The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
103
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structure length |
103
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Chain Sequence |
MDNSVETIELKRGSNSVYVQYDDIMFFESSTKSHRLIAHLDNRQIEFYGNLKELSQLDDRFFRCHNSFVVNRHNIESIDSKERIVYFKNKEHCYASVRNVKKI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Conformational features of the Staphylococcus aureus AgrA-promoter interactions rationalize quorum-sensing triggered gene expression
doi rcsb |
| molecule keywords |
DNA (5'-D(*TP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*T)-3
|
| molecule tags |
Dna/dna binding protein
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| source organism |
Staphylococcus aureus (strain col)
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| total genus |
27
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| structure length |
103
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| sequence length |
103
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-02-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04397 | LytTR | LytTr DNA-binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XQJ A; 4XYQ A; 3BS1 A; 4CBV A; 4XQQ A; 4XYO A; 4XQN A; 4G4K A; 4XXE A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1M4V A; 1K83 B; 1RF2 D; 2XVS A; 1VQC A; 4QB4 A; 3K8A A; 1BBU A; 4JI2 Q; 1TWF B; 3S1R H; 1CI3 M; 1JE5 A; 2B2T C; 2EY6 A; 3HOW B; 1N32 Q; 4XT1 B; 2IHF A; 4HCE A; 3OYY A; 2Q2U A; 2CW0 D; 1YBY A; 4ZKC B; 3L2P A; 4IFD G; 2XGT A; 4DXG A; 1HNX Q; 3GTP B; 1XNQ Q; 3PIP A; 4YCU A; 5JJK A; 4BY7 B; 4YWK A; 1ICW A; 2QDL A; 5EPL A; 4XQQ A; 2R7D A; 1O7Z A; 1YNJ C; 2BOS A; 3A54 A; 3E6Z X; 2B63 H; 1SNC A; 3QJY A; 4YHH Q; 2N78 A; 4A3L H; 2LXJ A; 3T1Y Q; 1S72 A; 2B2U C; 2ES2 A; 1BQQ T; 4O0A A; 3M4O B; 1JJ2 A; 1JT8 A; 4DV7 Q; 3P1H A; 1Y1W H; 4HSV A; 3OIP A; 3KF8 B; 4DR1 L; 3DLL A; 2KQ3 A; 1YJW A; 3WOF A; 1EQQ A; 3MWY W; 3NXW A; 1PRT F; 1WOC A; 4QMG A; 5M3M H; 4JV5 Q; 1ASY A; 4DAP A; 2EDG A; 4KKT A; 1X55 A; 2BCO A; 5C3E G; 4ZK9 B; 3PSI A; 1KDA A; 5M3F B; 1UWV A; 4IZ8 A; 3BYY B; 2A19 A; 2GA4 B; 3PIO 3; 1DD2 A; 3STB D; 1BO0 A; 4JI8 L; 5FO9 B; 1EU3 A; 4ME5 A; 3HOU G; 1TWH H; 1QIL A; 1LT5 D; 3EFX D; 4RAU C; 5KYL A; 1JB7 A; 3HGB A; 5C4Z A; 1C9O A; 1MD2 D; 3AEV A; 4IJH A; 3S17 B; 4X3K A; 2E2I B; 2HHH L; 3VR3 A; 2QGQ A; 2OXP A; 1PH1 A; 1EY9 A; 2A6E D; 3AYH B; 4ID6 A; 4F7X A; 1PFM A; 2JA6 H; 3V96 A; 2VNU D; 3VYT A; 2JA7 G; 1HRJ A; 2I07 B; 1K83 H; 2FMC A; 3E5S A; 3VYR A; 3CCR A; 1A2U A; 5IWA Q; 1TWF H; 2NBF A; 2RDG A; 3A74 A; 2J4X A; 2PQA A; 1JWM D; 4B9X A; 2JEB I; 3PV0 A; 5FLM G; 1YHB A; 5HUR A; 3I4L A; 1UE6 A; 4AIM A; 1GOZ A; 1PYW D; 4QY7 A; 3BVM A; 1GUO A; 4LF9 L; 3C46 A; 1QWY A; 2IX3 A; 2ATW A; 3J81 i; 4ODG A; 2CFM A; 3GTP H; 4KLK A; 4LFC L; 4BY7 H; 5GAH C; 1LT6 D; 2VB2 X; 4GNX B; 1Z9F A; 2B8F A; 3J80 i; 4JI4 Q; 1ZXT A; 3H3V H; 4OGQ C; 4OO1 I; 3EBE A; 3M4O H; 5G3L F; 3JAM c; 1F2M A; 4QF4 A; 4NMZ A; 5I9P A; 4KMU C; 1T5E A; 1BF4 A; 4DR5 L; 3S1Q B; 1LT3 D; 4B08 A; 4OO1 G; 4YY3 L; 2K1B A; 1GUT A; 1SND A; 3URY A; 1XMO L; 4B9W A; 2L55 A; 4CJ0 B; 4RGT A; 1EWI A; 2C35 B; 4JVZ A; 2PZU A; 4JBW A; 3VR4 A; 5JAV A; 4A3D G; 4IUP A; 3P7J A; 3ICE A; 4FF4 A; 1MIU A; 1VCI A; 1BCP D; 2IL8 A; 1TT2 A; 5M3F H; 1GUS A; 3M4Y A; 3NEN A; 3M9B A; 4OON A; 4KKU A; 4RGM A; 2ID0 A; 4XIG S; 5I2Y A; 1EWH A; 1TWA H; 2I5H A; 4K5W A; 1CKN B; 2Q2H A; 2YTX A; 2VY3 A; 1IBM Q; 1UNS A; 2MJ8 A; 3ERO A; 1DOK A; 1K3B C; 2V1C C; 4JW0 A; 2LS0 1; 1PV4 A; 4C3I G; 1HR0 L; 5K36 H; 1F9S A; 1SJH D; 1Q8I A; 3LNN A; 3S17 H; 4V0B A; 2F0T A; 1XTD A; 3CRK C; 1CTM A; 2FHT A; 1WCM G; 3AB9 A; 3HFZ B; 4A3C H; 3KOJ A; 2EPB A; 3G7L A; 3KLW A; 4A75 A; 1O78 A; 4LAA A; 1I4G A; 5J22 A; 3A56 A; 3MZ5 A; 4PMW A; 3J81 L; 4DUY L; 4LF7 L; 1SYE A; 4NXM L; 1RJT A; 5IOD A; 1SYB A; 2HD3 A; 5C4X G; 2O2L D; 5C3E B; 4A93 G; 3MC0 B; 3H94 A; 1NR2 A; 2UXC Q; 5KIX A; 1MSH A; 4B3S Q; 1DOM A; 3S14 B; 2SDF A; 1G91 A; 4LF5 L; 5AJ3 Q; 3HOU B; 4B3M L; 1QUQ A; 2JE6 I; 2EE1 A; 1NCV A; 3GTO B; 4GN5 A; 3MA2 B; 3S1Q H; 5ELC A; 2F0L A; 1KD1 C; 1ASZ A; 4JBM A; 4U68 A; 4N8F A; 2MO0 A; 3T13 A; 1A0I A; 1KQS A; 3K0Y A; 1D6E C; 3NTI A; 1B3Q A; 4LF6 L; 1OO9 B; 3MXG A; 4R4O A; 1XJV A; 3KFU A; 5A2Q E; 1TWG B; 2DY7 A; 4HED A; 4DV0 Q; 1V8Q A; 2Z0S A; 4JI7 L; 4DR3 L; 4DV3 Q; 2JEA I; 2EYF A; 4C1N K; 4DK1 A; 1D8L A; 3H6M A; 2JA7 B; 4P72 A; 1UEB A; 4DNT B; 2HT1 A; 4C3J G; 1F9Q A; 1J8I A; 4HJ7 A; 1H9R A; 2I5M X; 4FO2 A; 3CD6 A; 1B70 B; 4WJW A; 3OTO L; 2FMM A; 2Q8R E; 2WV6 D; 4YIJ A; 2KCM A; 5TSS A; 5ELE A; 1GHJ A; 4M8A A; 2EXZ A; 4WOR A; 3UDI A; 3AMU A; 1JIC A; 4IPG A; 4XQN A; 3E0J A; 3SGI A; 1I50 H; 1IHZ A; 1LAB A; 5I6Y A; 4CDF C; 1SDF A; 3V05 A; 3BS1 A; 2KBN A; 2UU9 L; 4GKJ Q; 4KD4 A; 4AQY L; 5CV4 A; 3PMF A; 1EIF A; 3TEH B; 2VL6 A; 3DWQ A; 3RLF A; 2OF1 A; 4UDU C; 1ENA A; 3PUW A; 5T1I A; 5KNC A; 3RZO B; 4TKO B; 3BZK A; 4DAY A; 3TP5 A; 1RCV D; 1OXS C; 5I2X A; 2LSS A; 3I4O A; 5FLX E; 5IT9 c; 2B2U A; 1KL9 A; 2OQ0 A; 3U4Z A; 5H1S E; 3UI2 A; 4CBV A; 4OIK A; 4A3D B; 5C3E H; 1TWC B; 4PNY A; 3VYS A; 2EIF A; 4K2K A; 2ZM6 Q; 1HUM A; 1VQN A; 4EQN A; 3FHW A; 2DN8 A; 1QZH A; 1IKM A; 1PH3 A; 3S14 H; 4IPD A; 3J7A V; 4NXN L; 5C44 G; 3I55 A; 1X3P A; 3TS0 A; 3HOU H; 3AQQ A; 1WVL A; 1YNN C; 2IW3 A; 2A74 C; 3GTO H; 1NE3 A; 4C3I B; 1TQO A; 1STB A; 1QOH A; 2ZJR A; 1B7Y B; 2A69 C; 1SMY C; 4IN3 A; 4K2L A; 2KOL A; 2HDM A; 2R7Z G; 1V1Q A; 1TWG H; 2RCN A; 5CV8 A; 1X65 A; 2CH4 A; 1JQY D; 4DF7 A; 3WDN A; 2KHI A; 1BCP B; 1W3S A; 4O42 A; 2JA7 H; 2KEN A; 4P2C B; 5HY6 A; 1STA A; 1CHQ D; 1Y1W G; 2A68 D; 1ONL A; 2K32 A; 4CDC C; 2D2C C; 1NJI C; 5FLM H; 1VF7 A; 1PYB A; 2ZTE A; 4KTA A; 4GKK L; 2KHJ A; 3MAQ A; 1YNX A; 2AWN A; 5E7N A; 1E2V A; 1GHK A; 1IBK L; 5C4X B; 1TS4 A; 3CHB D; 1EUJ A; 4A93 B; 1FJG Q; 1QE6 A; 2ZXO A; 4X64 L; 2ZJP A; 2YTY A; 4H7B A; 3IKJ A; 2N3S A; 1K73 C; 2QKI C; 1I6V C; 4Q0F A; 3Q6S A; 1PH9 A; 3GTK B; 2NWG A; 3FP9 A; 1Z7T A; 5DM7 3; 3MTS A; 4KY5 A; 3RZO H; 2IHE A; 1AE2 A; 4OO1 H; 3OMC A; 1PH8 A; 3CMA A; 4DK3 C; 4PG3 A; 1H9S A; 2F0S A; 3SK8 A; 1CA6 A; 3Q24 A; 2F03 A; 1SAP A; 1NMF A; 1VQF A; 1X9N A; 1EZ8 A; 3P75 A; 3TBI B; 3PCO B; 2YU9 B; 4R4C A; 1WFQ A; 4A3D H; 3CCU A; 3J7A 5; 1TWC H; 1GD7 A; 1Y8P B; 5COY A; 1PTO C; 1V9P A; 3T1H Q; 2N55 A; 4DV6 L; 2WFW A; 1SMX A; 1G2S A; 1S5B D; 4OXP A; 4A3M G; 4C3J B; 1PH4 A; 4J8Q A; 1Y69 U; 2CQO A; 1VQO A; 1EIY B; 3J81 j; 1X3Q A; 1E1O A; 4C3I H; 3OWE B; 2VZA A; 1STY A; 3CME A; 3DMU A; 2WKC A; 4AYB G; 4GLX A; 4YWL A; 4KY6 A; 1IBL L; 4AYB E; 5GAD C; 1JOO A; 4BY7 G; 1TR5 A; 1ZYR D; 1X32 A; 4EQO A; 3NUC A; 5BR8 Q; 2O5I C; 3DUZ A; 3NQI A; 3S1M H; 2RBM A; 3U9S A; 4KN4 C; 1C4Q A; 2NVX B; 3BJU A; 4ILW A; 3PIO A; 1DCZ A; 4UHV A; 2SOB A; 2J0T D; 1PFS A; 4V19 0; 5FO8 B; 4DFA A; 3SEB A; 1XNR L; 1JOR A; 5HGQ A; 2G9H D; 2RDH A; 2O4X A; 4L5S A; 1UEA B; 1R4Q B; 4C1N I; 1CKO A; 3F1Z A; 3UDX A; 2K52 A; 1BVS A; 1F2Z A; 2I5L X; 5C4X H; 4IQZ A; 2CCZ A; 1LTG D; 4BBR G; 1E24 A; 3BVG A; 2Z1C A; 4A93 H; 5DAU A; 2XNA C; 1HZ9 A; 1UAP A; 4ZAI A; 1MKH A; 2F3W A; 3TQY A; 4WRD A; 4XDX A; 4GZY C; 1L1O B; 1VQE A; 1NUC A; 5C44 B; 5FKA C; 1PXU A; 4POF A; 2MQH A; 3GTK H; 1PRT C; 4CGY B; 5M9O A; 3FVQ A; 4L5R C; 4Q5V A; 4NXM Q; 2BH2 A; 1A3V A; 3RR5 A; 2PW7 A; 2B8G A; 2DNC A; 1Q1E A; 1RIP A; 3A8K E; 4NDX A; 1Q8K A; 1X56 A; 4P75 A; 1C48 A; 4A3C G; 3HOX G; 2YU9 H; 2R7Z B; 2E8G A; 2R92 G; 3BZD B; 4RG1 A; 3PO3 G; 3S9W A; 5IY0 A; 2KA7 A; 3OIQ A; 2K05 A; 4LF5 Q; 1RTO A; 1WJJ A; 5C0X J; 4DR6 L; 2PO4 A; 4C3J H; 1E2W A; 2XRQ D; 1Y1W B; 2H1E A; 2QEX A; 2OQK A; 2PNR C; 2LY7 A; 1QG7 A; 5EKL A; 1B1Z A; 5IYC G; 1Z6H A; 3A55 A; 4LF8 Q; 1TS3 A; 4PMB A; 3K81 C; 1LTB D; 3K80 C; 4TQU S; 4A3B G; 2X69 A; 1DOL A; 3G71 A; 2JYO A; 1BR9 A; 4RWS C; 4X65 L; 1O80 A; 4OX9 L; 2I0Q A; 2PZT A; 2NVX H; 2NZ1 D; 3K58 A; 4I65 A; 2F0O A; 4IAL A; 4X62 Q; 1AH9 A; 3VA7 A; 1BCP F; 3NTH A; 3TP7 A; 2CKZ B; 2JK8 A; 5IIF A; 3K5M A; 2F4V Q; 1FYC A; 1RHP A; 4RHS A; 1CZG A; 3U4V A; 1TII D; 2PPB C; 3G6E A; 4DUZ L; 1E3P A; 4JI3 Q; 3RLN A; 1SJE D; 4HIK A; 3FKI G; 1SE4 A; 2NB0 A; 4IJL A; 2DNE A; 3KBX A; 4F87 A; 1HTL D; 4KY7 A; 4X66 L; 2VQF Q; 2E2H B; 1V1P B; 3FEW X; 4L63 B; 5A2Q L; 1HA6 A; 3K6O A; 1HNZ L; 4BA2 I; 3S24 A; 4A3G G; 3MXN B; 3D4D A; 1PLF A; 1YHQ A; 4A3M B; 5C44 H; 4LMQ D; 2O5J C; 4LFA Q; 4LW1 A; 4A3J G; 2EJM A; 2QCP X; 1J5E Q; 3KDF A; 1IYV A; 3RZD B; 3S2D B; 2GVB A; 4FXD A; 1I4H A; 2EVB A; 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3PO3 B; 2Z6K C; 2KUM A; 4IUN A; 1S5D D; 4IUQ A; 4MNO A; 3SHL A; 3RN5 A; 3WOE A; 4KKS A; 1Q82 C; 1AW7 A; 5CR3 A; 4HR7 B; 1V1O A; 1SMY D; 1Q86 C; 4A3M H; 4FXG C; 4LK1 C; 1MSG A; 3N52 A; 3RZD H; 2KCN A; 2NVY B; 3H0G G; 5LMU L; 3S2D H; 1I94 L; 2ALY B; 1BOS A; 1N34 L; 2K5V A; 4HJ5 A; 3I4N H; 2OCE A; 2BE5 D; 5C5L A; 3S2H H; 4HJA A; 2IT1 A; 4A3B B; 2Z4I A; 4K6D A; 3MFG A; 4K8I A; 2G5D A; 3QG1 A; 1NY4 A; 4NP5 A; 3M7G A; 5C4H A; 2D9U A; 2J7Z A; 4LF4 L; 4NW2 A; 4A3K B; 1DGS A; 1HZB A; 3VR2 A; 3GTQ B; 3OPO A; 1EZ6 A; 1I6H B; 5JEA J; 3NK9 A; 1AE3 A; 1WTV A; 4DR4 Q; 4EQP A; 2HUG A; 4O2D A; 1D5X C; 3OSO A; 4P71 A; 2NN6 H; 4IUR A; 2HDL A; 3FKI B; 3UE0 A; 2NYZ D; 1ET9 A; 3JAM E; 4EQ5 A; 2B3G A; 2F0Q A; 1K8A C; 1F77 A; 5LMN Q; 4BBR H; 1SE3 A; 4A3G B; 3ULP A; 3CCV A; 4E6I A; 1F2L A; 4LWC A; 5M5Y H; 1K8M A; 4O1N A; 1VMC A; 1C0A A; 2F4I A; 3CCM A; 4A3J B; 1KLG D; 2KVM A; 4H0L C; 1TY2 A; 1QB5 D; 1BBX C; 3PO2 B; 1PTO D; 2UUC Q; 2MPM A; 3L7Z C; 3IRB A; 2E2D C; 5IGB A; 2RSO A; 4FDB A; 4XT3 B; 2NVQ B; 3S1N B; 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