The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
153
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sequence length |
489
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structure length |
469
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Chain Sequence |
ISEITYSDGTVIASIDYLYFTTLAEAQERMYDYLAQRDNVSAKELKNEATQKFYRDLAAKEIENGGYKITTTIDQKIHSAMQSAVADYGYLLDDGTGRVEVGNVLMDNQTGAILGFVGGRNYQENQNNHAFDTKRSPASTTKPLLAYGIAIDQGLMGSETILSNYPTNFANGNPIMYANSKGTGMMTLGEALNYSWNIPAYWTYRMLRENGVDVKGYMEKMGYEIPEYGIESLPMGGGIEVTVAQHTNGYQTLANNGVYHQKHVISKIEAADGRVVYEYQDKPVQVYSKATATIMQGLLREVLSSRVTTTFKSNLTSLNPTLANADWIGKTGTTNQDENMWLMLSTPRLTLGGWIGHDDNHSLSQQAGYSNNSNYMAHLVNAIQQASPSIWGNERFALDPSVVKSEVLKSTGQKPGKVSVEGKEVEVTGSTVTSYWANKSGAPATSYRFAIGGSDADYQNAWSSIVGSL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural Insights Into the Catalytic Mechanism and the Role of Streptococcus Pneumoniae Pbp1B
rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Streptococcus pneumoniae
|
| molecule keywords |
PENICILLIN-BINDING PROTEIN 1B
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| total genus |
153
|
| structure length |
469
|
| sequence length |
489
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.3.2.-: |
| pdb deposition date | 2010-04-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00905 | Transpeptidase | Penicillin binding protein transpeptidase domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Histone, subunit A | Histone, subunit A | ||
| Mainly Beta | Ribbon | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) | Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Beta-lactamase | DD-peptidase/beta-lactamase superfamily |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PBR A; 1GHP A; 4P87 A; 2WKI A; 2PU2 A; 2ZQC A; 2P74 A; 2ZLY A; 4LV3 A; 1K4E A; 1RCJ A; 3IXH A; 4JKT A; 4PPR A; 4OQG A; 1G68 A; 4O7D A; 4KQQ A; 4X56 A; 3A3F A; 4DE3 A; 5M19 A; 4DKI A; 1SDE A; 1IYO A; 1MWT A; 3OCN A; 5GHY A; 3PBS A; 5EVI D; 4ZTK A; 5HAQ A; 2X02 A; 3IQA A; 1GA0 A; 3JYI A; 4L0L A; 1KGF A; 3FKW A; 2WK0 A; 1IKG A; 2J9O A; 2IWB A; 4Y0O A; 4YFM A; 4GDN A; 5FDH A; 4E3O A; 4EQI A; 1NJ4 A; 1PWG A; 2OLV A; 4JXS A; 2Y2K A; 1NZU A; 4B4Z A; 3Q07 A; 5GLC A; 2Y2L A; 4E6X A; 4EWF A; 1K55 C; 1K6R A; 1PI4 A; 1BUE A; 1WYC A; 5CGX A; 1FCM A; 2X71 A; 4IVK A; 3NDE A; 2DNS A; 3ITB A; 5F83 A; 5GLD A; 3ZG0 A; 4FSF A; 3ISG A; 4GD6 A; 4P0M A; 1BZA A; 4U0X A; 1MWR A; 1YMS A; 1NY0 A; 4QJG A; 3UPO A; 3TOI A; 3HUO A; 3G35 A; 3SS5 A; 3NC8 A; 3VOZ A; 1K54 C; 1ZKJ A; 2V20 A; 3CG5 A; 3E2L A; 1KVM A; 2Y4A A; 4E3I A; 4MBF A; 4F94 A; 3V5M A; 1O7E A; 1VQQ A; 4X68 A; 4FD8 A; 4DE2 A; 1PZO A; 3O88 A; 3E2K A; 4OON A; 5HFO A; 1LI9 A; 1FR1 A; 2Y59 A; 1PI5 A; 5FAQ A; 2QMI A; 4OPZ A; 3VP4 A; 4MLL A; 3W4Q A; 3M6H A; 3GR2 A; 3IHB A; 2FFF B; 1FR6 A; 2WUQ A; 2Y91 A; 3IT9 A; 5FQQ A; 3ZG9 B; 3HRE A; 2ZQ7 A; 4IBR A; 4PM9 A; 4D2O A; 3MKF A; 3Q82 A; 4OP5 A; 2ZC7 A; 2PU4 A; 3UN7 A; 3NIA A; 4OOL A; 4KQR A; 2XD1 A; 5CHU A; 4BL3 A; 5FI7 A; 1FQG A; 3Q7V A; 1Q2P A; 1ZG6 A; 3Q7Z A; 1VM1 A; 1YLY A; 3OPH A; 4JF4 A; 4N92 A; 2XFS A; 4LCM A; 1J9M A; 4C75 A; 4ID4 A; 4CJN A; 2ZQ9 A; 2DCF A; 3IWI A; 4QY5 A; 4WZ4 A; 2WKE A; 4LEN A; 4U3T A; 2C6W B; 2ZD8 A; 2C5W B; 1K55 A; 2WZX A; 3IWQ A; 3GV9 A; 1KVL A; 4U0T A; 2Z2L B; 4MEZ A; 2ZC3 B; 1HZO A; 3OCL A; 4ZJ3 A; 1I5Q A; 1I2S A; 3WS1 A; 3PBQ A; 4NK3 A; 1LLB A; 3PBT A; 3VMA A; 1L0D A; 1BSG A; 2ZMA A; 1L0E A; 4GB7 A; 2QPN A; 4R3J A; 1CEG A; 1XGI A; 1XX2 A; 5CGS A; 5FQI A; 4EBP A; 5F1F A; 5KZH A; 2OSU A; 3O87 A; 3UPP A; 1PZP A; 1K54 A; 2FFY A; 5CEB A; 2XR0 A; 4GDB A; 1LHY A; 3C7U A; 3OPL A; 4N1X A; 3HLE A; 4K0W A; 1W8Y A; 1BLP A; 3A3I A; 1TEM A; 3QNB A; 1XA7 A; 2I72 A; 5HAI A; 5FQJ A; 5GLA A; 1JWZ A; 3V3R A; 4CPK A; 2Y2I A; 5JYP A; 1Z6F A; 1ES5 A; 1XA1 A; 3V50 A; 1XKZ A; 3HLG A; 4MNR A; 4WEK A; 4E6W A; 1XP4 A; 3A3E A; 5A91 A; 5FQM A; 5EVI A; 3VFH A; 1DJC A; 1H5X A; 4R3B A; 5TGF A; 4S2I A; 1C3B A; 3DWZ A; 1HD8 A; 2EXA A; 3C5A A; 4JXV A; 4BD0 A; 2EFX A; 4R4S A; 3BM6 A; 1K38 A; 3ZDJ A; 2HPB A; 1MBL A; 2E8I A; 3SH9 A; 3PTE A; 4QY6 A; 4OVD A; 2XK1 A; 2ZM2 A; 3RXX A; 1PYY A; 3CJM A; 1KGG A; 3N7W A; 2H5S A; 1ZC2 A; 2HDR A; 5BOH A; 4Y0T A; 3WS4 A; 5FAS A; 3G31 A; 4DDY A; 4EUZ A; 2R9W A; 4LCL A; 1W7F A; 2B5R A; 4M3K A; 5CXW A; 3AGE A; 2A3U A; 1K4F A; 3IH8 A; 1ESI A; 3OPR A; 4QD4 A; 1XGJ A; 3IWO A; 2XGN A; 1SHV A; 1EWZ A; 2ZC4 B; 2HDS A; 2EXB A; 5TFQ A; 3I7J A; 3QHY A; 2RCX A; 3FV7 A; 2Y55 A; 4C6Y A; 3ZG8 B; 5I94 A; 3G2Y A; 1YT4 A; 3PBO A; 4UA7 A; 1W5D A; 5J8X A; 4E3N A; 5E2F A; 5GHX A; 4LV0 A; 1YM1 A; 1FCO A; 5AQA A; 3ZHH A; 1ERO A; 5A90 A; 1U60 A; 4GNU A; 4P6B A; 4LV2 A; 3VSL A; 4BD1 A; 3G34 A; 4ZAM A; 4N9L A; 3C7V A; 5FI6 A; 4QB8 A; 3WWX A; 4X55 A; 2EX6 A; 2WGW B; 4PMA A; 3UNW A; 1MXO A; 4XUZ A; 3MXS A; 2Q9N A; 3SOI A; 3FYZ A; 4S2K A; 2G2U A; 1E3U D; 3S22 A; 3IHA A; 4OQ0 A; 4S2J A; 2HP9 A; 5A93 A; 5F1G A; 3HL9 A; 3IF6 B; 1FSY A; 4HES A; 4RX2 A; 4EBN A; 3G30 A; 3IF6 C; 4PM8 A; 2WAF A; 5JYO A; 5AQ9 A; 1K57 C; 5CEC A; 2WYX A; 2XLN A; 2VGK A; 1SKF A; 3GVB A; 2OLU A; 4KZ8 A; 4E3J A; 4PM6 A; 4WYY A; 4BEN A; 1HVB A; 3GQZ A; 3BFG A; 1YLW A; 2HDU A; 1MWU A; 4KZ4 A; 3FWL A; 2P9V B; 4OLD A; 4R1G A; 4KZ6 A; 3BEC A; 3IXD A; 2G2W A; 3Q1F A; 1QME A; 3Q81 A; 1BUL A; 4WZ5 C; 1PW8 A; 3DWK A; 1JWP A; 3UE1 A; 4EV4 A; 1LI0 A; 5CGW A; 2R9X A; 4JF5 A; 4KQO A; 1SDN A; 3AGD A; 2Z2M B; 2JBF A; 3LO7 A; 5FAO A; 4JXW A; 4IED A; 4OOY A; 5E2E A; 5CER A; 5E43 A; 2ZC5 B; 3WS0 A; 4PM7 A; 1TDG A; 3NY4 A; 1CI9 A; 5CHM A; 4KZ3 A; 4GKU A; 4KZ7 A; 4A5R A; 4RYE A; 1G6A A; 1MY8 A; 1S6R A; 3NBL A; 3ZVW A; 4DXB A; 4OPQ A; 3LEZ A; 5EVL A; 2HDQ A; 1HTZ A; 3HUM A; 1FSW A; 3HLB A; 4BL2 A; 3VSK A; 5EPH A; 5A92 A; 3G2Z A; 4IBX A; 5HW3 A; 5M18 A; 2EX9 A; 2H0T A; 3M2K A; 4XUX A; 1S0W A; 2IWC A; 3PBN A; 4IVI A; 4GN2 A; 1JWV A; 2ZQA A; 4P85 A; 1LL5 A; 1MKI A; 2WGW A; 1ESU A; 2WZZ A; 5EUA A; 3IXB A; 4N1H A; 4Y7P A; 3BLS A; 1E25 A; 1PIO A; 1RGZ A; 1Y54 A; 1K56 D; 4HBU A; 2EX2 A; 3MBZ A; 5CRF A; 2IWD A; 3IF6 A; 3UPN A; 3HLF A; 2XF3 A; 5E2G A; 4E3L A; 4Q8I A; 5M1A A; 1K57 A; 4KZ5 A; 4MBH A; 3GMW A; 4KZA A; 1GHM A; 1XPB A; 5AQ7 A; 4K0X A; 1DJA A; 2V1Z A; 2ZQ8 A; 3EQV A; 4X69 A; 5FI2 A; 3O3V A; 1NYM A; 2XFT A; 4KZ9 A; 5HL1 A; 1Q2Q A; 1K25 A; 3N6I A; 1EI5 A; 4UA6 A; 3G4P A; 1O07 A; 2P9V A; 3TSG A; 1KDW A; 4OLG A; 2Q9M A; 4R0Q A; 5DTT A; 3EQU A; 4WZ5 A; 3B3X A; 4WEJ A; 3VP1 A; 3D4F A; 1IYP A; 1GCE A; 3A3J A; 4XXR A; 3DW0 A; 3P09 A; 1H8Y A; 3N8R A; 1E4D A; 1ONH A; 2HP6 A; 1BTL A; 1M6K A; 3ZVT A; 3IH9 A; 2BG1 A; 1H8Z A; 3HLW A; 2QZ6 A; 1ES4 A; 4UHU A; 3ZG7 B; 1IEM A; 1TVF A; 3TG9 A; 3C4O A; 4HEF A; 1E3U A; 5CHJ A; 3P98 A; 3LY3 A; 1ES2 A; 1FCN A; 3FKV A; 1FOF A; 5GLB A; 1BT5 A; 1AXB A; 3A3D A; 5DF8 A; 2BLS A; 1ERQ A; 4OH0 A; 4E3K A; 4X6T A; 3WRT A; 2RL3 A; 3BRM A; 4R23 A; 3W4O A; 4S2N C; 1SCW A; 3N4I A; 5L2F A; 4PM5 A; 1N4O A; 3BFD A; 4WBG A; 4GD8 A; 5DVA A; 1ES3 A; 1IYS A; 3LY4 A; 5F82 A; 2ZJ9 A; 4QU3 A; 3VFF A; 4X53 A; 4UAA A; 4FCF A; 4OP8 A; 4ZJ1 A; 2Y2O A; 1ONG A; 2ZQD A; 4HBT A; 5DF7 A; 5HX9 A; 2X01 A; 3MZE A; 4DF6 A; 2Y2P A; 3CMZ A; 3Q7V B; 4DRT A; 3UE0 A; 4NET A; 1L0F A; 4OKP A; 1BLH A; 4Y0U A; 3UO9 A; 4N9K A; 5DF9 A; 2Y2J A; 5FA7 A; 5GHZ A; 4JLF A; 5CTM A; 2H10 A; 4K91 A; 3WRZ A; 3NI9 A; 5KSH A; 3UDF A; 2V2F F; 4WM9 A; 4B88 A; 4LV1 A; 1YQS A; 2J9P A; 1I2W A; 5FAP A; 2XH9 A; 4WMC D; 2VGJ A; 5AQB A; 3UDI A; 3OC2 A; 1ALQ A; 1ERM A; 5EOE A; 3PAE A; 3V39 A; 2DRW A; 1CK3 A; 5FAT A; 3HLC A; 4BQM A; 1MPL A; 1KGE A; 1BLC A; 2GDN A; 4S2P A; 2WKH A; 3RXW A; 2XD5 A; 3VP3 A; 3ZG5 A; 2J7V A; 5GL9 A; 4FH2 A; 1JTD A; 2HP5 A; 2XEP A; 5G18 A; 5IHV A; 5FSR A; 3BFC A; 2ZC6 B; 2J8Y A; 1W79 A; 1QMF A; 3MZF A; 4RA7 A; 3ZGA B; 2H0Y A; 4MBK A; 3NDG A; 3WS5 A; 4KG2 A; 5CTN A; 4B4X A; 4E3M A; 3VOY A; 1YLP A; 5HAP A; 1PWC A; 3N8S A; 1K56 A; 3BFE A; 2WGV A; 4KG6 A; 4QHC A; 5TR7 A; 1GHI A; 1NXY A; 3W4P A; 4Z9Q A; 3MFD A; 3SH7 A; 1CI8 A; 2UWX A; 4JPM A; 5EVI B; 3IF5 A; 5EVI C; 4S2N A; 2Y2G A; 1GA9 A; 3SS3 A; 4ZJ2 A; 1BLS A; 3BFF A; 3OPP A; 1KE0 A; 4OPY A; 3S1Y A; 5EEC A; 1JTG A; 1K6S A; 3O86 A; 3UY6 A; 4BJP A; 1YLT A; 1DJB A; 4OQI A; 3GRJ A; 1OME A; 4ZBE A; 1PW1 A; 3C4P A; 4JBF A; 3ITA A; 3FZC A; 3SH8 A; 3OZH A; 3ZNY A; 1DY6 A; 4DE1 A; 1N9B A; 2Y2H A; 1ZG4 A; 1IYQ A; 3AGF A; 3DTM A; 3HBR A; 5DTS A; 3PAG A; 2PBY A; 3M2J A; 1L2S A; 3M6B A; 2XQZ A; 3HUN A; 3ZCZ A; 3W8K A; 3GTC A; 4S2M A; 1YMX A; 2ZM8 A; 4DE0 A; 2Y2M A; 1W8Q A; 1YLZ A; 3BYD A; 3WS2 A; 5KMW A; 1KDS A; 4JXG A; 5FQK A; 3V3S A; 5CED A; 1KE3 A; 4RX3 A; 2JC7 A; 4DXC A; 4R4R A; 3HLD A; 2Y2Q A; 4OQH A; 1JVJ A; 1WYB A; 1NYY A; 5EOO A; 3S4X A; 1KE4 A; 3RJU A; 2OV5 A; 2ZM0 A; 4DDS A; 2CC1 A; 1TDL A; 4OOM A; 4JF6 A; 3VP2 A; 3HVF A; 4H8R A; 1MWS A; 1WE4 A; 4KG5 A; 3MZD A; 2JCH A; 3ZFZ A; 5HAR A; 1RGY A; 5FQ9 A; 2EFU A; 1XXM A; 1YLJ A; 1M40 A; 3UE3 A; 3IXG A; 3ZNT A; 4YIN A; 4KEN B; 1NRF A; 1IEL A; 3G32 A; 5E2H A; 3N8L A; 3MKE A; 1LL9 A; 3LCE A; 1RP5 A; 5EE8 A; 4S2O A; 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