The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
67
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sequence length |
234
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structure length |
232
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Chain Sequence |
MEFSPPLQRATLIQRYKRFLADVITPDGRELTLHCPNTGAMTGCATPGDTVWYSTSDNTKRKYPHTWELTQSQSGAFICVNTLWANRLTKEAILNESISELSGYSSLKSEVKYGASRIDFMLQADSRPDCYIEVKSVTLAENEQGYFPDAVTERGQKHLRELMSVAAEGQRAVIFFAVLHSAITRFSPARHIDEKYAQLLSEAQQRGVEILAYKAEISAEGMALKKSLPVTL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Sugar fermentation stimulation protein A
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| publication title |
The structure of SfsA and its DNA complex; A DNA/RNA nuclease with a novel domain combination
rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| molecule tags |
Dna binding protein
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| total genus |
67
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| structure length |
232
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| sequence length |
234
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-01-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03749 | SfsA | Sugar fermentation stimulation protein RE domain |
| A | PF17746 | SfsA_N | SfsA N-terminal OB domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 | Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4DA2 A; 4DAP A; 4DAV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SYF A; 3OWF A; 4X62 L; 4XTC S; 5KEE A; 1CTM A; 3SGI A; 3PO2 H; 2AHO B; 2ID0 A; 1NAP A; 2EJF C; 2O5I C; 1QOH A; 4FXD A; 4DR5 Q; 2ENB A; 1FR3 A; 1SRO A; 5C0X H; 2HD3 A; 1OO9 B; 1EEF D; 1QVC A; 4QBO A; 1A3V A; 1Y1V G; 1Y88 A; 1Y14 B; 4BBR G; 1E22 A; 1IBM L; 4BA2 I; 5IWA Q; 3QJY A; 4QY7 A; 1S3O A; 4CGY B; 2MJ8 A; 2OT2 A; 3HOV H; 2K75 A; 5EBD A; 1AN8 A; 1RDP D; 1U4R A; 2RA4 A; 2E8G A; 5JVG 3; 1XPR A; 4JV5 L; 1PH9 A; 1GUN A; 1EQT A; 1Z7T A; 1PZJ D; 2N88 A; 4R9W A; 2EZV A; 4KKU A; 2WAC A; 3A5Z B; 4A3M B; 3PV0 A; 3PUW A; 4POG A; 5C5M A; 4LFA L; 4GKJ L; 4RGO S; 1CHQ D; 5M9O A; 1HNX L; 1ASZ A; 4HSV A; 4DXG A; 4A3L H; 2BDN A; 2EQS A; 5CV9 A; 1HR0 W; 3KDF B; 3G71 A; 3KJP A; 2NVQ H; 4FXG C; 1I4R A; 5M3F H; 3NWT A; 3K0X A; 2INB A; 3MFG A; 2V4D A; 4L5T A; 4BBS G; 2BE5 C; 3GTM H; 1O78 A; 3S9W A; 4LFB L; 3K5L A; 4X3T A; 4X6A H; 1GHK A; 1PLF A; 1DGS A; 3PSI A; 3HFZ B; 1EZ8 A; 3IFD A; 3AFQ A; 3TP6 A; 4XT1 B; 3Q24 A; 1SBB B; 1NJI C; 4R4O A; 1WYD A; 2MP1 A; 5CYU A; 2F0J A; 2OWO A; 3KOJ A; 3PO2 G; 1X55 A; 1A3T A; 2M00 A; 5FK9 C; 3KF8 A; 5CV7 A; 2NZO A; 5FLX L; 2PYK A; 4NP5 A; 1UE6 A; 2PW7 A; 3Q6S A; 3H0G H; 4LF8 Q; 5ELD A; 2KUM A; 2KCN A; 2A6E D; 4IUQ A; 2K05 A; 2P5Z X; 2RQX A; 4AYB E; 3BS1 A; 4K5W A; 2C5C A; 1SRU A; 2CWP A; 1PH4 A; 1HUM A; 1TS5 A; 5IP9 H; 1Y1W G; 2VQE L; 4FVM A; 3ULJ A; 2AQ2 B; 3TRZ A; 4R4T A; 4EQ5 A; 1XNQ L; 3CCS A; 2NUC A; 3S2H H; 3PIO A; 3E3X A; 1S40 A; 5BR8 L; 1Q81 C; 4JBW A; 4BY1 H; 2B63 B; 1QCB D; 3WOF A; 4JI3 Q; 3SXH A; 4DNI A; 4LF6 Q; 5M3M H; 1D6E C; 3S16 H; 2JA6 B; 5K36 H; 3GV3 A; 3RZD B; 2ZJQ A; 3WDN A; 1NR4 A; 2M9V A; 1KHI A; 2I5L X; 3CKI B; 3I72 A; 1A15 A; 3TP7 A; 3J81 c; 2QEJ C; 2GW6 A; 2Z1C A; 2F0W A; 1B7Y B; 4A3L G; 2F0U A; 1GUW A; 2FXQ A; 1NMF A; 1N32 L; 1UAP A; 4K2K A; 2ZTE A; 3URY A; 4OX9 L; 2WB1 B; 4RWS C; 1WOC A; 1OXU A; 1LTA D; 3TP5 A; 3U9O A; 5M3F G; 1WTV A; 4FXK C; 1EIF A; 1QUQ B; 3OOC A; 3AFP A; 2DUD A; 2L1B A; 4HJ5 A; 5ELB A; 2FCO A; 5E3F A; 1B50 A; 3I55 A; 2B39 A; 1Y1V B; 3NEM A; 4G7H C; 1HFN A; 4BBR B; 2I5M X; 1PRT C; 1JE5 A; 5DNF A; 1NSN S; 3M4O B; 1RLV A; 1R4P B; 1UE1 A; 4A3J B; 4DV6 L; 2PZW A; 3T4A C; 2AWO A; 1PMR A; 2E2J B; 3CD6 A; 1EOV A; 3MXP A; 3MXU A; 3R93 A; 2SNS A; 1T9H A; 1QG7 A; 2HCI A; 1LT6 D; 5IGF A; 1N36 L; 3PIO 3; 3D4R A; 4OIJ A; 2R7F A; 1F9S A; 4JK1 C; 4JYA Q; 2N8N A; 5JJL A; 4GN4 B; 3UDX A; 1BNZ A; 1W3S A; 2WKD A; 2UU9 L; 4DA2 A; 4N8F A; 4KD3 A; 2K6A A; 1BF4 A; 2B29 A; 3PQI A; 3AJV A; 1CSP A; 1I4Q A; 2A69 C; 4H7B A; 1RTN A; 2JJQ A; 4C1N I; 2EY1 A; 1SYC A; 2UXC Q; 5IP9 G; 1HR0 L; 3BDO A; 4QB4 A; 2QDB A; 1HXY D; 1H9J A; 1ZYR D; 1Y69 U; 1X6O A; 1IBK L; 1EYA A; 1SNM A; 2KEE A; 1P8L A; 4X65 Q; 2QF7 A; 3H3V C; 4LF7 Q; 3J80 E; 1HZ9 A; 1LT5 D; 3CCU A; 2J4X A; 3WWV A; 3HS0 C; 4RCO A; 3PUX A; 5M3M G; 1PHJ A; 2A68 C; 4EQP A; 2R92 H; 5FO7 B; 3NEL A; 4J6H A; 1D5Z C; 3RZO H; 4CJ0 B; 1NR2 A; 2KHJ A; 1XTC D; 3J81 i; 1KRS A; 4GN5 A; 4F8M A; 4K6L A; 3TSS A; 1KDA A; 3ONA B; 2J7Z A; 2NZH A; 4KN4 C; 4FF1 A; 1A2T A; 2WIW A; 1TS3 A; 4KJN A; 1XYI A; 3L7Z C; 3PF5 A; 1SN8 A; 1WCM B; 1TKW B; 1N34 Q; 4A3E H; 1CT1 D; 4AIM A; 1DM0 B; 1NY4 A; 2NVY B; 5C3E H; 3OPO A; 1DOK A; 1S5F D; 1ENF A; 3HOZ H; 4DR7 Q; 2N3S A; 3VR3 A; 2IHF A; 1EY6 A; 3HRZ C; 4OON A; 4Z9C B; 1I6V C; 5L37 A; 2E2H B; 1PH6 A; 5EPK A; 1V1P A; 2Z0R A; 4B3R Q; 1CQF A; 5IE8 A; 3PF4 A; 1PYS B; 4ZLT F; 4DUY L; 4AYB G; 3BYT B; 5LMN W; 4N9P A; 2QA4 A; 2OKF A; 5D3I B; 1A0I A; 1GHJ A; 1NE3 A; 4LW1 A; 1VQ8 A; 1G2T A; 3NBH A; 2K5W A; 5E4W C; 2JA7 H; 2I5H A; 3TS2 A; 1GUS A; 4DR1 Q; 4AH6 A; 3M3Y H; 4RHR A; 1K28 A; 4TKK A; 3A55 A; 1PH3 A; 2NTS A; 4C56 C; 4K0K Q; 4WFN 3; 4P72 A; 1HA5 A; 4FF3 A; 5FLM H; 3U50 C; 3DMU A; 5CMD A; 2VQF Q; 3CAM A; 1HPC A; 1SYE A; 1ENC A; 3KYH C; 2D62 A; 1IKM A; 1DON A; 3GTL B; 5EKI A; 5JPM C; 1D5M C; 3ND8 A; 2R92 G; 4DF7 A; 1LT3 D; 1Q90 A; 1EU4 A; 4HJA A; 3BZC A; 3EQL C; 2E5L L; 1SAP A; 2IX1 A; 3P1Y A; 1DD2 A; 1ZKO A; 1QNU A; 2HQL A; 3R3O A; 4BY7 B; 3L3O C; 1MSG A; 1EY7 A; 2R7Z B; 1F9Q A; 4DV7 Q; 2RSN A; 4V0B A; 1DOM A; 3AQQ A; 3A8K E; 1VQP A; 2D9U A; 1SDF A; 4AQY Q; 1LM0 A; 2N55 A; 1NCV A; 3MTS A; 4A3E G; 4JI0 L; 5IOC A; 1X3G A; 3BVG A; 1F1Z A; 5GAG C; 5C3E G; 3RMH A; 5J39 A; 1TWC H; 2UUC Q; 3HOZ G; 4A3D H; 4B3M L; 1A63 A; 4JOI C; 3GP7 A; 1FYC A; 2B8G A; 1U9R A; 1J5E Q; 5FDK A; 3A54 A; 1F9P A; 1OB8 A; 5HUR A; 4DK6 C; 1VQ4 A; 2KHS A; 1HTL D; 1KXL A; 2L4N A; 2EYP A; 1PFS A; 2B2Y C; 3UI2 A; 1ET9 A; 4FYD A; 2CCZ A; 1PH1 A; 4IPH A; 4IPC A; 3PIP 3; 1H9S B; 2L15 A; 3QIA A; 3NTH A; 5C44 G; 4A93 B; 2K04 A; 4YWL A; 2MO0 A; 1B1Z A; 1YNJ C; 2JQO A; 4JI4 Q; 3W2D A; 2JA7 G; 2FKH B; 3L0O A; 2HHH Q; 1X65 A; 2LKV A; 2UUA Q; 2PMZ B; 4C3J H; 1P16 A; 3K6O A; 5FLX E; 1KAW A; 4JOI A; 4EX5 A; 3I2Z A; 4OEM B; 4CDE C; 1WVL A; 4A3M H; 2OTJ A; 1CZW A; 1L1O C; 4A3F B; 3SK5 A; 5DM7 3; 1LTI D; 3CC7 A; 5F2D A; 3C1F A; 4ZUJ A; 1A6X A; 2UUB L; 2B2Y A; 3K5M A; 2EYO A; 1D8L A; 1QB5 D; 3UDI A; 2O2L D; 4KHP L; 4KTA A; 3E0E A; 3NUC A; 4JBM A; 1WD0 A; 2DJG C; 3TZD A; 5IT9 c; 1D5X C; 2K5N A; 3S1M B; 3BT7 A; 3CPF A; 3F2D A; 5EQ0 A; 4ZYS A; 1XMO L; 4GOP B; 3AEV A; 2ZYZ A; 1PYB A; 2RBM A; 3HOU H; 5LMN L; 3MVV A; 2B2T C; 4L5R C; 1QIL A; 3PO3 G; 1GXD C; 1TU2 B; 2SEB D; 3F2U A; 2WB1 E; 1LTB D; 4MTN A; 3A74 A; 3M9B A; 1E1T A; 1L1O A; 4M8A A; 1PV4 A; 1CZG A; 1MKH A; 2OQK A; 1WTO A; 3J80 c; 2F0O A; 3K80 C; 2RDF A; 2F0S A; 2NWG A; 2F0F A; 4H13 C; 4X66 Q; 3UDG A; 3D4D A; 1KLG D; 2EJG C; 3I70 A; 2PQA A; 1I94 Q; 2VUM H; 5D3D A; 4JW0 A; 1C9O A; 2CVR A; 5E7N A; 4XYQ A; 3AMU A; 5LL6 S; 1STE A; 1VMC A; 3FMC A; 4IUT A; 3LNN A; 4X3S A; 2B2T A; 3D8G A; 4DGZ A; 4LFC L; 4I65 A; 3QB3 A; 3QWN A; 3MA2 B; 2FFK B; 1GUO A; 1EIH A; 5EPJ A; 2B63 H; 3E9H A; 2A74 C; 4K14 A; 1YHB A; 2WKC A; 1H9R A; 4DPG A; 4IN3 A; 5IGD A; 2KOL A; 4ZQ3 A; 3IEY B; 1HNZ L; 4A3M G; 3A8I E; 2K7V A; 1EFI D; 3MWY W; 1SEB D; 3SDZ A; 3NK9 A; 2F0M A; 5DEH A; 5TSS A; 1GM5 A; 3GTK B; 3EFX D; 3HKZ E; 1KNA A; 1WTP A; 2JK8 A; 2K52 A; 1EY0 A; 1RTO A; 4NB3 A; 2JYO A; 4BA1 I; 4FF2 A; 4YIJ A; 3F1Z A; 2HUG A; 2XRS D; 1BO0 A; 2M2L A; 4B3S L; 4R4I A; 4ZK9 B; 1KC8 C; 2X6G A; 4JI8 L; 3FPU B; 1Y1V H; 3X3M A; 2O5J C; 3NTK A; 2VNU D; 2MO1 A; 4BBR H; 5M5Y B; 4H02 A; 4JI5 Q; 4A3K B; 3DWP A; 3P20 A; 3J80 i; 3M4O H; 1V1Q A; 1WTH A; 1XMQ Q; 4IFD I; 2OXP A; 4A3J H; 1FJG L; 4QUF A; 2FHT A; 4XYO A; 1YNN D; 4C1N K; 1TWG B; 1JOO A; 1Y1O A; 1Q3L A; 2ZTC A; 4A4I A; 2E2J H; 3ERQ A; 4RKL A; 1YVC A; 3KF6 B; 4ZCK A; 1K0R A; 3M7N A; 1ICF B; 1X9N A; 3J81 j; 4DV2 Q; 4ILW A; 1ESF A; 4J8Q A; 2PW5 A; 1BR9 A; 2X69 A; 1GOZ A; 4C2M B; 3DUZ A; 1STA A; 5GRO A; 3CCR A; 1BDO A; 4A3I B; 4R8I A; 2NN6 I; 3I4M B; 1KLU D; 2CH4 W; 1STN A; 1RF2 D; 3MZ5 A; 4G57 A; 3PGZ A; 5T1I A; 3BDL A; 1EYG A; 4A3B B; 2RVL A; 1CQV A; 2F0K A; 4LFA Q; 4JI7 L; 4DUZ L; 4OIK A; 3IL8 A; 2B63 G; 1U0L A; 5A2Q L; 2YTY A; 4QF4 A; 2UXD Q; 3JAM L; 3HGB A; 3G6E A; 2JA6 G; 2RHQ B; 2BA0 A; 1E2Z A; 3H94 A; 1S5C D; 2H1E A; 4RKB A; 1Z9F A; 1VQ9 A; 1SMY D; 4HED A; 1JJC B; 3W5O A; 2WAQ E; 3VYT A; 4NPS A; 2E75 C; 2JSO A; 2F0H A; 1ZYR C; 2OQ0 A; 1LO5 D; 1WCM H; 1II3 A; 1SNQ A; 1X3Q A; 2WB1 G; 1SJE D; 3VA5 A; 4QUC A; 2K50 A; 1VQK A; 1RIP A; 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5E4X A; 3HOX G; 2FKC A; 1LUZ A; 4B3T Q; 4B9W A; 1JJ2 A; 4K6D A; 4EGV A; 2QKI C; 2R6G A; 2XRQ D; 3LWE A; 4MZ9 A; 3S17 B; 1LAB A; 4DR5 L; 4PV1 C; 2KBN A; 1HFG A; 2R93 B; 4R4C A; 3E0J A; 5C4H A; 1HCZ A; 5C3X A; 1SYD A; 2GJW A; 4NKL A; 4R8N A; 2NVX B; 1EIY B; 2Q8I B; 4A3G B; 1OXT A; 1WTQ A; 5IWA L; 3CMA A; 3CC4 A; 3NWS A; 3RNU A; 4RGN A; 4GS3 A; 3HOY B; 2KVM A; 4A93 H; 4CDC C; 3NPP A; 2B2W C; 2LY7 A; 1TS2 A; 1KIX A; 1C8C A; 3T1H Q; 3FRP B; 1IL8 A; 5JJK A; 1EQQ A; 1XTD A; 5LMU Q; 2CH4 A; 4R4Q A; 4O1N A; 1Q82 C; 3H15 A; 2F3W A; 4UY8 C; 4K8I A; 1TVX A; 5JVH 3; 4HIK A; 4A3F H; 2NYZ D; 4DNT B; 4OWW B; 5G3L F; 1I50 B; 2KCM A; 2WAQ G; 1D7Q A; 2D2C C; 3I56 A; 4LUO A; 2AUK A; 3OW2 A; 1PRT F; 3CCL A; 4LQE A; 1HTP A; 2VL6 A; 4TKO B; 2OCE A; 2XWB B; 1HQR D; 3LGJ A; 3HOW B; 5M5X B; 1I4P A; 2B2W A; 4IJL A; 1L0W A; 1VQN A; 1XJV A; 4K5V A; 2MQH A; 4JPB W; 4FF4 A; 4HR7 B; 4BY7 G; 2EOT A; 2R7Z G; 1U5K A; 4K2L A; 1F2L A; 3CXC A; 1EY5 A; 1MBY A; 4DAV A; 3D0F A; 3AJV B; 2XTI A; 1S5B D; 2YU9 B; 2SNM A; 1G51 A; 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