The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
127
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structure length |
127
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Chain Sequence |
SHMQASLLKVPYFVRVQGLLRICALARKIAGGHYVQMAIIKLGALTGTYVYNHLTPLRDWAHNGLRDLAVAVEPVVFSRMETKLITWGADTAACGDIINGLPVSARRGQEILLGPADGMVSKGWRLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Structure of the catalytic domain of the hepatitis C virus NS2-3 protease.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase
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source organism |
Hepatitis c virus
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molecule keywords |
Protease NS2-3 (p23)
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total genus |
29
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structure length |
127
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sequence length |
127
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chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
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ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
pdb deposition date | 2006-06-19 |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Monooxygenase | Monooxygenase | ||
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HD0 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2YUQ A; 1YHQ A; 5C6S A; 2P5G A; 3CCR T; 4FT2 A; 3CCM Q; 4JRI A; 3J80 E; 3HKS A; 4HT8 A; 1WXB A; 2FRW A; 2AHJ B; 2VWF A; 2IPO B; 2V8K A; 3BDU A; 2VGM A; 2PZ1 A; 1VQ8 A; 4J9E A; 5GAN 3; 2EGC A; 3PGG A; 2KEA A; 1M2V B; 1Q81 C; 3HFO A; 1YCY A; 1YJW T; 3EFS A; 1GCQ A; 1VQ6 A; 2RJF A; 2SRC A; 3I55 A; 1FZ5 E; 1VQM T; 2SEM A; 1VQ5 T; 3LDS A; 1E6H A; 1BI1 A; 3CC4 A; 1YHQ Q; 1SPK A; 3N5B B; 2WAC A; 4J6W A; 4ZGE B; 2F2X A; 5KYX B; 3EFR A; 3GOX A; 2KAF A; 3QXE B; 5AT1 B; 4ELY C; 1FYZ E; 3OYF A; 1C1A A; 3CBM A; 3HFN A; 1D3B A; 3MP6 A; 1FZ3 E; 4NOY A; 2QAZ A; 4KHN A; 3OYH A; 2COZ A; 1K73 C; 2VV5 A; 1VQ6 Q; 2OYQ A; 2DM1 A; 2HNI A; 2AK5 A; 4JUV A; 1LPL A; 3X20 B; 1V76 A; 2KYM A; 3I55 Q; 4FK4 A; 2CS7 A; 2JTM A; 5LJ5 j; 1D0Z A; 3CC4 Q; 1ZBX A; 4CI0 C; 3QEI A; 2LX7 A; 4FJ7 A; 3M54 A; 1RAI B; 1M1K U; 1IGQ A; 3CPW P; 3CMA T; 5GAN f; 2CUD A; 4DA4 A; 1M90 C; 3HGK E; 2DZC A; 3RMC A; 4QND A; 1XMF E; 2LJ3 A; 1FXX A; 2LNH B; 4PFZ A; 4ZTJ A; 2AZS A; 3H0I A; 2F5T X; 3V8K A; 2DEU A; 3C95 A; 2DXU A; 4KUL A; 2P1P B; 3KD1 E; 2FZG B; 5HK3 A; 5LJ3 f; 5GAM j; 2P0K A; 3X25 B; 3RKY A; 2PVG B; 3E9F A; 4J6X A; 2XI9 A; 1QVF S; 5GAN g; 4D8K A; 1S72 Q; 4M7A D; 3OS2 A; 1ZSG A; 1W2B P; 2BE7 D; 1PRL C; 4GY5 A; 2VGN A; 4QKU A; 1YFN A; 4Y92 A; 1NEG A; 4ANJ A; 2EGA A; 2BTT A; 2I0N A; 2K2M A; 1T3L A; 2DL8 A; 3QYG B; 2LCL A; 1QKW A; 3G4S Q; 2V1Q A; 4LN2 A; 3EFO A; 3C4S A; 1M9S A; 1S1N A; 1RI9 A; 1YJN T; 5LJ3 g; 3LZI A; 2EYX A; 3AHU A; 4IIO A; 2AZV A; 4ZGD B; 1KHC A; 3OYL A; 3TSZ A; 5FRO A; 1NJI U; 5D6W A; 3VU3 C; 1BIA A; 3CME A; 1K8A R; 2FW3 A; 4QQ6 A; 4A54 A; 1M1K C; 3CD6 T; 1MHY G; 4XTZ A; 2CGH A; 1Q82 R; 3V7D B; 5GAN 2; 3M0S A; 4K11 A; 2YT6 A; 2E41 A; 2EQM A; 4M75 D; 2DYI A; 4J2E A; 2RM4 A; 1MNE A; 1XQH A; 3BDL A; 4PJO D; 1X27 A; 2LP5 A; 2NYS A; 2W10 A; 3TVT A; 4M7A B; 1N8R U; 3FC3 A; 3A8G B; 2VKN A; 3JCM b; 1M27 C; 5C0M A; 3CME Q; 4F7U B; 3CCJ T; 1IRX A; 1UGV A; 3RR6 A; 3EG1 A; 3DB4 A; 2EFI A; 3CCU Q; 1YJ9 A; 4M77 D; 3FDR A; 5GAN 7; 4KUI A; 5IAY A; 4JS4 A; 4J7I A; 1YIT T; 2C0I A; 1QCN A; 3SPY A; 1VQ4 A; 2EWN A; 4II1 A; 1UB4 A; 5HCK A; 2LQ8 A; 1KK7 A; 2ZAE A; 3MKS B; 2E32 A; 1EZZ B; 2P1Q B; 3P8D A; 3CCV T; 2QDL A; 4PL6 A; 1FMK A; 2E6N A; 3C6P B; 4E7K A; 2CYZ B; 2NUZ A; 2KMT A; 3M9Q A; 3OW2 P; 5CKB A; 2HMA A; 1JO8 A; 4OGE A; 2L3R A; 2M51 A; 1VQN A; 1P92 A; 1RAG B; 1K9M U; 1XVC E; 5EG2 A; 4DU1 A; 2CZ1 B; 2RQR A; 3OYE A; 5I2M A; 2BUD A; 5GMK i; 3CCR A; 4LD9 K; 3OYG A; 1I1J A; 1AWW A; 4PJO B; 2B7M A; 4BDY A; 3LW5 E; 1D1C A; 2LF6 A; 4BD3 A; 1XVD E; 1QWE A; 1OPL A; 1PD0 A; 1XNI A; 1LVK A; 3CXC P; 2JQT A; 1R77 A; 1RAE B; 4PLI A; 4OGC A; 4MML A; 5CKE A; 2LZ6 B; 1VQ5 A; 3TL8 B; 3VJP A; 1G3T A; 2CZ6 B; 3JAM E; 1N8R C; 4HA8 A; 2R58 A; 4RTU A; 2O2O A; 3A1P A; 3M0T A; 4GAM C; 2IIM A; 2RQT A; 4OB1 B; 2R5M A; 2YHT A; 1D1B A; 2JMA A; 1TU0 B; 2EBP A; 2EPD A; 4MMK A; 1WLP B; 2EQJ A; 4M7A G; 4M7D A; 5FW9 A; 3S3N A; 4FYY B; 3VKI A; 4Y28 E; 4F7U G; 2ZZD A; 1QVG P; 2A28 A; 3M4Y A; 1I4K 1; 2X4J A; 4A53 A; 1M2V A; 1ZUY A; 3MEW A; 3CCE T; 3CC2 Q; 2B86 A; 3EHQ A; 3QEV A; 4DU4 A; 1HXD A; 3A5Z B; 4EMH A; 1SF9 A; 2EKO A; 1X2Q A; 1XVF E; 4CC7 A; 5KYY A; 1K9M C; 3JCM e; 2RH2 A; 4Z88 A; 2E1H A; 1I5L A; 3F70 A; 3PFS A; 2C06 A; 4DU3 A; 1WA7 A; 1BCO A; 2L0A A; 2BZ8 A; 1FS1 A; 5KH6 A; 3LGL A; 3EG2 A; 2CUB A; 1TXQ A; 5J39 A; 1MTY G; 3S6W A; 3I5R A; 2O88 A; 2RNA A; 1NLP C; 4BY6 B; 3NCI A; 4FJL A; 2DAQ A; 3JCM V; 5LJ5 e; 3JSC A; 1HK9 A; 2ZPG B; 1BIB A; 4M75 G; 4E7H A; 2VXF A; 3OQ5 A; 1W4S A; 3CCM T; 4LNP A; 1PKT A; 1WQW A; 5CCA A; 5CQY A; 4PJO G; 2K9G A; 3SB2 A; 4OMN A; 4EMK B; 4ME7 A; 1NJI R; 2QAS A; 4M7A C; 3GNF B; 2MWO A; 3CBP A; 2E12 A; 1B34 B; 2DTO A; 2MOX A; 3LGF A; 1MMO G; 2Z0W A; 3LLR A; 3QJY A; 1Q7Y C; 2HSE B; 5GAO n; 1RAC B; 3JCM W; 2OX7 A; 1X69 A; 1HD3 A; 2GQI A; 1X43 A; 4M3T A; 5FRN A; 2LQK A; 3ME9 A; 2DER A; 3LWH A; 2A36 A; 3NTI A; 5D6Y A; 3DKM A; 5ECA A; 2QA4 Q; 5GAM e; 2OVR B; 4M78 A; 4E47 A; 1PC0 A; 3HL8 A; 3CCL A; 4J2D A; 2YRC A; 4J2A A; 3LDB A; 1VYV A; 1SHG A; 3SQ4 A; 4A4E A; 1UJ0 A; 2K6D A; 1XMH E; 2JT4 A; 4R56 A; 1HSQ A; 3VV0 A; 1MND A; 4Z02 A; 4C0F A; 3JB9 J; 1SKU B; 4Y91 A; 3CCS T; 2X51 A; 4AMC A; 4N4H A; 3SQ0 A; 1B3Q A; 1MHN A; 4M75 C; 4A63 B; 5GMK l; 2LJ0 A; 3M4G A; 3FIF A; 4PJO C; 3UIQ A; 2Y4Y A; 1MHZ G; 2ENM A; 1UJY A; 3P8B B; 3PIP A; 4DTJ A; 4DEX A; 2M9U A; 1UGQ B; 3J81 E; 2XID A; 2DL3 A; 3O8V A; 5IXB A; 2P1O B; 3NGI A; 4QQD A; 2A7Y A; 3M0R A; 1P22 A; 4M77 C; 1BI2 A; 5KYW B; 4JJN K; 1YI2 T; 2CP2 A; 3KFV A; 4XTU A; 1KQS S; 2DA9 A; 4KBM B; 3SNN A; 4QW2 A; 2JHA A; 1BI3 A; 1YIJ T; 2QYZ A; 4HCK A; 2KRS A; 1VQP T; 2E5Q A; 1WGS A; 3QHS A; 1RAF B; 5CQX A; 4E7Z A; 1GCP A; 2DL7 A; 5M9O A; 2MK5 A; 2QGF B; 1NM7 A; 2RK2 A; 3KBG A; 4PJL A; 4I9Q A; 2K2V A; 3QDR B; 4J5Y A; 5KCO A; 1BB9 A; 2F69 A; 2LRQ A; 4M75 F; 4PJJ A; 3ZEH A; 2J6F A; 2JZ2 A; 2J7I A; 2YRD A; 3G4S T; 4KI6 A; 3JCM J; 1VQ9 Q; 2RHY A; 1F1B B; 1WZO A; 1K0X A; 4MDX A; 2DXB A; 3EH1 A; 4OVA A; 1TOV A; 3SUQ A; 2E65 A; 1WXT A; 2FEI A; 2RHI A; 2FRY A; 3SWN A; 1XTD A; 2D9T A; 2XIC A; 2CP5 A; 5DLQ E; 1IGU A; 2PTK A; 3V8L A; 1JEG A; 2RQW A; 4M77 F; 1PSF A; 1XVB E; 2XDD A; 4C8Q F; 4RTZ A; 2FPF A; 3OB9 A; 5GMK j; 1NG2 A; 2A37 A; 3TEE A; 2ZPE B; 1QCO A; 2DMO A; 3QNO A; 3BW1 A; 3GLX A; 3QEW A; 1TUG B; 4IUU A; 4DOV A; 2KXC A; 4FW2 A; 5GJV B; 2CSQ A; 4J9I A; 1Q81 U; 3A8H B; 4KHU A; 3JCM h; 4HCC A; 4ZTF A; 2JM9 A; 5KYU B; 2O4X B; 4DTS A; 2GTJ A; 1ZSZ B; 4Z8A A; 1ZHI A; 4AT1 B; 4QT7 A; 3QG1 A; 2OZS A; 5LJ3 j; 2RI5 A; 3TJY A; 1Q9Y A; 1FZ4 E; 1T0J A; 2VB6 A; 2XDP A; 4IUT A; 4WF2 A; 2L2P A; 1UHF A; 2X4W A; 4M7A E; 1U5S A; 4HT9 A; 4IUV A; 3T9N A; 2NWM A; 5LJ5 h; 4F7U E; 1VQ7 T; 4D6W A; 2K79 A; 4FJN A; 4RG2 A; 4J9B A; 4F04 B; 4X1V A; 4JRP A; 4A4K A; 1AHJ B; 5D6X A; 2E64 A; 2LVM A; 1VQL T; 1QVF A; 1K73 U; 4E2F B; 4FW1 A; 3S3O A; 3LD8 A; 3EG9 B; 4KHS A; 2RKH A; 4J9G A; 1X75 C; 2PQW A; 1OI1 A; 3HTR A; 2QEX Q; 1FZ7 E; 4X5N A; 1Y71 A; 2DIQ A; 2KRN A; 2RI3 A; 2QK0 A; 1K76 A; 3I5S A; 4JRQ A; 1NLO C; 1KSW A; 1SRM A; 4N0A C; 3V7C A; 5GAM h; 1CSK A; 1R0C B; 4YTL A; 4ZN3 A; 2QXF A; 3PE0 A; 4M75 E; 1PCX A; 4F16 A; 3OMG A; 1RL2 A; 1U1T A; 4XTV A; 4C92 D; 1ZLM A; 4PJO E; 2LT1 A; 2X4Y A; 2MCN A; 3L0M A; 1PWT A; 2BE9 B; 2CP6 A; 3MO8 A; 1KJW A; 1KQ2 A; 5FU6 B; 1JJ2 S; 3EHR A; 4OB2 B; 4FCY A; 4DTX A; 2GBQ A; 2J6O A; 1UEC A; 1C0M A; 2DLP A; 3NDK A; 4FT4 A; 3PMT A; 2DEB A; 4JJC A; 1VQO T; 1WHL A; 1WHM A; 1M5Q 1; 3LYI A; 2JN0 A; 1VQ8 Q; 2CH4 W; 2K3X A; 4EMK A; 3QYH B; 1QLY A; 2FPD A; 1WI7 A; 2DET A; 2V1R A; 3THK A; 2G3R A; 4RTX A; 2YB5 A; 1OZ2 A; 1X6O A; 1B7T A; 3OSV A; 3SQ2 A; 2YSQ A; 1CKA A; 5HK0 A; 1QWF A; 2EIF A; 2MMB A; 3UWN A; 3CQT A; 1AWX A; 3A8O B; 4C5E A; 1Q9X A; 3M0U A; 2D8H A; 4HVV A; 1YI2 A; 4EP9 A; 1WHJ A; 2RD1 A; 3NMZ C; 2DZ9 A; 3R6N A; 3QSU A; 1M4Z A; 3JCM c; 4XU0 A; 2D0Q B; 3JB9 I; 5GAN 4; 4FK0 A; 1FPO A; 3SI6 A; 2DEQ A; 1VQP A; 3FJ5 A; 5GAO p; 2EVR A; 2DBM A; 2QTV A; 4JS5 A; 2EGE A; 3DB3 A; 2QDY B; 2VYT A; 4M3U A; 2KI7 A; 1AWO A; 3MET A; 1ZSZ C; 1OV3 A; 2L3S A; 1IG9 A; 2HQH A; 1PD1 A; 2M1H A; 3EGX A; 4LD6 A; 2CP7 A; 1D0Y A; 1RAD B; 4IT5 A; 2B8A A; 4GLK A; 3QPH A; 4AFU C; 4BE1 A; 4M45 A; 2FZC B; 5IHN A; 4DTU A; 2QA4 T; 1Q81 R; 2H8H A; 1BCM A; 4FVM A; 2HSP A; 3REB B; 3JCM X; 2D6F A; 1H92 A; 2EJ9 A; 4QVZ A; 4PKC C; 4OP0 A; 4C5I A; 4C0Z A; 4PLL A; 3JV3 A; 4ZN1 A; 4LXC A; 2XMF A; 3PIO A; 3CCQ T; 4E7J A; 3EG3 A; 2QQ9 A; 4ZGJ B; 3L42 A; 3TAG A; 5LL6 S; 3G71 T; 4AG2 C; 1EX4 A; 2PU9 B; 3KXT A; 3QEP A; 4BI3 A; 3LH5 A; 4DTR A; 4X9C A; 1FZ1 E; 1G5V A; 2HDA A; 3CC7 A; 3E19 A; 1OOT A; 1NPR A; 4X9D A; 2JJ9 A; 3G6E T; 3J7A F; 2JUF A; 6AT1 B; 2MZW B; 1ZQ1 A; 1G2B A; 3V8J A; 5L8R E; 2V8I A; 3C12 A; 5IHK A; 3SEM A; 4QVD A; 1VUB A; 1EFN A; 4DBH A; 1K73 R; 1OZ3 A; 1KHI A; 4PFP A; 3OMC A; 4PFO A; 3V7S A; 1W6X A; 2DL4 A; 1YN8 A; 1YBY A; 4Z89 A; 3R6O A; 1KIK A; 2LT4 A; 4C92 G; 5CAI A; 2RCU A; 3SUO A; 3JCM Q; 4LUE A; 3ZFJ A; 2L3P A; 5GMK e; 2VC8 A; 4WCI A; 3OYN A; 3I56 A; 3QWY A; 3V7R A; 2OTJ T; 1IH7 A; 1WHH A; 4AI6 A; 4J83 A; 4KI4 A; 1ARK A; 1Y0M A; 3CC7 Q; 5FU6 C; 4X5M A; 1M90 R; 4M42 A; 2CSI A; 2BIV A; 3CEY A; 4C8Q D; 1FZ6 E; 3E4Y A; 4C0G A; 4Q5W A; 1AVZ C; 1VQL A; 2VIX A; 3CFP A; 2RQV A; 3E9G A; 2X9H A; 3NGP A; 4FJ8 A; 2YWW A; 4AKG A; 4RTT A; 1I0C A; 5KE3 A; 1AZG B; 1OQK A; 2CZ7 B; 2NUP B; 3RMS A; 1VQK T; 2O4X A; 3JCM f; 4IUP A; 1NEX B; 4J6Y A; 1EIF A; 1YJ9 Q; 2OTL A; 3IQL A; 1VQ9 T; 3S3M A; 3WVE B; 3PT9 A; 4M75 B; 3SPZ A; 1M8M A; 1U06 A; 1D1A A; 3I35 A; 2ABL A; 3LX7 A; 1VQ4 Q; 3J2P A; 4JJB A; 4EDU A; 3WXM B; 4BE0 A; 1AOJ A; 2DTI A; 4IIM A; 1U8R A; 3OS1 A; 4KUD K; 5AYF A; 5LJ5 f; 3QET A; 1GXI E; 3OS5 A; 3KD5 E; 1RLQ C; 4C92 C; 2W0Z A; 3M55 A; 1YJW A; 2DBK A; 4FYX B; 4EPC A; 2MYS A; 1U1S A; 1SSH A; 3JCM g; 3M0Q A; 1VQN Q; 1A0N B; 1SG5 A; 1FMV A; 4M77 B; 1JB0 E; 2RQU A; 4M7D F; 2OTL Q; 3HRU A; 3M5A A; 1VQM A; 1KD1 C; 4C8Q B; 3VUZ A; 4LDW A; 2AKL A; 3M56 A; 3CCR Q; 5A2Q E; 2LF3 A; 4XQ3 A; 3L1A A; 1NYG A; 1QVF P; 1M1K R; 1VQO A; 1Q7Y U; 5CVI A; 2P0Q A; 2V26 A; 4NL2 A; 2VJ4 A; 1YCS B; 2VAS A; 1K9A A; 3M59 A; 5LJ5 g; 1M1G A; 1UGS B; 1VIE A; 1YJW Q; 2JMC A; 2O01 E; 5GAM f; 1GFD A; 3OS0 A; 1FX7 A; 4UC4 A; 4PK4 A; 1UEB A; 4D8D A; 2B1E A; 4LDU A; 1VQ5 Q; 1KQS A; 1N9S A; 2QI2 A; 5GAN d; 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