The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
259
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sequence length |
1205
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structure length |
1104
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Chain Sequence |
DESAPITAEDSWAVISAFFREKGLVSQQLDSFNQFVDYTLQDIICEDSTLIISFGKIYVTKPMVNESDGVTHALYPQEARLRNLTYSSGLFVDVKKKVFIGRLPIMLRSKNCYLSEATESDLYKLKECPFDMGGYFIINGSEKVLIAQERSAGNIVQVFKKAAPSPISHVAEIRSALEKGSRFISTLQVKLYGREGSSARTIKATLPYIKQDIPIVIIFRALGIIPDGEILEHICYDVNDWQMLEMLKPCVEDGFVIQDRETALDFIGKEKRIQYAKDILQKEFLPHITQLEGFESRKAFFLGYMINRLLLCALDRKDQDDRDHFGKKRLDLAGPLLAQLFKTLFKKLTKDIFRYMQRTVELAINAKTITSGLKYALATGNWGEQSSRAGVSQVLNRYTYSSTLSHLRRTNTPIKLAKPRQLHNTHWGLVCPAETPEGQACGLVKNLSLMSCISVGTDPMPIITFLSEWGMEPLEDYVPHQSPDATRVFVNGVWHGVHRNPARLMETLRTLRRKGDINPEVSMIRDIREKELKIFTDAGRVYRPLFIVEDDESLGHKELKVRKGHIAKLMATEYQDEYTWSSLLNEGLVEYIDAEEEESILIAMQPEDLEPAEADVDPAKRIRVSHHATTFTHCEIHPSMILGVAASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVFLTNYNVRMDTMANILYYPQKPLGTTRAMEYLKFRELPAGQNAIVAIACYSGYNQEDSMIMNQSSIDRGLFRSLFFRSYMDQEKKYGMSITETFEKPQRTNTLRMKHGTYDKLDDDGLIAPGVRVSGEDVIIGKTTPISSKRDASTPLRSTENGIVDQVLVTTNQDGLKFVKVRVRTTKIPQIGDKFASRHGQKGTIGITYRREDMPFTAEGIVPDLIINPHAIPSRMTVAHLIECLLSKVAALSGNEGDASPFTDITVEGISKLLREHGYQSRGFEVMYNGHTGKKLMAQIFFGPTYYQRLRHMVDDKIHARARGPMQVLTRQPVEGRSRDGGLRFGEMERDCMIAHGAASFLKERLMEASDAFRVHICGICGLMTVIAKLNHNQFECKGCDNKIDIYQIHIPYAAKLLFQELMAMNITPRLYTDRSRDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis of transcription: backtracked RNA polymerase II at 3.4 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription, transferase/dna-rna hybrid
|
| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
|
| molecule keywords |
DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
|
| total genus |
259
|
| structure length |
1104
|
| sequence length |
1205
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.6: DNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2009-03-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| B | PF00562 | RNA_pol_Rpb2_6 | RNA polymerase Rpb2, domain 6 |
| B | PF04560 | RNA_pol_Rpb2_7 | RNA polymerase Rpb2, domain 7 |
| B | PF04561 | RNA_pol_Rpb2_2 | RNA polymerase Rpb2, domain 2 |
| B | PF04563 | RNA_pol_Rpb2_1 | RNA polymerase beta subunit |
| B | PF04565 | RNA_pol_Rpb2_3 | RNA polymerase Rpb2, domain 3 |
| B | PF04566 | RNA_pol_Rpb2_4 | RNA polymerase Rpb2, domain 4 |
| B | PF04567 | RNA_pol_Rpb2_5 | RNA polymerase Rpb2, domain 5 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 | DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 | Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 | RNA polymerase Rpb2, domain 2 | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | DCoH-like | RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2PMZ B; 3S14 B; 4KMU C; 2WAQ B; 1K83 B; 3FKI B; 2E2I B; 5M3M B; 2VUM B; 1YNJ C; 3HOY B; 4G7O C; 3DXJ C; 4AYB B; 4BY7 B; 3M3Y B; 4A3B B; 2A68 C; 4JK1 C; 2E2J B; 5M3F B; 3S16 B; 4LK1 C; 3GTO B; 4BBR B; 4A93 B; 4C2M B; 1TWC B; 2WB1 B; 4QIW B; 2JA5 B; 4C3I B; 3M4O B; 4C3H B; 1R9T B; 1Y1V B; 2Y0S B; 2R7Z B; 3RZO B; 1YNN C; 1I3Q B; 4BBS B; 1SMY C; 5C4X B; 3GTM B; 1WCM B; 3HOZ B; 3RZD B; 3H3V C; 1ZYR C; 5C4J B; 3HOV B; 4KBM A; 2JA8 B; 4KN4 C; 4Y7N B; 2B63 B; 1TWG B; 4A3J B; 1Y1W B; 1HQM C; 1I6V C; 3EQL C; 2O5I C; 3S2H B; 4A3M B; 2R92 B; 3WOF A; 3S17 B; 2A69 C; 2A6E C; 2NVY B; 3S15 B; 3GTQ B; 4GZY C; 2LY7 A; 3PO3 B; 3GTG B; 3HOX B; 3S1R B; 2BE5 C; 4G7Z C; 5M5X B; 2NVT B; 3I4M B; 4A3K B; 2JA7 B; 2A6H C; 1IW7 C; 4G7H C; 2NVQ B; 3WOE A; 4C3J B; 2PPB C; 3GTP B; 3I4N B; 4A3F B; 3S1Q B; 3TBI B; 5C44 B; 3S2D B; 2YU9 B; 5M5W B; 3LTI A; 4A3E B; 3GTJ B; 3GTK B; 1I6H B; 3S1N B; 4A3I B; 4A3G B; 4KN7 C; 1TWH B; 1TWF B; 3H0G B; 3HKZ B; 3HOU B; 3PO2 B; 5M5Y B; 3GTL B; 1SFO B; 4A3D B; 4LJZ C; 2NVX B; 3S1M B; 3CQZ B; 2R93 B; 1I50 B; 3K7A B; 2O5J C; 2JA6 B; 4BY1 B; 2E2H B; 4KBJ A; 2CW0 C; 5C3E B; 1TWA B; 3HOW B; #chains in the Genus database with same CATH topology 2FMC A; 4JI2 L; 2XVS A; 4GS3 A; 4ALP A; 1K3R A; 4CDC C; 3NEL A; 4HIO A; 1CA5 A; 3ZJY C; 4EX5 A; 4DV7 L; 1EZ6 A; 1UE7 A; 1Y1W G; 3L7Z C; 2NN6 I; 4K5X A; 1QNU A; 1EQT A; 2R92 G; 1BCP F; 4LAA A; 1IBL Q; 1HFG A; 3PIO 3; 1MJC A; 1PTO F; 3NE5 B; 3I55 A; 1L1O C; 1SXT A; 4WRD A; 4JCV E; 2I5H A; 1S5B D; 1SSO A; 1X54 A; 1VCI A; 2UUA Q; 5IYD G; 4ZUJ A; 3STB C; 5T1I A; 4C3J G; 3SK6 A; 4GKK L; 2NWG A; 4TRD A; 5C4Z A; 3SDZ A; 1L2F A; 5IGD A; 4IUR A; 3RMH A; 1PFS A; 3SEB A; 1Q82 C; 2ZM6 Q; 4JBK A; 4CDE C; 3KJO A; 1HPC A; 3HFZ B; 1WD1 A; 1GUS A; 3A56 A; 3RLF A; 2NZO A; 4JI1 Q; 1WD0 A; 3A54 A; 4TKO B; 3KLR A; 4LF9 L; 5C4J B; 2NVY H; 4MZ9 A; 4DR1 L; 4POG A; 2G9D A; 4DR6 L; 3HOW G; 2Z9H A; 2K05 A; 4OEM B; 1Y1W B; 4V19 0; 1HQM C; 4OIK A; 3GP7 A; 2R92 B; 3K58 A; 3DM1 A; 5KNB A; 2AKW B; 2F03 A; 3VYU A; 1XYI A; 1PH8 A; 1PFN A; 3VR6 A; 5FO8 B; 1EY5 A; 2F0T A; 2LY7 A; 5C44 H; 1MBY A; 1OXT A; 5M5X B; 4A3I H; 2UXB L; 3CXC A; 4A3G H; 5M3F G; 4C3J B; 3J81 L; 2L5T A; 2HQE A; 4NMZ A; 3J81 E; 1OTC A; 1SRU A; 2F0U A; 2F0J A; 2Z0S A; 1E2V A; 1CM9 A; 3BDC A; 1DOL A; 1ML0 D; 4IO9 A; 4A3B H; 1K73 C; 5M5W B; 3UE1 A; 4LFC Q; 1BVS A; 4DAM A; 5C0X G; 4QQB X; 1FVI A; 1XXG A; 3STB D; 1IL8 A; 1F2Z A; 1EWH A; 5CYU A; 4ZQ3 A; 3K5N A; 2FJ2 A; 1Q7Y C; 1SFO B; 5LMU Q; 4RGT A; 2NVX B; 3R8B A; 5IYB H; 1WFQ A; 4IUV A; 4GN3 B; 2G9H D; 3I4L A; 5JJL A; 1G2T A; 2QCP X; 4DUZ L; 3CCQ A; 5CR3 A; 2E2H B; 1SE2 A; 4B9X A; 1CK1 A; 1UE5 A; 3HOW B; 2N49 A; 5C4X H; 4JBJ A; 1CKM A; 2MFI A; 1HNW L; 1LT3 D; 1AW7 A; 5KND A; 1GHJ A; 2J4X A; 1JCK B; 2K32 A; 1Q81 C; 2F0E A; 5KIX A; 2M9V A; 1VQN A; 1MSH A; 2EY2 A; 5JEA J; 1D5Z C; 3K0Y A; 4E6I A; 1X32 A; 1EWC A; 1B1Z A; 1SNO A; 5M3F B; 4A3C G; 3SXH A; 1HXY D; 2DGY A; 2DNC A; 2YTX A; 3DWA A; 5LHY 1; 4H13 C; 3CCE A; 2K01 A; 2LXK A; 3OW2 A; 5GAD C; 1NJI C; 5IP9 G; 3PUX A; 5C4J H; 4WJW A; 1K0R A; 4R1J A; 3PV0 A; 4JC0 A; 5FO7 B; 2A74 C; 2AUK A; 3RZD B; 1XTD A; 4NXN Q; 3OHX C; 4IUN A; 1STG A; 3NK9 A; 4IUU A; 2MNA A; 4JBM A; 3HG9 A; 3DWQ A; 1QJO A; 1AZQ A; 5M5X H; 5AJ3 Q; 3ULL A; 3C2P A; 2EY6 A; 5IYD H; 4C3J H; 3H09 A; 1HR0 L; 4AYB G; 1VQG A; 3ND9 A; 1B3A A; 3TZD A; 4K8J A; 2BCO A; 2Z4I A; 3EVQ A; 3J81 c; 1UE6 A; 1ENA A; 2K28 A; 1P8L A; 1ONL A; 1MSG A; 5EKL A; 2ID0 A; 4HTH A; 1EIF A; 4K6D A; 3JC6 6; 4WOR A; 1SFO H; 2C35 B; 5JVG 3; 1VQ5 A; 1I4X A; 2JEB I; 2PW5 A; 2UUB L; 2IY5 B; 2Z6B A; 1BCP C; 1AE3 A; 4OWT B; 4OGQ C; 3CC2 A; 1ESR A; 4K5V A; 3K6O A; 4AYB E; 1PTO C; 4IFD G; 2K5D A; 3D4D A; 5IGE A; 2CFM A; 3K5M A; 2E2H H; 1N33 Q; 1I4R A; 3T1Y L; 1GHK A; 3TP5 A; 2M2L A; 1PH1 A; 4BBS G; 2Z8L A; 1H95 A; 5I2Y A; 4XIG S; 3FRP B; 4LFA Q; 4KBJ A; 1Q90 A; 4Y52 H; 4QJF A; 1D1K A; 5E1F A; 5HGQ A; 2EJM A; 3URY A; 1DGS A; 5FJ8 G; 1GUW A; 1D5M C; 3R3O A; 3DLL A; 3FKI B; 4LF7 L; 1F9S A; 5M3F H; 4BA2 I; 1BBU A; 1SNP A; 4AYB B; 4DPG A; 4A3M G; 4N8X 1; 3QIA A; 4KHP Q; 3G71 A; 1RD9 D; 1HCZ A; 1I94 Q; 4A3J H; 5C0X H; 1VDZ A; 4P73 A; 4ZLT F; 1EYD A; 3BJU A; 4GOP A; 1VS0 A; 1HZB A; 4QIW E; 1X9N A; 2PO4 A; 2KED A; 4F88 A; 4A3F G; 1RL2 A; 3PIO A; 5ELN A; 1HUM A; 1O7Z A; 4DAP A; 3K57 A; 2NVQ H; 2ZJP A; 4JI7 Q; 4YWK A; 2CCZ A; 1WVL A; 3MVV A; 3P20 A; 4BBS B; 1D1I A; 4HN7 A; 2RCN A; 5EBD A; 1BO0 A; 2EVB A; 4HMJ A; 1YVC A; 2ICI A; 4MN3 A; 1CZW A; 1ZEQ X; 4EQ5 A; 2WP8 J; 3H3V I; 2PI2 E; 1KRS A; 4MNO A; 4RCN A; 1F2M A; 2KEN A; 4A3C H; 2O5I C; 1BBW A; 4A3M B; 2GVB A; 1UEB A; 1PYW D; 3WOF A; 1VQB A; 1TS2 A; 4QF4 A; 2UUA L; 5E4X A; 3TZU A; 2R7D A; 3LGJ A; 1JB7 A; 3CCL A; 5DNF A; 3CW2 C; 1MD2 D; 1QIL A; 3HRZ C; 5CV4 A; 1J8I A; 2NVT B; 4HR7 B; 3LX0 A; 1HA6 A; 5IT9 L; 1EOV A; 1PH2 A; 1BBX C; 3NWS A; 4A3F B; 4TQU S; 5TSS A; 2Q2U A; 2I5L X; 3A55 A; 4X62 Q; 4JI1 L; 3S16 H; 5EPJ A; 3GTK B; 3ONA B; 3A7A B; 1CKO A; 4TSS A; 4IJL A; 3H6M A; 1TWC H; 2KEE A; 4KKU A; 1JIC A; 4JI5 Q; 3QG1 A; 4RCO A; 1LTG D; 1PTO H; 1QWY A; 4JOI C; 3CCJ A; 1UWV A; 3KLS X; 1SAP A; 5EPL A; 3L0O A; 4NP5 A; 2HHH L; 3QWN A; 4PNY A; 2E5L Q; 1U4P A; 3M4Q A; 1AFP A; 3BZC A; 4C1N K; 5HUR A; 4DR5 L; 1HQR D; 1EL0 A; 3N52 A; 4IPG A; 5I2X A; 5KGU A; 1RKN A; 4OEL B; 1JE5 A; 4DAY B; 3EN2 A; 3KF6 A; 4Q0F A; 4GKJ Q; 2I46 A; 1ZKO A; 1VQE A; 4LF8 L; 2VQF L; 3M3Y B; 1JT8 A; 4OO1 I; 5EJW A; 2RSN A; 2K03 A; 1M90 C; 2K7V A; 2A68 C; 4LFC L; 3I4O A; 4KV6 A; 4IFD H; 1SJH D; 2ZXO A; 3I4M G; 2Q2I A; 1XTC D; 5LMN L; 2FMM A; 1STE A; 2KCC A; 5LMU L; 4BBS H; 3AQQ A; 4RKB A; 4GNX B; 3W1B A; 1SYG A; 1VQC A; 2AHO B; 3KBX A; 2SOB A; 4EQO A; 4JI3 Q; 5FJ8 H; 1V1O A; 3KK7 A; 4UP8 A; 3VYS A; 4KLK A; 1E2Z A; 1Q8K A; 2XGT A; 2CWA A; 1G8Z D; 3GTM B; 3TRZ A; 1QVF A; 1KAW A; 4A3M H; 4BY1 G; 5M9O A; 2K6A A; 1TWG B; 1H9R A; 3NTH A; 3FPP A; 3GQB A; 4L6T B; 1NAP A; 2UUC L; 2NVT H; 4DUY L; 4P74 A; 5FLX L; 5EKK A; 5EAY A; 4NW2 A; 1KNE A; 4I7A A; 1HZC A; 4DN4 M; 1EIH A; 1H9J A; 2F3I A; 3KBG A; 2E76 C; 5IT9 c; 4X65 Q; 1YNN D; 5GQO A; 3AMU A; 1SMX A; 1ICW A; 4J8Q A; 3I4M B; 2BH2 A; 3GTK H; 2O2L D; 3S9W A; 2L12 A; 2MUY A; 5DM6 3; 3T56 B; 5IGF A; 2H1E A; 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4ODG A; 3CCV A; 1N36 Q; 3GTQ B; 1J6Q A; 1IZ6 A; 4HJ8 A; 4C1N I; 3S2D H; 2R7F A; 1D8L A; 5JVH 3; 1WYD A; 2B2V C; 4A3B G; 5ELE A; 1ESF A; 4G7H C; 4B3R Q; 2GA4 B; 1KHI A; 4JI8 Q; 2IW3 A; 4A93 G; 2JA8 G; 2WB1 G; 1I4Q A; 3A7L A; 3PCO B; 4CJ1 B; 4XT3 B; 1A6X A; 1CI3 M; 1WOC A; 2KHS A; 4A75 A; 4BY1 H; 4KN7 C; 3CC7 A; 1V1Q A; 3V96 A; 4K0K L; 4DU9 A; 3DUZ A; 2YV5 A; 1PRT D; 1H9S B; 4RA8 A; 4CJ2 C; 5I9O A; 2R93 B; 2A69 D; 3KDF A; 4RGO S; 1B53 A; 1EFI D; 2EPB A; 2KHI A; 5IGC A; 2F52 A; 1HNZ L; 2F0W A; 5L37 A; 3OWF A; 3BYT B; 3MFY A; 2EOT A; 2QA4 A; 4B3M Q; 4UP7 A; 1A3T A; 3W3A A; 3CAM A; 3VYT A; 2UXC L; 3ERQ A; 2QIL A; 5J22 A; 1YNX A; 3P1H A; 2MO1 A; 2EYL A; 2XNA C; 3Q22 A; 2KOL A; 4A3B B; 4C3H H; 2XTI A; 5KRU A; 4DNR B; 4X62 L; 3VA7 A; 3K0X A; 1DON A; 4A93 B; 1VQ8 A; 2VY3 A; 2WB1 B; 1S5C D; 3OIQ A; 1E24 A; 4UY8 C; 1V8Q A; 3PF5 A; 4ME3 A; 2CW0 D; 1WCM H; 4IUP A; 1PDQ A; 2RQX A; 2E5L L; 2B2U C; 2DN8 A; 1M8A A; 1A0I A; 2N8N A; 3H0G G; 3HOU G; 1B50 A; 1SNQ A; 4HED A; 2Q8T A; 1BDO A; 1MI2 A; 2I5M X; 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