The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
31
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sequence length |
162
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structure length |
162
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Chain Sequence |
MRLVEIGRFGAPYALKGGLRFRGEPVVLHLERVYVEGHGWRAIEDLYRVGEELVVHLAGVTDRTLAEALVGLRVYAEVADLPPLEEGRYYYFALIGLPVYVEGRQVGEVVDILDAGAQDVLIIRGVGERLRDRAERLVPLQAPYVRVEEGSIHVDPIPGLFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of 16S ribosomal RNA processing protein RimM from Thermus thermophilus HB8
rcsb |
| molecule tags |
Ribosome
|
| source organism |
Thermus thermophilus
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| molecule keywords |
Probable 16S rRNA-processing protein rimM
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| total genus |
31
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| structure length |
162
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| sequence length |
162
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-09-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01782 | RimM | RimM N-terminal domain |
| A | PF05239 | PRC | PRC-barrel domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | PRC-barrel domain | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | RimM |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DOG A; 3HTR A; 2QGG A; 1PM3 A; 3H9N A; 2DYI A; 3A1P A; 2F1L A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5CQY A; 4AF6 A; 4TVR A; 2DJQ A; 3CCV A; 1KSW A; 1WHM A; 1YHQ A; 2RM4 A; 2MYS A; 1MND A; 1JNY A; 1PJ7 A; 3CC2 T; 2C4U A; 2Q6O A; 1YIT B; 2EQJ A; 4EIK A; 1OGI A; 1R77 A; 4OMP A; 3SFM A; 1EP1 B; 1SRL A; 3UDC A; 3T9N A; 2YHT A; 2ZBV A; 3CCQ B; 2OK7 A; 2RK2 A; 2LRQ A; 2D3L A; 3VU3 C; 4DK0 A; 3FEO A; 4J5Y A; 1DDG A; 4XOR A; 3CD6 B; 4YEJ A; 3OKX A; 3C95 A; 4OMF B; 1VQK A; 1K9M C; 2J7I A; 2KK4 A; 3M5A A; 1AWO A; 2X4Y A; 1WA7 A; 2ED0 A; 3OZV A; 2EVR A; 2IG0 A; 3IQL A; 3R6N A; 1UD2 A; 2V8J A; 1M2O A; 5A89 A; 1BIB A; 3ZBU A; 1LNX A; 2X8K A; 4F17 A; 3M55 A; 3CPW P; 2CS7 A; 1PKV A; 2QMU A; 4CQJ A; 3ASK A; 3L42 A; 4G6I A; 1HZE A; 1GFC A; 1WHH A; 4RPD A; 1WIE A; 3A3B A; 1OPL A; 3CW2 A; 3LWI A; 4Q5W A; 2L3R A; 3A8L B; 4F14 A; 3C0C A; 3LVB A; 5BSY A; 4PJO F; 4G1B A; 4JMQ A; 1VQ5 B; 3JCM f; 3AHU A; 4M2L A; 4BUG A; 4J9H A; 2FPE A; 1GR1 A; 3OYG A; 3VNU A; 1VQ4 T; 2G3R A; 2Y90 A; 2CND A; 3ONY A; 4C8Q D; 2HBW A; 1I1J A; 1BI3 A; 5DSZ A; 2QXF A; 1Y0M A; 4BAC A; 3PA2 A; 4RDJ A; 3ZC3 A; 4F7U B; 3KXT A; 3JV3 A; 3EG3 A; 1UMK A; 2XI9 A; 3BE3 A; 2WZN A; 3ONU A; 1OQK A; 4PGO A; 2BF4 A; 1YIT Q; 1EX4 A; 4M75 C; 1JBM A; 2X4J A; 3HP9 A; 1E63 A; 2X3W D; 9ATC B; 5GMK m; 2MWP A; 3JB9 F; 3CCR A; 1ZQ1 A; 4JPB W; 2BPO A; 3LH0 A; 2JJ2 A; 3CTA A; 5A0G A; 4M78 D; 2HQX A; 3CCL T; 2CSQ A; 3M9Q A; 3MEW A; 3CCQ Q; 3DLL A; 4RG2 A; 3B78 A; 3EG9 B; 3OJX A; 4M78 B; 1ZSZ A; 4M7A C; 3EH2 A; 3H6Z A; 3CXC A; 3CD6 Q; 4N0A C; 2RH2 A; 2HDN B; 1G2B A; 1KD1 U; 1IHW A; 2DM1 A; 1UD5 A; 4X9D A; 2RA2 A; 3EGX B; 3CXC S; 1KC8 D; 5FO0 A; 1JA0 A; 2F2X A; 2X9H A; 3BCF A; 2VAS A; 4ZGJ B; 5IYW A; 4LXC A; 1TOV A; 1KK0 A; 2B86 A; 1VQ6 B; 3P8D A; 4C5G A; 1BCO A; 2CYZ B; 2OJ2 A; 1AD5 A; 5CQX A; 2KBT A; 2GQF A; 4R55 A; 3INZ A; 4DBQ A; 4E7L A; 1GXI E; 4K11 A; 2EKH A; 4WZK A; 4YAW A; 3ZBT A; 1IRX A; 3V8L A; 4ZCI A; 3ULR B; 1M3C A; 2YDL A; 2LZ6 B; 5D6Y A; 4UZF A; 1VQ5 Q; 2YWG A; 2QN6 A; 2VGM A; 2JDI A; 2FZK B; 3UA6 A; 3OYK A; 2DRM A; 2E1H A; 3FPP A; 2KVQ G; 2KEA A; 3NTK A; 3OOC A; 5FWB A; 3J80 E; 1MV3 A; 5GAN 8; 1SKY B; 4OMN A; 4P25 A; 1BBZ A; 1X2K A; 3MEU A; 1SKQ A; 4XR6 A; 2XKO C; 2WSS A; 4KT0 E; 5GAO m; 1QWF A; 5GAM g; 3CEY A; 1M3B A; 1VYT A; 1Q81 U; 3HRS A; 5GV7 A; 1W70 A; 2EJF A; 3ZZ0 A; 1UEB A; 2YRD A; 2J05 A; 5HY6 A; 1TUD A; 2A28 A; 1QUF A; 3ASP A; 1E64 A; 1RUW A; 1VQL A; 4TMW A; 4UAJ A; 4DQ2 A; 1Q86 R; 1QGY A; 3HRU A; 2VC8 A; 1J3T A; 2RPN A; 1KD1 D; 1Y0R A; 4M75 F; 2D6F A; 2NUP A; 1PCX A; 5LJ5 e; 1YI2 Q; 1VQP B; 4QVA A; 5KYU A; 2M02 A; 1WXU A; 1E7O A; 2GFA A; 2DL4 A; 2VVK A; 3CCV T; 2OYN A; 1YHQ T; 1KQS P; 4M7D B; 4M7A F; 4PJN A; 3G4S B; 3EGD B; 1Q82 U; 2QQR A; 2EYZ A; 2BMW A; 4E7I A; 4DNR B; 1TWB A; 5J3O A; 4ZN1 A; 1VQ6 Q; 4FYW B; 2ZZF A; 4L8J A; 1AZE A; 3L1A A; 4X7F A; 2PE3 A; 1UGQ B; 1LPL A; 2DFU A; 2DRK A; 3PIO A; 2ZL6 A; 3U6B A; 3GSI A; 4ZV4 A; 3EFO A; 1E1Q A; 3QBY A; 2QQS A; 2HKQ B; 1BIA A; 4M77 A; 1SKU B; 2ROT A; 3BY2 A; 1RAC B; 3DDY A; 4PL6 A; 3CC4 A; 1Q81 D; 4J9D A; 4X05 A; 1HJD A; 2C0T A; 4F16 A; 3VUZ A; 4C92 D; 1NBM A; 3GLX A; 3FLG A; 4ZNX A; 3QFR A; 2GCX A; 1OI1 A; 5DY9 A; 4A53 A; 2BM0 A; 1KHI A; 1FMW A; 2P4T A; 1N8R R; 4ELY C; 3SD4 A; 1YI2 T; 1WOO A; 3LQE A; 3ASR A; 3ZZT A; 4C92 B; 1QVP A; 1QFZ A; 3V7C A; 2DLP A; 1BB9 A; 2DYB A; 1KTV A; 1VLO A; 4JRI A; 1M2V B; 5AYF A; 3FB9 A; 2DZC A; 3QO3 A; 2COW A; 2I2L A; 4XU0 A; 3TCJ A; 4OB3 B; 4DQK A; 2RHZ A; 3I56 Q; 1OU8 A; 3OYA A; 1IXD A; 4JLI A; 4CRI A; 2R5M A; 4A4G A; 2D0N A; 2RQV A; 3BH4 A; 1B34 A; 5GAN f; 3WY9 A; 4QQ6 A; 1EWY A; 1X6B A; 3W5V A; 1KFZ A; 1BYM A; 2HMA A; 1ZHI A; 3CCM Q; 1KJW A; 4P3I A; 1VOM A; 3M57 A; 4B9X A; 5IYR A; 1Q82 D; 3CME A; 1E62 A; 1IHV A; 2ZCF B; 3ES9 A; 1I8D A; 3SJZ A; 1M90 U; 2DEQ A; 2H8H A; 2V1R A; 1E6H A; 3M0Q A; 3GNF B; 4PFP A; 1COW A; 2KNB B; 4MDW A; 3ZEH A; 1PRL C; 1AWJ A; 1YIJ B; 2O31 A; 2ZZD A; 5B6I A; 1PD1 A; 2G6F X; 3H9N A; 3S3N A; 2V31 A; 3HRT A; 3RR6 A; 1U1S A; 3G4S Q; 1WDX A; 4C8Q C; 3D26 A; 2X0K A; 3CPX A; 3FIF A; 3DB3 A; 3G7Z A; 5J26 A; 2BE9 B; 1G7C A; 2KXC A; 2VNJ A; 2D9R A; 1MHN A; 3OE7 A; 3R6K A; 2LTO A; 2CP0 A; 5TV2 A; 4HXJ A; 2EWN A; 1SHG A; 1K9M U; 5KNL A; 2MMP A; 3QDR B; 3I56 T; 1B2R A; 2C0I A; 1FND A; 4ACA A; 3OS2 A; 4L59 A; 3MCA B; 4OMQ A; 1I4K 1; 2VNH A; 1MRZ A; 1FMV A; 4F7U G; 4P5N A; 2JMC A; 4XON A; 2DF6 A; 1NEG A; 3QFT A; 2W6J A; 5H59 A; 3CCM T; 1TTT A; 1V0F A; 2CUB A; 1ZBX A; 1IO6 A; 4PJO B; 2VBS A; 3M0S A; 4RG8 A; 3OS0 A; 2LJ3 A; 4J0Q A; 4TMX A; 5TR9 A; 1Y96 B; 3GVJ A; 3X24 B; 3CPW A; 3G71 B; 2RI2 A; 5KYN A; 1UD8 A; 1TUI A; 4B3X A; 1U06 A; 2DY1 A; 4QVD A; 4WZE A; 3BQJ A; 3CPW S; 3FRN A; 5GAM f; 2XGJ A; 5FU6 C; 2DTI A; 1T5E A; 1JJ2 A; 5LJ3 d; 5CIU A; 1YJ9 A; 1UFF A; 4LDU A; 1JJ2 S; 4IIM A; 2BVN A; 1LOJ A; 4N4I A; 1RAF B; 2EPD A; 1KRH A; 1D09 B; 3WQZ A; 4Z8A A; 4RUG A; 3M0U A; 2YRC A; 2A3L A; 3GOX A; 1IGQ A; 1UG1 A; 2HLD A; 4KKT A; 4AVZ A; 1VQL T; 2EAY A; 4HIZ A; 1WU8 A; 2D9T A; 2EQU A; 1B3Q A; 4J9B A; 4OOV A; 1YIJ Q; 3AT1 B; 1FX7 A; 2E5K A; 2WZP P; 2K5F A; 4RCY A; 1K9M D; 3BFM A; 1S4M A; 4BI8 B; 1W34 A; 1M9S A; 5FW9 A; 1SEM A; 4C8Q F; 4ACB A; 4XKW A; 3OS5 A; 4Z4R A; 2D0Q B; 1ZSZ C; 5I22 A; 5FIU A; 4C0F A; 4D8D A; 4LBV A; 1YX2 A; 1WJR A; 2KGT A; 1AIP A; 4H9G A; 2XDP A; 1WHL A; 1G5V A; 1YFN A; 1W0K A; 1WSR A; 2D8H A; 4E47 A; 1RL2 A; 2PZ1 A; 4LNP A; 5GMK l; 2JIZ A; 2K4Y A; 4M78 F; 5HZB A; 4GQN A; 3A35 A; 4TT3 A; 3QSU A; 4QQD A; 4LC0 A; 1Q7Y C; 1TTH B; 5LJ3 h; 3JB9 I; 4DA4 A; 3QYG B; 3GPL A; 1QP3 A; 4PFZ A; 2FRY A; 2LX9 A; 5FLX E; 3Q6R A; 1TU0 B; 1NB9 A; 4RTY A; 3G71 Q; 2KRN A; 4AFU C; 3CC4 T; 3GBQ A; 4J83 A; 2JT4 A; 1SSF A; 1EFN A; 2MPX C; 3MKD A; 1WOS A; 2DKG A; 4M7D G; 2HNI A; 1B07 A; 4Y9U A; 1QVG A; 3JCM V; 2K2M A; 2C5B A; 3WYA A; 3WXM A; 2CW5 A; 1QVG S; 1EXM A; 4XOT A; 1RQR A; 3JCM Q; 2K7A A; 4M75 D; 2NWM A; 5CK9 A; 2O88 A; 3C4S A; 2NLU A; 2QGF B; 4FW2 A; 2OTJ B; 2CP5 A; 2BZX A; 2DXC A; 1M1K C; 2BGJ A; 3W2H A; 3EHR A; 2QDX A; 5CKD A; 4M75 B; 2AKL A; 2F69 A; 3I55 B; 3FJ5 A; 1NPP A; 3A8M B; 2WSC E; 3AGQ A; 5GAN 5; 2ZTN A; 3VUB A; 4LBY A; 1M8M A; 3HTR A; 3LX7 A; 3HAG A; 3AVU A; 1WHK A; 2MWO A; 5LJ5 j; 4JRQ A; 3NE5 B; 3GQB A; 3C12 A; 4ZCL A; 2A37 A; 4Z02 A; 5GAO l; 3CME T; 1OZ3 A; 3V8K A; 4M7A B; 2O4X A; 3VV0 A; 1YP5 A; 1H8K A; 2QDL A; 1RI9 A; 2AHJ B; 2Z0W A; 1UHC A; 4IUV A; 4AF7 A; 3CCU B; 3F70 A; 3G71 T; 1D1B A; 2LQN A; 2KDS A; 4RTZ A; 2YT6 A; 3UA7 A; 2KAF A; 2RN8 A; 5GAN 6; 3QYH B; 1VQN B; 1Q7Y R; 4HVV A; 2JMA A; 4FSS A; 3CC7 B; 2A08 A; 4L6V 5; 2GJP A; 3LGF A; 4X34 A; 5L23 A; 4E6R A; 2Y4Y A; 1NRK A; 2XND A; 3OS1 A; 4A4K A; 4E2F B; 4FW1 A; 1BX1 A; 2JNG A; 2W6I A; 3JCM b; 4Z4W A; 3V8J A; 1O9S A; 3X25 B; 4M77 C; 2FX3 A; 4LDY A; 2ZAE A; 1KG1 A; 2XEX A; 2XZO A; 1AWX A; 1NM7 A; 4II1 A; 1HK9 A; 2GRE A; 3S3M A; 3I9Q A; 1IJF A; 4PJL A; 2C2W A; 1K28 D; 4KH1 B; 1EP2 B; 4N3N A; 1YIT A; 2QEX B; 3EFS A; 3G1J A; 4JJB A; 1HXD A; 4EMK B; 1Y0Y A; 1YBY A; 4A4H A; 5KCO A; 1FDR A; 3A8K A; 1GBR A; 4TN1 A; 3CCQ A; 3OMC A; 1QKW A; 2DNU A; 5M9O A; 2ZXI A; 2DXU A; 5KSW B; 2JW4 A; 2OTJ Q; 3VMF A; 4ZCM A; 5EMN A; 3CD6 A; 2ZTG A; 2VYQ A; 2VNK A; 4C92 F; 3PT9 A; 3I55 Q; 4LDW A; 3A1P A; 1YJ9 T; 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1V0E A; 1T3L A; 3CCU T; 1MAB A; 1B23 P; 3EG9 A; 1JJ2 P; 4PC2 A; 4C5I A; 1R5O A; 4CC4 B; 5I2M A; 2MF2 A; 4IW3 B; 1QGZ A; 2DET A; 3EGX A; 5KYW B; 2M5S A; 3CQT A; 2RJE A; 4XTY A; 3N5B B; 3RBB B; 3B8H A; 4J6Y A; 1MMG A; 4BY6 C; 2Q6L A; 4OOX A; 2HKN A; 4J7F A; 5CCA A; 1VQ6 A; 1VYU A; 2LVM A; 3TRE A; 2LNH B; 1H8E A; 2H3E B; 1D2E A; 4M0L A; 4DBH A; 1XJW B; 5GAN g; 1ELO A; 3Q1J A; 1A0N B; 8ATC B; 3BDU A; 2NPF A; 2X4W A; 2QQA A; 3JQP A; 3GNG A; 1FNB A; 2EW3 A; 2YXY A; 4ZGN B; 2VZL A; 4C8Q B; 5I2S A; 1D0X A; 2LQW A; 3NMZ C; 5KCH A; 1WPC A; 2F5K A; 4JJC A; 3JCM c; 3MP8 A; 3SLD A; 1VHO A; 2HCJ B; 4LD6 A; 5LJ5 h; 5J3B A; 1SF9 A; 2JUF A; 3WBK A; 1Q86 C; 3Q39 A; 3U23 A; 4Z4T A; 3SWN B; 3VS2 A; 3LO8 A; 1JO8 A; 4ZGD B; 1G83 A; 5FNZ A; 2WAC A; 4IUP A; 5GJW B; 4IIO A; 2CBX A; 2Q6K A; 3CMM A; 4IKF A; 3EH1 A; 1NJI C; 5D6X A; 2QA4 B; 5HZA A; 3KUF A; 2EIF A; 3E1S A; 1RLP C; 2CGH A; 4FIB A; 2X53 S; 4DEX A; 3ME9 A; 4QW2 A; 2RJD A; 3I56 A; 3VKI A; 3QKJ A; 4P3Y A; 2VXF A; 3MMP A; 2X3X D; 4GLM A; 2IVW A; 2GFU A; 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