The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
245
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sequence length |
728
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structure length |
728
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Chain Sequence |
VVPVLLFLLWVALLVPFGLLAAAPVAPSAQGLIALSAVVLVALLKPFADKMVPRFLLLSAASMLVMRYWFWRLFETLPPPALDASFLFALLLFAVETFSISIFFLNGFLSADPTDRPFPRPLQPEELPTVDILVPSYNEPADMLSVTLAAAKNMIYPARLRTVVLCDDGGTDQRCMSPDPELAQKAQERRRELQQLCRELGVVYSTRERNEHAKAGNMSAALERLKGELVVVFDADHVPSRDFLARTVGYFVEDPDLFLVQTPHFFINPDPIQRNLALGDRCPPENEMFYGKIHRGLDRWGGAFFCGSAAVLRRRALDEAGGFAGETITEDAETALEIHSRGWKSLYIDRAMIAGLQPETFASFIQQRGRWATGMMQMLLLKNPLFRRGLGIAQRLCYLNSMSFWFFPLVRMMFLVAPLIYLFFGIEIFVATFEEVLAYMPGYLAVSFLVQNALFARQRWPLVSEVYEVAQAPYLARAIVTTLLRPRSARFAVTAKDETLSENYISPIYRPLLFTFLLCLSGVLATLVRWVAFPGDRSVLLVVGGWAVLNVLLVGFALRAVAEKQQRRAAPRVQMEVPAEAQIPAFGNRSLTATVLDASTSGVRLLVRLPGVGDPHPALEAGGLIQFQPKFPDAPQLERMVRGRIRSARREGGTVMVGVIFEAGQPIAVRETVAYLIFGESAHWRTMREATMRPIGLLHGMARILWMAAASLPKTARDFMDEPARRRR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Observing cellulose biosynthesis and membrane translocation in crystallo.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Metal binding protein
|
| source organism |
Rhodobacter sphaeroides (strain atcc 17023 / 2.4.1 / ncib 8253 / dsm 158)
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| molecule keywords |
Putative cellulose synthase
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| total genus |
245
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| structure length |
728
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| sequence length |
728
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| ec nomenclature |
ec
2.4.1.12: Cellulose synthase (UDP-forming). |
| pdb deposition date | 2015-11-02 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00535 | Glycos_transf_2 | Glycosyl transferase family 2 |
| A | PF07238 | PilZ | PilZ domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Thrombin, subunit H | predicted glycosyltransferase like domains | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A | Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1G2V A; 4HO6 A; 1K4V A; 4EE4 A; 3OGZ A; 2X5S A; 5AJP A; 1VH3 A; 4E1K A; 1G8O A; 2ZU8 A; 2XWL A; 1VH1 A; 5JQQ A; 5EJ1 A; 4HO2 A; 5FUH A; 4AC3 A; 4M4K A; 4AYL A; 2BO8 A; 2A8W A; 1R7T A; 3DK5 A; 1TZF A; 5L6S A; 2ZU9 A; 4Y62 A; 4M28 A; 2FYB A; 2FYA A; 4Y7U A; 1O0R A; 1I52 A; 3HL3 A; 1R81 A; 5C4D A; 3I0G A; 3CKQ A; 2OEF A; 2AES A; 4Y9X A; 4XRN A; 2RIT A; 1H5S A; 4FRO A; 3DSG A; 3OH1 A; 2YCM A; 1E5K A; 1YP2 A; 5BXC A; 1VGW A; 1QWJ A; 1PZT A; 1VGU A; 2E8B A; 1O7Q A; 2QGI A; 3U0X A; 4FRH A; 1H5S C; 1YWU A; 1ON8 A; 1ZCV A; 1W57 A; 5C1H A; 1GX0 A; 3O3P A; 3I0L A; 3K8D A; 1ZJO A; 2RJ9 A; 2RJ5 A; 5C4C A; 3GUE A; 4B3U A; 4KNX A; 5CMF X; 1W55 A; 1INJ A; 3I0K A; 2O1F A; 3T7M A; 3OAM A; 2Q4J A; 1VGZ A; 1IIN A; 1ZCT A; 2UX8 A; 4FRL A; 1HM0 A; 4CJB A; 4FRP A; 2JCO A; 1GX4 A; 1H7Q A; 4MND A; 1Z90 A; 2D7I A; 2GGO A; 5IDS A; 1QGS A; 2VS5 A; 1VZT A; 2V0K A; 2AM3 A; 2WAW A; 1WSZ A; 1NHE B; 4FOU C; 1WT2 A; 1NWG B; 3SXE A; 1JV1 A; 3R3I A; 1G93 A; 2MZB A; 4UEG A; 1LL2 A; 3V0O A; 2VFZ A; 3ZLK A; 3CKO A; 1R82 A; 4KNR A; 3IOH A; 3SX7 A; 4IRP A; 3ZGG A; 4D0T A; 4DDZ A; 4Y7F A; 1ZI1 A; 3QVB A; 4KPZ A; 3OH0 A; 4Y6N A; 2GJG A; 5IDT A; 2Y7A A; 4JD0 A; 5FU8 A; 4Y7T A; 3FOQ A; 1FRW A; 2L74 A; 2PGY A; 2Y4J A; 1INI A; 2D7R A; 5CMJ A; 3U0Y A; 1ZCY A; 1H5S B; 3R2W A; 4RT0 A; 2APC A; 5KEC A; 2X65 A; 5I1F A; 5C1L A; 2BO4 A; 3TQD A; 3N9W A; 4IRQ A; 2ZU7 A; 4R7P A; 1FR8 A; 5KED A; 4HO3 A; 1YP4 A; 1VPA A; 5FTS A; 4HG6 A; 2PGV A; 2RDE A; 3RMW A; 1H7E A; 1LZ0 A; 1G1L A; 1R7X A; 2RJ1 A; 2W0W A; 3PKP A; 4EE5 A; 3POL A; 1H3M A; 1FGG A; 1H5R A; 4KC1 A; 4EEM A; 3SX8 A; 2VSI A; 5C4B A; 1R7V A; 2X5Z A; 1WT3 A; 3CGX A; 1S4P A; 2ICY A; 1R7U A; 1G23 A; 3E26 A; 1LL3 A; 5CQP A; 3FWW A; 3ZLL A; 5C3D A; 4XWI A; 2RIZ A; 3PNN A; 1HJL A; 3RSB A; 1ZCU A; 2RJ6 A; 1GWV A; 4NAN A; 3SXB A; 4FRD A; 2I5K A; 1FZW A; 3I0I X; 2RJ7 A; 1QG8 A; 4B4B A; 5C49 A; 3I0F A; 1XZ6 A; 1H5T A; 1W77 A; 1ZJ0 A; 1ZHJ A; 2YC5 A; 4CJC A; 1EZI A; 1ZDF A; 1O23 B; 1H7T A; 1ZJ2 A; 5CMH A; 4FCU A; 2Z86 A; 4FRB A; 2Y4K A; 3F1Y A; 3JUJ A; 5CQO A; 5KGO A; 3TZT A; 3I0E A; 3KIA A; 4L41 C; 1WT0 A; 2AM4 A; 3SXC A; 1G97 A; 1NQI B; 1VIC A; 2PX7 A; 4Y7V A; 3T7N A; 2QKX A; 1R7Y A; 2BO7 A; 3KYG A; 5CQM X; 1ZJP A; 5EJZ A; 2ICX A; 1PZY B; 5C4F A; 1ZJ3 A; 2X60 A; 1OQM B; 3U2V A; 4BQH A; 3SX3 A; 1H5R B; 1VZU A; 4D0Z A; 2XMH A; 1EYR A; 3V8Z A; 3SXA A; 3CNR A; 5C4E A; 1SS9 A; 2P6W A; 3NGW A; 4FQW A; 2YQC A; 4FRQ A; 5C3A A; 1H5S D; 4EVW A; 5CMG X; 4AAW A; 4P02 A; 3V8Y A; 1FO9 A; 1ZI3 A; 2RIX A; 3V91 A; 1VM8 A; 5C48 A; 4RT1 A; 4BMA A; 1JYK A; 3SXD A; 1G0R A; 1FGX A; 2RIY A; 1MC3 A; 4HO9 A; 3ZF8 A; 1YP3 A; 2O1G A; 4C2S A; 1H7L A; 1H4D A; 2Y4M A; 1G95 A; 3ZGF A; 3EE5 A; 2RJ8 A; 4AYJ A; 4EEO A; 1GWW A; 3V0Q A; 1H5T B; 2V0J A; 2A8U A; 4NAL A; 2AEC A; 5C38 A; 2D0J A; 1GQC A; 4KC4 A; 5C1G A; 4HOC A; 1YLN A; 1FWY A; 4EE3 A; 4MYB A; 2FFV A; 4J18 A; 1FOA A; 4KPX A; 4HO8 A; 3BRK X; 1V84 A; 4B4G A; 2PA4 A; 4HO4 A; 1TW1 A; 2AM5 A; 1OMZ A; 1LVW A; 4ECM A; 2W0V A; 4B2X A; 1TW5 A; 1GQ9 A; 5C47 A; 4KT7 A; 3RMV A; 1H7G A; 3U2U A; 4FRA A; 3IOI A; 3CKJ A; 2FY7 A; 2I5E A; 1HJJ A; 3Q80 A; 3ST8 A; 1MP5 A; 3CKV A; 1JYL A; 2DPW A; 4JIS A; 2VXM A; 3K8E A; 1ON6 A; 5CQN X; 2FYD B; 1LZ7 A; 1S4O A; 3U2X A; 4KRV A; 2JCJ A; 3U2T A; 2WVL A; 3DUV A; 5C36 A; 2AE7 A; 3SX5 A; 2VS4 A; 2V0H A; 1G3L A; 3D5N A; 1LZJ A; 3V0P A; 1FXO A; 4ARW A; 4D11 A; 4D48 A; 1JV3 A; 3E25 A; 2BO6 A; 3USR A; 4NAK A; 3USQ A; 1ZI5 A; 3BCV A; 4NAI A; 4D11 C; 4CVH A; 5FTV A; 1TVY A; 4GBP A; 1HV9 A; 4FCE A; 3V0L A; 2I7B A; 1ZDG A; 1V82 A; 3V0N A; 5IFY A; 4KQL A; 4P00 A; 3OH3 A; 2RJ0 A; 4HO0 A; 4F48 B; 3I0C A; 5J49 A; 3DJ4 A; 5AJN A; 2FFU A; 1HM8 A; 1NMM B; 2P73 A; 1R80 A; 4ASY A; 5CQL X; 3V90 A; 2WGZ A; 3OKR A; 1ZI4 A; 2OEG A; 2RJ4 A; 4Y63 A; 2OI5 A; 2YES A; 2AH9 A; 1JVD A; 5CMI A; 3SXG A; 1JVG A; 4B4M A; 4Y6U A; 2JCL A; 4HO5 A; 2VSH A; 5L6V A; 2CU2 A; 3JTJ A; 3I0H A; 3OC9 A; 3CU0 A; 4B42 A; 5EJL A; 5C8R A; 1MP4 A; 3OH2 A; 2FYC B; 2GGQ A; 2XME A; 4LW3 A; 1LZI A; 2V0I A; 2WEE A; 1MP3 A; 3I0D A; 1O7O A; 4EEA A; 2VXL A; 4YS8 A; 4G87 A; 2V0L A; 3Q7U A; 5FU0 A; 2QH5 A; 1HM9 A; 4M2A A; 1NKH B; 4FRE A; 3CKN A; 4G3P A; 4Y7G A; 1H7H A; 4M2B A; 4ZDQ A; 1IIM A; 1KWS A; 4ASJ A; 4KC2 A; 4B2W A; 1ZJ1 A; 4K6R A; 1GA8 A; 3F1C A; 1FXJ A; 3U2W A; 1FR9 A; 2VS3 A; 2Z87 A; 1ZIZ A; 3Q4S A; 5C3B A; 1NF5 B; 2YQH A; 2Y6P A; 3LW6 A; 5HS2 A; 2YQS A; 3OH4 A; 1YRO B; 2NXV A; 2XWM A; 2YQJ A; 1H4C A; 2E3D A; 2AGD A; 3D8V A; 5EIY A; 4LW6 A; 5AJO A; 2OI6 A; 3I0J A; 5DDT A; 2WVK A; 3JUK A; 2YC3 A; 4Y64 A; 3SPT A; 4I86 A; 5FV9 A; 3KYF A; 1WT1 A; 3V0M A; 4DE7 A; 1VZX A; 2Y4L A; 1WVC A; 1LL0 A; 2WVM A; 4KXO A; 1V83 A; 1QGQ A; 2P72 A; 4FRM A; 1FO8 A; 5DDV A; 1VGT A; 4HCQ A; 2OI7 A; 3T7O A; 3PKQ A; 4EEG A; 2JCK A; 4G3Q A; 2XWN A; 1XHB A; 2VD4 A; 4G3S A; 1FG5 N; 1S4N A; 3IOJ A; 5FYE A; 4CJ8 A; 4DEC A; 1H4E A; 1G9R A; 1OMX A; 4B5B A; 2O1H A; 1H7F A; 3D98 A; 2WE9 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RXA A; 3STJ A; 1H8H D; 1O2I A; 4YLU A; 2X5S A; 1JWT A; 5AJP A; 1P10 A; 4Y10 E; 3FVF B; 1RD3 B; 1W0K D; 2VIV A; 4E1K A; 1Z6J H; 3KEE A; 2XWL A; 1OXG A; 2VH0 A; 1O2W A; 1RIW B; 5FX5 A; 5EJ1 A; 4HO2 A; 2FES H; 1YPH C; 4AC3 A; 4M4K A; 3D49 H; 2Z3C A; 2F9P A; 2OBO A; 2BO8 A; 3DK5 A; 1TGC A; 1TZF A; 1DVA H; 2Z7F E; 1NU7 B; 3MFJ A; 4M28 A; 3MO3 A; 1TNL A; 1HCG A; 2CN0 H; 1O0R A; 1DPO A; 4NA7 A; 3MH7 A; 3I0G A; 1W11 U; 2HNT F; 3C1K A; 1D6W A; 1MTN B; 3LGI A; 3GY7 A; 3SI4 H; 1H5S A; 4YOJ A; 3DSG A; 1QGF A; 3SI3 H; 1O39 A; 3M3S A; 3RM0 H; 1A61 H; 1VIT H; 4NFE A; 3B8J A; 4ZKN U; 3LT3 A; 1P8V C; 1GI5 A; 3A8B A; 1PZT A; 7EST E; 2E8B A; 3U0X A; 4CH2 B; 1EOL A; 3W94 A; 1H5S C; 1ON8 A; 1XUF A; 3O8R A; 1Y5U T; 1CGH A; 4O03 A; 3I0L A; 1G3B A; 4MNW A; 2QXJ A; 3GYM A; 1KMH B; 2RJ5 A; 1NM6 A; 1O3P B; 2W7S A; 1P2M A; 5C4C A; 4WVP E; 1J14 A; 1D9I A; 3BTQ E; 1K1P A; 3GCO A; 2BX4 A; 5CMF X; 2ZHW H; 3D23 A; 1INJ A; 2O1F A; 1GHV H; 5I46 H; 2QCY A; 2I6Q A; 2BZA A; 1IIN A; 4X2Y A; 1TMT H; 2BX3 A; 1HM0 A; 4DY7 B; 1SPJ A; 3SHC H; 1SI5 H; 1BTZ A; 1HXF H; 4R0I A; 1A5H A; 1H7Q A; 1C5U A; 2AGI X; 2GVF A; 2D7I A; 4MND A; 5IDS A; 1IQL A; 1ANC A; 1AWH B; 2G4U A; 1P9S A; 3RXC A; 1O33 A; 2AFQ B; 3WY8 A; 1HAY B; 1NHE B; 1ELF A; 1UVS H; 3EA8 A; 4YOI A; 3PWC A; 1TMB H; 1ZRB A; 1JV1 A; 1C1O A; 1KXA A; 3CKO A; 3SX7 A; 3ZGG A; 3IOH A; 2VIW A; 3PRO A; 1AFE H; 4Y7F A; 2PW8 H; 2FX6 A; 1GJC B; 4KEL A; 1SGE E; 4JD0 A; 1S85 A; 2A5K A; 3PLP A; 2EST E; 1FRW A; 2ZFT A; 4K5Z A; 2QY0 B; 5CMJ A; 2F43 B; 3ZV9 A; 1UTQ A; 4FVB A; 4IMQ A; 4FIX A; 1EAT A; 1NBM D; 5I1F A; 4DOQ A; 2Y81 A; 4A5T S; 1D3T B; 1C1Q A; 3N9W A; 1LPK B; 2ZHF H; 1PQ8 A; 2PV9 B; 2ZU7 A; 2B8O H; 1O36 A; 5FTS A; 2RFK C; 2B5T B; 2OC1 A; 1RXP A; 2SFA A; 1DE7 H; 1KXD A; 2JH5 D; 2HOB A; 1R7X A; 3PKP A; 1QB1 A; 1SQA A; 2KFW A; 4YT7 H; 3E16 B; 3VB5 A; 3RUO A; 4BTT B; 3PRD A; 2Q6F A; 1LVY A; 1VIT F; 1N6X A; 1R7V A; 3BV9 B; 1KTS B; 3UY9 A; 1S4P A; 2ICY A; 4Y11 E; 1R7U A; 1GDQ A; 4AG1 A; 1JMO H; 3VB4 A; 1EX3 A; 1LL3 A; 2Q1J A; 5JBC S; 4H6S B; 3ZLL A; 1GJ9 B; 1MTU A; 1OWK A; 2RCE A; 3TVJ B; 1GMH G; 3E3T A; 4MIX A; 1SKY E; 1HJL A; 4X2W A; 4NAN A; 1MZA A; 2Z3D A; 3P95 A; 5C5O A; 1W14 U; 5C94 A; 4O6M A; 2BY7 X; 4LZ4 B; 3OFN D; 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4CHA C; 4F55 A; 3V8Y A; 3BTE E; 3AVZ A; 3RXU A; 1G3C A; 2CHA B; 2OCV B; 1FNI A; 1PQA A; 2PKA A; 4RT1 A; 3EDX B; 2F9V A; 3ZZB A; 1EZU C; 3KQC A; 4X1Q U; 1MC3 A; 5C67 A; 2RIY A; 2FOD A; 1CGI E; 4C2S A; 1QRZ A; 2ZNK H; 3BTG E; 1UHB A; 1H4D A; 1G95 A; 3EE5 A; 1OP8 A; 1GHB G; 3SV2 H; 3AAV A; 4EEO A; 1UJ1 A; 4WF8 A; 3V0Q A; 1XVM A; 2FTL E; 2ZHQ H; 3PMB B; 2ZEC A; 1QBV H; 1W12 U; 5C38 A; 2D0J A; 2XBW A; 1GQC A; 2AHM E; 1DWB H; 2HAL A; 4BAO B; 1C5Q A; 3MMG A; 1C2E A; 5A8Z A; 2C3S A; 1GHX H; 1H9I E; 2FFV A; 4J18 A; 1YLC A; 5IDK A; 2QA9 E; 4U30 A; 5K7R A; 2P8O B; 1GBI A; 2UUF B; 1V84 A; 4ZRO A; 3VXF H; 4GHT A; 4HO4 A; 2IJO B; 1P57 B; 2VGC C; 1GBF A; 3BG8 A; 1Z1I A; 2BD9 A; 2W0V A; 1GBL A; 2HRV A; 4AYY B; 2GP9 B; 1BJV A; 1LKA A; 5LH8 A; 1MZD A; 1ZTK A; 1BMA A; 2GDE H; 3U2U A; 2VNT A; 2C8Y B; 2I5E A; 4YM9 A; 4CRC A; 3Q00 A; 1E79 D; 1QRW A; 1SGP E; 2ZC9 H; 2ZPR A; 1W7G H; 5L30 H; 1V2V T; 4B73 A; 1QA7 A; 1MU8 B; 3SGQ E; 2BXU H; 3LOX A; 3RDZ A; 4HI3 A; 2JCJ A; 3U2T A; 3TH2 H; 5C36 A; 3ATM A; 1BMN H; 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