0PA 5EOWA 2B9WA 3QFAA 3QFBA 2BABA 2C64A 3KKJA 4OPGA 3UTGA 1KNPA 4K5RA 2O9ZA 1IUSA 4TM3A 2VRLA 3IWAA 3GDPA 1SEZA 4CNJA 4I58A 1Y56A 2BS4A 2VQBA 4IA6A 2WDRA 3NGCX 2YR5A 3ZDNA 4B1BA 2A8XA 1E39A 1FL2A 2YLSA 4I59A 4DSGA 3OC4A 1FOHA 2YLWA 4OVIA 1H81A 3CPHG 1REOA 5GSNA 3UP5A 4YSXA 2B7RA 2R4JA 2V5ZA 1CC2A 4A6NA 4H4PA 2EQ6A 3DJGX 3VRDB 1KSSA 4YSHA 2E1MA 2B7SA 2V3BA 3Q6JA 4A5LA 2C3CA 4NTDA 2R45A 1ZOYA 3AE1A 1FECA 5GRTA 1TDOA 1EL7A 3PS9A 1FEBA 4XWRA 2ZZBA 4EIQA 5JCLA 4NTCA 4NTEA 1S3BA 4H4SA 2GRTA 3IC9A 1N1PA 3P1WA 1N4WA 2YLZA 3IHMA 5JCMA 4GDPA 3AEAA 3AEEA 3OZ2A 4H4ZA 3DK4A 3COXA 4J36A 4YXDA 1LVLA 1PBBA 1OJ9A 2GH5A 2XLRA 4AP3A 2YVJA 1NDAA 1DODA 2FBWA 3CPJG 3LADA 3D8XA 3P4RA 1KSUA 3SFDA 3NYCA 4HB9A 1PXAA 1CL0A 3BHKA 3FG2P 2Z5YA 5C3JA 4U8IA 2RGOA 3P4PA 1ZY8A 3AEBA 4AT0A 1DOEA 2YLXA 2AQJA 1GXFA 1E7PA 4GR1A 4EM4A 3DMEA 1YKJA 2YG5A 3L1RA 4YSZA 4Z24A 4OPLA 2BK5A 2XFOA 4TLXA 3CNTA 3ISHA 2TMDA 1V59A 5BRTA 4ZCCA 1Q9IA 2QA2A 4A7AA 1AOGA 4CY8A 2XLTA 5C2TA 3G5SA 1TYTA 1H84A 1E6EA 4BJYA 1JU2A 4DSHA 1PS9A 1BF3A 4YKGA 1CHUA 3BI2A 1CJ4A 3ICTA 4H50A 3VRAA 4Z2TA 4A79A 1GSNA 2YR4A 2XVIA 4U8OA 3VRBA 5DBJA 1GT8A 2HQMA 2ZZCA 1D7YA 1PBCA 4NEVA 5J7XA 3IHGA 3VR9A 1GREA 2F5ZA 4Z2UA 1BKWA 1GEUA 2CDUA 2YM1A 4TLZA 1GRHA 3DA1A 3QSSA 4C74A 2BS2A 4X9MA 1DJNA 2BK3A 2YG7A 3ZYXA 2VOUA 3BHFA 4H4QA 4RG3A 1Y56B 3UTFA 4OPCA 4K5SA 4U2TA 1B4VA 2GR1A 1JRZA 2H88A 3BI4A 5BULA 4X9NA 4Z26A 2WQYA 2Y6RA 3P4QA 5IQ4A 2JKCA 3K7MX 3GWDA 2BC1A 3UP4A 1E1MA 2YG3A 1YQZA 4H2PA 1N4UA 1L9CA 1OJCA 2X99A 4Z43A 1D5TA 3UOYA 1LV0A 3CGCA 1F8WA 5KVHA 2Q0LA 1EL5A 2WOWA 3CNJA 3C4AA 4GUVA 4OCGA 3I3LA 3ABVA 1O95A 2BK4A 4K8DA 1CC6A 1JNRA 1LPFA 3AXBA 3AE7A 3NN0X 3NYFA 2WEUA 4U8PA 2BCPA 2XCGA 4K22A 3ALMA 3BNUA 3E1TA 2GR0A 2WU5A 2GR3A 3EAOA 3NNEA 3CGDA 4FK1C 1GNDA 3REDA 3D1CA 1ZDLA 3UKLA 1YQ4A 1JEHA 2XYOA 2YQUA 2VRMA 3NN6X 1S2YA 1BZLA 2VVLA 3UTEA 1S2QA 3AD7B 4H7UA 2XDOA 1GETA 2XLPA 3AE9A 4N9XA 3FIMB 3UOZA 4YTMA 3GRTA 4C3YA 4PAAA 2X3NA 4H4RA 4H4XA 1CBOA 3EANA 4CRTA 1GESA 4IA5A 4O5QA 4ADWA 2AAQA 2WHDA 4BK1A 2BA9A 4Y4MA 4O5UA 4LA1A 4K7ZA 2XLSA 1DOCA 2YR6A 2GVCA 3FPZA 5BUKA 2YWLA 3AECA 4JNAA 3UKQA 4XXGA 2H89A 4EQWA 3GMBA 2Q0KA 2IVDA 4A65A 5TR3A 1PBEA 2VZ2A 4A9WA 5JCKA 5CQFA 1ZOVA 4RSLA 1X31B 4YKFA 2OALA 4U8LA 1MXTA 3JSKA 3CPIG 1GRBA 2C3DA 2YVFA 1KDGA 2C75A 3LZWA 4E0VA 3AE5A 1O5WA 1L9DA 2YG6A 2X8CA 4J56A 3VR8A 1JRYA 2OAMA 4U2SA 5KRQA 2C65A 4X4JA 4J34A 3NHOX 2R4EA 4EQRA 1DOBA 3BNMA 4Z25A 5IPYA 3V3OA 1D4CA 3DK8A 1NHPA 2X50A 3ADAB 2I0ZA 4JY2A 4JDRA 3G5QA 3QSMA 2JB1A 1IUWA 2E5VA 3AB1A 4JY3A 1N4VA 3KPFA 1S3EA 2VQ7A 2B9XA 5LV9A 2JBVA 4NZHA 1PDHA 3CNPA 3AD8B 2WESA 1DNCA 3NK1X 4JN9A 3CNDA 1XANA 1EL9A 1PHHA 2ZBWA 3P9UA 4EM3A 2UZZA 1UKVG 4B65A 3M13A 5CKUA 2BS3A 2GMJA 5EBKA 4B67A 3LOVA 1HYUA 1NHSA 2QCUA 2R0PA 3K7TA 4H4TA 3CN8A 3AE8A 4TM1A 3UKKA 3S5WA 4BK3A 1BGNA 4ICYA 1PJ6A 5JCNA 2BXRA 3GD4A 1B37A 2WBAA 1M6IA 3KD9A 3FMWA 2C76A 2XLUA 3NLCA 2WDQA 2WPCA 1D4DA 1KFYA 3S61A 3VQRA 4TM0A 4UP3A 3NT6A 4U8KA 4EQXA 3DH9A 1E1LA 2E4GA 2V6OA 4OPTA 3K7QX 2R46A 4H2QA 4REKA 4J31A 4ECHA 1RP0A 2A89A 2OLNA 3GYIA 1DXLA 1FCDA 3F8DA 1NEKA 3SGLA 3NRNA 3EF6A 2RGHA 3NIXA 1EL8A 1LTXR 3G5RA 4Z2RA 1ZMCA 3NK2X 4DGKA 5KWFA 3ATQA 1VQWA 2JK6A 1CJ2A 2GB0A 2XVJA 2GAHB 3GYJA 3ITJA 3BI5A 1KF6A 3L8KA 1ELIA 1GALA 1TRBA 4YTPA 3NTDA 3QVRA 5FMHA 1JRXA 3UOVA 1ZK7A 2YLTA 1KNRA 2B76A 1XPQA 3AE6A 4Y4NA 4GF7A 4C3XA 1VG0A 5HYMA 3AEGA 2Q6UA 2CFYA 2EQ8A 3AE4A 5KOXA 3NYEA 1Q1WA 1MO9A 1D4EA 3AE3A 3ALJA 3SFEA 5FS8A 4A99A 2XVHA 1K4QA 2DKHA 3DK9A 3K30A 4CY6A 2WDVA 1PJ5A 2AR8A 1BWCA 2BCGG 3B3RA 4OPIA 3DGHA 2NPXA 3LJPA 4B64A 1D7LA 3CTYA 2V61A 1O94A 1BGJA 1L0VA 5L46A 3Q9TA 3KVEA 4KPRA 4WCTA 1H6VA 2JB2A 2J3NA 5KXJA 3O0HA 3UKPA 3ALLA 1GERA 4AT2A 3AYLA 4TM4A 1GRTA 2XFUA 2WP6A 4BURA 2OLOA 1ONFA 3PVCA 5EB4A 4YSYA 4GRTA 3UTHA 1F8RA 1OJDA 2WU2A 2GMHA 3DJJA 4DNAA 1PXBA 1JOAA 4B68A 4IV9A 1LQUA 3HZLA 4BJZA 2YVGA 4CCQA 2R9ZA 1GOSA 2R0GA 4GDEA 2C72A 1IUXA 3ATRA 2Q7VA 3GD3A 4EMIA 4AOSA 4ZN0A 1COYA 3RNMA 3T37A 4EMWA 1EBDA 2NVKX 2R0CA 4MJWA 2CVJA 3QVPA 1P2EA 4UDQA 1LQTA 4FDCB 2V3AA 4Z44A 2VVMA 2GR2A 2GAGB 3II4A 3NTAA 3LXDA 4IVOB 5HHFA 4IVMB 4PABA 3B6DA 4J2WA 5U63A 4B69A 1RYIA 3CIRA 1TDEA 1F8SA 3R9UA 1VDCA 2A87A 3GMCA 4FX9A 2GQWA 1H86A 3C4NA 4C5OA 4ZCDA 2C7GA 2BC0A 2FJAA 1L9EA 2EQ9A 1ZMDA 2WOIA 4EMJA 2IIDA 2BACA 3C96A 2RABA 3V76A 4H4WA 3AYJA 5HXIA 2WPFA 3EPTA 3KU9A 1QJDA 4H4UA 2CULA 4D03A 1ZP0A 3AYIA 1OJTA 1PBFA 3P4SA 2FJBA 3UOXA 3FBSA 1NHQA 2RGJA 4UDRA 3RP7A 2YLRA 2ARDA 3M0OA 2XFNA 1FEAA 4APNA 2V60A 4EQSA 2XFQA 3GWFA 4WX1A 1GPEA 1LJ1A 4H2NA 4U8MA 3NKSA 2C70A 3H4KA 3V3NA 4BK2A 2JB3A 3GSIA 4KX6A 1Z6LA 1ZKQA 2EQ7A 1VRQB 3AEDA 3AEFA 3ICRA 2GV8A 1PN0A 2BXSA 2XVFA 1NG3A 2APGA 3RHAA 4USQA 1XDIA 2IVEA 3SM8A 1B5QA 3UKFA 4B63A 3CGEA 5KOWA 1GRFA 2X8HA 3URHA 2GQFA 3WE0A 2PHHA 4USRA 1DJQA 1B8SA 1H83A 1ZX9A 2W0HA 2XVEA 5U1OA 2WS3A 5J60A 1IUVA 3KLJA 1GV4A 1VG9A 2B9YA 2Y6QA 3UKAA 4NEWA 5ER0A 1GRAA 4FK1A 4AOXA 2ACZA 3I6DA 1GTEA 3QSEA 4JQ9A 4CCRA 1JNZA 4OPUA 1TYPA 1TDNA 1CJ3A 2YM2A 3NH3X 5M0ZA 5FS9A 3DGZA 3AE2A 4XWZA 5IQ1A 1NG4A 3AD9B 4LIIA 1IJHA 3LB8A 3UKHA 1MOKA 2C67A 4RG4A 1NENA 4Y4LA 4GCMA 1CC4A 4K2XA 1QO8A 1RSGA 3DJEA 2WP9A 1K0IA 3H8LA 2XFPA 4B66A 3IF9A 2TPRA 4LU6A 4BV6A 3UCLA 5M10A 2VVLG 1E1NA 2C66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

4YWOA 4RQRA 1GTAA 1NAAA 2WCIA 1WRYA 1MD3A 2ES7A 1IUTA 3Q6OA 2FUG2 1QLBA 2C0FA 3LZXA 4WF4A 4ZL9A 4AP1A 4G19A 1NHOA 3TOUA 5HR0A 3KH7A 1OJAA 1EV9A 4HA6A 1HD2A 1TDFA 4H4YA 2X49A 2WP5A 2FJEA 3ICSA 2GEWA 1UC7A 1V57A 3EE2A 5BVAA 3C1RA 14GSA 1W4XA 4H2RA 4EIPA 3IK7A 4ECBA 1JHBA 3M12A 1F37A 3NG7X 4CNKA 3LGCA 1K0JA 2WPEA 3SZCA 1F3BA 4UDPA 3VWXA 2H70A 3EINA 4J33A 3RP6A 1BX9A 1X9SB 2JSZA 5EOWA 4HS1A 1A24A 1B48A 2YZUA 3L0HA 2O9ZA 4CNJA 1IUSA 5ECKB 3GDPA 1S3DA 2HT9A 2O8VB 2VQBA 1GLQA 4PNGA 4G74A 2GSRA 2WDRA 1SK0A 2YR5A 3DMLA 4HQSA 1FL2A 2CVKA 1X0RA 4YH2A 4I59A 5HFGA 1FOHA 5ECLB 4GAPA 1EZKA 2YLWA 2P5QA 1REOA 2R6KA 1EGOA 5GSNA 1RQMA 1TP9A 5ELGA 1EEMA 2B7RA 2R4JA 3IC8A 3IC4A 2EQ6A 3DJGX 2VLTA 2B7SA 3Q6JA 1ZOYA 1TRWA 2B5EA 3CXGA 22GSA 2GSTA 4OFMA 4GLTA 1FEBA 2H73A 3GFKA 4XS4B 3W8SA 5JCLA 9GSSA 2CT6A 1ZOFA 3IC9A 1N4WA 2YLZA 5JCMA 3AEAA 1WPIA 3AEEA 3EU3A 4OD7A 4NAXA 2RM5A 1I5GA 1N8JA 4MJCA 2GH5A 1SKSB 2XLRA 3SBCA 1NDAA 2LSTA 3P4RA 1ERWA 1J9BA 3AEBA 1PFOA 4EM4A 4YSZA 3HYPA 3QFAC 4ILFA 1OC8A 2HZEA 5JCWA 5IPHA 4EXJA 2KOKA 1AAZA 1PKWA 4JR6A 2HFDA 5IQYA 5BRTA 4A7AA 3DKSA 4ISDA 1BEDA 4E8EA 1BF3A 1CHUA 3BI2A 1CJ4A 3H93A 3AY8A 3M9JA 1TRUA 2XVIA 1GT8A 3KTLA 4BL7B 3IHGA 3VR9A 1GREA 1GEUA 4MF6A 1BKWA 2LS5A 2CDUA 2YM1A 2RM6A 4X9MA 2BK3A 1S3AA 2YG7A 5DQSA 1Z9HA 3C73A 1G6WA 4K0GA 2VAFA 1XIYA 3H8QA 1OC9B 4K5SA 2H88A 1B9YC 2VCWA 2Y6RA 2JKCA 3GWDA 2DMLA 2QC7A 1TI3A 3EURA 1D5TA 3UOYA 1LV0A 2QSIA 1EL5A 2H01A 5B6MA 1V98A 2V41A 1M3JA 5A4UA 1A0RP 4K8DA 4IQAA 1CC6A 16GSA 3ZL5A 4XS6A 3ALMA 3E1TA 1I9DA 1SJ6A 3EAOA 4J57E 3PINA 1GNDA 2VCVA 2E2GA 1ZDLA 1JEHA 3AD7B 2F8AA 5COHA 4N9XA 3O3TA 3G9BA 3EMXA 4C3YA 2X3NA 3D21A 2P5RA 3P90A 4H4XA 2H76A 3GTUB 2CVBA 4CRTA 1GESA 2HZEB 4BVXA 4OFNA 2FHEA 2AAQA 4EE0A 1TJDA 1XWCA 4LA1A 3GNJA 2XLSA 5BUKA 2GVCA 3IV4A 1MDKA 4JNAA 1T4ZA 2I9HA 2B5XA 2J9HA 4KW6A 3ZZXA 4XXGA 3RAZA 2KP1A 2OALA 4U8LA 5IOWA 5DCHA 2HNLA 1M9BA 4FH8A 2F9SA 2YG6A 2X8CA 4AGSA 1VGLA 4PURA 4U2SA 3L9VA 4O32A 2C65A 4MPFA 3NHOX 5ECRB 5IPYA 3CTFA 3ZMLA 3DK8A 2NBSA 2I0ZA 20GSA 2YV9A 1N4VA 4G0KA 2VQ7A 2JBVA 5CREA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4YWO A;  4RQR A;  1GTA A;  1NAA A;  2WCI A;  1WRY A;  1MD3 A;  2ES7 A;  1IUT A;  3Q6O A;  2FUG 2;  1QLB A;  2C0F A;  3LZX A;  4WF4 A;  4ZL9 A;  4AP1 A;  4G19 A;  1NHO A;  3TOU A;  5HR0 A;  3KH7 A;  1OJA A;  1EV9 A;  4HA6 A;  1HD2 A;  1TDF A;  4H4Y A;  2X49 A;  2WP5 A;  2FJE A;  3ICS A;  2GEW A;  1UC7 A;  1V57 A;  3EE2 A;  5BVA A;  3C1R A;  14GS A;  1W4X A;  4H2R A;  4EIP A;  3IK7 A;  4ECB A;  1JHB A;  3M12 A;  1F37 A;  3NG7 X;  4CNK A;  3LGC A;  1K0J A;  2WPE A;  3SZC A;  1F3B A;  4UDP A;  3VWX A;  2H70 A;  3EIN A;  4J33 A;  3RP6 A;  1BX9 A;  1X9S B;  2JSZ A;  5EOW A;  4HS1 A;  1A24 A;  1B48 A;  2YZU A;  3L0H A;  2O9Z A;  4CNJ A;  1IUS A;  5ECK B;  3GDP A;  1S3D A;  2HT9 A;  2O8V B;  2VQB A;  1GLQ A;  4PNG A;  4G74 A;  2GSR A;  2WDR A;  1SK0 A;  2YR5 A;  3DML A;  4HQS A;  1FL2 A;  2CVK A;  1X0R A;  4YH2 A;  4I59 A;  5HFG A;  1FOH A;  5ECL B;  4GAP A;  1EZK A;  2YLW A;  2P5Q A;  1REO A;  2R6K A;  1EGO A;  5GSN A;  1RQM A;  1TP9 A;  5ELG A;  1EEM A;  2B7R A;  2R4J A;  3IC8 A;  3IC4 A;  2EQ6 A; 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