The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
3
|
sequence length |
42
|
structure length |
42
|
Chain Sequence |
NNKYWLVKNSWGEEWGMGGYVKMAKDRRNHCGIASAASYPTV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of MHC class II-associated p41 Ii fragment bound to cathepsin L reveals the structural basis for differentiation between cathepsins L and S.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN (CATHEPSIN L: HEAVY CHAIN)
|
| molecule tags |
Hydrolase
|
| total genus |
3
|
| structure length |
42
|
| sequence length |
42
|
| chains with identical sequence |
D
|
| ec nomenclature |
ec
3.4.22.15: Cathepsin L. |
| pdb deposition date | 1999-01-07 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Cysteine proteinases. Chain C |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4CDF C; 1MHW C; 4OEM B; 4CDD C; 2DJG C; 1ICF B; 4CDE C; 2DJF C; 1K3B C; 4OEL B; 4CDC C; #chains in the Genus database with same CATH topology 5BN5 A; 1NR2 A; 2J4X A; 4IUP A; 4Y52 H; 3J7Z C; 2JA5 G; 1EYC A; 3PUW A; 1EL0 A; 3LWE A; 1J5E L; 1A3V A; 3WDN A; 1XJV A; 2MUY A; 1UWV A; 2QGQ A; 1AFP A; 1CKO A; 2Z0S A; 3I4O A; 2UXB L; 5T1G A; 4A3I H; 4HTH A; 2DJF C; 2L12 A; 4DV7 L; 2R61 A; 3G71 A; 1N8R C; 3R2T A; 4HMJ A; 2F0L A; 5FJ8 G; 1M4V A; 4A93 G; 1S3O A; 2H1E A; 3B6Y A; 2YU9 B; 4KHZ A; 2N78 A; 3RR5 A; 1ILP A; 3PO2 B; 4GN4 B; 5JOB A; 4N8F A; 3JAM c; 4J6H A; 1QNK A; 1ASZ A; 3RN2 A; 4NXM Q; 4PZ6 A; 1F9Q A; 1RTN A; 3S1Q H; 1DGS A; 3HZX A; 1MBY A; 1CI3 M; 1QUQ B; 1HFN A; 4DUY L; 4NXN Q; 2B2Y C; 1VQC A; 3I90 A; 1J9O A; 1SE3 A; 3HEJ A; 1DYQ A; 1LLR D; 2FIN B; 2EVB A; 4P75 A; 3I55 A; 2F0J A; 4C3J B; 3Q23 A; 1KQS A; 3H6M A; 4POF A; 2CW0 D; 2B63 B; 1SJE D; 3S24 A; 1U4P A; 1LTL A; 2JSO A; 2WB1 B; 3HOY H; 2K75 A; 2NN6 H; 2Z6B A; 3PO3 G; 3GTO H; 1BR9 A; 3KF6 B; 2RQX A; 3TP7 A; 5C4X G; 1HHV A; 4XQJ A; 2IPK D; 2UUA Q; 1LT6 D; 3MXG A; 3H09 A; 1JB3 A; 2B29 A; 4A3G G; 4A3I B; 2K5W A; 1UEA B; 4IAL A; 5FLM G; 1NE3 A; 4JI7 L; 1FD7 D; 1TS4 A; 2WP8 J; 2KHJ A; 4MIU A; 2VQE Q; 4HN7 A; 4HJ8 A; 1YI2 A; 2A19 A; 1EY5 A; 4DAY A; 2JE6 I; 1P16 A; 1UUP A; 1XNR Q; 1EQT A; 4HJ5 A; 1MD2 D; 1BCP B; 2QA4 A; 1S5B D; 2P5Z X; 3OSO A; 5E1F A; 1EZ8 A; 2E74 C; 3GV6 A; 3A56 A; 3CU7 A; 2F0K A; 4CBV A; 1IBK L; 3TQY A; 2XWB B; 2JXM B; 2ZXO A; 1EQV A; 1BXT A; 1E2Z A; 3NTH A; 3H3V H; 5COY A; 3S1Q B; 1AE2 A; 4RKL A; 4BS9 A; 4IPG A; 3SGI A; 1CA5 A; 4X65 Q; 4YHH Q; 1B3Q A; 3OTO L; 1H9M A; 4QB4 A; 4ZCK A; 1EIY B; 3T4A C; 1DOM A; 4YWK A; 4M8A A; 4P74 A; 2IX1 A; 1EOV A; 2AQ3 B; 2WAQ E; 4K5V A; 4WRD A; 3HOY B; 3TP5 A; 2I5H A; 5IE8 A; 4AQY L; 3GTO B; 2JA8 G; 4AYB G; 1AH9 A; 4DV1 Q; 1EYA A; 4LUV A; 3D6C A; 1ZYR D; 2F0U A; 4DR1 L; 4FF1 A; 4H44 C; 1EYD A; 1LTB D; 2NBF A; 2VB3 X; 4DV4 Q; 2K5D A; 3MA2 B; 4G7Z C; 2VZA A; 1HZA A; 3PF5 A; 5K36 H; 3A7A B; 3M4P A; 3MEH A; 1RJT A; 1X54 A; 4LAA A; 3TZD A; 1FNW A; 3PQI A; 5EKK A; 5ELF A; 1N32 Q; 4KLK A; 4KI0 A; 3U50 C; 2RDH A; 2RA4 A; 4IPD A; 3PUX A; 4IUT A; 3UE1 A; 2EYP A; 1N9W A; 3U4V A; 1GJX A; 1JC7 A; 1SAP A; 2Y0S B; 1T5X D; 1U0L A; 1BDO A; 1IBM L; 4R1J A; 1TWF H; 1YHQ A; 2HIX A; 2SNM A; 5ELN A; 2A68 C; 4JI3 L; 4LF7 Q; 4TRD A; 4XDX A; 3BVG A; 3M7N A; 1O7Y A; 1GD7 A; 3CMA A; 3K8A A; 5LMN Q; 4B9W A; 3NEN A; 2ASB A; 2EJM A; 3HKS A; 3ER0 A; 1PH6 A; 1AE3 A; 1VQL A; 2B2V C; 1GUO A; 1B4O A; 1YJW A; 3R3O A; 2JEA I; 1Q86 C; 4ODG A; 4UP7 A; 3VA7 A; 1VQI A; 1Q3L A; 2NVT H; 4IUN A; 3A74 A; 2ICE C; 4M1U B; 4BBR H; 4ZQ3 A; 1CTM A; 1MHW C; 4N9T A; 3VR2 A; 2F0O A; 5LL6 S; 5CBA E; 4JG2 A; 1RF2 D; 3VDY A; 1HTL D; 4JOI A; 4ZRZ A; 2JN4 A; 4GNX B; 2HCC A; 3VR3 A; 1HJP A; 4PG3 A; 4K2K A; 3V96 A; 3I4M H; 3T16 A; 1XWE A; 1K3R A; 4O0A A; 1CFM A; 2ZTE A; 3NQT A; 3OW7 A; 1E1T A; 1JWM D; 1OXV A; 4YCV A; 3X3M A; 1JT8 A; 2UUB L; 3PO2 G; 4HJ9 A; 1PFN A; 3MC0 B; 1VQB A; 1PMR A; 1HH2 P; 3P1H A; 4KN7 C; 1NY4 A; 3BDO A; 3FMC A; 4GLA C; 2DNC A; 1JJG A; 5GAG C; 2I07 B; 5BR8 L; 2NB0 A; 1M8A A; 5C3W A; 2QDL A; 2WAC A; 2L4N A; 1TWF B; 3I72 A; 2XN9 C; 3FEW X; 4C3J G; 1SRU A; 2FJ2 A; 3EIV A; 2B63 G; 2JP1 A; 2MHV A; 4CJ0 B; 2AUJ D; 3HFZ B; 2K6A A; 4OGQ C; 4Q5V A; 2K1B A; 5C4Z A; 3Q8D A; 2WB1 G; 2B2W A; 1BO0 A; 2CKZ B; 4XTC S; 1D2B A; 1KC8 C; 4FXD A; 5C5M A; 4C56 C; 1UNS A; 2L55 A; 3R2I A; 1N36 L; 4GOP A; 4FNF A; 1PZI D; 3CP0 A; 1EY8 A; 4GS3 A; 1HNZ Q; 2E5L L; 1E2V A; 4R4I A; 2CQA A; 2NVT B; 1R4Q B; 4JBM A; 2A73 B; 5CYU A; 4G7O C; 4X66 L; 3N6R A; 4BBR B; 3ULL A; 2KQ3 A; 1TU2 B; 2UU9 Q; 4E6I A; 2PZW A; 5KNB A; 1QVG A; 2BH2 A; 4A3I G; 3LNN A; 5M5W H; 2F0N A; 4DV6 L; 4L6T B; 3CCE A; 3T1H Q; 3GTG H; 1E2W A; 3I4M B; 1EFW A; 1QE6 A; 2B2U A; 2K5N A; 5FLX L; 1RCV D; 3NSW A; 1A0I A; 1L0X B; 1SXT A; 3L3O C; 1XMQ Q; 4C2M H; 3UDX A; 2OT2 A; 1EFI D; 3QO2 A; 3S16 B; 3JAM E; 3L0O A; 4LFA L; 4LK1 C; 4YCW A; 1Y8N B; 4ZUJ A; 3BZK A; 1TWC H; 1G2S A; 5C6A A; 3ULJ A; 2B39 A; 4U67 3; 1EIG A; 3J81 c; 3T1Y L; 4YIJ A; 1QWY A; 1KDA A; 2C5C A; 2PI2 A; 2K5V A; 4DR4 L; 2GA4 B; 1R4P B; 5M5Y H; 1IZ6 A; 1S5F D; 1LO5 D; 3A8I E; 4GLV B; 5FOB B; 2K7V A; 4G4K A; 3TZU A; 4MTN A; 1TKW B; 1G29 1; 3NWS A; 4KJO A; 2WAQ B; 3A55 A; 5A35 A; 2EE1 A; 3AEV A; 2NVY H; 3CC2 A; 3KLW A; 3NTI A; 3NBH B; 4OWX B; 2F4V Q; 4LUO A; 4DNI A; 1KRT A; 1Q1E A; 1G8Z D; 3VR5 A; 3HOY G; 1Y8P B; 1B1Z A; 3GO5 A; 2NN6 G; 1SN8 A; 2XSC A; 1WFQ A; 4JW0 A; 3BYT B; 2JA6 H; 3MXP A; 1PRT B; 4HMI A; 2E76 C; 5I4D A; 3FRP B; 1JWS D; 1EWH A; 3P20 A; 2B3G A; 2I5L X; 1STG A; 1EIF A; 3RMH A; 1SSO A; 1X65 A; 2O4X A; 2DGY A; 4WJ3 M; 5IP9 H; 3F8T A; 5M5W B; 1A63 A; 5A2Q L; 1NR4 A; 4UY8 C; 2XRQ D; 4FXG C; 1J5E Q; 2BA1 A; 3HKZ E; 3BYY B; 3GTG B; 3RNU A; 1LTA D; 1C0A A; 2VS1 A; 2OXP A; 4KV6 A; 4XIG S; 2VW9 A; 3VYT A; 2HDM A; 2X6L A; 5GAE C; 2UXB Q; 1WTV A; 4GZY C; 4C2M B; 1TVX A; 1DOK A; 3SK8 A; 1S40 A; 4DV7 Q; 2Y0S G; 3I4L A; 2E75 C; 1K8O A; 1QNU A; 1TWC B; 4WFN 3; 1W2B A; 3RUZ A; 2LFN A; 2JQO A; 4PZ8 A; 1Y1W B; 3C1E A; 3GTJ H; 1T5E A; 3VYU A; 5M5Y B; 5CV7 A; 1X3P A; 3WOF A; 2ID0 A; 2NYZ D; 4U68 A; 3AFP A; 2JA8 H; 4CDC C; 4DK0 A; 4R4T A; 1OXT A; 4A76 A; 4UP9 A; 1WTR A; 4DUY Q; 1K3B C; 4DV2 L; 2NVY B; 2VNU D; 1HNX L; 2ZM6 L; 1EEF D; 3NHH A; 3D4R A; 1AZQ A; 1EY0 A; 1D7Q A; 1NCV A; 2KBN A; 2A6E D; 3STB C; 4WOR A; 3UI2 A; 5FO7 B; 2UXD L; 3ZYY X; 2IHF A; 5G3L F; 2K4K A; 2JA6 B; 1MI2 A; 2G9H D; 2EOT A; 4RCN A; 5CMD A; 4RGM A; 4YWL A; 1PRT D; 1KDC A; 4A3B H; 5C44 H; 3E9I A; 1EQQ A; 2EY2 A; 4MN3 A; 2JYO A; 2ALY B; 5DLQ E; 1Q8K A; 2AQ2 B; 5JAV A; 5K36 G; 1K9M C; 1B8A A; 3CXC A; 4QL5 A; 4IOA A; 2KCT A; 4IUU A; 2R7Z H; 1PLF A; 3SHL A; 1IW7 D; 1B7Y B; 1PXU A; 3KLR A; 4HIM A; 1F2Z A; 1XXG A; 1EYG A; 2R6G A; 3NP8 A; 4KN4 C; 3BVM A; 3F1Z A; 1YNN C; 4JI7 Q; 4C3I H; 2RHS B; 3NXW A; 1XPO A; 3GTL H; 1H9S A; 1H9J A; 1V1P A; 2R93 H; 1ROD A; 5T1I A; 3SDZ A; 3GTJ B; 1FL0 A; 4KTA A; 4R4Q A; 5GAH C; 4OO1 I; 1SYE A; 3EBE A; 4V19 0; 1KAB A; 2KEC A; 1SNP A; 1KL9 A; 3GTM H; 4HSP A; 1OTC A; 2EZV A; 2JA8 B; 1JOK A; 1JWU D; 1JB7 A; 2F0W A; 1GHK A; 4DR3 L; 1Q90 A; 4A3F H; 2RHQ B; 2FMC A; 4B9X A; 4ZUI A; 3E3X A; 2EY6 A; 5J39 A; 4JI6 L; 4NB3 A; 4DV3 L; 1XPR A; 3H94 A; 3OTO Q; 4NDX A; 2KA7 A; 4BBR G; 2AUK A; 2KCC A; 1WJJ A; 4HED A; 3P75 A; 2L5T A; 5CV6 A; 1RKN A; 4C3H H; 2CWA A; 4GKJ L; 1OXU A; 1V9P A; 1FR3 A; 5HGT A; 4A3B B; 5C44 B; 3I4M G; 2KCM A; 2DUD A; 1PFB A; 1Q1B A; 1KLU D; 2KUM A; 4GKK L; 4KHP L; 1I4Q A; 4AQY Q; 3AYH B; 3M9B A; 4RHS A; 2F0Q A; 2F4I A; 3DHQ A; 2E2J H; 2NVX H; 5CV8 A; 4DR1 Q; 3GTK H; 4X3T A; 2R7Z B; 3CCL A; 4KK7 A; 1A3U A; 4CDD C; 4X62 Q; 1FNV A; 3I70 A; 1YEZ A; 2C35 B; 5IIF A; 1XX8 A; 4HAE A; 2EJG C; 1K8M A; 4OL7 A; 4A3D H; 4C3I B; 2F0V A; 2GN5 A; 2SEB D; 3GTL B; 4DA2 A; 1OO9 B; 2R93 B; 4I65 A; 2WAQ G; 3K59 A; 4ME5 A; 1QJO A; 1IKL A; 1CKN B; 1SYB A; 1AW7 A; 3DWQ A; 4I7Z C; 3GTM B; 2LY7 A; 4GN5 A; 2RKS A; 4O2D A; 1KD1 C; 2KJX A; 4JI3 Q; 3TDQ A; 4F8M A; 3I56 A; 2NTS A; 1VQP A; 4NW2 A; 4A3F B; 1K73 C; 3U4Z A; 4IPC A; 4DR7 L; 1ENF A; 5LMN W; 2L15 A; 2Z6K C; 5EJW A; 3HKZ B; 3NPP A; 3BU2 A; 3P7J A; 1JOQ A; 3E0E A; 5C0X J; 2VUM H; 1E0B A; 4C3H B; 3KF8 B; 1IBL L; 1YBY A; 2F0F A; 2D0O A; 4QIW E; 4HR7 B; 5JEA J; 1AP0 A; 1GVP A; 2D0P A; 2HHH L; 2BA0 A; 1U4R A; 2YTX A; 3TEH B; 1II3 A; 1I5F A; 4JYA Q; 3IL8 A; 1Q7Y C; 1YVC A; 5AJ3 L; 1V8Q A; 4LF5 L; 2NVX B; 4A3E H; 2E2J B; 3AQQ A; 2CFM A; 1MGS A; 3J81 E; 3GTK B; 3TSS A; 1TS2 A; 1Y1W G; 1I4R A; 1PYW D; 1Y1V H; 2KHI A; 2KEN A; 3Q6S A; 3PV0 A; 3H0G H; 4JI8 L; 1L2F A; 3MZ5 A; 1QIL A; 4X64 L; 1RIP A; 1S4Z A; 2V1C C; 3LX0 A; 3RZO H; 2YTY A; 2UUB Q; 4ID6 A; 1LM0 A; 3C1F A; 3C46 A; 4A3D B; 1PTO H; 1XTC D; 1PVO A; 4TSS A; 1HR0 W; 2ZXP A; 2HT1 A; 3DWP A; 2E2D C; 1X3Q A; 1U5K A; 4A3K H; 4B3R Q; 2M2L A; 3BS1 A; 1ML0 D; 2KVM A; 2ZT9 C; 3AU7 A; 5BR8 Q; 4DF7 A; 1FVI A; 5IGG A; 3N52 A; 1KRS A; 3IFD A; 1ONL A; 1QVF A; 1EZ6 A; 1VQD A; 4BBS H; 3RLO A; 2A74 C; 1RDP D; 2ATW A; 2JA6 G; 3F2U A; 4CKC A; 3MAQ A; 2OQK A; 5L37 A; 1SYF A; 1HNW L; 1K0R A; 4HCE A; 3NBI A; 2KOL A; 1UE5 A; 4APV A; 3M7G A; 3NUC A; 3FPU B; 5IP9 G; 4FDB A; 1S5E D; 3K5M A; 3I4N H; 1N36 Q; 1VQH A; 3TP8 A; 2VUM B; 2E5L Q; 4JOI C; 4X6A H; 1BKB A; 1VF7 A; 2ZTC A; 1V1Q A; 1UEB A; 4A4I A; 4EX5 A; 3QB3 A; 4X66 Q; 3E5S A; 2O5J C; 2HUG A; 4ZK9 B; 4RAU C; 4DV6 Q; 4A3E B; 1Q12 A; 5E3F A; 3A0J A; 1X3E A; 3HOW H; 1EQR A; 1Y1V B; 1Q82 C; 1EY9 A; 2B2T C; 4ABN A; 3QWN A; 2HIV A; 5ELB A; 4DR2 L; 3H0G B; 5C0X I; 1CT1 D; 3K6O A; 1ZKO A; 3T53 B; 5KYL A; 1STE A; 3OOC A; 4DKA C; 2XWJ B; 3RZO B; 4LFA Q; 1PTO B; 4K2L A; 2K01 A; 4IUR A; 4Q0F A; 3DMU A; 2F0I A; 4J15 A; 1B50 A; 2OTL A; 3T1Y Q; 2MJ8 A; 4F88 A; 1Y14 B; 4A3K B; 2PNR C; 4IUV A; 4DR4 Q; 3ERQ A; 1PH5 A; 5J1Z A; 2K14 A; 4OWT B; 4P2C B; 1SMY C; 1EU3 A; 2B2W C; 2F0S A; 1FJG L; 4BBS B; 2BH8 A; 1G6Z A; 1M90 C; 4DV0 L; 1D5M C; 3VYS A; 4Y7N H; 4GOP C; 3S14 B; 4A3B G; 5DNF A; 5C44 G; 5I6W A; 3TP6 A; 1IKM A; 1RTO A; 1BCP D; 2CW0 C; 1DJR D; 4KKT A; 1J8I A; 2F52 A; 2FXQ A; 4C1N I; 3ND8 A; 3K80 C; 3I4N B; 1CZG A; 1QOH A; 5H1S E; 5IT9 c; 3H15 A; 2FMM A; 3A5Z B; 2F1M A; 2PNH A; 3GTQ H; 2KHS A; 2K5Q A; 3BDL A; 2R7Z G; 1DOL A; 1HA5 A; 1D8L A; 1VS0 A; 3GQB A; 3CF5 A; 5D65 A; 2B2U C; 1VQ5 A; 4QF4 A; 1UAP A; 4N9P A; 1CZW A; 5I2X A; 3DLL A; 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