The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
58
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sequence length |
644
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structure length |
644
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Chain Sequence |
MQLTRLVQVDCPLGPDVLLLQRMEGREELGRLFAYELHLVSENPNLPLEQLLGKPMSLSLELPGGSRRFFHGIVARCSQVAGHGQFAGYQATLRPWPWLLTRTSDCRIFQNQSVPEIIKQVFRNLGFSDFEDALTRPYREWEYCVQYRETSFDFISRLMEQEGIYYWFRHEQKRHILVLSDAYGAHRSPGGYASVPYYPPTLGHRERDHFFDWQMAREVQPGSLTLNDYDFQRPGARLEVRSNIARPHAAADYPLYDYPGEYVQSQDGEQYARNRIEAIQAQHERVRLRGVVRGIGAGHLFRLSGYPRDDQNREYLVVGAEYRVVQELYETGSGGAGSQFESELDCIDASQSFRLLPQTPVPVVRGPQTAVVVGPKGEEIWTDQYGRVKVHFHWDRHDQSNENSSCWIRVSQAWAGKNWGSMQIPRIGQEVIVSFLEGDPDRPIITGRVYNAEQTVPYELPANATQSGMKSRSSKGGTPANFNEIRMEDKKGAEQLYIHAERNQDNLVENDASLSVGHDRNKSIGHDELARIGNNRTRAVKLNDTLLVGGAKSDSVTGTYLIEAGAQIRLVCGKSVVEFNADGTINISGSAFNLYASGNGNIDTGGRLDLNSGGASEVDAKGKGVQGTIDGQVQAMFPPPAKGL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The Structure of Vgrg1 from Pseudomonas Aeruginosa, the Needle Tip of the Bacterial Type Vi Secretion System
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
VGRG1, VALINE-GLYCINE REPEAT PROTEIN G1
|
| molecule tags |
Structural protein
|
| source organism |
Pseudomonas aeruginosa
|
| total genus |
58
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| structure length |
644
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| sequence length |
644
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-03-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05954 | Phage_GPD | Phage late control gene D protein (GPD) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | Pnp Oxidase; Chain A | Pnp Oxidase; Chain A | ||
| Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | Gp5 N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold | Phage tail proteins - 2 layer sandwich fold | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(bab) Sandwich | Phage tail protein beta-alpha-beta fold | Baseplate protein-like domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3PQI A; 4MTK A; 4UHV A; 1WRU A; 3CDD A; 2P5Z X; 3D37 A; 3QR8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CHB D; 4EQ5 A; 2X6L A; 3V2T A; 4DR1 L; 2JEA I; 2KBN A; 1DZ1 A; 3JAM E; 1YJW A; 1FD7 D; 1SR3 A; 3MXU A; 3WOF A; 5CV4 A; 2NVQ H; 2YTV A; 3GDE A; 3DMU A; 4QMG A; 2DJG C; 1G6P A; 1P16 A; 2PQA B; 3ERS X; 2EPB A; 3TGV A; 5ELD A; 2K6A A; 3NEM A; 2I51 A; 2HT1 A; 4L5Q A; 2JE6 I; 3QR8 A; 5LMU L; 4J1M A; 3GAS A; 1VF5 C; 2K52 A; 3BDL A; 3G4S A; 1N33 L; 2JA8 H; 4CBV A; 1WD1 A; 1VQE A; 2IL8 A; 3OPO A; 2NTT A; 3OMC A; 2RCN A; 5ESC A; 1JOQ A; 2D5D A; 4QF4 A; 1SYD A; 3EIV A; 1G77 A; 4RGT A; 4GLX A; 5T1G A; 3S1Q H; 1IBM L; 1X3P A; 1LTB D; 1KRT A; 4DV4 L; 3J7A 5; 3KJP A; 2IJ0 A; 4OIK A; 2A68 D; 5LL6 X; 1GUW A; 1E2V A; 5F2D A; 2OU5 A; 1VQ5 A; 3I4N B; 4R1J A; 5DLQ E; 1VQ7 A; 1F2M A; 2DUD A; 5GAE C; 4HJ5 A; 4OL7 A; 2CFM A; 4LFA Q; 1IXR A; 2EY2 A; 2J0T D; 3L3O C; 4GKJ L; 2O5P A; 1JE5 A; 3I70 A; 2PI2 A; 3DMB A; 3PO2 G; 4IUR A; 4B3T L; 4JBM A; 3V96 A; 5FLM H; 4YHH Q; 1B70 B; 1UEB A; 1Q8I A; 2A74 C; 3A8I E; 4HJ8 A; 1XXO A; 1B3A A; 3J81 L; 5M3M B; 3AEV A; 5EAY A; 3QWN A; 3OTO L; 3Q22 A; 2B8F A; 2QW7 A; 2DNE A; 1CQV A; 1USC A; 2N49 A; 3NWT A; 3CCS A; 2K7V A; 1HPC A; 4A3D H; 2K5W A; 4HJ7 A; 4KHP L; 1YHB A; 2E2J B; 3PF5 A; 3K81 C; 2B2W A; 5IIF A; 2QA4 A; 2CH4 A; 1K0S A; 4DR3 L; 3I56 A; 3T1Y L; 2HDL A; 4DK6 C; 3BA3 A; 4GLA C; 4DV3 Q; 3E4V A; 4DPG A; 3BDO A; 1HNX L; 2BE5 D; 3VDY A; 3KBX A; 2ZXR A; 3BZK A; 1EWH A; 1NNX A; 3SWJ A; 4F88 A; 2I46 A; 1I4R A; 3EC6 A; 2JA9 A; 3MZ5 A; 4QIW B; 1GVP A; 1EY6 A; 1STH A; 3T4A C; 4J8Q A; 1BF4 A; 2HQE A; 4PZ7 A; 2NN6 I; 4IJH A; 3U50 C; 5CV7 A; 4IFD G; 3ER0 A; 3GV3 A; 1IBL L; 1TWG H; 4QGU A; 3SE0 A; 1O7Z A; 4LF6 L; 3IN6 A; 1N36 Q; 4POF A; 2MNA A; 2VY3 A; 4I7Z C; 4LJZ C; 2Q2I A; 2K05 A; 1PRT B; 1CI3 M; 1E22 A; 1FGB D; 4ZYS A; 4IFD J; 4HMT A; 4NW2 A; 4OHJ A; 1LT5 D; 1VQG A; 2R7D A; 2ZM6 L; 2F0E A; 1ASZ A; 1PH8 A; 4KKT A; 3R8B A; 5ELE A; 4R8I A; 2HIV A; 1SNQ A; 3BPK A; 4DGZ A; 5FKA C; 1AZQ A; 4MNO A; 4HKH A; 2F0M A; 1LT4 D; 4DFA A; 4L63 B; 5KYL A; 1UUP A; 4LF5 Q; 5LMN Q; 2KHS A; 3M85 A; 4JTM A; 1ENC A; 5M3F H; 2JA5 B; 2K50 A; 4A3I H; 2B2Y A; 5K5P A; 3S15 B; 3SVM A; 1SYB A; 4DR5 Q; 2R3Z A; 3R5P A; 4X3S A; 3KF8 B; 1D8L A; 2A73 B; 3CDD A; 5ELF A; 2W78 A; 1XPU A; 1HUM A; 3J81 c; 3RNU A; 3FPP A; 3DUZ A; 3EBE A; 2NN6 G; 1G6Z A; 4DR1 Q; 1UE5 A; 2B2U C; 4X62 L; 4A3M B; 3KK7 A; 2L1B A; 3LNN A; 4X3U A; 3DLL A; 4DNT B; 3HE1 A; 4MN3 A; 5EKI A; 2E5L Q; 1AEX A; 1CTM A; 4LF9 Q; 3S1M H; 1Y1W H; 1SMX A; 1PRT D; 2R7F A; 4RGO S; 3CC7 A; 2EYM A; 3PSI A; 4A3C G; 1HXY D; 4BBS G; 3AB9 A; 4ZQ3 A; 1N33 Q; 3PUY A; 4JI2 L; 3RH7 A; 3G6J B; 2NVY H; 1DNL A; 1TWH B; 3C1F A; 4DR4 Q; 4GN3 B; 2PI2 E; 3TRE A; 3FDT A; 4H0L C; 2ED4 A; 3I7F A; 5IGF A; 1ESF A; 4JPB W; 1NCV A; 5M5Y H; 1BXT A; 3Q8D A; 1S5D D; 4JI5 Q; 1R9T B; 1RJT A; 4BY7 H; 4GKJ Q; 4L82 A; 3OW2 A; 1RFE A; 1PTO F; 3F8T A; 3J80 c; 3DM3 A; 4HJA A; 3A8J E; 2AUJ D; 1SXT A; 4JI4 Q; 1X32 A; 4TRD A; 2M2L A; 4OXP A; 3ZOD A; 3NTK A; 1M8A A; 5AJ3 L; 3OTO Q; 1FL0 A; 4DV2 L; 3MTS A; 3EQL C; 1H9S B; 5BN5 A; 2D2C C; 3C3L A; 4HSP A; 3H0G H; 4CJ1 B; 2WB1 E; 2RDH A; 1EY4 A; 3EA6 A; 2OF1 A; 2NVT B; 1EIG A; 1EUJ A; 2B2T C; 2Z9H A; 5IP9 G; 2EYO A; 1B3Q A; 2D36 A; 3FKH A; 1L0X B; 4C3I H; 1PZK D; 3GTO B; 1A6X A; 1N9W A; 2UXC Q; 4N8F A; 3HOW G; 3DM1 A; 2PZU A; 4A3F B; 2E75 C; 1PHJ A; 1R4Q B; 2YU9 B; 5GAD C; 2RVL A; 4QB4 A; 4K8I A; 1PH5 A; 3HOU G; 1PXU A; 1MGS A; 2RDG A; 4BY1 B; 1PLF A; 4LW1 A; 1VQD A; 3UDI A; 5CV6 A; 3HOZ B; 5D3I B; 1STA A; 2H5X A; 1W3P A; 3PIO A; 1KDC A; 4CHT B; 4H02 A; 1Y8N B; 4EQO A; 4C2M B; 3G48 A; 1HA6 A; 3KYF A; 5C4X H; 3SK4 A; 2ECR A; 1SNC A; 4P74 A; 4UY8 C; 2JA7 G; 3TBI B; 1QVF A; 1D7Q A; 2W77 A; 2A6H D; 1U9R A; 2ZM6 Q; 1CQF A; 5C44 B; 4FF1 A; 3IAY A; 1WRU A; 4Y9I A; 3S2D H; 3VYS A; 5A2Q E; 2ZXP A; 3JAM i; 3U5W A; 2ID0 A; 4HMI A; 3BJU A; 4JI7 L; 2G5D A; 3HOV G; 2R92 H; 4CKB A; 5EJW A; 1CFM A; 1X55 A; 1S72 A; 1XTC D; 2B8G A; 1D1I A; 2DNC A; 3S1N H; 4FDB A; 1YHQ A; 3H09 A; 5FO7 B; 4BBR B; 5HUR A; 5DNF A; 5JJZ A; 1R4P B; 3GO5 A; 4XYO A; 4RGN A; 2I02 A; 3BS1 A; 1OXX K; 4G08 A; 3ADY A; 1Q46 A; 1F2Z A; 1Q86 C; 2A02 A; 3HGB A; 3FVQ A; 5BR8 Q; 3RZO B; 3E6Z X; 4C3H B; 1G51 A; 1MD2 D; 5HGT A; 3E9I A; 3BVG A; 2FG9 A; 2FUR A; 4KHZ A; 2A69 D; 1K0R A; 2PNR C; 2WAQ B; 1J5E L; 1A63 A; 4QQB X; 2PNH A; 2VUM H; 1NTG A; 5HGQ A; 5JAB A; 3LGJ A; 3M3Y H; 4K6L A; 5JJK A; 4KV6 A; 4YBN A; 3QIA A; 1EYD A; 1PRT F; 1IYV A; 2NUC A; 1BCP B; 1G2S A; 1ESR A; 1Y1V B; 4X64 L; 4NP5 A; 1DD2 A; 1F9Q A; 2FMC A; 4ZAI A; 2F0F A; 5J1Z A; 1XWE A; 2R93 B; 1RL2 A; 1WTR A; 2KCC A; 2UU9 Q; 2BDN A; 2BA0 A; 1AN8 A; 1K8O A; 2AMC B; 4V0B A; 1JWS D; 4K6D A; 3LWU A; 4A3E B; 1HUN A; 4ODG A; 4A3D G; 1BVS A; 5CC4 A; 4U68 A; 3OWF A; 2KEC A; 3FKI B; 1T9H A; 2ASB A; 1HA5 A; 3GTL H; 1JWU D; 1C8C A; 1X6O A; 4LF7 Q; 1S3O A; 2B2V C; 4FXK C; 5I4D A; 3EJI A; 1FR3 A; 1SND A; 2K5N A; 4RCO A; 2IWH A; 4DV6 Q; 1EYA A; 1V8Q A; 1PH6 A; 1A2U A; 5J3B A; 3UDG A; 1QZG A; 2CH4 W; 2KJX A; 4E6I A; 2ZJQ A; 2MFI A; 3K80 C; 3HKZ E; 1Z7T A; 3KDF B; 3MEH A; 3R3O A; 4KJN A; 3U58 A; 1BCP D; 1WCM G; 4L6T B; 2JA6 H; 1SYC A; 3T13 A; 5IP7 H; 1CHQ D; 2F0J A; 3H91 A; 2E2I H; 3S14 H; 3GTG B; 2OWO A; 4ZKB B; 3OIQ A; 1IZ6 A; 5M5W H; 1EJE A; 2VXW A; 1K83 H; 1II3 A; 2AKW B; 5CR3 A; 4A3B B; 4DV0 L; 1WVL A; 3H3V H; 4HMV A; 2N55 A; 5H1S E; 3P75 A; 4A93 G; 5ELC A; 3FPU B; 1RF2 D; 1BNZ A; 3PV0 A; 1IBK L; 2IX0 A; 3PF4 A; 4IPC A; 3GD7 A; 2Z4I A; 4YWK A; 4YY3 L; 1NJI C; 4UP9 A; 1JC7 A; 1PH7 A; 2YYZ A; 4IUN A; 4G4K A; 1BKB A; 3STB D; 4KHV A; 4DAY B; 2N3S A; 2AQ2 B; 2RF4 A; 3KJO A; 4CKC A; 1KXL A; 1EWI A; 3C2P A; 2X6G A; 4DUY Q; 4A75 A; 1RZ0 A; 3T56 B; 5J22 A; 4C1N K; 2KA7 A; 1H9M A; 1H9S A; 1TWF B; 2HD3 A; 2Z1C A; 3CCV A; 1A2T A; 5FLX E; 2Q2U A; 3NEN A; 1A3V A; 1VQ8 A; 5GAH C; 2Z6K A; 2YTY A; 5HY6 A; 1PFB A; 1LTR D; 1ONL A; 5EBC A; 2UUB L; 1BOS A; 2RKS A; 2Z6K C; 3SK5 A; 1U4L A; 1GJX A; 3CW2 C; 1HNZ Q; 2IAB A; 1UWV A; 3M4Y A; 4YCW A; 1N32 Q; 5EPL A; 4GN5 A; 5C3E G; 4IO9 A; 3K88 A; 2M5J A; 3A8K E; 2EZV A; 1J5E Q; 3OWE B; 4TSS A; 4HMW A; 3E0J A; 2DGY A; 2NR4 A; 5GAG C; 1Z47 A; 4IUU A; 2MHV A; 5G3L D; 2WFW A; 3SK8 A; 3I8Z A; 2OT2 A; 3FHW A; 1I6H H; 5M3M H; 1W9A A; 2A6E C; 1EQQ A; 3D6W A; 2KOL A; 4N9P A; 4JI1 L; 2CQA A; 2KCM A; 1Z6H A; 2D37 A; 1STN A; 4BY7 G; 3A7A B; 1X9N A; 3IRB A; 1EY0 A; 3HOY H; 3KF6 A; 3ERQ A; 2SEB D; 1HFG A; 3MXG A; 2N78 A; 1Y8O B; 2RHS B; 2VPA A; 4HX6 A; 1AH9 A; 4KY7 A; 2K33 A; 3TME A; 1JJG A; 2F52 A; 1QNK A; 1VQF A; 3H0G G; 3A6Q A; 1SJH D; 1LTT D; 2ZJP A; 1Y69 U; 3S16 B; 1ML0 D; 5KGU A; 1CZG A; 2EQS A; 1QUQ A; 2HQ7 A; 3HY8 A; 1YNX A; 1A8V A; 3NBH A; 4C3I G; 4JYA Q; 3MXN A; 1H95 A; 3F2U A; 4RKB A; 1WTW A; 4DNR B; 1TR5 A; 4RAU C; 3A55 A; 2F0L A; 4IJL A; 2R61 A; 1PYS B; 5I6W A; 1KRS A; 1HR0 Q; 3NXW A; 2SDF A; 5IYB H; 3GTK B; 4WOR A; 1Z9F A; 4QUF A; 1E2Z A; 1EEI D; 3CPF A; 3CC4 A; 1O7I A; 1AZP A; 1A15 A; 4Y7N B; 1PTO B; 1W3Q A; 4PG3 A; 2EXD A; 2NBF A; 3URY A; 3W3A A; 4LFC Q; 4B3M L; 2D1U A; 1NSN S; 3NQI A; 3CKI B; 4UP7 A; 1PV4 A; 1Y12 A; 4L8J A; 1EY9 A; 2E2D C; 2GA4 B; 4YWL A; 4OX9 L; 1MHW C; 1VQI A; 3DEO A; 2JA5 H; 5JEA G; 4KD4 A; 3OMG A; 2PZT A; 1SE2 A; 4AQY Q; 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1I5F A; 3CRK C; 4DV7 Q; 4DR7 Q; 3D4R A; 4RMF A; 4FO2 A; 5G3L F; 3A6R A; 2B2W C; 2L15 A; 3VR3 A; 3G6E A; 3H3V I; 3H15 A; 2Q2T A; 2NVT H; 1GUS A; 4GNX A; 3PO3 H; 3FMC A; 3CME A; 1X54 A; 5FOB B; 4GNX C; 1GUG A; 3D6C A; 4JG2 A; 3KLS X; 1LTA D; 5JVH 3; 1SSO A; 3DHQ A; 2WV6 D; 4NDX A; 3GTO H; 1SE3 A; 2CQO A; 2W76 A; 2YV5 A; 5I6Y A; 1K73 C; 3MA2 B; 4A3F H; 3GTP B; 2F0P A; 2UXD L; 3ULP A; 4V19 0; 1WOC A; 3WDN A; 2RA4 A; 3QG1 A; 4RG1 A; 2BA1 A; 4BY1 H; 4A3J G; 1IL8 A; 1KAW A; 4O0A A; 3HOX H; 3DXJ C; 3J80 L; 3R2T A; 4CKE A; 5D3D A; 1IKM A; 1VQH A; 2OQK A; 3HOW B; 1E3P A; 4C2M H; 3AYH B; 1JJ2 A; 2F1M A; 4HSV A; 5JAV A; 2L4W A; 3HOU B; 1F9S A; 4M8A A; 3CB0 A; 2KVM A; 1WD0 A; 2F0U A; 2AWO A; 5KNC A; 3EAA A; 4B9X A; 4JC0 A; 2R6G A; 1SMY C; 3PQI A; 1QNU A; 3O13 A; 4OO1 H; 2IML A; 2FHT A; 4J6H A; 3TP7 A; 4RHR A; 4IN3 A; 2I07 B; 4G7Z C; 1VMC A; 4B3M Q; 1Q1E A; 3K5N A; 4BXX H; 1SRU A; 2QGQ A; 3D0F A; 4DR2 L; 5JJL A; 2FFK B; 3K5O A; 1U4P A; 4R4Q A; 2JA7 B; 4GN4 B; 1I3Q H; 2B2Y C; 4OX9 Q; 4HTH A; 1BBU A; 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