3DM0A

Maltose binding protein fusion with rack1 from a. thaliana
Total Genus 213
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
213
sequence length
691
structure length
675
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAGLVLKGTMRAHTDMVTAIATPIDNADIIVSASRDKSIILWKLTKDDKAYGVAQRRLTGHSHFVEDVVLSSDGQFALSGSWDGELRLWDLAAGVSTRRFVGHTKDVLSVAFSLDNRQIVSASRDRTIKLWNTLGECKYTISEGGEGHRDWVSCVRFSPNTLQPTIVSASWDKTVKVWNLSNCKLRSTLAGHTGYVSTVAVSPDGSLCASGGKDGVVLLWDLAEGKKLYSLEANSVIHALCFSPNRYWLCAATEHGIKIWDLESKSIVEDLKVDLKKVIYCTSLNWSADGSTLFSGYTDGVIRVWGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a signal transduction regulator, RACK1, from Arabidopsis thaliana.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with RACK1
molecule tags Sugar binding protein,signaling protein
source organism Escherichia coli
total genus 213
structure length 675
sequence length 691
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00400 WD40 WD domain, G-beta repeat
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.130.10.10 Mainly Beta 7 Propeller Methylamine Dehydrogenase; Chain H YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase 3dm0A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3dm0A01
1LBBA 3IK6B 3OENA 4I79A 3KRXB 3CI8A 4ZZEA 4Z8LA 3KJTA 4ZOVA 4LVQA 3RT6B 1BP5A 1N0TA 4OFJA 2CZLA 1IXHA 1TFDA 3FIRA 4ELOA 2A5SA 4R6YA 2OK4A 3L4OD 5H8FA 4YU0A 3OEMA 4LP2B 4FWWA 2B3FA 1MG2A 4CZYA 1JVXA 1QNIA 3UKUC 1LFGA 3UA8A 2V84A 2Z8DA 1SYIA 4BH6A 2YJPA 2G29A 4J73A 1XT8A 3FGBA 4QSCA 3I7KA 4ZEIA 1T0KA 4L9OA 4RNSA 4YMAA 3R6UA 4E0XA 4DXBA 4Z0IA 4KFMB 4LUBA 2F97A 4WXJA 4PE5B 2Q2AA 3HCQA 1R1NA 2RKMA 1NNFA 4EF1A 2I3SA 2YNPA 5BUUA 5IAIA 4JT6C 3OXNA 2I0CA 5H8SA 5J1DA 3A3UA 2PT2A 4U1ZA 1B3EA 1OQHA 3VDFA 1A55A 4R9GA 3N6UA 3B7FA 3VLVA 4MF3A 1MDQA 4J8GA 2Z22A 4PBZA 4KD5A 1NL5A 3SEYA 3KFMA 3KN7A 5TF2A 1MH3A 4GOTA 5I5JA 4UI9R 4XYHA 4GIZA 3TEPA 4ZDMA 3C35A 4RK9A 1PB8A 5I57B 2Y7PA 5AA2D 2CN3A 3AH8B 4WEPA 2IUQA 2NOOA 5IGOA 1LAXA 4TQUQ 2CN2A 3TCFA 3FM0A 2B3BA 1H45A 2V25A 5B7DA 4JSXC 3E0CA 2Y7KA 4MFIA 4GXAA 2DE3A 4KCCA 3TKDA 2RC7A 4OMBA 2XX9A 2I4CA 1B32A 2OZZA 2HAVA 4RPOA 3GFCA 3TODA 3MVZA 2I0SA 1Q1KA 4XKNA 1JJUB 3W9VA 3TZAA 4N6PA 4K3FA 3HFQA 3N6TA 1EH3A 2D21A 4R73A 4LZ8A 1GV8A 3QUFA 3IB0A 1VR5A 3A09A 2HJBA 4QFLA 1I6BA 3TCHA 1B1XA 4YB5A 1DTGA 3UIFA 3AL8A 1JEUA 3VLWA 4Q5TA 4OERA 2XX7A 3G7WA 2DS9A 5I84A 3W15A 1IXIA 4ZOXA 3K0VA 1S9TA 1YFQA 2HYEA 5IKBA 5DVFA 3VVFA 4QRZA 1KWHA 3W15C 5F7VA 4PQJA 2YBAA 5FKQA 2HJ4A 2DQVA 1R6ZA 1A7LA 1SQJA 5AFU3 3EI2A 2QMWA 3N0DA 1XIPA 3I7OA 5CMBA 3H6TA 1H44A 2R6GE 4BLAA 5TPAB 2DOJA 3Q25A 3RN8A 2ZYKA 3CSBA 2BCJB 5L9MA 1A40A 4GXSB 4YZZA 5HE3B 5ICQA 3ZKLA 4L1QD 3BWSA 3IOTA 3ONMA 2XXXA 4POXA 1PEBA 4ZZAA 3B6TA 3OKTA 1QUIA 4BDQA 3I7PA 1H43A 4E0WA 2D3IA 4GGAA 3ULEC 4F1UA 4A09B 4N07A 3QK6A 4ZEBA 4DE8A 2AH1A 1FQAA 4NF8A 1N04A 4R2FA 2Z23A 3PXTD 1PBYB 1B0HA 2X26A 3PU5A 2HXCA 2Q9TA 2DVCA 2O9KA 5JEIA 1MM6A 3N5LA 4RK2A 2UYEA 4OZUA 4R75A 4FORA 4X60B 2DWIA 3MW0A 4O3AA 1U4CA 3TUSA 3V7DB 1BLFA 1AH5A 3T22A 1B3FA 2F36A 4JT5C 4HW8A 4HCYA 1M5CA 4FAND 3F3FA 4QFKA 5CXBB 4YKKA 1PI6A 1GP2B 3CFZA 1FQEA 2OWTA 2UVHA 3KGCA 4NF5B 1URGA 4N14A 4X61B 1NEXB 2NXOA 1JETA 1M5DA 3AXFA 1MQJA 1P99A 1URDA 3SCYA 5FTHA 3OO6A 5F1QA 2ONSA 3RSEC 2ZYNA 2G99A 3C36A 2DXYA 3VXBA 4U22A 3JYRA 4YVDA 3RRMC 5IGQA 2D5WA 3VV5A 1RYOA 1R5MA 3IJ1A 4R7AB 4FA5D 2PMSA 3A3CA 4BL0A 5ISUA 3RFGA 2H14A 1B0LA 2UVIA 4OFOA 1UTBB 1TYQC 4DZ1A 2J57G 5H8HB 3OO7A 2XXWA 3SWSD 1JW4A 2O69A 1MY0A 4OEUA 3OL2A 3P4FA 1LSTA 3JRPA 2I3TA 2W18A 4OFLA 3PMVA 5HQGA 1A0RB 3AL9A 4FIMA 1QKBA 1PEVA 4J0XA 4JWOA 1IUDA 1IZ1A 3J81g 1S7YA 3G3FA 4O1QD 2QSXA 2IUVA 4THIA 1UTHB 3IB1A 1N6EA 4AQ4A 3MPLA 5I5MA 2XXUA 3D4CA 4IA9A 4DXCA 4ZOZA 1MY1A 4F3BA 5JTYB 2QS2A 5CYKB 5A5XA 4E5ZA 4J87A 2AH0A 4U21A 2QL3A 3CRBA 4QHQA 1B5IA 4F3SA 1B58A 2REJA 3LSFB 5I5IA 1Z7NE 2CMOA 2B5LA 2A5TB 3MP8A 3QSLA 4G68B 1H76A 1XVXA 2QRYA 2CE9A 1A54A 5ICTA 2H9MA 1CB6A 3F11A 1WDNA 3SEUA 3ILUB 1QKAA 2GC7A 2DYXA 1A8FA 1DPPA 3MKSB 4IO6A 2XXTA 2UZXB 4IO4A 3IJOB 3CIJA 4CY3A 1ZBMA 3GLBA 3SEXA 1XVYA 2O7UA 1VE4A 3N94A 4YICA 1XOCA 5EARA 4NWCA 2FNCA 3C34A 1GR2A 3JZJA 4X1BA 1M5BA 4A0AA 3O28A 3RGYA 4FATA 4A08A 4U4SA 1WVJA 2OIZA 3SKPA 1FQFA 4ECFA 1HSLA 5I2NA 1MQHA 3U93A 1USYH 5CMKA 3M8UA 5TU0A 2G93A 2PX1A 3RUMA 3MKQA 4H5GA 4ZEFA 4C1TA 2AL5A 3M3LA 1NFTA 2ONRA 4OZ9A 4ELPA 2IWFA 1D9YA 3G3IA 1MPDA 3FRXA 3C9HA 5DVJA 2FA7A 1JMZB 4EQBA 4PXWA 1HSJA 4OVJA 2GC4A 2IA4A 4JDFA 1OVTA 2AIXA 2AL4A 4DXUA 3O66A 2V3UA 5AA2B 2NUVA 2M8CA 3MVYA 3OKYA 2CE8A 5B70A 1B9XA 3SN6B 4H5FA 5FXYA 3K02A 2I4BA 4LQ5A 5AJAA 3S9EA 3FXQA 2IURA 4GFRA 2CO0A 4ZN4A 1B2HA 1Y9UA 4D0KA 3K4UA 4RXLA 3K26A 4L3HD 3PPPA 3V89B 3M3KA 3O6IA 2V3QA 2CO0C 2E0SA 3V9FA 1UIVA 3S9MC 3S9LC 1MS7A 5HM4B 4OESA 1R9LA 5JWZA 3T66A 1YAEA 2Q89A 2P9PC 3G3GA 4EXLA 3H03A 1SBPA 4R6KA 2XYIA 1GOTB 3RNNA 3IO6A 3EI3A 4H5IA 5LOMA 3EI1B 2QS4A 2I0TA 3O2AA 5H8FB 4Q30B 1SVXB 2P2AA 2HZKA 3HN0A 3IJCA 3EG6A 2ONKE 4G8HA 1LCTA 3O97A 1B51A 3CG3A 2HCAA 3WAEA 3K1NA 1MXXA 1JW5A 3R26A 3CFXA 1DSNA 4FHLA 4KHZE 4OENA 4ZEDA 3V83A 2GNQA 2DSFA 3PSCB 1DMBA 5DVIA 5EALA 1B7UA 2OVRB 3EHSA 1SW1A 5CXCA 3IKOA 2O6AA 4C1UA 1B9YA 4GVOA 5AE4A 5I58A 5ITPA 3N0EA 1B3GA 5C2WB 2ANJA 4KYEA 2IWKA 1OMWB 5EMMB 1MQIA 3KOSA 3RFHA 2RF1A 2OJYA 2TRCB 3ECRA 3SESA 2I0BA 3IIWA 3E3KA 3HO7A 3NVNA 4H5JA 4F18A 2UZYB 3IOUA 4OYVA 3Q28A 1SYHA 1EZ9A 3V5AA 3EI4B 3FGSA 4YB6A 4RA1A 1A99A 1GTKA 4A0BA 1P1WA 1PBQA 1I6AA 3KZGA 3DWLC 3EHTA 1Y3QA 1MXWA 1ZLQA 3B6QA 2P9NC 1XKSA 4YKIA 5GXIA 4NSXA 3VE1B 1QVSA 5H17A 5I59A 4P0IA 3I6VA 2XD2A 1GXRA 5M2VA 1LBCA 3PUWE 4PFUA 1IXCA 3E4RA 2AGWA 3I7NA 3I8EA 5CMMA 3BFTA 1ZIUA 3TTLA 3UP9A 5CBRA 1J1NA 3U92A 1LAHE 4KQPA 2HKMA 2AGLA 4HDJA 3EHUA 3UK4A 1JOFA 4JWXA 5HE2B 5EM2B 2E1SA 4O3BA 4A7JA 2Q2CA 4BDLA 5GMKn 2O84X 4P11A 4WEDA 4OQOA 3JZGA 2J56H 2HKRA 2OCUA 4JSPC 4JD2C 3EMHA 4IO3A 4QT8A 2O1LA 5K1CC 2H47A 1EZPA 4IO7A 2ABHA 1DTZA 3PV0E 5H8QB 3SMRA 3UVLA 4EQ9A 1ERJA 1PDAA 2H4IA 2OK2A 3E13X 5I2KA 2H9NA 4EDPA 5AA3A 1YPNA 3IJ0A 1ANFA 2PYYA 3FUZA 1VFEA 1SI1A 5KDTA 1FTLA 3BKIB 3MJNA 4X48A 1IIWA 3FJ7A 3O6GA 4QSDA 5GSAA 4I62A 3LUYA 2XXYA 4YAHX 1DPEA 4U4XA 2RC9A 5B4WA 2CNXA 3JV9A 4O9DA 4CY1A 4OXVA 3EI2B 3ZS6A 1MRPA 1SW5A 2DWAA 3Q29A 2NWJA 2PBWA 4L3GD 4HTGA 3F3PA 3KOTA 3K6XA 4GGCA 3LC8A 1QUKA 1LCFA 1P22A 5ELVA 2ZMBA 4LONB 1B3HA 3L6GA 1NNTA 5KZTA 4J84A 2XXPA 4QFPA 1QJMA 4PC0A 4IB2A 4GM8A 4CZXA 3VGZA 3FXUA 3I2NA 3PMXA 4RYAA 2DVZA 2B5NA 2DWJA 3ZSFA 1N3WA 4F22A 3PPRA 2O1MA 4IGRA 4I1DA 1MPBA 1F9BA 2QMXA 5TP9B 3MZ1A 2XL2A 4O3TB 3LR1A 1OVBA 4KFQA 3DXKC 1MXUA 1P1QA 4FECA 4PNKB 3GBAA 3T9UA 4PFWA 5TPAA 3UVKA 3J80g 2B5MA 1N6FA 2GFEA 1Y1ZA 1LAFE 3ORVD 4FA9D 4ELQA 3G3HA 4H0WA 4O3UB 5FKTA 3HHGA 5AMSA 4R74A 5CRYA 3D4GA 1VFDA 1MM7A 1US5A 4M4GA 4UA8A 1YCJA 4Q8RA 4IO5A 3OMBA 3RT8A 3ODTA 4A09A 5FHOA 1RKMA 4ZE9A 3S9NC 2YNNA 2F8DA 4J77A 3BG1A 4ESGA 5EMKB 3PMWA 3SEWA 3VFJA 4NF4A 3PXSD 2H5YA 3G3JA 4IY6A 4JWYA 5SXMA 4ELRA 3TAJA 1PB9A 2DE2A 3KBRA 4DIGA 1IXGA 3DSMA 1B9JA 5C9ZB 1P1OA 3P7IA 1ZJLA 3OTTA 4NF6A 3MP6A 5EYFA 1MY4A 3IR1A 4FE8A 1SDXA 1XHMA 2OLBA 2O7IA 3H6VA 3OSRA 4MLQA 3OL2B 3KSJA 4LQ2A 1D4NA 4GD5A 3OO9A 4R72A 2I58A 4NF5A 3FVKA 1Y3PA 1LB8A 2PVUA 5FHNA 3MVWA 5KCJA 1LFIA 4F29A 4GQ2P 1N84A 3HSTA 4E54A 3EN3A 1SHYB 3VXCA 1SW4A 2H6NA 1XHYA 4Q0CA 1IQ7A 2W7YA 4J86A 1QW0A 2OBGA 4NEDA 3TTNA 2UXAA 1MH4A 4GM3A 1AOVA 5TEFA 5A5XB 3DM0A 4E5ZB 2F78A 4DDDA 1ZU0A 1SI0A 1UTBA 1OLZA 2OVQB 3SEVA 3EWEA 3M3FA 3PPNA 1LGBC 1FTOA 3B6WA 1JEVA 4Y5RD 2QC5A 1I6QA 3LSWA 4C0RA 3NVQA 3OKWA 1TBGA 1B40A 3EPEA 3PGFA 5A2Qg 3RLFE 3CVGA 1AMFA 1JW1A 5H14A 3MWBA 4PP0A 4FA4D 3A0FA 4LZ5A 1O63A 2UVJA 1Q35A 3TDJA 3UORA 2H25A 2DXRA 2F6GA 1H3DA 3UVMA 3T9VA 4JSOA 2B4EA 1HSEA 4OTEA 3S4UA 2P9KC 4A08B 1B4HA 3JROA 5EHMA 2B65A 2AYSA 3SXTD 3H7MA 3L6HA 5H8NB 4IMMA 1MXZA 5AA4A 3RTFB 2DWHA 4EQ7A 2Z8FA 5IJ7E 1M5EA 2VD3A 5TDHB 4IY5A 1LFHA 2OVPB 4F31B 2I3VA 3MMYA 4NMYA 4F1VA 3DXMC 3HHFA 1MXVA 3RN1D 3C33A 4BUJC 4U2RA 2IEEA 2P0SA 3ZKKA 3DP6A 4J82A 3O6HA 1JMXB 5I56A 4G56B 1MQGA 3C31A 3C32A 5THAA 1B3LA 4FEBA 4GQ1A 3ODBA 5K2XA 5EMJB 3DP4A 3BG0A 4P0GA 3SERA 5C2VB 4J79A 3OKYB 2XXHA 3RMZD 2QS3A 2ZNTA 1Y4CA 2R71A 3VH0A 1OQGA 4ESWA 3PE7A 3T9HB 4R6HA 1GVCA 3S2VA 4FAJA 1SD3A 2HZLA 2AQ5A 4A11B 3LSXA 4QRJA 4PETA 2XD3A 2DP8A 2BBKH 5EMLB 1PB7A 4X1DA 4LG9A 2ALUA 4M1VA 3CFVA 3FXRA 3N26A 5HPQA 1CE2A 4K3ID 4G2ZA 5GXHA 4XEIC 3SBQA 1B5JA 4XYIA 2GRVA 2F7AA 3MZLA 1Z7ME 1D9VA 4OWDA 2ZNSA 3QXMA 1B7HA 2HQ0A 1MG3A 4RY1A 2NVUB 1S4UX 3TCGA 2I6EA 5TEEA 1K32A 3V8XB 4OETA 3RN0D 2PM9A 3DP8A 3IX1A 3G3KA 3FATA 3UN6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1LBB A;  3IK6 B;  3OEN A;  4I79 A;  3KRX B;  3CI8 A;  4ZZE A;  4Z8L A;  3KJT A;  4ZOV A;  4LVQ A;  3RT6 B;  1BP5 A;  1N0T A;  4OFJ A;  2CZL A;  1IXH A;  1TFD A;  3FIR A;  4ELO A;  2A5S A;  4R6Y A;  2OK4 A;  3L4O D;  5H8F A;  4YU0 A;  3OEM A;  4LP2 B;  4FWW A;  2B3F A;  1MG2 A;  4CZY A;  1JVX A;  1QNI A;  3UKU C;  1LFG A;  3UA8 A;  2V84 A;  2Z8D A;  1SYI A;  4BH6 A;  2YJP A;  2G29 A;  4J73 A;  1XT8 A;  3FGB A;  4QSC A;  3I7K A;  4ZEI A;  1T0K A;  4L9O A;  4RNS A;  4YMA A;  3R6U A;  4E0X A;  4DXB A;  4Z0I A;  4KFM B;  4LUB A;  2F97 A;  4WXJ A;  4PE5 B;  2Q2A A;  3HCQ A;  1R1N A;  2RKM A;  1NNF A;  4EF1 A;  2I3S A;  2YNP A;  5BUU A;  5IAI A;  4JT6 C;  3OXN A;  2I0C A;  5H8S A;  5J1D A;  3A3U A;  2PT2 A;  4U1Z A;  1B3E A;  1OQH A;  3VDF A;  1A55 A;  4R9G A;  3N6U A;  3B7F A;  3VLV A;  4MF3 A;  1MDQ A;  4J8G A;  2Z22 A;  4PBZ A;  4KD5 A;  1NL5 A;  3SEY A;  3KFM A;  3KN7 A;  5TF2 A;  1MH3 A;  4GOT A;  5I5J A;  4UI9 R;  4XYH A;  4GIZ A;  3TEP A;  4ZDM A;  3C35 A;  4RK9 A;  1PB8 A;  5I57 B;  2Y7P A; 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