The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
37
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sequence length |
157
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structure length |
157
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Chain Sequence |
LYKKAGSEFALDSSKLEAIYATSEADRDYKENAVDGDENTIWHSAYQAADKLPVSITIKLDKAYDLNQIDYLPRQNSRNGHVTEYKIETSLDNENWTEVRTGNLEVNEAGNALANRGYNPIRFNTINAQYLRFTALKTLGDTNNKYASAAELVFYGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Diverse modes of galacto-specific carbohydrate recognition by a family 31 glycoside hydrolase from Clostridium perfringens.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Sugar binding protein
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source organism |
Clostridium perfringens
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molecule keywords |
Glycosyl hydrolase, family 31/fibronectin type III domain pr
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total genus |
37
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structure length |
157
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sequence length |
157
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2014-03-04 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
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A | PF00754 | F5_F8_type_C | F5/8 type C domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Sandwich | Jelly Rolls | Galactose-binding domain-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2VQU A; 5G04 L; 3NQH A; 4MAD A; 3I2I A; 2ZEW A; 5EJ1 B; 4QAW A; 2WUH A; 4W8J A; 3WF3 A; 2VMD A; 4LPL A; 5J1X A; 4P5Y A; 3NJX A; 1W9T A; 3MO4 A; 2ORX A; 2VJX A; 2WZE A; 3ETP A; 1HN1 A; 1K12 A; 3DYO A; 2YB7 A; 3LEI A; 2QQL A; 3PUH A; 2J22 A; 5LA1 A; 2EIC A; 4RYD A; 3MUY 1; 3VD9 A; 4OMD A; 4XZU G; 3K4Z A; 2JDA A; 5LA0 A; 4DUX A; 4Z2A A; 1ULP A; 2RVA A; 3WF0 A; 4QX0 A; 2JD9 A; 4A45 A; 3T0B A; 3J7H A; 4P00 B; 3E1F 1; 3ACF A; 4PF1 A; 5B4N A; 2ZEZ A; 3JXS A; 1UZ0 A; 4CU9 A; 4PQQ A; 5HPO A; 3WNL A; 4UAP A; 3THD A; 3CMG A; 2VZQ A; 1OH4 A; 4ZXE A; 4JX0 A; 3GXU A; 2J7M A; 3K75 B; 4D0Q A; 4TTG A; 3NNG A; 1OF4 A; 4XVH A; 3IAP A; 3C7F A; 3WNK A; 5JR2 A; 1W8O A; 3OGV A; 4OYU A; 1CZS A; 5JXJ A; 4MOA A; 2W47 A; 3I97 A; 4DXS A; 2VME A; 2LW8 A; 3W5N A; 3OB8 A; 2W1S A; 3LPF A; 1W9W A; 5EIY B; 3HEI A; 2HYX A; 4KI5 M; 3SEP A; 2WN2 A; 4CUB A; 2QBX A; 4JKL A; 1T2X A; 1W9S A; 3FHQ A; 3C8X A; 1CIY A; 3CKH A; 3K4A A; 2VMF A; 3K4D A; 3A21 A; 5CZK A; 5FUI A; 1PMH X; 3FN9 A; 1UY1 A; 3FHA A; 3HNM A; 4XUN A; 4QX3 A; 2XHN A; 2B9V A; 2WYS A; 1SHW B; 3U37 A; 3WF4 A; 1DLC A; 5DPN A; 4A3Z A; 1DYO A; 1CZV A; 3UES A; 1JU3 A; 1UY3 A; 3PUI A; 3T2P A; 2WO3 A; 1R64 A; 2VZU A; 4DXR A; 3I3E A; 1SDD B; 1GU3 A; 1NAE A; 4E8D A; 3CIH A; 2W87 A; 4BK5 A; 4A44 A; 1OD3 A; 1XNA A; 3OBA A; 1JYV A; 2X10 A; 4QX1 A; 4DUW A; 1JZ5 A; 3BGA A; 1EUT A; 2Y6L A; 3THC A; 2BGO A; 3FL7 A; 2Y6K A; 1D7P M; 1GOF A; 2J1A A; 5C71 A; 3HOB A; 2WN3 A; 4PT6 A; 3K77 A; 5LA2 A; 1NUK A; 2QQN A; 3VDA A; 3WEZ A; 4CUC A; 1BHG A; 3I2F A; 2VZV A; 4CU6 A; 2C26 A; 4KMQ A; 4CVU A; 4GWI A; 3GM8 A; 5IYY A; 5I0D A; 2VZP A; 3WSO A; 2J1U A; 2C9K A; 2VMC A; 3IB3 A; 4DUV A; 4ET7 A; 1XC6 A; 4BJ0 A; 1CZT A; 2W5F A; 4RN5 A; 1KEX A; 4QB6 A; 3ECQ A; 4QB2 A; 2W46 A; 3HPN A; 5F7U A; 4TXW A; 3LPG A; 4GWJ A; 1TG7 A; 1I5P A; 2J1S A; 3A22 A; 5JXH A; 1TVG A; 3VDC A; 2J1E A; 2YFU A; 3VDB A; 2DCK A; 4MO3 M; 1RYY A; 4LQR A; 3SKJ E; 2VZ3 A; 1NX9 A; 3T0A A; 3CQO A; 2EIB A; 1OF3 A; 1UX7 A; 3I3D A; 4P02 B; 2R7E B; 2VO5 A; 4A4A A; 1XPW A; 3HN3 A; 3VD7 A; 1O8S A; 3NJV A; 3HJR A; 3T2Q A; 3OEA A; 2YG0 A; 2XQX A; 2BZD A; 2W94 A; 2YC4 A; 3UNP A; 3LE0 A; 3LQC A; 1K42 A; 1H6Y A; 3LEK A; 4IUG A; 3OGR A; 1XNT A; 1CX1 A; 4XUP A; 1L7R A; 1J84 A; 2W91 A; 4OMC A; 3UET A; 4BDV B; 4QDS A; 5IJR A; 1OT5 A; 1ULO A; 3CZJ A; 4KWU A; 2QQI A; 1UYX A; 3SEE A; 1GNY A; 2WAO A; 4QPW A; 3ZM8 A; 5HXM A; 3NRU A; 4ZZ5 A; 4LKS A; 2VZR A; 2V72 A; 4JHZ A; 2VZS A; 1US2 A; 2Y6H A; 4A42 A; 4CU7 A; 2L9L A; 2QQJ A; 1JZ7 A; 4QB1 A; 3OEB A; 2CDP A; 4AAX A; 2V5D A; 3WNN A; 2WO2 A; 4QDQ A; 2E32 A; 4YPJ A; 4M4R A; 3WNP A; 1F4H A; 1PX3 A; 3MV0 1; 4HG6 B; 5B4X A; 4CUA A; 1DP0 A; 3DEC A; 5JUV A; 1GQP A; 3ACI A; 1JZ6 A; 3HNY M; 3F2Z A; 1GUI A; 2ORZ A; 1UY2 A; 4BXS V; 2JKX A; 1JI6 A; 4P08 A; 5A1A A; 1W8N A; 2W1Q A; 3OG2 A; 5LCW L; 4M4P A; 3C7E A; 3ABZ A; 3III A; 2HLE A; 4QDR A; 3GGL A; 4AG4 A; 1W0N A; 1JHJ A; 1NKG A; 2W1U A; 3P1I A; 3WQB A; 1GOH A; 4MGQ A; 4ARY A; 1F4A A; 1UYY A; 4XUT A; 3A7Q A; 1IQD C; 3EB7 A; 4LHS A; 1JU4 A; 4ARX A; 3MBW A; 4FI9 A; 3GDB A; 1US3 A; 2E33 A; 5DN2 A; 1PMJ X; 2ID4 A; 3MUZ 1; 2BBA A; 2VCB A; 3T2O A; 2X05 A; 1JYX A; 1JYW A; 2VTF A; 4W50 A; 2C4X A; 3I3B A; 1K3I A; 2BGP A; 3I2G A; 4UI9 L; 1UXX X; 3WNM A; 1JZ4 A; 2VC9 A; 3CZU A; 2WZ8 A; 2YC2 A; 2XON A; 3T0D A; 1WKY A; 5IFT A; 3C7G A; 1UMH A; 3VD5 A; 2VZ1 A; 2ZEX A; 1WCQ A; 3T08 A; 2WO1 A; 2WAA A; 1YQ2 A; 4GZ9 A; 1MPX A; 3VD3 A; 3HNB M; 2WAB A; 2CDO A; 1JYN A; 3P6B A; 5IFP A; 2Y8K A; 1JZ2 A; 1UMI A; 4A41 A; 4OZO A; 3A23 A; 2LS6 A; 4BK4 A; 2VCA A; 2VCC A; 5CYY A; 4UOJ A; 2VZO A; 5G05 L; 3I2J A; 1J83 A; 3WF1 A; 3DYM A; 1UXZ A; 2VQT A; 3SKV A; 2W3J A; 5IHR A; 2E26 A; 2RV9 A; 2YFZ A; 2XOM A; 3I2H A; 2WBK A; 2Y6G A; 1W99 A; 5JMO A; 4OUE A; 2W1W A; 4L0P A; 5C7G A; 4CU8 A; 1UY0 A; 5JXI A; 3BN6 A; 2E31 A; 2VR4 A; 2ZXQ A; 3OGS A; 4ZY9 A; 2B4K A; 1GOG A; 4ZZ8 A; 4QX2 A; 2EID A; 2EIE A; 2ZEY A; 4D8M A; 3W5M A; 2PQS A; 3T09 A; 1P8J A; 1KGY A; 3IDA A; 2V4V A; 3EYP A; 3ACG A; 1UWW A; 3K46 A; 4E8C A; 3C7H A; 3WNO A; 1K45 A; 1L7Q A; 2Z4F A; 1UY4 A; 2J1V A; 3LEG A; 2Y6J A; 2W95 A; 2QQM A; 2Y64 A; 4DEQ A; 4JKM A; 2OKX A; 5JXG A; 2W9X A; 2DDU A; 1EUU A; 2QQO A; 1JZ8 A; 2RJ2 A; 1JZ3 A; 3I2K A; 4MGS A; 3C7O A; 2DCJ A; 1GMM A; 2WQ8 A; 2J1T A; 5DMY A; 2BER A; 3DYP A; 3AC0 A; 3IAQ A; 1O8P A; 2J1R A; 4W4Z A; 5DQ0 A; 4A6O A; 2QQK A; 4XUO A; 1UYZ A; 3MV1 1; 5C70 A; 3WF2 A; 5EJZ B; 2KD7 A; 1H6X A; 2VZT A; 2W92 A; 4JKK A; 1SG3 A; 4XUQ A; 2JE8 A; 3ACH A; 3CDZ B; 1O59 A; 2VOT A; 1PX4 A; 3VD4 A; 4XUR A; 1LNS A; 3D3A A; 2WDB A; 4DEV A; 2VL4 A; 2VM9 A; 2X09 A; 4DXT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2VQU A; 4MAD A; 4XDQ A; 2OQ7 A; 5JR7 B; 2P6C A; 2WUH A; 2A3Y A; 5FZC A; 3WF3 A; 3CO2 A; 1YCI A; 4EN6 B; 2YC0 A; 1ASJ 1; 3J7N A; 2JDK A; 3NJX A; 4P5Y A; 4IL7 A; 1J1L A; 2JKB A; 3UT0 A; 2ES3 A; 2OS2 A; 5T5L A; 5JI9 A; 4XAC A; 4B1M A; 4Y5Z 0; 3AYE A; 5DAV A; 2WZE A; 5DZF A; 3N7L A; 1A34 A; 5J3U A; 2CY6 A; 3FX3 A; 2Q8E A; 5LA1 A; 5BNO C; 3M3Q A; 1O3Q A; 1UQX A; 2EIC A; 4RYD A; 3H7Y A; 4CP1 A; 3FFQ A; 3KVA A; 4AEJ A; 1SLA A; 5FZ1 A; 2B7Y A; 5C3R A; 4L2N A; 3U10 A; 1RGS A; 3UYJ A; 1JXN A; 4O61 A; 4DUX A; 4Z2A A; 2Q8C A; 5FWJ A; 2RVA A; 4UW3 A; 1LOD A; 4A45 A; 4LIT A; 4Q4X 2; 3J7H A; 1CWP A; 1BXH A; 4P00 B; 4BQ4 A; 4V2W A; 3RMX A; 4PF1 A; 4FAG A; 3AM2 A; 2P3K A; 1GBG A; 1H1M A; 1MZ6 A; 1LUL A; 1VJ2 A; 3R4D B; 1W2A X; 5ABJ B; 1EV1 1; 4XDO A; 5GLT A; 1ZBA 1; 4UAP A; 2VUC A; 5AFB A; 3CMG A; 3E5X A; 4I3G A; 4AQT A; 4Y5S A; 1QQP 2; 2OXB A; 3JBG 3; 4NRQ A; 4JX0 A; 4B7E A; 4N7U A; 4D0Q A; 1LOG A; 1QJX 1; 1RUD 2; 1VIW B; 5B2G B; 2GAU A; 4UW4 A; 1OF4 A; 4XF3 A; 1ACC A; 1QY4 A; 2ZMK A; 5IAV A; 3USS A; 3IAP A; 4QWN A; 3C7F A; 4Y4R A; 5JR2 A; 2FMD A; 3DXU A; 3NJZ A; 4NE9 A; 1W8O A; 1E5H A; 2JG9 B; 3ZYF A; 4IDZ A; 2RS5 1; 3MFA A; 4HKL A; 3V0B B; 1CZS A; 4NAO A; 1OOP A; 1N3O A; 1VBB 3; 1RVF 1; 1XSR A; 5FZO B; 1UCX A; 4XEZ A; 4DXS A; 2RE9 A; 2VME A; 2LW8 A; 4O7X A; 2DVG A; 1GP6 A; 5FDB A; 1X8M A; 3URF A; 1AR6 3; 5BNP A; 2Y0O A; 2WFF 1; 3KSC A; 4Y22 A; 4WVV A; 4CUB A; 2MEV 2; 4JKL A; 2VW2 A; 1T2X A; 2ZCW A; 1JYT A; 2R6Q A; 2WWJ A; 5JWP A; 1LOB A; 1XYN A; 2D6O X; 4OI0 A; 1PMH X; 4OUL A; 1OA2 A; 4M0H A; 3P3N A; 2P17 A; 3KHB A; 1RJ7 A; 5J96 B; 2FDH A; 1PIV 2; 2IVJ A; 3HNM A; 4IE0 A; 4EN0 A; 1AYN 1; 3TWI A; 4Q8L A; 2RDR A; 4QX3 A; 2XHN A; 3ST7 A; 3WG3 A; 1QU0 A; 3U37 A; 4LKE A; 3KT1 A; 4QU2 A; 3PU3 A; 4OI2 A; 1QF3 A; 4HET A; 3O0X A; 4HN0 A; 4A3Z A; 4A6S A; 2SBA A; 1IKP A; 1H8T A; 2R04 1; 4QQH A; 4HK8 A; 1JW6 A; 1CAW A; 3PUI A; 1UY3 A; 5HBA A; 4QGM A; 4K1Z A; 5D8A A; 4BQY A; 2R1D A; 1C8N A; 1QDC A; 1R64 A; 2WO3 A; 3D8C A; 4CEW A; 2G9Z A; 2ZAC A; 2AGS A; 5JSR A; 4F3J A; 3VBR B; 3PUQ A; 2BW8 A; 1VBC 2; 2RG4 A; 3H8R A; 3BUC A; 1DQ5 A; 1SDD B; 3PUA A; 3AZV A; 1NAE A; 4E8D A; 2FQP A; 2GND A; 5FY7 A; 1AVB A; 3UK9 A; 1H2K A; 1CES A; 1V6K A; 1OD3 A; 2PLV 1; 1HB1 A; 3FMG A; 1XNA A; 1JYV A; 1OSG A; 1QNY A; 1V70 A; 1EUT A; 2Y6L A; 1WBL A; 3JD7 2; 3NNM A; 5EFU A; 5GLW A; 1GZ9 A; 3B9I A; 4K8F A; 4MZU A; 1ZBE 2; 1XNC A; 2HWD 1; 3H9A A; 1IPS A; 1REE A; 2WN3 A; 2ZGO A; 1KDK A; 4PT6 A; 2Y60 A; 2LRO A; 1L7L A; 1GNZ A; 4GH4 B; 3Q8C A; 5F32 A; 1HB3 A; 1X36 A; 1KFU L; 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2VXR A; 3OEA A; 4IV1 C; 3WDU A; 4BM8 A; 2YG0 A; 3BIW E; 3K3N A; 3N7J A; 3SH3 A; 4OZX A; 5GLU A; 4COU A; 4BLJ A; 3AKR A; 2FZ1 A; 2ZKN A; 2YC4 A; 5LBF A; 3VZK A; 4JRA A; 1AR9 2; 3MIB A; 2CGP A; 4QD2 A; 1H6Y A; 3IZO A; 2Q5T A; 2RR1 2; 5CG8 A; 1GYK A; 4ES8 A; 3O1V A; 1W6M B; 1W6P B; 3BTX A; 5E8A A; 4PBP A; 1R09 2; 4ATE A; 5GZF A; 1J84 A; 4OMC A; 2IXI A; 3S7E A; 4I3P A; 4XFC A; 1RC6 A; 4QDS A; 1ODM A; 5IUQ A; 4PIZ A; 4S2F A; 1D0H A; 3AKQ A; 3CZJ A; 1LOF C; 1PVX A; 1QMJ A; 1UOF A; 2VG9 A; 3ZYH A; 3VBH A; 1GNY A; 3NAP A; 3V0A B; 1AL2 3; 4Z07 A; 4YVW B; 2QFE A; 5CAD A; 3NRU A; 4KNC A; 3ZMO A; 4ZZ5 A; 4C1X A; 2VZR A; 3O1R A; 2E9Q A; 2GC3 A; 2V72 A; 3KGL A; 1WD3 A; 2RM2 2; 3M1H A; 2WJS A; 3Q8A A; 2VZS A; 4GA9 A; 4QXK A; 1A3K A; 4CU7 A; 1COV 3; 4AFM A; 4HOO A; 4HVQ A; 1PM4 A; 3PU8 A; 1YUD A; 4A2U A; 1DGR A; 3RJR A; 5FOJ B; 5C8C C; 2XDV A; 1S0J A; 4XFF A; 2CDP A; 1W2N A; 2GP3 A; 2DUR A; 2X29 A; 2Z5W A; 5FXZ A; 4LA2 A; 2WNU A; 3IKW A; 1PVC 1; 4LOT A; 4LBQ B; 4LIU A; 4CZS A; 5DAQ A; 2ZTN A; 4RHV 1; 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