4LA1A

Crystal structure of sjtgr (thioredoxin glutathione reductase from schistosoma japonicumi)complex with fad
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
586
structure length
586
Chain Sequence
SQWLQRTIESAAVIVFSKTTCPFCKKLKDVLAEAKIKHATIELDQLSNGSVIQKALSNFSKIETVPQMFVRGKFIGDSKAVLNYHNNNQLQAIVNENKYDYDLIIIGGGSGGLAAGKEAAKYGAKIAVLDYVEPTPMGTTWGLGGTCVNVGCIPKKLMHQAGLLSHSLEDAQHFGWSLDKSEISHDWSTMVEGVQSHIGSLNWGYKVSLRDNAVTYLNARGMLLSPHEVQITEKNKKVSTITGNKIILATGERPKYPEIPGAIEYGITSDDLFSLPYFPGKTLVVGASYVALKCAGFLASLGGDVTVMVRSILLRGFDQQMAEKVGDYMENHGVKFAKLCVPDEITQLKPVDTENNKPGLLLVKGHYTDGKKFEEEFETVIFAVGREPQLSKLNCEAVGVKLDKNGRVVCSDDEQTTVSNIYAIGDINAGKPQLTPVAIHAGRYLARRLFAGATELTDYSNVATTVFTPLEYGACGLSEEDAIEKYGDNDIEVYHSHFKPLEWTVAHREDNVCYMKLVCRISDNMRVLGLHVLGPNAGEITQGYAVAIKMGATKEDFDRTIGIHPTCSETFTTLHVTKRSGGSAAV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of SjTGR complex with FAD
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Schistosoma japonicum
molecule keywords Thioredoxin glutathione reductase
total genus 197
structure length 586
sequence length 586
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.6.4.5: Transferred entry: 1.8.1.9.
pdb deposition date 2013-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
A PF02852 Pyr_redox_dim Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain
A PF07992 Pyr_redox_2 Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.390.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Enolase-like; domain 1 Enolase-like; domain 1 4la1A04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4la1A01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4la1A02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4la1A03
4IQAA 3GD4A 2WU2A 3EPTA 2JU5A 4TXVA 3RP7A 1VF3A 3IRAA 2VVLG 1HNBA 3TCOA 4NHWA 2YG5A 4A99A 4ZB9A 5HFKA 1KFYA 3WYWA 4CHSA 1U3IA 2C0EA 2DJKA 2RGJA 2FUG2 3RP8A 1TK0B 2R4VA 1PL2A 3RHCA 2REMA 3FR3A 5DJMA 4JNQA 3LYKA 1ML6A 1WRYA 3GUSA 3UTGA 3C1SA 1SYRA 1OJTA 2YLWA 3UVTA 4X0XA 2ZZBA 4EQRA 2G0FA 4YKGA 3UKAA 1CJ3A 1GSUA 4OVIA 1GRTA 2NVLA 5KOWA 2YR6A 1ZDLA 1EZKA 3H79A 4PQIA 1F37A 1E39A 1XIYA 2HFDA 5LD0A 1OJ9A 4TLXA 4B69A 3ZTLA 1EGOA 2KOKA 2E5VA 1ZL9A 4HU9A 3VURA 2GH5A 5U1OA 3AEGA 2LQQA 1XW5A 1O95A 3VWXA 3DGHA 2R46A 5D9WA 2CAIA 2VVMA 2EIQA 4HUAA 4M52A 4POLA 1H86A 4MMMA 2IVEA 2XVIA 5IMZA 3WT2A 5C3JA 2WP5A 1RP0A 3F8PA 3K7QX 5KVIA 1EGRA 3F8UA 3BHFA 3QFAA 2DIZA 3BNUA 4GQCA 1U88A 1GH2A 1H75A 2EQ6A 3D22A 3UCLA 2H70A 3M0OA 3TKRA 1GRXA 2J3NA 3H8QA 1E7PA 3AYJA 4YKFA 3TGZA 3MNGA 1H7WA 4N10A 1YDKA 1H81A 4Z2TA 5JWQB 1PBBA 1AOGA 4I5QA 4RQRA 3ATRA 1XDIA 2PYXA 2YM2A 1GSSA 4MJWA 1TYTA 3SWLA 3CBUA 2XHFA 3I69A 5AIXA 1E6EA 2XBQA 1TDNA 3VI5A 4C74A 2YLTA 4XXGA 3F4SA 4ECIA 4U8NA 2QCUA 2I1UA 3KP8A 3WGDA 1Z6NA 2LSTA 1PSQA 5JWRB 2VZ2A 1SJZA 3QAVA 1R26A 3F3RA 2YWNA 4PUFC 2BJXA 3P8WA 4OFNA 5ECMB 4UP3A 2ZZCA 2QA1A 4XTSA 2L4CA 4XIHA 3LSZA 1JNRA 3LEFA 1BJXA 5HHFA 5DBJA 1G6WA 4ZL9A 3UOYA 4AJ6A 3F63A 2B5YA 2JBVA 1VRSD 3VWWA 4MF6A 5J41A 1CBOA 1H84A 1XBSA 2GDRA 3GSIA 1CF3A 4GXZA 1JU2A 3KMOA 1GV4A 1B4QA 4BL7A 2DMMA 4HJ2A 3LADA 3RBTA 3M12A 5HXIA 5F8BA 3GSSA 2WDUA 4OCGA 1TOFA 5IO0A 2C66A 1X5CA 4NWYA 4KE3A 5CNWA 1THOA 4B1BA 2KP2A 4V1Ag 4C5OA 4H7UA 3VPQA 3LGCA 5AIVA 3QJ4A 4L5OA 2GV8A 4EQWA 1XWAA 5HYMA 1B48A 2XVEA 4TM1A 2CFYA 4IQ1A 2YZUA 2ES7A 1XWCA 1TRVA 4UDQA 3RHAA 3GKKA 1TU7A 3GN3A 1WE0A 1W4XA 4IELA 1KF6A 5INYA 4BK3A 2C67A 1SJIA 2GF3A 4YSHA 1WJKA 1Q1RA 4OFTA 1TU8A 4EC0A 3US3A 5ABRA 2C8UA 3TRQA 1Z3EA 4ZB6A 3NTDA 3GH6A 3FR9A 4YT0A 5CRHA 4PGTA 2XLPA 2AUVA 1TDIA 2JKCA 1ZOVA 4Z7XA 3DWVA 4IA5A 3TJKA 3HZ8A 5KXJA 4NTDA 4P9SA 2H6XA 5DDLA 3I3LA 1PJ5A 1R5AA 5GSNA 4NPBA 3AE5A 3BCIA 4ML1A 3K30A 2AJQB 3QFBC 3NK0X 2OBIA 3Q18A 4MH3A 3KTBA 1K0LA 1GRFA 4GF0A 5HFGA 2GSQA 1ELIA 1TJDA 4JQ9A 3CGCA 3A2WA 3P4QA 4JNAA 1CQGA 2VD1A 4FYUA 4HOJA 2DMLA 4LMWA 3V3NA 5FWGA 4K5RA 1GNWA 2B9WA 2BYBA 4LL1B 3K7MX 5IO2A 3IC9A 4U2TA 1PHHA 1RYIA 3EINA 5EB5A 1TTZA 2B3SA 2J9HA 2C80A 2BCGG 3K7TA 1GALA 4OO4A 1NG3A 2E0QA 5JCWA 1IUSA 3UBKA 4J34A 4KDYA 3ZMKA 3KMNA 3S5WA 2CVBA 4B67A 3ERFA 2PERA 3EMPA 1YY5A 4MCUA 1U3AA 2R0CA 4FO5A 2L57A 1GRGA 1TXXA 3AE6A 3HJOA 1FL2A 1M0UA 1A0FA 1DJQA 3AYLA 2R6KA 1NHRA 3KEBA 2C1YA 2RABA 4TLZA 1FB6A 3ZVJD 2YWLA 4K0GA 3DIEA 1VG9A 3LXDA 2Y6RA 4MJAA 3ZFLA 1QO8A 4B64A 2XLSA 1PKZA 4C3XA 2C64A 2B76A 5EL8A 3APQA 2WDRA 1B9XC 4HU7A 1EL9A 5ELAA 1MD4A 3UTHA 4H4QA 5KN1A 1AIUA 1K0CA 2DBCA 3BBYA 1OJDA 3AEDA 3UOZA 3HVSA 4D73B 5ECSA 3D4MA 3HZLA 2KHPA 2RM5A 3L9SA 2X3NA 3DD3A 2WDVA 3R2QA 3QFBA 4J56E 2EC4A 2YLZA 2L4QA 2K8SA 2L59A 5J9CA 4ZN0A 1DE1A 1RSGA 1U6TA 3FEUA 4TVEA 2LJAA 4HS1A 1EBDA 3UKQA 4ECJA 5LNKe 1XOBA 1GEUA 1NHQA 3GDNA 2V32A 4IW9A 1TDFA 4HZ2A 1SU9A 3DGZA 2XYOA 3OZ2A 3QPMA 4BA7A 2H1GA 4MJEA 2E2GA 2O89A 3VLNA 3LZXA 5EOWA 2FGXA 4L0UA 2PVQA 3E3EA 1Z7RA 3UJ1A 5DQYA 3DMEA 1PXCA 2B9YA 3CNTA 3GKXA 1XFLA 4XS1A 2C70A 2V61A 3GRSA 4AP3A 3IOSA 3AYIA 5L71A 4BV6A 1YQ1A 4OMVA 1NHPA 1B4PA 4PNGA 3IE3A 5DCGA 4J57A 3ED3A 3K8NA 3B3RA 1B5QA 3Q6JA 2P31A 5D9XA 4Q5NA 3HY2A 3UOVA 2H0IA 3HKRA 2JSZA 1TDOA 4H4VA 4H2RA 2NDOA 4POKA 1V40A 1T4YA 2VCZA 3CPHG 4PABA 2CT6A 2XFNA 1EP7A 5COHA 1THXA 3ZYXA 1OC8A 3UKFA 3EC3A 2YVGA 5JCIA 1EOGA 2LNSA 4MA9A 4AP1A 3LORA 3UMAA 2I0ZA 1GP1A 1JNZA 2AR8A 3IDVA 4K7NA 1EEJA 2C3DA 2NPBA 3ABVA 1IJHA 3HZ4A 1GTEA 1BX9A 4A9WA 4IGJA 4YTMA 5KRQA 5J60A 2FJBA 4V2MA 4D73A 3HA9A 1DJNA 2YG3A 1N1PA 3M9JA 2CV4A 3VRDB 4YSXA 4JEDA 2DJJA 5G5FA 1XXUA 5HQPA 4EQSA 4MDCA 2H19A 1PN9A 4RI7A 3CPJG 5DJLA 2X50A 4JZQA 4MF7A 2OA7A 2AQJA 1XHCA 1A2LA 4POBA 3ATQA 4U8MA 5IMDA 3PGTA 2CZ2A 1GSFA 1SL0B 4H2NA 1R4WA 2BCPA 3AE9A 2PPTA 2C7GA 4EE0A 2BXSA 4GQFA 2BXRA 4H4WA 2I9HA 4ILFA 3G9BA 3VPTA 4MF5A 4Q5RA 1CC4A 1K0JA 3B6DA 1QJDA 2YR4A 4OO5A 4AT2A 2FCHA 2J23A 3NIXA 3DK4A 2B5XA 3QSEA 2BS2A 4H4UA 3L78A 5IPHA 1UA5A 2XPDA 2IFQB 16GSA 1TRWA 2QA2A 3IAS2 1FG4A 3FYGA 2XLUA 1PD21 2OLOA 2YVJA 4E0VA 1AW9A 4JRRA 1N4WA 1HNAA 2APGA 1JRYA 3BD2A 4ZB8A 1XPVA 4EO3A 1PQNA 1XANA 3GURA 4U8LA 1OAZA 4GSSA 4MZWA 2YAUA 1YQZA 4MZCA 1F2EA 1WWJA 4J31A 1K4QA 2VRMA 1ABAA 1Y6EA 2B7KA 3ISOA 5CREA 2C0FA 4ISDA 1F8WA 4H50A 1GSQA 1MTCA 2Q0LA 1WIKA 2NTOA 2GZPA 5BUKA 2R4JA 2LKUA 1EEMA 2YR5A 1GSDA 4EKZA 3S61A 4JY3A 3EURA 1ZMDA 1U87A 4BPYA 1RW1A 3IWAA 2H76A 2QAEA 1EV4A 3V1WA 1OJAA 2V5ZA 5BULA 4K7IA 3BJ5A 3W8JA 4F03A 4ZXGA 2CZ3A 4C3YA 4NEWA 3L0HA 5H5RA 4JN9A 1M9BA 4O5RA 3GTUB 3WGEA 1OKDA 4QL7A 3F9UA 2VL3A 1T1VA 2VAFA 2H74A 3NYCA 1ZMCA 1JOAA 5G1KA 2LEGA 4CNJA 2X99A 4TR0A 3ZLPA 2C0GA 3ALLA 3IHMA 3IK9A 3CNPA 1H7XA 3Q9TA 2EIRA 2N5BA 4MJBA 4IVFA 1FHEA 5HY5A 4MPGA 2XCGA 3SQPA 3CPIG 1GPEA 1PDHA 3QCPA 3QOUA 1W89A 1VF4A 1Y0PA 3DKSA 5G31A 13GSA 4I2TA 4ID0A 3ZITA 4X9NA 2H8LA 1JZOA 1G0TA 2IFQA 2HSHA 1Y56B 3CTYA 2JZTA 2R0GA 2H73A 1HQOA 5IQYA 1DNCA 6GSVA 2LTKA 2BC1A 4KAEA 2C65A 2TRCP 4I58A 4XS6A 1PBDA 4RQXA 4MJCA 1GLPA 3ADAB 4H2QA 1S3AA 4OD7A 2B1LA 2FA8A 5IQ1A 3GIXA 4KSMA 4HQSA 4TR4A 1PX6A 1M2DA 1ZZYA 2QKEA 4RUVA 3GYKA 4J36A 2GTUA 4OCEA 1GTIA 3ME8A 4O7HA 4BWQA 4ZCCA 3MSZA 5H5QA 2WULA 1K3YA 1PBCA 5KEJA 12GSA 4K8DA 4USQA 2WJUA 2OJLA 1ERTA 3KD9A 2C75A 3AE4A 4EL1A 2LRNA 5A4VA 1UKVG 5ECHB 4ZL7A 1ERWA 4MK3A 3LOVA 2GVCA 4GLTA 2WCIA 3ICSA 1S2QA 1GSYA 3T37A 3GTUA 2HRFA 4G2EA 2GVPA 4IKHA 4K9ZA 5BRTA 2HRNA 3ZVJA 3ICRA 4HDEA 3D0ZA 4X43A 5E4WA 2M72A 2YJ7A 3DJJA 5CYYA 5L46A 2HE3A 5F0GA 2WOVA 3C73A 2F8FA 2B6MA 3LFLA 3NT6A 3GMBA 2VCTA 3DH9A 2H6ZA 4KSOA 5JCGA 4OPCA 2YG6A 3KA7A 4GUVA 3G5QA 5GRTA 1XW6A 3C7MA 3NZNA 4YXDA 5KOXA 3ZIJA 4H4YA 4NHZA 2YLXA 1L9CA 1ON4A 4CRTA 4H4PA 2RGHA 4AOSA 1A2JA 3OC4A 3UBLA 1FCDA 1LV0A 2WQYA 1FEBA 4OPIA 2YG4A 2H0HA 3UOXA 3FZ5A 2IVDA 3MWHA 1DUGA 4HB9A 3QD9A 2ZNMA 4LMVA 4BK2A 1ZMAA 2YWOA 1TRBA 3LZWA 2X8HA 3U5RE 3FY7A 4H4ZA 2O85A 3C8EA 1O85A 5B8AA 5DQSA 1A0RP 4FDCB 3QR6A 3EE2A 3UARA 5LV9A 1C72A 4Z43A 4DSQA 1PA3A 1JHBA 4OFMA 4MP4A 2GAHB 5JCLA 1XOAA 1KNGA 4OPDA 4YAVA 3D21A 3FIMB 3NK2X 1JLWA 2IL3A 2VM2A 1SKRB 3IXRA 3NLCA 1EL5A 4MABA 1NDAA 2ZZ0A 4BWSA 1LJ1A 3ERGA 2LJRA 3C96A 4FH8A 2PGTA 4YTNA 4BURA 3P7XA 6GSUA 2V6KA 5CO3A 3C71A 2ARDA 1GTBA 2HSYA 1BZLA 2HZFA 4HZ4A 4KA0A 4N0VA 4E8EA 6GSWA 3GD3A 4RI6A 2DIYA 3FZ9A 1O81A 1W4VA 5B6MA 3CNDA 1PBEA 4NAXA 2F3MA 3N5OA 3AEEA 1XPQA 1DBYA 5U25A 4IP6A 3LXTA 4TR3A 1JZRA 1ERUA 4F2IA 1DSBA 1B8XA 1KNRA 4EM3A 3TKSE 2HQMA 2YV7A 5EPFA 4RSLA 1GNEA 1FECA 5C04A 3FZAA 1PXAA 4CDOA 2GZYA 3KXOA 11GSA 3AD8B 1BKWA 1ZGNA 2IMIA 2CVJA 2WP9A 4OCFA 4TM3A 22GSA 4FK1C 1L9EA 5F05A 4E8HA 3HJPA 5HR3A 17GSA 2V1MA 4GWRA 4TW5A 1TK5B 3DYRA 1HNCA 5ID2B 1K0MA 1SK0A 5G30A 4X4JA 3KU9A 2JK6A 4EUYA 2GR2A 1PJ6A 3GKMA 3REDA 3TUEA 4MH2A 3M1GA 4L0WA 3IHGA 3KKJA 4ICYA 3FW2A 1B9YC 2RIIA 1N4VA 4BVXA 2MZCA 2AB6A 2JB2A 5CQFA 1BF3A 3HCZA 5JCMA 3NTAA 2FY6A 3UKLA 5FT3A 4WR4A 2C76A 3AEFA 1QUWA 4O32A 4DSSB 1F6MC 1NSWA 2UZZA 5KN0A 1TKDB 2Q6UA 4ZL8A 2HXKA 2YPMA 1OC9B 1A8YA 2JZSA 1OYJA 4F82A 2R45A 1SKWB 3HYPA 5A4UA 2VCXA 3WGXA 4K2XA 1YJ6A 2C4JA 1TK8B 1F9MA 2WOIA 2B7RA 6GSYA 3ZZXA 2XFPA 1HD2A 3GSTA 2YG7A 4KCAA 3KH9A 5GAND 4J56A 5DBQA 1K0AA 2BK4A 4U8KA 4Z26A 3PR8A 4WKWA 5CRWA 3P90A 3PO7A 3DJDA 5AN1A 1GERA 3D5JA 3PS9A 1O73A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1SB3 B;  4IQA A;  3HW2 A;  3GD4 A;  2WU2 A;  3EPT A;  2JU5 A;  4TXV A;  2HZG A;  3N6H A;  3RP7 A;  4USS A;  3EKG A;  4A35 A;  1VF3 A;  3IRA A;  2VVL G;  1OEP A;  1HNB A;  3TCO A;  4NHW A;  2YG5 A;  4A99 A;  4H83 A;  4ZB9 A;  5HFK A;  1KFY A;  3WYW A;  4CHS A;  1U3I A;  3UJS A;  2C0E A;  2DJK A;  2RGJ A;  2OLA A;  2FUG 2;  3RP8 A;  1TK0 B;  2R4V A;  1PL2 A;  3RHC A;  2REM A;  3FR3 A;  5DJM A;  5BMU A;  4JNQ A;  3LYK A;  1ML6 A;  1WRY A;  3GUS A;  3UTG A;  3C1S A;  1SYR A;  1OJT A;  2YLW A;  3UVT A;  4E4F A;  4X0X A;  2PP3 A;  2ZZB A;  4EQR A;  2G0F A;  4YKG A;  3UKA A;  1CJ3 A;  3GO2 A;  1GSU A;  5KOW A;  1GRT A;  2NVL A;  4OVI A;  2YR6 A;  3UXK A;  1ZDL A;  1EZK A;  3H79 A;  4PQI A;  1F37 A;  1E39 A;  1XIY A;  2HFD A;  5LD0 A;  1OJ9 A;  4TLX A;  4B69 A;  3SR6 B;  3ZTL A;  1EGO A;  2KOK A;  1FHV A;  2E5V A;  1ZL9 A;  4HU9 A;  3FPZ A;  3VUR A;  2GH5 A;  5U1O A;  3AEG A;  2LQQ A;  1XW5 A;  3UJ2 A;  1O95 A;  3VWX A;  3DGH A;  2R46 A;  5D9W A;  2CAI A;  2VVM A;  2EIQ A;  1L8P A;  3K1G A;  3A7U A; 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 3UTE A;  2PTX A;  3UJR A;  2MBT A;  2VQB A;  3MQT A;  3R9U A;  4AGS A;  2XLT A;  1CJ4 A;  3COX A;  5M10 A;  4GCM A;  1SK1 A;  5G5G B;  4O5Q A;  1XS2 A;  3CGB A;  2B5E A;  3FR6 A;  2WS3 A;  1YKA A;  4K6X A;  3F8D A;  3ZML A;  1Z6L A;  1ZP0 A;  2XBI A;  4K8M A;  4TXO A;  4AJ8 A;  4V2N A;  2PA6 A;  2OZT A;  2PS2 A;  2H71 A;  2DC5 A;  2VOC A;  1S7M A;  2WOW A;  1K0N A;  2C0D A;  2VRL A;  3V3O A;  2PTZ A;  2XLR A;  4I97 A;  1TZZ A;  3M0F A;  4ULX A;  2WBA A;  4JBB A;  3GH9 A;  2A2S A;  3NOF A;  2IME A;  4GDP A;  2NQL A;  4B63 A;  4F0C A;  2VVL A;  4H4S A;  2C3T A;  3M3M A;  4ZA0 A;  2GDQ A;  2YWI A;  1BQ7 A;  1FVJ A;  3W8S A;  3TRP A;  3RP6 A;  1TDK A;  1N2A A;  2RUF A;  2GSR A;  2PU0 A;  4HPN A;  2YNX A;  2HZE A;  4TM0 A;  4H4X A;  2YVF A;  5DAK A;  4XRA A;  2GST A;  2CX4 A;  4IP1 A;  4CCQ A;  3AE2 A;  3B9J B;  4FX9 A;  4EIQ A;  4DNA A;  3L5O A;  1GRE A;  1GRH A;  5HFI A;  1H6V A;  1AQX A;  3UOM A;  4TVY A;  5IPG A;  1PKW A;  3I9V 2;  4X1U A;  3DEX A;  4LLR A;  2OKA A;  2IWT A;  3D6I A;  3ME7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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