4LA1A

Crystal structure of sjtgr (thioredoxin glutathione reductase from schistosoma japonicumi)complex with fad
Total Genus 197
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
197
sequence length
586
structure length
586
Chain Sequence
SQWLQRTIESAAVIVFSKTTCPFCKKLKDVLAEAKIKHATIELDQLSNGSVIQKALSNFSKIETVPQMFVRGKFIGDSKAVLNYHNNNQLQAIVNENKYDYDLIIIGGGSGGLAAGKEAAKYGAKIAVLDYVEPTPMGTTWGLGGTCVNVGCIPKKLMHQAGLLSHSLEDAQHFGWSLDKSEISHDWSTMVEGVQSHIGSLNWGYKVSLRDNAVTYLNARGMLLSPHEVQITEKNKKVSTITGNKIILATGERPKYPEIPGAIEYGITSDDLFSLPYFPGKTLVVGASYVALKCAGFLASLGGDVTVMVRSILLRGFDQQMAEKVGDYMENHGVKFAKLCVPDEITQLKPVDTENNKPGLLLVKGHYTDGKKFEEEFETVIFAVGREPQLSKLNCEAVGVKLDKNGRVVCSDDEQTTVSNIYAIGDINAGKPQLTPVAIHAGRYLARRLFAGATELTDYSNVATTVFTPLEYGACGLSEEDAIEKYGDNDIEVYHSHFKPLEWTVAHREDNVCYMKLVCRISDNMRVLGLHVLGPNAGEITQGYAVAIKMGATKEDFDRTIGIHPTCSETFTTLHVTKRSGGSAAV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of SjTGR complex with FAD
rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Schistosoma japonicum
molecule keywords Thioredoxin glutathione reductase
total genus 197
structure length 586
sequence length 586
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.6.4.5: Transferred entry: 1.8.1.9.
pdb deposition date 2013-06-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00462 Glutaredoxin Glutaredoxin
A PF02852 Pyr_redox_dim Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain
A PF07992 Pyr_redox_2 Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.390.30 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Enolase-like; domain 1 Enolase-like; domain 1 4la1A04
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4la1A01
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4la1A02
3.50.50.60 Alpha Beta 3-Layer(bba) Sandwich FAD/NAD(P)-binding domain FAD/NAD(P)-binding domain 4la1A03
4ECIA 1Q4JA 2OBKA 3UKFA 3DRNA 1T7PB 3GKNA 2YLWA 3SGLA 2B9XA 4MZBA 1VG0A 2PMTA 4UDPA 1SENA 2APGA 1E2YA 2DC5A 3WGEA 1ZYEA 5JCGA 3D6IA 4OCFA 1EBDA 3J7Yb 5GZZB 2WB9A 1G6YA 2CDUA 1GSFA 3RBTA 4H50A 4GSNA 3C4NA 1ERTA 4DSGA 4H2NA 2E7PA 5KOXA 4H7UA 3NYFA 4V2MA 3UAPA 4RI7A 1BYEA 3C71A 1Q98A 4XWRA 1G0TA 3KJYA 2HQMA 4LL1B 4J56A 4ZB9A 1HQOA 3CIRA 1P2EA 1KSUA 4IJIA 4X1UA 3ZTLA 6GSYA 1RYIA 5DJLA 1LJRA 3AD9B 3TCOA 3ISHA 1YJ6A 2FWEA 4I97A 2FCHA 3US3A 2JSYA 3CTYA 5DALB 2XLSA 1O6JA 1WOUA 6GSXA 2BK3A 5HR2A 1K0BA 4AOXA 3RHCA 2QA2A 4NAXA 1F6MA 3CNSA 1AQVA 4X4JA 4I6XA 1X0RA 1M2DA 3ALLA 3P4QA 4KE3A 4G10A 4CCRA 2FJDA 5JCLA 3EPTA 3SFEA 4ZCDA 5EY6A 4AJ8A 1YEXA 2M46A 3FYGA 1CC6A 3GTUA 2P5QA 4TR1B 1XHCA 3IA1A 5JWRB 3GFKA 4O5QA 1SK2A 3LXTA 3NN6X 3TKSA 4EDZA 3B3RA 2DJ1A 3EANA 2VOCA 4AT2A 1N4WA 4ISDA 4EF0A 4L5OA 4V1Ag 3ALMA 4K22A 3L78A 3HCZA 2LS5A 4HDEA 2GQMA 3FR9A 5IMZA 4KX6A 4BWQA 4OFNA 2NVKX 2FHEA 4POKA 1XZOA 1NHQA 2GVPA 2R9ZA 3E0UA 5D9TA 2YZUA 3F8PA 1NHYA 1XVQA 2I0ZA 2FWHA 1NEKA 4EC0A 3URHA 5DAKA 4REKA 1ZX9A 2HI7A 4GCIA 4F03A 5IOXA 4H2PA 4YAVA 1GTAA 4JBBA 2BS3A 1EOHA 3V76A 2H0IA 3HVSA 3CTGA 2OACA 2VM2A 4L0UA 1AC1A 1FW1A 1TRWA 3L1RA 1GTUA 3F9UA 1E1NA 4YSHA 14GSA 3DH9A 2PN8A 4RI6A 2JL4A 3BI2A 2WP6A 3KTLA 3P90A 3IC4A 1WIKA 1EL8A 2CAQA 4CY6A 1GULA 3LG6A 3AD8B 1B8SA 3DYRA 3LB8A 5GSSA 2NPBA 2PHHA 4RUVA 3FG2P 5IO0A 2YNXA 3IOSA 1ZKQA 3FR3A 2H01A 1GTHA 2QSIA 3SQPA 1PSQA 4WBJA 2YJHA 2L6DA 2ES7A 3K7MX 1SJ6A 1Z6NA 5D9WA 3UCLA 4HJMA 2ZBWA 4H4PA 3KPFA 3CGCA 4H4UA 5KN2A 1IUTA 4MPFA 2A87A 2XVIA 1B9YC 4NTDA 1WPIA 3FK8A 3RHAA 1PHHA 3NIVA 4OPLA 2F51A 4B67A 1LVLA 2L4QA 1JRYA 3F8DA 3UVTA 16GSA 3S5WA 2RUFA 5L71A 4BK1A 1WMJA 1PX7A 1F3AA 4YAPA 1BG5A 2BXSA 3L9SA 4L0WA 11GSA 1R7HA 3ZRDA 5IQ4A 3RPPA 3ZVJD 4BVYA 2QA1A 3EU3A 2K8VA 3NK1X 3H4KA 2FGXA 3GMBA 2BK5A 1GRFA 1O7UA 4K8DA 3NTDA 5LNKe 1SJZA 3H8QA 3QFBA 4FK1C 4TM0A 1A2JA 3GYKA 2CT6A 4HZ4A 4I58A 3CPHG 4U8IA 3P9UA 3AEBA 2HZEA 2L6CA 2A4VA 2VCVA 2O8VB 5IPHA 3GWFA 2GGTA 3UIWA 1EL7A 5DCGA 2LTKA 4EQWA 2YLXA 5F06A 1G7OA 2PYXA 1TW9A 5IO2A 2X8HA 2GSSA 2L5OA 1GREA 1NHSA 4U8PA 1PKZA 1SL2B 1COYA 2H1BA 4XHMA 3NTAA 2H19A 1D4EA 3D4MA 4GR1A 1PN9A 1GRBA 1TK0B 4CCQA 1HYUA 4AGSA 1JRZA 1BEDA 1VDCA 4U2SA 4N0VA 2RM5A 1Y6EA 3EMXA 3FMWA 1ACVA 2MBTA 3GYJA 4FO5A 4U8OA 1XCCA 2IMKA 5G30A 3MSZA 1Z6LA 4B69A 3QR6A 4LA1A 1TRVA 3VWWA 2FA8A 1W4VA 3W8JA 1A24A 4JN9A 1X5CA 4EM4A 2WBAA 2CQ9A 1T4YA 3M8NA 5HR0A 4U2LA 1UKVG 2VL2A 3QFAA 5G5FA 1S3EA 4MP4A 4CNJA 2I3YA 1MD3A 5CP1A 3LFLA 4L5LA 2C75A 3FW2A 1A8LA 1BZLA 1CQHA 1Q1WA 1JEHA 1OJTA 4OD7A 3WGXA 3AEAA 1PBEA 4TM3A 3KP9A 2EQ9A 2OE1A 2WRTA 2YOIA 2LRCA 1PS9A 3BJ5A 5KN1A 1IUVA 3EYTA 3TKRA 1H4OA 3RP6A 4Z43A 2XBIA 3TJGA 1CQGA 5EB5A 1XPVA 5CRDA 4K6XA 2DBCA 3CSIA 4FYBA 2C76A 3GKKA 2PGTA 2VL3A 4XRDA 1M64A 3D4TA 5INYA 3AE5A 4U8KA 5ID2A 2CFYA 2CX4A 3BHFA 2H88A 3CNTA 4BPYA 1M9AA 2WPFA 4K0NA 3CPIG 2H70A 5LV9A 1LV0A 3Q6OA 1YQZA 3O6TA 1X5DA 4MABA 2B7JA 5GSNA 2ZZ0A 2ZZBA 4GF7A 1PBBA 1RP0A 2WPCA 4XCSA 1TDIA 1H84A 3OR5A 1SYXA 2GR3A 3UKQA 3NG7X 3UJ1A 2HT9A 3RP8A 2X3NA 3UBLA 4IV9A 4IP6A 2C72A 4JNQA 2H6XA 3P1WA 3HZ4A 1M6IA 4N0ZA 1GUMA 2LNSA 5F0GA 4GDEA 1FB6A 3TOUA 3APQA 3C7MA 2X99A 4FDCB 4MF5A 1E39A 4K0GA 3IDVA 2OADA 5A4UA 3BD2A 5CYYA 3CNJA 5C00A 4P9SA 4O7HA 4F0BA 4NPBA 1DOBA 2WFCA 4BL7A 2OAMA 3HJOA 2FWGA 3DIEA 2EC4A 5HHFA 3L9VA 2F3MA 4GSTA 2XCGA 3VURA 3GX8A 1XW5A 2V6KA 3LZXA 3ME7A 2IWTA 3WGDA 2XVHA 1O8WA 4WBRD 2IMIA 4H2QA 5TR3A 2H71A 5FS6A 8GSSA 1MDKA 1K0LA 3P7XA 4RQRA 3V3OA 3VFIA 4HS1A 1GPEA 1PJ5A 2WDUA 3L8KA 1SEZA 4YT0A 1GRHA 3DJEA 4H4QA 3KZQA 4B65A 1GTBA 5J9BA 3Q9TA 1EV4A 4ECHA 2GSTA 5J4UA 3FRCA 4C3XA 1QUWA 2GRTA 1E1MA 6GSUA 2DJ3A 1CC4A 4ZXGA 4XXGA 4U8MA 1TOFA 2OBIA 2L4CA 4ZN0A 2YAUA 3EURA 4IELA 1LPFA 2Z5XA 4E0VA 4OWYA 4N9XA 5IPYA 1EEJA 3RDWA 1FVKA 3AWIA 3GV1A 1KNRA 2XDOA 5M0ZA 1QJDA 4FX9A 2Z9SA 3UKLA 4YTNA 3ZLPA 3D5JA 4TXOB 10GSA 3CNPA 2QAEA 2VQBA 3GDNA 4AP1A 4J57E 4J31A 1SD8A 4V2LA 3KEBA 2I81A 2E1MA 5HFIA 5IMFA 3IR4A 2GTUA 4X9MA 3HHVA 4PNFA 2C66A 2G0FA 2TMDA 2I1UA 2A8XA 3N9JA 2AV4A 3GH9A 4GWRA 3K7QX 5E59A 3VRAA 2LQOA 3IRAA 4BK3A 1ZZYA 1L0VA 4IKHA 1NHPA 3L9UA 4B66A 5IM9A 1DXLA 4XIHA 3UTGA 3DK9A 1TJDA 1YZXA 3DVXA 4G19A 3C1RA 3Q18A 2Y6QA 3WT2A 1SD9A 3FY7A 3TOTA 3DK8A 3F63A 2IMEA 2CVBA 1OJDA 2WDVA 1XWKA 1T4ZA 3P4SA 1EV9A 3GH6A 1ELIA 3GYIA 1M7TA 3HA9A 2GQKA 2REMA 4KAEA 2WOVA 4HUAA 1GSYA 2WP9A 3UTFA 4H86A 2QKEA 1R5PA 3DMLA 2GQWA 1ONFA 2B6MA 2VCZA 2DJ0A 1TDNA 4HOJA 4FIWA 3ZIVA 1H86A 2CV4A 5H5SA 1AW9A 2FY6A 2MMOA 2NTOA 4KDYA 1PMTA 3UARA 2H73A 1PBCA 4GF0A 2V3AA 3CNDA 1B4PA 1D4CA 3IK9A 1CJCA 4XS4B 3UEMA 3A2VA 4L8EA 1NPXA 2BK4A 1YKJA 1J08A 1MDJA 3D0ZA 1VQWA 4ZL8A 4KDXA 3GKXA 3UBKA 4LIIA 3NK0X 5IMVA 3IE3A 1PL1A 3M0FA 4IVFA 5F05A 3SBCA 4NTCA 1AQWA 3TB2A 2GAHB 1JU2A 2ZZCA 3DEXA 3G5RA 4H4ZA 2TIRA 4H4VA 4OPUA 3BNUA 3S61A 4MF6A 1B8XA 2VL2C 3IK7A 4OPGA 3KP8A 4A9WA 1Z6MA 2GS3A 3EINA 5GAPD 4YQUA 3QSMA 3KIJA 1AUCA 1FB0A 3A5WA 5HR1A 3AD7B 2R37A 3APOA 1GSEA 1PXAA 5G1KA 1GP1A 4AP3A 3EMPA 3VLNA 3CGDA 4XS1A 3GD3A 2X8CA 3ATQA 4TLXA 4GTUA 5F07A 1LBKA 3PGTA 2C65A 4ZBDA 1WJKA 1GRTA 2H6YA 4LMVA 4D73B 2LRNA 1IYHA 2VD1A 2GR1A 2GT6A 1W4XA 3IAS2 2B9YA 3CRTA 1EWXA 5EPFA 4IN0A 1KEBA 1K0DA 2JU5A 3HDCA 4TR3A 3GSTA 4ML6A 5B6NA 4EIQA 1FEAA 3KD9A 5IIZA 2KP1A 4TOPA 3F4TA 5AIXA 1D7LA 1USBA 3CBUA 3PINA 3GL3A 4N30A 1OJ9A 4EQXA 1YF0A 1LQTA 3QPMA 3QSSA 20GSA 2PU9C 4HA6A 3GL5A 3DKSA 4K7ZA 3F6FA 4JR6A 5D96A 3U5RE 3IHGA 1S2YA 1BGNA 1F8SA 3TUEA 3ERWA 1B48A 1DUGA 3H8IA 1TI1A 1ZP0A 3AE6A 3QOUA 2H74A 3APSA 2RGHA 2IFQB 3F4SA 2XYOA 4OCGA 3GN3A 2OKAA 4PQ1A 4K8MA 5LCZA 3DWVA 2JK6A 2LRTA 3FZ5A 4C3YA 2BC0A 1BAYA 3RAZA 1V57A 1ILOA 2F8AA 2A2SA 2XPEA 4MLYA 2B5EA 12GSA 2H8LA 4BVXA 5BVAA 2P5RA 2R0PA 2HSYA 2H1DA 1XOBA 2WS2A 5D9VA 2CULA 4TLZA 4F2IA 2IVDA 2GT5A 1D5TA 3FHKA 5KVHA 5FS9A 1GL8A 3UP5A 3Q6JA 1XPQA 1SJIA 4YKFA 1NG3A 4OFMA 1T3BA 1ON4A 1X5EA 3Q74A 4IBPA 2BYBA 1AXDA 2VCXA 3GIXA 1AOGA 3VWXA 2JKCA 3C8EA 1YQ3A 1FCDA 1VF4A 4Q5QA 1RW1A 2BABA 3F8UA 3HJPA 4AOSA 4J2WA 3OZ2A 1GH2A 4K5RA 1S3DA 2KLXA 2AAWA 1G6WA 2DJJA 3IHQA 1FOVA 1Y56B 1XW9A 5HFKA 2F9SA 2XVJA 2E2GA 2TRXA 1OC3A 3IC9A 2YG3A 4GCMA 4EQSA 5ELGA 2YWIA 2ALBA 2DIZA 3SWLA 3TRPA 3WD6A 2R45A 2BCGG 5ECHB 3CSHA 1H7WA 3K8NA 4J34A 2RGOA 1DODA 4NV2A 3N5OA 5KWFA 1DE1A 4PXOA 2BCPA 1N2AA 2YPMA 1SL0B 5CNWA 2YG4A 1BQ7A 4KCEA 4Z26A 4YTPA 1NDAA 5J7XA 2WP5A 2VZ2A 3C1SA 1ZDLA 1F2EA 3NT6A 5AN1A 2VAFA 1R4WA 3E1TA 3KA7A 1DNCA 4A65A 1GSQA 3EE2A 2BXRA 3UOYA 2XC2A 2C3DA 3HVXA 1XWGA 3G9BA 2GQFA 1N1PA 2GSQA 2WGRA 2BS4A 1EGRA 2HZFA 4DVCA 3M1GA 4KUNA 5U1OA 5ECSA 3F3QA 4XTSA 3ITJA 3MNGA 3NYEA 1XBSA 2L57A 1OKDA 1ZMAA 3KMNA 1LJ1A 2CVJA 1BGJA 3AYLA 3K30A 5D9XA 2XLTA 3T37A 3IAM2 4U8LA 1K3LA 4ZL7A 2XFQA 4NHWA 1CL0A 2WDRA 5JCKA 4EUYA 3ZDNA 1YY5A 4IQ1A 4EE0A 2D2ZA 1EEMA 1OVNA 1GUHA 2I4AA 5KEJA 3H8LA 2FNOA 3C73A 3AYIA 4Z2TA 4WEYA 1CJ4A 5EB4A 1K3YA 5FS8A 3F3RA 9GSSA 1XOAA 3I9V2 1CF3A 4DNAA 1M99A 2H75A 1PA3A 18GSA 2C0EA 2B1LA 2YJ7A 2IN3A 3BNMA 3O76A 3UKAA 5DVBA 3P2AA 5JCIA 4IJ3A 2WDQA 1ZK7A 3DGZA 2VLUA 3GMFA 2BACA 1TKDB 2LJKA 4PURA 1ERWA 4H4TA 1GSSA 3H93A 2YM1A 2VCWA 2OA1A 5A5KA 3AE3A 1UVZA 4OCEA 1RK4A 5IMAA 3K7TA 4A79A 2GR0A 5DCHA 1E6EA 4NHZA 1PX6A 1ZY8A 3II4A 1GRGA 2QGVA 2DLXA 2VO4A 2CAIA 1E1LA 2C70A 3FZ9A 1F9MA 4XS4A 1A2LA 2AUVA 1O8XA 5CRWA 2FD3A 4OPIA 4WF5A 1WWJA 13GSA 1TU7A 4RG3A 1N4VA 3UMAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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