4DE8A

Lytr-cps2a-psr family protein with bound octaprenyl monophosphate lipid
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
374
structure length
374
Chain Sequence
EYSLSVAVLADSEIENVTQLTSVTAPTGTDNENIQKLLADIKSSQNTDLTVNQSSSYLAAYKSLIAGETKAIVLNSVFENIIELEYPDYASKIKKIYTKGFTKKVEAPKTSKNQSFNIYVSGIDTYGPISSVSRSDVNILMTVNRDTKKILLTTTPADAYVPIADGGNNQKDKLTHAGIYGVDSSIHTLENLYGVDINYYVRLNFTSFLKMIDLLGGVDVHNDQEFSALHGKFHFPVGNVHLDSEQALGFVRERYSLADGDRDRGRNQQKVIVAILQKLTSTEALKNYSTIINSLQDSIQTNVPLETMINLVNAQLESGGNYKVNSQDLKGTGRMDLPSYAMPDSNLYVMEIDDSSLAVVKAAIQDVMEGRKLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Membrane protein
source organism Streptococcus pneumoniae
publication title Attachment of Capsular Polysaccharide to the Cell Wall in Streptococcus pneumoniae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cps2A
total genus 118
structure length 374
sequence length 374
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03816 LytR_cpsA_psr Cell envelope-related transcriptional attenuator domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.260.150 Mainly Alpha Orthogonal Bundle 434 Repressor (Amino-terminal Domain) 434 Repressor (Amino-terminal Domain) 4de8A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4de8A01
4FECA 4OESA 1M5FA 3Q27A 1B3GA 2ESNA 4NF5B 4EDPA 2O1MA 3TTMA 3OXNA 2GFEA 3EHUA 4UA8A 2XD2A 5A5XB 3PUVE 1QUJA 3C36A 3T96B 2F36A 3A3CA 4LA9A 4JSDA 3OO7A 2PX1A 1GV8A 3VDFA 4E0WA 1SVXB 2XXXA 2QMXA 1R6ZA 4EXLA 5KDTA 1Q1KA 2I58A 4MFIA 4H8JA 1PEBA 3EQ1A 1ZBMA 3K1NA 4XKNA 3OEMA 1DTGA 4UACA 4WKMA 4DDDA 3MZBA 3KOSA 1OVTA 4DCYA 4N6PA 1P1UA 4IB2A 1NNKA 4JXIA 4R9GA 2Z8FA 3FJ7A 2O68A 4GQOA 3G3HA 1UQWA 1MXWA 1QVSA 1NMUA 1N04A 3W9WA 3ECRA 3Q28A 2HZLA 1N76A 1M5CA 4JDFA 4ZZAA 1YTVA 2QS2A 3EHTA 1AMFA 3RUMA 4Q8RA 2I0CA 4KHZE 4G68A 5B70A 1SYHA 3FVKA 1URGA 4RPOA 4ESXA 5CC2A 1DSNA 4KYDA 1IXCA 4JSOA 1ZMGA 4H8IA 2X7PA 1FQBA 3S9EA 2Z8EA 3H6VA 4OMBA 1Z7ME 1VSOA 4LQ2A 3RN8A 1II5A 1DPEA 3BFTA 3M8UA 2WKYA 4H5GA 4YKJA 1EH3A 5CBSA 2QL3A 1MM6A 4OXVA 3C31A 5H8HA 4GOTA 3PE5A 5B7DA 2AYSA 1IXIA 1J1NA 1EZPA 1WDNA 1IEJA 2V3UA 4FE8A 4PFYA 5F1QA 3SDFA 4GL0A 4ND9A 4R2FA 3U1OA 5I58B 1PDAA 4LZ7A 1US5A 1I69A 2E0SA 3KZGA 4F22A 3K01A 3CSBA 2F8DA 2R71A 5AA2B 5DTBA 1TFAA 4RK2A 2Q2AA 4KCDA 1B32A 2DWAA 2DXYA 4I62A 4QFNA 2HQ0A 1B1HA 1OQGA 3U92A 3IJXB 5DVIA 5TP9B 3KOTA 5DVFA 4RPNA 5DVJA 1XVXA 4AQ4A 4QHQA 2XXHA 4RK9A 4NTLA 1B4HA 3H4ZA 1OLCA 4GF8A 1O7TA 3U93A 1JVYA 3O29A 3TAJA 2QJEA 2AL4A 4LVQA 2P2AA 3MAMA 2XXTA 1JEUA 4BDRA 1POY1 4IGRA 3ZKLA 2XXIA 3C33A 1B46A 2NUVA 3TKDA 3VLUA 3QAXA 3KSXA 1JW1A 1URDA 3OEKA 3ILUB 2W7YA 5I57A 2RC9A 1SQYA 3CFLA 3CI8A 3RQTA 5HBCA 4BDOA 1HSLA 3BFUA 3F11A 3HV1A 3TTLA 4MBPA 1XC1A 1Y1MA 3CG1A 3QIMA 3T66A 4F31B 2QPQA 1US4A 3VE1B 1Y9UA 4BDNA 1CE2A 3Q25A 5KCJB 4M1VA 1POTA 3RT8A 4OHNA 4XXUA 1MQGA 2OZZA 1Y1ZA 3FUZA 3CG3A 4L17A 2THIA 2HXWA 5L9SA 3U72A 3I3VA 4QSEA 2UYEA 2VP1A 3RTWB 5BUUA 4H65A 3UORA 1LB8A 3AXFA 4LQ5A 2VOZA 2RINA 3PMXA 3T9HB 4QRZA 1NL5A 1AL3A 3FV1A 3IORA 3G3IA 3FJMA 2XXQA 2RF1A 3IL1B 4DE8A 4FEDA 2A5TA 2I4BA 3WAFA 2Q88A 2V84A 1LFIA 3S9NC 4EXKA 1MQDA 2ONSA 3O66A 2DYXA 3TTNA 4X9TA 1UIVA 4PP0A 3S4UA 1SW5A 3TUSA 3MZ9A 3TODA 4YKIA 3GLBA 2GH9A 2DWJA 1ZLQA 1QULA 5KZTA 3CFXA 4I9DA 4JB7A 3IR1A 3E4RA 2ZNTA 1MG1A 3H7MA 5TPAA 5M2VA 3PPQA 1IIWA 2ZXTA 3B6QA 4OEUA 2ZNUA 1MPBA 4ISUA 3MEJA 4HTGA 3I5OA 2YPNA 4HS7A 4KYSA 2V3TA 5I84A 2Y7PA 4QSDA 2Y7WA 2CZLA 1UTBB 1BKAA 3TMGA 1PBQA 1O64A 2X7QA 2F35A 2G93A 1XVYA 4THIA 3K1PA 2Q9TA 4H6DA 5ITPA 5EHMA 3RGYA 4Z0IA 1T0KA 5F7VA 2H98A 3P7IA 3K2DA 5ICTA 1B1XA 4GD5A 1SI0A 4ZEDA 4QFKA 4NWDA 2NOOA 2V93A 2VHAA 3OOAA 3C32A 2Z22A 1QKBA 1Q35A 2GHBA 3FZVA 3U8QA 1B05A 2VD3A 4KCCA 3H6TA 1B7ZA 4NWCA 4F19A 1SI1A 4BDLA 4YB6A 1LLSA 4OFLA 3G3JA 1Y4TA 3OO8A 2I0BA 3KJTA 5I59B 1TT1A 1LSTA 3VFJA 4AB5A 5H8FB 1B40A 2REGA 3SESA 2H25A 3EN3A 5CMMA 4ZEIA 4DCXA 5JTYB 5AA3A 4IO4A 2DOJA 3G3KA 3KBRA 5KDTB 3Q26A 3CRBA 1QJMA 2G29A 3FV2A 4PQJA 3OSRA 1LCFA 1N3WA 3VVEA 5H8NB 2NXOA 2ZYKA 1B3EA 3FVOA 4GVOA 1B7HA 4OERA 5EHSA 4XKPA 1NFTA 4YMBA 3CVGA 4EUOA 2F6GA 3O6IA 1DOTA 3RLFE 4N07A 4TQUQ 4NF5A 1MXZA 5I56B 1I6BA 4GRKA 1JVXA 3H03A 5AA1A 1NH7A 3N6TA 5FHOA 3U94A 3VLVA 3K6UA 3K6WA 2F6PA 2F97A 4OEVA 3DP8A 4G68B 4U2RA 1USYE 2DSFA 1PB8A 3DLNA 3TEPA 4F1UA 1DTZA 2I3VA 4NEDA 1XOCA 5EYFA 1KWHA 4MLVA 4DE9A 3TPAA 4GWOA 1D9YA 4YMAA 4GXSB 3KN7A 1B4ZA 1PBPA 5CMKA 4RJZA 2XXUA 2REJA 3PUXE 3MUQA 3PGFA 1SDXA 4GXAA 5H8QA 3T93B 1RYOA 3L6HA 2B65A 4ZDMA 4FIMA 2H99A 1L5TA 3A3UA 5I2KB 1I6QA 1FTLA 3LR1A 4WXJA 4ZE8A 3QFIA 4TOZA 3TYHA 3K6XA 1B7UA 4GFRA 1AIVA 1AOVA 3BBRA 3FVNA 4FJPA 3RT6B 3W15C 4IO3A 2QRYA 3FJGA 3JZJA 4P0GA 3SEXA 3HCQA 2P1SA 4C1UA 1FCKA 5I2NA 1WODA 3PMWA 4E0XA 1FTMA 1FQFA 1MQIA 2ONRA 3LSXA 4FEBA 1MM7A 4O3BA 1JETA 2AIXA 3FGSA 4ELQA 1ELJA 3G3GA 3QYTA 5DT6A 1B6HA 3MC2A 1MRPA 4R74A 3TQLA 2Y7KA 2O1LA 3CIJA 1MPDA 4NF8B 3M3FA 3W9VA 2DP8A 2H5YA 3IJOB 1EZOA 5I58A 4ESWA 2UYFA 1MQJA 1S7YA 1RYXA 4Q30B 3ZSFA 3JYRA 3QK6A 2O84X 3KN3A 4BDMA 4EF2A 3G3FA 2QS1A 4MF3A 5DYHA 2O6AA 2Z8DA 4P0IA 1MPCA 3O2AA 2ZMBA 2A5SA 5AA2A 4U4SA 3FASA 4Q0CA 1P1WA 5FHMA 2OWTA 2H9BA 2OJTA 2Y7IA 2UXAA 3JV9A 3V8XB 5TP9A 3LSLA 4M4GA 2DE2A 2XXRA 4KQPA 3C34A 4RNSA 2Q8JA 4G68C 1QKAA 3SEYA 4ZECA 4NF6B 1B5IA 3MP1A 3SETA 1MXVA 4H67A 3MZ1A 4PFWA 4F2QA 2HAVA 1S9TA 1ZTYA 3FD3A 4H1XA 3SKPA 4XKQA 1IXHA 4G8NA 3S9LC 1MY4A 3TZAA 4KI0E 1PB7A 4HCWA 4NE4A 1GGGA 2ABHA 1Y3NA 4QF9A 2I3WA 4OTEA 3S9MC 1LAGE 1LBBA 1MXUA 1NH8A 4JWOA 4R6YA 3KFMA 1P99A 4P11A 5HM4B 2D21A 2YJPA 3D4CA 3ZKKA 1N7XA 2RKMA 5IKBA 4LP2B 1OVBA 2VD2A 1ZU0A 2M8CA 2A5TB 1Z7NE 3IK6B 4F18A 2DQVA 5JK4A 2I48A 4G77A 3PMVA 3H06B 3TCGA 3PD8A 3O28A 3T22A 5KCJA 1H45A 4OVJA 4WEPA 5CMBA 2CMOA 1B0LA 2XX8A 4O3AA 3OD7A 2KLFA 2NWJA 1PC3A 5DEXB 2OK2A 3B6WA 2PBWA 3R6UA 1N3XA 4ELRA 1LAHE 2QS4A 1YPNA 4NF4B 2XXWA 1BIYA 3VV5A 1UTHB 5J1DA 4G2ZA 3PU5A 1D4NA 5BWJA 3LC8A 1A54A 3EF7A 1FQAA 3FATA 1IITA 2RC7A 5TPAB 3LSWA 2XXPA 3MWBA 2F34A 1A7LA 2O7IA 3A09A 4OETA 3IB0A 1IXGA 3QUFA 3QUJA 1N0TA 3O97A 1B9JA 3K6VA 5ELVA 1FW0A 3H6UA 4IO2A 4F2OA 3IB2A 5AA4B 4RYAA 3DELB 3E9XA 1BP5A 3ONMA 4YB5A 2E1SA 1MDQA 1P1NA 4I8CA 5K2XA 3OWQA 2OBGA 3GZGA 2RC8A 1MXYA 1NNTA 2ZYMA 4PE5B 3O6GA 4DXCA 1JW4A 5CRYA 4YB7A 1D3KA 1M5BA 4RY1A 2ZYOA 1I6AA 4KPTA 3QSLA 4KR5A 4DXBA 3UA8A 3K0VA 2PT2A 3VLWA 3OO9A 2XHDA 3H3GA 4OBMA 2DWIA 1SW1A 5TU0A 4FORA 4LZ8A 1A8EA 2FNCA 1B0HA 1IZ1A 3O6HA 4HCYA 1MY0A 4C1TA 1A40A 3RY3A 3OENA 3UGWA 1A55A 2Q2CA 4RA1A 2DWHA 1VFEA 1JNFA 3PPNA 2XD3A 4EQ9A 2BJJX 1BTJA 3CSGA 2UVHA 4WEDA 4FAJA 4OENA 4EF1A 1ZJLA 3RNNA 3HO7A 1Y4CA 1JQFA 4ZS9A 1LFHA 5L9OA 1DMBA 3UIFA 4H0WA 4GIZA 2O69A 3MP6A 3HSTA 2DE3A 2GHAA 3IAZA 4OQOA 5ISUA 1B3HA 5H8SA 5I59A 3DM0A 3PD9A 3FXUA 5H8FA 3C9HA 3OMBA 1R9QA 2AL5A 4R9FA 3TCFA 5JTYA 3OO6A 5AA2D 1NNFA 4X1BA 3K4UA 1FTKA 1UIUA 4OZ9A 3UK4A 2F7AA 2PVUA 3OELA 3MQ9A 3LUYA 5HPQA 1NKXA 5A5XA 4MLQA 4F3BA 3TDJA 3HPIA 5H8NA 3N6UA 4FATA 1FTJA 5L8DA 3RPWA 1EU8A 3E13X 3FVGA 2PYYA 1TXFA 4U23A 2OCUA 2ALUA 4G8HA 3PV0E 1URSA 1ATGA 4KFQA 1GVCA 1D9VA 2NVUB 3K1MA 5I56A 2IEEA 4C0RA 1O63A 5H8QB 3R26A 3ZS6A 3MVYA 1LAFE 1HSEA 1Y20A 2FA7A 1GR2A 1B3LA 4O3CA 3TTKA 2F5XA 5H8HB 1OLAA 4DLDA 3HHGA 5CM6A 4R6HA 4I1DA 3B7DA 2ANJA 1QUIA 3ILTB 4TLLB 4IY6A 4YKPA 1YAEA 3N94A 1RKMA 3N5LA 4R73A 3BKIB 2VGQA 3PPRA 2IA4A 1B2HA 2HZKA 3VXBA 1GTKA 3PUYE 3V83A 3KN8A 3V89B 5I2NB 1MS7A 5ITOA 3UP9A 3OKZA 1TFDA 2XXVA 1JW5A 2DXRA 3USDA 3TELA 5I2KA 4YZZA 4QFPA 5CI5A 1BLFA 4POWA 1XT8A 4PFTA 3TFLA 3FIRA 3KGCA 4AB6A 1S50A 2HCAA 1OIBA 2Y84A 1LAXA 3L6GA 4LATA 3KG2A 3C35A 4G8MA 2X26A 3LBSA 1PB9A 1SYIA 4OWDA 3M3KA 4U4XA 4R6KA 1B5JA 4G4PA 1USYH 4HW8A 2FYIA 3MPLA 1JEVA 1FTOA 3DP4A 3GBBA 4U1OA 3I6VA 2PT1A 3PPOA 4ZEKA 3NROA 2PMSA 2F78A 4H5FA 3T9VA 4NMYA 1FQEA 4NF8A 3HN0A 3PUWE 3N26A 2RCBA 3Q29A 1FQDA 1Y3PA 4YKKA 5I57B 2O51A 2B3BA 2I4CA 1VR5A 2QSXA 3IB1A 3IOVA 3M3LA 2QS3A 4ZEBA 3H6WA 5ICQA 1YCJA 4TLMB 1P1QA 4BDQA 4IO6A 4ZEFA 3G7WA 3VXCA 1B3FA 1F9BA 1A8FA 1LCTA 2H4IA 3E3KA 1H76A 4JWXA 3MW0A 4ZE9A 3MVWA 1NNPA 2HFBA 3EPEA 2D3IA 2Z23A 4U1ZA 1R1NA 3CFZA 1Y3QA 4JBZA 1AH5A 3D4GA 4EQBA 4RXLA 1LB9A 3SEUA 3MVXA 4XTCQ 4XIGQ 3C4MA 5FHNA 3RTFB 5CMCA 4NF6A 2UVIA 1MXXA 5AE4A 4Q5TA 3TTRA 2ZYNA 3MVZA 4YICA 2DVCA 1HSJA 4XKRA 2XXYA 2B3FA 3FXQA 4Z7EA 4LUBA 4F1YA 3KEIA 5IAIA 3TCHA 2Y7RA 4YAHX 2ZNSA 3SERA 1LGBC 1ZIUA 3GXAA 3V5AA 1M5EA 2F7BA 4F3GA 1N7WA 1WVJA 4OFOA 2ONKE 4F29A 4ONYA 2UVJA 1SW2A 2HEUA 1FQCA 4DZ1A 2F7CA 4R72A 4GLIA 2DVZA 1H43A 1B52A 1EZ9A 1CB6A 1B5HA 3S2VA 1QW0A 1MDP1 4MH5A 3R7XA 2D5WA 1VFDA 5FTIA 5FTHA 1ZKBA 4OFJA 2OLBA 4PFUA 4ECFA 1LFGA 1MY3A 4IO7A 3SEWA 3T9UA 1MH3A 3B6TA 3IOTA 3MBPA 1OMPA 1R9LA 1XHYA 4KD5A 2XX9A 5DEXA 4ELPA 3TQWA 4LZ5A 3QXMA 1ANFA 1VE4A 3KSJA 2V25A 4NF4A 3LSFB 1UTHA 5LOMA 3DP6A 3UN6A 4DIGA 2DS9A 4YU0A 3SEVA 2R9JA 3MJNA 3THIA 1DPPA 5L9MA 1H3DA 3GBAA 1H44A 2O7UA 2OWSA 3CR9A 4F3SA 3IO4A 4QFLA 1SW4A 4GL8A 2P0SA 3WAEA 3EHSA 4IY5A 4U22A 2I49A 3IOUA 3MPKA 4OYVA 2GRVA 1N84A 4R2BA 5AA4A 4N13A 4U21A 4QFOA 1SD3A 2I6EA 3O9PA 3FXRA 2XX7A 1MQHA 1XS5A 3K00A 3KJ7A 5K2YA 3IX1A 4LONB 1UTBA 4PETA 4KYEA 4F39A 5JEIA 4X1DA 3PUZE 1IQ7A 3ODBA 4POXA 4R75A 4IO5A 3T9XB 2LAOA 3NXHA 4BLAA 3VVDA 4F1VA 1M5DA 2QMWA 3PPPA 1SBPA 2R6GE 3IO6A 4JWYA 1B51A 1B58A 2UVGA 5CBRA 3IOWA 2V3QA 4K3FA 3HHFA 1P1OA 1MY1A 4IGTA 1MY2A 4X48A 1OQHA 2DE4A 4ZZEA 1LBCA 2YLNA 1A99A 2HAUA 4EQ7A 3OSQA 1QUKA 2Q89A 3VVFA 4F3PA 4QSCA 4DXUA 2RCAA 1TWYA 1IUDA 1MH4A 4ELOA 3MP8A 3K02A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4FECA 4OESA 1M5FA 3Q27A 1B3GA 2ESNA 5A5LA 2DDKA 5JUWA 4OVTA 3NZLA 4NF5B 4PDDA 4EDPA 2O1MA 3TTMA 3OXNA 2GFEA 3EHUA 3F51A 4UA8A 2XD2A 5A5XB 3PUVE 1QUJA 3C36A 3T96B 2F36A 1IMBA 3A3CA 4LA9A 4JSDA 3OO7A 2PX1A 1GV8A 3VDFA 4Y42A 4E0WA 1SVXB 2XXXA 2QMXA 1R6ZA 4EXLA 5KDTA 1Q1KA 1ZZ8A 2PXBA 4HE1A 2I58A 4MFIA 2B4LA 2IUOA 4GBWA 4H8JA 1PEBA 3EQ1A 4O8MA 1ZBMA 3K1NA 4XKNA 3OEMA 1DTGA 4UACA 4WKMA 4DDDA 3KL4A 3MZBA 3KOSA 1OVTA 3IFAA 4DCYA 2ICTA 4N6PA 1P1UA 4IB2A 1NNKA 4JXIA 4PU7A 4R9GA 4MCTA 2Z8FA 3FJ7A 2O68A 5GAGi 4GQOA 3G3HA 1UQWA 1MXWA 4FBIA 1QVSA 1NMUA 1N04A 3W9WA 3ECRA 3Q28A 1E3OC 2HZLA 5EQ7A 1N76A 1M5CA 2V4CA 4JDFA 4ZZAA 1YTVA 3JXCL 2QS2A 3EHTA 4N8YA 1FPFA 1AMFA 1R63A 3RUMA 4Q8RA 2I0CA 5DW8A 4KHZE 3KJXA 1FRPA 4G68A 5B70A 1SYHA 1YSEA 3FVKA 3UWPA 1URGA 4RPOA 1FBPA 4ESXA 5CC2A 1DSNA 3M9LA 4KYDA 1IXCA 4JSOA 1ZMGA 4H8IA 2X7PA 2AXVA 1FQBA 3S9EA 2Z8EA 3H6VA 4OMBA 1POUA 3SX0A 1Z7ME 2KEIA 1VSOA 4LQ2A 1CNQA 3RN8A 1II5A 5DTQA 1DPEA 3QOXA 3BFTA 3M8UA 2WKYA 4H5GA 4YKJA 1EH3A 5CBSA 3RPLA 3ZHMA 1IMCA 2QL3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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