The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
129
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structure length |
88
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Chain Sequence |
SFTFASPTQVFFNQVDVPTLRPGLVVVFVSSGSQLLAEEAVTLDMLDLGAAKANLEKAQSELLGAADEATRAEIQIRIEANEALVKAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Ground State Structure of F1-ATPase from Bovine Heart Mitochondria at 1.9 A Resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA HEART ISOFORM
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| total genus |
11
|
| structure length |
88
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| sequence length |
129
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-01-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| H | PF02823 | ATP-synt_DE_N | ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces | ATP synthase delta/epsilon subunit, C-terminal domain | ||
| Alpha Beta | Roll | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, | Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2W6J H; 4TLF A; 2E5Y A; 2QE7 H; 2V7Q H; 4YXW H; 1BSN A; 1E79 H; 3PJS K; 1JEK A; 1BSH A; 3USS A; 2CK3 H; 2XND H; 1FS0 E; 3EFF K; 1AQT A; 4DJG A; 2WSS H; 4QMA A; 2E5T A; 1IFP A; 2JDI H; 4WVZ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2XKM A; 1GOU A; 2PRR A; 2UX0 A; 2XR8 B; 4OGQ D; 1SQV D; 4ORL A; 2N1T A; 5AII A; 2FYN C; 1S72 3; 1RE3 A; 3E1I A; 1YQ3 C; 4U3F E; 4YPC A; 4J5K A; 1ZLL A; 4WVZ A; 1YGW A; 1KQS 2; 3EN8 A; 3H1K J; 1KZU B; 1M1J A; 1SQV G; 1ROA A; 1NVO A; 3L72 E; 2E5Y A; 4HKZ H; 1T3B A; 2RBI A; 3MUD C; 4BL2 A; 3BB9 A; 2D42 A; 2OYI C; 1KYO I; 5KKZ C; 3IR9 A; 1VQK 3; 2BAS A; 3SWK A; 2OWP A; 4C7N B; 2CG1 A; 1VL2 A; 1YHQ P; 2YXQ B; 1S5L X; 2GEX A; 4PJ0 H; 3HD7 B; 1HKX A; 3X40 A; 4LYL B; 1GK4 A; 1M9G A; 1YJ9 3; 1BRJ A; 2KI7 B; 1A2P A; 1SFC D; 3PJS K; 2B24 B; 2HFE D; 3G4S P; 4CPK A; 1L0N D; 4J5G A; 3G0K A; 2KF5 A; 3H25 A; 1J1D C; 1FOS E; 1YHQ 3; 1YIJ P; 3DUK A; 3AE1 C; 1Q9E A; 3TGU E; 2Z6B A; 2LR2 A; 4GDO A; 1HYF A; 4OWF A; 3MPH A; 1G2C B; 2OQQ A; 2ZYA A; 1FZG A; 1HZ1 A; 4HVN A; 3EX9 A; 1RF0 C; 4OGQ B; 1PFI A; 1LP1 A; 3QK9 A; 2JJL A; 3CC2 P; 1L0N G; 2Z5H A; 3GHG B; 3N54 B; 4PJ0 E; 1Q82 Q; 2KAA A; 2W03 A; 3CWB J; 2Q7C A; 4WY4 B; 2BHM A; 1RN1 A; 3LTA A; 1EEJ A; 5ELU A; 2HMO B; 2N1T D; 3JUP A; 2FXO A; 2CFK A; 2OCT A; 1DET A; 3CLQ A; 1ASK A; 2Y9Z A; 2QA4 3; 1LWU C; 4HKV B; 5L8R J; 2BCC E; 1JBR A; 1YVB I; 5KP1 A; 2KF3 A; 1UGI A; 1OF5 A; 3FWN A; 3PGB A; 4MMZ B; 1R4C A; 3L75 D; 1BNI A; 1VQP P; 5B66 H; 1BGY E; 3OWY A; 3MP7 B; 5KLI B; 2W9P A; 3CL3 D; 1YTZ T; 2Z4E A; 1ULI B; 5GTI H; 2W0Q A; 4EDF A; 3T97 B; 3BND A; 1OPY A; 2K9Y A; 4NPE A; 5AVR B; 1S2E A; 3KKG A; 2N9B A; 1FZC B; 1JBS A; 3L75 G; 1KD1 Q; 7GSP A; 1LT9 B; 4W7Z A; 3B4O A; 5G1L A; 2KOG A; 1YTZ I; 5E79 H; 3VMY A; 5JPU A; 3ECF A; 1L4A A; 1JKG B; 1LTS C; 1QJG A; 4K61 A; 1L2P A; 1K9M 4; 3EJV A; 4H44 B; 2E43 A; 2F99 A; 5CF1 A; 2XGN A; 1SLQ A; 2W04 A; 1OHP A; 3Q3D A; 1I3I A; 3WUU A; 1BCC J; 1MFT A; 5B66 E; 1TU5 A; 2KSE A; 2R5B A; 1QVG 2; 1LJ2 A; 3TDK A; 1VQN 3; 1RJO A; 4GB5 A; 1ZO2 A; 3H51 A; 4L8P A; 1JM0 A; 1YBK A; 3EQQ B; 3SFD C; 2N1T B; 5GTI E; 1AQZ A; 1UUG B; 1V57 A; 2HMM B; 3CCM P; 3OA7 A; 1GU4 A; 2BNG A; 3D5G A; 2P58 A; 3GAX A; 1P84 H; 1NKZ B; 3KCH A; 2WQY C; 1RTU A; 4GL6 A; 2E75 D; 3JUO A; 1FZU A; 5E79 E; 3CPW O; 3H1L J; 1W6G A; 1DVD A; 2LQV A; 2B87 A; 1QVF 2; 1M1J B; 1AFO A; 5EFW B; 1H89 A; 4XM4 A; 3D71 A; 4XB5 A; 1B2S A; 1HF9 A; 2G8Y A; 1MV8 A; 2QJY C; 1Q81 Q; 4WHA A; 1N86 A; 2NZ2 A; 1VQ6 P; 2XDJ A; 3CCE P; 2CFD A; 1LNH A; 4U3F D; 1OHS A; 1UI7 A; 3I55 3; 3RDE A; 2Q6Q A; 1VF5 D; 1NU1 K; 4LZI A; 2QRX A; 1KQG B; 1FYS A; 1VQO 3; 1NTM G; 1IK9 A; 1PPJ E; 5DJU B; 3OAK A; 3L72 D; 2KZJ A; 3BLZ A; 1KOR A; 2KP8 A; 1P84 E; 1M1K 4; 3UL6 A; 5APX A; 5HOH A; 4U3F G; 2KRT A; 2QJP C; 4WYK A; 2A15 A; 4XBY A; 4XDV A; 3G6E P; 1PP9 E; 3AED C; 3G3Z A; 1IVU A; 1LOX A; 1X1W A; 3SWY A; 3RK2 B; 4DJG A; 1Q86 Q; 3AMO A; 3L72 G; 2QEX P; 1Q7H A; 1TIJ A; 1OVV A; 1MNL A; 2WIT A; 5CCG A; 1HVV A; 3GZX B; 1RGK A; 1LP1 B; 4OVN F; 2YFI B; 3S28 A; 1RNB A; 1I8V A; 4YXW H; 1BSN A; 2E2T A; 3EB8 A; 2YXR B; 1IT8 A; 2Y73 A; 1KB9 I; 5AW8 B; 1Q7Y Q; 4ASV A; 5TIS H; 3EF8 A; 2E75 B; 3WA3 A; 4D6T J; 2JWD A; 4MMY B; 4OUQ A; 3CXC 2; 3FGY A; 3U1A A; 4ZNC A; 1FJK A; 1OWA A; 1SQV J; 4UB8 H; 4AKY A; 4LGD E; 2KYV A; 5CXO A; 2FFD C; 1RF1 A; 3O8Z A; 1OF5 B; 3BNC A; 5M19 A; 3BVH A; 2FYU K; 1BSD A; 1SII A; 1E3V A; 1OHO A; 3TK1 A; 1OH0 A; 4ZM8 A; 2GM4 A; 1N9J A; 2ML5 A; 3CX5 H; 5IG4 A; 1VF5 B; 3BCC J; 1VQ8 3; 4Y99 C; 5GTH H; 2XF3 A; 2OTJ P; 1HU9 A; 4R4M A; 1LTA C; 4AKZ A; 4DZO A; 4IFD K; 3W67 A; 1J2B A; 1GL2 C; 1EZV I; 2Y9Y A; 4FCM A; 5IW9 A; 1WQL B; 2A45 I; 3UIA A; 2MF7 A; 5TIS E; 1OUN A; 1RH5 B; 3L73 E; 2WGO A; 5AW6 B; 4ZKP A; 1NWW A; 2WOH A; 1SAR A; 2K0M A; 2MKV A; 4XA4 A; 2WGQ A; 2QG4 A; 1SQQ K; 3GF3 A; 3QH9 A; 2KF6 A; 3B5N B; 1YJN P; 1BGY D; 1URQ A; 5HGR A; 4UB8 E; 1L4A B; 2WPR A; 1T2H A; 4ASW A; 1JRQ A; 1KQS O; 1RRL A; 2WWW A; 4ZMD A; 1L0L D; 1ZXG A; 3VP8 A; 1GSP A; 3CX5 E; 3JSV C; 4N3Y B; 3CCS P; 2NPS A; 4RNY A; 3CC4 P; 5GTH E; 4R9K A; 4JRF A; 1YIT 3; 2FYZ A; 4L8O A; 1BGY G; 2QJK C; 4C46 A; 3F40 A; 4DOJ A; 1BDC A; 5APW A; 1O7H B; 1L0L G; 1AA0 A; 1Y47 A; 4EOT A; 4ILF A; 4EXR A; 5APY A; 3CCS 3; 2BO9 B; 3PH0 A; 4WP5 A; 3WHO A; 1RSN A; 3DM8 A; 1O7M B; 3X3X A; 1KFM A; 2B87 B; 3MZW B; 1VQ7 P; 5AVZ B; 3X42 A; 3EHC A; 4GOF A; 2RCD A; 3Q1M A; 2PNC A; 1W00 A; 2RSX A; 4K1U A; 4N6J A; 2CPS A; 3H1H E; 2HMJ B; 3CU3 A; 1A02 J; 1MWR A; 2GA1 A; 4HZB B; 1NWQ A; 2C4B A; 3L75 J; 3V2N A; 3HI7 A; 1SQW A; 3PCR A; 2SAR A; 1M90 Q; 1N7S C; 2E5T A; 5DRE A; 1BNG A; 3WA2 X; 4J9A A; 1BOX A; 1W02 A; 3JCU H; 2R4I A; 1RRH A; 4HM1 B; 2GSP A; 2WSC J; 1B2X A; 4JF8 A; 3CMA P; 4WYK B; 2RFR A; 5CBO A; 3V98 A; 4L73 A; 1BRK A; 2I8D A; 4HH2 A; 3G71 3; 3HUS C; 1URQ D; 2D2C D; 2GXF A; 1EQK A; 3RL0 B; 1SP4 A; 4MEI A; 2IUJ A; 4HM5 B; 3AMO B; 1PPJ D; 3VF1 A; 1EDI A; 3ITK A; 3K5B A; 1OX3 A; 2WSS H; 1PFP A; 3VMA A; 3PP5 A; 1P84 D; 1NAF A; 1ZR4 A; 4IPB A; 2GBX B; 2WPV B; 3M0A A; 1G1J A; 2P05 A; 5EVH A; 2CG0 A; 1LTJ C; 2NPS D; 2W2C A; 3NM7 A; 2WT7 A; 1B2Z A; 2IUK A; 1RCK A; 3H1I E; 3URP A; 2K54 A; 4LC1 A; 3V4Q A; 1GMQ A; 4IFF A; 4TX4 A; 1N7S D; 3LW5 J; 2FY8 A; 3AE6 C; 4H13 D; 1T2I A; 3E7K A; 1N73 A; 1PPJ G; 3JCU E; 1H0T A; 1RQU A; 1JB0 J; 3Q5S A; 2YFL B; 3L70 E; 1RF1 B; 2R41 A; 1W2B 2; 5KTB A; 1E3R A; 2BU4 A; 4EC6 A; 3M0D C; 1YI2 3; 3GMA A; 1A67 A; 1Q90 D; 4GOE A; 1LOY A; 1QLE D; 1DEE G; 1ZOY C; 2CK3 H; 2J5U A; 1OMI A; 1BUJ A; 1CQS A; 1KC8 4; 4HM3 B; 3D70 A; 2H7H A; 1NTM J; 1NTZ J; 2E76 C; 3M9H A; 3A3Y B; 3A0B H; 3WR2 A; 4H0L B; 4PD4 H; 1AQ5 A; 2PZV A; 4N6O B; 1A2K A; 2AXT H; 1K8A Q; 3FWL A; 2KCD A; 1YYC A; 5AVT B; 3F5H A; 4KHX A; 5BU5 A; 1CYU A; 3SLU A; 1RGF A; 3OXA A; 3GW6 A; 3VSY A; 5AYS C; 1GY5 A; 1ZGX A; 1A90 A; 1BE3 J; 2C0W A; 4RJT A; 3RBX A; 3Q90 A; 1FZA A; 1IU7 A; 3OW2 2; 2E74 C; 3NBB A; 2WSF J; 2D2C B; 1SPU A; 1NJI Q; 4KFF A; 3EBY A; 1SFC A; 5G1K A; 1GW3 A; 2KSJ A; 3TF5 A; 4KVH A; 1HWT C; 3OV4 A; 3WDG B; 2AEF A; 1KSI A; 2D1W A; 2HMK B; 1PGO A; 3AGO A; 2K1A A; 2PFX A; 4W80 A; 1KFN A; 3L73 D; 1FDM A; 3D4A A; 5APV A; 1W01 A; 5D83 A; 4HJG H; 2NPS B; 3MUD A; 1GD4 A; 1V74 A; 2OYI A; 2CC3 A; 4O8S A; 1S72 P; 3CD6 3; 4RZM A; 4H13 B; 3A0B E; 4IL6 H; 3HX8 A; 4PD4 E; 3MGN A; 4BTX A; 1N5H A; 2AXT E; 1NB5 I; 2V7Q J; 4FMC A; 4WY4 C; 1KV4 A; 1JOC A; 5IER A; 3L73 G; 1S9K E; 3S5C A; 2LXC B; 3KII A; 4LSO A; 1N8R 4; 3L4F A; 3LYG A; 1M8O B; 2R32 A; 3BRT B; 3DZL A; 1T2K D; 4HZ9 B; 1VQK P; 2P10 A; 4N6T A; 3TSI A; 1LTI C; 1B2M A; 3SOA A; 4IL6 X; 3Q5P A; 1IV7 A; 2HOH A; 4AUW A; 2IA7 A; 2I1K A; 5TGN A; 3FXE A; 3IFM A; 1A2V A; 1YJ9 P; 4STD A; 3BIR A; 1RF0 A; 5DJT B; 2FGT A; 3V92 A; 4IL6 E; 3CCQ 3; 1NNV A; 4I2L C; 1F8N A; 3M06 A; 2STD A; 3KZT A; 2K3R A; 1NU1 D; 2RH0 A; 1ZS7 A; 4BU4 A; 3WMM 0; 2K3D A; 2MC8 A; 1SQB J; 3AE8 C; 1X1X A; 3DMC A; 2ZL8 A; 3MG2 A; 1STD A; 3OJA B; 1OGZ A; 3P8C E; 3KHU A; 1LWU A; 2O1K A; 3H1H D; 2AXC A; 2B1X B; 1OAC A; 1TU3 F; 2O01 H; 3B8E B; 3CCJ 3; 1TRP A; 3JC2 2; 3H32 A; 1NU1 G; 1JO5 A; 3LID A; 5H2F H; 1NYH A; 5M1A A; 5RNT A; 3MG1 A; 2MJZ A; 7RNT A; 2WT7 B; 2IYO A; 2YO3 A; 4PV1 C; 1IJD B; 4N78 D; 1CI6 A; 1L0L J; 3H1H G; 2QSI A; 1NOH A; 4I7Z C; 1N73 B; 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1OCV A; 2OTL 3; 5IF6 A; 2XZR A; 4QMA A; 1IC2 A; 3CWB E; 1WMN A; 2Q3E A; 1GOY A; 2ZXX A; 3BNB A; 3P7K A; 2NRG A; 3LZA A; 4KFD A; 3LT9 A; 2FXM A; 1KD1 4; 1IK7 A; 1J1D B; 2ZT9 C; 4HJL B; 3Q3F A; 5JBS A; 4KJM A; 5AW0 B; 2CWT A; 1FUS A; 3I55 P; 3FLJ A; 5KP3 A; 3FXD A; 2KLU A; 1RN7 A; 2WOF A; 4XDW A; 3SVA A; 2YKO A; 1S9K D; 4R80 A; 1VQO P; 3JUN A; 1OW8 A; 1T3J A; 4YTP C; 4LLH A; 3CXH E; 3Q2P A; 5ELJ A; 3WOF B; 2CFW A; 3V2Q A; 1IT7 A; 1FJP A; 2LKM A; 1VQ9 3; 1JMB A; 1OW6 A; 1HGV A; 4XFJ A; 3NX0 A; 1LGH B; 3UJM A; 1BSA A; 5CCH C; 2L4V A; 4J8T A; 1QX8 A; 3B5N C; 1PYL A; 3RK3 E; 2ZT9 D; 1IQX A; 1LWU B; 5G2G A; 1ROV A; 1SQX J; 2YX9 A; 1KQL A; 1H88 A; 2FFD A; 8RNT A; 2GEY A; 3H32 B; 4K35 A; 3WOE B; 1C54 A; 2OAR A; 3KDP B; 3C8V A; 1Q81 4; 1AJY A; 2XV5 A; 4FMB A; 3CCL 3; 2Y0C A; 3MHV A; 1U57 A; 1PL5 A; 3SYU A; 1BCC E; 1P84 I; 1YJW 3; 1GL2 A; 1CI6 B; 3U1W A; 3P8C D; 1SQP J; 3B4S A; 1MWU A; 1A02 F; 2YKQ A; 1WT6 A; 2SPZ A; 4FCJ A; 2L91 A; 2XFS A; 2M8R A; 3B7C A; 4U13 A; 1NTK K; 1IZN B; 3AE3 C; 3OW2 O; 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