The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
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sequence length |
147
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structure length |
147
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Chain Sequence |
TGDNSNVVTMIRAGSYPKVNPTPTWVRAIPFEVSVQSGIAFKVPVGSLFSANFRTDSFTSVTVMSVRAWTQLTPPVNEYSFVRLKPLFKTGDSTEEFEGRASNINTRASVGYRIPTNLRQNTVAADNVCEVRSNCRQVALVISCCFN
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Refined structure of satellite tobacco mosaic virus at 1.8 A resolution.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN (SATELLITE TOBACCO MOSAIC VIRUS)
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| molecule tags |
Virus/rna
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| source organism |
Satellite tobacco mosaic virus
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| total genus |
24
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| structure length |
147
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| sequence length |
147
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 1998-01-28 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Satellite virus coat domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J7N A; 4NIA A; 1ZA7 A; 1JS9 A; 1STM A; 1YC6 1; 3J7M A; 4OQ9 A; 1CWP A; 3J7L A; 1A34 A; 4OQ8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JW6 A; 4FCA A; 4FOV A; 4MOA A; 3UL2 A; 4AFD A; 4X6Q B; 1IQD C; 3R4U A; 3P6B A; 3HQR A; 3VBO B; 2Q5T A; 2JDA A; 3W21 A; 1GMM A; 4K3U A; 5JSO A; 1NT0 A; 4YG0 A; 4NRM A; 1AX0 A; 1BBT 3; 5FPB A; 4YW7 A; 1V9U 1; 3RS6 A; 1QMJ A; 4PLM A; 2RDS A; 2WO2 A; 3VBH C; 3BYW A; 1GV9 A; 2YPD A; 3VD5 A; 4XET A; 2KA3 A; 4Q0S A; 1E5I A; 2ZX2 A; 4W50 A; 5EWS A; 5KHJ A; 4JZR A; 3CNA A; 4JGZ B; 2GC0 A; 4XIO A; 3RZM A; 5C7G A; 1DGW X; 4F7Z A; 2QDR A; 4IV1 A; 4CEW C; 1AUY A; 4QX8 A; 1IPJ A; 2ZBJ A; 3RJR A; 3KV4 A; 2BU9 A; 3MO4 A; 5FP7 A; 5C3P A; 2ENR A; 3ACL A; 5FJH A; 1VAV A; 2VBP A; 3WG3 A; 3VD9 A; 2Y26 A; 4AHZ A; 1VBD 2; 1WW4 A; 2JDM A; 3JD7 1; 3OD4 A; 2IFR A; 4AYU A; 5JXI A; 2XH6 A; 1PIV 2; 2Z4F A; 4JTN A; 4K6B A; 2RG4 A; 3DPR C; 4QT6 A; 4H7L A; 1LHV A; 4LE4 A; 1AR8 1; 5EHD A; 1VBC 3; 4FXG B; 1UO9 A; 4S2D A; 1CPM A; 5J98 B; 2VMG A; 1SZB A; 4XBL A; 1WA4 A; 2A70 A; 4XIL A; 4DUX A; 5I0D A; 2D6P A; 1QQP 1; 4QPG A; 2GNB A; 1CWP A; 3VBO A; 1B35 C; 1WBL A; 2XQR A; 2WAB A; 4IDZ A; 3MIG A; 4K1Y A; 3AP6 A; 3IB3 A; 1OD3 A; 4LBQ B; 4H3W A; 3N7J A; 1UY0 A; 3N3H A; 4URA A; 1DF0 A; 3R4D B; 3ZXG A; 1RUN A; 4N7U A; 5FYV A; 2ARC A; 1OH4 A; 1O59 A; 4LBO A; 3MEP A; 1REF A; 3T1L A; 3U07 A; 4FXK B; 3RWK X; 1MS3 A; 5CB7 A; 5CFC B; 4AHW A; 3UKV A; 1W2U A; 4JGZ A; 3NMB A; 4MZU A; 5F3E A; 1ULF A; 4LK7 A; 2YRO A; 3ZN4 A; 1ZZ6 A; 4IGQ A; 5IHR A; 3ZFF B; 5FZ0 A; 2VZR A; 1JOP A; 1K5J A; 3AFG A; 5AFE A; 2OZJ A; 4JDN A; 4CCK A; 2B7Y A; 5D8A B; 3ZPO A; 5GLU A; 1X7N A; 5JOZ A; 3NAP C; 1GU3 A; 4LIU A; 4NN0 A; 1XRU A; 1XSR A; 2XDV A; 2WNU C; 2HWB 1; 2ZGO A; 4XW3 A; 1EAH 1; 3VDB A; 3NRU A; 1WW5 A; 3P3N A; 4O9E A; 5E89 A; 1XBF A; 2ID4 A; 3HPN A; 2VZQ A; 3JB8 A; 3WG1 A; 4YVW C; 4LO6 B; 2UUR A; 5LB6 A; 2QE3 A; 4ATE A; 4OZO A; 3ZKY A; 4CDW B; 2VMI A; 1DYP A; 2WDB A; 1WWY A; 1PX4 A; 4LBQ A; 5FOJ B; 1RUJ 2; 2BBV A; 2OVU A; 5CAZ A; 1LJ7 A; 1Q8V A; 4HL0 A; 3WHU A; 4QMA A; 4PIZ A; 2JG8 B; 1J3Q A; 1YQ5 A; 5AVP A; 2GU9 A; 1TNF A; 4PDW B; 5FBJ A; 3SEE A; 5CA6 A; 1NA1 B; 2YC0 A; 3TEW A; 1JTZ X; 3VBF B; 1NZC A; 1MZE A; 1POV 0; 1EV1 2; 2WS9 1; 3E6C C; 2CV6 A; 4FTE A; 3GHN A; 4BDV B; 2WFF 2; 4BQ3 A; 4E2Q A; 3LDB A; 3U78 A; 3ZDS A; 3VHP A; 5A6Y A; 4ZXK A; 1H2L A; 5FZG A; 3ZFF A; 5IT6 A; 2VNG A; 1ZBE 3; 5GAL A; 1OFS A; 5D8A A; 1WLD A; 4JDO A; 3UT0 A; 4P14 A; 2GC2 A; 2Q30 A; 4PF5 A; 1U5I A; 1VP6 A; 2YHJ A; 3LDK A; 1W6Q B; 4AED B; 2A3Y A; 3HVD A; 1SFY A; 4OQ8 A; 4GB3 1; 2P3Y A; 5K4L A; 4DO0 A; 3U37 A; 4CVU A; 2VO5 A; 2GN7 A; 1PZ8 A; 2BNM A; 4AFC A; 2YC2 A; 3LPF A; 1YI7 A; 1OXC A; 4FPC A; 3OBA A; 3W58 A; 1B09 A; 2PAE A; 3OTF A; 3TN9 2; 3CLP A; 3ZYF A; 1FYU A; 2ZHN A; 1D7P M; 1QHD A; 1RVF 1; 1XNA A; 1GR3 A; 1UIJ A; 4FSJ A; 2HEY F; 2DVG A; 2JG8 A; 1HB4 A; 1D2S A; 3FLR A; 4PDW A; 1EP0 A; 5JXJ A; 1AF9 A; 3ZYR A; 1NA1 A; 5DZE A; 3T0A A; 3WY6 A; 1H1I A; 1XYO A; 4FPK A; 4Q8L A; 1FPN 2; 3EMR A; 3I97 A; 3J9S A; 4TLF A; 1PVX A; 1C3H A; 2ZAH A; 4FTB A; 4QAW A; 4B1L A; 2RE9 A; 2MEV 3; 2WNV B; 2ZGR A; 5A80 A; 2DF7 A; 5I91 A; 4IV3 B; 2JJ6 A; 1GUI A; 1HDK A; 3HQU A; 4NHX A; 1Z7S 3; 5T5O A; 1DZR A; 1IHM A; 4CDQ C; 4LBN A; 3VHO A; 4BXS V; 3S5Q A; 1QJY 1; 5FMO L; 5SV8 A; 1W6Q A; 5A7W A; 4AED A; 1F5F A; 3FX3 A; 1VRH 3; 2DWR A; 1DCS A; 1WGP A; 1SLT A; 4A7Y A; 2ZEW A; 3HQX A; 4Q0Q A; 2RS3 1; 2EIE A; 2WSV A; 4LEJ A; 3ZN5 A; 2R04 1; 3AMP A; 4XUR A; 5FZF A; 3UV9 A; 1GZC A; 1ULO A; 1Z78 A; 2AUY A; 3GBG A; 1VBB 2; 3OD0 A; 5FYZ A; 2QCS B; 2PTM A; 5DAB A; 3FL7 A; 4R9D A; 2DUQ A; 4Q1R A; 1NCR B; 4E4Z A; 5E88 A; 3WP3 A; 1AJO A; 1MZ5 A; 2V4V A; 3WW3 A; 1ULG A; 3LAG A; 1IG0 A; 2R7E B; 4JGY C; 4UI9 L; 2GH8 A; 5A3W A; 1VBA 3; 3FHI B; 2WL1 A; 4HAN A; 3JCI A; 1CAX A; 1BCX A; 1Q8P A; 4LLO A; 3ZMO A; 1QJE A; 4MGT A; 1CX1 A; 1NCQ C; 5DXD A; 2WNV A; 4LO4 B; 4XPV A; 1DBN A; 3I2J A; 3GBF A; 1R08 2; 1WLC A; 4WVZ A; 1TQ5 A; 1ODM A; 4BZ4 A; 5G04 L; 4CZS A; 4KH9 A; 1LAJ A; 5FK7 A; 4Y4Y A; 4E4D X; 3AKQ A; 1SDD B; 4OLL A; 2DYC A; 2QQM A; 1OLM A; 2RS1 3; 3JUU A; 3WNX A; 4IEO A; 3ETP A; 1OVS A; 2ZHK A; 3KGL A; 1O8S A; 1YWK A; 2E9Q A; 3DXU A; 3MYX A; 3DGT A; 4JKL A; 5B2G B; 1JYV A; 3VBH B; 1KD7 A; 4FTS A; 4ASL A; 4COV A; 3LEG A; 4CCC A; 1HRV 1; 2PEL A; 2VH9 A; 1YFX A; 4QQO A; 1Y4W A; 1SCR A; 4CCO A; 5C8C C; 4BME A; 1TVG A; 1JZ7 A; 1G86 A; 1ASJ 3; 1CR7 A; 1XU1 A; 1W8N A; 1HRI 1; 3V64 A; 1NCR A; 3KS7 A; 1LOF C; 1D0G A; 3POF A; 2DU0 A; 3WDX A; 5DG2 A; 1UN1 A; 1MS5 A; 4WBB A; 1HJF A; 4CEY C; 1LOD A; 3KHC A; 1ENX A; 3GCX A; 4NRP A; 4YW6 A; 1CPN A; 5LA9 A; 3U4S A; 4GWM A; 1G9B A; 3VL8 A; 4CCN A; 4RHV 1; 2WII B; 3JZV A; 3RMY A; 3I49 A; 3DPR B; 3VN4 A; 2ZHL A; 1BLZ A; 4GA9 A; 5DAV A; 1O3S A; 3Q8A A; 5FLH A; 5K9Y A; 3PJQ A; 3ZYI B; 3KSC A; 2QZ3 A; 2ZGK A; 2GMM A; 2VOV A; 5A32 B; 3OJB A; 3QOP A; 1B35 B; 4W6X A; 1KXG A; 4NO4 A; 3URF A; 2C5D A; 2ZGQ A; 4DY3 A; 1AYN 3; 1FMD 1; 1UOF A; 4GMP 1; 4ATF A; 4UAP A; 3O5S A; 2P3I A; 1F35 A; 5GLV A; 1DGR N; 2WBK A; 1WZX A; 1X33 A; 2YFU A; 3KVA A; 4C8D A; 5IVC A; 4YZ3 A; 4MGQ A; 2DVB A; 1FT9 A; 2Z79 A; 1K3I A; 2BP6 A; 1XE0 A; 1HQN A; 1H2N A; 3K4A A; 3OOX A; 4IND A; 1PMH X; 4NRQ A; 3VDD B; 4QKF A; 3POY A; 4HN0 A; 4P9Y A; 3RVH A; 2WAA A; 2XUE A; 2XJU A; 3ZFE C; 5EQU A; 2DTY A; 2WFP A; 1Y9M A; 1CJD A; 1PK6 C; 2Q8O A; 1OMI A; 4R52 A; 1K12 A; 2JD9 A; 5DAX A; 5C9A A; 4QB6 A; 2HWB 3; 4FPO B; 2VZ3 A; 2E53 A; 3PTY A; 4HG6 B; 1O7F A; 3NAP B; 1JYC A; 5JPN B; 1W05 A; 4NMI A; 1PO1 1; 2XJR A; 4HLT A; 4HVO A; 4PI0 A; 4QB2 A; 1NYW A; 2G19 A; 1GKB A; 1V70 A; 4FP3 A; 2WRA A; 1JHN A; 2C1F A; 1AYM 1; 1YO8 A; 5FDB A; 5FZI A; 4TTG A; 3AZZ A; 1OSG A; 2XB6 C; 4Z82 A; 5APA A; 5A32 A; 4YVW B; 1ZRD A; 1KJR A; 1QOT A; 1UOG A; 3R4S A; 4QHZ A; 5GJ6 A; 1QXR A; 2C24 A; 1AR7 1; 2WQ4 A; 2E26 A; 2JIG A; 4S2G A; 5K8S A; 2PLV 1; 5CAD A; 3WQ1 A; 4Q0V A; 2QFE A; 1S0C A; 4W8J A; 5JXH A; 1ZM1 A; 4RSU A; 4B4Q A; 4DXS A; 4DZG A; 2FDF A; 1S0G A; 4HVR A; 5T50 A; 1VJ2 A; 3CMG A; 3H8U A; 1R1A 1; 2LM3 A; 4GKX A; 1PO2 3; 4DMI A; 3SCF A; 1G9C A; 4LKE A; 4BIO A; 5AC9 1; 5J7M A; 3OF1 A; 2D3R A; 4MYE A; 3VDD A; 3OPT A; 4AQ2 A; 2GC1 A; 2XBO 2; 2ZX3 A; 3FWE A; 4I01 A; 5FYI A; 3J4U H; 4AI9 A; 2VQU A; 3OGS A; 4WM8 C; 5GZF A; 1N1T A; 5CZK A; 4CE8 A; 2IVJ A; 4XHX A; 4P5H A; 4OFG A; 5DPN A; 4YW4 A; 3K48 A; 4MET A; 3RI9 A; 1JU4 A; 5EJ3 A; 4UWD A; 1H4H A; 3VZN A; 3V0B B; 2BVB A; 1O6U A; 1CZT A; 1M4W A; 1GZ9 A; 1KEX A; 4L92 A; 2H6C A; 2VOX A; 2R30 A; 2VPV A; 3I2K A; 2ZZQ A; 3M3I A; 4GB3 3; 2ZAB A; 4CU8 A; 3DKW A; 5FYH A; 4QGL A; 1FOD 3; 5LA2 A; 1GBG A; 1H1A A; 5BPX A; 4XXP A; 1V6I A; 1KRI A; 2Y0I A; 1YFY A; 3D5O A; 1VBE 1; 3P5B A; 5LBE A; 3JBG 2; 1J3R A; 1RUH 1; 1YEW A; 3H42 B; 3KT1 A; 1W2A X; 3KLS A; 4GJY A; 4ES9 A; 3GJB A; 1RHI 3; 2CDO A; 4N7I A; 3RPQ A; 1UCX A; 3AMM A; 3UGH A; 4XFB A; 4I0A A; 1CZV A; 1UXZ A; 3HT2 A; 4V2V A; 4NII A; 4B1M A; 1WCQ A; 1LOE A; 2AC1 A; 3AC0 A; 3H1M A; 3ZYB A; 3SHR A; 5IAV A; 4UFM A; 4YLZ A; 1YYN A; 2CU5 A; 1OUX A; 4Q4V 1; 2JDP A; 5A3O A; 4FI9 A; 5JI7 A; 3RZZ A; 1GNY A; 2VW0 A; 3H3Z A; 3LA7 A; 3M7A A; 5L9R A; 4PCR A; 3I2O A; 3NNG A; 2GP5 A; 5CVR A; 2AH2 A; 4RGG A; 2AEZ A; 2ZML A; 5FJK A; 3ZO0 B; 1QDC A; 2VZU A; 4TYS A; 4A2U A; 5FZE A; 4MXW B; 1E57 A; 4DXT A; 2XVG A; 4A44 A; 3VUO A; 4UW5 A; 1PZ9 A; 3WF3 A; 2SLI A; 3ELN A; 3V0B A; 1JZ2 A; 3DYP A; 2QQU A; 1AR6 2; 4AHY A; 5A1L A; 3C7G A; 4IV1 C; 4QPW A; 4ZS3 A; 5L19 A; 1AL2 3; 2V09 A; 3J26 N; 1WBF A; 4QDQ A; 4FPJ A; 3SCH A; 2HWE 2; 5ANN A; 3ZYH A; 4CCM A; 4D7Y A; 3SXW A; 2YFZ A; 3S6P A; 4CP0 A; 3L2H A; 3J7H A; 3SIT A; 1UX7 A; 1QXP A; 4OZX A; 4M3C F; 1XQN A; 4AQ6 A; 1GWM A; 2L9L A; 1TMF 2; 3KF3 A; 2K0G A; 1XOY A; 4HBN A; 1S2B A; 2VUJ A; 3OUI A; 4LJH A; 4QPG C; 3VBO C; 2VEC A; 4QQP A; 1I5P A; 3I8T A; 4HK9 A; 4RQP B; 2RMU 3; 4MXV A; 2D98 A; 4BQ1 A; 4YGD A; 3O1V A; 3M70 A; 1TE1 B; 2HWC 3; 2VY0 A; 1GNZ A; 2DTW A; 2LTN A; 4BQ4 A; 1BBT 1; 4MXW A; 5FRE A; 3VZM A; 1HLC A; 4Q29 A; 3D4K A; 4PHZ A; 1TNR A; 2JDY A; 4JGZ C; 3CZU A; 1UF2 C; 3RZG A; 3AP9 A; 4MVT A; 2XL7 A; 1QDO A; 3T0D A; 5A7Q A; 1HV1 A; 3H7Y A; 1OLR A; 3WNM A; 4ZU7 A; 2QQN A; 3VDA A; 1F2N A; 5F3G A; 3WR0 A; 3AFK A; 3UGF A; 2W5F A; 5JIA A; 1TG7 A; 2LAL A; 4F83 A; 1AR8 2; 3IDB B; 4JKK A; 1MEC 3; 2W91 A; 2XLG A; 1JMU B; 2JDU A; 1QQP 2; 1ZZ7 A; 3WF2 A; 4LOS A; 1VBC 1; 5FMO S; 2XUM A; 1V6L A; 2LUW A; 4JQR A; 1S0D A; 5DDJ 2; 4B8E A; 1UKG A; 4GJZ A; 1IPK A; 4NID A; 1L7L A; 1QJF A; 4RQP A; 5DG1 A; 4RHV 3; 4BQW A; 2E31 A; 3KQR A; 5J96 B; 3AMN A; 2W39 A; 1UIK A; 2W94 A; 3CO2 A; 3D8C A; 3MUY 1; 3PUS A; 4DRR A; 4JRA A; 3A22 A; 3KF5 A; 4PIY A; 3SEP A; 2FZ2 A; 4AQS A; 3KV5 A; 1F4A A; 1PM4 A; 5LRS A; 4YM2 A; 4UF0 B; 2PAM A; 4XZU G; 1BZW A; 2AR6 A; 3ZFF C; 3WP4 A; 2R07 3; 1EUT A; 4BU2 A; 5ACA 3; 1S1A A; 1VBD 3; 1PMI A; 4RS5 A; 4GH4 C; 4ASK A; 2G1M A; 1QOS A; 2YC4 A; 5D8A C; 1JBC A; 1PIV 3; 1G9D A; 1JHJ A; 5FZ4 A; 3NVC A; 5DQ0 A; 4XYX A; 5KHK A; 2J1U A; 4IEQ A; 1NXM A; 4Q4Y 2; 4BQ5 A; 5C8W A; 1RED A; 5JVV A; 5DUV A; 4XBQ A; 1K42 A; 2WC2 A; 4JHT A; 5B4N A; 4Z8B A; 4N90 A; 1YLL A; 4ISR A; 4ISQ A; 1TME 2; 3JXS A; 3B3Q E; 2FDJ A; 5FKB A; 1PK6 B; 2J42 A; 2ZMN A; 4URT A; 2X8K A; 3PNA A; 4ZS2 A; 3RGB A; 1UPS A; 4A6S A; 3EYP A; 4CCL A; 1OOP A; 1RUD 2; 1MZF A; 3ACI A; 2RJK A; 4K9S A; 5FTT C; 3IPV A; 2VM9 A; 2JG8 C; 1QJX 2; 2FCV A; 4PDW C; 1SFN A; 4QM8 A; 4EN8 B; 5FMC A; 1NA1 C; 1KGY A; 2AYH A; 1SDW A; 4LHS A; 2Y34 A; 3E5X A; 5FP8 A; 1RUC 3; 3NJX A; 3B7M A; 4H7M A; 2IC1 A; 2Z42 A; 4UF0 A; 1GP6 A; 1HN1 A; 1T6B X; 3G7D A; 1SPP B; 3SKJ E; 3VZJ A; 3SKV A; 4IQP A; 4KGQ A; 3ZM8 A; 4P5Y A; 3WD5 A; 1UW8 A; 4NIG A; 4DUV A; 4PI2 A; 2FMY A; 2XJV A; 1I3H A; 2FCU A; 4GMP 0; 1ZBE 1; 3OCP A; 4OYU A; 3WT3 A; 1FAT A; 2XHN A; 5IJR A; 5GZG A; 2EID A; 2JE7 A; 2QZ2 A; 1GAN A; 2VU9 A; 1WCU A; 5FV3 A; 4XAE A; 2BTV C; 2J1R A; 5CG9 A; 3I2H A; 1RC6 A; 3P3P A; 1OUS A; 3KV6 A; 5JPM B; 1XPW A; 4BJ0 A; 2W08 A; 2XLF A; 4BQ2 A; 4HKO A; 3I4I A; 5L9B A; 4CA9 A; 2VNV A; 3R0R A; 2R1D A; 1GOF A; 2PHU A; 1RUJ 3; 1FV3 A; 3AKP A; 1KIT A; 2EIC A; 3HN1 A; 4D3W A; 2NYY A; 2AAC A; 3DKQ A; 4HSL A; 4MLO A; 1XXN A; 2D6O X; 3H3L A; 4Y5Z 0; 3CJI C; 5SV5 A; 3VBR B; 5EJZ B; 1GP4 A; 2JX9 A; 3N7K A; 1HJG A; 2BYV E; 2Q8E A; 4YZ2 A; 5FOB B; 4XF3 A; 3N9M A; 2Y60 A; 4JX0 A; 1X8E A; 3PVO A; 4YGE A; 5FO7 B; 1EV1 3; 3LFM A; 1OKO A; 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