3DM0A

Maltose binding protein fusion with rack1 from a. thaliana
Total Genus 213
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
213
sequence length
691
structure length
675
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAGLVLKGTMRAHTDMVTAIATPIDNADIIVSASRDKSIILWKLTKDDKAYGVAQRRLTGHSHFVEDVVLSSDGQFALSGSWDGELRLWDLAAGVSTRRFVGHTKDVLSVAFSLDNRQIVSASRDRTIKLWNTLGECKYTISEGGEGHRDWVSCVRFSPNTLQPTIVSASWDKTVKVWNLSNCKLRSTLAGHTGYVSTVAVSPDGSLCASGGKDGVVLLWDLAEGKKLYSLEANSVIHALCFSPNRYWLCAATEHGIKIWDLESKSIVEDLKVDLKKVIYCTSLNWSADGSTLFSGYTDGVIRVWGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a signal transduction regulator, RACK1, from Arabidopsis thaliana.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein,signaling protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein fused with RACK1
total genus 213
structure length 675
sequence length 691
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00400 WD40 WD domain, G-beta repeat
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.130.10.10 Mainly Beta 7 Propeller Methylamine Dehydrogenase; Chain H YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase 3dm0A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3dm0A01
1TFAA 4XYHA 1D4NA 5AA2B 2AIXA 3MVZA 4U4XA 3UORA 5GSAA 3PE7A 1IIWA 4ELOA 2P9PC 3HCQA 2OJTA 4J79A 1ZKBA 3SJLD 2DE3A 2I3VA 1US4A 1NEXB 4LGNA 2F6GA 1Q47A 2RCAA 2AGWA 4CI8A 1O7TA 1N3XA 2UVHA 4BDNA 3HHGA 4PETA 4D0KA 2XXYA 4PBZA 3TTMA 1DPPA 1LAXA 4ISUA 5EM2A 4OEUA 1S7YA 3QUFA 5I59B 3VFJA 1JMXB 4F3SA 2O51A 4NF5A 4H5IA 5IJ7E 1Q1KA 4YKIA 3V5AA 3FJ7A 4PC0A 3MVXA 4L1QD 3JRPA 5AFU3 4GIZA 3RRMC 2I48A 2RC9A 4NEDA 2ONKE 2Z2OA 4NTLA 1SW1A 4DLDA 5EM2B 2I49A 4A7JA 1FW0A 3BG1A 3SVWD 2HAVA 3GREA 3ORVD 3DELB 2O9KA 2R6GE 3FXRA 1MY0A 5FTHA 4LUBA 4U1ZA 1OVBA 5L9SA 2OIZA 2B65A 3I89A 2X7PA 4KPTA 3E3KA 1FTJA 5FHOA 3C35A 4EF1A 3KRXB 4R73A 4DE8A 3TTNA 3N6UA 4X48A 3U4YA 1LCTA 1R5MA 3O66A 1B05A 4MF3A 2D5WA 2Y7KA 3D4GA 5SXMA 3M3FA 4G4PA 2CO0A 4G8MA 4UACA 3VLUA 2QS2A 3IJOB 3UA8A 1MQDA 2XXWA 3SEXA 1EZPA 4AEZA 4R9GA 4K3ID 4QSEA 3UIFA 3BG0A 4QRZA 4QRJA 2KLFA 5DTBA 2GC7A 4QFNA 1P22A 4R6KA 4KYSA 1DPEA 1Y20A 4GQBB 4AOWA 5TPAB 1B52A 3PUWE 1MDAH 4OHNA 3EPEA 3IL1B 3C31A 3V8XB 1SBPA 5HPQA 3AXFA 4G2ZA 1VR5A 2YJPA 3H6TA 4EXLA 1XKSA 4ERQA 4JXIA 1A0RB 3G3HA 3K27A 4X61B 4ND9A 2OZZA 3S4UA 2Q7QA 2UVGA 1VFEA 3O6HA 1B0HA 1LAGE 4F3PA 2IURA 4EWRA 2H6QA 3FXQA 4JWOA 4GGCA 4NF6A 1N7WA 4RPOA 3ECRA 2DE2A 3K6UA 3CFXA 3PUXE 4GRKA 2I58A 5DVFA 2PM9A 3JROA 5EALA 3CG1A 4GVOA 3Q25A 3FD3A 3J80g 4GM8A 1B6HA 1FQAA 1FWXA 3IJCA 5EMJB 1U4CA 2YMUA 3PSCB 1XVXA 4ELQA 4FA9D 1GXRA 3I7PA 3RSEC 3EHUA 4Z8LA 3F3GA 3W9VA 4BLAA 2B5LA 1ZIUA 3N0DA 3FGSA 4JSXC 4AB5A 1BP5A 1B7ZA 2X7QA 4QFKA 4BDQA 1VFDA 4PP0A 3VDFA 2XD2A 4ELRA 1QULA 2DWAA 2UYEA 1QW0A 3RT8A 3A3CA 3K1PA 3IKOA 1OLCA 2H9NA 2HZLA 3AL9A 3T66A 3S9EA 4R2BA 3O6IA 1OQGA 1POTA 4EXKA 3RGYA 1HSEA 4PXWA 2DXYA 3U1OA 1M5CA 3W9WA 2LAOA 4H1XA 1EH3A 3U72A 3LUYA 4A2LA 4U22A 5H8NA 5L9MA 4QSDA 2H9BA 2CN2A 1Y3NA 3T96B 1XHMA 2G99A 2IEEA 5CMBA 5L9OA 3IJ0A 4DXUA 1QKAA 4ZN4A 2NUVA 4ZEDA 3OKYB 1WVJA 4KCCA 3IOTA 5H8QB 1PGUA 1FCKA 1R6ZA 3O9PA 1NMUA 1A55A 2PVUA 2J57G 1MXUA 4CC9A 2NVUB 4H67A 1NR0A 2I6EA 3EU7A 5AA1A 2H3XA 2AQ5A 4QF9A 3SHFA 4LQ5A 3MW0A 3H06B 4ERYA 1TXFA 2Z2PA 3LR1A 4I8CA 3GBBA 2ZXTA 3E9XA 4OZUA 1QUKA 1SYIA 2QJEA 3Q26A 3QAXA 4U7AA 5FTIA 4GGDA 4IO7A 4Q8RA 4DDDA 3MJNA 1GTKA 2X26A 2F7AA 4KFQA 2HCAA 4A2MA 2IAAA 5GMKn 1AIVA 1B58A 3H6UA 3K01A 5TDHB 3Q28A 4P0GA 2XX8A 4BDLA 4IO4A 4ZEBA 2HAUA 1LBBA 1GVCA 4JB7A 1GP2B 2AGYA 2HQ0A 1H44A 4HTGA 1JW5A 1QUIA 3OL2A 3LSLA 1EU8A 4RA1A 4O45A 3C32A 3R6UA 1MQHA 3L4MD 2YNNA 4XKRA 3SEUA 2PT1A 3NVNA 2VOZA 5CXBA 1N04A 1USYE 2QL3A 3FRXA 2OVQB 1FTMA 2RKMA 3H4ZA 5CBRA 2I0TA 4Z7EA 2B3FA 4TQUQ 4AB6A 2OCUA 3IK6B 5H8HB 4F31B 1BTJA 4GWOA 5H8FB 4J84A 2Q8JA 4O9DA 3T9VA 2IWKA 4JT5C 3SWSD 1B5JA 1MG1A 2XXTA 3HO7A 4ZZAA 4KI0E 1SW5A 5A5XB 1PB8A 4MLVA 2YLNA 1B9XA 3MXXA 4G8HA 1N6DA 2P1SA 2QC5A 1L5TA 3UKRC 4LQ2A 4OWRA 5I5MA 4G68B 4HCYA 1JNFA 2H9MA 4XKNA 2DVZA 2DE4A 3PPRA 3RMZD 3H6VA 4H8JA 3VLVA 3MWBA 4WKMA 3OD7A 3EI1A 2HFBA 4OQOA 4C0RA 1LFHA 4LG9A 3WAFA 3HV1A 1OMWB 3K1NA 3TMGA 3VLWA 1GG2B 2OLBA 1AMFA 2RC7A 3FVNA 3V5WB 1MY2A 3DM0A 1IXCA 2AL4A 3H3GA 3UVNA 4XXUA 4NWCA 2HXWA 5J1DA 3E0CA 3VVFA 5LOMA 5I56B 1TWYA 4RJZA 3HPIA 5HE3B 5KDTB 3A0FA 3DP4A 2ABHA 5KCJA 1LFGA 2CMOA 4QL1A 4F39A 1JVXA 1UTBB 4C1UA 1P1WA 3FJMA 3GLBA 4KFMB 1ZTYA 4XIGQ 3FVGA 3CVGA 1S50A 3GXAA 2WKYA 4UA8A 2D21A 3G3FA 2V3TA 4POWA 3TEPA 1MXYA 2VHAA 4IO6A 3CSBA 4OESA 5EMLB 1Y1MA 2QSXA 4NSXA 4X3EA 1Y1ZA 4Z0IA 3K26A 4Y5RD 2H9PA 2E0SA 4YICA 4ZOVA 1EZ9A 1B3GA 3EMHA 2H14A 3JV9A 1JEVA 1YPNA 4OETA 2TRCB 2H4IA 3K6XA 4O1QD 2I3SA 2GHBA 4HS7A 1MH4A 2OVRB 3IIWA 4A0BB 3CFZA 3H6WA 1MH3A 1DMBA 1CB6A 2HEUA 3SDFA 2DVCA 2XXQA 3BBRA 3OMBA 2QS1A 1HSJA 2DXRA 4NF8B 3SMRA 1RI6A 5JTYA 3HFQA 1N84A 2R71A 5I57B 5EAMA 4H6DA 2IUVA 3SEVA 5IJ8E 1NNKA 2OVPB 1IUDA 2XL2A 4QHQA 3ZKKA 5TU0A 5FXYA 3LC8A 3KN7A 2V84A 3K02A 4E0WA 5CMCA 4KR5A 4KYEA 3OTTA 3EF7A 3G3KA 4JSDA 2MTAH 2VP1A 1XIPA 3WAEA 4AQ4A 1OMPA 4RNSA 2YPNA 2DWJA 4GQ2P 1LLSA 4GMBA 4G68C 3BFTA 3O29A 3PU5A 1JJUB 4RPNA 3S9NC 2PYYA 1SQ9A 4CZVA 5FQDA 1GGGA 5IGOA 3OO6A 4A08A 1A7LA 3AL8A 5TF2A 5DVJA 1N76A 3A09A 4GZ8A 3OELA 3C36A 1MPCA 3SN6B 2PMSA 3T9HB 1H76A 1NH8A 1UTHA 1JOFA 4PE5B 3KG2A 3MAMA 3S9LC 4MH5A 4E0XA 1R9QA 2QMXA 3FUZA 3IOVA 4F1YA 4CZYA 4MFIA 1PB7A 3M8UA 3TTLA 2O1LA 1U2VC 1SI1A 3LSXA 2OBGA 1NH7A 1NFTA 3ZSFA 2ESNA 4F1UA 4ZS9A 4FWWA 4O3TB 4YB5A 3EI4A 2M8CA 4A09A 4NF5B 1SHYB 4XEIC 4LZ5A 5FKQA 2B5MA 4IGRA 3L6GA 2H5YA 1P1NA 3N26A 4PFTA 4JSVC 1YCJA 3I7OA 3EQ1A 4YB7A 1PEBA 3L6HA 4OFJA 3MZKA 2UVJA 4H5JA 3RUMA 3W15A 4A0AA 3I7NA 4BDMA 4MK0B 4F2QA 3RTWB 3V89B 1YTVA 3KN3A 5H14A 2IUPA 1MPBA 2REGA 4XKQA 3RT6B 3QXMA 3PVUB 4U1EI 2UZXB 4H8IA 3C75H 2THIA 3I3VA 1UIUA 5DYHA 5I58A 2YNOA 2XXIA 1B1XA 1NNFA 4JBZA 3U93A 1MY3A 5HYNB 2F34A 2H47A 1QUJA 3B7DA 4IO5A 1SDXA 4GLIA 3DXMC 4IY5A 3DSMA 3CFSB 4GF8A 1B7HA 1S4UX 5I58B 3NVQA 4KQPA 4ERZA 3EI3A 4OEVA 4YMAA 1TBGA 4EQBA 5CI5A 2Y7RA 3LSWA 3SBPA 2GH9A 3N0EA 3PMVA 3FVKA 1NNPA 3EHTA 4POXA 4FB1D 4P11A 3RQTA 5I2NA 4PSXB 1J1NA 3IB1A 5F7VA 3SXTD 1R1NA 3K1MA 4PQJA 4FA5D 2ZNUA 2XX9A 2I4BA 2REJA 3EWEA 2RF1A 5IC7A 3M3LA 4C1TA 4QFLA 4E5ZA 5TP9A 3KOSA 4NF6B 5AA3A 4ZE9A 1LSTA 4RXLA 5DVIA 3PMWA 4QSCA 4PSWB 4CI1A 3B6WA 1ERJA 1RYXA 4J82A 2Y7IA 3P7IA 1A8EA 1A99A 3MKSB 2E1SA 4QT8A 2PM9B 3FV2A 4F2OA 5I2KA 1URSA 3U94A 2G9AA 4TLLB 4EQ9A 3D4CA 4UI9R 3N6TA 3SERA 3UGWA 4L17A 5FHNA 4XTCQ 2NOOA 4IGTA 3VH0A 5HE2B 4XKPA 1AH5A 3H03A 3K6WA 1B3FA 4FORA 5DT6A 4GFRA 2YNPA 3B6TA 4ZEKA 3V83A 2H68A 4BDOA 3DP8A 1M5DA 4CY1A 5ICQA 1SQYA 2OWSA 4WEPA 2I3TA 5FKTA 3EN3A 1LAFE 2BBKH 2Z8DA 4DXCA 5HE1B 4FECA 1JMZB 2UVIA 4Y7RA 2P9KC 2GHAA 3MZ9A 4ZECA 2Z2NA 5H8NB 5FKRA 1ELJA 1S9TA 3IIYA 1N3WA 5JWZA 4ZE8A 2DQVA 4X1DA 1MQJA 4F22A 3I7HA 3SLED 1PDAA 1BKAA 2XXXA 1MS7A 2Q2CA 1BIYA 2P0SA 2ZNSA 4GXAA 5IGQA 4DXBA 4M4GA 4I62A 4WXJA 4JWXA 1TT1A 2CE9A 2P9NC 2AGZA 4ECFA 4QFOA 3UK4A 3SBRA 5FLXg 2I4CA 1PBPA 2ALUA 1LB8A 1ZU0A 5HBCA 1IXIA 4R7AB 4QQEA 5KZTA 4EQ7A 3P4FA 1II5A 1D9VA 2W18A 1VE4A 2F36A 5ITOA 3BFUA 4DZ1A 2Z22A 5CM6A 4H5GA 3BWSA 5I5JA 2B5NA 2ZYNA 3I5OA 4ESWA 3K6VA 2F8DA 2Z8FA 3EG6A 2UXAA 3TCHA 4LONB 4RYAA 1MXWA 3A3UA 3S2VA 3OEMA 4ES0A 3Q27A 2O7IA 3V9FA 3MZ1A 5HQGA 4CY3A 4J0XA 5JEIA 1B9YA 3IO6A 4J81A 4QFPA 3UVLA 3PV0E 3SEWA 4J86A 4X60B 5CRYA 1FTOA 4OERA 1SW2A 3FM0A 4J8GA 1QNIA 3DWLC 5IKBA 1PI6A 3KJTA 2H6KA 4R9FA 4F3BA 1URDA 3OO7A 3OL2B 2F35A 5DEXA 2IWFA 3S9MC 1EZOA 4TZ4A 3RNNA 3OW8A 5AA4A 4DCYA 4LA9A 1MY4A 2DWIA 3IOWA 5CXBB 2DYXA 2H99A 4YAHX 4J78A 4XYIA 1P1OA 3RLMD 3RPWA 4PBYA 2P9LC 3MUQA 2XXUA 3EI2A 3VVDA 1UQWA 1LAHE 2QS3A 3SETA 2P9SC 1FQEA 3M3KA 4F1VA 3PXTD 1POY1 3IJ1A 3MZLA 4I1DA 2V3UA 3TFLA 4CI3A 5B7DA 2HYEA 5FKSA 5M2VA 3F3PA 1NKXA 3CIJA 1Y9UA 2GRVA 3RTFB 3RLFE 3U92A 4EDPA 3RN0D 1KWHA 4FAVD 1QJMA 3VVEA 5ITPA 2XD3A 3PPNA 4TOZA 1LFIA 2QPQA 3TDJA 1NNTA 1P1QA 3UVOA 4U1OA 3EI1B 1N6EA 1Q35A 3MZBA 2HKMA 2B3BA 2UZYB 3SBQA 1WDNA 2FYIA 2A5TA 1XS5A 3C5MA 3MC2A 1P1UA 2CZLA 4IO3A 2O68A 1O64A 1MDP1 2O84X 1OQHA 5A2Qg 1Y3PA 3PXSD 3I7KA 1WODA 3FV1A 1Z7ME 3FATA 4K3FA 3CFVA 1MM7A 1QVSA 1RYOA 3RFHA 1SQJA 4MLQA 3TAJA 2GNQA 3SFZA 5KCJB 3CIKB 4LATA 5HM4B 4H65A 2P9UC 3R7XA 4X63B 2DSFA 1B9JA 2RCBA 1DTZA 1PEVA 4HCWA 1MY1A 1K8KC 1B40A 2RINA 3H7MA 3FGBA 3OOAA 4A11A 2Q9TA 5HE0B 3RN1D 1FQCA 4U21A 1JVYA 3TPAA 1ZLQA 4RK9A 4I9DA 4GM3A 4YKKA 4ZZEA 3SEYA 3U8QA 3IB2A 4FATA 3L4OD 2BJJX 1M5EA 3DXKC 4G56B 1ZJLA 4BL0A 1B3HA 3IAZA 2A5SA 2O6AA 2PM6B 3K0VA 1A40A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4R2F A;  1FTK A;  2OK4 A;  1XHY A;  4RK2 A;  3TYH A;  5CYK A;  2OK2 A;  3FXU A;  3HHF A;  4L9O A;  2AYS A;  3TTK A;  4Q0C A;  3VXB A;  4NF0 A;  4RE5 A;  4O3U B;  1VDW A;  1ZBM A;  1IMD A;  1NV4 A;  1FBF A;  3G3I A;  3TQW A;  5IT9 g;  2QVU A;  4GXS B;  3E4R A;  2XWI A;  3CR9 A;  1B1H A;  4FHL A;  1DOT A;  3PSL A;  1XC1 A;  5CYK B;  4CY2 A;  4PFY A;  5EHM A;  3I6V A;  1MDQ A;  5IM2 A;  2HU5 A;  1A54 A;  1CE2 A;  4A0B A;  2RC8 A;  4BUJ C;  5EQA A;  1B32 A;  4R6Y A;  3KOT A;  1B4H A;  2KR0 A;  5M5R A;  2H6N A;  4G1E A;  1Z7N E;  4KXP A;  1NV5 A;  1UIV A;  1JET A;  4FAN D;  3T0J A;  2VZ1 A;  4F29 A;  1JQF A;  3TKD A;  4GOT A;  4NF8 A;  3FIR A;  4ZEI A;  3HFU A;  4A11 B;  4G61 A;  2HJ4 A;  5I57 A;  4I3Y A;  5K2Y A;  1FBD A;  5I7I A;  4ZOX A;  3FAS A;  1LCF A;  1H3D A;  4R72 A;  4X8R A;  1MXV A;  3UN6 A;  1R9L A;  2IA4 A;  4L3G D;  4N8G A;  4GD5 A;  2YB8 B;  1LBZ A;  1OVT A;  1QKB A;  3PD9 A;  1URG A;  3OKT A;  4J73 A;  3KGC A;  3JZH A;  3I7L A;  3KSJ A;  4GGA A;  3PD8 A;  2D3I A;  2I0S A;  2VD2 A;  5E6U A;  4X9T A;  3VGZ A;  4MCO A;  1TFD A;  1FBG A;  5H17 A;  4Z7O A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 1TFA A;  4XYH A;  1D4N A;  5AA2 B;  2AIX A;  3MVZ A;  4U4X A;  3UOR A;  5GSA A;  3PE7 A;  1IIW A;  4ELO A;  2P9P C;  3HCQ A;  2OJT A;  4J79 A;  1ZKB A;  3SJL D;  2DE3 A;  2I3V A;  1US4 A;  1NEX B;  4LGN A;  2F6G A;  1Q47 A;  2RCA A;  2AGW A;  4CI8 A;  1O7T A;  1N3X A;  2UVH A;  4BDN A;  3HHG A;  4PET A;  4D0K A;  2XXY A;  4PBZ A;  3TTM A;  1DPP A;  1LAX A;  4ISU A;  5EM2 A;  4OEU A;  1S7Y A;  3QUF A;  5I59 B;  3VFJ A;  1JMX B;  4F3S A;  2O51 A;  4NF5 A;  4H5I A;  5IJ7 E;  1Q1K A;  4YKI A;  3V5A A;  3FJ7 A;  4PC0 A;  3MVX A;  4L1Q D;  3JRP A;  5AFU 3;  4GIZ A;  3RRM C;  2I48 A;  2RC9 A;  4NED A;  2ONK E;  2Z2O A;  4NTL A;  1SW1 A;  4DLD A;  5EM2 B;  2I49 A;  4A7J A;  1FW0 A;  3BG1 A;  3SVW D;  2HAV A;  3GRE A;  3ORV D;  3DEL B;  2O9K A;  2R6G E;  3FXR A;  1MY0 A;  5FTH A;  4LUB A;  4U1Z A;  1OVB A;  5L9S A;  2OIZ A;  2B65 A;  3I89 A;  2X7P A;  4KPT A;  3E3K A;  1FTJ A;  5FHO A;  3C35 A;  4EF1 A;  3KRX B;  4R73 A;  4DE8 A;  3TTN A;  3N6U A;  4X48 A;  3U4Y A;  1LCT A;  1R5M A;  3O66 A;  1B05 A; 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