The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
127
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structure length |
127
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Chain Sequence |
SHMQASLLKVPYFVRVQGLLRICALARKIAGGHYVQMAIIKLGALTGTYVYNHLTPLRDWAHNGLRDLAVAVEPVVFSRMETKLITWGADTAACGDIINGLPVSARRGQEILLGPADGMVSKGWRLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the catalytic domain of the hepatitis C virus NS2-3 protease.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Protease NS2-3 (p23)
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Hepatitis c virus
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| total genus |
29
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| structure length |
127
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| sequence length |
127
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2006-06-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Monooxygenase | Monooxygenase | ||
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HD0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3KFV A; 3S6W A; 4XK8 E; 3QII A; 3OYH A; 2DLP A; 3G4S T; 2DPP B; 3KXT A; 2H8H A; 5I2M A; 2DVJ A; 2C0T A; 2CZ6 B; 2KRO A; 3SWN A; 4FT2 A; 2DK3 A; 1NPR A; 1OQK A; 2EGC A; 3A8O B; 2LQK A; 1VQ4 A; 1WAJ A; 3M0R A; 3JCM g; 5GAN d; 2DL7 A; 3OBW A; 5FLX E; 3JB9 H; 2GFA A; 1YBY A; 3E19 A; 4ZGD B; 1VQO Q; 4X1V A; 4RNG A; 3VS0 A; 4J2B A; 3MO8 A; 1NZ9 A; 2A08 A; 4RTX A; 1UGP B; 4C8Q D; 3OYM A; 2DRM A; 2JVV A; 1YI2 Q; 3SPY A; 3I9Q A; 3JCM f; 2RF0 A; 2CP0 A; 4OVA A; 3CCV Q; 4FJK A; 3DLL A; 2YLC A; 5GAM f; 1V29 B; 3HP9 A; 3CC7 A; 1VQ4 T; 2HL3 A; 4GY5 A; 1FZ5 E; 2WSC E; 1KQS P; 3UO3 A; 1PWT A; 1YWP A; 3SWN C; 4JS5 A; 1Y7X A; 2AK5 A; 1JB0 E; 2HQH A; 4M78 G; 1VQ5 Q; 5D7U A; 4O6J A; 5GMK j; 2VKN A; 3NTH A; 4HT8 A; 3OYE A; 2D9T A; 1W2B P; 4OMO A; 3JCM e; 5FRN A; 2EYY A; 3C95 A; 3J80 E; 4AMC A; 4C92 G; 2LQ8 A; 3EHR A; 4MMK A; 2GQV A; 3SUN A; 1QMC A; 3CC7 T; 1NE8 A; 4OMM A; 4IIM A; 1AOJ A; 3EH1 A; 3RUX A; 4D8K A; 1BI0 A; 3QZ9 B; 3JCM c; 4JRQ A; 2K5F A; 1PG5 B; 3CCL A; 1T3L A; 4IUR A; 2RI5 A; 1Q82 C; 4M45 A; 1AZE A; 5HCK A; 4F17 A; 1XU5 E; 1ABQ A; 4HVU A; 1K9M C; 1SRM A; 2LQW A; 1H3H A; 4IUQ A; 1N8R C; 2EQK A; 2K6D A; 2JH8 A; 4IUU A; 1S1N A; 1D1B A; 2F2W A; 3D7S B; 3PIP A; 2QGG A; 1WZO A; 2ZZD A; 1BI2 A; 1M9S A; 2AT1 B; 2K79 A; 4OB0 B; 1YJ9 A; 2RD1 A; 5GMK e; 3CCL T; 1K76 A; 2FO0 A; 2HSP A; 2DM1 A; 1RAG B; 4J2E A; 1VIF A; 4FJM A; 1ACM B; 2JOY A; 4HKE A; 3L2R A; 1O9S A; 3NDK A; 4DBR A; 1Q7Y U; 2DBM A; 4XAX B; 3QHS A; 1MMG A; 2RCU A; 4DTS A; 1FZH E; 1LVK A; 2E3I A; 3UA6 A; 3I56 A; 3PMI A; 2DTO A; 3MPU B; 4MDW A; 4F14 A; 2LX7 A; 1K73 U; 3CCU A; 3CXC P; 1ZUK A; 1M3A A; 1YJ9 T; 2J7I A; 3TAB A; 3OB9 A; 4M42 A; 2DEB A; 2RHI A; 2CRE A; 3DKM A; 1LPL A; 2VC8 A; 1VQ6 Q; 2CZ7 B; 4M7D D; 1OYX A; 3BY7 A; 2AZV A; 3I35 A; 2PFT A; 4OML A; 4FM4 B; 1OPK A; 3LH0 A; 1MMD A; 3SQ1 A; 4EMK B; 1Z9Q A; 3JRZ A; 1OOT A; 4M3Y A; 3CCJ A; 3I56 T; 2JTM A; 4A63 B; 2CSQ A; 2GF7 A; 3CCU T; 3UO2 A; 1Y0M A; 1LOJ A; 1NM7 A; 3SWN B; 4M77 A; 3OGL B; 2CYZ B; 3JCM J; 4FJL A; 2RI3 A; 4OMN A; 4AKG A; 1QVF A; 1WIE A; 1BI1 A; 1HXD A; 2YUO A; 1PKT A; 4Z02 A; 3UIQ A; 4ADO A; 2QXF A; 3UWN A; 1WHL A; 4QVD A; 1X6B A; 2VAS A; 4JZ3 A; 3LDS A; 3MKS B; 4B6M A; 3PE0 A; 5CCA A; 2DA9 A; 3SEM A; 2ZPG B; 1SSF A; 1YIJ Q; 1I81 A; 3FC3 A; 3CCJ T; 2KQW A; 2IPO B; 5IXF A; 2HBP A; 1PCX A; 4FJN A; 4QVZ A; 1H92 A; 2C06 A; 3C12 A; 3HL8 A; 3LZI A; 2KT1 A; 4BDZ A; 1WHJ A; 4I9Q A; 4FYV B; 1VQL Q; 1VQN A; 2O9V A; 1AWO A; 1Q95 G; 1WNL A; 3C6O B; 1VQM A; 1G83 A; 1R0C B; 3GNF B; 4M77 C; 2PTK A; 3WVD B; 4Y92 A; 3L0M A; 5FRO A; 2CP7 A; 2A28 A; 4AI6 A; 3S3M A; 1XTD A; 2JS0 A; 3QUI A; 3FJP A; 1Q81 U; 1TH7 A; 2E12 A; 2MWO A; 4A4E A; 3JCM b; 1VQ5 A; 3GIB A; 1W70 A; 3M54 A; 5CVI A; 3I55 T; 1YCY A; 2MK5 A; 4LD6 A; 4IUV A; 2FW3 A; 1IGQ A; 2EJ9 A; 4NS5 A; 2YRV A; 4J6W A; 4JJN K; 1VQN T; 3P8H A; 1XU3 E; 3S9H A; 1VQM T; 2HZY A; 3BW1 A; 1VQ7 Q; 1E7O A; 1Q7Y R; 2K2V A; 1N27 A; 5CK9 A; 3EAE A; 2QAZ A; 4PJJ A; 2RHU A; 4ESR A; 2YWW A; 2EIF A; 1LCK A; 1VQ5 T; 1K73 R; 2HEQ A; 1X2K A; 3QPH A; 1MV0 B; 5CKF A; 2BUD A; 4PNO A; 3PVQ A; 1GXI E; 3NGI A; 4J9F A; 5LJ3 d; 1SPK A; 1FZ3 E; 2RK2 A; 2GGR A; 4HVW A; 2DD4 A; 2LNH B; 2OYQ A; 2NWM A; 3TCJ A; 3C6N B; 3A8G B; 1PC0 A; 2HAX A; 5I11 A; 1VIE A; 3N5B B; 1MUZ A; 2XKO C; 2LF6 A; 1PNJ A; 3EG9 A; 2B86 A; 1WYX A; 3EGX A; 4WCI A; 3J81 E; 1W4S A; 4A4K A; 2JJ9 A; 2L3S A; 5LJ5 h; 3EFR A; 4QKU A; 4CI0 C; 2RM4 A; 5LJ5 d; 4AFS C; 3GNG A; 5A0G A; 1NG2 A; 2EW3 A; 2QI2 A; 3OS0 A; 1FYN A; 2L0A A; 4M78 F; 4M77 E; 2ED0 A; 1UGV A; 2P1N B; 1RL2 A; 4E47 A; 2ZPB B; 2DXC A; 4FT4 A; 2HSE B; 1EX4 A; 4XU1 A; 2FZC B; 1QKW A; 4J9E A; 4C92 F; 1MHN A; 2D1X A; 1VQ6 A; 3HFN A; 1RAE B; 3MEV A; 1XMF E; 3NTI A; 3CCE A; 3G6E Q; 3EG0 A; 2ZGW A; 2OTL Q; 4J6X A; 2LJ0 A; 2KSS A; 4MML A; 2MWP A; 2L3R A; 4OP0 A; 4B9W A; 5H37 A; 5KYN A; 3OW2 A; 1WPY A; 4MZM A; 1UDL A; 1KQ2 A; 1EIF A; 2KGT A; 4DEX A; 4NL3 A; 4J7F A; 4M77 B; 4RTY A; 1QVF S; 4J9B A; 1VUB A; 3JCM P; 1WAF A; 1E6G A; 1Q81 R; 4XTV A; 4PJO D; 1FWZ A; 5LL6 S; 1HD3 A; 2VJ4 A; 1ZSZ A; 2HL5 C; 2KMT A; 3CCR A; 1VQ6 T; 2MAM A; 2DXB A; 3CCE T; 5IRE A; 1WI7 A; 4FL6 A; 1Q82 U; 5HK0 A; 3H9N A; 4FVM A; 3EG3 A; 2JS2 A; 3H8Z A; 2W0Z A; 3ER0 A; 1W1F A; 1N6A A; 2LCL A; 4RCC A; 2OX7 A; 1VYV A; 1NYF A; 1Q7Y C; 4PK4 A; 2FG0 A; 2X4J A; 4PFP A; 3VS4 A; 1G3W A; 4LE9 A; 1IRX A; 3KD5 E; 1M1K R; 3CME A; 1VQ8 Q; 3VUB A; 2NYS A; 2KXC A; 4LNP A; 4F7U B; 2V8J A; 3P8B B; 3M0S A; 2KT8 A; 1Y96 A; 5FW9 A; 3CCR T; 3JB9 D; 2YT6 A; 3LX7 A; 4M7A D; 2QEX Q; 2RI2 A; 3CD6 A; 1IO6 A; 1ZSZ C; 4R55 A; 4FYX B; 5GAO l; 1VQK A; 2V8I A; 2LCS A; 1D3B A; 2MF2 A; 3H0I A; 3A8L B; 3TJY A; 4AKH A; 1D0Z A; 3SPZ A; 3ZEH A; 3L2V A; 3M5A A; 1GL5 A; 4E3S A; 2H3E B; 2QDY B; 3CME T; 2Y90 A; 2VB6 A; 2OAW A; 2RK1 A; 4ZTF A; 4FJG A; 1Y71 A; 2QA4 A; 2GTJ A; 2M9U A; 1EZZ B; 1IHV A; 5M9O A; 1VQ7 A; 2V1R A; 1OX9 A; 1S72 Q; 3OGK B; 2K5L A; 4CC3 A; 3CD6 T; 2LJ3 A; 5HKC A; 1PD1 A; 4KH0 B; 3OYN A; 1VQK T; 1AWJ A; 3OMC A; 2Y4X A; 2VYT A; 2K9G A; 4JJB A; 2JMC A; 3VS6 A; 3LW5 E; 1VOM A; 2I2L A; 1TOV A; 2ATC B; 1XVG E; 4ELY C; 5I21 A; 4GLK A; 1RAA B; 2QA4 T; 3NE6 A; 4PFO A; 3QWX X; 3QZ5 B; 1XQH A; 2DXU A; 2PUO B; 3QJ6 A; 1VQ7 T; 3EG9 B; 5A0D A; 2FVU A; 5KE3 A; 1XNI A; 3SDZ A; 1WA7 A; 4KI4 A; 2RQV A; 3EGX B; 1FMW A; 2XG8 D; 1Q81 C; 3BE3 A; 2JM9 A; 1BB9 A; 3EG2 A; 3SCX A; 4GLM A; 2XDB A; 3L2Z A; 3QEP A; 3ZL7 C; 2ESW A; 2O31 A; 4DU3 A; 4YTL A; 2WAC A; 5DM7 R; 1GFD A; 3SQ2 A; 3JCM V; 1Q82 R; 2D8H A; 5CKD A; 2K3Y A; 1D0X A; 2COZ A; 1WX6 A; 3M59 A; 3HRU A; 1K9M R; 5GAN 8; 1MND A; 2GTO A; 1N8R R; 4M77 D; 4M75 G; 3CC2 A; 3RMC A; 4BI3 A; 2FRY A; 5L23 A; 1I5O B; 4QT7 A; 4RTU A; 3X20 B; 3QBY A; 3JCM h; 2CP2 A; 2M51 A; 4C0F A; 2KK4 A; 3TSZ A; 2NUZ A; 3MEU A; 4EPH A; 1PM3 A; 1PSF A; 3SNN A; 1CKA A; 2E10 A; 1YJW Q; 2K7A A; 3V7S A; 4X5M A; 3A5Z B; 2CZ0 B; 2QQA A; 2KDS A; 4F7U G; 2KXD A; 5GMK i; 5IN1 A; 5J3B A; 1GCQ A; 3HTR A; 4L59 A; 4M7D B; 1ZSZ B; 3I5R A; 2KR3 A; 3CC2 T; 2X4X A; 4FU6 A; 3RMD A; 3TVT A; 2EGE A; 3OQ5 A; 4HVV A; 1OU9 A; 2BZ8 A; 2NUT A; 4II1 A; 2DFU A; 4C8Q G; 5GAM j; 1MNE A; 1CKB A; 2PVG B; 1AWX A; 2QYZ A; 2B7M A; 4I9L A; 3QDF A; 2RA2 A; 3OYC A; 2DVE A; 2DY4 A; 1AVZ C; 4C5I A; 5GAM g; 2LZ6 B; 3BDL A; 5IH2 A; 2YRD A; 1XVD E; 2RN8 A; 4ICG C; 4BDY A; 3JB9 I; 3GBQ A; 2B1E A; 1FS1 A; 1UHF A; 2DZC A; 2XK0 A; 3URG A; 1QVG S; 1IXD A; 1DJ7 B; 1IH7 A; 2LP5 A; 5GMK h; 5KCO A; 2X3X D; 2DNU A; 4JPB W; 3M58 A; 1JJ2 S; 1SKU B; 4PJO A; 2YUN A; 2E6Z A; 2EKO A; 1VQ8 A; 1Y96 B; 1C0M A; 3MJX A; 1XVC E; 2DYI A; 1KFZ A; 4RUG A; 1QCO A; 3OW2 P; 1GCQ C; 1IHW A; 1ZUU A; 3QKJ A; 2QEX A; 1I1J A; 1D3B B; 3CPW P; 2CH4 A; 3CCM Q; 1GRI A; 3O8V A; 2KI7 A; 3PFS A; 2J6K A; 2EQU A; 2SRC A; 2JHA A; 1P22 A; 1UB4 A; 5GAN 4; 3V8K A; 4R0K A; 3QG1 A; 2CUB A; 2KEA A; 1VQ8 T; 1GFC A; 1SEM A; 3EGU A; 1WXT A; 5GAM e; 5GAO n; 4D6W A; 2JT4 A; 1VYU A; 2B8I A; 4M7A A; 3L8B A; 2Y4Y A; 1F1B B; 4PJO C; 1OU8 A; 2FL7 A; 4C0D C; 3IQL A; 1S72 A; 2XHC A; 4J7I A; 4FJH A; 2JTF A; 5GAN f; 4AG2 C; 4BE1 A; 3QXE B; 2X4Y A; 1BI3 A; 4FW2 A; 3CBM A; 4GAM C; 4KUD K; 1UGR B; 2ROT A; 2RHX A; 4J9G A; 3M55 A; 4FSS A; 2P1Q B; 1FPO A; 2L3P A; 3QNN A; 2ROL A; 1UE9 A; 4RTV A; 2KRS A; 2JM8 A; 2L3Q A; 1T0H A; 3CC4 A; 3LZJ A; 2MMB A; 3SQ4 A; 4E6R A; 3CCQ Q; 1S72 T; 3QES A; 1YIT Q; 3G71 Q; 3VS7 A; 4HCB A; 4NOY A; 1LDK E; 4M7A C; 2GFU A; 2CUD A; 4M3Z A; 3OYI A; 2HBW A; 3L2U A; 3JB9 J; 4LN2 A; 5A2Q E; 1M27 C; 2LT1 A; 4E7Z A; 1SHF A; 5L8R E; 1AEY A; 4HCZ A; 4X9D A; 2MOX A; 3X28 B; 4TVR A; 2VGN A; 4M7D G; 1TWB A; 4M3T A; 4KHQ A; 1N9R A; 2RQR A; 4J6Y A; 2DEU A; 1UHC A; 4KBM B; 5D6W A; 1RI9 A; 3CC4 T; 1BBZ A; 3PTA A; 3LDB A; 1T0J A; 2RJD A; 4QVC A; 1AHJ B; 3QYG B; 5KYX A; 2A36 A; 4KHS A; 2ZPE B; 3MP1 A; 1HK9 A; 2YLB A; 3OYF A; 1Y07 A; 4QND A; 3RMQ A; 3H0F A; 5IAY A; 2P4R A; 1VQP Q; 3ZBD A; 1M30 A; 1QW1 A; 4EP9 A; 1JEG A; 5GMK m; 1M1G A; 4PJO E; 1HYO A; 3GLX A; 4PL6 A; 2JPN A; 4LUD A; 3AT1 B; 3M53 A; 4RG2 A; 5FWC A; 1NPP A; 3UAT A; 3A1P A; 1AWW A; 4DU4 A; 2XMF A; 2NUT B; 4ADN A; 2VWF A; 1BKB A; 4ZGJ B; 4E4B A; 4KI6 A; 1WJQ A; 1K0S A; 1UJY A; 4B9X A; 4DTN A; 1JQQ A; 2GBQ A; 3QSU A; 2V8K A; 1FMK A; 1V1C A; 2EBP A; 1T3S A; 1JRI A; 2CGH A; 2E6N A; 1NEX B; 4DTU A; 1VQO A; 1OV3 A; 1RAC B; 4JJD A; 1B7T A; 4E7K A; 2CZ1 B; 2GQI A; 2KYB A; 4PJO B; 1UFF A; 4C0D B; 2BE7 D; 4KGX B; 1SHG A; 1YI2 A; 4DOV A; 2JH9 A; 3CCV A; 2D0N A; 3K2O A; 2DL8 A; 2HDA A; 3PMT A; 1V76 A; 2C0O A; 1FZ7 E; 4M7A E; 2CT3 A; 3CBO A; 5GAO m; 4DBH A; 1UGS B; 3AHU A; 2A7Y A; 1UEB A; 3RMB A; 3VV0 A; 2WSF E; 2DYB A; 2ZPI B; 5CKE A; 2D0Q B; 1OZ2 A; 1VQO T; 2K3X A; 3OS2 A; 3LD8 A; 1XJW B; 4UC4 A; 4M75 F; 4FJ5 A; 2PZ1 A; 1WHK A; 3OGM B; 2EQJ A; 3QYH B; 3VKI A; 1YI2 T; 2P5G A; 4MZP A; 3CCV T; 2OZM A; 3FEO A; 3WXM B; 4KHU A; 4M7A B; 4RTT A; 2JTE A; 2I0N A; 4RCB A; 1TUG B; 1K4U S; 2MMP A; 1QP3 A; 2RO0 A; 2DL3 A; 1FZ1 E; 4F7U F; 2QDL A; 1SRL A; 4ZGE B; 2EAY A; 4ZNX A; 4PJL A; 4FCY A; 1SF9 A; 4IT5 A; 3C0C A; 1B3Q A; 1WHG A; 2YRC A; 1N1C A; 4JRK A; 4C8Q F; 2GNC A; 3CMA Q; 3OS5 A; 2DJZ A; 2DJQ A; 2JMA A; 1YJN Q; 3HSB A; 3GF5 A; 2ABL A; 5D6X A; 2PU9 B; 3CPF A; 1M8V A; 2CS7 A; 3BFM A; 3QWY A; 5GAO r; 2G3R A; 2DX1 A; 1OZ3 A; 3EG1 A; 3L1A A; 3G71 A; 3EFO A; 2ZPH B; 1BCO A; 3RMS A; 5IHN A; 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