The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
107
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structure length |
106
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Chain Sequence |
MYVKFDDFAKLDLRVGKIIEVKDHPNADKLYVVKVDLGDEVRTLVAGLKKYYKPEELLNRYVVVVANLEPKKLGIGSQGMLLAADDGERVALLMPDKEVKLGAKVR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure and function of the C-terminal domain of methionyl-tRNA synthetase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
C-terminal domain of Methionyl-tRNA synthetase
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| molecule tags |
Ligase
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| source organism |
Pyrococcus abyssi
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| total genus |
17
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| structure length |
106
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| sequence length |
107
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| ec nomenclature |
ec
6.1.1.10: Methionine--tRNA ligase. |
| pdb deposition date | 2002-08-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01588 | tRNA_bind | Putative tRNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Nucleic acid-binding proteins |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1NE3 A; 3TRZ A; 4DAM A; 3PGZ A; 1VQB A; 2YTV A; 3I56 A; 2VQF L; 1GKH A; 4LFA Q; 4LF7 Q; 3J80 i; 2K5H A; 4HJ5 A; 1IXR A; 1IL2 A; 4OXP A; 2E2J H; 2KCT A; 4UY8 C; 1UE7 A; 3BZK A; 5M3M G; 4K0K Q; 2UXB Q; 4LF6 Q; 5HY6 A; 5IWA L; 4X66 Q; 3CCE A; 3VDY A; 2ID0 A; 4GLA C; 3I4O A; 4BY1 G; 2NVQ H; 3I2Z A; 3HOV G; 1C9O A; 4IOC A; 3KOJ A; 3PIO A; 3UDF A; 4C2M H; 4BY1 H; 2BA1 A; 2K5V A; 1J5E Q; 3HOV H; 1UE5 A; 5M3F G; 3CCU A; 1JE5 A; 4P71 A; 1XJV A; 3EN2 A; 1SE8 A; 4UP8 A; 1KHI A; 4KI0 A; 3L2P A; 1U5K A; 4MTN A; 5E7N A; 1Z9F A; 4DV2 L; 4ALP A; 1PHJ A; 3GTQ H; 1GO3 E; 4DR7 Q; 1VS0 A; 2HIX A; 2KCM A; 4X62 Q; 1YHQ A; 2E8G A; 4DPG A; 4OWT B; 4IPG A; 3ER0 A; 4JI5 Q; 2UU9 Q; 1VCI A; 3PO3 G; 3K80 C; 4GLV B; 1Q46 A; 5IYC G; 4RMF A; 1CKM A; 4JI3 Q; 1PH2 A; 2JA8 H; 2YTY A; 3PO3 H; 3CCJ A; 2E2I H; 2V1C C; 3HOW G; 3CCR A; 3S17 H; 2PQA B; 2I5H A; 1X56 A; 4JI7 Q; 1N32 Q; 2Q2U A; 1PH9 A; 4GNX A; 1A0I A; 5LMN L; 1QZH A; 4POF A; 5M5X H; 1PH8 A; 2WP8 J; 4QQB X; 1VQC A; 3PV0 A; 2Q2T A; 5IYB G; 1XNQ L; 2OQ0 A; 1QVF A; 1K73 C; 1HH2 P; 1M1K C; 2OTJ A; 4B3M Q; 4KHP Q; 5FJ8 G; 3KYH C; 3GTK H; 1Y1W H; 1YHA A; 4RG1 A; 4P74 A; 1L2F A; 2HHH L; 1ASY A; 2F3I A; 3U50 C; 4YY3 Q; 4DV3 Q; 1OXX K; 3LGJ A; 3J7A 5; 4TQU S; 5C4X H; 5IP7 H; 4X6A H; 2R7D A; 4L5T A; 1VQI A; 1NY4 A; 2VQF Q; 3M9B A; 4IPH A; 2VUM H; 2ZM6 L; 2Z6K C; 2B29 A; 4JBW A; 4WJ4 A; 2KEN A; 4R4I A; 1I5F A; 2VS1 A; 1UEB A; 3CP0 A; 3EBE A; 3H0G G; 3KF6 B; 5C0X J; 1JJ2 A; 4JV5 L; 4DR1 L; 4A4I A; 3G48 A; 1SRO A; 2D0O A; 5IWA Q; 3WWV A; 4DUY L; 5JJL A; 4AYB G; 4HIO A; 2BH8 A; 1K8A C; 1HJP A; 1KXL A; 4LW1 A; 2PMZ E; 3NBH B; 1PV4 A; 1JMC A; 3AEV A; 4JCV E; 2JA9 A; 4YWK A; 2R92 G; 1N34 Q; 1IBL Q; 1SRU A; 1Z47 A; 4DV4 L; 1VQO A; 3PO2 G; 4DV2 Q; 2R93 H; 4DV6 L; 3F2D A; 4GKJ L; 2VW9 A; 3D31 A; 5ELN A; 2CCZ A; 1B7Y B; 3AYH B; 3U4Z A; 4A3I H; 4A3F G; 2VY3 A; 4OWX B; 1W2B A; 4R4Q A; 4B3R L; 1PH3 A; 4XTC S; 5IP9 G; 4JBK A; 5ELO A; 2D62 A; 4LFB L; 3W1B A; 1Q81 C; 1HNZ L; 3F2C A; 5K36 G; 3GDE A; 3CPF A; 3IRB A; 3BZC A; 5M5Y H; 1ASZ A; 3AQQ A; 3CW2 C; 5LMN Q; 4YCV A; 1BVS A; 4P73 A; 1K0R A; 4B3T L; 1X54 A; 1YNX A; 4GNX B; 4HJ8 A; 2K4K A; 2K50 A; 5EAY A; 2K75 A; 1XNQ Q; 2D0P A; 3HOY G; 4A3C H; 3F1Z A; 4A93 H; 4L5R C; 1YHB A; 1VQD A; 1L1O A; 1LM0 A; 1KC8 C; 1N33 L; 2PQA A; 1YEZ A; 1GM5 A; 1OXS C; 2DUD A; 2HHH Q; 4AIM A; 2ZJR A; 1NBW A; 4GKK L; 1OXV A; 1WFQ A; 4A3D G; 1N9W A; 3I7F A; 3B6Y A; 3TRE A; 4DV7 L; 1TWH H; 2WAQ E; 1VQK A; 4GOP B; 2I5M X; 1PH7 A; 4O2D A; 1L0W A; 4LNQ A; 4QIW E; 1X3F A; 5GAD C; 1Q8K A; 3GTL H; 4IFD J; 2JEB I; 5IE8 A; 2IY5 B; 1Q1B A; 3M3Y H; 4DK6 C; 3KJP A; 4A76 A; 5C4J H; 2VQE L; 4A3G G; 3PUV A; 1XMQ L; 1Q7Y C; 1PH1 A; 1C0A A; 1E3P A; 3I4M G; 2DGY A; 4IO9 A; 2WB1 E; 1KL9 A; 4JV5 Q; 2Z0S A; 1MKH A; 4DR1 Q; 3AFP A; 3J7Z C; 3I4M H; 2JA7 G; 1IBK L; 4DUY Q; 1N8R C; 2I5L X; 1WJJ A; 2K5N A; 1U0L A; 3CAM A; 1SLJ A; 1HR0 L; 2JA7 H; 3HOX G; 1HZA A; 3ULL A; 1KRS A; 3HOX H; 2ZJQ A; 2ES2 A; 2QGQ A; 1NJI C; 1T9H A; 3KF6 A; 4DV4 Q; 1Q86 C; 4DV6 Q; 4OON A; 4GKJ Q; 3I4N G; 3RZO H; 4BBR H; 1G29 1; 2QA4 A; 1YBY A; 3FKI G; 4YWL A; 3HKZ E; 2N78 A; 3PUY A; 3I4N H; 4EX5 A; 4B3R Q; 3FKI H; 3RLF A; 1VQM A; 4DR2 L; 2EXD A; 1I6H H; 4LFB Q; 5H1S E; 1HNZ Q; 2UXC L; 2JA5 H; 3CMA A; 1A63 A; 5J3B A; 1IBM L; 1EWI A; 3CCS A; 3M4P A; 1E1T A; 3RR5 A; 1E1O A; 4B3T Q; 3RLN A; 1I3Q H; 2NN6 G; 4MZ9 A; 4WJ3 M; 2YV5 A; 1VQP A; 2R92 H; 1TWF H; 1OXT A; 2PI2 E; 4A3K H; 2JA8 G; 3K81 C; 1OXU A; 4A3E G; 3S2D H; 4TVA B; 1UE6 A; 3G71 A; 1N33 Q; 2OWO A; 3KDF B; 3NEL A; 4ME3 A; 4A3E H; 1SMX A; 1L1O B; 3A74 A; 1Q82 C; 4JI4 L; 2A1A A; 2AMC B; 5C44 H; 4GKK Q; 1KD1 C; 4IOA A; 3HKS A; 1VQ8 A; 2EIF A; 3F8T A; 4MNO A; 4DR4 L; 3UDI A; 4GNX C; 4DV7 Q; 4QL5 A; 3NEN A; 2R6G A; 4APV A; 1S3O A; 1N36 L; 2B3G A; 3PSI A; 4QJF A; 3EIV A; 1Y1W G; 4IPD A; 1LTL A; 1Y14 B; 1VQG A; 5C0X I; 2OCE A; 4R4T A; 2LXK A; 1B70 B; 2FXQ A; 1CKN B; 4LUV A; 4L5Q A; 2VQE Q; 2RF4 A; 3GO5 A; 4LFC L; 1EUJ A; 4NXN L; 3S1R H; 5AJ3 L; 1YJN A; 4JOI A; 2HIV A; 4OO1 I; 2IX1 A; 5C4X G; 3RZD H; 5IP7 G; 1GD7 A; 4JOI C; 1IBK Q; 3K8A A; 4GN3 B; 3CCM A; 1SN8 A; 4GOP A; 1HR0 Q; 5DLQ E; 2EQS A; 3D0F A; 2VUM G; 3CD6 A; 5JJK A; 3HFZ B; 1C7Y A; 3PF5 A; 2A8V A; 4A3B H; 3PCO B; 4BXX H; 3CCL A; 2IX0 A; 2WFW A; 2ZTD A; 2F4V L; 1V9P A; 4A3L G; 4BA1 I; 5FLM G; 2LSS A; 2HT1 A; 3K0X A; 2ZJP A; 4A3L H; 4H02 A; 2Y0S E; 5FLM H; 3RN5 A; 4JI8 L; 5C3E H; 1MJC A; 4NB3 A; 3CXC A; 3CCV A; 2I0Q A; 3ZJY C; 4LWC A; 1EOV A; 3RLO A; 5LMU L; 4L5S A; 1EIF A; 1YI2 A; 5GAH C; 3W1G A; 4DR2 Q; 5GRO A; 1JB7 A; 1K3R A; 4C3I H; 2UXC Q; 2H5X A; 1X6O A; 2R93 G; 1P16 A; 1FGU A; 1X3G A; 4YHH L; 1IBM Q; 3S16 H; 3GD7 A; 1XPO A; 1X55 A; 4GS3 A; 3KFU A; 4A3I G; 4OX9 L; 3JC6 6; 3CC7 A; 4LF4 Q; 3PUX A; 1EQQ A; 5BR8 Q; 1W3S A; 1SR3 A; 5JEA G; 3M7N A; 1WCM G; 4JI4 Q; 1H95 A; 3JAM c; 1YVC A; 2UXD L; 1WCM H; 3M85 A; 4JI6 L; 1IYJ B; 2GVB A; 4DV0 L; 2UUB Q; 2GVA A; 2WAQ G; 3F2B A; 2CWA A; 4A3J G; 1SFO H; 1PH6 A; 3I55 A; 4DR4 Q; 4A3C G; 5JJI A; 4A93 G; 1V43 A; 4A75 A; 4A3J H; 4IFD I; 5IYD H; 4UP7 A; 1D8L A; 1Q12 A; 1N36 Q; 3M4O H; 3KDF A; 3CME A; 2BH2 A; 4DUZ L; 2K14 A; 1X65 A; 1XTD A; 2WB1 G; 3TQY A; 1L1O C; 3KJO A; 4LFC Q; 4NXN Q; 3NEM A; 3MXN B; 1N34 L; 5AJ3 Q; 2CQO A; 2JQO A; 5GAG C; 1S40 A; 1AE2 A; 3TS2 A; 1D7Q A; 4BA2 I; 4DR3 L; 1PH5 A; 2MO1 A; 2KHJ A; 2CKZ B; 2NZO A; 2RHQ B; 4B3S L; 2PI2 A; 1YJ9 A; 4DKA C; 3MEF A; 2JJQ A; 1CKN A; 5LMN W; 1VQ6 A; 2E2H H; 1KRT A; 2F52 A; 2F4V Q; 4IJL A; 2MNA A; 4AH6 A; 1HZC A; 3HKZ G; 4Y7N H; 4LF5 L; 1CSQ A; 4J15 A; 4BBS H; 2Q2I A; 4JI8 Q; 3GTJ H; 2HQL A; 1QUQ B; 3J81 j; 3K7U C; 4PZ8 A; 1Y1V H; 4R1J A; 4DAY B; 2ZTE A; 4YWM A; 5LMU Q; 5HGQ A; 1S72 A; 1OTC A; 2BA0 A; 3GTG H; 3GTM H; 1RL2 A; 1VQ9 A; 3PUZ A; 2ATW A; 5IY0 A; 4JI0 L; 1VQE A; 3HOZ H; 4BY7 H; 2E5L L; 4YHH Q; 2OTL A; 4LF9 Q; 4BBR G; 1YJW A; 2R7Z H; 2YU9 H; 4OX9 Q; 4NXM L; 2CWP A; 3BJU A; 1VQA A; 4JC0 A; 2AWO A; 4JYA L; 3CCQ A; 1XPU A; 4JBM A; 2Q2H A; 3H15 A; 1QVC A; 3U4V A; 4XIG S; 4DR5 Q; 1M90 C; 1JT8 A; 1KQS A; 4GN5 A; 1EFW A; 2JA5 G; 1IZ6 A; 4DR6 Q; 2N49 A; 1DGS A; 2NVX H; 2UXD Q; 2NZH A; 5JEA J; 4HJ7 A; 1VQ5 A; 4JI6 Q; 4POG A; 3E9I A; 5GQO A; 4C3J H; 4DV0 Q; 2PNH A; 1R9T H; 4X65 L; 3S14 H; 1NMG A; 2B63 H; 1XNR L; 3BU2 A; 2R7F A; 4LUZ A; 2JEA I; 4FDB A; 1JJC B; 4A3K G; 2XGT A; 1XMQ Q; 3STB D; 1XPR A; 2MQH A; 4P72 A; 4LF4 L; 4DV1 L; 5C0X G; 3S1M H; 2JA6 G; 1HNW L; 5BR8 L; 4DV5 L; 1E24 A; 1G6P A; 1TXY A; 4DUZ Q; 1P8L A; 1MJE A; 2JA6 H; 1WOC A; 3CPW A; 3CC2 A; 4PG3 A; 5C44 G; 1IBL L; 3H3V I; 2K52 A; 4OO1 G; 4PMW A; 3J81 i; 2AKW B; 5M3M H; 4IPC A; 3Q8D A; 2GN5 A; 1VQJ A; 4LF8 L; 4DR3 Q; 2UUB L; 1FL0 A; 4PZ7 A; 1X3E A; 3STB C; 3UDG A; 2YYZ A; 1K8G A; 5IT9 c; 4B3S Q; 4GN4 B; 3PIP A; 1VQ4 A; 1TWC H; 1PYB A; 2C35 B; 1PFS A; 3T1H L; 4O0A A; 2MO0 A; 2MFI A; 5M3F H; 3ICE A; 2RHS B; 2L15 A; 2Y0S G; 4JBJ A; 3PF4 A; 2XTI A; 2RCN A; 3CQZ H; 1XMO L; 1PH4 A; 1X9N A; 3W5O A; 4LF5 Q; 4IJH A; 2UUA L; 1VQF A; 3OYY A; 4P75 A; 4HJ9 A; 1CKO A; 2JE6 I; 3L0O A; 1GVP A; 5IYC H; 1YIT A; 4A3B G; 4BXX G; 1V1Q A; 1VQ7 A; 1FJG L; 1YZ6 A; 3L7Z C; 3J80 c; 3GTP H; 2KHI A; 4GOP C; 4HID A; 2IHF A; 2OQK A; 3DM3 A; 4KHZ A; 3JAM i; 2CFM A; 3CF5 A; 3HOW H; 3DLL A; 3A5Z B; 4YCU A; 1E22 A; 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