The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
93
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structure length |
93
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Chain Sequence |
EETITIDSISNGILNNLLTTLIQDIVARETTQQQLLKTRYPDLRSYYFDPNGSLDINGLQKQQESSQYIHCENCGRDVSANRLAAHLQRCLSR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural insights into the assembly and function of the SAGA deubiquitinating module.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8
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| molecule tags |
Hydrolase/transcription
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| total genus |
26
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| structure length |
93
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| sequence length |
93
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2010-04-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| C | PF08209 | Sgf11 | Sgf11 (transcriptional regulation protein) |
| C | PF18519 | Sgf11_N | SAGA-associated factor 11 N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Helix Hairpins | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Double Stranded RNA Binding Domain | Classic Zinc Finger |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1JQ0 A; 1K34 A; 2EMW A; 3H01 A; 4F2J C; 2EOE A; 2NAB A; 1A1H A; 2EM0 A; 4E2L A; 3MHH C; 1X5W A; 2EN3 A; 2WBU A; 1TF6 A; 2LV2 A; 1UN6 B; 2EM9 A; 2LO3 A; 1DF5 A; 2EN2 A; 2MK3 A; 3K9A A; 2ADR A; 2EOO A; 5KL2 A; 1YUI A; 2EN8 A; 2EMA A; 1G2F C; 2E72 A; 1F23 A; 5H9C A; 2EN6 A; 5KL6 A; 2EZP A; 2EOF A; 1LLM C; 2CSH A; 2ENH A; 4R2S A; 3CYO A; 3VHT B; 2EPX A; 2YTJ A; 2EN7 A; 2RPC A; 2EPU A; 4JPR A; 4IJD A; 2HGH A; 2LVH A; 1P47 A; 2ENC A; 2YSO A; 2LT7 A; 5CN0 A; 2WBS A; 4R2P A; 2YTF A; 2LP7 A; 2EL6 A; 2GHF A; 2YRH A; 1BB8 A; 3GWO A; 1AAY A; 2WCC 3; 1JK1 A; 2GLI A; 1UBD C; 2VRD A; 1A1F A; 4FK5 C; 1X6F A; 2EM7 A; 2EE8 A; 1Y66 A; 2EM6 A; 2EOM A; 2EMC A; 1ZAA C; 2DMI A; 4JGS A; 5KL7 A; 4R2R A; 2YTO A; 1JK2 A; 2X7R B; 3P30 A; 1YSA C; 2YRM A; 2M9A A; 1Y4M A; 2EMY A; 4R2C A; 2EQ0 A; 1SZT A; 3EPJ A; 1QBZ A; 2YTP A; 2EMI A; 5KA6 A; 2EML A; 4G2K A; 2YRK A; 2YTN A; 5KL5 A; 4M9V C; 2D9H A; 1I5Y A; 2CT1 A; 2R1F A; 5KA5 A; 2EM4 A; 2YTI A; 4WSG A; 1YUJ A; 4X9J A; 3M99 B; 2EN4 A; 2EOS A; 2EOH A; 2EN1 A; 2LCE A; 2EOQ A; 1MOF A; 2M7W A; 1QCE A; 2ELZ A; 2EMX A; 2EMH A; 5KL3 A; 3B8M A; 2WBT A; 3EPH A; 1QR9 A; 3UK3 C; 1A1K A; 1X6E A; 1G2D C; 2DRP A; 2YTG A; 2EOR A; 1KJK A; 2EOI A; 5HFL A; 3CP1 A; 2EM2 A; 2EL5 A; 2BB8 A; 2EOZ A; 1Z1B A; 2EM8 A; 2EPA A; 2EPR A; 2EQ1 A; 1TN9 A; 2EMB A; 2EQ3 A; 2EM5 A; 3B77 A; 4F6N A; 1X3C A; 4R2E A; 2EOX A; 1X6H A; 2MDG A; 5CMU A; 2DLQ A; 2EP3 A; 4IS1 C; 2MKN A; 1NCS A; 2DLK A; 1F2I G; 2CTD A; 2EM3 A; 2YU8 A; 1QR8 A; 1TF3 A; 2EPC A; 2YSP A; 1DLB A; 1ZR9 A; 2YTE A; 1MEY C; 4N21 A; 1DF4 A; 2EOY A; 1A1J A; 2EJ4 A; 2YU5 A; 3EPK A; 1JPX A; 1BBO A; 2YTQ A; 4F6M A; 4FJC C; 2EMZ A; 2OT5 A; 1A1G A; 2EMF A; 1WJP A; 1B69 A; 2EPP A; 2EL4 A; 4JF3 A; 2EPZ A; 2JPA A; 2ELY A; 2EMK A; 1EBO A; 1MG1 A; 2J7J A; 2MKD A; 2DGC A; 1RMD A; 5KL4 A; 1I5X A; 2A25 A; 3EPL A; 1A1I A; 1A1L A; 1ENV A; 4R2A A; 4R2Q A; 4GZN C; 2RSI A; 2ENA A; 2EZO A; 2EBO A; 4FIP C; 2JP9 A; 2I13 A; 4N23 A; 2PRT A; 1ZU1 A; 5HFM A; 1DGC A; 2EOJ A; 3WFV A; 2YTD A; 2P6J A; 3MHS C; 3B8N A; 1K33 A; 2EMG A; 4R2D A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JQ0 A; 1PPJ H; 3RWR D; 4GKJ O; 4LTY A; 2Q6A A; 3VYY A; 2IBZ H; 2WZO A; 1YF2 A; 2LO3 A; 2R70 A; 3QTC A; 4LF5 O; 3TGU H; 5A6B D; 5BR8 O; 1YUI A; 1OCR C; 3CWB H; 2EN8 A; 2XT9 A; 2NUE A; 1RP3 B; 1N3G A; 2RDC A; 3SGI A; 4X62 E; 1NVP B; 2YWQ A; 4JPR A; 4XDK A; 2PI4 A; 1TUB A; 4DV2 E; 2LJ2 A; 4Z1M G; 1JJO A; 2ZDI A; 1IDS A; 1CEZ A; 3VOU A; 4OX9 E; 5J2T B; 2A0L A; 1ZL8 B; 1HNZ B; 2B7V A; 3SPI A; 4R2C A; 4LFC O; 2IJI A; 2Q8V A; 2ZKO A; 4I9W A; 3UO3 A; 2UXB O; 1X48 A; 4B3T O; 2LJU A; 2R1F A; 1WRJ A; 1Y74 B; 2UXX A; 2QKA A; 4FFB B; 1XMO E; 2EN1 A; 1MOF A; 1GTK A; 5B1A B; 4GYC B; 2OTL V; 4I55 A; 2L2K B; 5EC2 C; 1XHX A; 3RYF B; 1GK9 A; 1HW7 A; 3BPZ A; 3QO7 A; 4OXS A; 3K0G A; 3RGB A; 3JD1 A; 3JAR A; 3LSS A; 2KHX A; 1VF7 A; 2GDS A; 1M56 B; 2P90 A; 2G38 A; 4DR6 E; 1Q6U A; 4DR4 E; 1QQC A; 4N21 A; 2ATK C; 4X66 B; 1QVF U; 2V87 A; 3A2F A; 2DW4 A; 4B3S E; 4WFB V; 4F54 A; 1EZV H; 3FB6 C; 3JAT A; 3CC4 V; 4MVQ A; 3OR6 C; 2EL4 A; 2ZM6 O; 2JPA A; 1YSC A; 4R8C A; 2CAZ C; 4I50 A; 4X1I B; 4M30 A; 4YXW G; 2Q67 A; 5EZY A; 2QWO B; 2EBO A; 1K92 A; 1AJP A; 3W7T A; 5A69 A; 3WG7 B; 4X8A A; 3HKE A; 1HNW B; 3CRA A; 1M9N A; 4LF9 E; 4JI6 B; 3OTO B; 4JI3 B; 3FD9 A; 1XMQ O; 3SYC A; 4LF4 O; 2IJH A; 3UT5 A; 3ECR A; 1X5W A; 3ZMV A; 4YY3 O; 4C7U A; 4AIL C; 4O2A A; 4DR2 B; 2M7Q A; 4H0L B; 5CA1 A; 5KL2 A; 3OT7 A; 3QG5 C; 4MS2 A; 4GX5 A; 2WLL B; 4X20 A; 1MA1 A; 3SYQ A; 5J9P C; 3ZHV A; 1E1Q G; 5LYJ B; 1SFE A; 1P47 A; 4LF6 E; 2R9A A; 3IGA C; 3Q4H B; 2XAG A; 3JCZ A; 1G1X B; 4RHB B; 3OMN B; 4BCA A; 1A1F A; 1HNZ E; 5LL6 R; 2A79 B; 5KUK A; 1JX9 A; 1JFF B; 3SJC C; 3E2E A; 5LMN E; 2LQT A; 3ABL C; 4DYL A; 3F6H A; 3BFR A; 3CRC A; 5LBQ A; 4X1K A; 5JVD A; 2PTM A; 4LF8 O; 2XAS A; 3D36 A; 3E22 A; 4UXN A; 4WSG A; 2LCE A; 4JI8 B; 1V55 C; 5KL3 A; 2WBT A; 3LNN A; 4R7C A; 1FXK B; 5H6R A; 2EPO A; 1ZL8 A; 1FFT B; 3ZMU A; 2IH3 C; 5HFL A; 2EOI A; 1O9H A; 2EMB A; 4X64 O; 1SER A; 1XDC A; 1EZJ A; 3B77 A; 3F7V C; 1DK1 A; 1WP7 A; 1VQ5 V; 4FFB A; 1RC7 A; 3OE7 G; 1TA8 A; 2DLK A; 1UHZ A; 4L8N A; 1IBL B; 1EN6 A; 4JI2 O; 2KG7 B; 1N33 E; 2R72 A; 2GUZ B; 3RYF A; 3EPK A; 2NUF A; 1JPX A; 3ICX A; 1OCC C; 2N05 A; 1I94 O; 1FPO A; 2F4V B; 2HEP A; 3OMA B; 5AG2 A; 1FFX B; 3OFN G; 4DUZ E; 1WJP A; 2P67 A; 2ELY A; 2E5L B; 3LML A; 2J7J A; 2QTO A; 5KL4 A; 1ENV A; 1PJT A; 3WB1 A; 3KZZ A; 4DV7 B; 4MSW C; 3JAM C; 4TUG A; 3JAK A; 3MHS C; 3ASO B; 2LMZ A; 4W4L A; 3U11 A; 2EOE A; 1OCZ B; 2EM0 A; 2DYR B; 2Q0O C; 2VE7 C; 4X1I A; 5KX5 A; 3MHH C; 2EUL A; 3J80 C; 4DXW A; 3K9A A; 5AE1 A; 1R3L C; 1PNK A; 2UUC O; 5H6Q A; 2LUQ A; 2OCC B; 2EOF A; 2ENH A; 1YYK A; 2CK3 G; 2EPL X; 4ZHQ A; 3H09 A; 3EVK A; 5JCO C; 3CHX A; 2CH7 A; 4LP8 A; 2DIX A; 1OCR B; 2JVD A; 1XHZ A; 1COW G; 1XBL A; 4Q20 A; 3BGH A; 1TVK B; 4GZR B; 1UBD C; 3O9O A; 5BZB A; 2WLL A; 3P3P A; 1PNL A; 5LGT A; 2M9A A; 3ML0 A; 3CD6 V; 5A2Q C; 1VQK V; 1IBK O; 1GN3 A; 2YRK A; 4JI8 E; 4JAA A; 4M9V C; 3D8C A; 4MVO A; 3RVY A; 3JAL A; 3STL C; 5L3G A; 3CXC U; 2AZ2 A; 3CRM A; 4AHC A; 2W0F C; 1NTM H; 4K3A A; 1RQ0 A; 1A1K A; 2FYU H; 3DXR A; 4BS9 A; 2EOR A; 2XAQ A; 3ZX6 A; 3CP1 A; 2PUS A; 4ZYG A; 2QWP B; 4DR5 O; 1WNS A; 1H2M A; 4MVS A; 5KAF Z; 2ZNI A; 5IJ0 B; 3H1K H; 4B7K A; 1E79 G; 4R2E A; 2AHZ A; 2XND G; 2IHR 1; 4IS1 C; 4NXN O; 5EC1 C; 3THN A; 3TXS A; 4JI0 O; 2QM4 A; 3JTZ A; 2NUG A; 4BBY A; 1P7G A; 1IQS A; 5FLX C; 4OPH A; 1S0V A; 1FXH A; 1Z5V A; 2ZIN A; 2AW9 A; 4ZYH A; 3K79 A; 3UO2 A; 2E76 B; 4DV1 E; 4DV7 E; 2D2C B; 4K0K O; 4J80 A; 3ADG A; 2LW1 A; 3IC9 A; 4GT1 A; 1X4T A; 1GM7 A; 4JI5 E; 4AI8 A; 1XRE A; 4DK0 A; 4X65 O; 3VQV A; 5KMG B; 1BCC H; 1AH5 A; 4IIJ A; 2WLK A; 2PRT A; 1P7B A; 5J2U B; 2UUB E; 5B3S C; 1WPX A; 3B8N A; 3JAW A; 4R2D A; 1L8D A; 3APQ A; 4NXM E; 3BID A; 1N0N A; 3FB8 C; 3JCU Z; 2XOK G; 4ZOL A; 3B40 A; 3FB5 C; 2V89 A; 1AR1 B; 4DMI A; 1M57 C; 2LTR A; 2JEU A; 4YHH B; 4DV4 E; 2ADR A; 2YEV B; 3U0Z A; 1NTK H; 1S77 D; 1NZ6 A; 5FPR A; 4ZI7 A; 5LP6 C; 5LHH A; 4LF7 O; 1LLM C; 2HG5 C; 4PDL A; 4O2B A; 2YDE A; 3CYO A; 1F51 A; 3JYC A; 1XNQ B; 2EPX A; 5IWA B; 3DC6 A; 5BY1 A; 1VIB A; 4CS2 A; 3BY6 A; 4R03 A; 4PI2 A; 5A6A A; 1S5J A; 4B3M E; 2DMX A; 3ADL A; 2JOX A; 2EIM B; 2EMC A; 4AQY O; 2DMI A; 2ZE6 A; 4I0X A; 1YSA C; 5EBL C; 3THO B; 1TAE A; 4J7J A; 2KOU A; 1THZ A; 2H8P C; 3ZHS A; 3P1X A; 3RT3 C; 4M0V A; 2O57 A; 4WYQ B; 3ABL B; 3M99 B; 1PP9 H; 5DM6 V; 3APO A; 2E75 B; 4RUF A; 3B8M A; 1L4S A; 5JJJ B; 3EPH A; 4KZS A; 4H44 B; 1JCH A; 4TSF G; 1PDA A; 1W0K G; 3AK3 A; 2UXC B; 3ZHR A; 2F23 A; 2Q5Z A; 3LNM B; 1PV0 A; 3K06 A; 1MSD A; 4LFB O; 5L3E A; 4LFA E; 2JYA A; 1YDX A; 1SQP H; 3LSQ A; 1RM1 C; 4KWY A; 2EPM X; 4DR3 B; 3ZN1 A; 2EM3 A; 3RFR A; 1DF4 A; 3JAS B; 5LA6 B; 2LO1 A; 1MGT A; 2N3H A; 4PD4 F; 4WBN B; 2JJ2 G; 2L6L A; 2YSU B; 4FM2 A; 3C4B A; 2EIK C; 2F66 C; 4JI7 O; 4QGP A; 1BE3 H; 5IY5 C; 3JD4 A; 4O4L A; 2ZQM A; 4F4L A; 3EPL A; 1KKC A; 1RPO A; 1SQX H; 1T4O A; 4DV5 B; 1V54 B; 4N23 A; 3H1L H; 2YZT A; 1I0H A; 1RSO B; 1DGC A; 2V4D A; 1HR0 B; 3VQW A; 3RW0 A; 4DV6 B; 1SES A; 2W6I G; 1K34 A; 4DR1 O; 4DV3 O; 1LR1 A; 2NAB A; 3AG4 B; 1I7F A; 1MZE A; 4QPK A; 2Y0I A; 3BAA A; 2IJJ A; 3AUZ A; 5IT9 N; 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5EZY B; 2EMW A; 3C6M A; 2JGU A; 2EWL A; 4WFH A; 4B3S O; 1WB8 A; 3HKE B; 1ZAU A; 4NVP A; 5IJ9 A; 4X8W A; 5JJE B; 2RS7 A; 2IW5 A; 1J5E E; 1FYJ A; 3UT5 B; 2L92 A; 5ITZ B; 4O2A B; 4LCU C; 1PL0 A; 5CA1 B; 1MSW D; 4LF9 O; 2VQF E; 4P30 A; 1K4D C; 4X20 B; 3AG2 B; 1AI4 A; 3G80 A; 4J8Z A; 1N36 E; 1JK1 A; 4J7Z A; 2VRD A; 4FK5 C; 4O24 A; 4CC6 A; 3RYC A; 1N32 E; 5GTI Z; 4JGS A; 2ZNJ A; 4FLX A; 2UU9 B; 1O0W A; 2PZS A; 1Y4M A; 3ETQ A; 3H1J H; 4FVM A; 3L75 H; 1XL6 A; 5KA6 A; 4KHP E; 1NR7 A; 3I55 V; 2UUA E; 2Z5U A; 3QVN A; 2EJ7 A; 3UQ8 A; 2CT1 A; 3SYO A; 2HHH B; 4MW8 A; 4LF6 O; 2EOH A; 4X1K B; 5JVD B; 2HLD G; 4L8J A; 1LUW A; 2NA2 A; 5JCO A; 4L87 A; 3E22 B; 1PL4 A; 4MW3 A; 3F6G A; 2EM2 A; 4GKJ B; 4JTC B; 1OZ0 A; 4JTD B; 5LMN O; 1UJW B; 4X1Y A; 1BSM A; 4NTW A; 4MVR A; 1PJS A; 4LF5 B; 5BR8 B; 1KBH A; 2ZE7 A; 2YT4 A; 4Q6G A; 3J7Y p; 5B1B B; 1DLB A; 4UCU A; 4H13 B; 1VQO V; 4J9Z B; 3ZMT A; 3BHP A; 1HNX O; 4H33 A; 2G7H A; 5AE2 A; 3G6B A; 4G27 B; 4TQF A; 4WFE A; 2VWJ A; 3DF6 A; 2EPP A; 3SDL A; 3CRQ A; 2V7Q G; 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