The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
68
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structure length |
68
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Chain Sequence |
KPVSLSYRCPCRFFESHVARANVKRLKILNTPNCALQIVARLKNNNRQVCIDPKLKWIQEYLEKALNK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution structure of human SDF1-alpha H25R
rcsb |
| molecule keywords |
Stromal cell-derived factor 1
|
| molecule tags |
Cytokine
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| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
13
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| structure length |
68
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| sequence length |
68
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-09-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00048 | IL8 | Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1EQT A; 2B2U A; 3G7L A; 1X32 A; 1U4R A; 5DNF A; 1RJT A; 2L1B A; 1B50 A; 3QO2 A; 1G6Z A; 1E0B A; 1B3A A; 4X3S A; 2HCI A; 1M8A A; 2MP1 A; 3KUP A; 4MHE A; 1WTQ A; 1BO0 A; 4ZK9 B; 1XYI A; 5T1I A; 1WD1 A; 1O7Y A; 5COY A; 3KBX A; 3N52 A; 1O7Z A; 2DY8 A; 4DN4 M; 2L11 A; 5EKI A; 1DOM A; 2X6G A; 3SVM A; 5EJW A; 2EOT A; 2DY7 A; 3LWE A; 2B2V C; 1QE6 A; 4HAE A; 5D14 A; 4ZAI A; 1O80 A; 1NR2 A; 2K28 A; 2L4N A; 1AZQ A; 1NR4 A; 1WD0 A; 2Q8R E; 4ZKB B; 1ZXT A; 2JYO A; 5CBE E; 1WTO A; 1MI2 A; 5EPJ A; 4HSV A; 3HP3 A; 4IUQ A; 1SAP A; 1BNZ A; 1RHP A; 4HCS A; 2NWG A; 5CBA E; 1RTO A; 2HUG A; 3I8Z A; 4XT3 B; 1DON A; 2BDN A; 4X3K A; 1C8C A; 3DEO A; 2FMM A; 1HA6 A; 1AZP A; 1ROD A; 1F9S A; 2N55 A; 1EIH A; 1WTR A; 1CM9 A; 2B2Y C; 3FPU B; 2B2V A; 1JE4 A; 1U4M A; 2IL8 A; 1BBX C; 2D9U A; 2MGS A; 5E4X A; 1QNK A; 2KEC A; 1TVX A; 3F2U A; 3GV3 A; 5AFW A; 2FFK B; 2K05 A; 4ZLT F; 2VXW A; 1MGS A; 4IUV A; 4XT1 B; 1PFM A; 2EE1 A; 1VMC A; 4O42 A; 5EPL A; 1PDQ A; 1RTN A; 1Q3L A; 3I3C A; 4OIK A; 1KNE A; 4NW2 A; 1S4Z A; 1AP0 A; 2FIN B; 2FJ2 A; 2KVM A; 1HFG A; 1B53 A; 1MSH A; 4QUC A; 3TN2 A; 2B2Y A; 1ESR A; 1KNA A; 2KEE A; 2J7Z A; 1JIC A; 1F9Q A; 2NZ1 D; 1WVL A; 1HUM A; 2MPM A; 2RSO A; 3I91 A; 1U4P A; 3IFD A; 4UAI A; 2RVL A; 4IUR A; 1HRJ A; 1U4L A; 1F2L A; 1F9P A; 2JP1 A; 2L12 A; 1GUW A; 1A15 A; 2KED A; 2M2L A; 1EOT A; 1WTW A; 2CVR A; 2L9H A; 3Q6S A; 1EIG A; 2B2W C; 5EPK A; 1EL0 A; 1MSG A; 2HDM A; 1SDF A; 5T1G A; 1WTX A; 1B2T A; 3TZD A; 4R8I A; 3D6W A; 1G2S A; 3R93 A; 1PFN A; 1J8I A; 4R9W A; 1NCV A; 3I90 A; 4RWS C; 2Q8T A; 3MWY W; 4ZKC B; 1BF4 A; 4OIJ A; 1QG7 A; 2B2T A; 1ICW A; 2FHT A; 4CJ2 C; 1ILP A; 2EPB A; 2R3Z A; 2NYZ D; 2XIW A; 1CA6 A; 3DM1 A; 4RAU C; 1DZ1 A; 4IUT A; 1B4O A; 2K03 A; 1J9O A; 2X6L A; 3IL8 A; 2N88 A; 1NAP A; 2HDL A; 4IUP A; 3DEP A; 2B2T C; 2K1B A; 4XDX A; 1WTV A; 4HED A; 1CA5 A; 1HFN A; 2B2U C; 1X3P A; 2B2W A; 3GV6 A; 2RSN A; 1X3Q A; 1SSO A; 2SDF A; 1PLF A; 3P7J A; 4RA8 A; 1ML0 D; 1XX8 A; 4X3U A; 4QUF A; 4LMQ D; 2KUM A; 5EQ0 A; 3UI2 A; 1HHV A; 1DOK A; 2RA4 A; 5D65 A; 2K04 A; 2K01 A; 4X3T A; 1IKM A; 4CJ0 B; 3ONA B; 1WTP A; 1VMP A; 5CMD A; 2KOL A; 4U68 A; 1IKL A; 4IUU A; 1G2T A; 4CJ1 B; 1ILQ A; 5E4W C; 2HCC A; 3H91 A; 5JJZ A; 1PFB A; 1LV9 A; 1F9R A; 2H1E A; 3MTS A; 4MN3 A; 3FDT A; 5COR A; 1HUN A; 1G91 A; 1DOL A; 1IL8 A; 2MJ8 A; 2X69 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4TVA B; 1A2T A; 1LM0 A; 2ZTD A; 1U4R A; 3TEH B; 3PF5 A; 1YHB A; 4ME5 A; 1BO0 A; 4GNX A; 2K5H A; 3SE0 A; 4A3J H; 1R9T B; 2YTV A; 1LUZ A; 4YIJ A; 2DY7 A; 1HZB A; 4HAE A; 1M1K C; 1P8L A; 1EWI A; 1O80 A; 1Q7Y C; 4DV0 L; 4C3I G; 1SYE A; 2F0L A; 1PTO D; 1XTC D; 2WKD A; 1ASY A; 4QCL A; 4BY7 G; 1VQD A; 1L1O A; 2O2L D; 4HCS A; 2AWO A; 1Q86 C; 4DR4 Q; 4DV0 Q; 4XT3 B; 1K73 C; 1PH4 A; 4CHT B; 4BA1 I; 2BOS A; 4JW0 A; 5CV7 A; 3V2T A; 4DGZ A; 2OCE A; 1XNQ Q; 1E2V A; 3MXP A; 5C4Z A; 1QUQ A; 2IWH A; 1SRO A; 2CH4 W; 3OYY A; 1XMQ L; 5KYL A; 3K5O A; 3VR2 A; 2B63 H; 1RL2 A; 1TU2 B; 2CW0 D; 3L2P A; 3AFQ A; 4DNT B; 3VR4 A; 3HOV G; 2F0N A; 1XMQ Q; 2OXP A; 4Y7N H; 5L37 A; 2NZ1 D; 4ME3 A; 4ULL A; 5IYC H; 4LF8 L; 4LJZ C; 1GUG A; 2KED A; 2M2L A; 3BG3 A; 5GQO A; 5M5Y H; 4J8Q A; 3LX0 A; 2Z4H A; 3M4Y A; 1QWY A; 4LF8 Q; 4JCV E; 3HOX B; 1KC8 C; 1YJ9 A; 4A3I H; 5M3M B; 2A68 D; 2XWB B; 2UXD Q; 1HTL D; 1SNQ A; 5HUR A; 3E3X A; 3G71 A; 5JPM C; 2JA8 B; 1B9M A; 5J39 A; 1C0A A; 1VQB A; 3BYY B; 4X62 L; 2LXJ A; 1J8I A; 2NVQ B; 4K5X A; 5M3F G; 3E9H A; 3KBG A; 2DN8 A; 2EYP A; 1HZC A; 5FLX c; 1PH9 A; 3PUV A; 2R92 G; 4X62 Q; 3CKI B; 4HSP A; 4A3E B; 3RZO B; 5ELO A; 4KTA A; 4DAY A; 3H91 A; 4BBS B; 1FL0 A; 3I4M H; 4IJH A; 4JI8 L; 4OEM B; 3CHB D; 2IX1 A; 2O5I C; 4IOA A; 3R3O A; 4JK1 C; 4ZRZ A; 4GNX B; 1BQQ T; 2NVX H; 3PQI A; 4KY6 A; 2PW5 A; 2F0H A; 2PNR C; 3JAM c; 4JI8 Q; 4G7Z C; 4A3F G; 1WD1 A; 4LUZ A; 2AUJ D; 4LF9 L; 4RMF A; 4KHP L; 4H02 A; 2G9H D; 2EOT A; 4ALP A; 3HOU B; 4K0K Q; 3VA7 A; 1VQE A; 3URY A; 3ICE A; 4LF9 Q; 2ZM6 Q; 5ELD A; 4QJF A; 1L1O B; 3CXC A; 5IP7 H; 3TME A; 4OO1 I; 1TY0 A; 4BS9 A; 4JYA Q; 1YHQ A; 1HH2 P; 1XWE A; 1A3V A; 5M5W B; 2MO1 A; 2EDG A; 1QUQ B; 5C0X H; 4JVZ A; 1K8O A; 1CM9 A; 1R9T H; 1C48 A; 2OQK A; 5AJ3 L; 2VXW A; 3GTM B; 4PZ8 A; 2ID0 A; 4MNO A; 3VDY A; 1QB5 D; 5C0X I; 3J80 L; 2C35 B; 4JI3 Q; 1PVO A; 1C9O A; 5KYI A; 4HJA A; 5AJ3 Q; 5GAG C; 1EQQ A; 3R2T A; 4C3H G; 4GLV B; 1F9Q A; 4P2C B; 2JK8 A; 1IYU A; 3D31 A; 4DPG A; 1RDP D; 2F0I A; 4KD4 A; 1F2L A; 2JP1 A; 1VQ5 A; 1LTI D; 3R2I A; 4ILW A; 3FHW A; 2PYK A; 2HDM A; 3FKI G; 4RFB A; 1JB7 A; 1LT3 D; 5HGT A; 4DV2 L; 4EVO A; 4YHH L; 1ICW A; 2EPB A; 2VW9 A; 1GJX A; 2PO4 A; 3DM1 A; 2HQL A; 2PNH A; 4PMB A; 4DF7 A; 2NVY B; 2ALY B; 1EEI D; 2N49 A; 2NN6 H; 4EGV A; 5FO7 B; 4EQO A; 4XDX A; 2VS1 A; 1E1T A; 2WFW A; 4RA8 A; 1K3R A; 3P7J A; 3I4L A; 1STH A; 1ICF B; 1XX8 A; 1QNU A; 2ASB A; 4DR2 L; 4O2D A; 1CSQ A; 1KAW A; 3Q22 A; 2K04 A; 4DAY B; 2XRQ D; 4U68 A; 2NN6 I; 5TSS A; 4QY7 A; 4CJ1 B; 2IT1 A; 4DR2 Q; 1LV9 A; 2F3W A; 1NNX A; 3MTS A; 5D3I B; 5COR A; 2R61 A; 3C1E A; 5M3M H; 4HJ7 A; 1X32 A; 1TT2 A; 2JA7 G; 4P71 A; 1B3A A; 4RH6 A; 3I4N G; 3PUZ A; 1QCB D; 3STB C; 1YNN C; 2JA8 H; 3DUZ A; 5JEA G; 4LF5 L; 1I4P A; 2JN4 A; 3OMG A; 2NVQ H; 1QIL A; 3NEM A; 4NKL A; 1VQH A; 2JA5 B; 4J15 A; 2EIF A; 2Q2H A; 2HHH Q; 1O78 A; 5FO8 B; 4A3E H; 1IZ6 A; 3MHB A; 4YWK A; 4E6I A; 4BBS H; 2EQS A; 2TMP A; 1RHP A; 1MBY A; 2F4V L; 5KNB A; 3J7A F; 3I8Z A; 3EVQ A; 3UE1 A; 3CCS A; 1W6J A; 1Y1W G; 5IWA Q; 2B2Y C; 1AFP A; 1U4M A; 3H09 A; 1TY2 A; 4YY3 L; 5C3E B; 2F4V Q; 4FYD A; 2GVB A; 2PQE A; 1JOK A; 3HG9 A; 1TWF B; 1RF2 D; 4ZLT F; 1I4X A; 2K33 A; 2KQ3 A; 1K8A C; 1MGS A; 4A3D G; 3L9A X; 4YY3 Q; 3HKS A; 3HOU H; 2ZJQ A; 1S3O A; 1F2M A; 2EYJ A; 1VQL A; 4XXE A; 1WVL A; 3K57 A; 4DR1 Q; 2E2I B; 5C3W A; 1PH7 A; 1PHJ A; 2K14 A; 4LK1 C; 2RHQ B; 1LAC A; 3NP8 A; 4A93 G; 5EPK A; 5FLX L; 1TWA B; 1MSG A; 3MFY A; 3S1N B; 2BE5 D; 1G2S A; 3GO5 A; 3GTK B; 1VQP A; 1NCV A; 4RWS C; 4LFA L; 2DNE A; 2K32 A; 1PZI D; 3CME A; 3IAY A; 3TBI B; 3OHX C; 2C9O A; 4K2K A; 4NPS A; 2N88 A; 1T5X D; 3PGZ A; 3CRK C; 3TP8 A; 3CMA A; 3H0G B; 3A5Z B; 2A19 A; 4ABN A; 2WII B; 4DV4 L; 2EYO A; 2R6G A; 3JAM L; 5IP9 G; 4KKU A; 3NE5 B; 2A6H C; 3CRL C; 2Q8I B; 3HOY G; 4K14 A; 2JQO A; 4IAL A; 1QZH A; 2KOL A; 4P73 A; 1E3P A; 2XNA C; 4JG2 A; 3AQQ A; 3DHQ A; 3ULJ A; 4KKT A; 1VF7 A; 2EXD A; 5J3B A; 1P16 A; 4UDU C; 1EQT A; 3S16 H; 4BBR G; 2NVY H; 5ELE A; 1EY6 A; 4AYB G; 4OGQ C; 1OXV A; 4DN4 M; 1AN8 A; 1B7Y B; 3A56 A; 3SVM A; 4GKJ L; 3ITP A; 4KHZ A; 1SYC A; 1I4G A; 3I73 A; 3GP7 A; 5CBE E; 2K4K A; 4V19 0; 3BJU A; 2QIL A; 2NZH A; 3HP3 A; 4KJN A; 4GKJ Q; 4I7A A; 1JJC B; 1FYC A; 4R4O A; 3KLS X; 1XXG A; 4A3K B; 3D8G A; 1HTP A; 4FVM A; 1KHI A; 3F2B A; 2F0D A; 4FF4 A; 2KEC A; 3H3V H; 2RDF A; 3SGI A; 1V1P A; 4XT1 B; 1GD7 A; 2IW3 A; 2D0P A; 4JI2 Q; 3O13 A; 4O42 A; 2JA5 H; 2QEJ C; 4K2L A; 1DD2 A; 1RTN A; 1LYL A; 1YBY A; 4DV3 L; 4ZCK A; 4OIK A; 1JR0 D; 2A6E C; 4JI6 L; 3WOE A; 1MJE A; 3GTL H; 1AP0 A; 3I4N H; 2PZU A; 5IT9 c; 1N34 Q; 1X55 A; 2B2Y A; 1H9J A; 1DGS A; 3H3V I; 1G51 A; 3NK9 A; 1BCP C; 1BR9 A; 1KAB A; 3RMH A; 1Z7T A; 1WTW A; 3D4W A; 4NXM Q; 2E75 C; 2LFN A; 1SDF A; 1VQ6 A; 1DJR D; 1SYG A; 5C3E H; 4XQN A; 4ZKC B; 1GVP A; 1TWF H; 2UXC Q; 1Z9F A; 1KLU D; 1X65 A; 4OXP A; 1XJV A; 5IYB H; 4IFD I; 1E24 A; 4X64 L; 3QOJ A; 3K80 C; 2CQO A; 2B8F A; 4GLA C; 1W2B A; 4X3U A; 2SEB D; 2DUD A; 1V1O A; 4IFD J; 2E2I H; 3EBE A; 1MKH A; 4A3J G; 2Z6K C; 4X64 Q; 4CJ0 B; 4A3L G; 4KY7 A; 4YCW A; 1QVG A; 1YEZ A; 1VQI A; 3GTK H; 4OX9 L; 3FDT A; 2UU9 L; 1G91 A; 3I91 A; 4I65 A; 1X6O A; 1DCZ A; 3ZYY X; 2KHI A; 1V43 A; 3J81 c; 1JMC A; 4MHE A; 4OX9 Q; 3DWQ A; 4MZ9 A; 1N8R C; 1XYI A; 2I5L X; 5EBC A; 2UU9 Q; 3E0J A; 4A3B B; 1SYB A; 4N9P A; 5DM6 3; 4R1J A; 4O1N A; 1BBU A; 1D5X C; 5LL6 X; 4A93 H; 1EWC A; 1EYA A; 2DY8 A; 2MHV A; 3MXN A; 1YVC A; 3D3R A; 3WWV A; 3ULL A; 4ZAI A; 5FLM H; 1NMG A; 3RZD B; 1YIJ A; 4XQJ A; 2B63 G; 3LGJ A; 4F8M A; 2WB1 G; 3FPP A; 3MA2 B; 1RIP A; 1NE3 A; 1PTO C; 3EQL C; 1BCP F; 1IBK L; 4HSV A; 3NWS A; 3V96 A; 4POG A; 4L63 B; 1RTO A; 4KV6 A; 1C8C A; 1EFI D; 1XMO Q; 3U4Z A; 2B8G A; 3SR1 A; 1DM0 B; 3CC4 A; 1IBK Q; 1YNJ D; 5IYC G; 4RKB A; 5KGU A; 1EY4 A; 2EJG C; 1SRU A; 4YWL A; 3HOY H; 4TQU S; 2DNC A; 1V1P B; 2ZXP A; 1ASZ A; 1O7I A; 1CI3 M; 2CW0 C; 1ET9 A; 2F0E A; 2J0T D; 1Q3L A; 4A3I G; 2UUC Q; 3CCU A; 1HFG A; 1B53 A; 3MEH A; 4DR6 L; 1BOS A; 3KYH C; 2KEE A; 4HN7 A; 2KCT A; 4FNF A; 1OXU A; 1K8M A; 2LXK A; 4NP5 A; 3PO3 B; 3Q6S A; 4NDX A; 4DV6 L; 2I5H A; 1NUC A; 1X9N A; 4DR6 Q; 4R8I A; 1PFN A; 4QL5 A; 3OMC A; 3MFG A; 2B2T A; 2F0M A; 2FHT A; 2A5H A; 3CQZ B; 4QQB X; 1ILP A; 3M4O B; 3TP5 A; 4DV6 Q; 2RHS B; 1B1Z A; 2MO0 A; 4GKK L; 1Q8I A; 3K5M A; 5NUC A; 1TQO A; 1UEA B; 1CA5 A; 2R93 B; 1EY0 A; 1X3G A; 2NTT A; 3T53 B; 1PLF A; 3K58 A; 4ODG A; 5CV6 A; 4LF7 L; 1EYC A; 1OTC A; 1EQV A; 5M5X B; 1PTO F; 4DXF A; 1IKL A; 1EEF D; 4XTC S; 2OWO A; 4RG1 A; 5IIF A; 5LHY 1; 3KJP A; 2H1E A; 1HQR D; 4CKE A; 1IL8 A; 1X3E A; 1LTT D; 5IP7 G; 1QJO A; 3BZD B; 3J80 c; 4OON A; 5DNF A; 4B08 A; 3PIP A; 4JI0 L; 1Y1V B; 3EA6 A; 3TP7 A; 3M4Q A; 2Z6K A; 1PYW D; 3MXN B; 2E2H B; 5C0X G; 3Q23 A; 4JV5 L; 3F1Z A; 1SLJ A; 4DV5 Q; 1KTK A; 3D4D A; 5CGK A; 2F0T A; 3W5O A; 2XVS A; 4LNQ A; 2I0Q A; 3HOZ H; 1NSN S; 1XPU A; 5IT9 L; 1C7Y A; 3SK8 A; 4FXD A; 4QGU A; 4WOR A; 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