The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
32
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sequence length |
123
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structure length |
123
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Chain Sequence |
GSHMVGQLSRGAIAAIMQKGDTNIKPILQVINIRPITTGNSPPRYRLLMSDGLNTLSSFMLATQLNPLVEEEQLSSNCVCQIHRFIVNTLKDGRRVVILMELEVLKSAEAVGVKIGNPVPYNE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Discovery of a potent inhibitor of replication protein a protein-protein interactions using a fragment-linking approach.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Dna binding protein/inhibitor
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source organism |
Homo sapiens
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molecule keywords |
Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit
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total genus |
32
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structure length |
123
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sequence length |
123
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2013-07-25 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF04057 | Rep-A_N | Replication factor-A protein 1, N-terminal domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1PYB A; 2VQE L; 4LF5 L; 4IPD A; 3CCQ A; 4IOC A; 1XPR A; 5C4X G; 2BA0 A; 3PIO A; 1CKM A; 1PH6 A; 3S1M H; 2UU9 Q; 1MJE A; 3KF8 B; 2RHQ B; 5AJ3 L; 1OTC A; 1I3Q H; 2D62 A; 4GLA C; 2BH2 A; 4RMF A; 2VQF L; 2ALY B; 3KDF A; 1U5K A; 2JA7 H; 3M4O H; 3KDF B; 4A3K H; 5C0X G; 4DR1 L; 1D7Q A; 1VQJ A; 2NVY H; 3MXN B; 4X65 Q; 1Z9F A; 1N33 L; 3RZO H; 1Q8K A; 3NEM A; 3UE0 A; 3AQQ A; 4K0K Q; 4LWC A; 5FLM G; 4HID A; 3K7A H; 3OW2 A; 2ASB A; 3A74 A; 2HIV A; 4A3J H; 3TS2 A; 3H3V I; 5LMN W; 1N34 Q; 2JJQ A; 2A1A A; 1JJC B; 1G51 A; 1Q86 C; 1EWI A; 5H1S E; 2JA5 G; 1Y14 B; 4B3S Q; 2PI2 E; 1XMO Q; 3BU2 A; 2Z6K C; 3M3Y H; 1Q46 A; 2ZTE A; 4OX9 Q; 2VL6 A; 1KC8 C; 4LF7 Q; 2LXK A; 4IFD I; 4L5Q A; 1WCM H; 3CCS A; 2UXD L; 2OQK A; 1PH1 A; 3NEL A; 2GVA A; 1IBM L; 3VDY A; 4A3E H; 3I4N H; 4ME3 A; 4NPS A; 4JI8 L; 3G6E A; 1VQL A; 2AKW B; 2MNA A; 4C3H H; 4Y52 H; 2WP8 J; 4LFB Q; 3CCE A; 1SRU A; 1XMQ Q; 4A3F H; 2Y0S E; 4A93 G; 1PFS A; 1E7Z A; 2CWA A; 2YTV A; 4X62 Q; 1VQM A; 4H02 A; 1OXT A; 4DV1 L; 1JJ2 A; 1EIF A; 4OWW B; 1I94 Q; 3PUW A; 1VQH A; 2Z0S A; 2N49 A; 5FJ8 G; 4GS3 A; 2LXJ A; 4DV2 L; 2PQA A; 2PQA B; 1KL9 A; 4DR3 Q; 4IPC A; 5FLM H; 4OWT B; 3J81 c; 2ZJQ A; 4JBK A; 1J6Q A; 3G71 A; 3S17 H; 1E22 A; 4QIW E; 1NE3 A; 3CW2 C; 3S15 H; 3GTP H; 3S2H H; 2IHF A; 2IT1 A; 4AIM A; 3GTL H; 3TS0 A; 3HOX G; 3K8A A; 5C3E H; 2K5V A; 4GKK Q; 4R4Q A; 2WFW A; 1YBY A; 4GN3 B; 4AYB E; 1PHJ A; 3A5U A; 3S16 H; 4P74 A; 3J81 j; 5HY6 A; 4X65 L; 2HIX A; 4DAM A; 1QVC A; 2KHJ A; 4A76 A; 1UEB A; 1S3O A; 4BY1 H; 1G6P A; 1QZH A; 3E0E A; 2Q2I A; 2YU9 H; 2JA8 G; 1JE5 A; 3DM3 A; 4GLV B; 4LFC Q; 4K0K L; 1QVG A; 1EUJ A; 3T1H Q; 1VQ5 A; 3JC6 6; 3HOW G; 4B3R Q; 1AE2 A; 3H3V H; 4DV0 L; 1N34 L; 2ZM6 L; 1N32 Q; 4J15 A; 2I5H A; 3MEF A; 1J5E L; 4IO9 A; 1PH3 A; 4B3S L; 4A93 H; 1L0W A; 1CKO A; 3M4Q A; 2B3G A; 3S14 H; 4OX9 L; 2BA1 A; 4DK6 C; 4LF7 L; 1HNW Q; 1VQG A; 4YWL A; 2JE6 I; 4L5R C; 4IFD G; 3TRE A; 1X6O A; 4EQ5 A; 1UE7 A; 1IXR A; 4XTC S; 3L7Z C; 5BR8 Q; 4DUZ Q; 1KAW A; 3GTK H; 4IFD J; 1E3P A; 4LF8 Q; 2JA7 G; 1YJN A; 4A3K G; 4PZ7 A; 3F2B A; 1OXV A; 4JOI A; 3T1Y Q; 2K4K A; 3A5Z B; 4DV3 Q; 2UUB Q; 1XMQ L; 1HH2 P; 1I50 H; 2E2H H; 2A19 A; 4GN5 A; 4LFB L; 4DR5 L; 1SLJ A; 1X3G A; 4X62 L; 4LUV A; 3UDX A; 1HNX Q; 1EOV A; 1LM0 A; 2KBN A; 1SFO H; 2PMZ E; 4JC0 A; 3U50 C; 1SRO A; 4JI0 L; 1L2F A; 1G29 1; 3CF5 A; 1OXS C; 3U4Z A; 2I5L X; 5GRO A; 3CPW A; 4X64 Q; 2RCN A; 4DR6 Q; 1VQO A; 4JI2 Q; 1KRT A; 1YVC A; 5LMU Q; 3CXC A; 4JBW A; 4DR3 L; 2JA8 H; 4JI7 L; 2NVQ H; 3HOW H; 4OXP A; 1N8R C; 1IYJ B; 2JEB I; 3EN2 A; 3I4M H; 1PA6 A; 1A8V A; 1JMC A; 4NXM L; 1V1Q A; 3CP0 A; 3PO3 H; 2ATW A; 5M3F G; 4FDB A; 4IOA A; 1YHQ A; 2E5L Q; 5FLX c; 3PF4 A; 1X56 A; 3L0O A; 4A3F G; 4POF A; 4DR4 Q; 3K0X A; 1H95 A; 2NVX H; 3OYY A; 1X65 A; 3S2D H; 4R4I A; 4PG3 A; 4A3D G; 3STB C; 1YJW A; 4LF6 Q; 1K9M C; 5LMN Q; 1XPU A; 5M3M H; 4X66 Q; 1Q81 C; 4UP9 A; 2LSS A; 3GO5 A; 4O0A A; 5M5W H; 1X55 A; 3J80 c; 2E2I H; 3GTG H; 3CQZ H; 4B3R L; 3I4O A; 3UDF A; 5EAY A; 4HJA A; 1C9O A; 1PH5 A; 3GTO H; 1D8L A; 4A3B G; 4IPG A; 1N32 L; 2JA9 A; 3S1Q H; 3K7U C; 3J7A 5; 4A3C G; 4LUZ A; 3CCR A; 1TWC H; 1IBL L; 3FP9 A; 1M1K C; 1HNW L; 3PO2 H; 1FL0 A; 3RN5 A; 3KF6 A; 1UE6 A; 1MJC A; 2MFI A; 3KF6 B; 4KLK A; 3M4P A; 3CC2 A; 3ER0 A; 4JI5 L; 5C3E G; 3D0F A; 5BR8 L; 1WI5 A; 3H15 A; 3G4S A; 1P16 A; 4DUY L; 4JG2 A; 3U4V A; 4LNQ A; 1QVF A; 2Y0S G; 2UUA Q; 1V43 A; 3M9B A; 4YY3 L; 4Y7N H; 2PNH A; 2UUC Q; 3GD7 A; 5JEA J; 1HNZ L; 2UUB L; 1WJJ A; 4BY1 G; 4QGU A; 3ERS X; 2XGT A; 3KOJ A; 4LW1 A; 4B3M Q; 2UXB Q; 4P73 A; 4DV5 Q; 2N3S A; 4P71 A; 5C4J H; 1HNX L; 3CC4 A; 5M3F H; 1KIX A; 2F4V L; 1JJG A; 1PH4 A; 1OXU A; 1UE1 A; 1FJG Q; 4DAY B; 3RR5 A; 5IE8 A; 1HR0 L; 3GTQ H; 4X64 L; 3KLW A; 1MIU A; 4A3D H; 4JI2 L; 1NMF A; 4POG A; 5LMU L; 1K3R A; 4R1J A; 3UDG A; 3TRZ A; 3GDE A; 3CCJ A; 4UPA A; 1RL2 A; 1XTD A; 4JI3 L; 1WYD A; 2JA6 G; 5C44 H; 4A3B H; 2VY3 A; 1EFW A; 4DR7 L; 4AYB G; 4GNX C; 2MQH A; 3J81 i; 3AEV A; 3OTO Q; 1A0I A; 4QQB X; 3H0G H; 3GTM H; 1Y1V G; 1VQI A; 5IP7 H; 2E5L L; 4A3C H; 3D31 A; 1IBK Q; 4C2M H; 2CFM A; 4JV5 Q; 4OON A; 4QL5 A; 4DV7 Q; 3EIV A; 2QA4 A; 4A4I A; 4KHP Q; 4HIM A; 2UU9 L; 3WWV A; 4AH6 A; 5LMN L; 4JI1 Q; 1S72 A; 3CME A; 2NZO A; 4X66 L; 3IRB A; 4B3T Q; 1W3S A; 3CCV A; 4A3M H; 1EQQ A; 1Z47 A; 1BBU A; 1PH2 A; 4WJ3 M; 5IT9 c; 1S40 A; 3AFP A; 1PYS B; 2EIF A; 1E1O A; 5C4X H; 4DR2 Q; 4A3I G; 1VQA A; 5IY0 A; 3RZD H; 2R6G A; 1ASY A; 5JJK A; 2NN6 I; 4MTN A; 5IWA Q; 3I4M G; 3PUZ A; 3CCU A; 2AHO B; 2K75 A; 3U58 A; 2IX1 A; 4JI6 Q; 1XJV A; 1SR3 A; 2JEA I; 2K50 A; 3PO3 G; 1U0L A; 2ZJP A; 3NEN A; 2N8N A; 1XMO L; 4LFA Q; 2DGY A; 4JCV E; 3G48 A; 2ES2 A; 2EXD A; 1VQN A; 1VQE A; 2VUM G; 4P75 A; 3I56 A; 3AYH B; 2A8V A; 1HJP A; 4JBM A; 4LF5 Q; 2ID0 A; 2R7F A; 2IY5 B; 5M3M G; 3GTJ H; 4LUO A; 3ULL A; 1QUQ A; 2ZTD A; 1NY4 A; 1QUQ B; 2K5H A; 2JA6 H; 2IHE A; 1K0R A; 4BBS G; 5K36 G; 1PVO A; 1XNQ Q; 4DV5 L; 3S24 A; 1V9P A; 2K5N A; 2K52 A; 4KI0 A; 4MNO A; 3SGI A; 4L5T A; 4GOP C; 1R9T H; 1Y1V H; 4DR1 Q; 2GN5 A; 1Y1W H; 2QGQ A; 2WAQ E; 3STB D; 1GM5 A; 4OO1 I; 1VS0 A; 4C3I H; 2UXC Q; 3I2Z A; 3PV0 A; 1I94 L; 1VQ9 A; 3PO2 G; 1GKH A; 1TWF H; 1NJI C; 4WJ4 A; 2CKZ B; 3F8T A; 4IJH A; 5JJL A; 3M85 A; 1L1O C; 4A3I H; 2B63 G; 4O2D A; 3TQY A; 1MKH A; 1SN8 A; 2AMC B; 2EQS A; 5IP9 H; 3CMA A; 4A3L H; 1C0A A; 5GAH C; 1YNX A; 3W5O A; 2JQO A; 5DLQ E; 5GAG C; 2VW9 A; 4IJL A; 4DV7 L; 4GKJ Q; 1UWV A; 4R4T A; 4KHP L; 1HZ9 A; 1KQS A; 4HJ7 A; 3ICE A; 3F2C A; 2HHH Q; 4JI1 L; 4C3J H; 4QJF A; 3HKZ E; 4GKK L; 4B3T L; 3E9I A; 2IX0 A; 4JYA Q; 1HZB A; 2MO0 A; 2I0Q A; 3UDI A; 1VQP A; 2VUM H; 1JB7 A; 2F3I A; 1CSP A; 1TWG H; 3CPF A; 4UY8 C; 3J80 i; 5M5X H; 4BXX H; 4YWM A; 4NXN Q; 1CKN A; 1RIP A; 4LFC L; 1VQB A; 1CKN B; 4JI4 Q; 4JOI C; 3T1H L; 3HOU H; 4BBS H; 2Z6K A; 2R7Z H; 3HOY G; 4GN4 B; 4DPG A; 2HQL A; 5IWA L; 5C44 G; 4HJ9 A; 1X3F A; 4LF9 Q; 5C0X I; 4A3G G; 2JK8 A; 2KCM A; 3A0J A; 3CAM A; 3L2P A; 1XNR Q; 5IYB H; 3PUY A; 2BH8 A; 3H0G G; 1I5F A; 1O7I A; 5IP7 G; 1YHA A; 2WB1 G; 2KEN A; 1A63 A; 1Q1B A; 4DNI A; 4HIK A; 1GD7 A; 3FKI H; 1X9N A; 2CWP A; 1HR0 W; 2V1C C; 4TQU S; 4R4O A; 1TXY A; 1E24 A; 1VQ8 A; 3K80 C; 1BKB A; 2N78 A; 3W1G A; 4DUZ L; 1YI2 A; 1KD1 C; 4A3M G; 1VQ4 A; 4LF8 L; 3CD6 A; 3NBH B; 1YJ9 A; 2B63 H; 1XNQ L; 5JEA G; 3W1B A; 2OTJ A; 3ULJ A; 3T1Y L; 5J3B A; 1BVS A; 1IZ6 A; 4IPH A; 4YCV A; 4DKA C; 4DV3 L; 5GQO A; 3M7N A; 3BZC A; 1TWA H; 2WB1 E; 5C0X J; 1VQF A; 1LTL A; 2Q2H A; 1CUK A; 1WFQ A; 3PUV A; 3PUX A; 1Q82 C; 1VQ7 A; 2UXC L; 3RLF A; 4GNX A; 1PH7 A; 4GNX B; 1VQC A; 1K73 C; 1Q7Y C; 4LF4 Q; 4P72 A; 4RG1 A; 1EYG A; 3KFU A; 4DV0 Q; 3F2D A; 2ZM6 Q; 3BZK A; 4OWX B; 5E7N A; 4DR6 L; 1J5E Q; 2OCE A; 4EX5 A; 1N36 Q; 2RF4 A; 1UE5 A; 1NMG A; 3DLL A; 3HOZ G; 2YYZ A; 3F1Z A; 3JAM i; 3AFQ A; 3HOY H; 4GKJ L; 3E9H A; 1KXL A; 2YV5 A; 1YIT A; 2D0O A; 2XTI A; 4AQY Q; 4HJ8 A; 4BBR H; 3JAM c; 2F52 A; 2HHH L; 4A3G H; 2D0P A; 3RN2 A; 4BA1 I; 4HJ5 A; 4A75 A; 1FGU A; 4UP7 A; 1VQ6 A; 1M90 C; 4JYA L; 3PCO B; 1Y1W G; 4BA2 I; 2C35 B; 4DR4 L; 3I55 A; 1SMX A; 1ASZ A; 5IYD G; 1Q1E A; 5M5Y H; 4DR5 Q; 3UE1 A; 4LF6 L; 3FHW A; 2VZA A; 1I6H H; 1LUZ A; 4XIG S; 4NXN L; 3HFZ B; 1B70 B; 1OXX K; 2I5M X; 4YHH Q; 4JI4 L; 4PMW A; 1Q12 A; 1YIJ A; 2QEX A; 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