The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
225
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structure length |
225
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Chain Sequence |
QTKPLPALKLALEYIVPCMNKHGICVVDDFLGKETGQQIGDEVRALHDTGKFTDGQLVSQKSDSSKDIRGDKITWIEGKEPGCETIGLLMSSMDDLIRHCNGKLGSYKINGRTKAMVACYPGNGTGYVRHVDNPNGDGRCVTCIYYLNKDWDAKVSGGILRIFPEGKAQFADIEPKFDRLLFFWSDRRNPHEVQPAYATRYAITVWYFDADERAAAKVKYLTGEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural basis for binding of hypoxia-inducible factor to the oxygen-sensing prolyl hydroxylases
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Oxidoreductase/transcription
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
Egl nine homolog 1
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| total genus |
66
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| structure length |
225
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| sequence length |
225
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| ec nomenclature |
ec
1.14.11.29: Hypoxia-inducible factor-proline dioxygenase. |
| pdb deposition date | 2009-06-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13640 | 2OG-FeII_Oxy_3 | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | q2cbj1_9rhob like domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4XCB A; 4NMI A; 5IAT A; 5L9R A; 3DKQ A; 3EMR A; 5DAP A; 3PL0 A; 2JIJ A; 3NNL A; 5IAX A; 2JIG A; 4XC9 A; 4Y5S A; 2RDS A; 4MHR A; 4NAO A; 5EP9 A; 5LBF A; 2FCT A; 5ERL A; 3OUH A; 5HV0 A; 4J25 A; 4NHY A; 2V4A A; 4BQW A; 3W21 A; 3OUI A; 3GJB A; 2G1M A; 2RG4 A; 4XCA A; 4NHK A; 4ZPI A; 5DAV A; 4NHM A; 4BQX A; 4BQY A; 2RDQ A; 2FCU A; 3NNM A; 5DAQ A; 2A1X A; 2RDN A; 3ITQ A; 2G19 A; 3MGU A; 4Q5O A; 3W20 A; 4ZON A; 3OBZ A; 2Y33 A; 3HQR A; 4NHX A; 5C5T A; 3OUJ A; 3BVC A; 5EQU A; 5C5U A; 5DAX A; 5L9V A; 5EPA A; 3KT4 A; 5DAW A; 2HBT A; 5IAV A; 3GZE A; 3NNJ A; 4JZR A; 4MHU A; 3NNF A; 2RDR A; 4Y5T A; 4XAC A; 3GJA A; 5LBC A; 5L9B A; 5LAT A; 5LB6 A; 5LBB A; 2HBU A; 3KT7 A; 4NHL A; 2Y34 A; 4XAA A; 3KT1 A; 5LA9 A; 5LAS A; 3HQU A; 4KBZ A; 5LBE A; 4IW3 A; 5M0T A; 4UWD A; 2FCV A; 2OPW A; 5HV4 A; 4XAB A; 5A3U A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4L8Q A; 5C7G A; 5DUW A; 5J37 A; 3U37 A; 1MEC 2; 1JUH A; 3M4F A; 4FPJ A; 5A80 A; 1VBA 1; 5FJH A; 3BTA A; 4EN6 B; 3AMN A; 2E31 A; 3KV5 A; 3SEP A; 1H4H A; 4G4F A; 3O5S A; 5JOZ A; 4IUG A; 3S57 A; 1Q56 A; 1C1F A; 1YLL A; 5A3P A; 3W58 A; 4DFS A; 4QKN A; 1RB8 G; 1FI2 A; 1UU5 A; 3NNL A; 3M2M A; 2EXH A; 5DDJ 3; 3LPG A; 1JZ4 A; 2JIG A; 4XF4 A; 2QQP A; 3EQE A; 1F4A A; 3VDB A; 4HOO A; 2JE7 A; 4KU7 A; 3SCG A; 1WGP A; 2PHU A; 3AYE A; 3T1M A; 5A33 B; 1VRH 3; 4TYS A; 1UXZ A; 4NPR A; 2D3R A; 5A7W B; 1IZ3 A; 4YGC A; 5C3O A; 3HR9 A; 4YVS B; 5J7M A; 5APA A; 3NST A; 3B93 A; 1AYM 3; 2AAC A; 3O1T A; 3RZK A; 3GJB A; 5HI0 A; 3V64 A; 2AUY A; 1K5M C; 3QCW A; 1D2Q A; 4R52 A; 4B7K A; 1XOY A; 1ENX A; 1YXW A; 2WN3 A; 3C7E A; 4ZS3 A; 3MI8 A; 1GQP A; 5FR3 A; 1WUV A; 1CAX B; 2VCB A; 3DGT A; 4ARY A; 1J58 A; 2RDQ A; 3JUU A; 2WZR 3; 4DEQ A; 5J48 A; 1S0C A; 3I3B A; 5F3E A; 5FY5 A; 1NYW A; 5FYB A; 1JYN A; 2E63 A; 3CJI B; 1QJU 1; 2FDH A; 4IET A; 3ITQ A; 1MS5 A; 2BNN A; 2AEZ A; 2QZ3 A; 1ULG A; 2VC9 A; 5KHK A; 3PUH A; 3H3Z A; 1SAC A; 4XOG A; 1W90 A; 2WFP A; 4TLG A; 5JLV A; 2R6Q A; 2ZOE B; 1PIV 3; 1Z7S 3; 4P9G A; 2P3Y A; 2PHF A; 3UGG A; 1RMU 1; 1VBE 1; 5A6X A; 1WD4 A; 1WKY A; 2WYF A; 3OUJ A; 1DYK A; 3BVC A; 3AP5 A; 4XZU G; 5FK7 A; 5FZI A; 3VBF B; 4PDW A; 4BM8 A; 5A70 A; 1LRH A; 5KXB A; 4TWT A; 1H8T B; 1YHF A; 1QMJ A; 2E32 A; 2LRO A; 3JBG 2; 3W5M A; 3UL2 A; 3WW2 A; 4CDW B; 5FZ0 A; 2R06 3; 4FAG A; 2ZGN A; 3GBG A; 1ZBE 3; 4OMC A; 5JCT A; 2BOJ A; 3THC A; 4MGY E; 1AX0 A; 2QJV A; 2DUR A; 3VBO C; 1AXZ A; 2ZPX A; 1LED A; 2K2S A; 2W9X A; 1G9A A; 4F8A A; 2W87 A; 3IM0 A; 5L7O A; 4QXH A; 2WAO A; 3HWJ A; 4FCA A; 4RS5 C; 1SBE A; 4U36 A; 1EV1 2; 2GMM A; 4D94 A; 1R09 3; 2DTW A; 5J3U A; 1UYX A; 2JD9 A; 4I3P A; 4H7L A; 4X8P A; 4Y24 A; 3MIH A; 2A6X A; 1AR7 2; 4Q1R A; 3RZL A; 1ZNP A; 3C7G A; 4RGK A; 1LU1 A; 1W6O B; 3LA7 A; 1PGS A; 3FBM A; 4IXL A; 3WY6 A; 2PXJ A; 3HVD A; 2MPF A; 3WP5 A; 3SKV A; 3U10 A; 3ZIX A; 3ZYP A; 3ZR5 A; 1IKP A; 1WLW A; 2CWM A; 2VOX A; 1UY4 A; 5HXM A; 5JSP A; 4IE6 A; 3W5N A; 4ZS2 A; 2EXJ A; 1V70 A; 4PJY A; 2Z4F A; 3H3L A; 2FDK A; 2K9Z A; 2ZZJ A; 3K2O A; 4LOS A; 4RYD A; 2R04 1; 4LIT A; 4XF0 A; 4Y4Y A; 2VH9 A; 3K46 A; 3AYC A; 2RS3 3; 2VQ0 A; 1GV9 A; 1VBC 1; 1SFY A; 1UY3 A; 3L2Y A; 3LEI A; 4P9I A; 3R4D B; 5AC9 1; 3Q8A A; 1PO1 1; 4C1W A; 2W1S A; 3VUO A; 1STM A; 1JH5 A; 5GKA C; 4I0W B; 3N3H A; 1X36 A; 5A6Y A; 2ZEZ A; 4QX3 A; 1OD5 A; 4FPO B; 1UZZ A; 3MO4 A; 5FCC A; 3EMR A; 2HWF 1; 1PVC 1; 2B4K A; 3ST7 A; 4P9Y A; 3VHP A; 4ZKT B; 1FOD 1; 5IAX A; 4OHW A; 1W0P A; 3HBK A; 4OI1 A; 4C8D A; 1XQN A; 2GH8 A; 4K3U A; 4PIX A; 3W59 A; 3VL9 A; 3NWK A; 5FPU A; 4TZD A; 1E5H A; 4YFW A; 4Q1P A; 4C0H A; 5LBF A; 2JG9 B; 2NN8 A; 1UXX X; 2BYV E; 1KD7 A; 2D6M A; 2VQA A; 3OTF A; 1AR9 1; 1BZW A; 1H9W A; 4NAM A; 4QHZ A; 2PLV 1; 3WNP A; 3ZPY A; 5LY2 A; 4YW1 A; 3ZMO A; 4AQT A; 3BTY A; 4Q0S A; 2P6C A; 4PLN A; 5DUU A; 3SC7 X; 4CP9 B; 4C91 A; 5FUP A; 3MDP A; 3FUO A; 1HRV 2; 3L9J T; 1SBF A; 1MS4 A; 2VNG A; 2VNV A; 3IZO A; 3OPZ A; 1NA1 C; 4OI2 A; 4OMD A; 4NHK A; 3UES A; 1K5J A; 3OYW A; 1F15 A; 1W39 A; 2PTM A; 2QZ2 A; 5BPX A; 3TB0 A; 1PGW 1; 3R0R A; 2IC1 A; 3RSJ A; 4LLO A; 1XND A; 3VDD C; 1FNZ A; 1JHN A; 3CHX A; 1REE A; 3H1W A; 3NNG A; 1UF2 C; 2RS5 2; 4JQT A; 2HYK A; 2LW8 A; 1AR6 2; 2EIE A; 2ADE A; 4IV1 A; 1H9P A; 1J3Q A; 5DAB A; 3BI3 A; 1LES A; 3LZZ A; 4GIQ A; 2BDR A; 2J1E A; 3EYP A; 2XBO 3; 5D8A B; 4JHT A; 2ARE A; 1S0B A; 4LIU A; 2QCS B; 4SBV A; 5CZK A; 3WNM A; 2FD8 A; 5C4W C; 1MS1 A; 3N9L A; 4QPI C; 5KHJ A; 4JGY C; 2NQY A; 3U0Z A; 4LKE A; 2DCT A; 4CA9 A; 3SHR A; 2MEV 2; 5FFO C; 3KT4 A; 4XJZ A; 1RUE 1; 4BK5 A; 1TE1 B; 1S0E A; 2HBT A; 2X05 A; 2ZMK A; 1X8M A; 1EAH 2; 1KFX L; 4FBF A; 1PNF A; 5JMC A; 1JN2 P; 3WDT A; 1BBT 2; 3O1R A; 3MLL A; 2YY1 A; 2ZBJ A; 1O8P A; 1AVB A; 4I30 A; 3ME2 A; 1NKG A; 2YV8 A; 1NT0 A; 2OXB A; 4H2A A; 5BXX A; 3WD5 A; 2D6N A; 3ZDV A; 5JXJ A; 2A71 A; 1BYH A; 3DEC A; 4B29 A; 1LEM A; 2WFF 2; 3S7I A; 1QEX A; 2RM2 2; 1N3Q A; 4CP2 A; 4D8M A; 4Q8K A; 2ATF A; 3POI A; 5LK7 B; 5C8W A; 1W03 A; 2IUW A; 3I97 A; 3FHI B; 2X8K A; 4E2Q A; 1YYN A; 3PDQ A; 3J7M A; 3TEX A; 1OBN A; 4M3C E; 3SIS A; 4NHL A; 1TVG A; 4GB3 2; 2XWB B; 3WCR A; 4IEO A; 2R0H A; 1IG3 A; 1CZS A; 5BNN C; 1IHM A; 1FXZ A; 2OX0 A; 1R1A 2; 1MEC 1; 2IFW A; 5LBE A; 4M3C B; 1W04 A; 2R49 A; 3HN3 A; 5L19 A; 4UWD A; 3TAY A; 3ELN A; 4K1Z A; 2OS2 A; 1MZ6 A; 3VGI A; 4O65 A; 1RXG A; 3HIF A; 4ZU4 A; 2XLF A; 3AK0 A; 3DPR B; 2WSU A; 2J22 A; 3NJY A; 5CKQ A; 1Q8V A; 1D4M 1; 1FV2 A; 3IDE A; 4YW7 A; 1RC6 A; 3VBH C; 1DDL A; 1APN A; 3UJQ A; 1IPK A; 4QX7 A; 3WQ7 A; 2RS1 2; 2ZX1 A; 4HVO A; 2CY6 A; 4QAW A; 1QH6 A; 1UZV A; 4OHZ A; 5C9A C; 1IPS A; 3IAP A; 2D7F A; 1V6L A; 5IFT A; 2JDM A; 4I2O A; 2XJQ A; 1H2M A; 5BNP C; 2BBV A; 4DMI A; 1LAJ A; 1HXS 2; 2B8M A; 1YQ8 A; 5F39 A; 4XC9 A; 1RUI 3; 3MLJ A; 1C8N A; 2BW8 A; 3AL6 A; 3BN6 A; 4MHR A; 5BY5 A; 1CJD A; 4PCR A; 2D98 A; 1GZW B; 5DPN A; 2WN2 A; 1LOF C; 1DQ0 A; 4CCM A; 2YB7 A; 2GNB A; 4UW5 A; 2D6K A; 4JDO A; 5FKC A; 5FMB A; 4ZHN A; 3PIJ A; 4XFA A; 2G1M A; 5F37 A; 2WLQ A; 4QT6 A; 1NA1 B; 2ZHL A; 4N53 B; 5IT6 A; 1LKN A; 1POQ A; 5H9S A; 3HNY M; 1NCQ B; 4FP2 A; 4MAD A; 3V56 A; 3MEP A; 1DYP A; 4ZZ5 A; 4GAZ A; 2FQP A; 4GAL A; 4JRA A; 1S0J A; 3WNN A; 4XEZ A; 1MS8 A; 4NRM A; 4PI2 A; 1K5M A; 3U78 A; 2AR6 A; 4AF9 A; 4Z07 A; 1LGB A; 1PK6 C; 2EIC A; 5EHD A; 3PNA A; 3JBG 1; 4D6S A; 3WNK A; 3OPT A; 1BQP A; 2VTX A; 4XJ9 A; 4DOU A; 3UJO A; 3OPW A; 4JGZ C; 4ZON A; 5AVP A; 4MX3 A; 2XVK A; 4OYU A; 2Y33 A; 4DIN B; 4NHX A; 1NZI A; 1CZV A; 3B01 A; 4R4Z A; 3C7H A; 4UF0 B; 4Y1U A; 4H7M A; 3KV4 A; 2ZHN A; 1AXK A; 1QDO A; 1VMF A; 4GUL A; 2BBA A; 1RUG 2; 1EV1 1; 1H0B A; 2ZXQ A; 5C70 A; 3LA3 A; 1DCS A; 1C3H A; 3HMY A; 1WCK A; 4Q4Y 2; 2TEP A; 4BXF A; 1AR7 1; 3OCP A; 3GZE A; 3UKT A; 5GM0 A; 4HK9 A; 4FOW A; 4WBB A; 2RR1 1; 2VBP A; 3B3Q E; 3N7L A; 5C8C B; 3U75 A; 1HRV 3; 4GH4 B; 5JI7 A; 1B35 C; 4XUQ A; 3GXU A; 2A7A A; 4FPY A; 3C2U A; 3CF6 E; 4PBP A; 2PYT A; 4FOV A; 5FZD A; 2QQM A; 3ZVX A; 1JTZ X; 2JDU A; 3QLQ A; 4IE7 A; 2RMU 3; 3VBO A; 2R07 1; 1TME 2; 3SKJ E; 1YRZ A; 5DZF A; 3KVB A; 4RS5 A; 3RNS A; 1SHW B; 1LHO A; 3I2F A; 2QNK A; 2EA7 A; 4AVS A; 2VVD A; 1RHI 3; 5BNN B; 2JB8 A; 3U1X A; 1H2L A; 1IKQ A; 1VBD 3; 3KVA A; 4KGQ A; 5HCB A; 5LK5 A; 3RFR A; 3NAP B; 4KBZ A; 2PFW A; 2FZ2 A; 1QKQ A; 1NLQ A; 4CCK A; 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2EXK A; 3B02 A; 1Q8Q A; 4UOJ A; 1BVP 1; 1TG7 A; 2ZMN A; 3WR0 A; 1JZ3 A; 1RUH 3; 2C0Z A; 4IV3 C; 5E6H A; 5LRR A; 1H4G A; 4M4P A; 5K0U B; 3NO8 A; 5F32 A; 1MS0 A; 5A32 B; 3NW4 A; 2DTY A; 1W9Y A; 3OGG A; 3MGU A; 4JGZ B; 4YZ3 A; 3RDI A; 3N4M A; 2ARA A; 1M4W A; 3FMG A; 4KNC A; 2VBB A; 3J4U H; 3VDD A; 3HBZ A; 4FPL A; 4JKM A; 1T6G C; 4QKB A; 4M4R A; 4ZXK A; 1SDW A; 1O5L A; 1UMZ A; 3SEE A; 2XHN A; 2F4P A; 3WZ1 A; 5LCW L; 2JEC A; 1AYN 1; 2AYH A; 1J3R A; 1W6M A; 1DGL A; 1HXS 3; 3FFQ A; 3T4H B; 1S2B A; 2PQS A; 5CG9 A; 5CYY A; 2F6B A; 3TOJ A; 3RWK X; 2JB4 A; 1ACC A; 4MV2 A; 1IGO A; 5EYX A; 2IXK A; 1RJ7 A; 4CDX B; 1K42 A; 5C4W A; 3ECQ A; 4QPI A; 5F2S A; 3BKZ A; 4JGY A; 3Q8E A; 2IFR A; 2JWP A; 4A7Z A; 5FOJ B; 4AI8 A; 4LO7 A; 3NMB A; 1XE7 A; 5FZL A; 4M01 A; 1F2N A; 1NX9 A; 4YSF A; 1B35 B; 5FPX A; 5FPB A; 3H7Y A; 2OUH A; 1F8V A; 4NR1 A; 4QDQ A; 2VZR A; 3E97 A; 2H6C A; 5LBC A; 5I0S A; 4IGP A; 2OKX A; 1W6N B; 4CVU A; 1MVE A; 4RQP B; 4XTP A; 4AYU A; 2HBU A; 2WAB A; 4HBN A; 1QXJ A; 4XET A; 1CAU A; 4Y26 A; 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