The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
56
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sequence length |
134
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structure length |
134
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Chain Sequence |
NLDRSNDKVYENVTGLVKAVIEMSSKIQPAPPEEYVPMVKEVGLALRTLLATVDETIPLLPASTHREIEMAQKLLNSDLGELINKMKLAQQYVMTSLQQEYKKQMLTAAHALAVDAKNLLDVIDQARLKMLGQT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for the interaction between focal adhesion kinase and CD4.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Protein binding
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| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Focal adhesion kinase 1
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| total genus |
56
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| structure length |
134
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| sequence length |
134
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| chains with identical sequence |
B, C
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| ec nomenclature |
ec
2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase. |
| pdb deposition date | 2007-10-30 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03623 | Focal_AT | Focal adhesion targeting region |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | Single helix bin | ||
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) | Nucleotidyltransferases domain 2 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XEV A; 3AE1 C; 3AEC C; 3AEA C; 3BRJ A; 4YXD C; 3AE4 C; 2HSB A; 3GM3 A; 3U0C A; 3L8J A; 1YQ3 C; 1JOG A; 3RQF A; 1OW8 A; 3GM1 A; 3JZ0 A; 1K04 A; 2L6F A; 4XEK A; 3RQE A; 3AE2 C; 3SFD C; 1V4A A; 3C18 A; 3AEE C; 3RQG A; 3SFE C; 3AE7 C; 1WWP A; 5F28 E; 3B71 A; 3O10 A; 4XEF A; 3JYY A; 2H89 C; 2H88 C; 3AE6 C; 3ABV C; 4YTP C; 3C8G D; 1ZZP A; 2WQY C; 3AE8 C; 1O3U A; 1WOL A; 1OW6 A; 3MFN A; 3AE9 C; 4EBK A; 1ZP0 C; 3AEB C; 3AE5 C; 2YWA A; 2KK1 A; 2L6G A; 3U3F A; 2JPU A; 4NQF A; 2LK4 A; 1KTM A; 1K40 A; 3GM2 A; 3C8G B; 3S9O A; 1KNY A; 4R32 A; 1QVX A; 1YQ4 C; 1ZOY C; 2JX0 A; 1UFB A; 3TUL A; 2L6H A; 1OW7 A; 3K7D A; 2G3A A; 3AEF C; 2PBE A; 1WTY A; 3AEG C; 1PV3 A; 3AE3 C; 2FBW C; 1K05 A; 2Q00 A; 3L8I A; 4EBJ A; 3AJM A; 3C8G A; 3AED C; #chains in the Genus database with same CATH topology 2CPB A; 2YKZ A; 1GK6 A; 3CCE P; 2OTK E; 3V7O A; 1HVV A; 3GF7 A; 4BJ6 C; 5CCG D; 2BEQ D; 3F46 A; 3QVY A; 5E33 A; 1BCC E; 5JSL A; 1SVF A; 4BRY B; 3L8J A; 4AE4 B; 2IBZ D; 4M3L A; 2Q6Q A; 3SNH A; 4JPZ B; 1VQL P; 1HUC A; 1OFC X; 1V54 C; 4JW1 A; 3TOM A; 1GL2 A; 1HJB A; 1YYJ A; 3O6Q B; 4RBN A; 2Y0D A; 3C62 A; 2RSE B; 4PJN A; 2YHS A; 2Y39 A; 1RJ9 A; 5K0I A; 2W45 A; 1W5C E; 2NRG A; 1JOC A; 1NTZ J; 4JIO A; 1WWP A; 3ABL C; 1Q0K A; 3NDB B; 4I6M C; 1IFP A; 5AW9 B; 2QIW A; 3H1H E; 1TWH A; 3ECS A; 3HTK A; 2GDC A; 5DS5 A; 4CS9 A; 2TMV P; 3L74 E; 1BGY J; 1MMG A; 5AVS B; 1PFI A; 2WQY C; 4EWC A; 1E85 A; 1VOM A; 5AGF A; 3R4Y A; 4NY3 A; 4DVZ A; 5AW5 B; 1NYH A; 1OWA A; 1ZRT D; 2HLO A; 4W7Z A; 1AV1 A; 3MD0 A; 5TIS E; 4JZA A; 2K9J B; 3SXM A; 4HKZ H; 3ABK C; 4A4A A; 2EPM X; 1VF5 B; 1Y9B A; 4AL1 A; 3RL0 B; 3RFY A; 1KNY A; 2L81 A; 4DBQ A; 5KYW A; 5E79 E; 2O01 J; 3G6E P; 2DYS C; 4JJF A; 3S90 A; 3DAF A; 1LTJ B; 1LTB C; 4ULV A; 1BE3 G; 1SQB K; 1NZE A; 1ZU5 A; 1BDC A; 1J1E C; 3CXH E; 1Q86 Q; 4BRY A; 5APW A; 3ATP A; 3TQO A; 5APT A; 2G3V A; 1SZI A; 2W6B A; 3V2R A; 3NRH A; 1FTS A; 5T1D B; 1ORJ A; 4H13 B; 4PR9 A; 1Y47 A; 3T97 B; 4Y99 B; 2HFE D; 1GK4 A; 1LWU B; 2K88 A; 1RE3 A; 1A02 F; 1YJG A; 2D2C B; 5L0C A; 3M9B A; 3RYL A; 4UB8 E; 3L1M A; 3M1C B; 2L5G B; 3AE5 C; 3AED C; 3L0I A; 3AE1 C; 3U8V A; 3VP8 A; 3AEA C; 1NBB A; 3H1H D; 1MKM A; 4YXD C; 2OQQ A; 1VYI A; 2B89 A; 1QVF O; 2EPL X; 3B5N B; 3L75 J; 3CCJ P; 3ASN C; 2OCC C; 2E74 D; 4RDA A; 1BCC G; 3VMY A; 3W67 A; 1FAP B; 2K9J A; 5COG A; 3ZQY A; 2Q9C A; 2R7X A; 2L6F A; 2YL1 A; 3TDK A; 1SP4 A; 1LTJ A; 1VF5 C; 2OOC A; 2AWY A; 2FFH A; 4LDQ A; 4MVQ A; 4BPM A; 2GUS A; 2ZT9 B; 1CGO A; 4U3F J; 3UMI A; 2IYP A; 1T3J A; 2H89 C; 3E9V A; 1USE A; 5BU8 B; 3TGU J; 3IFM A; 4U5H A; 2CDQ A; 2J8W A; 3H1H G; 3CCU P; 4PV1 D; 1WOL A; 2WWW A; 3T97 A; 2PX0 A; 3L74 G; 5B1A C; 3P32 A; 2IBF A; 4MW3 A; 4H13 C; 2CGE A; 3SXZ A; 3LLI A; 1FZB A; 5GTH H; 1L4A A; 2Q7R A; 1KYO I; 1VQM P; 3KPH A; 3QTH A; 1LWU C; 1VQN P; 2LK4 A; 1OKK A; 1H0T A; 2D2C C; 4D6T E; 4JC7 A; 2B0H A; 4L74 A; 2M0B A; 2H7H A; 2E5T A; 2FYU J; 3B5N A; 1C03 A; 3B0P A; 2J46 A; 3W2V A; 4PJJ A; 2N1T C; 1S9K E; 3B5N C; 2JWD A; 3FXD A; 2B0J A; 1PV3 A; 1M1K Q; 2XLD A; 3CSK A; 5APV A; 3DE9 A; 4EOT A; 2HZ8 A; 1VK5 A; 3RK2 B; 1AVO B; 1KQF B; 3OJA B; 5CCG A; 3C8V A; 1J2J B; 1FDM A; 2YVK A; 1SQQ D; 3X1O A; 4DRI B; 3A5T A; 1X0T A; 1W2E A; 1U7J A; 5AVU B; 2FAP B; 1LPE A; 1T6Q A; 3CCR P; 4MVR A; 1CI6 A; 1RKE B; 1CGM E; 2W4M A; 2QRX A; 2FY8 A; 1EQ7 A; 1M56 D; 2ZT9 C; 3IPM O; 1SQP D; 1HF9 A; 2JD3 A; 2YNY A; 3H25 A; 3EPV A; 1NTM J; 5JT4 A; 1RF0 A; 4IFM A; 1HTL C; 2IBZ I; 2XRH A; 3PTZ A; 4KT0 J; 2H7V C; 3M06 A; 2Y0C A; 3PRJ A; 3M9H A; 4NPE A; 2WPV B; 2R7U A; 3VRC A; 3VMX A; 1FNT c; 5JRA A; 3L34 A; 4XEK A; 2A06 D; 4PK4 A; 1A7D A; 3DWW A; 2N9B A; 4NPD A; 1OQC A; 5KLV K; 1V4A A; 3L35 A; 2XLE A; 5JUA A; 1C02 A; 2LFF A; 2E74 B; 3KYI A; 3A9C A; 2J9W A; 1OVR A; 1TFK B; 3WUT A; 4GQH A; 3DJN B; 2ITA A; 3PDM P; 3CLQ A; 2NUP B; 4EHP A; 1KD1 Q; 4G7Z F; 1SQV E; 2YL0 A; 1GTW A; 3KXD A; 4ONS A; 3WU2 H; 2M8R A; 2P1A A; 1BGY E; 1O3U A; 3FAJ A; 1MNE A; 2VCA A; 1KFN A; 1UIX A; 1M1J A; 2M5A B; 1ZP0 C; 4G0H A; 4IJJ A; 1NFO A; 3ITF A; 1K73 Q; 1TR2 A; 3II6 A; 3RK2 C; 2OYH B; 2CNW A; 1H6G A; 4NQF A; 1OR3 A; 1AQT A; 3VTP C; 2CK3 H; 4WWI A; 3GG2 A; 3KYQ A; 2WSF J; 1KOR A; 2P7V A; 4PV1 B; 4DZO A; 1FZC A; 2XU6 A; 3L73 D; 5B5E H; 3QW0 A; 1U7M A; 4U7J A; 4AX2 A; 4D6T G; 1GU5 A; 1VB5 A; 1APC A; 4N6C A; 3K7D A; 1QX8 A; 3N0T A; 3D6Y A; 1DOV A; 1P84 H; 3FX0 A; 5APS A; 1I4Z A; 2WPQ A; 3TNU A; 1SFC D; 2KB7 P; 2OJQ A; 3AE3 C; 2FBW C; 4BJ5 A; 3LAY A; 3QMK A; 2P0N A; 3SWF A; 4B6I A; 4C7O B; 1BDJ B; 1NAF A; 4I44 A; 3GEE A; 1NFN A; 4YL0 A; 3M0A A; 2YEV A; 1G1I A; 3RL0 g; 2H7O A; 2K37 A; 4JF7 A; 2GFH A; 4UB6 E; 4FWV A; 5GTI H; 3C1L A; 3D71 A; 2HS5 A; 5CCH C; 4IGG A; 5AVY B; 4U5C E; 3LS1 A; 1Q0F A; 2E74 C; 3HNK A; 4DBR A; 4IOI H; 4N6H A; 5AVR B; 1TFO B; 3EZI A; 1SQV D; 3V5Z A; 1WN0 A; 3U5S A; 5BU5 A; 5KTB A; 3M15 A; 1E86 A; 3M9Q A; 3MUD C; 256B A; 3R7C A; 3EFG A; 4DCK A; 1O87 A; 4HH2 A; 2OEV A; 3IQT A; 3JZ0 A; 4CDA A; 1K04 A; 4AQR D; 1YAR O; 2IZ0 A; 1LT1 A; 4MVZ A; 2R7Q A; 1YJW P; 2OYH C; 4IL6 E; 1X8Y A; 3N2Z B; 1CSB A; 1OCO C; 2VRS A; 3RQG A; 3CME P; 5KLI B; 3HE5 B; 2C03 A; 3ABM C; 2I1K A; 1KIL D; 4L6R A; 1WT6 A; 2QY9 A; 3EHN A; 4U3F E; 4DVY P; 4XE5 B; 3B8E B; 2XND H; 3K1H A; 3VP9 A; 1KFM A; 2KP8 A; 1L0L K; 4JTA B; 4C3E A; 5TJ5 E; 1YIJ P; 1KU2 A; 2IYO A; 3AE8 C; 1SQV G; 1K9M Q; 2K3R A; 5JLI A; 4PD4 E; 2XL8 A; 1BGY G; 4C7O A; 5JVE A; 4OIR F; 4XPY A; 1IC2 A; 3D70 A; 1S2E A; 1S5L H; 4JYB A; 1KTM A; 3K6B A; 1EKY A; 5AW0 B; 3EQL F; 3CPW O; 1FMV A; 1E84 A; 3SEO A; 2CCY A; 1OCC C; 1S7Z A; 3B29 A; 4YL3 A; 3U59 A; 1PP9 J; 3T6B A; 2FYZ A; 3L70 E; 3PCV A; 2FYU E; 2ZXX A; 1NTK E; 3Q1M A; 2ZYA A; 3ZDM A; 2J0W A; 2Z5H A; 1GW3 A; 3A11 A; 3MYI A; 3V5X A; 2NUT B; 2QVA A; 1FDO A; 1BSN A; 3OAK A; 1YIT P; 5L0J A; 2RMZ A; 3Q5P A; 2ZVN B; 2MKV A; 2XLO A; 2MJZ A; 1SQX J; 3G4X A; 2YMY A; 1NTZ K; 3NTN A; 3PLN A; 5DQT A; 4O9B A; 2E87 A; 1D0X A; 2XM0 A; 2HV6 A; 1M56 C; 3HE5 A; 2OG2 A; 2WPS A; 4N3Y B; 4ULW A; 3C8G A; 3CX5 E; 2R7V A; 3T9O A; 1SFC B; 4EDF A; 2R02 A; 1NTM E; 2M64 A; 4EIY A; 2WSS H; 2HV7 A; 2M4E A; 2YO3 A; 2KC3 A; 1H7I A; 2Q3I A; 1W2W A; 2Q9A A; 2R7S A; 1GD2 E; 3NG1 A; 4E0I A; 5TIS H; 4LLE A; 1XWJ A; 2ZVO B; 3L37 A; 4RES B; 2CPS A; 3A0B E; 3L72 D; 5CI9 A; 5E79 H; 2R7O A; 3AE7 C; 5CIV A; 1DD4 A; 1Z23 A; 4GYT A; 1LVK A; 4XPX A; 1JTH A; 2WSE H; 3L70 D; 2H88 C; 4BG0 A; 2HKV A; 3CXH H; 1URQ D; 5L0F A; 3L71 J; 5KYY B; 2LFD A; 1SQB E; 2A0U A; 4U3F G; 4AL0 A; 4I1M A; 2FXM A; 3H1I J; 4MTG A; 3MX3 A; 2OTL P; 2BCC J; 4GOF A; 3UMK A; 2O01 N; 1KIL B; 1OVU A; 2KK1 A; 3VAY A; 1RKC A; 3TD7 A; 2VCC A; 2WSC H; 3T6J A; 2H43 A; 4HEA J; 4J30 B; 1SFC A; 3USS A; 2W4B A; 4UB8 H; 1SMY F; 4BJT A; 4G7O F; 1YZA A; 5CI8 A; 1H8A A; 3TUL A; 4K7B A; 3CEX A; 1FAV A; 3AG2 C; 2Y9Y A; 1IO4 A; 1J1D B; 1HGV A; 3IQ6 A; 4U5E E; 3TOL A; 2YLG A; 3SWY A; 5KKZ C; 4NC3 A; 3L70 G; 2FYU G; 3JCU E; 1NTK G; 3BAS A; 4JKV A; 2HG5 D; 3US6 A; 1SQP J; 4G78 A; 2RKL A; 1KC8 Q; 5H2F E; 1NAY A; 5D91 A; 2YXR B; 2ZJS E; 3A7O A; 3E1R A; 1W2B O; 1OVV A; 3Q6M A; 1NGM B; 1RJ9 B; 2H7B A; 2IYL D; 1Q7Y Q; 4U9D A; 3LUT B; 1D7M A; 2R3C A; 1ZW3 A; 1SYQ A; 2AWC A; 1JAF A; 1YA9 A; 1QGK B; 1L4A D; 1FZE A; 2J0X A; 2KI7 B; 2HSQ A; 1LTT C; 1D0Z A; 1P84 D; 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