The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
189
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structure length |
189
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Chain Sequence |
MLKNDDFVIAKNQLGNIVPNSVGVIRAVNGKSAMVLFIGLNELKRVDFSELEAIDIYRTGKGYDKKICNICHILKNTDGFEINQTDAKGRKTTRPSCRECRKNIDGVKLSSTEKKKMDEIAPPKGSVFTCPICEKRSIVGVTANLVHDHNHDTGWGREWICDSCNTGLGRFKDNPKFLEKVIEYLKKYE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of the beta beta alpha-Me type II restriction endonuclease Hpy99I with target DNA.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Hydrolase/dna
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source organism |
Helicobacter pylori
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molecule keywords |
Restriction endonuclease Hpy99I
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total genus |
48
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structure length |
189
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sequence length |
189
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2008-11-21 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF02945 | Endonuclease_7 | Recombination endonuclease VII |
A | PF18350 | SH3_17 | Restriction endonuclease SH3 domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. | ||
Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 | ||
Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | His-Me finger endonuclease fold | His-Me finger endonucleases |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5M9O A; 4C5I A; 2IG0 A; 4PL6 A; 4HCZ A; 3ME9 A; 3OYM A; 3MEV A; 4IKF A; 3ASK A; 1EN7 A; 4E7K A; 2R5A A; 2K3X A; 3S3O A; 2QNF A; 2EQJ A; 2D9T A; 2RHZ A; 3PMI A; 2LVM A; 3C4S A; 3NTK A; 2BIV A; 2HQX A; 2DIG A; 4ZTF A; 4BAC A; 4A4H A; 2E6N A; 2X4W A; 4QQD A; 4A4E A; 2FHD A; 1WJR A; 2LCC A; 3OMG A; 2CKK A; 2RHY A; 3FC3 A; 3O8V A; 5KCH A; 1WJS A; 4NS5 A; 2X4Y A; 3LYI A; 3LGL A; 1E7D A; 4C5H A; 3OS0 A; 2P0K A; 5KE3 A; 2R5M A; 3L2Q A; 2EQM A; 2LDM A; 3OYK A; 3H8Z A; 1WJQ A; 2WAC A; 3L2U A; 1H3Z A; 4IUQ A; 2LTO A; 2L8D A; 2EKO A; 4E7L A; 1SSF A; 3L2V A; 2JZ2 A; 3BDL A; 3QBY A; 3OS1 A; 2NLU A; 3NTH A; 5D6X A; 3OB9 A; 5D6Y A; 1N27 A; 1OYX A; 2M1H A; 3FEO A; 2F5K A; 1WGS A; 4QW2 A; 3DLM A; 3E9G A; 3QJ6 A; 5IN1 A; 2M16 A; 2X35 A; 4OVA A; 3OYA A; 3OYD A; 3L2R A; 3GOX A; 3OMC A; 2XK0 A; 3E9F A; 3M9Q A; 3MET A; 3PMT A; 3QKJ A; 4IUT A; 4QQG A; 3LGF A; 4BDZ A; 3S3N A; 2G3R A; 2RJE A; 1E7L A; 3UWN A; 4IUR A; 4A4G A; 3PFS A; 5KH6 A; 4II1 A; 2E5Q A; 3P8D A; 2HQE A; 2PQW A; 3FLG A; 4B9W A; 2RJC A; 3UT1 A; 5IAY A; 4B9X A; 3DB3 A; 2LRQ A; 4RG2 A; 2EQU A; 2MWO A; 4Q5W A; 4CRI A; 3CEY A; 4N4G A; 3OYF A; 1OZ3 A; 3OYB A; 5CIU A; 4A4F A; 2R58 A; 3FDR A; 3P8H A; 5D6W A; 4E7I A; 4X34 A; 5C0M A; 3OY9 A; 2RJD A; 3L42 A; 4IUP A; 1MHN A; 2R57 A; 2RJF A; 1OI1 A; 1G5V A; 3MP8 A; 2QNC A; 2DIQ A; 2JTF A; 4L59 A; 4BDY A; 3MEU A; 4BE0 A; 4QVZ A; 2DAQ A; 3F70 A; 2O4X A; 4FL6 A; 2RHX A; 5J39 A; 3MP1 A; 3ZEH A; 4BD3 A; 2BUD A; 5KCO A; 2GFU A; 3OYL A; 3KUF A; 4UC4 A; 3OYG A; 1XNI A; 2VYT A; 2RI2 A; 3OYI A; 4FU6 A; 3OA6 A; 4ZTJ A; 2QQR A; 2M0O A; 3DB4 A; 4N4I A; 5FRN A; 3H6Z A; 5C6S A; 4C5E A; 2X4X A; 2L3R A; 4E7H A; 4C5G A; 2RI5 A; 3PNW C; 1RI0 A; 4BE2 A; 3S3M A; 2MWP A; 5FRM A; 4PLI A; 3OYJ A; 3QII A; 4IUV A; 4LD6 A; 3OYC A; 3NTI A; 2L89 A; 3MEW A; 5KE2 A; 2K3Y A; 3EAE A; 2RHI A; 1KHC A; 4N4H A; 3OYH A; 5J26 A; 3OYN A; 2XDP A; 3OS2 A; 3LH0 A; 4EDU A; 3LLR A; 2YRV A; 4BE1 A; 2QQS A; 3S6W A; 2RI3 A; 2RHU A; 2B8A A; 3MP6 A; 2RO0 A; 3OQ5 A; 3OYE A; 2GF7 A; 4IUU A; 2EFI A; 3Q1J A; 4QQ6 A; 3L2W A; 4E7J A; 4GY5 A; 3MO8 A; 2O4X B; 3SD4 A; 1OZ2 A; 4PLL A; 4Z02 A; 2EQK A; 3MEA A; 5FRO A; 2BKD N; 2GFA A; 3LX7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3R5C A; 4HCZ A; 5LJ5 h; 3CC7 A; 2QDL A; 2DPP B; 5GMK j; 3RUX A; 3C12 A; 3RER A; 4AFU C; 4A4H A; 1UUC A; 1VIE A; 3CCS T; 3EFO A; 2V1R A; 4TVR A; 3M0U A; 4NS5 A; 1N6A A; 4C8Q D; 2O9S A; 2LDM A; 3QYG B; 2XMF A; 1DS2 I; 3UEY A; 2JW6 A; 1G3S A; 4Y91 A; 2V8I A; 3VS6 A; 4UXH A; 1WGS A; 1MND A; 4C92 E; 3DLM A; 4OVA A; 1M5Q 1; 3E9F A; 1Q7Y R; 2DD4 A; 1ZX6 A; 1SSH A; 1V1C A; 4Z89 A; 2XRC A; 3CD6 A; 3U23 A; 2LJ3 A; 4GLM A; 4GI3 C; 2HQH A; 2ZPH B; 1XJW B; 2LCL A; 2ZPF B; 3KY9 A; 5KYU B; 1GFC A; 3CCU T; 4B9W A; 2OTJ Q; 3GNF B; 4J8O A; 5IAY A; 1M4Z A; 3C95 A; 3HRU A; 2LRQ A; 4HT8 A; 3M54 A; 4A4F A; 1T3L A; 2DXB A; 1WHH A; 2DXT A; 5C0M A; 2RJD A; 1IY6 A; 3TRE A; 1Y57 A; 1FY7 A; 2DD5 A; 1YTP A; 4HVV A; 2N1U A; 4M77 F; 4N0A C; 3MEU A; 5KYX A; 3I5S A; 4PJO C; 1D0Z A; 4FL6 A; 5AYF A; 2GCX A; 3VJP A; 2ENZ A; 4J83 A; 4XTZ A; 3OA6 A; 3UPU A; 3DB4 A; 1Y96 B; 1X2Q A; 1MJB A; 2RA2 A; 1YCY A; 4LDU A; 5HKC A; 3CCM Q; 2HCK A; 4C0D B; 1VQK A; 1N8R C; 3OYN A; 2H3J A; 1ABO A; 1CKB A; 2OVO A; 2L3S A; 5GAM d; 2KAF A; 1K0S A; 3LLR A; 1KG1 A; 1C0M A; 5A0G A; 2BZ8 A; 4IUU A; 3LWI A; 1JJ2 P; 5FLX E; 5IHI A; 2DX1 A; 4JLG A; 1Z7K B; 1ZSZ A; 2XKO C; 5GAO l; 3MEA A; 2HBW A; 3JB9 G; 3ME9 A; 3ASK A; 4LUD A; 4OML A; 1M3A A; 3THK A; 4ELZ C; 1RAI B; 1RUW A; 3X20 B; 2DJZ A; 1Q81 C; 2J6F A; 4FW1 A; 1Y71 A; 2RC4 A; 2VVK A; 3LGL A; 1SRM A; 2V1Q A; 3H8Z A; 2E41 A; 2NU3 I; 2NLU A; 1O75 A; 4OGC A; 2JNG A; 3NGP A; 1NLO C; 2Y4Y A; 1R8O B; 3AT1 B; 3QWP A; 2YQP A; 2XK0 A; 4CI0 C; 4JS5 A; 5J8F A; 1BCM A; 5GAN g; 2ATC B; 3RDV A; 4FT2 A; 4LDV A; 2W10 A; 4OMQ A; 1S72 A; 1Q82 U; 4M7D E; 1EX4 A; 2FZC B; 4OB0 B; 4PJO F; 3L1A A; 4BB7 A; 1EFN A; 1Y1B A; 4HXJ A; 1EIF A; 3CCJ T; 3PDN A; 4YTL A; 4KH1 B; 3CPW P; 5LJ3 h; 1VQ8 Q; 4PFZ A; 1TU0 B; 3VS2 A; 4IUP A; 3RMQ A; 4C92 C; 2SGD I; 2EYZ A; 1PC0 A; 4ORZ A; 4FYY B; 5I2M A; 4HKE A; 1A0N B; 3H9N A; 3QZ9 B; 4BDY A; 4QVZ A; 5FUX A; 1KQS A; 3RNJ A; 2CP5 A; 2XI9 A; 2DVJ A; 2JYY A; 1XNI A; 2K2M A; 2FVU A; 1BCO A; 3OYI A; 1VQO T; 4XAX B; 2H3E B; 5CK9 A; 1IZ6 A; 2FRW A; 1B34 B; 1ZSG A; 2M5X A; 2QEX Q; 3HPW A; 2RN8 A; 3M0P A; 1UGP B; 4RCC A; 3CXC P; 2RHI A; 1UJY A; 3OYH A; 1LR7 A; 5J26 A; 2PZ1 A; 5KYN A; 3CC4 T; 3LW5 E; 2GTJ A; 2EYX A; 4EDU A; 3E1S A; 2D6F A; 2F3C I; 4F7U A; 1X43 A; 1FAR A; 1QMC A; 1AEY A; 4NL3 A; 4AFQ C; 5GAO q; 2QTX A; 1QVF S; 2XDD A; 4JRI A; 2J7I A; 4JLI A; 4PJN A; 2ZPE B; 4A4K A; 1W1F A; 4V2S A; 1EZZ B; 2E1H A; 5FRO A; 1YJN A; 3CMA T; 3CC2 A; 4FW2 A; 2FPD A; 4E7K A; 2YSQ A; 5CCL A; 1IY5 A; 1P9G A; 4M77 G; 1TBQ R; 5L23 A; 2HQX A; 2YLB A; 3JCM V; 3RKY A; 1ZA1 B; 1ZBJ A; 5FW9 A; 1WJR A; 2E4H A; 2DMO A; 1KK7 A; 2QA4 Q; 2DRM A; 3LH5 A; 4CC2 A; 3EGD A; 2X4Y A; 2ENM A; 2LT1 A; 4EMK B; 2DF6 A; 4F14 A; 2DTI A; 4QVD A; 4M77 B; 3CCE Q; 3INZ A; 1M2O A; 4CC4 B; 2O2O A; 1M90 U; 1B7T A; 2AKL A; 3OYA A; 2DXC A; 2EKH A; 1CHO I; 5GAN j; 4KGX B; 2DEU A; 2MI6 A; 1TBN A; 4C92 F; 3CCS A; 3CCL T; 2DER A; 4F17 A; 2L8E A; 1XTD A; 2QGF B; 4XU2 A; 3I56 T; 3G4S T; 2E5Q A; 1CGJ I; 1VQP T; 2VGM A; 2PQW A; 2BUS A; 6AT1 B; 1X27 A; 1D1C A; 1E6H A; 2JM9 A; 3CEY A; 3CME A; 1PNJ A; 2NU1 I; 3CPF A; 2CH4 W; 3JCM h; 3SWN C; 2RM4 A; 1JEG A; 3I35 A; 4C0Z A; 2K5I A; 2DIQ A; 2O88 A; 2RD1 A; 4R56 A; 2YUO A; 3X26 B; 4OB2 B; 4M7A C; 1MMN A; 2RI2 A; 5IHN A; 1BI0 A; 1U1S A; 3SFM A; 2L89 A; 3MEW A; 2D0Q B; 2QQA A; 1SGP I; 1G3Y A; 2JTE A; 1ZHI A; 2FPE A; 3CCR Q; 4ZGD B; 2RHU A; 5FWC A; 2QDY B; 3EGX B; 5LJ3 f; 3WXM B; 1WNL A; 2AIR B; 3EG0 A; 3UGI A; 1K9M C; 4PJO G; 1E6G A; 2HL3 A; 3RU0 A; 1VQ6 A; 4J9B A; 4PL6 A; 4IKF A; 1K9A A; 1YBY A; 4JPB W; 5GAN 5; 1M1K U; 3C0C A; 2EQJ A; 1Y96 A; 2MMP A; 3SEM A; 4PJO B; 3X28 B; 2ESW A; 2D1X A; 2FHD A; 3JCM P; 1FWZ A; 4MZT A; 4RTU A; 2LQ8 A; 2LQW A; 8AT1 B; 1I81 A; 4M7A D; 4MZP A; 1YIJ Q; 1WJQ A; 2GGR A; 1QP2 A; 3E19 A; 3SDZ A; 1TS9 A; 3TJQ A; 5D6Y A; 3H0I A; 1BUS A; 5EG2 A; 3OYD A; 3GOX A; 4BDZ A; 4IUT A; 3QO3 A; 1K4U S; 3N5B B; 5GAN f; 1YI2 T; 1YFN A; 1YJ9 A; 1VYV A; 1FMW A; 1JXM A; 3CD6 T; 2Y90 A; 2QQC A; 4BI4 A; 1PRM C; 2KMO A; 1I5L A; 1YN8 A; 1KD1 R; 1AZE A; 3V7C A; 4M7A F; 1NZ9 A; 3M0S A; 1JXO A; 3UA7 A; 2LX7 A; 1W2B A; 5GAN 6; 2ENN A; 2QQ0 A; 1VQN Q; 1UUE A; 1VQ9 T; 2AHJ B; 3L42 A; 1G5V A; 2L5Q A; 2FYK A; 1MJA A; 3R5A A; 3A8M B; 2E12 A; 1TUG B; 2GFU A; 3KUF A; 5IXF A; 1TUD A; 2JJ9 A; 5IXB A; 2V1C C; 4AFS C; 2P0P A; 1VQ5 Q; 1RI0 A; 4BE2 A; 3RKW A; 3OYJ A; 4XU3 A; 1BU1 A; 1D09 B; 2EBP A; 5A0D A; 5LL6 S; 3KFV A; 2NUT B; 2K4Y A; 1VQK T; 2JS2 A; 2XDP A; 4FYW B; 4BE1 A; 2YRV A; 2A0F B; 4C92 G; 1OQK A; 2B8A A; 2EYW A; 1VOM A; 3TSZ A; 4OMP A; 5CQX A; 3URG A; 1HEV A; 2KSS A; 3JAM E; 2CWH A; 2B86 A; 2NU2 I; 2KYB A; 3X25 B; 4JZ3 A; 3JB9 I; 4C92 B; 2KVQ G; 2N52 A; 2FPF A; 1VQL A; 2DM1 A; 1MGQ A; 2LNH B; 2LVM A; 3CCU Q; 2F5T X; 3FB9 A; 1M8V A; 1BI2 A; 3MEK A; 2F69 A; 4M4Z A; 1Y7X A; 3PIP A; 2E65 A; 4J6Y A; 3O8V A; 4O6J A; 2LC4 A; 4KH0 B; 1D1B A; 3CMA A; 1X74 A; 1NYF A; 1X6O A; 1H8K A; 2RB6 A; 1AWJ A; 3OB9 A; 1NBE B; 4QW2 A; 5IN1 A; 1Q7Y C; 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1VQO Q; 1IGQ A; 2OX7 A; 1K1Z A; 4Z88 A; 3UWN A; 1BMO A; 4DBQ A; 4ZGE B; 1ULK A; 1M2V B; 4II1 A; 4PFP A; 3HP9 A; 3FLG A; 4Y92 A; 2QQB A; 2KBT A; 2OD1 A; 4N0A A; 3IQL A; 1X2K A; 3M0T A; 2OJ2 A; 2MWO A; 1N8R U; 1K73 R; 4PJO A; 2V8K A; 3CME T; 3MKD A; 2ARP F; 2QQ9 A; 2VRW B; 2V53 A; 2F2V A; 2X51 A; 2YT6 A; 4M77 D; 1VQ8 A; 5I2S A; 5LJ5 j; 1YI2 A; 1SGR I; 4DOV A; 4LXC A; 1PHT A; 3A8G B; 2RI5 A; 4J9E A; 2MWP A; 2FEI A; 3CBO A; 2MF2 A; 1TSF A; 3NTI A; 1ARK A; 1VQ9 A; 5GAN 8; 2PUK B; 3PIO A; 3OSS C; 2JA1 A; 2QEX A; 1QQJ A; 5GAN 4; 2JM8 A; 1BBZ A; 3ZFJ A; 1UG1 A; 1Q81 U; 2DBK A; 2FZK B; 3UFF A; 2P4T A; 1VYU A; 1XQH A; 3TO7 A; 2QPO A; 2EFI A; 4JCV E; 2A36 A; 2CUB A; 1N9S A; 2HSE B; 2DA9 A; 3NHN A; 1CT0 I; 4B6D A; 2JS0 A; 2RHY A; 1VQ6 T; 1G83 A; 2A7Y A; 3FJ5 A; 1K8A R; 2R5A A; 2XDB A; 3VRZ A; 4XTV A; 1U06 A; 4JS4 A; 4OP0 A; 2KCX A; 1IGU A; 4A4E A; 4XU1 A; 1TBR R; 5LJ3 g; 1W70 A; 2K9G A; 1VQ7 T; 1D0Y A; 1VYT A; 2NUT A; 5DLO A; 2EQM A; 2KNB B; 2DK3 A; 1S1N A; 4R0K A; 4E7L A; 3QAH A; 2JZ2 A; 1M8C A; 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