The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
MQRGKVKWFNNEKGYGFIEVEGGSDVFVHFTAIQGEGFKTLEEGQEVSFEIVQGNRGPQAANVVKE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structures of mutant forms of the Bacillus caldolyticus cold shock protein differing in thermal stability.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transcription
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source organism |
Bacillus caldolyticus
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molecule keywords |
COLD SHOCK PROTEIN CSPB
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total genus |
14
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structure length |
66
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sequence length |
66
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chains with identical sequence |
B
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2001-01-24 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF00313 | CSD | 'Cold-shock' DNA-binding domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3E9I A; 4JI8 L; 1M90 C; 3I4N H; 4A3D G; 3CCS A; 4WJ3 M; 3KOJ A; 2UXC Q; 4R1J A; 5GAD C; 3FKI G; 4JBK A; 1VQM A; 1E24 A; 1VQJ A; 5HGQ A; 1N36 Q; 4LUO A; 3CC2 A; 4NXM Q; 2IHF A; 3H0G H; 3OTO L; 3T1H L; 4A3I H; 1TWF H; 2KBN A; 5IWA L; 4YY3 Q; 2WB1 G; 4HJ9 A; 4A3J G; 3T1Y L; 1LM0 A; 5EAY A; 2LSS A; 3PUY A; 2VW9 A; 2VUM H; 4DPG A; 4DR7 Q; 4GKK L; 4DK6 C; 5C0X I; 2CFM A; 3TRE A; 4NB3 A; 2JQO A; 3NEL A; 4IPC A; 4OO1 G; 3J80 i; 4C3I H; 3KJO A; 4A3E H; 1A63 A; 2LXK A; 3KF6 B; 5IP9 G; 1HJP A; 4DV1 Q; 2DUD A; 3KJP A; 3D0F A; 3GTQ H; 1N32 L; 1YEZ A; 1G6P A; 2WAQ E; 4DUY Q; 2F3I A; 3CCR A; 2Q2T A; 3CC7 A; 1S40 A; 2R7Z G; 3H15 A; 1Y1W H; 1QUQ A; 4GLV B; 4LF7 L; 4TVA B; 4JG2 A; 4JYA Q; 1X3E A; 2Q2H A; 2A8V A; 2GN5 A; 4DR2 Q; 1A8V A; 1D8L A; 1QZG A; 1CKN B; 3U58 A; 4GN5 A; 2ZJQ A; 4JI4 L; 3CF5 A; 3I4N G; 3CCU A; 2Q2I A; 2Z6K C; 1YHA A; 5ELN A; 4A4I A; 1VQ9 A; 1GKH A; 4JI7 Q; 1RL2 A; 2N3S A; 5M3M H; 1V43 A; 2CKZ B; 5JJI A; 3AYH B; 2B63 G; 1QVG A; 2GVB A; 1PH6 A; 3UE0 A; 5FJ8 H; 2JA6 H; 1CSP A; 4FDB A; 3IRB A; 1GM5 A; 4LNQ A; 1PH1 A; 1Q7Y C; 3UDG A; 2QGQ A; 2OTL A; 5J3B A; 3H0G G; 4GKJ L; 1I94 Q; 4L5Q A; 4DR1 L; 4A3I G; 2HHH L; 4OO1 I; 1K3R A; 2MQH A; 5GAG C; 4LFA L; 2VUM G; 4PG3 A; 1JJC B; 3DM3 A; 2JA7 H; 1CUK A; 4HIK A; 4MNO A; 4DV6 L; 4DR6 L; 1TXY A; 3JC6 6; 4KI0 A; 3OYY A; 4A3E G; 3PUV A; 4LF8 Q; 2HQL A; 2MNA A; 3AFP A; 3TRZ A; 5LMN W; 2B29 A; 4JBM A; 2CWP A; 2NVY H; 3L0O A; 4JI0 L; 1PH2 A; 3BZC A; 1TWC H; 4GS3 A; 1PV4 A; 2R7F A; 4YCV A; 1QZH A; 1XMO Q; 2R6G A; 4IFD I; 3BU2 A; 4GOP A; 1IBL L; 1VQ4 A; 4JOI C; 4X62 Q; 5AJ3 Q; 3L7Z C; 1IL2 A; 5BR8 Q; 1VQC A; 1EOV A; 1XMQ Q; 3U4Z A; 1U5K A; 4QIW E; 1L0W A; 4XIG S; 4JV5 Q; 5M3M G; 1DGS A; 1O7I A; 1TWH H; 3HOZ H; 3CC4 A; 2K5V A; 4YHH Q; 1PH4 A; 4LF4 L; 5GRO A; 4BBS H; 4QQB X; 5FJ8 G; 2JJQ A; 2JA6 G; 4DR3 L; 1OXX K; 5IT9 c; 3M4Q A; 1T9H A; 2KHI A; 1X9N A; 2B3G A; 4HJ5 A; 3CD6 A; 3PF5 A; 4DK3 C; 2UXB L; 4L5T A; 2E2I H; 3GO5 A; 1N34 L; 1IZ6 A; 4GN3 B; 1KRT A; 3CXC A; 2JEB I; 3UDF A; 2JA7 G; 3ICE A; 1G29 1; 1SR3 A; 1X3F A; 4LFB L; 1SN8 A; 2ZJR A; 3S15 H; 4UPA A; 1Z47 A; 5LMN L; 1A0I A; 3HKS A; 3K7A H; 1MJE A; 1Z9F A; 1PH9 A; 2K14 A; 3HKZ G; 3ULP A; 1KL9 A; 4DUZ Q; 3FKI H; 3RN5 A; 1HZC A; 2Z0S A; 1EUJ A; 1EFW A; 2VNU D; 1GD7 A; 3S14 H; 3CCL A; 1LYL A; 2OQK A; 1P8L A; 5LMU L; 1HR0 Q; 2PMZ E; 1XNQ L; 2V1C C; 3KYH C; 3M7N A; 3NEN A; 4R4I A; 1KHI A; 2AMC B; 1YHQ A; 4B3T Q; 1UE6 A; 4LF5 L; 2YV5 A; 2K50 A; 4YCW A; 4JI3 Q; 1C7Y A; 2MO0 A; 4KHZ A; 3HOZ G; 1VQL A; 1WOC A; 1OTC A; 2YU9 H; 1R9T H; 2R92 G; 2E2J H; 1PFS A; 2WB1 E; 4R4O A; 4GNX C; 1PH8 A; 3RNU A; 4UY8 C; 4QL5 A; 1J6Q A; 1VQI A; 3CCE A; 3EBE A; 2PI2 A; 1LTL A; 4JI6 Q; 4A93 H; 3ULL A; 3STB C; 1PHJ A; 4B3M Q; 1SRU A; 2E5L L; 2D0O A; 2RF4 A; 4BY1 H; 5GQO A; 4IOC A; 1XPO A; 3PO3 G; 4PZ7 A; 1XNR L; 4BY7 H; 1NTG A; 2F52 A; 4DR4 L; 1UWV A; 5H1S E; 4Y52 H; 3GDE A; 3G71 A; 3I2Z A; 3T1H Q; 1XJV A; 5IWA Q; 2B63 H; 3KDF A; 2KHJ A; 2HT1 A; 2E8G A; 2L15 A; 4A3M H; 5IP7 H; 3TS2 A; 2XTI A; 2UUB Q; 3S2H H; 3KF6 A; 1Y14 B; 2OQ0 A; 2IHE A; 2CCZ A; 2Z6K A; 4LUV A; 4X6A H; 4DR5 Q; 2CWA A; 3HOX H; 1NMG A; 4AYB G; 2JE6 I; 4B3R L; 1Q82 C; 3RLF A; 1X54 A; 2XGT A; 4LF9 L; 4X64 L; 4MTN A; 1E1O A; 1L1O B; 3CPF A; 3M9B A; 2YYZ A; 4LF7 Q; 2F4V L; 1PYB A; 2FXQ A; 4A3F H; 4AQY Q; 1QVF A; 2PQA B; 2JA8 G; 1X6O A; 4WJ4 A; 4DV4 L; 4A93 G; 1UEB A; 1QVC A; 1V9P A; 1JMC A; 1N8R C; 4R4C A; 4KHP Q; 4BY1 G; 3TEH B; 2ZM6 Q; 1YHB A; 4DV7 Q; 1YJN A; 2Q2U A; 3CW2 C; 1L1O C; 4PZ6 A; 3F2C A; 4QGU A; 1U0L A; 1VQP A; 1K73 C; 1W2B A; 2UXC L; 3U50 C; 4L5S A; 1KAW A; 5GAE C; 3VDY A; 4BY7 G; 4APV A; 1NY4 A; 2K5H A; 2ES2 A; 4DR1 Q; 2BA1 A; 3RLN A; 3CCJ A; 5IYC H; 4UP8 A; 4A3M G; 4YY3 L; 5IP7 G; 1YJ9 A; 5K36 G; 2RCN A; 4JOI A; 1BVS A; 1VQE A; 4OWW B; 4QJF A; 4BA2 I; 1YVC A; 2RHS B; 4DV3 L; 2MFI A; 1VQ8 A; 2UUA Q; 1NJI C; 3PF4 A; 3STB D; 5C4J H; 1YIJ A; 2NVQ H; 3HOX G; 1Q81 C; 1E1T A; 4DV1 L; 4A3C H; 3I55 A; 4JI0 Q; 2VQF L; 1EQQ A; 3ZJY C; 4DUY L; 1TWA H; 2VY3 A; 2VQE L; 4DV0 Q; 3TS0 A; 1D7Q A; 1KQS A; 4JI1 Q; 4LW1 A; 4A3F G; 1HH2 P; 5IYB H; 4JYA L; 5IY0 A; 3KFU A; 3M85 A; 5JEA J; 1QUQ B; 3GTP H; 3M4P A; 1HNX L; 1VQK A; 4HIO A; 4DV2 L; 2NZO A; 4UP9 A; 1HNW Q; 4R4T A; 4O2D A; 1VQ5 A; 4LF6 L; 4A75 A; 3S1N H; 1G51 A; 3HOU H; 3HKZ E; 1PH5 A; 1L2F A; 1UE5 A; 4OWX B; 1HNZ Q; 3AFQ A; 4O0A A; 1KD1 C; 5GAH C; 2UUC L; 1YJW A; 2UXB Q; 2A1A A; 1FL0 A; 3PSI A; 3J81 i; 1N33 L; 4HIM A; 3CME A; 4P74 A; 2QA4 A; 2R92 H; 4A3C G; 5IYC G; 1OXT A; 2NN6 G; 4IJL A; 1IXR A; 3PO2 H; 4K0K L; 1K0R A; 1Q86 C; 1PH7 A; 4LFB Q; 1NBW A; 3AQQ A; 4HID A; 3A5Z B; 3I7F A; 3A5U A; 1FJG Q; 5LMN Q; 4ALP A; 1NE3 A; 1IBM Q; 3HOY H; 1IBK Q; 2K4K A; 1ASZ A; 2N78 A; 3PIP A; 3J7A 5; 1YZ6 A; 2JK8 A; 5HY6 A; 4GNX A; 4LFC L; 3PO3 H; 4X65 L; 4JI5 Q; 3S1M H; 3RLO A; 4R4Q A; 4OX9 Q; 3W1G A; 4H02 A; 1XMO L; 4QY7 A; 5LMU Q; 5IYB G; 2D0P A; 5FLM H; 1XNQ Q; 4BXX H; 3F1Z A; 1JB7 A; 3PUX A; 4DV5 L; 1JJ2 A; 4X62 L; 5IE8 A; 5AJ3 L; 2N8N A; 2JA5 H; 3K8A A; 5BR8 L; 3CPW A; 2UXD L; 1EIF A; 3A0J A; 4GOP B; 2UU9 L; 2OTJ A; 2R7D A; 1K83 H; 1Q12 A; 4JV5 L; 1UE1 A; 1X56 A; 3HOU G; 3B6Y A; 4AIM A; 4YHH L; 4C2M H; 2QEX A; 4YWM A; 1XPU A; 4DNI A; 2EQS A; 1CKM A; 1E3P A; 4HJA A; 2VZA A; 5ELO A; 4XTC S; 4NPS A; 2YTY A; 2VL6 A; 2E5L Q; 3SGI A; 4RG1 A; 1J5E Q; 2ATW A; 3PO2 G; 1A62 A; 3UDX A; 1AH9 A; 1X3G A; 3HOV G; 1NMF A; 1OXV A; 3UE1 A; 2DGY A; 4AYB E; 4JI8 Q; 1VQN A; 1S3O A; 2JA8 H; 2NVT H; 1HNW L; 3M4O H; 2BH2 A; 4DR4 Q; 5C0X J; 3K81 C; 3HOY G; 1SRO A; 3PIO A; 1Y1V H; 3J7Z C; 1LUZ A; 1CKO A; 3JAM i; 4DAY B; 4RMF A; 3S1R H; 1I5F A; 3PV0 A; 3RR5 A; 4B3S L; 2A19 A; 2AKW B; 2PNH A; 1KIX A; 4GN4 B; 5M5W H; 4P72 A; 1RIP A; 1WYD A; 3BZK A; 4JI2 L; 2JEA I; 3GTG H; 1JT8 A; 5FLM G; 3OTO Q; 3CCM A; 1K9M C; 4NXN L; 1HR0 L; 1IYJ B; 4BBR H; 3T1Y Q; 4BXX G; 1YIT A; 1AE3 A; 1X65 A; 1L1O A; 3Q8D A; 1N9W A; 4C3H H; 2IT1 A; 2JA5 G; 4GKK Q; 4X66 L; 1Q46 A; 4B3R Q; 2H5X A; 4B3T L; 5JJK A; 4A3K H; 4LF9 Q; 4X64 Q; 1SE8 A; 2Y0S G; 3CCQ A; 4A76 A; 2PQA A; 1N32 Q; 2NVX H; 3HOW H; 1YI2 A; 3J81 j; 4HJ8 A; 1JE5 A; 2KCT A; 2MO1 A; 3CP0 A; 1CSQ A; 1CKN A; 3RN2 A; 4A3B H; 3G48 A; 2GVA A; 4JI6 L; 5IYD H; 4TQU S; 4B3M L; 1VQD A; 3ULJ A; 4AH6 A; 1Q1B A; 2YTX A; 1B8A A; 5FLX c; 4JI4 Q; 3J80 c; 4IJH A; 3EIV A; 2HIX A; 3UDI A; 3GTM H; 1Y1V G; 1EIY B; 1OXU A; 4MZ9 A; 4P75 A; 1PVO A; 4L5R C; 4ME3 A; 1GVP A; 1OXS C; 4OWT B; 1I50 H; 2BH8 A; 2UUB L; 1N36 L; 4GKJ Q; 1MIU A; 3EN2 A; 4DV3 Q; 4NXM L; 3KDF B; 4IPD A; 1XPR A; 2HHH Q; 2BA0 A; 3KF8 B; 4IFD J; 1UE7 A; 4BBR G; 1K8A C; 4C3J H; 2E2H H; 3RZO H; 4DR5 L; 1KXL A; 1C9O A; 4LFA Q; 2ALY B; 2KCM A; 2VQF Q; 1XTD A; 1HZ9 A; 1M1K C; 3FHW A; 1VQF A; 4DV6 Q; 4IO9 A; 4DR6 Q; 4A3K G; 4DR7 L; 3E0E A; 2VQE Q; 2IX0 A; 1VQ7 A; 4OON A; 4J15 A; 2OCE A; 1EYG A; 3NBH B; 3HOW G; 1AE2 A; 5M5X H; 5C4X H; 1KRS A; 4AQY L; 4JBJ A; 1HNX Q; 3G6E A; 3PUW A; 2K75 A; 4A3B G; 4DV2 Q; 1H95 A; 5M3F H; 2LXJ A; 5IYD G; 3F2D A; 5C44 H; 4IFD G; 3A74 A; 4A3L H; 1BBU A; 1BBW A; 4LF6 Q; 1TWG H; 3I4M H; 2EXD A; 3MXN B; 1IBL Q; 3H3V H; 2ZM6 L; 2D62 A; 4DV7 L; 3WWV A; 4DR2 L; 4KHP L; 1WI5 A; 2NZH A; 3E9H A; 1X55 A; 2UUC Q; 1PA6 A; 3S24 A; 5DLQ E; 5C3E H; 1N33 Q; 4LF4 Q; 3GTL H; 4P71 A; 4JI7 L; 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